2013年宜春市甲型H1N1流感病毒分离鉴定及HA基因分子进化分析

目的 对2013年江西省宜春市甲型H1N1流感病毒HA基因序列及其编码的氨基酸序列进行分子进化分析,为防控甲型H1N1流感大流行和常规监测提供科学根据。方法 随机选择11株2013年宜春市疾病预防控制中心流感监测实验室分离到的甲型H1N1流感病毒毒株,提取病毒RNA,One-step RT-PCR扩增HA基因并双向测序。以世界卫生组织疫苗推荐株A/California/07/2009(H1N1)(GenBank:CY121680)和几株国内外近几年分离的流感甲型H1N1毒株的HA基因为参考序列,采用DNAStar 7.0和Mega 5.0软件对HA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,绘制分子进化树,进行HA变异分析。结果 2013年宜春市11株所测甲型H1N1流感病毒与疫苗推荐株亲缘性较近,进一步参考几株国内外近几年分离到的流感甲型H1N1毒株,HA没有发生较大变异;其HA基因序列二硫键、糖基化位点未发生变异;尽管有7株毒株同时在抗原决定簇区A区和受体结合位点130环或其附近发生单个位点氨基酸替换变异,但未形成流行病学变异新种。结论 目前的甲型H1N1流感疫苗仍对人群有保护作用,而抗原决定簇和受体结合位点的变异提示仍需要密切关注甲型H1N1流感的再次流行。     

2004年冬季北京患儿中低滴度甲3型流感病毒HA1基因特性分析

目的 分析2004年流感流行季节北京地区流感样病患儿患者分离的低滴度甲3型流感病毒血凝素（HA1）基因的特性。方法用2004年流感流行季节分离的22株低滴度甲3型流感病毒提取病毒RNA，经RT．PCR扩增得到HA1区基因片段。用生物信息软件分析HA1区基因特性。结果扩增的血凝素HA1区基因均为987bp。22株HA1氨基酸序列与当年的疫苗参考株比较，发现氨基酸变异，变异位点在3个抗原决定簇（A、B、D）和受体结合部位的位点，提示本流行季节的流感病毒变异较大，与世界卫生组织推荐2005年疫苗参考株比较，与南半球参考株有2个抗原决定簇（A、D）的氨基酸存在不同，与北半球参考株无明显差异。还发现1株变异，在高保守受体结合部位的底部98位氨基酸也发生了变异。结论2004年冬季流感流行株的变异倾向值得密切关注。     

2007年江西省甲3亚型流感毒株HA1基因特性的分析

目的了解江西省2007年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO2007～2008年甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit（Version5.0）、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果所选取的8株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.13%。2007年甲3亚型流感病毒分离株与2007～2008年WHO疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是97.8%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.25个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氨基酸替换。结论2007年根据WHO2007～2008年推荐疫苗株生产的疫苗对我省的甲3亚型流感预防效果不够理想。     

2007年江西省甲3亚型流感毒株HA1基因特性的分析

目的了解江西省2007年分离的甲3亚型流感病毒株HA1基因变异特征,分析WHO2007～2008年甲3亚型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感的预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的H3型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用DNAStar5.0、BioEdit（Version5.0）、Mage生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列,进行基因特性分析。结果所选取的8株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为960bp,未发现核苷酸的丢失和插入,平均点突变率为1.13%。2007年甲3亚型流感病毒分离株与2007～2008年WHO疫苗推荐株HA1区相比较,不同毒株氨基酸的同源性是97.8%～98.4%,在2个抗原决定簇区的氨基酸变异数平均为3.25个,但有毒株已出现在2个抗原决定簇区4个氨基酸替换。结论2007年根据WHO2007～2008年推荐疫苗株生产的疫苗对我省的甲3亚型流感预防效果不够理想。     

1999-2008年广东省韶关市H3亚型流行性感冒病毒的变迁

目的通过A型流行性感冒（流感）病毒H3亚型血凝素HA1基因的变异,探讨韶关市1999-2008年H3亚型流感病毒的变迁。方法复苏韶关市疾病预防控制中心保存的历年H3亚型流感毒株,提取病毒RNA,RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,使用DNA Start MegAlign等生物软件包对序列进行分析。结果研究测定了4个年份的流感毒株,与代表株A/Panama/2007/1999相比,同源性为91.3%～93.8%,在5个抗原决定簇共14个氨基酸发生变异,RBS上有6个位点发生变异,各毒株均在不同的位点上增加了一个糖基化位点;与代表株A/Fujian/411/2002 比较,同源性为90.2%～97.7%,18个氨基酸变异发生在5个抗原决定簇,10个氨基酸变异发生在RBS,A/SG/199/1999,A/SG/y009/2008分别增加了一个糖基化位点;与代表株A/Wisconsin/67/2005比较,同源性从88.3%～98.4%,共有14个氨基酸变异发生在5个抗原决定簇,RBS上有9个氨基酸发生变异, 各毒株均在不同的位点上增加了一个糖基化位点;本次研究的毒株变异率逐渐下降,变异最活跃的两个氨基酸第158和173位点分别位于B和D抗原决定簇。结论韶关市H3亚型流感病毒在1999-2008年间发生了3次抗原性变异,每一次变异大约间隔3～4年。从2008年的氨基酸变异情况得知,H3亚型流感病毒的抗原性漂移有增强的趋势。     

甲型H1N1流感重症患者病毒血凝素和神经氨酸酶基因特性分析

目的 通过分析2009-11-02～12-04期间北京市6例甲型H1N1流感重症患者咽拭子中病毒的血凝素、神经氨酸酶基因特性,了解其基因进化特点,以期对下一步甲型H1N1流感的防控和重症的治疗提供理论依据.方法 使用实时荧光PCR方法,检测重症患者样本为甲型H1N1流感病毒阳性样本,利用测序引物扩增血凝素、神经氨酸酶基因,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接序列;分析重要基因位点,对其进行基因进化、耐药性分析.结果 6件测定样本血凝素、神经氨酸酶基因与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)核苷酸、氨基酸的同源性分别为99.2%及99.5%,有8个血凝素基因的氨基酸发生替换,为65、100、145、185、216、220、338及391位,其中145位位于抗原决定簇A区,220位位于抗原决定簇D区,同时是受体结合位点的后壁;有5个神经氨酸酶基因的氨基酸发生了替换,为59、106、232、248及365位,其中106、232、248位位于酶活性区域;未发生神经氨酸酶基因275位H→Y的替换.结论 北京市甲型H1N1流感重症患者病毒血凝素和神经氨酸酶基因与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)高度同源,部分血凝素基因、神经氨酸酶基因有氨基酸替换,但其作用不清.所有测定样本未发生对达菲类药物的耐药性突变.     

2009年宁波市甲3亚型流感流行特征 与HA1基因特性的分析

目的 了解2009年宁波市甲3亚型流感病毒的流行特征及血凝素基因HA1区域的变异情况。 方法 全年度每周从流感监测哨点医院收集流感样病例标本进行病毒分离,获得的甲3亚型流感毒株按不同时间、地点进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特性分析。 结果 所选取的15株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为987 bp,编码329个氨基酸;2009年上半年的流行株与2008年秋季的流行株在该区域有7个氨基酸位点存在差异,2009年下半年的流行株与2009上半年又存在10个氨基酸位点的差异。上半年与下半年的流行株在种系发生树上形成两个分支,为不同性状的流行株。 结论 2009年上半年及下半年宁波市甲3亚型流感流行株与2008年相比,在血凝素基因HA1区域都发生了较为明显的改变,且上半年与下半年的2个流行株之间血凝素基因的差异也较大。说明2009年宁波市流行的甲3亚型流感病毒变异较为频繁。     

甲型H1N1流感死亡病例三株病毒分离株血凝素基因测序分析

目的 对长沙市3株甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因的来源和变异情况进行研究.方法 对长沙市的3例甲型H1N1流感死亡病例的鼻/咽拭子标本进行RT-PCR检测和流感病毒分离,利用WHO推荐的测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对3株甲型H1N1流感死亡病例病毒株[A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1 N1),A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)]HA基因进行测序,测序方法为末端标记循环法(Dye Terminator Cycle sequencing),测序结果提交至GenBank,并用ClustalX和Mega4.1软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树.结果 A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1N1)和A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)3株病毒株HA基因序列分别与甲型H1 N1流感病毒A/NewYork/3502/2009(H1N1),A/Shanghai/71T/2009(H1N1)和A/Chita/01/2009(H1N1)分离株高度同源,同源性为99%,与国内甲型H1N1流感病毒株A/Sichuan/1/2009(H1N1)核苷酸同源性在99.5%以上;进化树分析显示包括3株病毒株在内的甲型H1N1流感病毒与A/Swine/Indiana/P12439/00亲缘关系近,但与人季节性A流感病毒(H1N1)、禽流感亲缘关系较远.与A/Swine/Indiana/P12439/00 HA基因比较发现:3株病毒株HA基因分别有28、30、27个氨基酸发生变异,但3株病毒株在21个重要抗原位点中只有一个R53K氨基酸替换;对全球364条甲型H1N1流感病毒HA基因序列进行多重比对发现有119个非保守氨基酸位点,其中5个位于重要抗原位点.结论 3株病毒株和其他甲型H1N1流感病毒HA基因可能由北美猪流感病毒变异而来;3株病毒株HA基因与国内外甲型H1N1流感病毒高度同源,同全球绝大多数甲型H1N1流感病毒一样处于稳定状态.     

2020-2021年广西Victoria系乙型流感病毒的抗原性及基因特性分析

目的 了解广西壮族自治区（广西）2020—2021年度B/Victoria(Bv)系流感病毒的抗原性及基因特征。方法 选取广西2020—2021年分离的36株Bv系流感毒株进行全基因组测序,并对血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进行序列拼接和基因特性分析。同时采用血凝抑制实验进行抗原性分析。结果 2020—2021年广西分离的Bv系流感病毒与WHO推荐的疫苗株B/Washington/02/2019相比,HA和NA基因的核苷酸同源性分别为99.1%～100.0%和99.1%～99.9%。系统进化树分析发现这36株Bv系流感毒株均属于1A(?3)B分支,与疫苗株属于同一分支,但广西毒株又进一步分为两个小分支。抗原性分析显示这两个小分支没有明显差异,均为疫苗株的类似株。氨基酸变异位点分析发现,HA蛋白携带R133G、N150K、N197D的氨基酸突变,变异涉及3个抗原决定簇。NA蛋白的酶活位点和神经氨酸酶抑制剂耐药位点均未发生突变。结论 2020—2021年度广西流行的Bv系流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗株的组分匹配但存在持续变...     

2014年浙江省丽水市人感染H7N9禽流感病毒分离株基因特征分析

目的 测定浙江省丽水市1株H7N9禽流感病毒8个基因序列,从分子水平分析其基因特征和遗传变异特点。方法 对人感染H7N9禽流感确诊病例标本在P3实验室进行犬肾传代细胞培养;反转录-聚合酶链反应扩增病毒8个RNA片段后测定基因序列;通过生物信息学软件将8个序列与GISAID和GenBank数据库下载的序列进行多重比对和匹配,发现基因特征,分析病毒关键位点的分子变异情况,最大似然法绘制系统进化树用于基因进化分析。结果 从病例标本中分离到病毒:A/Zhejiang/LS01/2014(H7N9),测序获得8个基因核苷酸全序列。HA裂解位点只包含2个碱性氨基酸,HA蛋白受体结合关键氨基酸位点发生A134T、G186V和Q226L变异;在PB2蛋白上发现E627K突变;M2蛋白上发现耐药位点S31N。LS01株HA基因与A/chicken/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)的同源性最高(98.90%),NA基因与A/chicken/Changzhou/C08/2013(H9N9)的同源性最高(98.60%),LS01株其他6个编码内部蛋白的基因均与禽源H9N2株高度同源(99.10%~99.89%)。LS01株HA和NA基因与沪苏浙一带流行的H7N9禽流感病毒株位于同一亚分支,有着直接的进化关系,在相近地域有进化关系较近的禽类流感病毒存在。结论 A/Zhejiang/LS01/2014(H7N9)株8个基因序列均符合禽源H7N9亚型禽流感病毒特征,其病原基因均为禽类来源。HA裂解位点具有低致病性禽流感病毒基因特点,Q226L和E627K位点发生变异可能与其对人具有高致病力相关。     

泉州市流感疫情实验室检测及H3N2亚型基因特性分析

目的 了解2009年泉州地区流感流行及病毒株的变异情况,探讨流感病毒基因的变异与流感流行的关系.方法 对泉州市198例流感患者的咽拭子采用MDCK细胞培养进行病毒分离,经血清学试验鉴定分型和实时荧光RT-PCR方法检测病毒核酸.对其中4株毒株提取病毒RNA,采用RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件分析基因.结果 198份咽拭子中有98份为H3N2亚型流感病毒核酸阳性,分离到62株H3N2亚型流感病毒,HA1基因经核苷酸序列测定显示,其基因特性更接近于A/Ningbo/333/2008,核苷酸同源性为98.7%,与A/Xiamen/70/2004的同源性为96.8%,由HA1基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/10/2007相比,有7个氨基酸位点发生变异,其中有1个位点位于抗原决定簇A区(144),有2个位点位于抗原决定簇B区(158、189),种系发生树分析也证实HA1基因存在一定差异.结论引起2009年泉州市流感在部分集体单位流行的病毒为H3N2亚型,其基因特性和抗原性与疫苗株相比均发生了一定变异.

Abstract：

Objective To obtain the information of the 2009 influenza outbreak and the variations of influenza virus strains in quanzhou, and explore the relationship between the genetic variation of influenza virus and influenza epidemic. Methods During the influenza outbreak in quanzhou,one hundred and ninetyeight throat swabs specimens from the patients with influenza were collected. Viruses were isolated with MDCK cells and identified with serological test, followed by real-time RT-PCR. RNA of four influenza virus strains were extracted, then HA1 gene was amplified by RT-PCR. The purified PCR products were sequenced. The data were analyzed with the software DNAstar megalign. Results Total 98 pieces of H3N2 subtype influenza virus nucleic acid were detected in 198 throat swabs specimens,among which 62 influenza virus strains were identified as subtype influenza A( H3N2 ). The sequencing results of HA1 gene in these positive strains showed that their genetic characterization were more closed to strains A/Ningbo/333/2008 with a nucleotide homology of 98.7%, which was 96.8% as compared with A/Xiamen/70/2004. The amino acids sequences deduced from the nucleotide sequences in HA1 region of the isolated strain had 7 mutant sites compared with A/Brisbane/10/2007 vaccine strain. One variant amino acids were found located in the antigenic determinant sites A( 144 ), two were in the sites B( 158,189 ). Phylogenetic analysis also confirmed the difference in HAl domain. Conclusion The influenza virus strains causing the flu outbreak among some communities of quanzhou in 2009 are subtype influenza A ( H3N2 ), whose genetic characterization and antigenicity were different from the vaccine strain.     

2017-2020年湖北省甲型H3N2亚型流感病毒流行特征和进化分析

目的 了解2017-2020年湖北省甲型H3N2亚型流行性感冒(流感)流行分布及基因进化情况.方法 根据湖北省流感病原学监测数据,分析2017-2020年甲型H3N2亚型流感病毒流行分布情况,按年度分布和地域分布的原则选取2017-2020年各市级流感监测网络实验室送检的该亚型流感病毒共38株进行测序,获得病毒HA和N...     

赣州市2014年新型甲型H1N1流感病毒NA基因特征及耐药性分析

目的：分析江西省赣州市2014年新型甲型H1N1流感病毒NA基因的特点,掌握其耐药情况,为临床治疗和疾病控制提供参考依据。方法随机选择17株新型甲型H1N1流感病毒,经核酸提取和one-step RT-PCR扩增NA基因片段,双向序列测定,采用DNAStar5.0和Mage4.0序列分析软件分析NA基因特征以及耐药性位点。结果17株毒株的NA基因片段与代表株A/California/07/2009(H1N1)的序列核苷酸序列进行比对,核苷酸序列同源性高达98.4%以上,氨基酸的同源性也高达97.0%以上。17株毒株的NA活性中心位点氨基酸及周围的辅助位点氨基酸均未发生氨基酸替换。结论17株毒株的NA基因片段保持高度的同源性并均对流感病毒神经氨酸酶抑制剂药物敏感,但仍应加强对流感病毒的耐药性监测,为制定新型甲型H1N1流感的防制措施提供技术支持。     

2017-2019年度上海市松江区A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 分析上海市松江区2017-2019监测年度A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征.方法 对松江区分离的毒株随机挑选46株A(H1N1)pdm09流感病毒毒株进行HA和NA基因序列进化分析和氨基酸位点变异分析,采用神经氨酸酶抑制实验开展奥司他韦和扎那米韦敏感性监测.结果 A(H1N1)pdm09流感病毒...     

2003-2014年浙江省宁波市乙型流行性感冒病毒血凝素和神经氨酸酶基因变化特征分析

目的 分析2003-2014年宁波市乙型流行性感冒(流感)病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子流行病学特征。方法 采集宁波市2003-2014年哨点监测医院的流感样病例标本进行流感病毒分离鉴定,选取不同时期的乙型流感毒株进行HA和NA基因序列测定,采用生物信息学软件分析变异和进化。结果 宁波市乙型流感病毒Victoria和Yamagata两大普系流行株的HA及NA基因在2003-2014年间每年均有不同程度的氨基酸序列变异,其中最明显的为2005年与2009年的Victoria系毒株及2007年与2010年的Yamagata毒株变异。每当HA基因序列发生明显变异时NA基因也同时出现明显的变异,而且有时NA基因的变异比HA基因更明显。同时发现2013-2014年流行的乙型流感病毒为Yamagata系HA与Victoria系NA的重配株。结论 乙型流感两大谱系流行株的HA基因发生变异时NA基因也会出现变异,甚至较HA基因更快。2013-2014年宁波市乙型流感高发的流行株为Yamagata系HA与Victoria系NA基因的重配株。