基于网络药理学探讨黄芩治疗痤疮的作用机制

目的 采用网络药理学方法研究黄芩治疗痤疮的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索黄芩的活性成分和靶标,采用GeneCards和在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库筛选痤疮的潜在靶点;通过Cytoscape3.7.1软件绘制黄芩治疗痤疮的“成分-靶点-通路-疾病”网络图,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并对关键靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 从黄芩中筛选出与痤疮有关的活性成分29个,通过干预36个靶点、247条通路治疗痤疮;富集分析显著的生物功能主要为核受体活性、转录因子活性,直接配体调节的序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、四吡咯结合等。KEGG信号通路结果显示,黄芩治疗痤疮的关键基因显著富集在白细胞介素-7(IL-7)信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、松弛素信号通路、磷脂酰肌醇-3激酶蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路等。结论 黄芩主要通过多成分、多靶点、多通路的作用治疗痤疮,而非通过单一机制...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

基于网络药理学研究十全育真汤治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的运用网络药理学方法预测十全育真汤治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、PubMed等相关数据库,筛选出十全育真汤的活性成分及对应靶点;通过GeneCards等疾病数据库筛选出NSCLC相关靶点;将药物靶点与疾病靶点相映射得到十全育真汤治疗NSCLC的靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件筛选出关键活性成分,并构建"药物-靶点-疾病"网络;采用DAVID 6.8数据库分析基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路;采用STRING V11.0数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。结果筛选出十全育真汤治疗NSCLC的关键活性成分26个,包括槲皮素、木犀草素和山柰酚等,关键活性成分对应的靶点182个; GO功能及KEGG富集分析显示,信号通路主要涉及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路和血管内皮生长因子(VEGF)信号通路等15条通路; PPI网络分析显示,十全育真汤治疗NSCLC的核心靶点主要集中在细胞增殖、凋亡、细胞周期、炎症及血管生成等方面。结论十全育真汤治疗NSCLC的作用机制可能与提高免疫、抑制血管生成及促进细胞凋亡等有关。     

大柴胡汤治疗高血压病潜在机制的网络药理学研究

目的:基于网络药理学的研究方法,对大柴胡汤治疗高血压病的作用机制进行预测分析。方法:从中药系统药理学分析平台,根据口服利用度≥30%和类药性≥0.18分析,对大柴胡汤有效活性成分进行筛选;采用Swiss Target Prediction数据库检索成分相对应的靶点,构建"中药-化合物-靶点"网络图;利用OMIM、DisGeNET、PharmGKB等不同数据库检索高血压病相关靶点;进一步对药物和疾病靶点进行相互映射,得到大柴胡汤治疗高血压病的直接作用靶点;运用STRING构建药物-疾病相互作用网络图,进一步通过Cytoscape3.6.1软件中CytoNCA插件筛选出关键靶点;采用ClueGO插件、Funrich软件和生物学信息注释库对直接作用靶点进行GO分析和KEGG通路分析。结果:大柴胡汤筛选得到135个活性成分,涉及170个潜在靶点;1169个高血压病靶点;药物与疾病直接作用靶点84个,涉及55条相关通路。大柴胡汤可能通过白细胞介素-6(interleukin-6 IL-6)、IL-1β、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)、一氧化氮氧合酶(nitric oxide synthase,NOS3)等关键靶点发挥降血压作用;参与TNF信号通路、钙信号通路、VEGF信号通路、神经活性配体-受体相互作用通路等各个途径发挥对血压的调控作用。结论:大柴胡汤治疗高血压病的作用机制涉及高血压病炎症反应、血管内皮功能、钙离子通道转运、神经活性受体诸多方面,为深入阐明其作用机制开辟了新途径。     

基于网络药理学和分子对接探讨苦参治疗房颤的机制

目的 运用网络药理学方法探索苦参治疗房颤的作用靶点与通路及相关分子机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苦参的主要化学成分及作用靶点,根据ADME筛选中药活性组分和作用靶点基因,在Genecards和OMIM数据库中检索房颤(Atrial fibrillation)相关作用靶点基因,对二者进行比较分析,取重复值,得到苦参治疗房颤相关作用靶点;利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。采用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-疾病靶点-通路网络。以苦参活性成分及钠通道阻滞剂雷诺嗪为配体,通过CB-Dock网站分别与SCN5A进行分子对接。结果 苦参治疗房颤的主要靶点有IL-6、AKT1、VEGFA、CASP3、JUN、MAPK1、PTGS2、MMP9、IL-1β、SCN5A,苦参治疗房颤的生物学通路主要为AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。分子对接提示苦参活性成分芸豆球蛋白、大豆抗毒素、木犀草素与SCN...     

二仙汤治疗卵巢早衰作用网络与机制研究

目的:运用网络药理学方法探析二仙汤治疗卵巢早衰(POF)的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选二仙汤活性成分和其作用相关靶点,然后通过毒性与基因比较数据库(CTD)、药物基因组学知识库(PharmGKB)、药物作用靶点数据库(TTD)、基因卡片数据库(Gene Cards)、遗传关联数据库(GAD)等建立POF靶标数据库。基于二仙汤潜在靶标与POF靶标之间的匹配结果,通过Cytoscape软件构建网络图以分析这些靶标之间的相互作用并通过拓扑筛选核心靶标。采用基因组注释数据库(DAVID)对核心靶标进行基因本体(GO)、信号通路富集分析。结果:二仙汤中筛选得到94个活性化合物,及126个与POF对应的靶标。拓扑分析最终得出15个关键靶标,经过GO富集分析显示15个关键基因主要被集中在细胞外信号调节蛋白激酶1/2(ERK1/2)级联的正调控、血管生成、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)级联、凋亡过程的积极调控、磷脂酰肌醇-3-激酶信号转导的调控、炎症反应、对氧化应激的反应等59个显著生物过程,而二仙汤治疗POF可能涉及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、MAPK信号通路、叉头样转录因子(FoxO)信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、促性腺激素释放激素(GnRH)信号通路、Wnt信号通路等55条信号通路。结论:二仙汤治疗POF具有多成分-多靶标-多通路的特点,为进一步拓展POF的药物治疗及二仙汤的临床应用提供了参考方向。     

基于网络药理学探究大泻心汤治疗肺癌的作用机制

目的 运用网络药理学方法探究大泻心汤治疗肺癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取大泻心汤中单味药的活性成分及其靶点。利用疗效药靶数据库(TTD)、DisGeNET数据库查找肺癌相关靶点,使用Cytoscape 3.7.2软件确定该复方治疗肺癌的关键靶标,绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图,同时构建“中药-化合物-靶点-疾病”网络构建图。使用DAVID平台对共同靶点进行基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,并使用Omicshare Tools进行可视化。结果 大泻心汤共筛选获得164个活性成分,与肺癌疾病靶点交集出154个共同靶点,通过筛选共同靶点得到27个关键靶点,主要为信号转导和转录活化因子3(STAT3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)及肿瘤抑制基因TP53等。GO功能分析显示与细胞氧化应激反应、核受体、转录因子调节等有关;KEGG信号通路富集分析得到173条信号通路,主要涉及乙型肝炎、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、小细胞...     

基于网络药理学和分子对接探究枸杞子治疗膝骨关节炎的潜在作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法获取枸杞子有效成分靶点,探究其治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法 利用TCMSP、Uniprot、Gene Cards、OMIM等数据库获取枸杞子有效成分的潜在靶点及KOA疾病相关靶点基因,在DAVID数据库进行GO富集分析与信号通路富集分析,利用微生信在线绘图软件进行可视化分析,借助String数据库及Cytoscape3.9.2软件构建枸杞子活性成分-疾病靶点网络、枸杞子治疗KOA蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,最后运用StoneMIND Collector和Discovery Studio Client 2019对有效成分及主要作用靶点进行分子对接。结果 网络药理学预测显示枸杞子治疗KOA主要活性成分可能为槲皮素、β-谷甾醇、黄豆黄素等,关键靶点为肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6 (IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (AKT-1),通过参与调控晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGEs-RAGE)信号通路、癌症信号通路、白细胞介素17 (IL-17)信号通路发挥治疗作用。分子对接结果提示关键活性成分与关键靶点具有较好的...     

基于网络药理学探讨玫芦消痤膏治疗痤疮的作用机制

目的 采用网络药理学分析方法研究玫芦消痤膏(MXO)治疗痤疮(Acne)的作用靶点及信号通路,探索其作用机制.方法 该研究利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选MXO活性成分和中药靶标,然后使用Uni Prot数据库进行基因名注释,并在Gene Cards数据库中检索痤疮的相关疾病靶标.利用Rversion 3.6.2软件、Cytoscape 3.7.1软件,构建中药-活性成分-靶点多维网络及MXO-Acne互作网络,利用STRING数据库,评估和整合蛋白之间的相互作用.最后利用R语言中Bioc Manager包进行基因本体功能注释及KEGG通路富集分析.结果 共筛选得到MXO活性成分35个,槲皮素、山柰酚、木犀草素、花生四烯酸、β-胡萝卜素、芒柄花黄素、没食子酸和异鼠李素等是关键活性成分;作用靶标基因92个,核心蛋白有Rac-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素(IL)-6、血管内皮生长因子A(VEGFA)、前列腺素内过氧化物合成酶2(PTGS2)和粒细胞趋化蛋白-1(CXCL8)等,主要涉及核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子活性等生物过程,KEGG通路主要富集在TNF、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)、IL-17、AGE-RAGE等信号通路.结论 预测了MXO治疗痤疮的潜在作用机制,为进一步的活性成分研究和实验验证提供了理论依据.     

基于网络药理学探讨左归丸治疗早发性卵巢功能不全机制

目的基于网络药理学分析左归丸治疗早发性卵巢功能不全的有效活性成分,预测其作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台筛选左归丸的活性成分及预测作用靶点,并在Uniprot数据库搜索靶点基因,在GeneCards数据库、CTD数据库、OMIM数据库筛选出早发性卵巢功能不全的靶点基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络和"药物-活性成分-靶点"网络,通过DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析并利用R语言和Cytoscape软件绘图。结果以OB值和DL值两个参数筛选得到83个有效化合物,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇等。与疾病相关的候选作用靶点共181个,关键靶点涉及细胞肿瘤抗原53(TP53)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、转录因子AP-1家族成员(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)。GO富集分析涉及对药物、毒物的应答,基因转录,抑制凋亡等。KEGG通路富集分析显示含靶点数较多的是癌症信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、叉头框蛋白O亚家族信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B通路和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。结论研究通过网络药理学系统探讨了左归丸有效成分对应的靶点,以及治疗早发性卵巢功能不全的作用机制,可为今后基础或临床研究提供科学依据。     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

Network Pharmacology and Molecular Docking Study of Tongmai Zhuyu Decoction(通逐瘀汤) in Treatment of Atherosclerosis

目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨通脉逐瘀汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)、分子机制的生物信息学(BATMAN)数据库、通用蛋白质资源(Uniprot)数据库获得通脉逐瘀汤的活性成分及其作用靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(Gene Cards)数据库、基因疾病关联(DisGeNET)数据库和毒性与基因比较(CTD)数据库获取AS的相关靶点并与通脉逐瘀汤作用靶点取交集;基于Cytoscape软件构建通脉逐瘀汤治疗AS的化合物-靶点-疾病网络并进行网络拓扑学分析;通过检索交互基因搜索工具(STRING)数据库构建靶点蛋白质交互作用(PPl)关系网络并进行网络拓扑学分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接模拟;最终利用Bioconductor中的R包Cluster-profile version 3.12.0对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选到279种活性成分和586个靶点;分子对接模拟发现,川陈皮素、(+)-儿茶素、黄芩素等活性成分与关键靶点的结合活性较好;GO富集分析结果共有1749个GO条目,其中1627个生物过程条目、30个细胞组分条目和92个分子功能条目;KEGG通路富集分析结果共有94条通路,主要有低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路等通路.结论:通脉逐瘀汤可通过多成分、多靶点、多通路参与治疗AS.     

基于网络药理学分析角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台筛选葛根、鹿衔草、羌活的主要有效活性成分及其作用靶点。采用CTD、GeneCards及OMIM数据库获取颈椎病的相关基因靶点,并将其与角药的有效活性成分作用靶点进行交集,获取共同靶点。针对共同靶点,构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,以及蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络,同时进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共获得葛根-鹿衔草-羌活的有效活性成分28个及其靶点86个,与12 097个颈椎病相关基因靶点取交集后得到共同靶点72个。根据PPI网络筛选出白细胞介素6(IL-6)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Caspase3)、雌激素受体1(ESR1)等关键靶点蛋白。GO功能富集分析结果显示,共同靶点主要涉及核受体活性、转录因子活性/直接配体调节的序列特异性、类固醇激素受体活性等生物过程或功能;KEGG通路富集分析结果显示,葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的信号通路主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学探讨逍遥散治疗非酒精性脂肪性肝炎的作用机制

目的通过网络药理学分析逍遥散治疗非酒精性脂肪性肝炎(nonalcoholic steatohepatitis,NASH)的作用靶点及信号通路,探讨其潜在的作用机制。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选逍遥散的活性成分并预测其作用靶点,构建活性成分-靶点网络。通过人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM)、基因组注释数据库(GeneCards)检索NASH的潜在靶点,采用STRING平台获取NASH靶点蛋白相互作用的网络,并对数据进行可视化分析,构建NASH靶点的蛋白互作网络。将逍遥散的预测靶点与NASH靶点重合,其交集靶点即为逍遥散治疗NASH的潜在靶点。继而运用R软件3.6.3进行生物功能及信号通路富集分析。再通过Cytoscape 3.7.1软件构建逍遥散治疗NASH的潜在靶点-信号通路网络。结果筛选出162个逍遥散的活性成分,预测出逍遥散治疗NASH的潜在靶点44个。通过GO及KEGG富集分析,筛选出与逍遥散主要成分相关的信号通路127条。结论逍遥散可能通过降脂、抗炎、抗细胞凋亡等多靶点、多通路发挥对NASH的治疗作用,可为其后续临床疗效评价指标的筛选提供研究方向。     

基于网络药理学分析附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎作用机制

目的 运用网络药理学方法探讨附子-千姜药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制.方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选附子-干姜药对活性成分;通过UniProt数据库获取活性成分的可能作用靶点;采用GeneCards数据库获取溃疡性结肠炎疾病靶点;采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网...     

基于网络药理学和分子对接研究白芍-防风治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接探索白芍-防风治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索白芍-防风活性成分及作用靶点;利用GeneCards、OMIM、TTD数据库检索疾病相关基因,以Uniprot数据库对相关基因标准化;运用Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点-疾病网络图;用STRING数据分析蛋白相互作用(PPI);应用DAVID数据库对关键靶基因进行GO与KEGG富集分析;用AutoDock和Pymol将核心有效成分β-谷甾醇、山柰酚、汉黄芩素与关键靶标进行分子对接。结果 白芍-防风药对共筛选出33种活性成分,潜在的药物靶标108个,与UC的交集靶点54个。其中山柰酚与UC交集基因数目27个、汉黄芩素27个、β-谷甾醇11个。白芍-防风药对与UC交集的核心靶点26个,主要作用于AKT1、IL6、TP53、MAPK8等基因,涉及NF-κB信号通路、PI3K-Ak信号通路和MAPK信号通路。结论 白芍-防风可能通过山柰酚、β-谷甾醇和汉黄芩素等活性成分作用于多个炎症和免疫相关的分子靶点和信号通路治疗UC。     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

基于网络药理学研究鸡血藤治疗骨质疏松的分子作用机制

目的预测鸡血藤在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的主要活性成分的作用靶点,来探究其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索鸡血藤的化学成分及作用靶点。借助GeneCards、 NCBI等数据库检索OP相关基因。应用STRING数据库构建蛋白质相互作用关系网络,并进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,应用cytoscape3.8.0中进行中药-成分-疾病-通路-靶点网络图的绘制,并针对关键靶点进行分子对接以验证结果的可靠性。结果化合物靶点关系网络包括24个化合物和对应的88个靶点,其中涉及关键靶点包括ATK1、VEGFA、IL-6、MAPK1等。GO功能富集分析得到1937条生物过程,113项分子功能相关,62项细胞组成相关。在KEGG通路富集筛选得到144条信号通路。分子对接结果显示,筛选出的潜在活性成分与关键靶点之间具有较高的结合活性。结论鸡血藤中活性成分主要通过ATK1、VEGFA、IL-6、MAPK1等靶点调节相关通路来治疗骨质疏松,研究体现了鸡血藤"多成分-多靶点-多途径"的作用特点,为鸡血藤临床应用和进一步开发提供了科学依据。     

柴胡多组分协同治疗乳腺癌作用机制的网络药理学研究

目的:运用网络药理学方法筛选柴胡治疗乳腺癌的有效成分和作用靶点,探究其成分-靶点-疾病的关系。方法:通过中药系统药理学数据库信息挖掘及文献检索收集筛选柴胡的活性成分;多个数据库联用筛选柴胡的作用靶点及乳腺癌疾病相关基因,构建成分靶点-疾病靶点的可视化网络拓扑关系图,筛选出核心靶点。进一步进行蛋白互作网络分析、GO生物学过程富集、信号通路富集分析。结果:柴胡的11个活性成分可通过调控PTGS2、NOS2、AR、ESR2等52个乳腺癌疾病靶点,影响类固醇激素受体活性等生物学过程及内分泌抵抗、铂耐药、乳腺癌相关信号通路,从而发挥治疗乳腺癌的作用。结论:本研究初步验证了柴胡治疗乳腺癌的靶点及作用方式,可为进一步揭示其作用机制奠定基础。     

基于黄芩汤治疗结直肠癌作用机制的网络药理学和分子对接分析

目的：通过网络药理学和分子对接技术分析黄芩汤治疗结直肠癌（CRC）的潜在作用靶点,阐明其相关分子机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）构建黄芩汤活性成分和作用靶点数据集,通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传（OMIM）、药物遗传学和药物基因组学知识库（PharmGKB）等数据库构建CRC疾病相关靶点数据集。利用R软件、Cytoscape软件和STRING数据库构建药物-疾病靶点交集、黄芩汤中药复方调控网络和蛋白-蛋白互作（PPI）网络。利用R软件和Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用AutoDock和PyMol软件进行分子对接验证,评估配受体结合情况。结果：筛选黄芩汤有效活性成分136个,黄芩汤治疗CRC的潜在靶点242个,核心靶点18个,基于信号通路分析获得CRC密切相关核心关键靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、原癌基因FOS、肿瘤蛋白P53 (TP53)和原癌基因MYC。GO功能富集分析,主要参与多种细胞应激反应的生物过程。KE...