基于网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用机制＊

目的 利用网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用靶点及信号通路，阐述其可能的作用机制。方法 利用TCMSP和TCMID数据库，以OB ≥ 30%，DL ≥ 0.18为条件筛选石榴健胃丸中的活性成分和作用靶点。基于GeneCards和DisGeNet数据库获取胃肠炎相关靶点，蛋白质相互作用网络通过String数据库构建。成分-靶点-疾病网络的构建用cytoscape 软件，并将获得的靶点用DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析。结果 从石榴健胃丸中筛选出有效成分96个和366个潜在靶点，其中有44个治疗胃肠炎的关键靶点。KEGG通路分析筛选得到63条信号通路（P < 0.05），GO功能富集分析得到GO条目数133个（P < 0.05）。在药物-成分-靶点-疾病网络中，显示槲皮素、红花醌甙、杨梅素、β-石竹烯、豆蔻明等成分发挥着重要作用。结论 石榴健胃丸治疗胃肠炎疾病的机理可能是通过细胞因子-受体相互作用通路、TNF信号通路和JAK-STAT信号通路等作用于TNF、IL-6、IL-1β-和IL-10等靶点，从而发挥抗炎和免疫调节等作用。     

二至丸防治类风湿关节炎网络药理学机制探究

目的运用网络药理学及分子对接技术对二至丸进行生物分子网络分析,探究其治疗类风湿关节炎(RA)药理机制,为后续的基础研究和临床应用提供依据。方法通过TCMSP数据库检索二至丸活性成分,TCMSP及STITCH数据库挖掘有效成分作用靶点,TTD、DisGeNET、OMIM数据库获取RA相关基因。运用Cytoscape 3.2.1绘制PPI网络、成分-关键靶点网络图,通过网络拓扑结构分析挖掘关键靶点及核心活性成分。采用David 6.8工具进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。运用autodock4.0软件将核心活性成分与关键靶点进行分子对接。结果共筛选出二至丸口服生物利用度、类药性达标的活性成分21个,其中核心活性成分12个;二至丸治疗RA靶点共75个,其中关键靶点有24个;分子对接提示核心成分槲皮素、木犀草素、β-谷固醇、山奈酚与关键靶点TP53、MAPK1、JUN、SRC自发结合并相互作用。二至丸治疗RA通过介导TNF信号通路等13条信号通路,涉及的生物学过程主要与细胞增殖、凋亡、炎症反应和血管生成相关。结论二至丸对RA的治疗作用具有多成分-多靶点-多通路的特性,可同时抑制滑膜炎症、滑膜成纤维细胞(RA-FLS)的增殖、骨质破坏等。雌激素信号通路被抑制可能是肾阴虚介导RA发生发展的重要机制之一。     

基于网络药理学的"土茯苓-金银花"药对治疗类风湿关节炎作用机制研究

目的 运用网络药理学方法筛选"土茯苓-金银花"药对治疗类风湿关节炎(RA)的有效成分和作用靶点,探究其主要成分-核心靶点-疾病的复杂网络关系.方法 通过中药系统药理学平台(TCMSP)收集"土茯苓-金银花"药对的活性成分及作用靶点;通过GeneCards及OMIM、Drugbank数据库收集RA的疾病相关基因,构建"核心成分-核心靶点-核心通路"网络并筛选出"土茯苓-金银花"药对治疗RA的核心靶点,然后进一步行蛋白互作网络分析(PPI)、GO生物功能注释、KEGG通路富集分析.结果 ①在TCMSP数据库初步提取土茯苓化学成分75种,金银花化学成分240种,经ADME筛选后共获得土茯苓15种,金银花23种活性成分,包括紫杉酚、槲皮素、山萘酚、香茅醇、豆甾醇等.土茯苓主要成分作用靶点基因252个,金银花主要成分作用靶点基因352个.②在GeneCards数据库、OMIM的两个数据库、Drugbank数据库检索得到671个RA靶点.③土茯苓、金银花与RA的共同靶点基因55个.PPI网络分析发现JUN、AKT1、IL-10、VEGFA、TNF等可能是"土茯苓-金银花"药对治疗RA的关键靶点.④在DAVID数据库提交基因序列,得到富集分析结果KEGG Pathway 96条信号通路,"土茯苓-金银花"药对治疗RA主要参与的信号通路包括TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等.GO富集分析包括生物过程(BP)355条结果,涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、炎症反应、对脂多糖的反应、脂多糖介导的信号通路、平滑肌细胞增殖的正调控、血管生成、细胞对脂多糖的反应、血管新生的正调控、以DNA为模板的转录正调控等;细胞成分(CC)27条结果,分子功能(MF)50条结果,主要涉及酶结合、细胞因子活性、转录因子结合、相同的蛋白质结合、蛋白质结合、序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、蛋白磷酸酶2A结合、转录激活子活性,RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区域序列特异性结合、肿瘤坏死因子受体结合等.结论 "土茯苓-金银花"药对的主要活性成分通过TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等信号通过参与RA发病的炎症反应,从而发挥了缓解RA病情的临床作用.本研究初步探究了"土茯苓-金银花"药对治疗RA的作用靶点和作用通路,为进一步更深入地挖掘其治疗RA的作用机制奠定了基础.     

基于网络药理学和分子对接的京制咳嗽痰喘丸治疗新冠肺炎机制研究

目的：基于网络药理学和分子对接探讨京制咳嗽痰喘丸治疗新冠肺炎的潜在分子机制。方法：使用TCMATCOV V1.0数据库,获得京制咳嗽痰喘丸中的活性化合物和潜在治疗靶点;通过R语言软件进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;利用Cytoscape 3.6.1软件构建化合物-靶点网络、重要化合物-靶点-通路网络;使用AutoDock软件进行活性成分和核心靶点的分子对接。结果：京制咳嗽痰喘丸的活性成分主要作用于TNF、IL-10、IL-6、IL-2、CCL2、CCL3、TLR7、LFNG等32个靶点,参与调节细胞因子-细胞因子受体相互作用（Cytokine-cytokine Receptor Interaction）通路、T细胞受体信号通路（T Cell Receptor Signaling Pathway）、IL-17信号通路（IL-17 Signaling Pathway）、C型凝集素受体信号通路（C-type Lectin Receptor Signaling Pathway）、JAK-STAT信号通路（JAK-STAT Signaling Pathway）、Toll样受体信号通路（Toll-like Receptor Signaling Pathway）、Th17细胞分化（Th17 Cell Differentiation）、TNF信号通路（TNF Signaling Pathway）等多条可能与治疗COVID-19有关的信号通路。分子对接结果显示甘草次酸、薄荷烯酮均与关键靶点有较好的自发结合效果。结论：本研究通过网络药理学初步探究了京制咳嗽痰喘丸多成分、多靶点、多通路治疗新冠肺炎的作用机制。     

基于网络药理学探究大黄治疗脑水肿作用机制

目的 基于网络药理学方法探究大黄对脑水肿的治疗作用及其机制。方法 运用中药系统药理学分析平台数据库（TCMSP）获取大黄活性成分及作用靶点,在Uniprot数据库寻找大黄靶基因,并与GeneCards、OMIM及TTD等数据库筛选得到的脑水肿疾病靶点,通过建立药物靶基因与疾病靶点venn图寻找共有基因靶点;运用Bisogent对共有基因靶点进行蛋白相互作用（PPI）网络分析,运用拓扑方法分析关键靶点及药物-成分-靶点网络中的关键成分。通过Metascape对共有基因靶点进行GO分析及KEGG分析,构建靶点-疾病-通路关联图,揭示高频药物治疗脑水肿的潜在作用机制。结果 通过TCMSP获得大黄30种活性成分,113个靶点;脑水肿疾病靶点1 691个,二者共同靶点共45个,其中较为关键的活性成分包括2-羟基丙酸、芦荟大黄素、β-谷甾醇、L-羟基丁酸、泽兰黄醇等;关键靶点包括HSP90AA1、APP、ESR1、CUL3、HSP90AB1、XPO1、EGFR等。涉及的传导途径主要包括癌症蛋白多糖通路、雌激素信号通路、神经活性配体-受体相互作用通路等。结论 研究表明大黄治疗脑水肿的作用机制可能与抑...     

基于网络药理学探讨四妙丸治疗骨关节炎的作用机制

目的：采用网络平台药理学的研究方法,对四妙丸（SMW）用于治疗骨关节炎（OA）的药理作用以及机制问题进行了研究和探讨。方法：主要通过在TCMSP网络平台对四妙丸进行活性药物成分的筛选、在DrugBank数据库的基础上进行了靶标的预测,应用Cytoscape 3.7.1软件构建了化合物-靶点数据分析网络;在TTD及DisGenet进行数据库的检索,获取了疾病的靶点;通过构建韦恩图,取得了疾病与活性药物作用靶点的交集,得到了四妙丸治疗OA的作用靶点;并对四妙丸进行了GO功能注释功能通路注释和KEGG通路富集分析;构建了四妙丸中药-成分-靶点-信号通路网络。结果：分析研究显示共挖掘到了四妙丸中64种共同作用成分及163个潜在共同作用靶点,OA疾病989个成分及相关共同作用靶点,得到四妙丸-疾病共同靶点18个,共同信号作用的靶点主要富集于34个生物过程和26条信号通路上。结论：四妙丸中药可能主要是通过调节PTGS2、TNF、AR等共同靶点,调控IL-17信号通路、TNF信号通路、松弛素、破骨细胞分化、松弛素等方式来抑制机体炎性反应,进一步调节机体免疫功能来治疗骨关节炎。     

四妙丸对类风湿性关节炎和湿疹“异病同治”作用机制的网络药理学探讨

目的运用网络药理学方法分析四妙丸治疗类风湿性关节炎和湿疹的活性成分、作用靶点及关键通路, 探讨该方“异病同治”的作用机制。方法通过检索中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库并结合文献筛 选四妙丸中的活性成分及其作用靶点;利用OMIM、GeneCards、Drugbank 等数据库收集类风湿性关节炎和湿 疹的疾病相关靶点;活性成分作用靶点与疾病靶点取交集得到四妙丸治疗类风湿性关节炎和湿疹的共同靶点。 通过Cytoscape 3.7.1 软件构建“中药-活性成分-疾病共同靶点”网络;运用STRING 数据库构建共同靶点蛋白 互作（PPI）网络。通过Metascape 和DAVID 数据库对共同靶点分别进行GO 功能富集分析和KEEG 通路富集分 析。结果共筛选出四妙丸治疗类风湿关节炎和湿疹的共同靶点46 个,对应四妙丸中的45 种活性成分。四妙 丸主要通过槲皮素、山柰酚、汉黄芩素、油酸、3β-乙酰氧基苍术酮等活性成分,对TNF、IL6、IL1B、 CCL2、CXCL8 等关键基因进行调控,实现对类风湿关节炎和湿疹的异病同治作用。其作用机制可能与细胞黏 附、白细胞迁移、对脂多糖的反应等生物过程有关,并通过TNF 信号通路、类风湿性关节炎、Toll 样受体信 号通路等相关通路实现。结论四妙丸是通过多成分、多靶点、多种信号通路来发挥治疗类风湿关节炎和湿疹 的作用,与其抗炎及免疫调节作用密切相关。     

基于网络药理学探讨薏苡仁-苍术“异病同治”类风湿关节炎和痛风性关节炎作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨薏苡仁-苍术“异病同治”类风湿关节炎（RA）和痛风性关节炎（GA）的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选薏苡仁-苍术的主要活性成分和作用靶点,利用UniProt数据库进行靶点名称规范及转化,通过GeneCards和OMIM数据库搜集RA和GA相关疾病靶点,将疾病靶点与药物靶点取交集,利用Cytoscape3.7.1软件构建药物-活性成分-靶点网络,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络;运用Rx4.0.5软件进行GO功能和KEGG通路富集分析,并借助Cytoscape3.7.1构建中药成分-靶点-通路网络。结果 筛选后得到薏苡仁-苍术活性成分10个,作用靶点70个;RA、GA疾病靶点分别为4 763个、1 572个,疾病和药物交集靶点24个。GO富集分析得到生物过程1 238条,细胞组分9条,分子功能38条;KEGG通路富集分析得到123条通路,与RA及GA相关且排序较靠前的通路有AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、Toll样受体信号通路及TNF信号通路等,主要与炎症反应、免疫调节和抗氧化等相关。结论 薏苡仁-苍术治疗RA和GA具...     

宣白承气汤治疗支气管哮喘的网络药理学分析

目的 运用网络药理学方法探讨宣白承气汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选宣白承气汤的活性成分及作用靶点,通过GeneCards数据库筛选支气管哮喘的疾病相关靶点,获取二者交集靶点,即宣白承气汤治疗支气管哮喘的潜在作用靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建“疾病-药物-活性成分-靶点”网络,并分析网络中的核心活性成分;将交集靶点导入STRING数据库进行蛋白互作（PPI）网络分析,筛选出潜在核心靶点;运用R语言软件包对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 共筛选得到34个活性成分及64个潜在作用靶点（交集靶点）;获得香叶木素、羟基芫花素、泽兰黄醇素、α-菠菜甾醇等核心活性化合物,IL-6、MAPK3、MMP-9、PPARG和ICAM1等核心靶点;共筛选得到67条信号通路,关键通路包括神经活性配体-受体相互作用信号通路、c AMP信号通路、钙信号通路、TNF信号通路、Th17细胞分化、Th1/Th2细胞分化等。结论 宣白承气汤可能是通过香叶木素、羟基芫花素等关键活性成分,作用于IL-6、MAPK3、MMP-9等潜在核心靶点,调控神经活性配体-受体...     

基于网络药理学探讨秦七风湿方治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学探讨秦七风湿方（QQFSF）治疗类风湿性关节炎（RA）的物质基础及其作用机制。方法:通过中医百科全书数据库（ETCM）检索QQFSF中珠子参、秦艽、山茱萸3味中药的成分和靶点;从NCBI、Geencards数据库中检索RA的相关靶点,将QQFSF治疗RA的靶点通过蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析及DAVID进行功能通路富集分析,预测其作用机制。运用Cyoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点-通路”网络,经拓扑学分析得到核心成分和靶点。结果:从QQFSF筛选出成分122个,其中有靶点的成分84个,共筛选到靶点420个。检索得到RA的靶点1 225个。经映射分析,获得成分与疾病的共同靶点72个。通过对网络进行拓扑分析,得到熊果酸、齐墩果酸等核心成分及ABCB1、ABCC1、PIK3CG等核心靶点。经DAVID（P<0.05）富集分析,得到62条信号通路。最后通过分子对接技术对核心成分及靶点进行验证。结论:QQFSF治疗RA的主要成分是熊果酸、齐墩果酸、棕榈酸,靶点主要涉及ABCG2、ABCB1、PIK3CG等,并通过甲状腺激素信号通路、胰岛素抵抗、核因子κB信号通路等达到治疗RA的作用。     

基于网络药理学的肾气丸治疗糖尿病作用机制研究

目的运用网络药理学方法筛选肾气丸的活性成分及核心靶标,探讨肾气丸治疗糖尿病的作用机制。方法经中药系统药理学分析平台(TCMSP)并结合文献查询,筛选肾气丸的活性成分;通过TTD数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选肾气丸活性化合物的作用靶点,建立靶点数据集;通过OMIM数据库和DrugBank数据库筛选糖尿病相关的靶标;PPI数据库构建肾气丸和糖尿病的交互靶标;用Cytoscape软件构建成分-靶点-疾病交互网络图,并通过ClueGO富集分析涉及的靶点基因功能及信号通路;应用Autodock软件进行核心靶标分子对接。结果筛选得到肾气丸100个活性成分,网络分析表明肾气丸活性成分涉及低密度脂蛋白受体相关蛋白6、胰岛素受体底物1、SHC转化蛋白1等靶点58个,靶点与调控基因的转录、细胞凋亡、细胞增殖、胰岛素受体等生物过程相关,通过调节胰岛素抵抗、TNF信号通路、2型糖尿病信号通路、胰岛素信号通路等通路来发挥其抗糖尿病作用。结论肾气丸治疗糖尿病具有多成分-多靶点-多途径的特点,为进一步研究肾气丸治疗糖尿病的作用及分子机制提供了新思路和新方向。     

网络药理学探究二至丸防治阿尔茨海默病的物质基础与作用机制

该研究采用网络药理学的方法,将阿尔茨海默病的关键靶点与二至丸化合物进行分子对接,通过Cytoscape 3.2.1软件,建立成分-靶点、靶点-信号通路网络模型进行网络分析,探讨二至丸防治阿尔茨海默病的物质基础与作用机制。模拟筛选出来的30个化合物与阿尔茨海默病关键靶点及靶点集中所在的Wnt,MAPK,PI3K-Akt-mTOR 3条信号通路均有很强的相互作用,其中有槲皮素、香叶醇、β-谷甾醇、橙花醇、圣草酚5个成分可通过文献验证,初步揭示了二至丸防治阿尔茨海默病的物质基础及其在3条信号通路上的作用机制。通过网络药理学方法发现,二至丸防治阿尔茨海默病的活性成分可能是槲皮素、香叶醇、β-谷甾醇、橙花醇、圣草酚,其作用机制可能与Wnt,MAPK,PI3K-Akt-mTOR 3条信号通路有关。     

基于网络药理学和分子对接研究寿胎丸治疗复发性流产的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接方法探讨寿胎丸治疗复发性流产（RSA）的主要作用机制。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM数据库检索寿胎丸所含主要的活性化学成分,并在TCMSP数据库中查询药物成分对应靶点,检索GeneGards数据库获得RSA相关靶点。运用R软件取药物与疾病靶点的交集制成韦恩图,再利用Cytoscape 3.7.2软件将药物-活性成分-靶点-疾病网络可视化,通过STRING数据库获得靶标蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。最后运用R软件对靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：共得出主要活性成分21个,寿胎丸与RSA相关靶点共108个,通过GO分析得出133个功能条目,通过KEGG分析得出147条信号通路,涉及细胞因子受体结合、受体配体活动、泛素样蛋白连接酶结合等功能及AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化等通路。分子对接验证显示,寿胎丸的主要活性成分与RSA核心靶点具有较强的结合活性,为二者的相互作用提供了基础。结论：该研究利用网络药理学方法初步揭示了寿胎丸通过多成分、多靶点、多通路治疗RSA的作用机制,预测了寿胎丸可能通过TGF-β、PI3K/AKT、MAPK、JAK-STAT等通路保护妊娠,为进一步临床及实验研究提供了良好的理论依据。     

基于网络药理学探讨茵栀黄口服液治疗黄疸的作用机制研究

目的：基于网络药理学方法构建茵栀黄口服液成分-靶点-通路的相互作用网络,探究其治疗黄疸可能的分子机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取茵栀黄口服液4种成分-茵陈、栀子、黄芩、金银花的有效活性成分,并对潜在靶点进行预测,进而绘制药物有效活性成分韦恩图及化合物-靶点网络图,通过人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、GeneCards及Drugbank数据库筛选出黄疸相关靶点,与获得的药物预测靶点取交集,再将交集靶点导入STRING数据库及Cytoscape 3.7.2,得到蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图;通过Metascape对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：茵栀黄口服液的4种成分-茵陈、栀子、黄芩、金银花在TCMSP数据库中共检索到530个化学成分,根据口服生物利用度(OB)和类药性(DL)共筛选出87个活性成分,得到作用于黄疸的靶点共233个,通过与疾病数据库筛选出黄疸相关靶点取交集,获得交集靶点122个,GO功能分析集中在对细胞凋亡、细胞因子受体结合的调控,对多种蛋白激酶活性的调节等方面,KEGG通路分析得到T细胞受体信号通路、IL-17信号通路、PI3K-AKT信号通路、核因子κB信号通路等通路。结论：本研究结果显示茵栀黄口服液治疗黄疸具有多成分、多靶点的作用特点,并预测了可能的作用机制,为后期实验研究提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨异功散治疗支气管哮喘作用机制

目的：运用网络药理学、分子对接探讨异功散治疗支气管哮喘（BA） 作用机制。方法：通过 BATMAN-TCM、中医药百科全书（ETCM） 平台、SymMap、TCM Database@Taiwan、中药系统药理学数据库和 分析平台（TCMSP） 获取异功散各药物的潜在活性成分及对应靶点;利用DisGeNET、TTD、GeneCards、 PharmGkb、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、NCBI、人类表型本体（HPO） 和Drugbank 数据库收集BA 疾病作用靶点,使用Bioinformatics ＆ Evolutionary Genomics 平台筛选药物与疾病共有靶点;利用GEO 下载基 因芯片,使用R 语言分析获取差异表达基因,通过药物与疾病共有靶点基因交叉验证获得关键靶点,构建 “活性成分-关键靶点”网络;使用R 软件对关键靶点进行基因本体论（GO） 生物功能分析和京都基因和基因 组百科全书（KEGG） 通路富集分析;采用STRING 数据库和Cytoscape 软件获得关键靶点蛋白相互作用关系, 筛选出核心靶点;通过AutoDock 软件进行核心靶点与活性成分的分子对接验证。结果：共筛选176 个药物活 性成分及其对应的作用靶点265 个,获得差异基因1 263 个,交叉验证得到原癌基因1（PIM1）、人肾上腺素 能受体β2（ADRβ2）、V-rel 网状内皮细胞病毒癌基因同源物A（RELA）、碳酸酐酶2（CA2） 基因、肿瘤坏死 因子（TNF） 等16 个关键靶点,关联的活性成分有槲皮素、甘草查尔酮A、甘草查尔酮B、山柰酚、柚皮素 等。异功散治疗BA 的关键靶点主要富集通路有NOD 样受体信号通路、C 型凝集素受体信号通路、TNF 信号 通路等。分子对接结果显示,TNF、RELA、白细胞介素1A（IL1A）、连环蛋白β1（CTNNβ1）、螺旋环螺旋结 构域扩散激酶（CHUK）、CXC 型趋化因子配体2（CXCL2）、磷酸酶-张力蛋白基因（PTEN）、信号转导子和转 录激活子1（STAT1） 等核心靶点与槲皮素、甘草查尔酮A、甘草查尔酮B、山柰酚、柚皮素等活性成分均具 有良好的结合能力。结论：异功散中槲皮素、甘草查尔酮A、甘草查尔酮B 等成分可通过PIM1、ADRβ2 等多 靶点调控NOD 样受体、C 型凝集素受体信号通路、TNF 信号通路等治疗BA。     

基于网络药理学方法的二至丸治疗肝肾阴虚型崩漏作用机制研究

目的筛选二至丸治疗肝肾阴虚型崩漏的主要活性成分,预测其作用的关键靶点及信号通路,建立多成分-多靶点-多通路的网络模型,从分子水平探讨其作用机制。方法通过多个数据库联用检索和文献挖掘,筛选二至丸的主要活性成分及其靶点,运用String平台对交集靶点进行蛋白-蛋白相互作用网络分析,利用Cytoscape3.6.1软件构建二至丸成分-靶点-通路网络,进行网络拓扑学分析,并通过生物学信息注释数据库DAVID分析靶点基因功能及信号通路。结果筛选出二至丸主要活性成分10个,主要包括木犀草素、槲皮素、芹菜素和山柰酚等,通过调节STAT3、IL6、TNF和IL4等92个靶点,调控血管内皮生长因子、孕激素介导的卵泡成熟等29条信号转导通路。结论二至丸主要通过影响血管功能、神经-内分泌、糖脂代谢及炎症和免疫,协同发挥止血、调节激素水平、免疫调节等作用。     

基于网络药理学的大血藤抗炎作用机制研究

目的运用网络药理学方法探讨大血藤抗炎的作用机制。方法筛选大血藤的活性成分,构建大血藤活性成分—作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的生物功能和通路进行分析。结果筛选得到大血藤18个活性成分,网络分析表明大血藤活性成分涉及芳烃受体、半胱氨酸蛋白酶-1、表皮生长因子受体、糖皮质激素受体和多个与NF-κB信号通路相关的蛋白靶点等54个,通过调节TNF信号通路、NOD样受体信号通路、凋亡、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路等信号通路来发挥其抗炎作用。结论研究体现了大血藤多成分-多靶点-多途径的作用特点,为进一步开展大血藤抗炎作用机制的研究提供了新思路和新方向。     

基于复杂网络分析王小云教授治疗围绝经期综合征的用药规律及作用机制

目的 基于复杂网络分析挖掘王小云教授治疗围绝经期综合征的用药规律及其核心药物作用机制。方法 收集王小云教授治疗围绝经期综合征的有效门诊中药处方,经数据标准化处理后,用SPSS Modeler软件对药物进行频次、四气五味归经属性分析、关联规则分析及复杂网络分析,挖掘核心药对;借助系统药理学方法筛选核心药对（桃仁-红花）的有效活性成分及其靶点,构建药物-有效成分-靶点网络及药物与疾病关键靶点蛋白互作网络,并进行基因本体（GO）富集分析与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;通过综合以上网络分析筛选出关键成分及靶点进行分子对接初步验证。结果 共筛选出339首处方,涉及230味中药,总频次为2757次,使用频次≥35的中药有赤芍、白术、郁金、杜仲、葛根、酸枣仁等20味,主要以理气药、补阴药、补气药、活血调经药;通过关联规则分析所得的用药模式中,桃仁-红花药对支持度排序位列第一。共筛选出桃仁-红花潜在活性成分34个,靶点319个,药物与疾病交集关键靶点148个,富集分析结果显示,在桃仁-红花治疗围绝经期综合征的过程中,可能与肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路...     

基于网络药理学联合GEO 芯片探讨肾气丸治疗肾小管上皮间质转化的作用机制

目的：基于网络药理学联合GEO 芯片差异基因分析方法探讨肾气丸治疗肾小管上皮间质转化（EMT） 的作用机制,动物实验进一步验证肾气丸治疗EMT 的作用靶点。方法：依据中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 和BATMAN-TCM 数据库筛选出肾气丸的活性成分及其对应靶点,利用GEO 数据库获取疾病相关靶点, 通过Cytoscape3.7.0 软件绘制“ 药物-成分-靶点” 网络。使用STRING 数据库与Cytoscape3.7.0 软件绘制核心靶点蛋白相互作用网络,并利用R 语言对核心靶点进行GO 功能和KEGG 通路富集分析。通过实时荧光定量PCR 验证肾气丸对苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、细胞分裂周期蛋白20（CDC20）、表皮生长因子受体（EGFR）、核受体辅激活蛋白1（NCOA1）、细胞周期蛋白B1（CCNB1） mRNA 的影响。结果：共得到肾气丸活性成分229 个,预测作用靶点共1 331 个,与EMT GEO 芯片共同靶点共221 个。肾气丸治疗EMT 主要作用于AKT1、CDC20、EGFR、NCOA1、CCNB1 等靶点。GO 富集分析涉及到营养物质反应、金属离子反应、氧化应激反应等多种生物过程,KEGG 富集分析得到cAMP 信号通路、钙信号通路、甲状腺激素信号通路、催产素信号通路、HIF-1 信号通路等多条信号通路。实时荧光定量PCR 证明肾气丸治疗可升高腺嘌呤造模小鼠肾组织中AKT1 mRNA 表达,降低CDC20、EGFR 和CCNB1 mRNA 表达（P＜0.05）。结论：基于网络药理学方法及实验验证,初步阐明肾气丸可通过调节AKT1、CDC20、EGFR、CCNB1 mRNA 表达来改善EMT,其作用机制可能与cAMP 信号通路、钙信号通路等多条信号通路有关。