乳香-没药治疗类风湿性关节炎的网络药理学和生物信息学分析

目的:研究乳香-没药药对治疗类风湿性关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)的作用机制。方法:依托GEO、GeneCards、OMIM数据库挖掘RA相关基因并进行合并。通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索乳香-没药的有效化学成分和相关靶点,使用Cytoscape 3.8.0软件绘制“药物-成分-靶标-信号途径”的可视化网络。运用STRING数据库构建化合物靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。运用R软件进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:GEO、GeneCards、OMIM数据库筛选出类风湿性关节炎相关基因4 655个,共筛选出乳香-没药药对主要活性成分46个,对应靶点90个。获得乳香-没药治疗类风湿性关节炎的靶点60个,核心靶点6个。此外,KEGG通路富集结果主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化、AGE-RAGE信号通路、白细胞介素-17信号通路。结论:乳香-没药药对可通过多靶点、多通路来治疗类风湿性关节炎。     

基于网络药理学的五子衍宗丸药效机制研究＊

目的 借助中药网络药理学方法，探究五子衍宗丸在治疗不育、早泄、阳痿这3种疾病过程中的共性作用机制。方法 五子衍宗丸相关活性成分的化学结构和药物靶点是利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）得到的；上述3种疾病的相关靶点是利用人类孟德尔遗传数据库（OMIM），人类基因数据库（GeneCards）筛选得到的；利用Cytoscape 3.7.1构建“化合物-靶点-疾病”网络；再利用蛋白质相互作用（PPI）网络筛选出核心靶点，而基因本体（GO）功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析是借助生物学信息注释数据库（DAVID）进行。结果 分析所构建的“疾病-基因-药物”网络，发现甾体类化合物是五子衍宗丸治疗不育、早泄、阳痿三种疾病的主要化学成分，再分析蛋白相互作用网络，得出五子衍宗丸治疗上述三种疾病的10个高频共性靶点，30个GO高频共性基因，6条KEGG高频共性通路。结论 利用网络药理学方法探究五子衍宗丸在不育、早泄、阳痿这3种疾病治疗过程中的共性作用机制以及高频共性靶点、GO、KEGG通路等，为其活性成分研究和临床应用提供理论依据。     

基于网络药理学探讨乳香——没药药对干预乳腺增生症的分子机制＊

目的 采用网络药理学方法，探索乳香-没药药治疗乳腺增生症的作用机制。方法 本研究利用中医药数据库收集筛选乳香-没药药对的化学成分信息，通过Pubchem数据库以及其他化学结构数据库转换成各活性成分有效成分的SMILES式，将SMILES式输入Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测，利用DAVID数据库进行KEGG通路注释分析，最后利用Cytoscape根据收集乳香没药药对的预测靶点和进一步的富集分析，构建活性成分-预测靶点网络模型和成分-靶点-通路网络模型，并分析其作用机制。结果 乳香-没药药对抑制乳腺增生主要有乳香脂酸、因香酚、没药甾酮、曼苏宾酸等51个活性成分；雄激素受体、细胞色素P450、微管相关tau蛋白、雌激素受体、类固醇17α-羟化酶/17,20裂解酶、糖皮质激素受体、盐皮质激素受体等271个作用靶点；类固醇激素生物合成，雄激素和雌激素代谢，VEGF、ErbB、mTOR信号通路；类固醇生物合成6条信号通路参与乳腺增生症调控；类固醇生物合成、类固醇代谢、激素调节、激素代谢14个生物过程。结论 本研究通过对乳香-没药药对的网络药理学分析，发现了乳香-没药药对乳腺增生症治疗的相关信号通路和生物过程，其作用机制主要涉及抑制乳腺细胞增生、促进细胞凋亡自噬、抑制炎症反应和血管新生等方面，体现了乳香-没药药对在“多成分-多靶点-多途径”方面对乳腺增生症的治疗作用，为理解乳香-没药药对中各有效组分的协同作用提供科学依据。     

基于网络药理学探讨肉苁蓉-巴戟天药对治疗股骨头坏死的作用机制＊

目的 基于网络药理学方法探讨肉苁蓉-巴戟天药治疗股骨头坏死的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）对肉苁蓉-巴戟天药对中活性成分进行筛选，通过GeneCards、OMIM数据库检索股骨头坏死疾病靶点，取得交集基因后使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络，基于生物学信息注释数据库（DAVID）对核心靶点进行基因本体（GO）功能富集分析与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 共得到肉苁蓉-巴戟天药对的21个活性成分和182个潜在靶点，相关的疾病靶点727个，GO富集分析主要包括细胞凋亡、脂质代谢异常、活性氧反应等功能途径；KEGG通路分析主要包括缺氧诱导因子-1信号通路、p53信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。结论 基于网络药理学初步揭示出肉苁蓉-巴戟天药对治疗股骨头坏死多成分、多靶点、多通路的整体调节作用，其作用机制可能与脂质代谢异常、细胞凋亡、缺氧诱导因子-1信号通路、p53信号通路密切相关。     

基于网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用机制＊

目的 利用网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用靶点及信号通路，阐述其可能的作用机制。方法 利用TCMSP和TCMID数据库，以OB ≥ 30%，DL ≥ 0.18为条件筛选石榴健胃丸中的活性成分和作用靶点。基于GeneCards和DisGeNet数据库获取胃肠炎相关靶点，蛋白质相互作用网络通过String数据库构建。成分-靶点-疾病网络的构建用cytoscape 软件，并将获得的靶点用DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析。结果 从石榴健胃丸中筛选出有效成分96个和366个潜在靶点，其中有44个治疗胃肠炎的关键靶点。KEGG通路分析筛选得到63条信号通路（P < 0.05），GO功能富集分析得到GO条目数133个（P < 0.05）。在药物-成分-靶点-疾病网络中，显示槲皮素、红花醌甙、杨梅素、β-石竹烯、豆蔻明等成分发挥着重要作用。结论 石榴健胃丸治疗胃肠炎疾病的机理可能是通过细胞因子-受体相互作用通路、TNF信号通路和JAK-STAT信号通路等作用于TNF、IL-6、IL-1β-和IL-10等靶点，从而发挥抗炎和免疫调节等作用。     

太子参抗心肌缺血作用机制的网络药理学研究＊

目的 利用网络药理学的研究方法，筛选太子参抗心肌缺血的活性化学成分和作用靶点，探讨太子参多成分、多靶点、多途径抗心肌缺血的分子机制。方法 采用中药系统药理学数据库（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform，TCMSP）和中药中医药综合数据库（Traditional Chinese Medicine Integrated Database，TCMID），以口服生物利用度（oral bioavailability，OB ≥ 30%）和类药性（drug-likeness，DL ≥ 0.18）2个重要参数为依据，经文献整理，结合生物学功能、含量、研究热度等因素筛选太子参的活性化学成分；通过中药靶标数据库（Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine，TCMIP）、中药系统药理学分析平台（TCMSP）和BATMAN-TCM数据库，预测活性成分的作用靶点，建立靶点数据集；构建“活性成分-靶点-疾病”网络和蛋白互作网络（protein protein interaction，PPI）；利用生物学信息注释数据库（Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery，DAVID）进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果 共检索出25个化合物，其中8个化合物作为活性成分；检索出858个成分作用的靶点；通过网络拓扑特征评价筛选出12个可能的潜在作用靶点；筛选出116个生物过程和34条信号通路。与太子参抗心肌缺血有关的信号通路为：HIF-1通路、PI3K-Akt通路、mTOR通路、VEGF通路等；其主要涉及的生物过程包括细胞对缺氧的反应、细胞对血管内皮生长因子刺激的反应、血管生成的积极调节、血管内皮生长因子受体信号通路的正调节。结论 太子参抗心肌缺血的分子机制与活性成分协同作用于这些潜在靶点调节这些生物过程和信号通路，发挥多成分、多靶点、多途径抗心肌缺血的生物学效应。     

基于网络药理学方法探讨八珍汤治疗ITP的作用机制＊

目的 采用网络药理学方法，探索八珍汤治疗原发免疫性血小板减少症（Primary immune thrombocytopenia， ITP）的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、Drugbank数据库和文献检索方式获得八珍汤8味中药的化学成分和作用靶点，以口服吸收利用度和药物相似性等条件进行筛选。通过OMIM数据库、TTD数据库、GAD数据库和GeneCards数据库查找ITP的相关靶点。进而利用Cytoscape 3.7.1软件构建化学成分-靶点网络、疾病-靶点网络、成分靶点和疾病靶点交集网络，通过Cytoscape软件中ClueGO插件和DAVID在线分析工具对八珍汤治疗ITP的相关靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路分析，探讨八珍汤治疗ITP的作用机制。结果 共筛选得到159个八珍汤化学成分和146个靶点；获得306个ITP相关靶点；得到21个八珍汤治疗ITP的作用靶点；显著富集到114个生物过程条目和34条KEGG生物通路。结论 八珍汤主要通过TNF信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、VEGF信号通路和T细胞受体信号通路等发挥治疗ITP的作用，其中TNF信号通路可能是其关键机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪-白术治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 运用网络药理学和分子对接技术探究黄芪-白术配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制和药效物质。方法 运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）和GeneCards数据库，进行黄芪-白术药物成分和疾病所作用靶点收集，处理构建出化学成分-疾病靶标，筛选核心靶标。借助Metascape数据库进行GO注释和KEGG通路富集分析，将靶标映射至对应生物学信号通路，构建黄芪白术-化学成分、化学成分-核心靶点-COPD疾病等多层次网络关联图，筛选出药物活性成分和核心靶点。利用分子对接技术分析活性成分和核心靶点的相互作用关系，并采取体外抗炎活性实验进行验证。结果 搜集到黄芪-白术中关键活性物质6个，潜在治疗COPD靶标131个，筛选出核心靶标16个。通过KEGG分析主要通过癌症信号通路（Pathways in cancer） 、MAPK信号通路（MAPK signaling pathway），IL-17信号通路（IL-17 signaling pathway）通路发挥药效作用。分子对接结果显示，槲皮素、山奈酚、异鼠李素、8β-乙氧基苍术内酯Ⅲ、7-O-甲基异丁香酚等活性物质与COPD关键靶点之间具有较高的结合活性。体外抗炎活性验证槲皮素与山奈酚具有较好抗炎效果。结论 本研究运用网络药理学和分子对接技术预测黄芪-白术治疗COPD作用机制，初步揭示了黄芪-白术配伍通过抑制炎症反应、调节上皮细胞生长增强保护屏障、抑制肿瘤血管生成等作用而发挥防治COPD的作用。研究结果预测了黄芪-白术配伍治疗COPD多基因和多途径的调节作用，可为临床合理用药及作用机制的研究提供参考。     

小承气汤“成分-靶点-通路”的网络药理学研究＊

目的 基于网络药理学分析小承气汤活性成分-靶点-通路，研究其药理机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）和中药综合数据库（TCMID）获取小承气汤化合物成分；利用Swiss Target Prediction数据库和STITCH数据库预测中药活性成分作用靶点；利用STRING平台构建蛋白互作网络（PPI），依据度值和介数筛选关键靶点；利用DAVID数据库对关键靶点进行GO/KEGG功能富集；将小承气汤部分核心成分与肿瘤坏死因子α进行分子对接分析。结果 获得小承气汤有效活性成分62个，主要是蒽醌衍生物、酚类和黄酮类成分；筛选出50个关键靶点，包括炎症相关酶EGFR、EGF、TNF-α、MMP9、PTGS2等，神经递质转运、代谢等相关的SLC6A4、MAOA、MAOB、CASP3等；对关键靶点的ontology（GO）分析结果共27条，涉及细胞对白介素1的反应、细胞对脂多糖的反应以及一氧化氮生物合成过程的正反馈等炎症介质代谢相关的生物过程等；KEGG通路富集分析结果共63条，作用于TNF信号通路、MAPK信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、炎症性肠病、色氨酸代谢和VEGF信号通路等；分子对接显示芦荟大黄素、β-谷甾醇、儿茶素、木犀草素、厚朴酚与肿瘤坏死因子α的对接结果良好。结论 采用网络药理学方法初步阐明了小承气汤的药效物质基础、作用的关键靶点和主要作用途径，为该方进一步的药理学研究和机制研究提供理论依据。     

基于网络药理学的五子衍宗丸抗睾丸炎症作用机制

目的 通过网络药理学分析和实验验证，探讨五子衍宗丸抑制睾丸炎症可能的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索五子衍宗丸的活性成分，利用SwissTargetPredicition平台进行有效成分靶点预测，GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）获得已知治疗睾丸炎症的相关靶点，STRING 11.0数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析，利用Cytoscape 3.7.1软件构建“五子衍宗丸药物组成-有效成分-靶点”和“五子衍宗丸有效成分-疾病靶点”网络图，Metascape平台进行基因本体（GO）分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。结果 筛选出五子衍宗丸72个有效成分，624个潜在靶点，共发现五子衍宗丸抗睾丸炎症有196个可能的重要靶点。GO富集分析结果表明，五子衍宗丸抗睾丸炎症的潜在靶点涉及对细菌起源分子的反应、对外界刺激反应的正向调节及对细胞外刺激的反应等生物学过程。KEGG富集分析得到与五子衍宗丸抗睾丸炎症相关的通路（P<0.01），主要涉及癌症通路、表皮生长因子受体（EGFR）酪氨酸激酶抑制剂耐药性、癌症中的转录调控异常、钙信号通路、Apelin信号通路、核苷酸结合寡聚化结构域（NOD）样受体信号通路等。实验表明五子衍宗丸具有抗睾丸炎症的作用，其机制可能是通过抑制NOD样受体蛋白3（NLRP3）炎症小体通路的激活来抑制炎症反应，一定程度上验证了网络药理学的预测结果。结论 五子衍宗丸对睾丸炎症的抑制作用是多靶点、多途径、多机制的，该研究结果为五子衍宗丸的临床应用提供了一定证据支持。     

基于网络药理学的疏风解毒胶囊抗炎和免疫调节作用机制研究

目的探索疏风解毒胶囊抗炎和免疫调节的网络调控机制。方法选取疏风解毒胶囊中的28个化合物为研究对象,依据反向药效团匹配方法预测化合物的作用靶点,借助MAS 3.0生物分子功能软件及京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对获得靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析、信号通路分析,利用Cytoscape软件构建网络药理图。结果 28个化合物可通过127个靶点作用于112条通路,其中41个蛋白靶点和22条通路与抗炎和免疫调节相关,得到疏风解毒胶囊化合物-靶点-通路-病理过程网络图。结论疏风解毒胶囊通过作用于HRAS、MAP2K1、AKT1、MME和PTPN1等关键蛋白,干预了多个与抗炎和免疫调节相关的生物过程,初步揭示了其作用机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨新香冲剂治疗流感的作用机制＊

目的 该研究通过网络药理学和分子对接技术探讨新香冲剂治疗流感的作用机制。方法 首先，基于SymMap、PubChem、FAF-Drugs4、TargetNet等网站工具，筛选新香冲剂中的活性成分，预测其靶点。通过GEO数据库获得人类流感疾病靶点。利用Cytosacpe3.6.0软件构建中药-成分、成分-靶点、药物-疾病蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)网络，对网络进行拓扑结构分析，筛选出关键化合物和关键靶点。提取核心子网络，利用DAVID6.8在线工具对核心子网络的靶点做基因本体(Gene Ontology,GO)分析和京东基因百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。利用分子对接方法分析关键化合物和关键靶点的相互作用关系。结果 成分-靶点网络分析得到9种重要的活性化合物，关键化合物为芹菜素(Apigenin)。药物、疾病网络的共同靶点基质金属蛋白酶9(Matrix Metalloproteinase-9,MMP9)是关键靶点。GO分析显示核心子网络与抗炎、调节免疫等多个生物学过程相关。KEGG富集分析得到甲型流感疾病通路。分子对接显示，芹菜素与MMP9可通过氢键结合形成稳定的构象。结论 新香冲剂通过抗病毒、抗炎、调节免疫等机制治疗流感，调控宿主细胞MMP9的表达是其发挥作用的途径之一，以上结论有待进一步开展实验验证。     

基于网络药理学和分子对接探讨疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制

[目的] 探讨疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制。[方法] 在中药系统药理数据库（TCMSP）筛选疏风止痉方12味中药活性成分,并预测作用靶点;运用GeneCards、OMIM数据库获取耐药性癫痫相关基因,获得DRE相关靶点;利用R4.0.0语言筛选药物和疾病的交集靶点,借助String数据库构建靶点蛋白互作网络;通过Cytoscape 3.7.2软件构建中药-化学成分-疾病靶点网络;使用R语言进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,利用Cytoscape软件构建KEGG关系网络;最后通过AutoDock Vina对重要化合物作分子对接验证。[结果] 得到潜在作用靶点165个,筛选出槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、柚皮素5个主要化学成分,7个核心靶点PT－GS2、HSP90AA1、ESR1、AR、MAPK1、AKT1、MAPK3,基因富集分析得到2 584条GO功能条目和171条KEGG通路。分子对接结果表明疏风止痉方中主要活性成分与核心作用靶点具有良好的结合活性。[结论] 该研究初步揭示了疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制,主要是通过抗病毒、抑制炎症、神经保护等作用起到协同增效作用,为临床合理应用提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨清肺通络方治疗儿童肺炎支原体肺炎的作用机制＊

目的 基于网络药理学方法探讨清肺通络方治疗儿童肺炎支原体肺炎（Mycoplasma pneumoniae pneumonia， MPP）的潜在作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform， TCMSP）结合手动文献检索筛选出清肺通络方的活性成分，并通过该平台对清肺通络方活性成分靶点进行预测，并使用蛋白质数据库（The Universal Protein Resource， UniProt）统一规范预测靶点名称；利用人类孟德尔遗传数据库（Online Mendelian Inheritance in Man， OMIM）、药物数据库（DurgBank）、疾病基因数据库（DisGeNET）、人类基因数据库（Gene Cards?：The Human Gene Database，GeneCards）检索儿童MPP的相关靶点；利用Biogenet分别对药物与疾病靶点进行蛋白互作网络（Protein-Protein Interaction Networks， PPI）进行构建，并提取交集网络以获得清肺通络方治疗儿童MPP的核心靶点；利用基因富集分析在线工具（Metascape）对核心靶点进行基因进行基因本体（Gene ontology， GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes， KEGG）通路富集分析。结果 得到药效成分162个、药物靶点276个、儿童MPP靶点589个，最终获得关键靶点120个。清肺通路方主要成分为槲皮素（quercetin）、β-谷固醇（beta-sitosterol）、山奈酚（kaempferol）、常春藤皂苷元（hederagenin）、豆甾醇（Stigmasterol）、异鼠李素（isorhamnetin）、丁子香萜（Mairin）等；核心靶标为微型染色体维持蛋白2（MCM2）、异核核糖核蛋白A1（HNRNPA1）、异核核糖核蛋白K（HNRNPK）、异核核糖核蛋白U（HNRNPU）、雌激素受体1（ESR1）、肿瘤蛋白P53（TP53）、白介素增强子结合因子3（ILF3）等；GO功能富集分析提示清肺通络方通过生物合成、氧化应激、细胞凋亡、转录因子结合等方面发挥作用；KEGG信号通路分析表明主要与癌症中的转录失调通路、细胞凋亡通路、泛素介导的蛋白水解通路、PI3K-Akt信号通路、剪接体通路、MAPK信号通路、Notch信号通路、EB病毒感染、小细胞肺癌通络等相关。结论 清肺通络方通过多成分、多靶点、多途径的作用方式，从细胞凋亡、免疫调节、炎症反应等方面发挥其治疗儿童MPP的作用。     

基于网络药理学和分子对接的当归六黄汤治疗围绝经期综合征作用机制研究

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗围绝经期综合征（PMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和UniProt数据库检索当归六黄汤的活性成分和相应的靶点。基于GeneCards、DrugBank、OMIM数据库获取与PMS相关的靶点,并得到当归六黄汤与PMS的交集靶点。构建当归六黄汤活性成分-交集靶点相互作用网络。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析,筛选核心靶点。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集。通过Discovery Studio 2016进行分子对接,确定关键活性成分与核心靶点相互作用的分子基础。结果 共获取当归六黄汤112个活性成分,经筛选得到5个关键活性成分,分别为槲皮素、豆甾醇、β-谷甾醇、山柰酚、7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇,主要发挥抗炎和雌激素样作用。获取当归六黄汤与PMS的交集靶点52个,经筛选得到5个核心靶点,分别是白细胞介素-6（IL-6）、前列腺素G/H合酶2（PTGS2）、雌激素受体1（ESR1）、IL-1B和糖皮质激素受体基因亚科3 C组成员1（NR3C1）,主要参与炎症反应和激素调节。KEGG富集分析显示,当归六黄汤治疗PMS主要通过化学致癌-受体激活、脂质和动脉粥样硬化、癌症、神经活性配体-受体相互作用、流体剪切应力和动脉粥样硬化、5-羟色胺能突触、雌激素信号通路、突触小泡循环、腺苷酸依赖的蛋白激酶（AMPK）信号通路等发挥作用。分子对接结果验证了当归六黄汤的关键活性成分可以与核心靶点蛋白形成稳定的对接模型。结论 基于网络药理学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗PMS的关键活性成分、核心靶点和主要信号通路,为当归六黄汤治疗PMS提供了参考。     

基于网络药理学的小儿肺热咳喘颗粒抗冠状病毒作用机制探讨

目的探索小儿肺热咳喘颗粒抗冠状病毒的潜在作用机制。方法在TCMIP数据库中查找小儿肺热咳喘颗粒的各药材-成分-靶点信息,同时检索全方的候选靶基因,在Genecards数据库中以"coronavirus"为关键词搜索冠状病毒相关靶点,与小儿肺热咳喘颗粒全方活性靶点映射筛选出共同靶点作为研究靶点。将筛选出的共同靶点在已经总结的各药材-成分-靶点数据库中查找到对应的成分及所属药材。将共同靶点导入STRING数据库中构建靶点相互作用网络图,利用Cytoscape3.3.0软件进行可视化处理,筛选出核心靶点。借助OmicsBean分析平台与STRING数据库对靶点进行基因本体(geneontology,GO)分析和KEGG信号通路富集分析。结果总结得到小儿肺热咳喘颗粒342个化学成分,全方靶基因共有737个。Venny映射后的共同靶点48个,对应173个化合物,核心靶点19个,主要化合物27个。GO生物过程(BP)条目3420个,细胞组成(CC)条目239个,分子功能(MF)条目343个。KEGG富集分析得到与小儿肺热咳喘颗粒治疗作用相关的信号通路160条。构建了小儿肺热咳喘颗粒核心靶点的"药材-成分-靶点-通路"网络。结论 173个化合物可通过作用于48个相关靶点,干预160条信号通路,如IL-17信号通路、甲型流感等,主要涉及抗炎、免疫调节、镇咳平喘、抗菌、抗病毒、镇静等方面,为小儿肺热咳喘颗粒治疗冠状病毒相关疾病提供理论依据。     

基于网络药理学研究健脾固肠方治疗结肠癌的作用机制＊

目的 基于网络药理学方法研究健脾固肠方治疗结肠癌的作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台、中医综合数据库等，得到健脾固肠方中8味中药的所有化学成分及治疗结肠癌的潜在作用靶点。导入健脾固肠方潜在作用靶点到基因本体数据库（Gene Ontology，GO）中进行富集分析，将采集筛选得到的健脾固肠方潜在作用靶点导入京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）中构建信号通路信息。运用CCK8法、Western Blot法、化学发光法对网络药理学结果进行验证。结果 从复方中筛选得到102个潜在活性化合物、481个潜在作用靶点，与疾病共关键信号通路3条。同时通过实验手段验证了，健脾固肠方含药血清和高浓度棕榈酸能够抑制结肠癌细胞SW480的活性，同时能降低PI3K蛋白和AKT蛋白的磷酸化，能降低SW480细胞上清液中的IL-6浓度。结论 本研究筛选了健脾固肠方治疗结肠癌的关键靶点和通路，并用实验初步验证，为健脾固肠方的新药开发提供了科学依据。     

参芪降糖颗粒通过多层次互作网络治疗糖尿病微循环障碍作用机制研究

目的基于网络药理学方法研究参芪降糖颗粒治疗糖尿病微循环障碍的潜在分子机制。方法通过GeneCards数据库查询糖尿病肾脏病、糖尿病视网膜病变、糖尿病神经病变、糖尿病足病和糖尿病合并脑小血管病的疾病靶点,整合为糖尿病微循环障碍疾病靶点。借助PubChemSearch和Swisstargetprediction在线工具得到参芪降糖颗粒药效成分治疗糖尿病微循环障碍的作用靶标,利用Cytoscape 3.3.0软件构建参芪降糖颗粒化学成分-糖尿病微循环障碍作用靶标网络,通过STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络,利用Clue GO插件进行GO分析和KEGG通路富集分析。结果从参芪降糖颗粒中共筛选出85个化学成分,以及10个与糖尿病微循环障碍相关的作用靶点,分别为ACE、VEGFA、TNF、IL6、STAT3、ALB、PON1、PTPN22、PPARG、NOS3。经GO和KEGG通路富集分析,发现参芪降糖颗粒治疗糖尿病微循环障碍可能参与HIF-1信号通路、胰岛素抵抗、AGE-RAGE信号通路、炎症性肠病、类风湿性关节炎、肥厚性心肌病信号通路等多条信号通路。结论参芪降糖颗粒治疗糖尿病微...     

基于网络药理学和分子对接技术的银柴胡解热作用机制探讨

目的：采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）和中药分子机制生物信息学分析工具（BATMANTCM）筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果：银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A～D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS...     

基于HPLC-Q-TOF MS/MS和网络药理学的参蓉蛹草片质量标志物研究

目的 应用高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱法（HPLC-Q-TOF-MS/MS）建立参蓉蛹草片化学成分的检测方法,并结合网络药理学和分子对接方法分析其抗疲劳的网络调控机制、预测参蓉蛹草片的质量标志物。方法 运用HPLC-Q-TOF-MS/MS对参蓉蛹草片物质基础进行分析鉴定。通过PubChem获取所选化合物的结构,利用TCMSP数据库及SwissTargetPrediction获取作用靶点;通过GeneCards、TTD、OMIM数据库筛选与疲劳相关的疾病靶点,获得药物和疲劳的交集靶点;运用UniProt数据库校准靶点名称;利用STRING数据库构建交集基因蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并运用Cytoscape 3.8.0软件对PPI网络进行拓扑分析;最后借助Metascape在线分析核心交集基因,进行基因本体（GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并对分析结果进行可视化。结果 通过HPLC-Q-TOF MS/MS共得到参蓉蛹草片124个化学成分,利用网络药理学对筛选出的23个化学成分进行生物信息学分析,发现其可作用于195个靶点干预33条信号通路。分子对接结果显示,活性化合物可进入受体靶点活性空腔,与其形成的对接构象合理。结论 参蓉蛹草片可通过多成分、多靶点、多途径发挥抗疲劳作用,基于HPLC-Q-TOF MS/MS,结合网络药理学和分子对接方法初步将人参皂苷类、苯乙醇苷类预测为参蓉蛹草片的质量标志物。