基于网络药理学分析荆芥—防风药对的分子作用机制

目的:基于网络药理学,探讨"荆芥-防风"药对的功效物质基础和配伍药理机制.方法:采用网络药理学方法,利用网络数据库检索荆芥-防风药对中的化学成分及其作用靶点;利用STRING平台构建蛋白互作网络(protein protein interaction,PPI),依据度值和介数挑选关键靶蛋白;利用DAVID数据库对关键靶...     

荆芥-防风药对治疗荨麻疹作用机制的网络药理学研究

目的基于网络药理学方法探讨荆芥-防风药对治疗荨麻疹的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索荆芥、防风的化学成分和作用靶点,运用UniProt数据库查询靶点对应的基因,以Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点(基因)网络。借助OMIM、Digsee、TTD等数据库查询荨麻疹相关的基因,运用Venny 2.1.0筛选出荆芥-防风与荨麻疹的交集基因,并将筛选出的核心靶标蛋白导入STRING在线网站数据库,获取蛋白相互作用关系。运用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果化合物-靶点网络包含26个化合物和208个相应靶点,关键靶点涉及前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、二肽激肽酶4(DPP4)、凝血因子Ⅱ(F2)、热休克蛋白HSP90α(HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1)等。荆芥-防风与荨麻疹蛋白质相互作用网络包含18个蛋白,关键蛋白涉及白介素2(IL2)、干扰素γ(IFNG)、白介素4(IL4)等。GO分析得到GO条目16个(靶点基因富集度>55%),其中生物过程(BP)条目13个,细胞组分(CC)条目3个;KEGG分析得到17条信号通路(P<0.05)。结论荆芥-防风药对可能通过RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、IL4、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点调节炎症细胞因子,并调控FCεRI信号通路、T细胞受体信号通路、Jak-STAT信号通路等发挥治疗荨麻疹的作用。     

基于网络药理学与分子对接探究复方鱼腥草合剂抗COVID-19的作用机制

目的 利用网络药理学与分子对接探究复方鱼腥草合剂抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能作用机制.方法 在中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)收集并筛选复方鱼腥草合剂组方中各味药材的成分及对应的靶标.采用Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶标网络,对靶标进行GO和KEGG富集分析,最后借助计算机虚...     

基于网络药理学探寻淫羊藿治疗哮喘的关键靶标及作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接方法,系统挖掘淫羊藿治疗哮喘的关键靶标及作用机制。方法:利用多种数据库寻找淫羊藿的活性成分与作用靶标,建立预测模型并利用分子对接技术对靶标进行筛选与验证;查找疾病数据库得到哮喘相关靶标;构建靶标互作网络筛选关键靶标;利用数据库进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析;构建生物网络并进行拓扑分析。结果:通过筛选得到白细胞介素(Interleukin,IL)-6、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、血管内皮生长因子A(Vascular Endothelial Growth Factor A,VEGFA)等10个关键靶标,富集的通路有IL-17信号通路、TNF信号通路、缺氧诱导因子(Hypoxia-inducible Factor,HIF)-1信号通路等66条,功能信息共得到446条,包括参与炎症反应、调控细胞增殖与细胞凋亡等。结论:淫羊藿中的活性成分靶标及作用通路在对抗炎症反应、逆转气道重塑方面均表现出显著富集,与治疗哮喘的作用机制相符合,在哮喘防治方面具有广阔的发展前景。     

基于网络药理学分析厚朴抗抑郁的物质基础及其作用机制

目的:采用网络药理学方法探讨厚朴抗抑郁的物质基础及作用机制。方法:通过中国知网,Sci Finder,中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)等数据库收集厚朴药材的主要化学成分;通过BATMAN-TCM数据库筛选出药物成分潜在作用靶标;基于HPO数据库筛选出抑郁疾病相关靶标;采用String数据库对药物成分潜在靶标与抑郁症靶标进行蛋白质相互作用分析,筛选抗抑郁化学成分及其相关靶点,并通过David数据库对其结果进行功能富集分析。基于以上结果,采用Cytoscape v3. 5. 1软件网络化展现厚朴抗抑郁的"药物靶标-疾病靶标""化学成分-靶标-信号通路"的网络关系图,并通过网络拓扑分析从中筛选出关键靶标并对其进行"成分-靶标蛋白"的分子对接验证,进一步明确关键抗抑郁成分及其靶点。结果:从厚朴收集得到的138种化学成分中筛选得到16个与抑郁症相关的活性成分,涉及74个关键作用靶标;分子对接分析结果表明,与其他成分相比,16种活性成分中的α-衣兰油烯等10种挥发性成分与"药物靶标-疾病靶标"相互作用网络图中的5种关键靶标(degree排名前5)胰岛素受体(INSR),丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1),鸟嘌呤核苷酸结合蛋白α抑制3(GNAI3),磷脂酰肌醇3-激酶受体1(PIK3R1),选择性受体B1(GNB1)均具有较好的结合活性;并且该类成分与目前治疗抑郁症化药的直接靶标毒蕈碱型乙酰胆碱受体M2(CHRM2),5-羟色胺受体(HTR) 2B和HTR2C也均具有较好的亲和活力;通路富集分析结果表明厚朴抗抑郁作用可能通过调节神经营养因子信号通路,MAPK信号通路,钙离子信号通路,神经活性配体-受体相互作用等发挥作用。结论:该研究从网络药理学的角度初步揭示了厚朴抗抑郁的药效物质基础及作用机制,筛选得到16个与抑郁症相关的活性成分,可为抗抑郁药物的开发以及厚朴抗抑郁质量标志物的发现提供参考。     

杜仲治疗股骨头坏死分子机制的网络药理学研究

目的:基于中药网络药理学理论与生物信息学研究方法,探讨杜仲治疗股骨头坏死的潜在分子作用机制.方法:通过中药系统药理学成分分析平台BATMAN-TCM预测杜仲的活性成分及治疗作用靶点,与GeneCards、Gene、GAD等人类基因数据库获取的股骨头坏死作用靶点取交集,获得最终的靶标基因,通过STRING构建靶标基因间蛋...     

基于网络药理学的黄蛭口服液治疗心肌缺血再灌注损伤机制研究

目的:采用网络药理学方法探讨黄蛭口服液治疗心肌缺血再灌注损伤的可能作用机制。方法:利用中国系统药理学平台检索获取黄蛭口服液中主要药物活性成分,采用DRAR-CPI服务器、GeneCards和DisGeNET数据库筛选出与黄蛭口服液治疗心肌缺血再灌注损伤相关的作用靶标,用Cytoscape 3.5.1软件构建黄蛭口服液活性成分-心肌缺血再灌注损伤靶标网络并进行相关分析,结合String数据库和Cytoscape 3.5.1的NetworkAnalyzer工具绘制蛋白相互作用关系,通过Systems Dock Web Site对作用靶点与活性成分进行分子对接,利用GO和KEGG富集分析研究黄蛭口服液的作用机制,并绘制活性成分-作用靶标-生物通路多维网络。结果:筛选出黄蛭口服液活性成分13个作用于73个靶标,主要通过改变蛋白结合作用和调节PI3K-AKT、HIF-1、TNF等信号通路来发挥治疗心肌缺血再灌注损伤的作用。结论:本研究初步验证了黄蛭口服液治疗心肌缺血再灌注损伤通过多种活性成分和靶点来发挥作用,为后续机制研究提供理论基础。     

基于网络药理学和生物信息学分析金花茶花抗乳腺癌的药效物质基础及潜在机制

目的:基于网络药理学和生物信息学手段,研究金花茶花抗乳腺癌的药效物质及可能机制。方法:通过检索文献和Swiss TargetPredition数据库收集金花茶花的活性成分和相应靶标,从DisGeNET、TTD、DrugBank、GEO和TCGA数据库获取乳腺癌相关靶标。使用ClusterProfiler包进行GO功能和KEGG通路富集分析。通过Cytoscape数据库构建PPI网络,经拓扑分析及预后价值分析筛选出核心成分和关键靶标。最后利用AutoDock Vina对核心成分和关键靶标进行分子对接。结果:通过匹配获得潜在靶标109个,对应36个活性成分,拓扑分析筛选出6个核心成分。GO分析和KEGG富集分析表明,金花茶花通过PI3K-Akt、MAPK、Ras和Rap1等信号通路富集发挥抗乳腺癌作用。生存分析获得11个关键靶标(ESR1、VEGFA、CASP3、SRC、ERBB2、MDM2、PI3KCA、PGR、PPARG、AR、MMP9)。分子对接结果表明,金花茶花核心成分与关键靶标蛋白具有良好的结合作用。结论:该研究初步揭示了金花茶花抗乳腺癌的药效物质、作用靶标和潜在机制,发现其作用...     

基于网络药理学的四物汤治疗原发性痛经的作用机制研究

该文通过网络药理学研究预测四物汤治疗原发性痛经的多成分、多靶标、多途径作用机制,建立其"化合物-靶标-通路-疾病"的网络药理研究模式。利用网络药理学方法,针对已报道的四物汤活性成分,采用Swiss Target Prediction服务器依据反向药效团匹配方法预测四物汤活性成分靶标,并通过DrugBank,OMIM,TTD等数据库筛选出FDA批准的治疗原发性痛经靶标。通过对靶标的KEGG通路富集分析,采用Cytoscape软件构建四物汤"成分-靶标-通路-疾病"网络。网络分析表明,20个活性成分共涉及通路114条,预测出16个成分、16个靶标蛋白和24条通路与原发性痛经相关。四物汤可能通过作用于激素调节、中枢镇痛、解痉、炎症及免疫相关的蛋白靶标及通路,起到治疗原发性痛经的作用。该研究初步揭示了四物汤治疗原发性痛经的潜在活性成分及其可能的作用机制,为进一步的药效物质基础和作用机制实验研究提供了理论依据。     

基于网络药理学探析水陆二仙丹治疗糖尿病肾病蛋白尿的作用机制

目的:基于网络药理学探讨水陆二仙丹治疗糖尿病肾病(DN)蛋白尿可能的作用机制及原理.方法:通过TCM-SP平台检索获取水陆二仙丹中2味药的有效化学成分以及各化合物潜在作用靶点,利用GeneCards数据库筛选DN功能相关的靶标,将药物、有效成分、共同靶标导入Cytoscape 3.6.1.运用Cytoscape软件绘制"药物-疾病-靶点"可视化网络,利用软件分析功能得到主要药效成分及靶点.将药物作用靶点与DN功能相关靶点交集结果导入STRING10.5平台,构建"药物-靶标"蛋白相互作用(PPI)网络,利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析.结果:挖掘出5种活性成分、116个相关靶点与本方治疗DN相互关联,其中PPI网络图显示核心靶标AKT1、IL6、MAPK8、VEGFA、MAPK1等;KEGG结果表明主要作用于AGE-RAGE信号等氧化应激相关通路.结论:网络药理学可科学预测水陆二仙丹治疗DN的主要作用机制,水陆二仙丹可能是通过对AGE-RAGE-NF-Kb/Ap-1调控轴为中心等多个靶点的抗氧化应激抑制作用控制DN蛋白尿.     

基于网络药理学研究甘草-石榴皮复配抗紫外线致皮肤光损伤的保护作用机制

目的:应用网络药理学的方法及工具研究甘草-石榴皮复配的潜在协同保护皮肤光损伤作用机制,为中药复方现代化及新药创新发现提供依据。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库结合所查文献,获得甘草-石榴皮复配后的活性成分及所对应的靶标;将所得靶标输入蛋白质数据库(UniProt)中,查询靶标对应的基因名称。通过检索疾病相关网站CTD数据库,GeneCards数据库以及OMIM数据库,获取防晒相关靶标;通过在线String数据库分析作用靶标之间的相互作用关系,筛选出预测的核心作用靶标。利用DAVID数据库,进行预测靶标的基因本体(GO)基因功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.6.1软件做网络图;利用在线网站Draw Venn Diagram将疾病靶标与药物预测靶标之间的关系用Venn图呈现;利用R Studio软件绘制GO富集和KEGG通路富集分析图。通过GOLD软件进行活性成分与核心靶标之间的分子对接。结果:收集到甘草-石榴皮复配活性成分16个,包括甘草素、甘草苷、山柰酚、槲皮素等。主要涉及蛋白激酶B1(AKT1),白细胞介素(IL)-6,血管内皮生长因子A(VEGFA),肿瘤坏死因子(TNF),抑癌基因(TP53)这5个核心靶点,涉及乙型肝炎,癌症信号通路,弓形虫病,美国锥虫病,肿瘤坏死因子信号通路等通路发挥防晒作用。结论:该研究基于网络药理学的方法,初步探究了甘草-石榴皮复配后的皮肤光保护作用靶标与通路,进一步印证了中药多成分、多靶点治疗疾病的特点,为中药复方的现代化研究提供一定的科学思路。     

基于网络药理学探讨固本平喘剂治疗支气管哮喘的作用机制

目的：基于网络药理学方法筛选固本平喘剂(补骨脂、地龙、防风)中的主要活性成分,探讨其治疗支气管哮喘的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库TCMSP数据库、中药与化学成分数据库,筛选固本平喘剂的活性成分及靶标。利用Genecards、OMIM数据库获得支气管哮喘的潜在靶标基因。将两者靶基因进行映射后通过Cytoscape3.6.1软件构建“成分-靶标”网络、结合String数据库构建蛋白质相互作用网络扩充核心靶点。依托功能注释生物信息学分析平台DAVID数据库对固本平喘剂的作用靶点进行基因本体(gene ontology, GO)生物学过程和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集注释分析,通过Autodock vina软件进行分子对接以验证结果。结果：符合筛选条件的共有53个活性成分,补骨脂18个,地龙17个,防风18个,筛选得到固本平喘剂关键成分,包括补骨脂黄酮类、补骨脂查耳酮类、汉黄芩素、补骨脂酚、β-谷甾醇等;通过GenCards、OMIM数据库剔除重复后,共收集支气管哮喘潜在靶点2 358个。将固本...     

基于网络药理学-分子对接-实验验证的地锦草效应物质基础与作用机制研究

目的 研究地锦草“清热解毒、凉血止血、利湿退黄”的物质基础与作用机制。方法 采用网络药理学方法,通过TCMSP、 SymMap、 CNKI、 PubMed筛选地锦草的活性成分;通过GeneCard、 TCMSP、SymMap、SwissTargetPrediction获取地锦草活性成分的作用靶标;利用SymMap将地锦草传统功效与现代疾病相关联,并通过GeneCard检索疾病对应靶标;利用STRING对地锦草成分-疾病交集靶标进行相互作用分析得到地锦草潜在靶标相互作用网络关联图;采用DAVID数据库对潜在靶标进行GO分析和KEGG信号通路富集分析;导入Cytoscape软件构建地锦草“功效-疾病-通路-靶标-活性成分”网络关联图。采用Autodock软件对关键活性成分和潜在靶标进行分子对接以验证网络分析结果的可靠性,并通过抗炎、凝血、抗肿瘤实验验证网络分析结果的准确性。结果 地锦草“清热解毒、凉血止血、利湿退黄”三种传统功效分别对应现代医学疾病中的痢疾、出血及黄疸。通过网络药理学研究,得到地锦草的潜在活性成分20个,治疗痢疾、出血及黄疸的潜在靶标分别有26、69、45个,富集于炎症、凝...     

基于网络药理学探究红花注射液治疗原发性痛经的作用机制

目的 基于网络药理学探究红花注射液治疗原发性痛经的作用机制.方法 利用网络药理学技术筛选红花注射液治疗原发性痛经的潜在活性成分及靶点,构建"活性成分-潜在靶点"网络和潜在蛋白互作网络.筛选核心靶标,并对潜在靶点进行GO分析、KEGG通路富集及与临近基因的富集分析.建立原发性痛经大鼠模型,考察红花注射液干预后相关通路蛋白...     

基于网络药理学方法探索葛根-丹参药对治疗冠心病心绞痛的作用机制

目的 基于网络药理学探索葛根-丹参药对治疗冠心病心绞痛的作用机制.方法 借助多个在线数据库筛选并预测葛根-丹参药对活性成分及治疗治冠心病心绞痛的作用靶标.借助STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络;通过Uniprot数据库获取靶标蛋白的基因名称,利用DAVID在线工具进行潜在基因的GO分析及KEGG富集通路...     

基于网络药理学研究人参、川芎药对有效成分抗动脉粥样硬化的作用机制

目的探讨人参、川芎药对有效成分抗动脉粥样硬化的作用机制。方法通过PubMed、CNKI、中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP数据库检索人参总皂苷、川芎嗪化学成分,构建化学成分数据库。通过BATMAN-TCM平台预测成分靶标,并预测疾病靶标,利用Cytoscape 3. 6. 1软件进行核心靶标筛选、GO基因及KEGG通路富集分析,构建药物成分-作用靶标-代谢通路网络图,探讨其抗动脉粥样硬化的作用机制。结果本研究收集化学成分17个,筛选成分-靶标PPI网络有464个节点,214832条连接。药物-疾病核心靶标17个,GO基因富集分析提示涉及生物过程、分子功能2个方面,KEGG通路富集分析潜在调控通路有PPAR通路、脂肪细胞因子信号通路及胆汁酸分泌,且发掘靶标、通路中多个与肥胖相交叉,其中PPARγ/PGC-1α/UCP1信号通路能够通过促进白色脂肪棕色化发挥抗动脉粥样硬化作用。结论人参、川芎有效成分可能通过PPARγ/PGC-1α/UCP1信号通路促进白色脂肪棕色化,改善动脉粥样硬化。     

基于生物信息学与系统药理学的斑蝥药理分子机制研究

目的:通过生物信息学和系统药理学方法、数据库和工具初步探讨斑蝥有效成分的药理作用的分子机制。方法:利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取斑蝥中有效成分及其有效成分的潜在靶标,并进一步获取这些靶标对应的疾病;运用网络可视化软件,构建斑蝥有效成分-靶点-疾病相互作用网络;借助DAVID工具进行斑蝥靶标群作用的生物学功能(GO分析)和信号通路的富集分析(KEGG分析),并运用OmicShare网络工具进行可视化;制作并分析斑蝥靶标的蛋白质相互作用(PPI)网络,将其GO分析结果可视化。结果:斑蝥主要相关疾病有癌症/肿瘤、炎症与感染、神经系统类、心血管类和代谢类;GO分析结果表明斑蝥主要通过类固醇激素介导的信号通路、腺苷酸环化酶调节G蛋白偶联受体信号通路、细胞增殖等作用发挥生物学功能;信号通路富集结果表明斑蝥主要作用蛋白与神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、PI3K-Akt信号通路等多途径发挥其药理作用;通过蛋白质相互作用,斑蝥靶标还可以影响来自RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始、细胞内受体信号通路等生物学过程。结论:本研究结果与已有的斑蝥药理机制和应用是一致的,且更丰富。这能为进一步揭示和完善斑蝥的分子药理作用机制、开发新药和发现可能的新用法等提供指导。     

基于网络药理学及分子对接技术的小柴胡汤抗抑郁的作用机制研究

目的 基于网络药理学及网络对接技术探究小柴胡汤抗抑郁的作用机制,建立小柴胡汤-体内作用靶标-疾病的网络作用关系图。方法 基于网络药理学技术对小柴胡汤的入血成分进行分析,预测小柴胡汤方剂抗抑郁的体内作用靶标,并通过网络对接技术明晰和验证成分与靶标的结合位点,可视化成分-靶标-疾病及结合过程。阐明小柴胡汤抗抑郁的作用机制。结果 通过文献和数据库检索初步确定黄芩苷和黄芩素两个入血成分在体内的行为良好,具有成为有效成分的可能。经过分子对接及筛选获取3个与抑郁症相关的体内直接作用靶标,分别为γ-氨基丁酸A受体、γ-氨基丁酸C受体拮抗剂和5羟色胺释放抑制剂,经代谢通路富集分析可知,小柴胡汤主要涉及神经活性配体-受体相互作用、5-羟色胺突触等生物过程。结论 本研究初步从网络药理学角度揭示了小柴胡汤体内相关作用靶标及代谢通路,为进一步研究小柴胡汤抗抑郁的药效物质基础及作用机制提供理论依据。     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗支气管哮喘的作用机制

目的:运用网络药理学筛选玉屏风散治疗支气管哮喘的作用靶标及信号通路,为临床治疗提供有力依据。方法:利用TCMSP筛选中药活性成分和有效成分靶点信息。利用Uniprot数据库和Excel找出有效成分靶点信息基因名。在Gene Cards、OMIM、Drugbank数据库搜集疾病相关靶标,采用Venny软件对中药靶点基因与疾病靶点基因取交集,得到Venny交集图。将各个中药靶点基因共同输入Cytoscape软件,得到中药-靶标调控网络。通过String软件构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络。将中药-疾病共同靶点基因进行GO和KEGG功能富集分析,采用Cytoscape软件做出共同靶点通路。结果:筛选得到玉屏风散治疗支气管哮喘的主要活性成分17个,中药-疾病共同靶点基因114个,推断其作用机制可能与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、癌症途径、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等相关,并且可能起到关键作用。结论:基于网络药理学探讨玉屏风散治疗支气管哮喘的作用机制,有利于临床治疗。     

基于网络药理学探讨新伤丸治疗膝骨性关节炎的分子作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨新伤丸治疗膝骨性关节炎(Knee Osteoarthritis,KOA)的潜在分子作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索新伤丸中16个药味中含有的活性成分,筛选有效活性成分及其潜在作用靶点;运用GeneCards数据库获取与KOA相关的靶标基因,采用Cyt...