生物芯片技术及其在肿瘤研究中的应用进展

生物芯片是近几年来发展起来的一项新兴生物技术，用芯片制作的仪器具有体积小、便于携带，无污染，分析速度快、所用样品少等优点，广泛应用于基因表达分析、新基因发现、基因组文库作图、基因突变及多态性分析，疾病诊断、药物筛选，基因测序等领域，本文就其在肿瘤研究中的应用，存在的问题及发展前景作一简要综述。     

生物芯片技术及其在肿瘤研究的应用进展

生物芯片是近几年来发展起来的一项新兴生物技术，它将大量的核酸或蛋白质等的探针同时有序的固化于固相支持物表面，然后与样品进行杂交，可以实现对核酸，蛋白，细胞等生物组分进行快速，准确，平行，大量的检测，这些芯片具有体积小，便于携带，无污染，分析速度快，所用样品少等优点；广泛应用于基因表达分析。新基因发现，基因组文库作图，基因突变及多态性分析，疾病诊断，药物筛选，基因测序等领域。本文就其技术原理，操作步骤，在肿瘤研究中的应用，存在的问题及发展前景作一简要综述。     

淋巴瘤相关基因C9orf41的研究

  目的 为了探讨淋巴瘤发生的分子机制及有关的基因改变，研究淋巴瘤与反应性增生淋巴结的基因表达差异。方法 采用生物信息学方法对一条淋巴瘤高表达新基因C9orf41进行初步分析。分别将淋巴瘤淋巴结标本和反应性增生淋巴结标本的mRNA与表达谱芯片杂交，通过信号扫描、处理后获得两者的表达差异基因。并用生物信息学方法对一条新基因C9orf41进行初步分析，预测了其基因结构、染色体定位、编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位、蛋白质功能域等信息。并对多物种中的相似性蛋白进行系统进化分析。结果 表达谱芯片发现了152条差异表达基因。对淋巴瘤相关新基因C9orf41的上述性质进行了有效的预测，基本明确了该基因编码蛋白为一线粒体蛋白。结论 新基因C9orf41可能与淋巴瘤发生有关，应作进一步的功能研究。     

卵巢癌生物学研究进展

卵巢癌生物学研究进展王志民，季有信综述王书元审校目前，卵巢癌生物学研究的焦点在于分析肿瘤的基因及基因表达，以解释肿瘤的生长、浸润、转移及肿瘤的耐药等问题，指导临床用药以及应用基因预防和治疗卵巢癌。本文就此方面的研究现状予以综述。各种类型的卵巢上皮细胞...     

生物信息学分析食管癌关键基因的表达及其临床意义

目的：采用生物信息学技术，从基因表达综合数据库(GEO)中挖掘食管癌(ESCA)异常表达基因，探讨该基因在食管癌中的表达及临床意义。方法：用R语言中的GEOquery包从GEO数据库中下载ESCA芯片数据集GSE38129、GSE20347，经sva包对数据集去除批次效应后，使用Limma包对标准化数据集进行差异表达基因(DEGs)筛选，利用cluster Profiler包对DEGs进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，在STRING网站对DEGs进行蛋白互作网络分析(PPI)，利用MCODE和Cyto Hubba插件提取核心模块及核心基因(Hub gene)。在阿拉巴马伯明翰分校癌症数据库(UALCAN)输入Hub gene分析其表达水平与食管癌分期、甲基化水平及TP53突变等的关系，最后借助芯片数据GSE70409对核心基因进行验证。结果：在标准化数据集中筛选出390个DEGs，其中上调166个，下调224个。GO分析得出，它们主要参与有丝分裂细胞周期相变、细胞外基质生成、表皮发育等生物学过程。KEGG富集分析显示DEGs与细胞周期、...     

抑癌基因P53专题文献计量研究

Ｐ５３基因是与人类肿瘤关系最为密切的肿瘤抑制基因，有大量相关论文发表。为了探索这一专题的研究现状及趋势，作者根据文献计量方法，利用中国医科大学编制的统计分析软件，对世界权威医学数据库ＭＥＤＬＩＮＥ收录的该专题１９９１－１９９６年的全部相关论文进行主题词及副主题分析。结果表明，研究主要集中在Ｐ５３生物活性及作用机理，Ｐ５３突变的流行病学研究及突变谱分析等方面。不同肿瘤各有研究侧重，且每年都有新热点。     

基因芯片技术在骨肉瘤研究中的进展

肿瘤的发生发展是一个复杂过程，往往涉及多个基因的改变，包括正常基因的突变或缺失，癌基因的异常扩增和表达以及多个基因的协同作用，加之基因本身多效性和机体免疫因素，最终决定肿瘤表型的表达与否。骨肉瘤是一种起源于间叶组织的骨原发性恶性肿瘤，治疗困难，死亡率高，其早期转移是造成患者死亡的主要原因，对骨肉瘤发生、发展、转移等相关基因的研究，将对其发病的分子生物学机制、早期诊疗和预后判断等方面发挥重要作用。基因芯片这一高通量基因表达分析平台，能在一张芯片上于同一实验条件下同时筛检众多基因的差异表达，为肿瘤的基础和临床研究开辟了新的途径，近年来，已越来越多地应用于骨肉瘤研究。     

NK／T细胞淋巴瘤的基因研究进展

NK／T细胞淋巴瘤是一种新近认识的恶性淋巴瘤。研究发现它存在T细胞受体基因重排、抑癌基因失活和凋亡基因紊乱等，对其进一步研究，将对这一恶性肿瘤的诊断、治疗及预后评估大有裨益。     

基于基因芯片技术初步探讨NAT2与晚期胆管癌预后的相关性

目的:寻找与胆管癌预后密切相关的关键基因，探索该基因与胆管癌预后的临床相关性。方法:在GEO数据库中检索胆管癌表达谱芯片，通过GEO2R分析得到在不同芯片数据中均差异表达的关键基因，将差异基因利用DAVID数据库进行GO生物学过程富集分析和KEGG通路富集分析，并利用TCGA数据库及OncoLnc在线生存分析明确差异基因与胆管癌预后的关系，通过临床数据验证这一相关性，并由STRING数据库对可能机制进行探索，为后续研究提供方向。结果:检索到3个胆管癌相关基因芯片，通过差异分析得到127个基因在3个基因芯片中均有差异表达，GO富集及KEGG通路分析显示差异基因主要参与氧化还原、细胞色素P450途径、叶酸代谢等过程，TCGA、OncoLnc在线生存分析提示NAT2与胆管癌预后密切相关。收集临床经晚期标准化疗的胆管癌患者组织及血液学样本38例，采集临床数据并送检SNP基因测序，结果显示NAT2突变型的疾病控制率为76.19%，显著高于野生型的35.29%，差异有统计学意义（P<0.05），提示突变型NAT2预后较好。利用STRING数据库对NAT2基因进行蛋白互作分析，推测NAT2、CYP2E1、p53三者之间存在交互作用影响胆管癌的预后，但具体机制尚不明确，有待进一步研究。结论:NAT2不同基因型与胆管癌预后关系密切，NAT2突变型患者预后较好，但其作为临床预测指标的可行性及具体作用机制尚需进一步研究。     

Rb、p53基因与PCNA在膀胱癌中异常表达的意义

 目的　检测膀胱癌中Rb、p53基因及核细胞增生抗原（PCNA）的表达，探讨其与膀胱癌病理分级、临床分期及预后的关系。方法　采用免疫组织化学方法检测60例老年人膀胱癌组织中Rb基因、突变型p53基因及PCNA的表达。结果　60患者中，p53、PCNA阳性表达者均为24例（40 %），Rb异常表达者27例（45.0 %）；30例（50.0 %）膀胱癌患者同时有多个基因的表达异常。多种基因的异常表达与膀胱癌的病理分级、临床分期及复发有密切关系。结论　肿瘤的多基因分析比单基因分析更有价值。Rb基因 、p53基因及PCNA异常表达及协同作用可能在膀胱癌的发生、发展中起重要作用。     

美发现新的抑癌基因NOEY2

休斯顿德克萨斯大学M．DAnderson癌症中心的Bast医师等发现一种称为NOEYZ的新基因。该基因的缺失与40％以上的乳腺癌及卵巢癌有关联。体外实验结果显示，将NOEYZ基因导入癌细胞时，op％癌细胞停止分裂与生长。Bas医师称，每人体内继承有2个拷贝的NOEYZ。在印亥l］过程中，从母亲遗传下的拷贝基因隐消失活，仅剩下另一个功能性拷贝基因。有40％的乳腺癌及卵巢癌细胞缺少摔种功能性拷贝基因。研究者还观察到，另外扣％的癌细胞中，虽然具有2个拷贝的NOEYZ基因，但其正常功能性的拷贝基因不产生或产生极少量的抑癌蛋白质。Bas医师等…     

LASS2基因抑制HCCLM3肝癌细胞的转移

目的：探讨LASS2基因对HCCLM3肝癌细胞转移的影响。方法：Northern blot分析高转移潜能肝癌细胞系HCCLM3和低转移潜能肝癌细胞系MHCC97-L中LASS2基因的mRNA水平。构建包含LASS2基因编码框的真核表达载体pCMV—HA2-LASS2，通过脂质体转染HCCLM3细胞，经G418筛选，建立稳定表达LASS2基因的HCCLM3细胞株。通过分析LASS2在HCCLM3中过表达后，HCCLM3细胞在迁移、侵袭等转移能力上的改变，Western blot、明胶酶谱及原位酶谱分析MMP-2合成、分泌、激活的变化。结果：Northern blot显示，HCCLM3细胞中LASS2基因的表达水平低于MHCC97-L细胞。当LASS2基因过表达后，HCCLM3细胞的迁移及侵袭能力受到显著抑制（P〈0．001），虽然细胞内MMP-2的合成未改变，但细胞MMP-2的分泌及MMP-2的激活均受抑制。结论：LASS2基因可下调MMP-2的分泌及激活，可使肝癌细胞HCCLM3的转移能力受到明显抑制，提示LASS2基因对肝癌细胞HCCLM3的转移具有抑制作用。     

基于Oncomine和GEPIA数据库分析NFE2L3基因在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的:通过数据库挖掘分析NFE2L3基因在胃癌组织中的表达水平及其临床意义。方法:通过Oncomine数据库和GEPIA网站分析NFE2L3基因在胃癌组织中的差异性表达及其与生存预后关系；胃癌与正常组织的表达采用t检验分析，采用单因素方差分析胃癌不同临床分期的表达差异，使用Pearson指数分析胃癌相关研究，使用Kaplan-Meier数据分析胃癌患者生存及预后情况，并通过String数据库分析NFE2L3基因上下游的蛋白相互作用及调控关系。结果:胃癌组织中NFE2L3 mRNA表达水平显著高于胃正常组织；GEPIA分析发现高表达的NFE2L3基因与错配修复基因MSH2、MSH6、PSM2有关(P＜0.05)，与错配修复基因PMLH1无明显意义（P＞0.05），NFE2L3与胃癌临床分期无相关性，但是高表达的NFE2L3基因与低生存率及不良预后有关(P＜0.05)。蛋白质分析网络显示NFE2L3可能与HCFC1、OSBPL3、OSBPL6、HNRNPA3、NFE2L2、MAFG、MAFF、MAFK、BACH1、NPRL3等蛋白相互作用。结论:通过多个数据库研究发现NFE2L3在胃癌组织中呈高表达、表达水平与胃癌患者生存与预后有关；NFE2L3可作为与胃癌预后相关的生物标志物及治疗靶点，参与肿瘤发生发展。     

肝癌的自杀基因疗法研究进展

肿瘤自杀基因疗法是一种具有临床应用潜力的新的种治疗策略。本文综述了近年来自杀基因疗法在肝癌治疗中取得的实验成果，在自杀基因体系、载体系统、肝癌靶向性围导及表达等方面进行了重点阐述，并提出了目前存在的一些问题。     

生物信息学技术在筛查绒毛膜癌相关基因中的应用研究

目的：采用生物信息学分析技术比较葡萄胎和绒毛膜癌基因表达谱．筛选与绒毛膜癌恶性演进相关的新基因。方法：对两组葡萄胎和绒毛膜癌基因表达谱的共表达基因数据进行分层聚类分析(hierarchical cluster)，找到有相似表达趋势的候选基因，再进行电子Nonhern分析及基因结构功能初步分析．用半定量RT—PCR技术对3个筛选基因进行初步鉴定。结果：在所有绒毛膜癌基因表达数据库中找到共表达候选基因52条，经聚类分析初步筛选出绒毛膜癌相关基因19条，主要包括发动蛋白(dynamin，L07807)、锌指蛋白184(zine finger protcin 184，U6656)、钙调蛋白(calmodulin，U12022)、羧肽酶M(carboxypeptidase M．BC022276)、剑蛋白p60(katanln p60，AF056022)、神经钙蛋白结合蛋白1(calcineurin binding protein cabirn 1，NM012295)和转导蛋白样增强子蛋白1(transducin-like enhancer pmtein 1，M99435)等。结论：通过生物信息学分析技术，初步筛选了绒毛膜癌相关基因，为寻找绒毛膜癌发生与演进的关键基因提供了新的依据。     

蛋白质组技术在原发性肝癌研究中的应用

原发性肝癌是常见、高发的恶性肿瘤之一。由于肝癌是多因素、多阶段发展的癌症，早期症状隐匿，常规治疗后易复发转移，预后凶险等特点，已成为我国恶性肿瘤的第2位杀手。目前在常规手术及药物治疗手段无突破性进展情况下，基于基因及蛋白质组水平的研究已经成为原发性肝癌研究的突破点。基因是遗传信息的携带者，蛋白质则是生命活动的执行者。随着人类基因组计划的完成，人们将目光转移到后基因组学研究上来，所以肝癌的蛋白质组变化逐渐成为研究的重点。蛋白质组学技术的运用及发展，使得数以千计的基因和蛋白质的分析成为可能，为探索早期发现、分类、评价预后的肿瘤标志物及选择更加有效的、准确的肿瘤治疗靶点提供了可靠的保证。本文就蛋白质组技术在原发性肝癌研究中的应用做一综述。     

凋亡相关基因在喉鳞癌中的表达概况

目的了解凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌中的表达概况，探寻其在喉鳞癌及正常喉组织中的表达差异及意义。方法提取喉鳞癌及癌旁正常喉组织的总RNA，采用Ampolablaleing—LRP方法，分别将上述提取的RNA合成生物素标记的cDNA探针。将合成的探针与细胞凋亡GEArray Q芯片膜（96个凋亡相关基因）进行杂交。采用化学发光方法，并用X感光片记录喉鳞癌标本和对照标本的基因信号表达强弱。将X光片感光点转化成TIFF图形文件，使用ScanAlyze和GEArray Analyzer软件进行资料分析。结果利用基因芯片杂交筛选的方法，在所分析的与凋亡相关的96个基因中，survivin、bcl-2、TNF-β／Lta、TNF-α等23个基因在喉鳞癌组织中表达上调；hak、hax、hik、p53等22个基因表达下调。结论通过细胞凋亡GEArray Q芯片膜杂交筛查的方法发现，在喉鳞癌中抑制凋亡的基因表达上调，促进凋亡的基因表达下调，这些基因改变组成了喉鳞癌特异的与凋亡相关的基因表达谱，为全面系统地研究喉鳞癌中与凋亡相关基因表达情况，及探讨喉鳞癌的发病机制提供了有益的线索。     

细胞凋亡调控基因与肿瘤基因治疗

恶性肿瘤基因治疗的候选基因，包括细胞毒基因、细胞因子基因、抑癌基因等。细胞凋亡的调控基因及诱导细胞凋亡的基因是重要的候选基因。细胞凋亡（ａｐｏｐｔｏｓｉｓ）是一个控制细胞消亡的机制，在调节细胞种群时，其作用与细胞分裂相对立，是一个主动的、程序化的细胞...     

小细胞肺癌关键基因及信号通路分析

目的 探究SCLC基因调控机制，为寻找SCLC早期诊断及靶向治疗潜在的生物标志物提供依据。方法 采用生物信息学方法从公共基因芯片数据库获取小细胞肺癌（SCLC）mRNA数据并筛选出差异表达基因（DEGs），对DEGs进行基因本体（GO）和基因组百科全书数据库（KEGG）富集分析，构建蛋白互作网络，筛选出核心基因并利用Kaplan-Meier在线工具进行生存分析。结果 17例SCLC组织样本和19例正常肺组织样本中筛选出248个DEGs，包括172个高表达基因和76个低表达基因（P<0.05）。GO和KEGG富集分析结果显示，DEGs的功能主要涉及细胞周期、DNA复制、错配修复、P53信号通路等，蛋白互作分析网络筛选出6个节点度最高的核心基因：TOP2A、PCNA、RFC4、 FEN1、CCNA2和MCM2，并与患者预后相关。结论 DEGs涉及的分子功能和信号通路可能是SCLC发生的分子机制，而核心基因可能是治疗SCLC的潜在靶点。     

抗肿瘤基因治疗的目的基因选择

肿瘤的分子生物学及基因治疗技术的发展为从基因水平上寻找抗肿瘤治疗新途径提供了新的策略。本文综述了抗肿瘤基因治疗中几种常用的目的基因选择，如抗癌基因表达的反义基因、抑制基因、病毒基因、核酶的基因以及淋巴因子的基因等。通过基因治疗技术将这些目的基因导入到肿瘤细胞或正常细胞中，直接或间接抑制肿瘤的生长，使肿瘤遗传表型发生变化，对抗肿瘤化疗更为敏感，或激发抗肿瘤免疫等，以达到抗肿瘤基因治疗之目的。