人ADAM17启动子荧光素酶报告质粒的构建与鉴定

目的构建人去整合素-金属蛋白酶17(ADAM17)启动子的荧光素酶报告质粒,对不同位点进行定点突变,分析其转录活性。方法通过生物信息学分析ADAM17启动子区域的叉头转录因子M1(FoxM1)结合位点,以人胃癌细胞系MGC-803基因组为模板,PCR扩增ADAM17基因启动子-1 365～+51片段,连接到荧光素酶报告基因载体pGL3-basic中;对FoxM1结合的3个位点进行定点突变;转染至293T细胞后用双荧光素酶报告系统分析其转录活性。结果测序结果显示,ADAM17启动子荧光素酶报告基因及其突变体均构建成功;与pGL3-basic组相比,pGL3-ADAM17(-1 365～+51)组介导的荧光素酶活性明显升高(P0.05);与对照组相比,过表达FoxM1组介导的荧光素酶活性明显升高(P0.05),且pGL3-ADAM17(-1 365～+51)组高于突变组(P0.05)。结论成功构建了人ADAM17启动子荧光素酶报告基因及其突变体,初步验证了ADAM17受转录因子FoxM1的转录调控。     

DNA修复基因 Rad51表达调控区结构分析

目的　研究 DNA修复基因 Rad5 1的转录起始区上游序列 ,寻找与其表达有关的调控序列。方法　将待测片段分别克隆入 p GL3报告基因载体 ,用磷酸钙共沉淀法转染 U2 - OS细胞株后测定其荧光素酶活性。结果　转染了含片段 - 96 4～ 14 30和片段 - 733～ 14 30质粒的细胞有较高的荧光素酶活性 ,进一步缩短这两个片段 ,发现转染了含有 - 96 4～ - 4 12、- 74 6～ - 4 12、- 6 5 1～ - 4 12和 - 5 36～ - 4 12片段质粒的细胞均有荧光素酶活性 ,活性大小依次为 - 96 4～ - 4 12、- 6 5 1～ - 4 12、- 74 6～ - 4 12和 - 5 36～ - 4 12。结论　Rad5 1基因的启动子序列可能位于 - 5 36～ - 4 12之间 ,而在序列 - 6 5 1～ - 5 36和 - 96 4～- 74 6之间可能存在着增强子或正转录调节因子的结合位点 ,在 - 74 6～ - 6 5 1之间存在有抑制子或负转录调节因子的结合位点     

人TSLC1基因核心启动子的克隆和鉴定

目的克隆和鉴定人TSLC1基因的核心启动子区,用于开展其转录调控机制的研究。方法用PCR方法从人基因组DNA中扩增出TSLC1基因翻译起始位点上游一系列大小不等的片段,连入pGL3-Basic荧光素酶报告基因载体中。通过瞬时转染A549及NCI-H446细胞,检测细胞裂解液中的双荧光素酶活性,确定TSLC1基因的核心启动子区。结果在人TSLC1基因启动子区的分段克隆中,ATG上游-68～-329 bp片段在A549及NCI-H446细胞中均具有很强的启动活性,对TSLC1的转录起重要作用。结论人TSLC1基因翻译起始位点ATG上游-68～-329 bp区域可能为基因的核心启动子区。     

转录因子Sp1和Sp3对食管癌细胞ezrin基因的表达调控作用

目的:明确转录因子Sp1和Sp3对食管癌细胞ezrin基因的表达调控作用.方法:将转录因子表达载体CMV-Sp1和CMV-Sp3分别转染食管癌EC109细胞,采用定量RT-PCR和Western blot技术检测过表达转录因子Sp1和Sp3对ezrin mRNA和蛋白表达的影响;将ezrin基因启动子驱动的报告基因表达载体与内参照质粒pRL-TK和转录因子表达载体共转染EC109细胞,采用双荧光素酶报告基因分析系统检测转录因子Sp1和Sp3对ezrin基因启动子的激活作用以及这种激活作用是否依赖于ezrin基因的Sp1结合位点-75/-69.结果:过表达转录因子Sp1和Sp3显著提高EC109细胞ezrin mRNA和蛋白表达水平以及启动子活性.Sp1和Sp3增强ezrin基因启动子活性的作用位点不同,只有Sp1通过-75/-69位点调控ezrin基因启动子活性.结论:转录因子Sp1和Sp3可调控EC109细胞ezrin基因的表达.     

人TAK1基因启动子活性的研究

目的鉴定人TAK1启动子片段结构,探索调控TAK1基因高水平转录的启动片段。方法利用生物信息学软件分析TAK1基因启动子结构,构建TAK1启动子序列系列截短的萤光素酶报告基因重组体,脂质体法转染滑膜成纤维样细胞(Fibroblast-like synoviocytes,FLS),应用双荧光素酶活性检测系统检测启动子的活性。结果人TAK1基因-260~+25 bp片段具有高转录活性,明显高于其他片段,而-88~+25 bp启动子片段活性最低。结论人TAK1基因-260~-170 bp是主要的转录调控区,是进一步研究DNA结合蛋白的调控靶序列。     

BRCA2基因启动子的克隆和分析

目的构建BRCA2基因启动子的荧光素酶报告质粒,为BRCA2基因调控研究提供基础。方法采用高保真Taq聚合酶,从正常人外周血中扩增出BRCA2启动子并将其插入质粒中。通过基于PCR的定点突变方法在多态性位点rs3092989(-254A/G)获得含-254G等位基因的序列。亚克隆BRCA2启动子片段至pGL3-basic报告基因载体中,构建含BRCA2启动子的重组报告质粒。转染HeLa细胞,评价启动子活性以及-254A/G多态性位点对活性的影响。结果酶切和直接测序法证实所构建质粒含有pGL3-basic及BRCA2基因启动子序列,扩增的含-254A和-254G的BRCA2启动子序列正确。构建的报告基因具有启动子活性,与pGL3-basic质粒相比较,BRCA2启动子的相对荧光单位增加了413倍。rs3092989(-254A/G)多态位点未明显影响启动子活性。结论 BRCA2转录起始位点上游序列具有较强的启动子活性。成功克隆BRCA2启动子并引入相关突变,可为后续的基因转录调控研究奠定基础。     

鼻咽癌STGC3基因转录调控元件分析与鉴定*

目的：分析并鉴定STGC3基因转录调控元件,探讨鼻咽癌STGC3基因的转录调控分子机制。方法：运用 生物信息学,预测并分析STGC3基因核心启动子区的转录因子结合位点;将相关转录因子结合位点,制备3 种探 针即生物素标记野生型、突变型及未标记野生型;提取CNE2细胞核蛋白,利用电泳迁移率变动分析（ EMSA） 及染色质免疫共沉淀（ ChIP）分析,体内外鉴定转录因子结合位点。结果：在STGC3基因核心启动子区存在21 个转录因子结合位点,其中9 个为Sp1 转录因子结合位点;进一步严格限定参数,STGC3基因核心启动子区域含 有转录因子结合位点5 个,其中Sp1 转录因子结合位点2 个;EMSA和ChIP 实验结果显示,STGC3基因中存在转 录因子Sp1 特异性结合位点,从而鉴定出STGC3基因转录调控元件。结论： STGC3基因核心启动子区含有Sp1 特异性结合位点,为该基因的转录调控元件。     

足月前胎膜早破患者肿瘤坏死因子α基因多态性及羊水中表达分析

目的探讨肿瘤坏死因子-α(TNF-α)基因启动子区-308位点单核苷多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)及其羊水中TNF-α水平与足月前胎膜早破(PPROM)发病的关系。方法收集100名PPROM患者、150名正常足月分娩患者外周血,提取基因组DNA,进而采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析方法检测TNF-α基因-308位点SNP的基因型。其中71例PPROM和50例正常足月分娩患者同时收集到羊水样本。采用双抗体夹心酶联免疫吸附试验(ELISA)方法检测羊水中TNF-α浓度;结果 1.研究结果显示:PPROM组与正常对照组比较:TNF-α-308位点TNF-α基因启动子区-308位点GG/GA+AA基因型分布及G/A等位基因频率均存在显著性差异,(均P0.05)。2.PPROM组羊水中TNF-α浓度为104.25±8.71明显高于正常对照组(70.18±9.03),两组TNF-α浓度有统计学差异(P=0.000)。3.A等位基因携带(即G/A+A/A基因型携带者)TNF-α浓度为105.42±7.76明显高于G/G基因型携带者(69.21±8.87),两者比较有显著性差异(P=0.000)。结论 1.羊水中TNF-α浓度明显升高是胎膜早破发病的重要机制中之一;2.TNF-α-308位点SNP与TNF-α的表达有关,携带-308A等位基因可使羊水中TNF-α高表达,是PPROM患病的易感基因。     

人类XBP1基因5′上游DNA序列的转录激活功能分析

目的分析人类转录因子X-盒结合蛋白1（X-box binding protein Ⅰ，XBP1）基因启动子在不同细胞系中转录活性的差别，研究其转录调控机制。方法在对XBP1基因进行生物信息学分析的基础上，设计6种XBP1启动子缺失突变体，分别包括剧XBP1基因5’上游-1039～66bp、-859～66bp、-623～66bp、-351～66bp，-227—66bp、-227～-45bp，针对每一种缺失突变体构建相应的氯霉素乙酰转移酶（chloramphenicol acetyltansferase，CAT）报告基因载体，再分别瞬时转染K562、HepG2、NIH-3T3和LO2细胞，应用报告基因CAT瞬时表达系统，检测XBP1每一种缺失突变体在K562、HepG2、NIH-3T3和LO2 4种不同细胞中的活性差异，并进一步确定脚，基因启动子的具体调节部位。结果成功获得XBP1基因启动子6种缺失突变体的正确克隆和6种相应的报告基因载体p1—XBP1p，p2-XBP1p，p3-XBP1p，p4-XBP1p，p5-XBP1p，p6-XBP1p，每一种报告基因转染K562、HepG2、NIH-313和LO2 4种不同细胞系后，p4-XBP1p和p5-XBP1p在K562、HepG2细胞中的转录活性均高于其它报告载体，p5-XBP1p在HepG2细胞中转录活性最高；而6种报告基因载体在NIH-3T3小鼠成纤维细胞中不具有转录活性。结论。XBP1基因的转录激活能力在不同细胞中有所差异，其表达活性具有一定的细胞类型特异性，与细胞类型和细胞状态密切相关；XBP1基因启动子的-227～66bp区域是该启动子的核心部位，而且核心启动子区包括ATG翻译起始密码子的下游部位，这一部位是转录活性的重要部位，一旦缺失，XBP1基因启动子会丧失活性。     

转录因子YY1对口腔鳞癌细胞ITGB6基因表达的影响

 目的：研究肿瘤相关转录因子YY1 对口腔鳞癌细胞整合素β6（integrin β6, ITGB6）基因表达调控的影响。方法：用生物信息学方法预测分布在ITGB6启动子区域的转录因子YY1潜在的结合位点,构建萤光素酶报告基因质粒,利用双萤光素酶报告基因系统检测ITGB6启动子片段的转录活性;利用染色质免疫沉淀技术检测在天然染色质条件下转录因子YY1与ITGB6启动子的结合情况;采用定点突变方法检测YY1结合位点对ITGB6启动子活性的影响;利用RT-PCR方法检测过表达转录因子YY1对口腔鳞癌细胞ITGB6 mRNA表达水平的影响。结果：ITGB6启动子-421~-150 nt区域存在多个转录因子YY1潜在的结合位点。在口腔鳞癌细胞的天然染色质中,转录因子YY1结合于ITGB6启动子-421~-150 nt区域;定点突变YY1潜在结合位点对口腔鳞癌细胞中ITGB6启动子活性无显著影响。另外,过表达的YY1对口腔鳞癌细胞ITGB6 mRNA的表达水平也无影响。结论:转录因子YY1在口腔鳞癌细胞中结合于ITGB6基因启动子-421~-150 nt区域,但对ITGB6基因的基础转录水平无影响。     

TFF1基因启动子双荧光素酶报告基因载体的构建及活性鉴定

目的:构建含有野生型或突变型人三叶因子1(Trefoil factor 1,TFF1)基因启动子双荧光素酶报告基因重组质粒,并研究雌激素对上述启动子转录活性的影响。方法:设计人野生型和突变型TFF1基因启动子的引物,扩增回收片段,将其克隆到含有荧光素酶报告基因的载体pGL3-Basic中构建重组质粒,经双酶切和测序鉴定后转染胆囊癌GBC-SD细胞,24h后采用双荧光素酶报告基因检测系统检测荧光素酶的表达活性。结果:成功构建了野生型pGL3-TFF1质粒和雌激素应答元件(Estrogen response elements,ERE)位点突变的pGL3-TFF1-△ERE突变质粒,激活蛋白1(Activating protein-1,AP-1)位点突变的pGL3-TFF1-△AP-1突变质粒以及pGL3-TFF1-△ERE+△AP-1双突变质粒。经双荧光素酶报告基因检测分析,pGL3-TFF1质粒和pGL3-TFF1-△ERE突变质粒均具有基础转录活性,与对照组比较(P0.001)。雌激素能进一步增强野生型TFF1启动子质粒和pGL3-TFF1-△ERE突变质粒的启动子转录活性(P0.01),而对pGL3-TFF1-△AP-1突变质粒以及pGL3-TFF1-△ERE+△AP-1双突变质粒的活性无影响(P0.05)。结论:本研究成功构建了野生型以及突变型TFF1启动子质粒,发现非经典雌激素受体结合部位——激活蛋白1(AP-1)位点对雌激素诱导的TFF1启动子转录活性增强发挥决定性作用。     

人干扰素调节因子3基因启动子的初步鉴定

子活性分析表明,IRF3启动子区域定位于主要转录起始位点区域前111-167 bp的区域内.采用转录因子结合位点预测分析软件分析表明,该区域内存在E2F转录因子结合位点.结论 -167～-111 bp区存在IRF3启动子的核心调控元件,转录因子E2F可能参与IRF3的转录调控.     

IPO8基因启动子区rs35100176位点变异对基因表达的影响

 目的：研究人importin 8（IPO8）基因启动子区rs35100176多态性位点CCT插入/缺失对基因表达的影响。方法：PCR扩增IPO8基因启动子区包含rs35100176多态位点的342 bp序列,通过测序获得了49例DNA样本的基因多态性分布。以CCT/CCT插入纯合子或-/-缺失纯合子DNA样本为模板,扩增含有不同插入/缺失序列的IPO8基因启动子片段,插入萤光素酶报告质粒pGL3-Basic,构建pGL3-3N Insertion 和pGL3-3N Deletion重组表达载体。重组质粒经Fugene 6.0转染入细胞,采用双萤光素酶报告系统,检测携带不同多态性序列的重组质粒中报告基因的表达活性;real-time PCR检测各不同基因型细胞中IPO8 mRNA表达。结果：通过测序发现rs35100176多态位点存在CCT/CCT、CCT/-和-/- 3种表型,其基因分布频率分别为1837%、5510%和2653%。成功构建pGL3-3N Insertion和pGL3-3N Deletion重组表达载体。双萤光素酶报告基因活性检测结果显示,pGL3-3N Insertion启动下游报告基因表达的相对活性与pGL3-3N Deletion相比显著减弱,两者存在显著差异（P<005）;real-time PCR结果显示,CCT纯合插入的HEK293细胞中IPO8 mRNA的表达显著低于CCT纯合缺失的Saos-2细胞。结论：IPO8基因启动子区rs35100176位点的CCT碱基插入变异能显著抑制启动子活性,从而影响IPO8基因的转录。     

Sp1特异性调控先天性心脏病 相关基因钙调磷酸酶调节蛋白1基因亚型的转录

目的 探索先天性心脏病相关基因钙调磷酸酶调节蛋白1基因(RCAN1)两个亚型(RCAN1-1和RCAN1-4)组织特异性表达的机制.方法 通过生物信息学预测RCAN1-1和RCAN1-4各自启动子区的转录因子结合位点,分析比对并筛选出具有差异的位点,通过定点突变及荧光素酶报告基因系统检测筛选出的位点活性.将鉴定的转录因...     

HIF-1α基因启动子-1946位点基因多态性与紫绀型先天性心脏病低氧耐受的相关性

目的研究低氧诱导因子-1α(HIF-1α)基因多态性与紫绀型先天性心脏病(CCHD)低氧耐受能力是否具有相关性。方法用靶向捕获技术,对97例CCHD患儿和108例非紫绀型先天性心脏病(ACHD)患儿HIF-1α基因二代测序;生物信息学分析后找出差异分布的多态位点;用Sanger测序验证。针对HIF-1α启动子区多态位点,构建不同基因型HIF-1α启动子-荧光素酶报告基因载体;转染HEK293T和H9C2细胞;用双荧光素酶报告基因检测系统,分析HIF-1α不同基因型启动子活性。结果 CCHD组HIF-1α启动子区-1 946位点A碱基删除变异频率高于ACHD组(P0.05)。与AA基因型比较,DD基因型HIF-1α启动子转录活性更高(P0.05)。结论 HIF-1α基因-1 946位点与CCHD耐受低氧能力相关,DD基因型HIF-1α转录活性明显增高,可能是耐受低氧的分子遗传学机制之一。     

肿瘤坏死因子-α基因启动子多态性与慢性乙型肝炎易感性的关系

目的探讨湖北汉族人肿瘤坏死因子-α(TNF-α)基因启动子多态性及其与慢性乙型肝炎易感性之间的关系。方法应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析方法(RFLP),检测126名正常对照者和131例慢性乙型肝炎患者TNF-α基因启动子多态性。结果共发现12种启动子基因型,以GG.GG.CC.CC、GG.GG.CC.CA、GG.GG.CT.CC和GG.GA.CC.CC基因型多见,约占85%;通过对TNF-α基因启动子4个位点基因型分析发现,慢性乙型肝炎患者和正常对照者TNF-α基因启动子-238G/A、-857C/T位点基因型分布频率差异无显著性,而-308G/A、-863C/A位点基因型分布频率差异有显著性。结论湖北汉族人慢性乙型肝炎易感性与TNF-α基因启动子-308G/A、-863C/A位点多态性有关,其中TNF-α-308GA、-863CA基因型携带者患慢性乙型肝炎风险相对较小。     

人LAIR-1/CD305基因启动子的生物信息学分析

目的:研究人LAIR-1/CD305启动子及其5′上游调控序列。方法:通过检索NCBI中的人类基因组数据库,获得LAIR-1的转录本序列及翻译起始位点上游2500bp的序列。利用Promoter2.0等软件预测LAIR-1的启动子序列,然后利用MatInspector等软件对启动子序列的转录因子结合位点和启动子功能模块进行预测。结果:LAIR-1基因的核心启动子区位于翻译起始密码子上游的600～200bp区域内。在转录调控区发现了一些重要的转录因子结合位点,并预测到13种启动子功能模块。结论:LAIR-1基因的表达可能受到多种转录因子和5′端上游调控序列的调控。     

鼻咽癌细胞中ezrin基因启动子上游序列转录调控特性的研究

目的:研究鼻咽癌细胞中ezrin基因启动子上游序列的转录调控特性。方法:构建一系列携带ezrin基因-1541/-706序列的报告基因表达载体,ezrin基因-1541/-706序列以正向和反向分别连接至不含启动子的报告基因上游、ezrin启动子上游、SV40启动子上游、ezrin启动子或SV40启动子控制的报告基因下游,将质粒转染CNE2细胞,检测荧光素酶活性。结果:CNE2细胞中,当-1541/-706序列正向位于报告基因上游时表现出启动子活性,其转录激活作用约为ezrin启动子的50%;反向连接时无启动子活性。而且,当-1541/-706序列正向位于ezrin启动子或SV40启动子上游时,显著提高荧光素酶表达;当反向位于启动子下游、正向或反向位于启动子控制的报告基因下游时,转录增强作用消失。结论:CNE2细胞中ezrin基因启动子上游序列具有转录激活和转录增强作用,这种作用具有DNA序列位置和方向依赖性。     

AP-1和ETS-1位点缺失的DC-SIGN启动子荧光素酶报告质粒的构建及其活性研究

目的 研究AP-1和ETS-1转录因子结合位点(TFBS)缺失对树突状细胞特异性胞间黏附分子-3结合非整合素(DC-SIGN)启动子活性的影响,探讨DC-SIGN表达的机制.方法 从人外周血中提取全基因组DNA,设计DC-SIGN启动子序列上下游引物、转录因子结合位点两侧的引物及其相应的连接引物,利用PCR方法,通过不同的引物组合扩增出转录因子结合位点两侧的片段,再用连接引物连接两片段,得到转录因子结合位点缺失的DC-SIGN启动子序列,通过双酶切、连接的方法,将得到的DC-SIGN启动子序列定向克隆入荧光素酶报告质粒,将上述质粒通过脂质体转染Hacat和293细胞,48 h后检测荧光素酶的活性.结果 体外扩增得到的转录因子结合位点缺失的DC-SIGN启动子序列以及重组的荧光素酶报告质粒经双酶切、基因测序鉴定正确,荧光素酶活性检测结果显示AP-1位点缺失使DC-SIGN启动子活性下降20%(293细胞)和10%(Hacat细胞),带增强子的DC-SIGN启动子活性下降了40%～50%;ETS-1位点缺失的普通型和带增强子型DC-SIGN启动子的活性几乎消失.结论 ETS-1转录因子结合位点在DC-SIGN启动子活性表达中起重要作用,AP-1转录因子结合位点作用不大.     

E-钙黏蛋白基因多态性与上皮性卵巢癌发病风险关系的研究

目的 探讨E-钙黏蛋白基因(E-cadherin gene,CDH1)单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SN-P)与上皮性卵巢癌发病风险的关系.方法 采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法分析207例上皮性卵巢癌患者和256名健康对照的CDH1基因启动子区-160C/A、-347G/GA和3′UTR+54C/T3个SNP位点基因型频率分布;采用免疫组织化学方法检测携带3′UTR+54C/T SNP位点不同基因型的卵巢癌患者癌组织CDH1基因的表达情况.结果 CDH1基因-160C/A和-347G/GA 2个SNP位点的基因型和等位基因频率分布在患者组与健康对照组间差异无统计学意义(P＞0.05).3′UTR+54C/T SNP 位点的基因型与等位基因频率分布在患者与健康对照组间差异有统计学意义,患者组中CC基因型和C等位基因频率(65.2%,89.1%)明显高于对照组(52.7%,64.5%)(P＜0.01);CC基因型可能显著增加上皮性卵巢癌的发病风险(比值比为1.85,95%可信区间为1.27～2.69);且免疫组化研究表明CC基因型患者癌组织CDH1基因的表达明显低于T等位基因(CT+TT)携带者(P＜0.05).采用2LD软件分析显示-160C/A、-347G/GA两位点间存在连锁不平衡(D′=0.999 582),-160A/-347GA单倍型仅在患者组中检测到(5.1%),-160C/-347GA单倍型可能明显降低卵巢癌的发病风险(比值比为0.66,95%可信区间为0.45～0.96).结论 CDH1基因-160C/A、-347G/GA SNP可能与上皮性卵巢癌的发病风险无关,但两位点的单倍型可能改变上皮性卵巢癌的发病风险.3′UTR+54C/T多态CC基因型可能成为上皮性卵巢癌发病的潜在危险因素.