胃癌组织中microRNA的差异表达

目的 检测胃癌组织和癌旁组织中microRNA (miRNA)的差异表达.方法 收集经病理确诊为胃癌进行外科手术切除的25例患者的胃癌组织及距离胃癌病灶5 cm以上的癌旁组织,选取其中7例标本提取总RNA,应用Illumina miRNA芯片检测胃癌和癌旁组织中差异表达的miRNA.应用定量实时PCR技术验证25例胃癌和癌旁组织标本中差异表达的miRNA,并分析25例患者的临床病理与胃癌组织中miRNA差异表达的关联.结果 Illumina miRNA芯片检测显示,HS-138,HS-153,HS-157在胃癌组织中表达下调,miR-181a,miR-21,miR-21*,miR-27a,miR-584,miR-93在胃癌组织中表达上调.定量实时PCR显示,与癌旁组织比较,胃癌组织中miR-181a表达上调(56.848±135.551比3.950±12.101,P＜0.05),而miR-584在胃癌和癌旁组织中的表达差异无统计学意义(P＞0.05).胃癌组织miR-181a表达与患者胃癌淋巴结转移及年龄有关联(rp=0.462、0.414,P=0.009、0.023),与性别和病理分型无关联(P=0.220、0.106).结论 应用miRNA芯片技术和荧光定量PCR技术发现了胃癌组织中差异表达的miRNA.     

采用非标记microRNA芯片筛选早产胎盘差异表达microRNA

目的应用非标记microRNA芯片筛选在早产胎盘组织中差异表达的miRNA,并分析其相关的靶基因。方法收集早产儿16例为病例组,同期健康足月产儿18例为对照组,取胎盘组织。通过非标记miRNA芯片技术构建早产胎盘组织miRNA表达谱,采用荧光实时定量PCR进行验证,并分析差异表达miRNAs的靶基因。结果 miRNA芯片结果显示44种miRNAs在早产胎盘组织和对照组胎盘组织中差异表达,其中下调表达的11种,上调表达的33种,荧光实时定量PCR验证出miR-493-3p显著下调,mi R-4632-5p显著上调,与芯片结果一致。经软件分析,miRNA靶基因有IL16、SH2D2A、CCNG2、PHB、WNT1、CCDC92、GIT1和ST7L等相关靶基因。结论早产胎盘组织中存在差异表达的miRNAs,提示这些差异表达的miRNAs在早产的发生中有重要的调控作用。     

子宫内膜癌microRNA表达谱的初步研究

目的 筛选子宫内膜癌与正常子宫内膜组织中的差异mieroRNA.方法 收集3例患者的新鲜子宫内膜癌组织及正常子宫内膜组织,利用miRNA芯片对其进行实验分析,并采用茎环逆转录荧光定量PCR方法验证芯片结果的准确性.结果 相对正常子宫内膜组织,子宫内膜癌组织中表达上调的miRNA基因68个,下调的miRNA基因81个.采用茎环逆转录荧光定量PCR对显著上调的hsa-miR-205,hsa-miR-200b和hsa-miR200c以及显著下调的hsa-miR-495,hsa-miR-216b的验证结果与芯片检测结果一致.结论 筛选获得了子宫内膜癌的miRNA的差异表达谱,可能在子宫内膜癌的发病机制中发挥潜在作用。     

胃癌癌变相关基因表达的cDNA微阵列研究

目的 建立胃癌基因表达谱,筛选胃癌相关基因。方法 用含10000个已知基因和7000个ESTs(expressed sequence tags)的cDNA微阵列分析胃癌和癌旁正常胃黏膜基因表达谱的变化,半定量RT-PCR研究差异表达基因与胃癌的关系。结果 二倍以上的差异表达基因359个,其中在胃癌组织中表达上调271个,表达下调88个;二倍以上的差异表达ESTs 28个,其中在胃癌组织中表达上调24个,下调4个。RT-PCR进一步证实碳酸酐酶Ⅱ在胃癌组织中存在表达下调,胰岛素样生长因子结合蛋白4在胃癌组织中存在表达上调。结论 发现碳酸酐酶Ⅱ、胰岛素样生长因子结合蛋白4可能与胃癌发生有关,为进一步寻找和克隆胃癌相关基因提供了重要的研究线索。     

心房颤动患者心房组织中差异表达miRNA的初步研究

目的：应用基因芯片技术研究心房颤动（房颤）患者心房组织中miRNA的表达谱,分析差异表达的miRNA,为进一步研究miRNA在房颤发生、发展中的作用奠定基础。方法：采用miRNA基因芯片技术检测房颤患者和非房颤患者心房组织样本中miRNA的表达水平;采用实时定量PcR（quantitativereal,timePCR,qRT．PCR）对部分差异表达的miRNA进行验证。结果：MiRNA基因芯片分析结果显示,与非房颤组织相比,房颤组织中差异表达的miRNA共有26个,其中16AmiRNA表达上调,10个miRNA表达下调。qRT．PCR验证结果与芯片结果相一致。结论：MiRNA在房颤患者心房组织中存在差异性表达。     

基于 TCGA 数据库筛选、 分析并验证宫颈癌生物标志物

目的 基于生物信息学筛选分析宫颈癌差异表达基因 ( differentially expressed gene, DEGs) 及差 异表达 miRNA, 并进一步对差异基因和蛋白进行验证, 以期寻找潜在的生物标志物和治疗靶点。 方法 从 肿瘤基因组图谱 (the cancer genome atlas, TCGA) 数据库获取宫颈癌相关数据, edgeR 算法筛选 DEGs 和差 异 miRNAs。 利用 Cytoscape3. 8. 2 软件构建 mRNA-miRNA 共表达网络。 利用 DAVID 软件对 DEGs 和通过 miRWalk 网站预测的差异 miRNA 的目标基因进行 GO 富集分析和 KEGG 富集分析。 利用 qPCR 和 Western 印 迹技术对 DEGs 进行进一步验证。 结果 筛选出 149 个上调的 DEGs 和 171 个下调的 DEGs, 以及 46 个上调 的差异 miRNAs 和 64 个下调的差异 miRNAs。 DEGs 和 miRNA 目标基因在细胞组成上的富集具有一致性, 都富集在胞质、 核和核质中。 但共表达网络发现 DEGs 和差异 miRNAs 之间不存在明显的调控关系。 因此, 后续实验重点放在了对 DEGs 的验证上, 对差异表达性较为显著的 TCEAL6、 CLEC3B、 LMOD1、 CNN1 进行 了验证。 qPCR 显示它们在宫颈癌中表达量均显著降低, 符合预期, 对 CNN1 进行的 Western 印迹也显示其 在宫颈癌中的低表达。 结论 TCEAL6、 CLEC3B、 LMOD1、 CNN1 在宫颈癌中均显著低表达, 有望成为宫颈 癌生物标志物。     

肠道病毒71型感染人神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)的miRNA表达谱

目的 研究肠道病毒71型(EV71)感染神经细胞的miRNA表达谱,探讨miRNA在病毒感染神经细胞中的可能作用.方法 建立EV71感染人神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)模型,收集感染后48 h细胞.以Taqman低密度芯片检测miRNA表达谱,使用实时RT-PCR对芯片结果进行验证并在TargetScan和miRanda网站预测靶基因,采用GO和KEGG分析靶基因功能.结果 成功建立EV71感染SH-SY5Y细胞模型,通过低密度芯片筛选出215种显著升高的miRNA和25种显著下调的miRNA.经过RT-PCR验证,3种miRNA(MiR-10a*、miR-15b*和miR-195)显著下调,7种miRNA(miR-10a、miR-342-5p、miR-483-5p、Let-7b、miR-99a、miR-140-5p和miR-21)显著上调,与芯片结果相符.GO分析显示发展进程和信号调节条目最富集靶基因.KEGG路径分析显示靶基因在肿瘤路径、蛋白水解、Wnt信号传导、黑素形成、粘附连接、MAPK信号通道最富集.结论 EV71感染神经细胞48 h后miRNA表达谱发生改变,10种变化的miRNA靶基因预测在发展进程、信号传导及凋亡中起着重要的作用,可为后期机制研究提供参考.     

慢性神经病理性疼痛对大鼠脊髓背角miRNA表达的影响

目的 筛选慢性神经病理性疼痛大鼠脊髓背角差异表达的miRNA,并预测其调控的靶基因.方法 建立大鼠坐骨神经慢性压迫损伤CCI模型,在术后疼痛高峰期取腰膨大脊髓背角,用miRNA芯片筛选CCI大鼠差异表达的miRNAs,再用荧光实时定量RT-PCR验证差异表达的miRNAs,并利用MIRANDA、TARGETSCAN、PICTAR 3个数据库找出这些miRNA可能调控的靶基因.结果 CCI大鼠表达上调的有miR-99b,表达下调的有miR-674-3p、miR-879与miR-325-5p.RT-qPCR验证结果与芯片基本相符.预测这些miRNA可能的靶基因约26个,这些基因功能广泛.结论 慢性神经病理性疼痛可导致miRNA的表达发生变化,这些miRNA及其调控的靶基因为进一步研究奠定了基础.     

自发性高血压大鼠延髓microRNA差异表达分析

目的　探讨自发性高血压大鼠延髓microRNA（miRNA）差异表达谱及其靶基因生物信息学分析。 方法　采用自发性高血压大鼠模型（SHR组）,同周龄SD大鼠为对照组（Control组）。利用miRNA芯片检测大鼠延髓中miRNAs差异表达谱。 结果　与对照组比较,SHR组尾动脉收缩压显著升高（P＜0.0001）;SHR组延髓组织miRNAs有显著差异表达谱,16个miRNAs表达上调和7个miRNAs表达下调（1.5-fold change cutoff, P<0.05）。qRT-PCR验证结果显示,与对照组比较,SHR组延髓miR-153、miR-193及miR-301a表达显著下降,与芯片结果一致。生物信息学分析显示,差异表达miRNAs可能调控2775个靶基因（target score≥83）。这些靶基因主要富集在12个信号通路,包括磷脂酰肌醇3-激酶（Phosphatidylinositide3-kinase,PI3K）通路等。 结论　自发性高血压大鼠延髓组织中miR-153、miR-193及miR-301a明显下调,且生物信息学分析提示PI3K通路介导神经炎症可能作为高血压中枢相关差异表达miRNAs调控靶基因介导的主要致病通路。     

坐骨神经损伤早期背根神经节组织microRNA的表达变化

目的研究大鼠坐骨神经损伤以后短时间背根神经节组织中microRNA(miRNA)的表达变化。方法采用miRNA芯片检测神经损伤0 h(对照组)、3 h和9 h(实验组)背根神经节组织miRNA的表达情况,应用real time Taqman PCR对芯片结果进行验证。结果损伤3 h实验组与对照组比较发生上调和下调1.3倍以上的miRNA分别有4个和2个,损伤9h实验组与对照组比较发生上调和下调1.3倍以上的miRNA分别有7个和5个,real time Taqman PCR检测miR-188和miR-500的表达变化与芯片一致。结论大鼠坐骨神经损伤3h和9h后背根神经节组织中miRNA的表达谱发生改变。     

先天性小耳畸形相关差异表达基因的初步研究

目的研究先天性小耳畸形的基因表达谱并验证差异表达基因。方法以我科收治的单侧先天性小耳畸形患者为研究对象,同一患者的残耳软骨组织为实验组,正常侧耳软骨组织为对照组。通过Agilent Arraystar Human Lnc RNA Microarray V3.0研究残耳和正常侧耳软骨组织基因表达谱的差异。通过实时定量PCR方法验证差异表达基因。结果先天性小耳畸形软骨组织中差异表达基因共553条,其中表达上调的基因120条(如FGFR2基因上调2.64倍),表达下调的基因433条(如ZNF44基因和Wdr82基因分别下调2.00倍和3.65倍)。这些差异表达基因涉及胚胎发育、肢体形成、骨骼发育及信号转导等生物学事件。q PCR结果显示,与对照组相比,实验组软骨组织中FGFR2(t=4.588,P0.01)基因表达上调,而ZNF44(t=5.398,P0.01)和Wdr82(t=5.519,P0.01)基因表达下调。与基因表达谱芯片结果一致。结论筛选了先天性小耳畸形的差异表达基因,FGFR2、ZNF44和Wdr82基因表达变化可能与先天性小耳畸形发病有关。     

人胰腺癌中miRNA的差异表达及部分功能研究

胰腺癌是一种常见的恶性肿瘤,具有高度侵袭性,它的预后差,患者5年生存率不到5％,因此,对于胰腺癌发病机制及其新的治疗靶点的研究,是众多学者研究的热点.miRNA是由21～25个核苷酸组成的非编码RNA,它作为一种转录后调节分子通过与靶基因的3’-UTR配对,促进mRNA的降解或抑制翻译,从而抑制其靶基因的表达.近年的研究显示,大多数肿瘤都存在miRNA表达谱的改变[1-3],差异表达的miRNA在肿瘤中起到癌基因或肿瘤抑制基因的作用[4-6].胰腺癌同样存在着miRNA表达谱的改变,但关于miRNA与胰腺癌的关系知之尚少,因此研究miRNA在胰腺癌发病机制中的作用具有重要的意义.我们采用miRNA芯片筛查胰腺癌组织与正常胰腺组织中差异表达的miRNA,结果发现了一组在胰腺癌中表达有差异的miRNA,其中上调的miRNA有18个,下调的有14个.根据我们芯片筛查的结果并结合文献报道,我们选择了在胰腺癌中表达显著下调的miR-96、miR-217和表达明显上调的miR-27a进行了功能研究,并分析了它们在胰腺癌的发生、发展过程中可能发挥的作用.     

乳腺癌相关成纤维细胞miRNA表达的检测和分析

目的研究人乳腺癌微环境癌相关成纤维细胞(CAF)与正常成纤维细胞(NF)miRNA表达的差异及其对CAF的生物学功能的影响。方法运用1型胶原酶消化法分别处理临床乳腺癌患者的癌组织和对应癌旁组织标本,原代分离培养CAF和NF细胞;利用免疫荧光法和Western blot法分析CAF和NF细胞成纤维细胞分泌蛋白(FSP)的表达情况,对所分离培养的细胞进行纯度和特性鉴定;利用TranswellTM实验比较CAF与NF细胞的侵袭能力;利用miRNA芯片和芯片结果显著性差异(SAM)分析法分析CAF与NF细胞miRNA表达的差异;对差异miR-205和miR-221,在原代培养的CAF和NF进行实时定量PCR(qRT-PCR)验证;利用多种生物信息学软件预测差异miRNA的靶基因;利用DAVID软件对靶基因进行信号通路富集度分析。利用ELISA检测TGF-β和IL-6信号通路的核心蛋白基质金属蛋白酶1(MMP-1)、MMP-2和MMP-9的表达差异。结果成功分离得到原代培养的CAF与NF细胞,纯度大于95%;与NF细胞相比,CAF细胞的侵袭能力明显增强;miRNA芯片分析结果显示,CAF有10个变化倍数1.5的异常表达miRNA(P0.05),其中3个上调表达(miR-221-5p、miR-31-3p、miR-221-3p),7个下调表达(miR-205、miR-200b、miR-200c、miR-141、miR-101、miR-342-3p、let-7g)。信号通路富集度分析发现,miRNA靶基因与细胞分化、细胞黏附、细胞迁移、细胞增殖、细胞分泌和细胞间相互作用等密切相关,其中,异常表达的miR-200b/c和miR-141等miRNA通过抑制其靶基因,影响TGF-β信号通路、IL-6信号通路,进而影响CAF的侵袭和转移。结论人乳腺癌微环境CAF的miRNA表达谱发生显著变化,CAF细胞中异常表达miRNA可能参与了NF向CAF的转化,并与CAF细胞的增殖、黏附、侵袭、转移有密切关系。     

结肠腺癌小RNA表达谱研究

目的:探讨结肠腺癌及癌旁正常组织的microRNA分子表达谱的差异,为进一步研究相关microRNA在结肠腺癌发生、发展中的分子机制奠定基础。方法:选取3例新鲜的结肠腺癌组织及其癌旁正常粘膜组织,采用microRNA荧光探针杂交芯片扫描技术获得结肠腺癌和癌旁组织中的mi-croRNA表达谱,以样品间表达变化上下2倍作为阈值范围筛选差异表达的内源性microRNA。应用荧光实时定量聚合酶链式扩增技术(qRT-PCR)对表达谱的可靠性进行验证。结果:共获得差异表达的microRNA80个,其中上调30个,下调50个。分析得到变化具有统计学意义(P0.05)的microRNA29个,其中上调2个,下调27个。qRT-PCR的结果与芯片结果一致。结论:结肠腺癌组织和正常组织存在差异表达的microR-NA分子,可能与结肠腺癌的发生、发展相关,microRNA有望成为结肠腺癌分子检测的重要指标及生物治疗的靶向基因。     

肝癌耐药细胞的形态学及微小RNA表达谱分析

目的 比较3株肝癌耐药细胞(Huh-7/ADM、Huh-7/CBP、Huh-7/MMC)与亲本肝癌细胞Huh-7的形态学差异;分析这3株肝癌耐药细胞及Huh-7的miRNA表达谱,筛选3株耐药细胞中异常表达的微小RNA(miRNA).方法 光学显微镜下观察各细胞株细胞形态学特点、透射电镜下观察各细胞株细胞内超微结构特点.miRNA芯片检测各细胞株miRNA表达谱,real-time定量PCR(qPCR)法验证芯片结果.结果 镜下见肝癌耐药细胞比亲本肝癌细胞Huh-7更具多形性,核异型性亦增加;细胞周边微绒毛减少;胞质增多,胞质内细胞器含量增加,并出现脂滴、糖原等成分.miRNA表达谱分析显示:与Huh-7相比,有32个miRNA在3种肝癌耐药细胞株中表达同时上调,有22个miRNA在3种耐药细胞株中表达同时下调.real-time qPCR检测证实miR-15a、miR-16、miR-27b、miR-30b、miR-146a、miR-146b-5p、miR-181a、miR-181d、miR-194在各肝癌耐药细胞中表达同时上调.结论 耐药细胞异型性增加,筛选出的肝癌耐药细胞中异常表达miRNA,可为研究肝癌多药耐药与miRNA的相关性提供依据.     

成人急性B淋巴细胞白血病全基因组miRNA表达谱及其染色体分布

目的研究成人急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)的miRNA表达谱及其基因在染色体上的分布特征。方法应用Illumina测序技术对15例成人B-ALL患者与10例非恶性血液病对照者骨髓样本的miRNA表达丰度进行对比分析,确定其表达差异及其基因在染色体上的分布情况,并通过q-PCR对部分测序结果进行验证。结果两组样本间差异表达的miRNA共291种,168种miRNA在B-ALL组呈表达上调,123种miRNA呈表达下调。两组miRNA基因在染色体上的分布趋于一致,但其表达丰度的分布却有明显的差异:B-ALL组主要分布于1、2、5和9号染色体,而对照组则主要分布于3、7、9、17和X号染色体。结论多种在成人B-ALL骨髓样本中呈异常表达的miRNA,可能在B-ALL发生发展过程中起一定的调控作用     

多疣壁虎断尾后脊髓再生过程中mRNA和微小RNA差异表达谱的分析

目的 分析多疣壁虎断尾后脊髓再生过程中相关mRNA和微小RNA(miRNA)的表达变化,探讨差异表达的mRNA和miRNA在脊髓损伤再生过程中的生物学作用。方法 构建多疣壁虎断尾模型,50只多疣壁虎分为正常组、断尾15 d组和断尾25 d组,每组5只实验重复3次,余5只备用。收集各组标本,提取各组RNA并进行高通量测序。生物信息学分析鉴定组间差异表达的mRNA、miRNA,基因本体论(GO)富集分析差异表达的mRNA功能注释,构建脊髓再生相关的miRNA和mRNA基因调控网络。结果 经测序分析多疣壁虎正常和新生脊髓中mRNA、miRNA的差异表达,断尾15 d组和断尾25 d组分别鉴定到538、510个差异mRNA表达和446、127个差异miRNA表达。GO分析发现,差异表达的mRNA聚集于与细胞增殖、神经发育相关的生物学过程。在脊髓再生相关miRNA及其靶基因调控网络中,断尾15 d组有21个mRNA表达下调,被41个上调的miRNA负向调控;12个mRNA表达上调,受到29个下调的miRNA调控。在断尾25 d组中,8个mRNA表达下调,被10个上调的miRNA负向调控;20个m...     

基于全转录组技术研究慢性应激抑郁模型中微小RNA、长链非编码RNA及环状RNA的表达谱及调控网络

目的 筛选慢性应激抑郁模型大鼠海马组织中微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)的表达谱及其竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络，探讨抑郁症潜在的病理生理机制。方法 12只SD大鼠分为空白组和模型组，采用慢性温和不可预测性应激(CUMS)构建抑郁症大鼠模型，取大鼠海马组织进行全转录组分析，并用生物信息学方法找出可能存在的lncRNA-miRNA-mRNA、circRNA-miRNA-mRNA调控网络。结果 根据|差异倍数(fold change)|≥1.5和P≤0.05共鉴定出29个差异miRNAs(上调21个，下调8个),686个差异lncRNAs(上调163个，下调523个),8个差异circRNAs(上调3个，下调5个)。基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析显示，miRNAs的靶基因主要富集于细胞膜内的高尔基体和钙离子结合过程；LncRNAs靶基因的功能涉及核酸结合的调节、细胞因子和蛋白质泛素化等；CircRNAs的宿主基因主要集中在细胞刺激反应、代谢进程、催化活性等过程中。LncRNAs和circRN...     

肝细胞癌中microRNA-375调控的基因网络分析

 目的: 探讨肝细胞癌中miR-375的表达及其调控的相关靶基因和信号通路。方法: 采用原位杂交检测miR-375在人肝癌组织芯片的表达情况;人全基因组表达谱芯片检测4株肝癌细胞株;MAS生物信息学软件筛选miR-375调控靶基因及相关信号通路。结果: 原位杂交结果显示miR-375在肝癌组织中的表达明显高于癌旁组织(P < 0.05);人全基因组表达谱芯片结果分析显示4株转染miR-375的肝癌细胞的共上调基因有20个,共下调基因有17个;MAS生物信息学软件分析显示4株转染miR-375的肝癌细胞共有的上调信号通路有54条,下调信号通路有48条。结论: miR-375与肝细胞癌有密切的关系。对miR-375调控的肝细胞癌相关靶基因与信号通路进行多元化筛选,为后续全面深入的研究肝细胞癌发生发展的机制提供了便利。     

油酸型ARDS大鼠肺基因差异表达的研究

目的： 用全基因表达谱芯片技术研究油酸型急性呼吸窘迫综合征(ARDS）大鼠肺基因的差异表达并对其进行分析,以进一步阐明ARDS发病的分子机制。方法：采用雄性SD大鼠舌下静脉注射油酸制作ARDS模型,腹主动脉取血并进行血气分析,取肺组织,部分组织固定进行病理学观察,其余组织提取RNA,经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA探针,然后与基因芯片（涵盖 27 044转录本,代表22 012个基因）杂交,扫描芯片荧光信号图像,用Sam3.0进行统计处理,用博奥生物分子功能注释系统V4.0进行功能分析。随机选择 3个差异表达基因,用荧光定量 RT-PCR验证。结果：血气分析和病理学观察确定造模成功。芯片检测结果显示,在ARDS大鼠肺组织中,表达上调1.5倍以上的基因有73个,下调1.5倍以上的基因有298个,其中代谢相关基因上调的有1个,下调的有29个;免疫相关基因上调的有3个,下调的有7个;信号转导相关基因上调的有2个,下调的有9个;神经相关的基因上调的有3个,下调的有3个。结论：油酸型ARDS大鼠肺组织中发生了许多基因差异表达,这些基因涉及代谢、免疫、信号转导和神经等方面的功能,为初步阐明ARDS的发病机制带来启示。