Screening and identification of bioactive compounds from citrus against non-structural protein 3 protease of hepatitis C virus genotype 3a by fluorescence resonance energy transfer assay and mass spectrometry

BACKGROUNDHepatitis C virus genotype 3a (HCV G3a) is highly prevalent in Pakistan. Due to the elevated cost of available Food and Drug Administration-approved drugs against HCV, medicinal natural products of potent antiviral activity should be screened for the cost-effective treatment of the disease. Furthermore, from natural products, active compounds against vital HCV proteins like non-structural protein 3 (NS3) protease could be identified to prevent viral proliferation in the host.AIMTo develop cost-effective HCV genotype 3a NS3 protease inhibitors from citrus fruit extracts.METHODSFull-length NS3 without co-factor non-structural protein 4A (NS4A) and codon optimized NS3 protease in fusion with NS4A were expressed in Escherichia coli. The expressed protein was purified by metal ion affinity chromatography and gel filtration. Citrus fruit extracts were screened using fluorescence resonance energy transfer (FRET) assay against the protease and polyphenols were identified as potential inhibitors using electrospray ionization-mass spectrometry (MS)/MS technique. Among different polyphenols, highly potent compounds were screened using molecular modeling approaches and consequently the most active compound was further evaluated against HCV NS4A-NS3 protease domain using FRET assay.RESULTSNS4A fused with NS3 protease domain gene was overexpressed and the purified protein yield was high in comparison to the lower yield of the full-length NS3 protein. Furthermore, in enzyme kinetic studies, NS4A fused with NS3 protease proved to be functionally active compared to full-length NS3. So it was concluded that co-factor NS4A fusion is essential for the purification of functionally active protease. FRET assay was developed and validated by the half maximal inhibitory concentration (IC₅₀) values of commercially available inhibitors. Screening of citrus fruit extracts against the native purified fused NS4A-NS3 protease domain showed that the grapefruit mesocarp extract exhibits the highest percentage inhibition 91% of protease activity. Among the compounds identified by LCMS analysis, hesperidin showed strong binding affinity with the protease catalytic triad having S-score value of -10.98.CONCLUSIONFused NS4A-NS3 protease is functionally more active, which is effectively inhibited by hesperidin from the grapefruit mesocarp extract with an IC₅₀ value of 23.32 µmol/L.     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS3反式激活基因6的克隆化研究

目的 丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白3(NS3)是一种具有显著反式激活作用的病毒蛋白质。为了探索HCVNS3病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因，我们应用微矩阵(microarray)技术对于转染和末转染的肝母细胞瘤细胞系HepG2进行分析。研究结果将有助于阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 根据HCV-H病毒株序列设计、合成序列特异性的引物。以含有全长HCV—H株cDNA的PBRTM-3011质粒DNA作为模板，进行多聚酶链反应(PCR)扩增，获得的HCVNS3编码基因片段克隆到TA载体中进行核昔酸序列的测定，构建真核表达载体PcDNA3．1(-)-NS3。以pcDNA3．1(-)-NS3转染肝母细胞瘤细胞系HepG2，提取总RNA，逆转录为cDNA后进行表达谱基因芯片分析。应用分子生物学技术，结合生物信息学技术(bioinformatics)，克隆HCVNS3反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体PcDNA3．1(-)-NS3，经过限制性内切酶作图分析和核苷酸序列分析证实正确无误。以PcDNA3．1(-)-NS3转染HepG2后提取总RNA，逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆NS3反式激活的新型靶基因，命名为NS3TP6，新基因的编码基因序列全长为414个核苷酸(nt)，编码产物由138个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCVNS3是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白。微矩阵技术是分析基因表达谱变化的有效和高通量技术。发现了HCVNS3反式激活作用的新的靶基因，并成功克隆其中的NS3TP6，为阐明HcvNs3蛋白的反式激活作用及其机制，开辟了新的研究方向。     

丙型肝炎病毒NS4B对LO2肝细胞细胞周期及cyclin D1表达的影响

目的研究丙型肝炎病毒非结构蛋白4B对LO2肝细胞细胞周期和cyclinD1表达的影响，探讨HCVNS4B在HCV致病中的可能机制。方法利用脂质体介导将空白载体PCXN2及重组质粒PCXN2-NS4B转染入LO2肝细胞，G418筛选，RT-PCR法鉴定质粒转染成功。MTT法检测细胞生长并绘制生长曲线，观察NS4B对肝细胞生长的影响；流式细胞仪检测细胞周期；免疫组化法检测细胞cyclinD1的表达。结果NS4B成功转染入LO2细胞；转染的NS4B可促进肝细胞的生长；转染PcxN2-NS4B细胞的S期、G2／M期较转染PCXN2细胞增加，两组比较差异有显著性（P〈0．05）；转染NS4B的细胞cyclinD1表达较转染空白载体组增强，两组比较差异有显著性（P〈0．01）。结论 HCVNS4B可能通过调节某些基因转录与表达，促进DNA合成，干扰肝细胞周期，促进肝细胞增殖。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因NS5ATP13的克隆化研究

目的 应用微矩阵(microauray)技术，结合生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)的反式激活基因，阐明授性HCV感染、肝纤维化及肝细胞癌(HCC)的等相关疾病的发病机制。方法 根据HCV-H病毒株序列设计、合成序列特异性的引物。以含有全长HCV—H株cDNA的pBRTM-3011质粒DNA作为模板，进行多聚酶链反应(PCR)扩增，获得的HCVNS5A编码基因片段克隆到TA载体中进行核昔酸序列的测定，构建真核表达载体PcDNA3．1(-)-NS5A。以pcDNA3．1(-)-NS5A转染肝母细胞瘤细胞系HepG2，提取总RNA，逆转录为cDNA后进行表达谱基因芯片分析。应用分子生物学技术，结合生物信息学技术，克隆HCVKDA反式激活作用的新的靶基因。结果 构建了真核表达载体pcDNA3．1(-)-NS5A，经过限制性内切酶作图分析和核苔酸序列分析证实正确无误。以PcDMA3．1(-)-NS5A转染HepG2后提取总MA，逆转录后进行表达谱基因芯片技术分析。应用分子克隆技术结合生物信息学技术克隆NS5A反式激活的新型靶基因，命名为NS5ATP13，在GenBank中登录，登录号为D21262。Ns5ATP13基因的编码序列全长为2103个核苷酸(nt)，编码产物由700个氨基酸残基(aa)组成。结论 丙型肝炎病毒NS5A基因产物具有显著的反式激活作用。微短阵技术是分析基因表达谱变化的自动化和高通量技术。应用这些技术，发现了HCVKDA反式激活作用的新的靶基因，将为进一步研究HCVNS5A反式激活作用的分子生物学机制及HCV相关疾病发病机制奠定基础。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS4A肝细胞结合蛋白基因的筛选与克隆

目的筛选并克隆人肝细胞cDNA文库中与丙型肝炎病毒（HCV）非结构蛋白4A（NS4A）相互作用蛋白的基因，明确其具体作用机制。方法应用酵母双杂交系统3，将聚合酶链反应法扩增的HCV NS4A基因连接入酵母表达载体PGBKT7中构建诱饵质粒，转化酵母细胞AH109并在其内表达，然后与转化了人肝cDNA文库质粒PACT2的酵母细胞Y187进行配合，在营养缺陷型培养基和X—α-半乳糖上进行双重筛选阳性菌落，提取阳性酵母菌落的质粒转化大肠杆菌，接种在氨苄青霉素-LB平板上，选择生长菌落，提取质粒酶切鉴定，测序并在GenBank中进行生物信息学分析。结果成功克隆出HCV NS4A基因，构建表达载体并在酵母细胞中表达，与肝文库配合后选出既能在四缺培养基又能在铺有X—α-半乳糖的四缺培养基上生长，并变成蓝色的真阳性菌落22个，序列分析显示，筛选到的肝细胞蛋白编码基因参与细胞能量代谢、蛋白翻译合成等多种生物学过程。结论成功克隆出HCV NS4A蛋白在肝细胞内的结合蛋白，为进一步研究NS4A蛋白的功能、阐明HCV致病的分子生物学机制提供了新线索。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS3反式激活基因2的克隆化研究

目的 应用抑制性消减杂交技术(SSH)及生物信息学技术(bioinformcs)筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白3(NS3)反式激活新型靶基因，进一步阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 以HCVNS3蛋白表达质粒pcDNA3．1(-)-NS3转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1(-)为平行对照，提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。并应用分子生物学技术，结合生物信息学技术，克隆HCvNS3反式激活作用的新的靶基因。结果 对于所获基因片段序列分析表明，其中之一为新型基因片段，从HepG2细胞提取总RNA，以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列，并测序证实，因其可以被NS3蛋白反式激活，故命名为NS3TP2，在GenBank中注册，注册号为AYll6970。NS3TP2基因的编码序列全长为1299个核苷酸(nt)，编码产物由432个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCVNS3是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白，而抑制性消减杂交(SSH)是一种鉴定、分离组织细胞中选择性表达基因的技术。通过这种技术，发现了HCVNS3反式激活作用的新的靶基因，这一发现，为进一步研究HCVNS3蛋白反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS3反式激活基因1的克隆化研究

目的 应用抑制性消减杂交技术(SSH)及生物信息学技术(bioinformatics)筛选并克隆丙型肝炎病毒非结构蛋白3(NS3)反式激活新型靶基因，进一步阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 以HCVNS3蛋白表达质粒pcDNA3．1(-)-NS3转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1(-)为平行对照，提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。并应用分子生物学技术，结合生物信息学技术，克隆HCVNS3反式激活作用的新的靶基因。结果 对于所获基因片段序列分析表明，其中之一为新型基因片段。从HepG2细胞提取总RNA，以逆转录多聚酶链反应(RT—PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列，并测序证实，因其可以被NS3蛋白反式激活，故命名为NS3TP1，已在GenBank中注册，注册号为AYll6969。NS3评1基因的编码序列全长为1932个核昔酸(nt)，编码产物由眺个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCVNS3是一种典型的病毒基因组编码的具有反式激活作用的蛋白，HCVNS3反式激活作用的新靶基因的发现，为进一步研究HCVNS3蛋白反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因8的克隆化研究

目的 丙型肝炎病毒(HCV)的非结构蛋白5A(NS5A)是一种具有显著反式激活作用的病毒蛋白质。为了探索HCV NS5A病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因，我们应用抑制性消减杂交(SSH)技术对于转染和未转染的肝母细胞瘤细胞系HepG2进行分析。研究结果将有助于阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 以HCV NSSA表达质粒peDNA3．1(-)-NSSA转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1(-)为平行对照，提取mRNA并进行SSH分析。对于所获基因片段序列分析表明，其中之一为新型基因片段，与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性，利用表达序列标签(EST)序列的搜索和比对，进行电子拼接。根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列，确定新型基因序列。结果 结果从HepG2细胞提取总RNA，多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列，测序证实，命名为NSSATP8在GenBank中注册，注册号为．AF529369.NSSATP8基因的编码序列全长为1449(nt)，编码产物由483个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCV NS5A反式激活新型靶基因NSSATP8筛选与克隆，进一步研究HCV NS5A反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。     

Interleukin 28B polymorphisms as predictor of response in hepatitis C virus genotype 2 and 3 infected patients

Single nucleotide polymorphisms near the interleukin28B(IL-28B)gene have been identified as strong predictors of both spontaneous or Peg-interferon(Peg-IFN)and ribavirin(RBV)induced clearance of hepatitis C virus(HCV).Several studies have shown that,in patients with genotype 1(GT-1),rs12979860 C/C and rs8099917T/T substitutions are associated with a more than twofold increase in sustained virological response rate to Peg-IFN and RBV treatment.Although new treatment regimens based on combination of DAA with or without IFN are in the approval phase,until combination regimens with a backbone of Peg-IFN will be used,we can expect that IL28B holds its importance.The clinical relevance of IL28B genotyping in treatment of patients infected with HCV genotype 2(GT-2)and 3(GT-3)remains controversial.Therefore,after a careful examination of the available literature,we analyzed the impact of IL28B in GT-2 and-3.Simple size of the studies and GT-2 and GT-3 proportion were discussed.An algorithm for the practical use of IL28B in these patients was suggested at the aim of optimizing treatment.     

生物信息学解读丙型肝炎病毒结构与免疫病理学改变的关联性

目的:分析丙型肝炎病毒(HCV)基因组编码序列结构特征及蛋白同源性,预测HCV非结构蛋白(NS)3序列的抗原表位。方法:以Envision免疫组织化学两步法检测肝移植受体肝组织内HCV抗原。从美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中获取HCV编码序列,利用RPS-BLAST蛋白同源性比对软件进行序列分析;ProPred-Ⅰ软件预测NS3编码区段的T细胞抗原表位。结果:37%的受检病例肝细胞核对Tordji-22单克隆抗体起反应,33.3%的受检病例肝细胞核或细胞质对NS3抗体起反应。HCV编码产物HCV糖蛋白(gp)1的NS3区为保守区,与多种人类解旋酶具有同源性;其余各编码区未检测到与人类同源性。NS3区显示有CD4+和CD8+T细胞表位。结论:HCV NS3区含有与人类解旋酶同源的保守序列。解旋酶在细胞核参与核酸复制与DNA修复,故针对HCV NS3的抗原检测有可能与人类解旋酶起交叉反应。NS3的抗原表位特征可能是机体抗病毒同时破坏自身肝脏结构的分子基础。     

Insulin resistance and liver steatosis in chronic hepatitis C infection genotype 3

Hepatitis C virus (HCV) infection is a common chronic liver disease worldwide. Non-alcoholic fatty liver disease and insulin resistance (IR) are the major determinants of fibrosis progression and response to antiviral therapy. The pathogenetic link between IR and chronic HCV infection is complex, and is associated with HCV genotype. Liver steatosis is the most common in the patients infected with genotype 3 virus, possibly due to direct effects of genotype 3 viral proteins. To the contrary, hepatic steatosis in the patients infected with other genotypes is thought to be mostly due to the changes in host metabolism, involving IR. In HCV genotype 3, liver steatosis correlates with viral load, reverts after reaching the sustained virologic response and reoccurs in the relapsers. A therapeutic strategy to improve IR and liver steatosis and subsequently the response to antiviral treatment in these patients is warranted.     

抑制性消减杂交技术克隆和筛选丙型肝炎病毒F蛋白的反式调节基因

目的 构建丙型肝炎病毒（HCV）F蛋白反式激活相关基因差异表达的差异cDNA，克隆HCV-F蛋白反式激活相关基因。方法 以HCV-F表达质粒pcDNA3．1（-）-F转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1（-）为对照；制备转染后的细胞裂解液，从中提取mRNA并合成cDNA，经RsaI酶切后将实验组cDNA分成两组，分别与两种不同的接头衔接，再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应，将产物与T／A载体连接，构建cDNA消减文库，并转染大肠杆菌进行文库扩增，随机挑选克隆聚合酶链反应后进行测序及同源性分析。结果 成功构建人HcVF蛋白反式激活相关基因差异表达的cDNA。扩增后得到56个200～1000bP插入片段的克隆，随机挑选其中28个插入片段测序，并通过生物信息学分析获得其全长基因序列，结果共获得19种编码基因，其中2个为未知功能的新基因。结论 筛选到的cDNA全长序列，包括一些与细胞生长调节、物质代谢和细胞凋亡密切相关的蛋白编码基因。     

丙型肝炎病毒NS3蛋白人源基因工程单链抗体的表达

目的在大肠杆菌XL1-Blue中表达可溶性的抗HCV非结构蛋白NS3的人源单链可变区抗体（single-chainvariablefragmentantibody,ScFv）。方法以重组的HCVNS3为抗原,利用噬菌体抗体库技术筛选含有抗-HCVNS3ScFv基因的噬菌体克隆。从噬菌体抗体阳性克隆中提取质粒,经SfiI/NotⅠ酶切鉴定后,亚克隆到pCANTAB5E载体;转化大肠杆菌XL1-Blue,提取质粒进行DNA序列测定;异丙基硫代-β-D-半乳糖苷（isopropylthio-β-D-galactoside,IPTG）诱导表达HCVNS3可溶性单链可变区抗体。ELISA和斑点吸印杂交检测其与不同来源的抗原的结合活性。结果筛选到的HCVNS3的单链抗体基因,经限制性内切酶酶切和序列分析表明,该抗体基因由750bp组成,ELISA和斑点吸印杂交结果表明,在大肠杆菌XL1-Blue中表达的HCVNS3的单链抗体,可与不同来源的NS3抗原结合。结论大肠杆菌XL1-Blue表达的NS3-ScFv具有结合不同来源的HCVNS3的活性和特异性。     

High level of serum cholesteryl ester transfer protein in active hepatitis C virus infection

AIM: To determine the significance of cholesteryl ester transfer protein(CETP) in lipoprotein abnormalities in chronic hepatitis C virus(HCV) infection.METHODS: We evaluated the significance of the serum concentration of CETP in 110 Japanese patients with chronic HCV infection. Fifty-five patients had active HCV infection, and HCV eradication had been achieved in 55. The role of CETP in serum lipoprotein abnormalities, specifically, in triglyceride(TG) concentrations in the four major classes of lipoproteins, was investigated using Pearson correlations in conjunction with multiple regression analysis and compared them between those with active HCV infection and those in whom eradication had been achieved. RESULTS: The serum CETP levels of patients with active HCV infection were significantly higher than those of patients in whom HCV eradication was achieved(mean ± SD, 2.84 ± 0.69 μg/m L vs 2.40 ± 1.00 μg/m L, P = 0.008). In multiple regression analysis, HCV infection status(active or eradicated) was an independent factor significantly associated with the serum CETP level. TG concentrations in low-density lipoprotein(mean ± SD, 36.25 ± 15.28 μg/m L vs 28.14 ± 9.94 μg/m L, P = 0.001) and high-density lipoprotein(HDL)(mean ± SD, 25.9 ± 7.34 μg/m L vs 17.17 ± 4.82 μg/m L, P 0.001) were significantly higher in patientswith active HCV infection than in those in whom HCV eradication was achieved. The CETP level was strongly correlated with HDL-TG in patients with active HCV infection(R = 0.557, P 0.001), whereas CETP was not correlated with HDL-TG in patients in whom HCV eradication was achieved(R =-0.079, P = 0.56). CONCLUSION: Our results indicate that CETP plays a role in abnormalities of lipoprotein metabolism in patients with chronic HCV infection.     

酵母双杂交技术筛选与克隆白细胞中与NS5ATP7蛋白结合的蛋白编码基因

目的 应用酵母双杂交体系寻找与丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A反式激活蛋白7(human gene 5 transactivated by nonstructural protein 5A of hepatitis C virus,NS5ATP7)相互作用的白细胞蛋白,以探讨SN5ATP7的生物功能。方法 应用酵母双杂交系统3,构建NS5ATP7诱饵质粒,转化酵母AH109,与含人白细胞cDNA文库质粒的酵母Y187进行配合,于涂有X-α-gal营养缺陷型培养基(SD／-Trp-Leu-His-Ade)上筛选生长。挑选蓝色克隆,提取此酵母克隆的质粒转化大肠杆菌提取质粒。DNA后进行测序,然后进行生物信息学分析。结果 筛选出15个与NS5ATP7特异性相互作用的克隆,其中包括人类RhoGDF分裂抑制剂α、人类细胞色素b558a亚单位、人类MLL(MLL)基因外显子、人类S100钙结合蛋白A9(钙粒蛋白B)、人类移动抑制因子相关蛋白14变体E(S100A9)、人类金属硫蛋白2A、人类染色体序列及人类cDNA序列等,1个是未知功能基因。结论 初步克隆了NSSATP7与白细胞结合蛋白基因,根据所克隆到的基因,对以后研究NS5ATP7的功能有一定的提示作用;为以后研究这些能与NS5ATP7相互作用的基因在白细胞中的生理功能奠定了基础。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5ATP9的克隆化研究

目的 筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)反式激活新型靶基因，研究HCV NS5A反式激活作用的分子生物学机制。方法 应用抑制性消减杂交技术(SSH)及生物信息学技术，以HCV NS5A表达质粒pcDNA3．1(-)-NS5A转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1(-)为平行对照，提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。对于所获基因片段序列分析表明，其中之一为新型基因片段，与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性，利用表达序列标签(EST)序列数据库的搜索和比对，进行电子拼接，根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列，确定新型基因序列。从HepG2细胞提取总RNA，以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列，并测序证实，命名为NS5ATP9，在GenBank中注册，注册号为AF529370。结果 Ns5ATP9基因的编码序列全长为336个核苷酸(nt)，编码产物由111个氨基酸残基(aa)组成，并成功的克隆化。结论 HCVNS5A反式激活新型靶基因NS5ATP9的筛选与克隆，为进一步研究HcvNs5A反式激活作用的分子生物学机制开辟了新的研究方向。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白HS5A反式激活基因HS5ATP6的克隆化研究

目的 应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学技术(bioinformatics)筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)反式激活新型靶基因。方法 以HCVNS5A表达质粒PcDNA3．1(-)-NS5A转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1(-)为平行对照，提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。对于所获基因片段序列分析表明，其中之一为新型基因片段，与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性，利用表达序列标签(EST)序列的搜索和比对，进行电子拼接，根据基因起始密码子的KOZ2ak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列，确定新型基因序列。结果 从HePG2细胞提取总RNA，以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列，并测序证实，命名为NS5ATP6，在GenBatk中注册，注册号为AF529367。Ns5ATP6基因的编码序列全长为1572个核苷酸(nt)，编码产物由524个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCVNS5A反式激活新型靶基因NS5ATP6的筛选与克隆，为进一步研究HCVNS5A反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。     

Screening and identification of interacting proteins with hepatitis B virus core protein in leukocytes and cloning of new gene C1

AIM:To investigate the biological function of HBcAgin pathogenesis of HBV replication in peripheral bloodmononuclear cells(PBMCs).METHODS:HBcAg region was amplified by polymerasechain reaction(PCR)and HBV HBcAg bait plasmidpGBKT7-HBcAg was constructed by routine molecularbiological methods.Then the recombinant plasmid DNAwas transformed into yeast AH109.After the HBV coreprotein was expressed in AH109 yeast strains(Westernblot analysis),yeast-two hybrid screening was performedby mating AH109 with Y187 containing leukocyte cDNAlibrary plasmid.Diploid yeast cells were plated onsynthetic dropout nutrient medium(SD/-Trp-Leu-His-Ade)(QDO)and synthetic dropout nutrient medium(SD/-Trp-Leu-His-Ade)(TDO).The second screeningwas performed with the LacZ report gene(yeast cellswere grown in QDO medium containing X-a-gal).Theinteraction between HBV core protein and the proteinobtained from positive colonies was further confirmedby repeating yeast-two hybrid.After plasmid DNA wasextracted from blue colonies and sequenced,the resultswere analyzed by bioinformatic methods.RESULTS:Eighteen colonies were obtained andsequenced,including hypermethylated in cancer 2(3colones),eukaryotic translation elongation factor 2(2colones),acetyl-coenzyme A synthetase 3(1 colone),DNA polymerase gamma(1 colone),putative translationinitiation factor(1 colone),chemokine(C-C motif)receptor 5(1 colone),mitochondrial ribosomal protein L41(1 colone),kyot binding protein genes(1 colone),RanBPM(1 colone),HBeAg-binding protein 3(1 colone),programmed cell death 2(1 colone).Four new geneswith unknown function were identified.CONCLUSION:Successful cloning of genes of HBV coreprotein interacting proteins in leukocytes may providesome new clues for studying the biological functions ofHBV core protein.     

索磷布韦/维帕他韦联合或不联合利巴韦林治疗基因3型慢性丙型肝炎病毒感染者的疗效及安全性:一项真实世界研究

目的评估索磷布韦/维帕他韦(sofosbuvir/velpatasvir,SOF/VEL)联合或不联合利巴韦林(ribavirin,RBV)治疗基因3型慢性丙型肝炎病毒(hepatitis c virus,HCV)感染者的有效性及安全性。方法以2018年12月至2020年1月至成都市公共卫生临床医疗中心就诊的84例基因3型慢性HCV感染者为研究对象,其中慢性丙型肝炎56例,代偿期肝硬化17例,失代偿期肝硬化11例。根据患者病情予以SOF/VEL联合或不联合RBV抗病毒治疗12~24周,检测患者基线、治疗4周、治疗结束时以及治疗结束后12周肝功能[丙氨酸氨基转移酶(alanine transaminase,ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(aspartate transaminase,AST)、总胆红素(total bilirubin,TBil)、白蛋白(albumin,ALB)]、肾功能[尿素、肌酐(creatinine,Cr)]和血常规[白细胞(white blood cell,WBC)、血红蛋白(hemoglobin,HGB)和血小板(platelet,PLT)]等指标,检测基线和治疗结束后12周的肝硬度值。同时详细记录患者在治疗期间的不良事件。主要结局指标为治疗结束后12周的持续病毒学应答(sustained virological response,SVR)和治疗中不良事件的发生情况。结果共80例患者(95.2%)达到SVR12,其中慢性丙型肝炎、代偿期肝硬化及失代偿期肝硬化患者的SVR12分别为100%(56/56)、94.1%(16/17)和72.7%(8/11),差异有统计学意义(P=0.003)。慢性丙型肝炎组、代偿期肝硬化及失代偿期肝硬化患者治疗结束后12周肝硬度值均较基线显著降低[(6.7±0.7)kPa vs(7.4±1.1)kPa,(17.8±3.1)kPa vs(25.9±3.4)kPa,(23.0±4.5)kPa vs(31.0±4.9)kPa;P均<0.001]。3组患者治疗后ALT和AST均较基线显著降低(P均<0.05),尿素、Cr、WBC和PLT差异无统计学意义(P均>0.05)。代偿期肝硬化和失代偿期肝硬化患者治疗后ALB较基线显著升高,HGB较基线显著降低(P均<0.05)。84例患者总体不良事件发生率为13.1%(11/84),其中慢性丙型肝炎、代偿期肝硬化和失代偿期肝硬化患者不良事件发生率分别为8.9%(5/56)、11.8%(2/17)和36.4%(4/11),差异无统计学意义(P=0.055),常见的不良事件包括疲劳、头痛和贫血等,无严重不良事件发生,无因不良事件导致的治疗中止。结论应用SOF/VEL联合或不联合RBV方案治疗基因3型慢性HCV感染者具有较高的SVR12,不良事件发生率较低,疗效显著,安全性良好。