一起皮肤炭疽疫情的病原学确诊及基因型溯源

目的 调查分析一起皮肤炭疽的感染来源,分离鉴定病原菌进行基因溯源,为控制炭疽疫情提供依据。方法 对患者进行流行病学调查,了解染疫病死畜的来源及去向,对病死牲畜饲养场所进行环境卫生学调查,采集患者皮肤炭疽病灶拭子标本,密切接触者血样,病死牲畜圈舍土壤、饲料,出售的病死畜样本。进行炭疽杆菌荧光定量PCR试验,分离培养炭疽杆菌及血清学检测。对分离到的病原菌进行canSNP分型及MLVA15基因分型。结果 本起皮肤炭疽患者多次多点购入16头牛饲养贩卖,在牛死亡后解剖病死牛而感染皮肤炭疽,密切接触者无发病。在病畜屠宰场所土壤及售出的牛皮中分离到2株炭疽杆菌。canSNP分型为A.Br.001/002型,MLVA15分型为MLVA15 - CHN51型,该基因型在国内首次发现。结论 流动牲畜贩运人员是炭疽高危人群,首次在国内报道炭疽基因型MLVA15 - CHN51型,丰富了我国炭疽杆菌的基因库。     

中国炭疽芽胞杆菌致死因子基因中单核苷酸多态性位点分析

目的分析中国炭疽芽胞杆菌致死因子基因中的单核苷酸多态性（SNP）位点特征.方法选择18株炭疽芽胞杆菌,采用PCR方法扩增炭疽芽胞杆菌致死因子基因、测序,并进行SNP位点分析.结果实验中所用中国炭疽芽胞杆菌致死因子基因中第895位核苷酸均为G,与国外菌株不同.中国不同地区（包括新疆、广西、北京、内蒙古等地区）、不同年代和不同来源（包括土壤、牛、羊、骡、狗、患者等）分离的菌株,具有相同的SNP位点特征.结论致死因子基因中第895位核苷酸均为G的SNP位点特征很可能是中国炭疽芽胞杆菌的共同特征.     

炭疽暴发疫情病原应急检测方法的应用与分析

目的 对延安市甘泉县突发炭疽疫情进行实验室检测,分离鉴定病原菌。方法 采集病例病灶渗出液、血液、疫点外环境等标本共147份,开展病原分离、免疫学、分子生物学检测。结果 共检出各类阳性标本37份,总阳性率为25.18%。病原学检测分离到1株炭疽芽胞杆菌,阳性率为1.28%;分子生物学检测中皮损渗出液荧光定量PCR(qPCR)阳性率最高,达89.47%,血清学(ELISA)检测阳性率为75%,在环境标本中未检出阳性结果。结论 炭疽疫情应急实验检测中,由于抗菌素使用,人体标本病原分离率较低,血清学试验只具有回顾诊断的价值,应引入敏感快速的分子生物学检测技术,以迅速明确诊断。     

病原真菌基因组流行病学研究进展

基因组流行病学研究为病原真菌的遗传进化、传播和表型研究提供了新的视角, 其核心技术是全基因组测序技术和生物信息学分析, 极大地弥补了传统分子分型技术的不足。通过将病原真菌的全部遗传信息和流行病学调查相结合, 能够预测病原真菌的传播途径和传播风险, 为制定真菌防控的公共卫生策略提供理论基础。本文将对分子流行病学、基因组流行病学的发展以及基因组流行病学在病原真菌的遗传关系、溯源及进化、耐药性以及毒力、全基因组关联分析等方面的应用进行综述, 并对病原真菌基因组流行病学未来发展做出展望。     

2016-2018年陕西省炭疽监测及基因溯源分析

目的 调查了解2016-2018年陕西省炭疽流行情况、病原学特征及分子流行病学特征。方法 对2016-2018年报告炭疽病例开展个案调查,进行流行病学三间分布分析;采集病例生物样本及环境样本,进行炭疽杆菌分离培养、炭疽ELISA抗体检测及荧光定量PCR检测,对分离到的阳性标本以canSNP及MLVA15的方法进行分子分型,与陕西省历史菌株及国内部分省份菌株基因型进行聚类分析。结果 2016-2018年陕西省共炭疽病例14例,发病到诊断平均9天,地理分布以关中及陕北地区为主,8月份发病较多,人群分布性别比为6∶1(12/2),26~59岁占85.7%(12/14),农民占71.4%(10/14)。人体标本病原培养17份,分离到炭疽杆菌1株,阳性5.9%,环境标本培养77份均为阴性,ELISA检测阳性率83.3%(10/12),荧光定量PCR阳性率21.4%(3/14);陕西省炭疽菌株canSNP基因型为A.Br.001/002型,2015年、2018年及1953年菌株MLVA分型分别为MLVA15-38、31、CHN17基因型。结论 2016-2018年陕西省炭疽疫情属较低散发水平,主要分布在关中及陕北地区,8月为发病高峰,人群以青壮年男性农民为主。炭疽杆菌canSNP基因型为A.Br.001/002,与国内主要流行株相同。存在3种不同的MLVA15基因型。陕北地区MLVA15-38型,与北部内蒙古相近;关中地区MLVA15-31型,与甘肃省及新疆类似;历史上还曾有MLVA15-CHN17型。     

保健食品中炭疽芽胞杆菌检验方法的建立

近年来。随着人们保健意识的不断增强，保健食品市场得到迅猛发展。卫生部根据《中华人民共和国食品卫生法》的授权，于1996年制定并发布了《保健食品管理办法》及其配套规定，同年下发《保健食品功能学评价程序和检验方法》，对保健食品微生物检测规定了菌落总数、大肠菌群、霉菌、酵母菌、沙门氏菌、     

铁岭市一起皮肤炭疽疫情中炭疽芽胞杆菌的快速检测与分析

目的 对2015年7月铁岭市发生一起皮肤炭疽疫情中运用UPT上转发光免疫分析仪联合荧光定量PCR技术进行描述与分析,探讨可以快速现场检测炭疽芽胞杆菌的方法。方法 采集疑似皮肤炭疽患者的焦痂下涂抹样本10份和炭疽疫区外环境样本19份,运用上转发光免疫层析技术联合荧光定量PCR技术对标本进行检测,与此同时进行细菌分离培养。结果 10份患者的痂下涂抹物样本和2份病死牛血污染土壤样本在上转发光免疫层析技术和荧光定量PCR技术检测结果均呈现阳性。细菌分离培养技术仅分离到1株炭疽芽胞杆菌。结论 实验室检测结果充分证明此次疫情的病原体为炭疽芽胞杆菌的感染。上转发光免疫层析技术和荧光定量PCR方法的联合应用,能快速、特异、灵敏检测出炭疽芽胞杆菌,具有推广应用价值。     

疫区土壤中炭疽芽胞杆菌的分离鉴定及毒力测定

2001年7月24日,锦州某地一村民家的骡子不明原因死亡,事后参加宰杀的村民中发生皮肤炭疽暴发,为了解杀骡场地等周围环境炭疽芽胞杆菌污染情况。我们特对土壤采样进行检测。结果如下。     

陕西省炭疽流行病学回顾性分析及防治对策探讨

目的 回顾分析陕西省历史炭疽疫情,分析其流行特征及影响因素,探讨新形势下的防控对策。方法 对陕西省1955-2015年炭疽疫情报告数据及有关调查资料进行汇总,采用描述流行病学方法分析陕西省人间炭疽的三间分布规律,并对重点爆发疫情调查资料及实验室检测进行综合评估。结果 陕西省1955-2015年共报告炭疽发病数3 849例,平均发病率0.21/10万,病死率3.14%。高发地区集中在畜牧业发达的渭南、咸阳等市,发病季节分布在7~9月,以青壮年男性为主,实验室资料较欠缺。结论 陕西省炭疽疫情虽在全国处于低发区,但局部暴发危险仍然存在,建议与畜牧部门紧密配合,建立炭疽监测系统,规范疫区处理,加强宣传教育,降低发病的危险因素,为今后我省炭疽防治提供科学依据。     

中国炭疽芽胞杆菌荚膜质粒基因单核昔酸多态性研究

目的 研究中国炭疽芽胞杆菌(炭疽杆菌)荚膜质粒基因单核苷酸多态性(SNP)特征.方法 选择中国不同分离年代、地点和来源的95株炭疽杆菌,采用PCR方法扩增荚膜质粒基因上的23个SNP位点,然后进行测序并进行聚类分析.结果 通过聚类分析,95株炭疽杆菌可分为5个群,23个SNP位点中17个位点相同,6个位点存在多态性,其中17.89％(17/95)的菌株与参考菌株Pastuer同源,38.95％(37/95)的菌株与参考菌株Ames Ancestor同源,其余菌株则不同于目前已知的全基因组测序菌株;3株菌在PS-34位点扩增基因片段中缺失长度约80bp的序列,待测的SNP位点包括在该缺失片段中;9株菌株在所有SNP位点扩增阴性,经炭疽杆菌荚膜质粒基因特异引物扩增证实这些菌株缺失荚膜质粒基因.结论 中国炭疽杆菌荚膜质粒SNP位点具有遗传稳定性和自身的特异性,6个SNP位点可作为基因分型的指标.     

基于全基因组测序对一起食物中毒事件中的副溶血性弧菌溯源分析

目的 对一起食物中毒事件中的副溶血性弧菌进行分子分型溯源,并调查其毒力基因和耐药性。方法 采用全自动微生物质谱仪鉴定病原菌,illumina测序平台进行全基因组测序,利用多位点序列分型和全基因组单核苷酸多态性(whole genome single nucleotide polymorphism, wgSNP)进行溯源分析,数据库比对分析毒力和耐药基因,采用微量肉汤稀释法进行药敏实验。结果 共分离鉴定5株副溶血性弧菌,其中4株来自患者,1株来自龙虾开背刀。来自患者的均属于ST2156亚型,其wgSNP差异数为0,来自龙虾开背刀的为ST1880^*型,其与来自患者的wgSNP差异数为36 649。4株ST2156型副溶血性弧菌均携带外毒素基因tdh和tlh,ST1880^*型副溶血性弧菌只携带tlh。5株副溶血性弧菌均只携带氨苄西林耐药基因blaCARB-35,且仅对氨苄西林中度敏感。结论 此次食物中毒事件的病原菌为ST2156型副溶血性弧菌,未出现多重耐药现象,但均对抗生素氨苄西林中度敏感,建议临床治疗时尽量避免使用此类抗生素。     

炭疽芽胞杆菌致死因子在大肠埃希菌中的表达与纯化

目的在大肠埃希菌中表达炭疽致死因子,获得纯化蛋白,用于炭疽快速诊断方法以及炭疽致病机制研究。方法 PCR方法扩增炭疽致死因子,构建表达质粒pETLF,转化大肠埃希菌BL21(DE3),IPTG诱导重组蛋白表达,通过Ni离子金属螯合树脂进行纯化,Western blot(WB)试验检查免疫原性,MTT方法检查生物学活性。结果获得重组炭疽致死因子,WB结果显示重组蛋白具有良好的免疫反应性,MTT方法进行的生物学活性测定表明致死因子与保护性抗原联合,细胞毒性与文献报道相比有明显降低。结论所获得的重组炭疽致死因子,对于发展炭疽快速诊断方法,以及研究炭疽毒素的作用机制具有一定的促进作用。     

霍乱弧菌H2C全基因组测序及序列分析

目的 了解霍乱弧菌产毒株的基因序列,为霍乱基因组学研究提供资料,对可能发生的公共卫生突发事件提供保障。方法 利用Illumina Hiseq测序平台对1株霍乱弧菌（Vibrio cholerae）H2C进行了全基因组测序,对基因组进行组装、基因预测和功能注释。结果 H2C基因组大小为4.09 Mb,GC含量为47.34%,预测编码基因3 642个。在H2C基因组中注释到3 252个基因具有直系同源蛋白簇分类,共查到111个tRNA和9个rRNA基因。与代谢通路相关基因2 366个,与毒力相关基因417个。通过KEGG定位到RTX、CTX和TCP毒力相关基因簇。结论 霍乱弧菌H2C携带多种毒力相关基因,对该菌致病性及环境适应性起到关键作用。     

2011—2018年沈阳市炭疽流行病学特征分析

目的了解2011—2018年沈阳市炭疽的流行病学特征,为制定炭疽的防治对策、降低发病率提供参考依据。方法收集2011—2018年沈阳市的炭疽疫情资料,并对数据进行分析。结果 2011—2018年沈阳市炭疽疫情总体呈逐年上升趋势,年发病率在0.00/10万～0.23/10万间波动,均为皮肤型炭疽。呈现老疫区反复出现,多以散发为主,偶有暴发,以辽中区为热点地区,由南向北蔓延;发病季节多见于7—8月,占总发病数的64.3%;多见于青壮年(71.4%),职业以农民为主(88.1%),男女性别比为13∶1。发病病灶部位主要在手指(40.5%),发病到确诊时间平均为9.0 d,牲畜血液(37.50%)和病例皮肤破损组织液(66.67%)炭疽杆菌检出率较高。结论 2011—2018年沈阳市炭疽疫情总体呈上升趋势,夏季是高发季节,农村是高发地区,以男性、青壮年、农民为高发人群。加强疫区群众的健康教育、提升基层炭疽的检测能力、及时发现并处理疫情是防治炭疽病的重要措施。     

2020年凉山州彝族地区结核分枝杆菌全基因组序列情况分析

目的 分析凉山州彝族地区获得的30株结核分枝杆菌全基因组序列情况,为凉山州结核病防控工作开展提供科学参考。方法 将凉山州彝族地区昭觉县、越西县、美姑县3县2020年的30株结核分枝杆菌进行全基因组测序,使用结核分枝杆菌全基因组序列分析平台分析其菌型、耐药情况、分型特征等,并使用MEGAX完成菌株的进化树构建。结果30株结核分枝杆菌,18株属于Lineage2（东亚系）,12株属于Lineage4（欧美系）;25株未检测到已知耐药突变,为敏感菌株,5株检测到已知耐药突变,主要为利福平耐药。30菌株的进化树形成2个大簇,分属于L2和L4,L2谱系中有3株菌株全基因组序列具有一致性,L4谱系菌株中有2株菌株的全基因组序列具有一致性,此5例菌株都来自于学生人群。结论 该地区流行的结核分枝杆菌为L2和L4谱系菌株,以L2为主,L4为辅,且近期存在学校结核病聚集性事件,该地应加强学校结核病防控工作,控制结核病近期传播。     

全基因组测序技术在结核病分子流行病学中的应用进展

结核病给全球带来了严重的疾病负担,防控结核病具有重要意义.结核病分子流行病学将结核分枝杆菌分型技术与流行病学资料相整合,在研究结核病的传播和流行特点中起到了极其重要的作用.全基因组测序能够构建生物体基因组的完整DNA序列,具有高分辨率、高通量、结果精确等优势,在结核病分子流行病学研究中非常有吸引力和发展潜力.比较全基因...     

2022年湖州市乙型流感病毒全基因组进化特征分析

了解2022年湖州市乙型流感病毒的流行特点,明确流行株与疫苗株的匹配情况及流感病毒全基因组进化特征。随机抽取2022年1—12月湖州地区乙型流感病毒核酸阳性样本进行全基因组测序,采用Bioedit、MEGA 7.0软件对各基因片段进行系统发育及分子特征分析。结果显示,2022年1—4月,乙型Victoria系是湖州市流感流行的唯一流行型别。6株全基因组分析显示均属于乙型流感Victoria系的V1A-2进化族。与世界卫生组织推荐的2022—2023年度疫苗株匹配度佳,HA区有5个氨基酸位点发生变化,且第197位糖基化位点由D变为N;NA区有4个氨基酸位点发生变化,糖基化位点未发生变化。     

泛耐药鲍氏不动杆菌流行株全基因组与特定基因分析

目的调查一株泛耐药鲍氏不动杆菌流行株的遗传学背景,为耐药菌的快速诊断提供参考。方法泛耐药鲍氏不动杆菌WA2859分离自2010年3月住院患者痰液标本,作gyrA与parC基因测序、BLASTn比对确认为鲍氏不动杆菌,采用Illumina HiSeq与Ion Torrent PGM两种大规模并行测序仪进行全基因组分析,再进行人工测序补缺口,并进行了特定基因分析(包含β-内酰胺类、氨基糖苷类抗菌药物获得耐药基因,ISaba1-blaADC、ISaba1-blaOXA-23连锁检测)。结果泛耐药鲍氏不动杆菌WA2859株全基因组测序未获完整序列,得到一条推定的染色体序列,长3 887 116bp(内含两个缺口);推定的质粒序列,长260513bp(内含9个缺口);特定基因检出blaTEM、blaADC、blaOXA-23β-内酰胺类抗菌药物获得耐药基因和aac(6′)-Ⅰb、ant(3′)-Ⅰ、ant(2″)-Ⅰ、aph(3′)-Ⅰ氨基糖苷类抗菌药物获得耐药基因,并且ISaba1-blaADC、ISaba1-blaOXA-23连锁检测均阳性。结论特定基因检测与全基因组测序互为补充,对特定基因检测结果作样本聚类分析并可得到菌株亲缘关系结果,可对临床分离的耐药细菌作快速诊断和分子流行病学研究。     

2022年河南省安阳市本土新型冠状病毒奥密克戎变异株基因组特征

目的 分析安阳市本土新型冠状病毒（新冠病毒,SARS-CoV-2）奥密克戎（Omicron）变异株基因组特征,为掌握安阳市新冠病毒感染的变异变迁特点提供科学依据。方法 通过对2022年11月安阳市报告的13例本土新冠病毒感染病例咽拭子样本进行三代纳米孔测序,获得全基因组序列,应用在线分析平台,判断病毒型别;利用MEGA 11.0软件进行序列比对和分析,构建系统进化树,鉴定特异性变异位点,分析病毒的分子学特征。结果 13株新冠病毒均为Omicron变异株,基因组序列长度分别为29 615 nt～29 752 nt,覆盖度为99.1%～99.7%,共有103个核苷酸突变位点,94个氨基酸突变位点,突变位点分布在新冠病毒的8个基因编码区、5’端非编码区和3’端非编码区;其中S蛋白的突变对新冠病毒变异的影响最大,R346T和C1243F是BF.7.14在S蛋白上特有的氨基酸变异位点,T883I是BA.5.2.49特有的氨基酸变异位点,Q241K是DY.2特有的氨基酸变异位点。13条序列在Pangolin数据库上的分型分别为DY.2、BA.5.2.49和BF.7.14,Nextclade进化分析...