基于肺腺癌组织中可变剪接数据构建剪接因子-可变剪接调控网络的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法筛选与肺腺癌（LUAD）患者生存相关的可变剪接（AS）事件,构建剪接因子（SF）-AS调控网络,为LUAD患者的预后评价提供新思路。 方法 由癌症基因组图谱（TCGA）数据库中下载LUAD患者转录组数据和临床数据。从SF表达和RNA靶点（SpliceAid2）数据库中下载LUAD患者AS数据。对LUAD患者生存相关AS事件进行单因素Cox回归分析。采用LASSO回归分析和多因素Cox回归分析构建LUAD患者预后风险模型,基于该模型计算每种AS事件的风险评分,采用 Kaplan-Meier（K-M）生存分析和受试者工作特征曲线（ROC）评价模型的可靠性。通过Cox 回归分析风险模型、临床参数与LUAD患者独立预后的关系。采用Pearson检验对SF和与预后相关的AS事件进行相关性分析,并通过Cytoscape软件构建SF-AS互作网络。 结果 筛选获取与生存相关的AS事件43 948个,共7种类型,主要以外显子活跃（ES）事件和可变终止子（AT）事件为主。构建AS事件预后风险模型,基于该模型风险评分将LUAD患者分为高风险组和低风险组,K-M生存分析,高风险组LUAD患者总生存（OS）率较低风险组低（P<0.05）。ROC曲线分析,LUAD患者预后风险模型预测性良好,曲线下面积（AUC）为0.824。SF-AS调控网络,12个与预后相关SFs正向或负向调节AS事件,可预测LUAD患者的不良预后。 结论 筛选了与LUAD患者预后相关的AS事件和上游的调控因子SF,构建了SF-AS网络,为进一步研究AS事件与LUAD患者预后的相关性提供理论依据。     

Ha—ras癌基因蛋白在肺腺癌中过表达及对预后意义

用Ｈａ－ｒａｓ ｐ２１单克隆抗体对５６例获得随访结果的肺腺癌及５例大细胞肺癌的石蜡标本，采用ＳＰ免疫组化法和微波技术进行染色。５０例反应阳性，总阳性率为８１．９７％。其中强阳性率为４５．９％，中度阳性率为３６．０６％。细支气管肺泡癌的强阳性率明显高于腺泡状腺癌和大细胞肺癌（Ｐ〈０．０５）。染色强度与肿瘤的分化程度有关，分化程度越高，染色越强。阴性和中度阳性的５年存活率明显高于强阳性者。本文认为，ｐ     

层粘蛋白表达与肺鳞癌和腺癌转移及预后的关系

目的探讨细胞外基质内层粘蛋白的表达与肺鳞癌和腺癌转移及预后的关系。方法采用免疫组化ＬＳＡＢ法检测１７９例肺鳞癌和腺癌间质中层粘蛋白的表达。结果层粘蛋的表达型在不同分化的肺鳞癌中差异具有极显著性，淋巴结转移阳性组的肺鳞癌的层粘蛋白表达类型明显不同于转移阴性组。     

p73基因在肺腺癌组织中的表达

目的：p73基因在肺腺癌与癌旁正常组织中表达情况及突变的研究。方法：采用竞争性定量RT－PCR和PCR－SSCP方法检测62例肺腺癌及其癌旁非癌组织中p73基因突变情况。结果：（1）通过定量PCR分析，肺腺癌组织中p73的表达量与正常对照组表达量存在显差异（P＜0．01）。（2）在21例中高分化标本中检出9例呈中高表达，在41例低分化标本中检出32例呈中高表达，两之间存在显差异（P＜0．01）；（3）p73基因表达程度在29例Ⅰ-Ⅱ期标本中检出14例呈中高表达，33例Ⅲ-Ⅳ期标本中检出18例呈中高表达，两之间无显差异（P＞0．05）。（4）PCR－SSCP未检测出基因突变。结论：p73基因mRNA的表达可能与肺腺癌发生，发展和分化程度有关，与临床分期无关。     

DIAPH3基因在肺腺癌中的表达及其对患者生存预后的影响

目的 研究DIAPH3基因在肺腺癌中的表达情况及对患者生存预后的影响.方法 通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取DIAPH3 mRNA在肺腺癌中的表达数据及相关病理参数.收集郑州大学第一附属医院胸外科2015年1—12月通过术后病理确诊的55例肺腺癌患者的癌组织,其中26例收集到相应的癌旁组织标本.应用免疫组化技术...     

肺腺癌患者酪氨酸激酶信号传导通路的异常与临床预后

目的 探讨肺腺癌患者酪氨酸激酶传导通路的异常和临床预后的关系。方法 抽提10例肺腺癌标本及其癌旁组织的总RNA,标记荧光,与含13824个基因的基因芯片进行杂交,经洗片、扫描,计算机分析比较两种组织的差异表达基因。每次实验重复2次,结果取平均值。采用聚类分析和判别分析对海量数据进行数据挖掘,得出结果后再与临床预后因素结合分析。结果 根据酪氨酸激酶传导通路上的差异,10例标本聚类为3类,海量基因聚为5类。不同预后的标本有不同的特征基因群,预后最好的一组患者高表达抗增殖和免疫相关基因;预后最差的患者在高表达与增殖相关基因的同时,抗增殖和免疫防御相关基因处于低表达水平。结论 肺腺癌的酪氨酸激酶传导通路异常主要表现为3种类型,由此决定了肺腺癌不同的生物学行为和不同的预后。     

肺腺癌关键基因筛选及CDC20在肺腺癌中的表达及预后分析

目的：肺腺癌的发生发展是一个多因素、多基因参与的过程。本研究的目标是筛选出肺腺癌的关键基因,揭示肺腺癌潜在的分子机制。方法：本研究利用三个肺腺癌相关基因芯片数据集,共包括156例肺腺癌和106例正常肺组织,进行肺腺癌潜在关键基因的筛选。结果：首先,通过芯片数据分析得到341个重叠差异基因,差异基因主要富集的生物学过程是细胞外基质组织、调控化学激酶介导的信号通路、细胞对转化生长因子刺激的反应、细胞外基质组装、调控新生血管生成等。然后,通过PPI(Protein Protein Interaction )蛋白互作网络筛选出10个关键基因,其中8个基因AURKA（ Aurora Kinase A）、CDC20（Cell Division Cycle 20）、CDH5（Cadherin 5）、COL1α1（Collagen I,α1）、EDN1(Endothelin 1)、MMP9(Matrix Metalloprotein 9)、PECAM1(Platelet Endothelial Cell Adhesion Molecule 1)、SPP1(Secreted Phosphoprotein 1)与肺腺癌预后相关。其中CDC20与肺腺癌预后相关性最高,在亚组分析中发现：CDC20在肺腺癌患者中随着年龄的增加表达逐步增加,CDC20在一期肺腺癌患者中表达低于二期、三期、四期患者,CDC20在腺泡型、实性为主型、混合型、透明细胞型表达高于其他亚型,CDC20在吸烟的肺腺癌患者中的表达低于不吸烟者。进一步,我们通过免疫组化检测显示CDC20在肺腺癌组织中表达明显高于正常肺组织,且腺泡型、实体型表达高于其他亚型。结论：本研究发现CDC20的高表达与肺腺癌存在明显的相关性,且其高表达与肺腺癌的不良预后显著相关。CDC20有可能成为肺腺癌治疗的新靶点。     

肿瘤微环境中免疫与基质细胞相关基因在肺腺癌中的预后价值

目的:鉴别与肺腺癌预后相关的免疫与基质细胞基因。方法:501例肺腺癌基因表达数据来自癌症基因组图谱（TCGA）数据库。肺腺癌样本的免疫和基质评分从ESTIMATE数据库中获取。χ2检验分析基质、免疫评分与患者临床病理特征的相关性。采用t检验以及Cytoscape中的Mcode模块筛选差异表达基因（DEGs）。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线。结果:基质细胞评分与M分期显著相关（χ2=6.391,P=0.011）。免疫评分与M分期（χ2=4.769,P=0.029）、T分期（χ2=11.672,P=0.009）和总生存期（χ2=6.334,P=0.009）显著相关。基于免疫评分的DEGs有262个,基于基质评分的DEGs有391个。基因功能富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络分析差异表达基因,富集分析表明,DEGs参与调节免疫应答、抗原结合、免疫应答和受体结合。生存分析表明POSTN（P=0.0181）、PLEK（P=0.0434）、LY86（P=0.0136）、HCK（P=0.0487）对肺腺癌患者具有预后价值。结论:基质细胞相关基因POSTN高表达与患者不良预后相关,免疫细胞相关基因PLEK、LY86、HCK高表达预示患者预后较好。     

基于生物信息学方法识别肺腺癌预后相关基因

目的利用生物信息学方法筛查肺腺癌的差异基因,分析其在肺腺癌的发生发展过程中可能参与的信号传导通路,寻找肺腺癌的关键基因并评估其对肺腺癌预后的意义。方法从GEO数据库中获取肺腺癌基因表达芯片数据集GSE10072、GSE32863、GSE43458和GSE116959,将四组数据集整合后获得肺腺癌的差异表达基因,采用STRING数据库对差异表达基因构建肺腺癌蛋白-蛋白互相作用网络,通过在线网站DAVID对差异基因进行GO富集分析和KEGG通路分析,用Cytohubba筛选关键基因,并利用GEPIA分析关键基因与预后的相关性。结果初步筛查得到214个差异基因,包括42个上调基因和172个下调基因,最后筛选得到6个关键基因。生存分析显示PECAM1、SPP1和KIAA0101的表达对肺腺癌的预后有显著影响(P<0.05),Diseasemeth分析显示SPP1、KIAA0101、COL3A1、GNG11和FOS基因在肺腺癌组织中的甲基化水平异常(P<0.05)。结论这6个基因可能参与了肺腺癌的发生发展,对肺腺癌的诊断、靶点治疗和预后提供一定参考。     

基于生物信息学分析HMG基因家族在肺腺癌中的表达和预后价值

目的 探讨肺腺癌（LUAD）组织中高迁移率族蛋白（HMG）基因家族的表达,并分析其在LUAD患者中的预后价值。方法 通过肿瘤基因图谱（TCGA）数据库获得HMG基因家族在LUAD中的表达数据及相关临床病理参数,并对HMG家族基因进行相关性分析。采用单因素Cox回归和LASSO Cox回归分析HMG基因家族与总生存期（OS）的关系,并构建HMG基因家族预后风险模型。根据风险评分中值将患者分为高风险组和低风险组,采用Kaplan-Meier进行生存分析。最后利用临床病理参数和风险评分构建预后列线图。结果 HMGA1、HMGA2、HMGB2、HMGB3、HMGB4、HMGN1在LUAD中的表达量高于正常样本,HMGB1和HMGN5在LUAD中的表达量低于正常样本（均P<0.05）,大多数HMG基因之间呈正相关,但HMGN3的表达与HMGA1、HMGA2呈负相关。4个HMG基因与OS相关（P<0.05）,其中HMGA1、HMGA2、HMGB2是危险基因,HR> 1;而HMGN3为保护基因,HR<1。Kaplan-Meier生存分析显示高风险组OS比低风险组OS更差（P&...     

P53蛋白表达在结直肠腺癌患者预后中的意义

为了研究Ｐ５３蛋白异常表达在结直肠腺癌患者承后中的意义，应用Ｐ５３单克隆抗体，ＡＢＣ免疫组化方法结合微波炉抗原修复法研究４０例结直肠腺癌的Ｐ５３蛋白的异常表达与预后的关系，结果显示：６５％的结直肠腺癌为Ｐ５３蛋白异常表达阳性。阳生病例的五年存活率为５０％，而阴性病例为８５．７％，提示Ｐ５３蛋白异常表达与结直肠腺癌预后关系密切 ，可能成为一个新的预后判断指标。     

基于生物信息学分析SGOL1在肺腺癌中的表达及预后价值

目的 通过生物信息学方法分析Shugoshin-1（SGOL1）在肺腺癌中的表达及预后价值。方法 从癌症基因组图谱数据库中下载肺腺癌组织和正常组织的表达谱数据和临床资料,并对SGOL1进行表达差异分析和临床相关性分析。使用R包“pROC”绘制受试者操作特征曲线（receiver operator characteristic curve,ROC曲线）评估SGOL1表达对肺腺癌患者临床诊断预测的准确性;利用R包“survival”“survminer”和单因素及多因素Cox回归分析评估SGOL1表达对肺腺癌患者预后的影响;通过检索肿瘤免疫单细胞中心和TIMER2.0数据库,分析肺腺癌中SGOL1的表达分布及与免疫细胞浸润的关系;利用LinkedOmics数据库对SGOL1及其共表达进行功能富集分析;利用交互作用基因/蛋白质检索工具构建SGOL1的蛋白质–蛋白质相互作用网络。结果 与正常组织比较,肿瘤组织的SGOL1表达量显著上调（P<0.001）;与癌旁组织比较,肿瘤组织的SGOL1表达量显著上调（P<0.001）。在肺腺癌的不同临床病理分期中,与Ⅰ期比较,Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期的SGOL1显著高表达（P<0.05）。ROC曲线显示,SGOL1对肺腺癌患者具有良好的诊断效能,曲线下面积为0.959（95%CI：0.942~0.975）。SGOL1高表达组患者的总生存期、疾病特异生存期、无病生存期和无瘤间期均较SGOL1低表达组显著缩短（P<0.05）。单因素及多因素Cox回归分析结果表明,临床分期（HR=1.629,P<0.001）和SGOL1表达水平（HR=1.447,P=0.002）与肺腺癌患者的预后较差相关,可作为肺腺癌患者预后的独立危险因素。SGOL1表达水平与B细胞、CD4+T细胞和树突状细胞的浸润水平呈显著负相关（P<0.05）,与巨噬细胞、CD8+T细胞和中性粒细胞的浸润水平呈显著正相关（P<0.05）。富集分析显示,SGOL1可能在有丝分裂、细胞周期、p53信号通路和氨基酸代谢等途径中发挥作用。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析提示SGOL1与CBX1、PPP2CA、PPP2R5C、CDCA8、ESPL1、PPP2R1A、BUB1、PPP2R5A、SGO2、CDC20等多个分子关系密切。结论 SGOL1在肺腺癌组织中高表达,且与肺腺癌患者的预后较差相关。SGOL1可作为预测肺腺癌患者预后的生物标志物之一。     

原发性肺腺癌组织亚型及预后

目的分析河南地区原发性肺腺癌患者手术切除标本的组织亚型及预后。方法收集2013—2014年郑州大学第一附属医院的438例原发性肺腺癌患者手术切除标本,按照2015年WHO肺肿瘤分类方法分析组织亚型,采用Cox比例风险回归模型分析组织亚型对预后的影响作用。结果占主要成分的组织亚型中,最多见的是乳头型(37.4%);其他依次为实体型(24.7%),腺泡型(21.2%),浸润黏液型(7.8%),微乳头型(5.3%),贴壁型3.7%(16/348)。根据Cox模型,在单变量分析中,性别(P=0.009,RR=1.878,95%CI:1.174~3.005)、吸烟情况(P=0.008,RR=1.842,95%CI:1.172~2.890)、肿瘤部位(P=0.000,RR=3.960,95%CI:2.177~7.204)、肿瘤最大径(P=0.000,RR=2.779,95%CI:1.743~4.431)、组织亚型(P=0.000,RR=3.356,95%CI:2.134~5.270)是术后生存期的预测因子。多变量分析中,肿瘤最大径(P=0.002,RR=2.154,95%CI:1.341~3.460)、组织亚型(P=0.000,RR=2.717,95%CI:1.714~4.307)、肿瘤部位(P=0.000,RR=3.796,95%CI:2.079~6.932)是术后生存期的预测因子。结论组织亚型是肺腺癌预后的独立预测指标,可以指导临床患者生存期预测和精准治疗方案的制定。     

原发性肺腺癌的预后分析研究

回顾性分析外科治疗原发性肺腺癌，对影响肺腺癌预后的因素进行单因素和多因素分析研究，并确定直接相关危险因素。结果显示，TNM分期和病理分型是影响肺腺癌预后的直接相关危险因素。     

基于生物信息学分析ALDH2对肺腺癌的预后价值评估

目的 分析乙醛脱氢酶基因(ALDH2)在肺腺癌(LUAD)中的表达对其预后的影响。方法 通过生物信息学,利用从TCGA数据库下载的肺腺癌RNA及临床资料,分析ALDH2基因在多种癌症中的表达情况,以及其在配对和非配对的肺腺癌样本中的表达,用免疫组化的方法验证ALDH2在肺腺癌中的表达。采用Kaplan-Meier方法和Cox回归分析ALDH2在LUAD中的临床特征关系及预后价值。用免疫棒棒糖图显示ALDH2与免疫浸润关系。结果 对于TCGA数据库下载的数据进行分析,可得到ALDH2在33种癌症中的表达情况,发现ALDH2在多形成性胶质细胞瘤、子宫内膜癌、乳腺浸润癌、肺腺癌、食管癌、胃和食管癌、混合肾癌、前列腺癌、胃癌、头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、肺鳞癌、肝细胞癌、肾母细胞瘤、黑色素瘤、膀胱尿路上皮癌、甲状腺癌、卵巢浆液性囊腺癌、子宫肉瘤、白血病、急性髓细胞样白血病、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、肾上腺皮质癌、肾嫌色细胞癌和胆管癌中低表达(P<0.001);在胶质瘤、脑低级别胶质瘤、肾乳头状细胞癌、结肠癌、结直肠癌和胰腺癌中表达上升(P<0.001);对肺腺癌及正常组织进行分析,...     

胸腔积液CEA在肺腺癌病情及预后评估中的作用

目的探讨胸腔积液CEA在肺腺癌患者病情及预后评估中的作用。方法将肺腺癌合并胸腔积液患者为肺癌组,以同期良性胸腔积液患者为对照（对照组）,比较两组患者胸腔积液CEA水平的差异,采用Spearman秩相关分析肺腺癌患者胸腔积液与生存质量各领域的相关性。结果肺癌组患者胸腔积液和血清CEA水平显著高于对照组（P〈0．05）。肺癌组患者CEA水平在性别、年龄、吸烟史和肿瘤类型中无统计学差异（P〉0．05）,在肿瘤大小、淋巴结转移、远处转移、cTNM分期和胸水肿瘤细胞中的差异有统计学意义（均P〈0．05）。相关性分析表明肺腺癌患者胸腔积液CEA与生理状况、情感状况和附加关注均呈正相关（均rs〉0,P〈0．05）,与社会／家庭状况和功能状况均呈负相关（均rs〈0,P〈0．05）。结论肺腺癌患者胸腔积液CEA显著高于良性胸腔积液患者,与肿瘤大小、淋巴结转移、远处转移、cTNM分期和胸水肿瘤细胞相关,可作为肺腺癌病情及预后评估的标志物。     

肺腺癌组织中nm23-H1基因表达与预后的关系

目的 研究nm23-H1基因在肺腺癌组织中的表达与预后的关系.方法 SP法检测48例石蜡包埋肺腺癌组织中nm23-H1基因的表达;应用Kaplan-Meier及多变量比例风险模型分析基因表达与预后的关系.结果 ①48例肺腺癌组织中nm23-H1基因表达率为68.8%,淋巴结转移阳性组其表达率(52.0%)明显低于淋巴结转移阴性组(87.0%).P＜0.05;生存时间＜3年组其表达率(41.2%)明显低于生存时间≥3年组(83.9%),P＜0.05;②多因素Cox回归分析显示TNM分期和nm23-H1基因表达反映肺腺癌预后情况,风险度分别为2.015和0.313.结论 nm23-H1基因表达与淋巴结转移呈负相关,与生存时间呈正相关.检测nm23-H1基因表达可能有助于筛选出具有高转移危险的患者.     

CCT家族基因及CCT4基因在肺腺癌中的表达和预后分析

目的:通过挖掘生物信息数据库,探讨含TCP-1的伴侣蛋白(CCT)家族基因及CCT4基因在肺腺癌中的表达和预后分析.方法:从Linkedomics和UALCAN数据库收集肺腺癌中CCT家族基因的相关信息,分析其在肺腺癌及肺腺癌临床总分期和TNM分期中的表达情况,并分析其与肺腺癌预后的相关性;通过STRING数据库分析C...     

转录因子SOX12在肺腺癌中的表达及其与临床预后的关系

目的探讨转录因子SOX12在肺腺癌中的表达及其与临床预后的关系。方法采用大型癌症基因组数据库分析SOX12在 肺腺癌中的表达水平,然后分别采用免疫组织化学（IHC）和半定量PCR方法检测36例肺腺癌癌组织、15例距肿瘤边缘5 cm以 上癌旁正常组织和21例正常肺组织中SOX12 的表达情况,同时通过Kaplan-Meier Plotter 数据库获取了866例肺腺癌患者和 675例肺鳞癌患者的生存数据,分析SOX12基因表达水平对患者总生存期（OS）和进展后生存期（PPS）的影响。结果TCGA数 据库和GEO（GSE40419）样本集提示SOX12的表达水平在肺腺癌组中显著高于癌旁组（P<0.001）,同时IHC和半定量PCR结果 均显示SOX12 在肺腺癌组织中的表达高于癌旁正常组织和正常肺组织,差异具有统计学意义（P<0.001）;分析Kaplan-Meier Plotter数据库显示SOX12基因表达水平高的肺腺癌患者较表达水平低的患者OS和PPS短,差异具有统计学意义（P<0.05）;而 SOX12基因表达水平对肺鳞癌患者的OS和PPS均无明显影响。结论转录因子SOX12在肺腺癌组织中呈明显高表达水平,且 其表达水平与患者的生存和预后关系密切,SOX12可能成为预测肺腺癌发生发展的辅助指标。