基于网络药理学探讨乳香——没药药对干预乳腺增生症的分子机制＊

目的 采用网络药理学方法，探索乳香-没药药治疗乳腺增生症的作用机制。方法 本研究利用中医药数据库收集筛选乳香-没药药对的化学成分信息，通过Pubchem数据库以及其他化学结构数据库转换成各活性成分有效成分的SMILES式，将SMILES式输入Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测，利用DAVID数据库进行KEGG通路注释分析，最后利用Cytoscape根据收集乳香没药药对的预测靶点和进一步的富集分析，构建活性成分-预测靶点网络模型和成分-靶点-通路网络模型，并分析其作用机制。结果 乳香-没药药对抑制乳腺增生主要有乳香脂酸、因香酚、没药甾酮、曼苏宾酸等51个活性成分；雄激素受体、细胞色素P450、微管相关tau蛋白、雌激素受体、类固醇17α-羟化酶/17,20裂解酶、糖皮质激素受体、盐皮质激素受体等271个作用靶点；类固醇激素生物合成，雄激素和雌激素代谢，VEGF、ErbB、mTOR信号通路；类固醇生物合成6条信号通路参与乳腺增生症调控；类固醇生物合成、类固醇代谢、激素调节、激素代谢14个生物过程。结论 本研究通过对乳香-没药药对的网络药理学分析，发现了乳香-没药药对乳腺增生症治疗的相关信号通路和生物过程，其作用机制主要涉及抑制乳腺细胞增生、促进细胞凋亡自噬、抑制炎症反应和血管新生等方面，体现了乳香-没药药对在“多成分-多靶点-多途径”方面对乳腺增生症的治疗作用，为理解乳香-没药药对中各有效组分的协同作用提供科学依据。     

基于网络药理学-分子对接研究乳香-没药配伍改善类风湿性关节炎的作用机制

应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨乳香-没药配伍有效成分对应靶基因及治疗类风湿性关节炎(RA)可能的作用机制.基于文献研究并结合相关中药系统药理数据库和文献检索筛选得到乳香-没药主要有效成分,通过SwissTarget-Prediction数据库对活性成分进行靶标预测.同时通过DrugBank,GeneCards及...     

基于网络药理学与分子对接探讨"乳香-没药"治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:运用网络药理学及高通量分子对接技术的方法,对"乳香一没药"药对治疗膝骨关节炎的潜在靶点及机制进行探讨.方法:利用计算机检索中药系统药理学数据库(TCMSP),分别检索乳香、没药的有效活性成分并筛选得到有效活性成分的靶基因.从OMIM、GeneCards数据库检索膝骨关节炎的相关靶点基因,与"乳香-没药"药对有效成...     

基于网络药理学和分子对接探讨钩藤-全蝎药对治疗支气管哮喘的作用机制＊

目的通过网络药理学和分子对接探究钩藤-全蝎药对治疗支气管哮喘的药理作用机制。方法通过TCMSP、TCMIP数据库搜集钩藤、全蝎的活性成分及其作用靶点,并使用Cytoscape软件进行可视化分析成分-靶点网。通过OMIM、GeneCards数据库搜集支气管哮喘的疾病靶点,整合钩藤-全蝎药对与支气管哮喘的共有靶点。利用String平台构建对共有靶点互作PPI网络,并进行GO和KEGG富集分析,通过Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络模型。最后通过Autodock分子对接进行验证。结果经过筛选发现钩藤-全蝎药对37个活性化合物和234个药物靶点,与哮喘6010个靶点取交集得到35个共有靶点。钩藤-全蝎包含槲皮素、山奈酚、育亨宾碱、β-谷甾醇等重要活性成分;根据PPI网络分析,核心网络连接度高的潜在治疗靶点有IL6、CASP3、ECFR、ESR1、MAPK8等;根据KEGG富集分析结果显示,钩藤-全蝎药对主要通过PI3 K-Akt信号通路、TNF信号通路,HIF-1信号通路、M APK信号通路、NF-κB信号通路等来治疗哮喘;钩藤-全蝎药对活性成分与核心靶点的分子对接结果均显示出较好的结合活性。结论钩藤-全蝎药对治疗哮喘呈现出多成分、多靶点、多通路的特点,其核心成分槲皮素、山奈酚、育亨宾碱、β-谷甾醇等可能通过CASP3、MAPK8、ESR1、IL6、ECFR等靶点调节多条通路发挥抗炎、调节免疫、抗氧化应激、改善气道重塑等作用,从而对哮喘达到有效的治疗。     

含乳香-没药药对中成药的临床应用及配伍分析

目的分析含乳香-没药药对中成药的临床应用及配伍,以期为相关临床应用提供参考。方法对2015年版《中国药典》一部收录的55个含乳香-没药药对中成药进行整理,对其功效、临床应用进行归纳,总结其临床治疗范围,并总结药对配伍研究进展。结果相关中成药具有行气活血化瘀、燥湿温络止痛、解毒益气功效,临床应用主要集中在心脑血管疾病、跌打损伤、湿疹、寒湿痹阻所致关节炎等方面,对药对配伍理论的现代研究方向主要集中在配伍后化学成分溶出及药理作用增强。结论含有乳香-没药药对中成药的临床应用广泛,本研究可为相关临床合理用药及中药配伍理论的研究提供借鉴。     

乳香-没药治疗类风湿性关节炎的网络药理学和生物信息学分析

目的:研究乳香-没药药对治疗类风湿性关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)的作用机制.方法:依托GEO、Gene-Cards、OMIM数据库挖掘RA相关基因并进行合并.通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索乳香-没药的有效化学成分和相关靶点,使用Cytoscape 3.8.0软件绘制"药...     

基于网络药理学的五子衍宗丸药效机制研究＊

目的 借助中药网络药理学方法，探究五子衍宗丸在治疗不育、早泄、阳痿这3种疾病过程中的共性作用机制。方法 五子衍宗丸相关活性成分的化学结构和药物靶点是利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）得到的；上述3种疾病的相关靶点是利用人类孟德尔遗传数据库（OMIM），人类基因数据库（GeneCards）筛选得到的；利用Cytoscape 3.7.1构建“化合物-靶点-疾病”网络；再利用蛋白质相互作用（PPI）网络筛选出核心靶点，而基因本体（GO）功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析是借助生物学信息注释数据库（DAVID）进行。结果 分析所构建的“疾病-基因-药物”网络，发现甾体类化合物是五子衍宗丸治疗不育、早泄、阳痿三种疾病的主要化学成分，再分析蛋白相互作用网络，得出五子衍宗丸治疗上述三种疾病的10个高频共性靶点，30个GO高频共性基因，6条KEGG高频共性通路。结论 利用网络药理学方法探究五子衍宗丸在不育、早泄、阳痿这3种疾病治疗过程中的共性作用机制以及高频共性靶点、GO、KEGG通路等，为其活性成分研究和临床应用提供理论依据。     

太子参抗心肌缺血作用机制的网络药理学研究＊

目的 利用网络药理学的研究方法，筛选太子参抗心肌缺血的活性化学成分和作用靶点，探讨太子参多成分、多靶点、多途径抗心肌缺血的分子机制。方法 采用中药系统药理学数据库（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform，TCMSP）和中药中医药综合数据库（Traditional Chinese Medicine Integrated Database，TCMID），以口服生物利用度（oral bioavailability，OB ≥ 30%）和类药性（drug-likeness，DL ≥ 0.18）2个重要参数为依据，经文献整理，结合生物学功能、含量、研究热度等因素筛选太子参的活性化学成分；通过中药靶标数据库（Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine，TCMIP）、中药系统药理学分析平台（TCMSP）和BATMAN-TCM数据库，预测活性成分的作用靶点，建立靶点数据集；构建“活性成分-靶点-疾病”网络和蛋白互作网络（protein protein interaction，PPI）；利用生物学信息注释数据库（Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery，DAVID）进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果 共检索出25个化合物，其中8个化合物作为活性成分；检索出858个成分作用的靶点；通过网络拓扑特征评价筛选出12个可能的潜在作用靶点；筛选出116个生物过程和34条信号通路。与太子参抗心肌缺血有关的信号通路为：HIF-1通路、PI3K-Akt通路、mTOR通路、VEGF通路等；其主要涉及的生物过程包括细胞对缺氧的反应、细胞对血管内皮生长因子刺激的反应、血管生成的积极调节、血管内皮生长因子受体信号通路的正调节。结论 太子参抗心肌缺血的分子机制与活性成分协同作用于这些潜在靶点调节这些生物过程和信号通路，发挥多成分、多靶点、多途径抗心肌缺血的生物学效应。     

乳香、没药药对配伍挥发油成分的GC-MS分析

目的 考察乳香、没药药对配伍对挥发油化学成分的影响.方法 采用气-质联用系统对乳香、没药药材以及药对配伍中的挥发油进行分析,评价配伍对挥发油成分及含量的影响.结果 采用GC-MS对乳香、没药药材和药对挥发油的成分进行分析比较,发现乳香挥发油中检出的trans-3,5,6,8 a-四氢-2,5,5,8a-四甲基-y1-2...     

基于网络药理学及分子对接的败酱草治疗炎性肠病机制研究＊

目的 基于网络药理学与分子对接的方法研究败酱草（Patrinia scabiosaefolia Fisch）治疗炎性肠病（Inflammatory bowel disease，IBD）作用机制。方法 败酱草活性成分来源于TCMSP数据，同时结合PharmMapper数据库获得成分靶点。基于CooLGeN、NCBI、Genecards数据库来获取炎性肠病相关靶点，使用jvenn在线分析工具获得交集靶点。采用Cytoscape3.6.1分析软件与结合STRING数据库对交集靶点进行PPI蛋白互作网络分析，使用ClueGO插件进行GO、KEGG富集分析，同时将度值前5靶点进行分子对接。结果 败酱草治疗炎性肠病潜在活性成分16个，交集靶点有82个，主要涉及了细胞迁移、脂多糖反应、炎症反应等44种生物学功能，NF-κB、IL-17、TNF等33条信号通路与炎性肠病的相关。分子对接显示，败酱草的活性成分与靶点均有较好的结合，蒙花苷、灰绿曲霉酰胺、西托糖苷、黄草乌碱丙、异荭草素与阳性对照药柳氮磺砒啶的打分值大小比较接近。结论 本研究初步发现败酱草中治疗炎性肠病的潜在活性成分，为其深入研究或药物开发提供理论参考依据。     

基于网络药理学研究络石藤-伸筋草药对治疗骨关节炎的作用机制

目的：运用网络药理学方法研究络石藤-伸筋草药对治疗骨关节炎的生物活性成分和潜在的作用机制。方法：从中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）和中国科学院化学专业数据库（CASC）中收集已知的络石藤-伸筋草药对中的生物活性化学成分;使用Swiss Target Prediction网络服务器预测化合物的蛋白靶点;从疾病数据库中挖掘已知的骨关节炎相关靶点数据;利用收集到的数据分别构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并提取其交集作为药物-疾病相互作用网络,通过网络拓扑学分析筛选出核心靶点;使用DAVID数据库对核心靶点进行GO注释分析和KEGG通路分析。结果：从TCMSP和CASC数据库中共收集到108个已知的络石藤-伸筋草药对中的化学成分,虚拟筛选后得到17个生物活性化合物,并预测出117个潜在的蛋白靶点;从疾病数据库中一共检索到191个骨关节炎相关靶点;对化合物和疾病的交集PPI网络进行网络拓扑学分析得到208个核心靶点,这些靶点主要富集到自噬、凋亡、炎性反应、雌激素相关的生物过程和信号通路。结论：络石藤-伸筋草药对可能通过多条生物途径发挥调节炎性反应、自噬、凋亡和类雌激素样作用发挥抗骨关节炎作用。     

基于网络药理学探讨丹参-葛根药对治疗糖尿病心肌损伤的分子机制

目的:采用网络药理学方法研究丹参-葛根药对治疗糖尿病心肌损伤的作用机制。方法:通过检索中药系统药理数据分析平台(TCMSP),以口服利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18作为筛选条件,剔除预测不到靶点的化合物共得到41个有效成分,其中丹参38个,葛根3个,同时筛选出65个有效作用靶点。通过Genecard和OMIM数据库获得与糖尿病心肌损伤相关疾病的作用靶点580个,利用R语言软件包得到药对-疾病的交集靶点29个,并绘制韦恩图,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药对-疾病-靶点作用关系网络图,用STRING在线软件绘制药物和疾病交集靶点蛋白相互作用网络,通过DAVID和Kabas3.0分析工具进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:GO分析结果显示,分子功能主要是蛋白质异二聚活性、类固醇激素受体活性、内肽酶活性、半胱氨酸型内肽酶活性、类固醇结合、配体调节序列特异性DNA结合-转录因子活性、半胱氨酸型肽酶活性、RNA聚合酶II转录因子结合、神经递质受体活性、核受体活性、细胞因子受体结合等。KEGG分析结果显示,丹参-葛根药对主要作用与凋亡信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。结论:应用网络药理学的研究方法通过多种数据库与统计分析软件可以有效预测与分析丹参-葛根药对主要是通过多途径、多种信号通路作用于多种靶点来发挥治疗糖尿病心肌损伤的机制。     

基于网络药理学研究丹参-红花治疗冠心病的物质基础及作用机制

目的：基于网络药理学探讨丹参-红花治疗冠心病（CHD）的物质基础和作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索中药丹参、红花的化学成分,根据口服生物利用度和类药性筛选化学成分,通过PubChem、PharmMapper在线数据库预测化学成分的靶点,检索DisGeNET在线数据库获取CHD的相关靶点,利用Venny 2.1软件获得药物-疾病之间的共同靶点,在STRING 10.5数据库中导入共同靶点并进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析,使用Cytoscape 3.7.1软件构建药物-成分-靶点-疾病网络,最后通过DAVID 6.8在线数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：从丹参-红花中筛选得到13个关键成分,10个核心靶点;通过GO分析得到292个生物过程(BP),25个细胞组分(CC),和62个分子功能(MF);通过KEGG分析得出富集通路115条。槲皮素、木犀草素、山柰酚、丹参酮Ⅱa、黄芩苷等成分可能是丹参-红花治疗CHD的核心成分;IL6、AKT1、VEGFA、CXCL8、PTGS2、IL1B、NOS3、CCL2、MMP9等为核心靶点;流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、HIF-1信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路、松弛素信号通路等为关键通路。结论：丹参-红花通过调节冠状动脉粥样硬化进程、减轻血管炎症反应、扩张冠状动脉、抗血栓形成、减轻心肌缺血缺氧损伤,从而发挥治疗CHD的作用。     

基于网络药理学的“金银花-连翘”药对作用机制分析

目的:探讨"金银花-连翘"药对的功效物质基础和配伍机制。方法:从中药系统药理学分析平台(TCMSP)中寻找与金银花及连翘相关的所有化学成分,并寻找与其相关的潜在靶点,采用网络药理学的方法对金银花-连翘的功效物质和配伍机制进行研究。结果:通过口服利用度(OB),类药性(DL)条件筛选得出16个候选活性分子,相应靶点64个,相关疾病166种。其中度值较高的候选化合物分子分别是荷包牡丹碱(37),松脂素单甲基醚(30)等;度值较高的靶点蛋白为SLC6A3,DPP4,AR,NOS2,PTGS2等;度值较高的相关疾病依次是非特异性癌症、阿尔茨海默症、乳癌、痛症、心血管病、炎症等。结论:本研究结果初步验证了金银花-连翘药对的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于网络药理学探讨三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症的作用机制

目的:采用网络药理学的方法预测三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症（EMT）的主要活性成分、靶点及信号通路,探讨其作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索三棱-莪术药对的中药化学成分,以口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18为阈值筛选潜在的活性化合物;通过TCMSP查询活性化合物对应的靶标;运用GeneCards和人类孟德尔遗传数据库（OMIM)预测疾病靶点;利用韦恩图找到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点;使用Cytoscape 3.7.2软件构建疾病-药物-有效成分-靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;采用String在线数据库和Cytoscape软件绘制交集靶点PPI网络;最后借助R软件和Bioconductor生物信息软件包进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并使用Cytoscape软件绘制靶点-信号通路网络图。结果:筛选得到三棱-莪术活性成分8个,对应靶点77个,EMT相关靶点1 600个,交集靶点34个。GO功能富集分析结果显示三棱-莪术药对可影响1 054个生物学过程、22个细胞组分和65个分子功能。KEGG通路富集分析得到91条通路,三棱-莪术药对治疗EMT主要与雌激素信号通路、IL-17信号通路、AGE-RAGE信号通路、甲状腺激素信号通路、P53信号通路等有关。结论:三棱-莪术药对治疗EMs具有多靶点、多途径、多通路的特点。     

荆芥-防风药对治疗荨麻疹作用机制的网络药理学研究

目的基于网络药理学方法探讨荆芥-防风药对治疗荨麻疹的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索荆芥、防风的化学成分和作用靶点,运用UniProt数据库查询靶点对应的基因,以Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点(基因)网络。借助OMIM、Digsee、TTD等数据库查询荨麻疹相关的基因,运用Venny 2.1.0筛选出荆芥-防风与荨麻疹的交集基因,并将筛选出的核心靶标蛋白导入STRING在线网站数据库,获取蛋白相互作用关系。运用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果化合物-靶点网络包含26个化合物和208个相应靶点,关键靶点涉及前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、二肽激肽酶4(DPP4)、凝血因子Ⅱ(F2)、热休克蛋白HSP90α(HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1)等。荆芥-防风与荨麻疹蛋白质相互作用网络包含18个蛋白,关键蛋白涉及白介素2(IL2)、干扰素γ(IFNG)、白介素4(IL4)等。GO分析得到GO条目16个(靶点基因富集度>55%),其中生物过程(BP)条目13个,细胞组分(CC)条目3个;KEGG分析得到17条信号通路(P<0.05)。结论荆芥-防风药对可能通过RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、IL4、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点调节炎症细胞因子,并调控FCεRI信号通路、T细胞受体信号通路、Jak-STAT信号通路等发挥治疗荨麻疹的作用。     

基于网络药理学分析黄芩-黄连药对抗流感的作用机制

目的 利用网络药理学对黄芩-黄连药对抗流感的作用机制进行分析.方法 利用TCMSP、Swiss和GeneCards数据库筛选黄芩、黄连的有效活性成分,并预测药物和疾病的靶点信息.在Cytoscape软件中构建"药物-成分-疾病-靶点"相互作用网络和蛋白相互作用网络图,并使用R软件对黄芩-黄连药对的作用靶点进行GO与KE...     

基于网络药理学的党参干预肠易激综合征作用机制研究

目的基于网络药理学探讨党参治疗肠易激综合征的作用靶点和作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出党参口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的化合物作为候选药效成分,利用HTDocking平台预测与候选药效成分匹配的靶蛋白,采用Cytoscape3.7.0软件构建化合物-靶点网络。通过GeneCards、NCBI和OMIM数据库查找肠易激综合征相关基因,利用Cytoscape3.7.0绘制疾病基因蛋白相互作用网络,并与党参化合物-靶点网络进行映射,发现党参治疗肠易激综合征的关键化合物和潜在作用靶点。使用Funrich3.1.3软件对潜在作用靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集,对党参治疗肠易激综合征的作用机制做出合理推测。结果共得到党参候选药效成分17个,预测作用靶点111个,肠易激综合征相关基因1368个,党参治疗肠易激综合征的关键化合物15个,潜在作用靶点55个(包括IL6、PTGS2、AKT1、EGFR、IL2、IL10、IL4等),靶点参与的功能主要有免疫应答、炎症反应等,主要富集通路有TRAILA信号通路、TNF信号通路等448条。结论党参可能通过调节PTGS2等炎症因子,参与TRAIL信号通路、TNF信号通路等途径,调节免疫反应,从而达到治疗肠易激综合征的目的。     

基于网络药理学的“葛花-枳椇子”药对治疗酒精性肝病作用机制研究＊

目的 采用网络药理学方法分析“葛花-枳椇子”药对治疗酒精性肝病的药物成分、作用靶点、主要通路及生物过程，探讨其药效物质基础和配伍机制。方法 依托中药系统药理学分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台v2.0（TCMIP）及Drugbank数据库检索葛花、枳椇子相关的化学成分和作用靶点，在UniProt 蛋白数据库检索对应的人类蛋白基因，通过NCBI获取与酒精性肝病相关的疾病基因靶点信息，运用STRING平台构建PPI网络，并在Cytoscape中利用BINGO插件对靶点基因进行GO生物过程富集分析，利用DAVID生物学信息数据库对靶点进行KEGG信号通路分析，并绘制分子机制图。结果 本研究共获得21种化合物成分，这些成分靶点与酒精性肝病共有6个基因靶点、14条主要信号通路。参与的基因有ALDH2、IL6、TNF、HMOX1、HSPA5和MTTP；“葛花-枳椇子”药对治疗酒精性肝病主要参与Toll样受体信号（TLR）通路和NOD样受体信号（NLR）通路。结论 本研究初步验证了“葛花-枳椇子”药对治疗酒精性肝病的基本药理作用及相关机制，为进一步研究其作用机制奠定了基础。