普通TaqMan探针及raqMan MGB探针real-time PCR检测无形体msp-2基因方法的建立与比较

目的 建立敏感、特异、定量real-time PCR方法,用于无形体病早期诊断及立克次体病鉴别诊断.方法 通过GenBank Blast比较分析,选择世界各地39株无形体,以msp-2特异基因保守区设计普通TaqMan探针及TaqMan MGB探针并比较分析.结果 普通TaqMan探针及TaqMan MGB探针2种方法...     

嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测方法的建立及应用研究

目的 建立嗜肺巴斯德菌的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测方法.方法 针对嗜肺巴斯德菌16SrRNA基因设计特异性引物和探针,建立嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的特异度、敏感度和稳定性.对2008～2011年采集的1 680份样本进行检测.结果 嗜肺巴斯德菌TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法具有高度特异性,对多杀巴斯德菌、产气巴斯德菌、支气管鲍特杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌均无交叉反应,检测灵敏度达22拷贝.标准曲线显示备浓度范围内具有良好的线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.488,PCR效率为100％.荧光定量PCR检测1 680份样本,检出137份嗜肺巴斯德菌阳性.该方法可直接从样本中特异性地检出嗜肺巴斯德菌.结论 TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法具有灵敏、特异、稳定的特性,适用于嗜肺巴斯德菌的快速检测.     

空肠弯曲菌 TaqMan-MGB双重探针实时荧光定量 PCR快速检测

目的　开发一种特异、灵敏的TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 方法,用于空肠弯曲菌的快速定量检 测。方法　针对空肠弯曲菌鞭毛蛋白A 和马尿酸酶基因设计特异性引物和探针,建立一种新型TaqMan-MGB 双重探针 实时荧光定量PCR 检测空肠弯曲菌方法,对该方法的定量检测线性范围、特异度、灵敏度、重复性、稳定性进行评价, 应用该方法对临床标本中的空肠弯曲菌进行检测,同时用细菌培养、普通PCR、基因克隆和测序鉴定。结果　建立的 空肠弯曲菌TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 检测方法专属性强,能准确检出空肠弯曲菌,而与其他细菌无交 叉反应,特异度为100%。该技术灵敏度高,能精确定量检测空肠弯曲菌DNA 线性范围达10 个数量级,最低检测限为 4 个菌落形成单位。重复性和稳定性良好,组内和组间相对标准偏差均小于1%。应用该方法成功从78 例临床标本中定 量检出28 例空肠弯曲菌阳性标本,用普通PCR 和基因克隆测序分析确认,细菌培养方法仅获得6 株存活的空肠弯曲菌。 结论　TaqMan MGB 双重探针实时荧光定量PCR 具有快速简便、可靠稳定、特异灵敏的优点,可用于临床标本中空肠 弯曲菌定量检测,值得推广应用。     

TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR法检测幽门螺杆菌

目的建立TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测幽门螺杆菌(HP)的方法。方法针对HP cagA基因设计特异性引物和探针,建立TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的特异性、灵敏度和重复性。用该法对肝癌、肝硬化患者腹水及全血,猪、金黄地鼠、猴、犬、兔、豚鼠、大鼠、小鼠的全血、粪便、肠共1 201份标本进行检测,同时作常规细菌分离和测序分析。结果本方法特异性为100%,最低可检测2.2×101copies/μL的质粒DNA。标准曲线表明其具有良好线性关系,回归方程为:Y=-3.306X+38.633,相关系数(r)为0.999,扩增效率为100.648%。批内相对标准偏差(RSD)为0.19%～1.2%,批间RSD为0.14%～3.4%,RSD均<5%。上述1 201份标本用本法检出HP阳性130份,常规细菌分离法仅检出2份HP阳性。测序结果表明,与GenBank中收录的HP序列同源性为99%～100%。结论建立的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR法特异性和灵敏度高,重复性良好,适用于HP感染的检测。     

建立检测产气肠杆菌的TaqMan荧光定量PCR和普通PCR方法

目的 建立敏感、特异的普通聚合酶链反应(PCR)方法和TaqMan 荧光定量PCR方法对产气肠杆菌进行快速检测。方法 以产气肠杆菌组氨酸脱氢酶基因(hdc)为靶基因设计引物以及TaqMan FAM探针,建立对产气肠杆菌进行检测的普通PCR方法和TaqMan 荧光定量PCR方法,并评价该方法的特异性、灵敏性和稳定性。结果 普通PCR和TaqMan 荧光定量PCR方法均能对产气肠杆菌进行特异检测;普通PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本的检测下限分别为 100 copies/l和1.0105 cfu/g,TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本的检测下限分别为33 copies/l和1.0104 cfu/g;TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本检测的扩增曲线良好;在稳定性评价试验中,普通PCR方法的重复性良好,TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品检测Ct值的组内差异为0.15%~0.98%,组间差异为0.55%~1.63%。结论 本研究建立的检测产气肠杆菌的普通PCR方法和TaqMan 荧光PCR方法特异性好、灵敏度高,能够用于产气肠杆菌的快速检测。     

TaqMan荧光定量PCR检测流感嗜血杆菌和肺炎链球菌方法的建立及应用

目的 建立TaqMan荧光定量PCR检测方法 ,用于流感嗜血杆菌和肺炎链球菌的检测和鉴别诊断.方法 针对流感嗜血杆菌种属特异性基因bexA和肺炎链球菌种属特异性基因lytA,设计合成引物和TaqMan探针,研究不同引物和探针荧光定量PCR检测的特异性和灵敏度,确定标本检测中循环阈值(Ct)的临界值(cut-off值).将荧光定量PCR、乳胶凝集和细菌培养3种检测方法 同时应用于278份细菌性脑膜炎患者脑脊髓液标本的检测.结果 bexA基因引物和探针能特异性检测流感嗜血杆菌a、b、c、d血清型的菌株,检测灵敏度为每个反应10个基因组DNA拷贝;lytA基因引物和探针能特异性检测肺炎链球菌常见致病的血清型肺炎链球菌菌株,检测灵敏度为每个反应90个基因组DNA拷贝.通过荧光定量PCR方法 ,278份脑脊髓液标本中共检测出 4份流感嗜血杆菌阳性和7份肺炎链球菌阳性,其中各有2份培养出相应的病原菌,另有1份流感嗜血杆菌和2份肺炎链球菌乳胶凝集结果 阳性.结论 TaqMan荧光定苗PCR方法 能特异地检测和鉴定流感嗜血杆菌和肺炎链球菌,具有较高的灵敏度和快速检测的特点,能提高临床流感嗜血杆菌和肺炎链球菌感染患者标本的阳性检出率.     

双色荧光定量PCR快速诊断唐氏综合征

目的建立快速诊断唐氏综合征的荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)方法及其应用于产前诊断唐氏综合征的可能性。方法合成21号染色体单拷贝基因DSCR1特异的引物和TaqMan探针以及1对非21号常染色体单拷贝基因GAPDH特异的引物和TaqMan探针,其中检测DSCR1基因的探针标记6-羧基荧光素(FAM),检测GAPDH基因的探针标记六氯(HEX)荧光素;提取患者和正常人外周血及胎儿羊水脱落细胞标本的DNA为模板,在同一PCR扩增管中同时进行2种基因的双色荧光定量聚合酶链反应(the double chromatogra-phy fluorescence quantitative polymerase chain reaction,DC-FQ-PCR),分别定量测定DSCR1基因和GAPDH基因的含量,并计算每个标本2种基因剂量的比值;采用该基因检测技术检测23例唐氏综合征患者、20名正常人和100例羊水,与染色体检查诊断结果对比,判断该技术在唐氏综合征基因诊断和产前诊断中的应用价值。结果在30μL FQ-PCR反应体系中,加入最少约0.05 ng基因组DNA能够稳定地获得扩增曲线;实验表明23例染色体检测为唐...     

MGB探针标记-实时荧光PCR方法检测细菌int1基因和ISCR1元件方法的建立

目的 建立一种快速、准确检测细菌中ISCR1复合型Ⅰ型整合子的MGB探针二重实时荧光PCR方法。方法 根据ISCR1复合型Ⅰ型整合子中int1基因和ISCR1元件序列设计特异性引物和探针,在多种经常携带有2种多耐药相关基因元件的细菌中检测其特异性;使用含有2种基因元件特异性序列的重组质粒标准品评价建立方法的灵敏度。结果 建立的MGB二重探针实时荧光PCR检测方法特异性好,携带2种基因元件或单独含有ISCR1或者int1的实验菌株均出现相应特异性扩增曲线,对2种基因元件均不含的菌株进行试验扩增时,均未见出现特异性扩增曲线。对2种基因元件都存在的实验菌株的扩增中,亦不存在由于2套引物/探针相互影响而造成的干扰扩增。根据标准质粒样品构建的标准曲线可确定其对int1基因和ISCR1元件的检测灵敏度分别为5.89×10~1拷贝/μl和4.13×10~1拷贝/μl。结论本研究成功建立了MGB二重探针实时荧光PCR快速检测方法。     

粪肠球菌TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

目的 建立用于检测粪肠球菌的TaqMan实时荧光定量-聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative-Polymerase Chain Reaction,FQ-PCR)方法。 方法 根据粪肠球菌的d-丙氨酸聚连接酶(ddl)基因设计TaqMan FQ-PCR的引物及探针,并使用39种常见致病菌和条件致病菌检测其特异性。将目的基因克隆到质粒中,制作标准曲线,确定方法的检测下限。制备血液模拟标本,直接提取核酸进行检测,探索临床应用的可能。 结果 在特异性评价实验中,除阳性对照外其余样本均未出现特异性扩增曲线。建立粪肠球菌TaqMan FQ-PCR方法的标准曲线,确定该方法的检测下限为20 copy/管。通过对粪肠球菌血液模拟标本的检测发现,本方法对模拟标本的检测灵敏度为3.9×103 cfu/ml。在稳定性评价中,对含菌量为3.9×108、3.9×106和3.9×104cfu/ml的血液模拟标本重复检测10次,结果显示扩增反应Ct值的变异系数(CV)为0.99%~1.84%。 结论 本研究建立了适用于临床标本检测的粪肠球菌TaqMan FQ-PCR方法。     

登革病毒TaqManMGB实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立登革病毒TaqMan实时荧光定量PCR快速检测方法及应用于临床。方法根据1～4型登革病毒3’端非编码区的一段高度保守序列,设计一套型通用的引物和TaqManMGB探针,以4个血清型登革病毒标准株为标准,以日本乙脑病毒和丙肝病毒作阴性对照,以包含登革病毒2型标准株（DENV-2NGC株）3’非编码区349bD片段的质粒DNA作标准品,对引物和TaqManMGB探针的特异性、灵敏度进行分析,从而建立登革病毒实时荧光定量PCR检测方法。用该法对登革病毒野毒株和10份登革病毒患者血清进行检测。结果TaqMan实时荧光定量PCR检测的1～4型登革病毒标准株及野毒株均为阳性,日本乙脑病毒和丙肝病毒均为阴性;检测灵敏度可达到每反应2个基因拷贝;检测的10份登革患者血清样本中,8份检测结果为阳性。结论TaqManMGB实时荧光定量PCR方法是一个快速、特异性强、敏感性高的检测登革病毒的方法,适用于登革病毒的临床早期诊断。     

实时荧光定量聚合酶链反应检测血清2型猪链球菌的研究

目的 基于TaqMan-MGB探针实时荧光定量聚合酶链反应(Real.time PCR)技术,建立针对血清2型猪链球菌的快速检测方法.方法 针对血清2型猪链球菌的csp2J基因序列,应用Beacon Designer 7.0,设计了引物和TaqMan-MGB探针,建立Real-time PCR检测方法;把目的 片段克隆...     

Evaluation of antibiotic susceptibilities of Ehrlichia canis, Ehrlichia chaffeensis, and Anaplasma phagocytophilum by real-time PCR

We determined MICs of antibiotics against Anaplasma phagocytophilum, Ehrlichia chaffeensis, and Ehrlichia canis by real-time quantitative PCR. The doubling times of the organisms were established: 19 h for E. chaffeensis, 26 h for A. phagocytophilum, and 28 h for E. canis. In comparison to the reference method for determining sensitivities, which uses Diff-Quick staining, our PCR assay was very sensitive and specific. We confirmed that doxycycline and rifampin are highly active against these bacteria and found variable susceptibilities to fluoroquinolones; A. phagocytophilum was susceptible, but E. canis and E. chaffeensis were only partly susceptible. Beta-lactam compounds, cotrimoxazole, macrolide compounds, and telithromycin showed no activity against any of the three organisms. Thiamphenicol was found to be more active than chloramphenicol. For the first time, we showed that these three species have numerous point mutations in their 23S RNA genes, with those at positions 754, 2057, 2058, 2059, and 2611 (Escherichia coli numbering) known to confer resistance to macrolide compounds in other bacteria. The role of each of these mutations in resistance to these drugs should be investigated in the future. Our study confirms previous reports that quantitative PCR is a reliable method for determining antibiotic susceptibility; therefore, it might be useful for screening new drugs.     

A real-time combined polymerase chain reaction assay for the rapid detection and differentiation of Anaplasma phagocytophilum, Ehrlichia chaffeensis, and Ehrlichia ewingii

A rapid real-time polymerase chain reaction (PCR) assay capable of the simultaneous detection and differentiation of Anaplasma phagocytophilum, Ehrlichia chaffeensis, and Ehrlichia ewingii was developed using the LightCyclertrade mark instrument (Roche Applied Sciences, Indianapolis, IN). The assay targets the operon groEL of the heat shock protein. Base pair mismatches in amplified DNA in regions of detection probe hybridization allowed organism differentiation by melting curve analysis. The analytical sensitivity was at least 10 copies per reaction. DNA extracts from 59 specimens previously confirmed positive for A. phagocytophilum (n = 37), E. chaffeensis (n = 19), or E. ewingii (n = 3) were used to evaluate the assay. All of the specimens positive for 1 of the 3 organisms by conventional PCR were likewise positive by the LightCycler method. Sensitivity and specificity were at least 100% compared with conventional PCR. This assay provides a rapid method for the detection and differentiation of the causative agents of human ehrlichiosis in the United States.     

新疆古尔图地区长尾黄鼠感染病原体情况调查

目的调查新疆维吾尔自治区（新疆）古尔图地区长尾黄鼠汉赛巴尔通体、伯氏疏螺旋体和嗜吞噬细胞无形体等病原体感染情况,分析该地区自然疫源性疾病流行风险,为制定防控措施提供科学依据。方法2017年5 — 9月采用一日弓形夹法捕捉查岗果勒、布兰布拉克、白石头等地长尾黄鼠86只,无菌采集鼠体肾脏,试剂盒法提取全基因组DNA;运用实时荧光定量聚合酶链式反应方法检测样本汉赛巴尔通体ssrA基因、伯氏疏螺旋体recA基因和嗜吞噬细胞无形体Msp2基因。结果共检测86只长尾黄鼠样本,其中汉赛巴尔通体阳性42份,阳性率为48.84%;伯氏疏螺旋体阳性6份,阳性率为6.98%;嗜吞噬细胞无形体阳性3份,阳性率为3.49%。 布兰布拉克地区的汉赛巴尔通体感染率高于查岗果勒和白石头地区,白石头地区的伯氏疏螺旋体和嗜吞噬无形体感染率高于其他两地。结论新疆古尔图地区长尾黄鼠存在汉赛巴尔通体、伯氏疏螺旋体和嗜吞噬细胞无形体感染。     

应用TaqMan实时荧光-聚合酶链反应方法快速检测粪便标本空肠弯曲菌的研究

目的建立空肠弯曲菌TaqMan实时荧光-PCR方法,用于粪便标本的直接检测。方法根据空肠弯曲菌特异性基因hipO和mapA分别设计引物和探针,在对2组引物和探针进行灵敏度、特异性和重复性评价的基础上,对45例临床腹泻患者粪便标本提取DNA之后,荧光PCR检测,同时进行分离培养。 结果两组引物和探针能准确检测空肠弯曲菌菌株2株,检测限可达到10~20 cfu/ml,并与其他肠道致病菌无交叉反应。检测45份腹泻病例粪便标本,该方法检测到3份为阳性,同时进行的传统培养方法仅从该3份标本中的两份中分离到空肠弯曲菌。 结论本研究建立的TaqMan荧光PCR检测粪便标本中所携带的空肠弯曲菌灵敏度高,特异性好,能够提高粪便中空肠弯曲菌的阳性检出率和缩短检测时限。     

2019－2020云南省部分地区啮齿动物感染无形体的多样性

  目的  了解云南省小型兽类感染无形体的情况，为当地无形体病的防控提供科学依据。  方法  2019—2020年在云南省西部2个县（市），北部5个县（市）选点，采用笼日法和夹夜法捕获小型兽类，经形态鉴定后取肝、脾脏器组织，提取DNA，用半巢式聚合酶链式反应（PCR）扩增无形体属16S rRNA基因660 bp目的片段，对阳性产物进行测序，所得序列作同源性分析和遗传进化分析。  结果  共捕获小型兽类1 142只，经鉴定分属3目8科21属39种。 PCR扩增阳性21份，总阳性率1.84％。 其中14份为嗜吞噬细胞无形体，6份为绵羊无形体，1份为牛无形体。 阳性小型兽类分属1目2科3属6种，均是啮齿动物。 在孟连县和元谋县的斯氏家鼠、黄胸鼠、褐家鼠中检出嗜吞噬细胞无形体；在元谋县的斯氏家鼠、黄胸鼠、社鼠和大绒鼠中检出绵羊无形体；在孟连县的白腹鼠中检出牛无形体。 统计学分析表明，孟连县和元谋县的小型兽类无形体感染率差异有统计学意义（P<0.01）；不同阳性鼠种的感染率差异有统计学意义（P<0.01），白腹鼠和斯氏家鼠感染率较高；不同性别、年龄、生境和海拔的啮齿目小型兽类感染率差异无统计学意义。  结论  云南省啮齿动物携带多种可导致人群和家畜致病的无形体，宿主种类多，但地域分布相对集中，应当重点关注人群、家畜的无形体病的预防控制。     

双探针实时荧光定量PCR检测对拉米呋啶耐药的乙型肝炎患者HBV变异

目的研究双探针实时荧光定量PCR方法检测对拉米夫定耐药的乙肝患者血清中HBV病毒变异的可行性。方法用双探针MGB实时荧光定量PCR法检测拉米夫定治疗后的乙型肝炎患者血清,确定HBV YMDD变异类型,与测序法进行比对。结果68例标本中本法测出27例YMDD野生株,20例Y IDD变异株,11例YVDD变异株,与直接测序结果一致。另有10例标本测得为混合株,经克隆后测序证实,混合株中存在优势株。直接测序只能检测出优势株。结论双探针MGB实时荧光定量PCR法可以快速、准确地测出HBV DNA混合变异毒株。