国内诺如病毒胃肠炎疫情分子流行病学分析

目的 研究诺如病毒聚集性胃肠炎疫情在国内的流行现状. 方法 运用系统综述的方法在万方数据库、维普咨讯数据库、CNKI数据库、生物文献数据库及pubmed数据库中检索关于国内诺如病毒聚集性胃肠炎疫情的文献.结果 国内从2003年1月-2012年6月共发生83起诺如病毒胃肠炎疫情.从地点分布来看,疫情主要集中在广东省、浙江省,其次是北京市、广西省;从季节分布来说,诺如病毒胃肠炎疫情每季度均有发生,但秋冬季高发（10、1、2月份）;从发生场所来说,疫情主要发生在学校、医疗卫生保健机构;水源性、人与人密切接触传播为其主要传播途径.人与人密切接触传播多为GⅡ.4型感染所致. 结论 学校等作为诺如病毒胃肠炎疫情防控工作的重点场所,应加强诺如病毒防治知识培训,提高疫情报告敏感性和及时性.     

佛山市南海区诺如病毒引起急性胃肠炎暴发的流行病学研究

目的 了解佛山市南海区暴发的急性胃肠炎中诺如病毒感染的流行特征.方法 对南海区 2006-2007 年暴发的2起急性病毒性胃肠炎疫情进行流行病学调查和分子流行病学研究,将收集到的患者的粪便、肛拭子标本,采用针对诺如病毒的特异性引物和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行检测,再经过分析核酸序列分析病毒的基因型.结果 两起暴发流行的急性胃肠炎均由GⅡ.4亚型的诺如病毒引起.结论 诺如病毒是引起南海区秋冬季急性胃肠炎暴发流行的主要病原体,且引起暴发的流行病毒株属于GⅡ.4型.     

北京地区急性胃肠炎患者诺如病毒分子流行病学调查

目的 探讨北京地区急性胃肠炎患者诺如病毒分子流行病学特征.方法 采用RT-PCR扩增核酸和测序分型方法.结果 共收集腹泻标本685份,检测诺如病毒阻性66份,阳性率为9.6％.检出率在患者性别、年龄、住院和门诊间的差异均无统计学意义;诺如病毒胃肠炎患者时间分布也无明显季节性.66份阳性标本采用ORF2区测序分型,其中43份可分型.GⅠ组占22.7％,包括GⅠ.3型2份、G Ⅰ.4型1份、GⅠ.5型4份、GⅠ.7型3份;GⅡ组占77.3％,其中以GⅡ.4型为主(60.6％),其他包括GⅡ.2型1份、GⅡ.3型1份,GⅡ.5型1份、GⅡ.6型2份、GⅡ.7型1份、GⅡ.12型7份.6例出现GⅠ组和GⅡ组混合感染,其中可分型的有G Ⅰ.3/GⅡ.7、GⅠ.5/GⅡ.5、G Ⅰ.4/GⅡ.4.结论 北京地区急性胃肠炎患者诺如病毒呈现基因多样性,且以GⅡ组为主,其中GⅡ.4/2006a和2006b是主要的流行变种,存在GⅠ和GⅡ组混合感染现象.     

中国2006—2007年诺如病毒胃肠炎暴发及其病原学特征分析

目的 了解中国2006-2007年诺如病毒胃肠炎暴发及其病毒基因型别.方法 收集2006-2007年19起胃肠炎暴发的流行病学资料以及腹泻粪便样本,用RT-PCR方法对201份粪便标本进行诺如病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒和札如病毒检测,对扩增产物进行序列测定.用Clustal X 1.83和MEGA4.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析.结果 诺如病毒是引起病毒性胃肠炎暴发的主要病原之一(12/19,63.2%).在12起诺如病毒胃肠炎暴发中,变异株GⅡ-4/2006b是引起暴发的流行优势株(11/12,91.7%),其他型别包括GⅡ-17、GⅡ-6和GⅡ-3.诺如病毒引起的疫情暴发主要集中在冬春季节(12月至4月),发生场所多样,且各年龄组人群均有发病.同时,12起诺如病毒暴发中有2起与其他腹泻病毒混合感染,且在同一起暴发中病原具有病毒多样性和基因型别多样性.结论 诺如病毒是2006-2007年引起胃肠炎暴发疫情的主要病原之一,变异株GⅡ-4/2006b为流行优势株.     

南宁市散发性腹泻诺如病毒分子流行病学分析

目的 研究广西南宁市散发性腹泻病例中诺如病毒( norovirus,NV)感染的分子流行病学特征.方法 对2007年1月- 2008年12月南宁市某医院门诊696例散发腹泻病例进行流行病学资料分析,并应用实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应对其粪便标本进行NV及其基因组别检测;随机选择部分阳性标本进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析,确定基因型.结果 在696份粪便标本中,NV核酸检测阳性183份,总阳性率26.30％,其中180份(98.36％)属于基因Ⅱ组(genogroupⅡ,GⅡ),另外3份(1.64％)为基因Ⅰ组(GⅠ);随机选择30株GⅡ组NV进行核苷酸序列分析,绝大多数属于GⅡ.4基因型(26株),其余为GⅡ.12(2株)、GⅡ.7(1株)、GⅡ.16(1株);3株GⅠ组NV分属于GⅠ.2、GⅠ.4、GI.8型;NV所致散发性腹泻在冬春季节呈现高发.NV阳性检出率无性别和年龄组差异.结论 NV是南宁市散发性腹泻病例的主要病原体,优势毒株为GⅡ.4型,同时存在多种其他基因型感染.     

义乌市3起学校诺如病毒急性胃肠炎疫情的病原分子流行病学特征

目的 了解2018年浙江省义乌市3起学校急性胃肠炎疫情检出的诺如病毒基因型别及分子流行病学特征.方法 采集义乌市3起学校急性胃肠炎疫情报告的学生病例及其任课教师的肛拭子标本,采用实时荧光定量PCR检测诺如病毒核酸,检测阳性标本进一步测定核苷酸序列确定基因型,并进行同源性和系统进化分析.结果 义乌市3起学校急性胃肠炎疫情...     

山东省济宁市病毒性腹泻样本诺如病毒分子流行病学与基因特征分析

目的 了解山东省济宁市诺如病毒的分子流行病学特征及诺如病毒的优势基因型,为诺如病毒感染防控提供科学依据。方法 按照《山东省病毒性腹泻监测方案》,2018年1月-2020年12月从山东省济宁市每县(市、区)每月采集3～5份病毒性腹泻标本,进行流行病学调查,采用Real time RT-PCR方法检测诺如病毒GI/GⅡ组,对阳性样本进行基因型别鉴定。结果 共采集粪便标本1 230份,诺如病毒阳性165份(其中GⅠ8份、GⅡ157份),检出率为13.41%(165/1 230)。每年除2月份外,其他月份均检出诺如病毒,以6月、7月检出率高。基因型分别为GⅡ.4型25份,占32.05%;GⅡ.2型18份,占23.08%;GⅡ.6型14份,占17.95%;GⅡ.3型13份,占16.67%。3年间优势毒株不同,2018年为GⅡ.3型9份,占69.23%;2019年为GⅡ.2型14份,占43.75%;2020年为GⅡ.4型17份,占53.13%。结论 山东省济宁市诺如病毒感染6月和7月流行强度较强,以GⅡ组为主,基因型存在多样性,处于动态变化中,以GⅡ.2[P16]型和GⅡ.4[P31]型为主要型别...     

2016 - 2018无锡市腹泻病疫情中诺如病毒的分子流行病学特征

目的 鉴定无锡市2016年3月 - 2018年3月急性腹泻病突发疫情中诺如病毒的感染流行情况,并对病原体进行分子特征研究。方法 对疫情上送的暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT - PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基因片段,并进行序列测定和分子特征分析。结果 在30起暴发疫情中共有162份标本经荧光PCR检测均为诺如病毒核酸阳性,其中154份标本RT - PCR检测判为GII型诺如病毒,120份标本成功测序。测序结果显示,2016 - 2018年突发疫情中有5种基因型,分别是GII.P16 - GII.2、GII.P17 - GII.17、GII.4_Sydney2012、GII.4_NewOrleans和GI.6,2017年之前以GII.17病毒株流行为主,2017之后新的GII.P16 - GII.2重组株成为无锡市病毒性腹泻疫情中的绝对优势株。结论 诺如病毒是无锡市腹泻病疫情的最常见病原体,其最新的优势流行株是GII.P16 - GII.2重组株,和全国趋势一致。     

浙江省2008-2009年三起诺如病毒胃肠炎暴发的病原分子特征分析

目的 分析浙江省3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒分子特征.方法 收集监测期间病毒性胃肠炎暴发疫情患者的粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法检测诺如病毒,并选择部分阳性标本扩增部分多聚酶区(RdRp)和衣壳蛋白区,同时采用3′RACE(rapidamplification of cDNA 3′ends)扩增诺如病毒基因组3′末端,获得完整的开放读码框架(ORF)2和ORF3序列.结果 3起暴发疫情共检测标本62份,诺如病毒阳性41份,其中诺如病毒Ⅰ(G Ⅰ)基因组阳性27例,Ⅱ基因组(GⅡ)阳性9例,G Ⅰ+GⅡ阳性5例.结果 显示,引起浙江省2008-2009年3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒具有病毒基因型的多样性,包括G Ⅰ.8、GⅡ.b、GⅠ.2与GⅠ.6重组株、GⅠ.8和GⅡ-b混合感染.结论 诺如病毒是浙江省病毒性腹泻暴发疫情的重要病原体,呈现出病毒基因型的多样性,并在省内首次检测到诺如病毒的重组和混合感染毒株.

Abstract：

Objective To study the molecular characteristic of norovirus in 3 outbreaks of gastroenteritis in Zhejiang province. Methods During January 2008 and December 2009, fecal specimens of patients were collected from 3 outbreaks of acute viral gastroenteritis. Noroviruses were detected by Real-time RT-PCR. Part of the positive samples were randomly selected and detected by RT-PCR. PCR products were sequenced. Sequence analysis was undertaken based on partial sequence of RNA dependent RNA polymerase(RdRp)and capsid protein gene. Some positive samples were amplified by 3' RACE(rapid amplification of cDNA 3' ends), 3200 bp in length. The exact whole ORF2, ORF3 and 3' untranslation regions(UTR)gene of norovims were identified. Results There were in total 3 outbreaks of viral gastroenteritis caused by norovirus being reported. A total of 62 stools were obtained from cases with acute gastroentefitis. Noroviruses were detected in 41 cases including 27 strains of genogroup Ⅰ norovirus and 9 strains of genogroup Ⅱ norovirus, 5 strains of genogroup Ⅰ + Ⅱ norovirus. Four genotypes including G Ⅰ .8, G Ⅱ .b, G Ⅰ .2/0 Ⅰ .6 recombination together with co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b were detected. Conclusion Norovirus was confirmed as the major cause of outbreaks of viral gastroenteritis in Zhejiang province and multiple genotype of norovirus were identified from the outbreaks. It was the first time to have found a recombinant of G Ⅰ .6 capsid and G Ⅰ .2 polymerase norovims as well as the co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b norovirus in the same sample.     

56例散发性诺如病毒性胃肠炎临床特点分析

[目的]对56例散发性诺如病毒性胃肠炎患者的流行病学特征和临床特征进行分析,为该疾病的防治提供帮助. [方法]从2007年12月10日～2008年1月10日连续抽取病例100例,以呕吐或腹泻等消化道症状为主诉就诊的门诊病例,发病3 d以内的病例,每周从周一开始,每周连续抽取20个满足上述定义的病例.对收集病例进行流行病学调查如临床症状、可疑危险因素、用药情况、血常规、便常规进行监测.同时用ELISA方法对粪便标本进行诺如病毒检测. [结果]100例监测病例中56例占56%感染诺如病毒.感染患者的性别、年龄、职业、文化程度等与未感染诺如病毒患者比较差异无统计学意义(P＞0.05),但感染者中以中青年为主49例占87.5%.临床症状的发生诺如病毒性胃肠炎患者更易出现腹痛(X2=4.058,P=0.044),其他症状如腹泻、恶心、呕吐、发热等与未感染诺如病毒患者差异无统计学意义(P＞0.05);实验室检查结果血常规中性粒细胞的变化差异有统计学意义(X2=5.628,P=0.018),白细胞和淋巴细胞的变化差异无统计学意义(P＞0.05),便常规镜检红、白细胞两组差异有统计学意义(X2=5.031,P=0.025),感染诺如病毒患者3例占5.35%诊断急性细菌性痢疾.多数患者给予对症治疗3 d恢复,考虑合并细菌感染患者给予抗生素治疗3～7 d恢复. [结论]诺如病毒是冬季散发性急性胃肠炎的主要病原体,可能易合并细菌感染,使用对症、抗生素治疗可痊愈.     

2006-2007年杭州市余杭区诺如病毒性腹泻分子流行病学研究

目的研究杭州市余杭区群发性腹泻中诺如病毒的分子流行病学特点。方法采集2006-2007年6起余杭区群发性腹泻疫情患者的粪便和肛拭子标本,采用荧光定量PCR技术进行诺如病毒检测,然后对病毒的N/S区域进行序列测定。结果6起群发性腹泻疫情都是由诺如病毒引起的,基因分析显示这些病毒都属基因Ⅱ型4组。结论诺如病毒是余杭区群发性非细菌性胃肠炎的重要病原体之一,在现阶段存在优势毒株是GII.4型,正在发生变异。     

Detection and analysis of recombination in GII.4 norovirus strains causing gastroenteritis outbreaks in Alberta

Recombination is an important mechanism generating genetic diversity in norovirus (NoV) that occurs commonly at the NoV polymerase-capsid (ORF1/2) junction. The genotyping method based on partial ORF2 sequences currently used to characterize circulating NoV strains in gastroenteritis outbreaks in Alberta cannot detect such recombination events and provides only limited information on NoV genetic evolution. The objective of this study was to determine whether any NoV GII.4 strains causing outbreaks in Alberta are recombinants. Twenty stool samples collected during outbreaks occurring between July 2004 and January 2012 were selected to include the GII.4 variants Farmington Hills 2002, Hunter 2004, Yerseke 2006a, Den Haag 2006b, Apeldoorn 2007, New Orleans 2009, and Sydney 2012 based on previous NoV ORF2-genotyping results. Near full-length NoV genome sequences were obtained, aligned with reference sequences from GenBank and analyzed with RDPv4.13. Two sequences corresponding to Apeldoorn 2007, and Sydney 2012 were identified as recombinants with breakpoints near the ORF1/2 junction and putative parental strains as previously reported. We also identified, for the first time, a non-recombinant sequence resembling the ORF2–3 parent of the recombinant cluster Sydney 2012 responsible for the most recent pandemic. Our results confirmed the presence of recombinant NoV GII.4 strains in Alberta, and highlight the importance of including additional genomic regions in surveillance studies to trace the evolution of pandemic NoV GII.4 strains.     

2007-2021年我国诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情流行特征及影响因素分析

目的 分析我国诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情流行病学特征,探讨暴发疫情规模的影响因素,为及早控制暴发疫情提供科学依据。方法 对突发公共卫生事件管理信息系统2007年1月1日至2021年12月31日全国诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情进行描述性流行病学分析,应用非条件logistic回归模型分析暴发疫情规模的影响因素。结果 2007-2021年共报告暴发诺如病毒急性胃肠炎疫情1 725起,报告疫情起数呈上升趋势。南方省份每年10月至次年3月为疫情高峰,北方省份疫情高峰为每年10-12月和次年3-6月。疫情报告地区从东南沿海省份逐步向中部、东北和西部省份扩散。疫情主要发生在学校和托幼机构（1 539起,89.22%）,其次为企事业单位（67起,3.88%）和社区家庭（55起,3.19%）。人与人接触为主要传播途径1 262起（73.16%）,GⅡ基因型为引起暴发疫情的主要病原型别（899起,81.58%）。首例病例发病至疫情报告时间间隔M（Q₁,Q₃）为3（2,6）d,疫情规模M（Q₁,Q₃）为38（28,62）例。近年来,疫情报告及时性提升,疫情规模随年份呈下降趋势,二者在不同发生场所之间差异均有统计学意义（P<0.001）。发生场所、传播途径、报告及时性和居住地类型是暴发疫情规模的影响因素（P<0.05）。结论 2007-2021年我国诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情整体呈上升趋势,疫情波及地区范围不断扩大,但疫情发生规模整体呈下降趋势,疫情报告及时性提升,提高监测灵敏度和及早报告可有效控制疫情发生规模。     

黄山市2018年两起暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征分析

目的了解黄山市暴发疫情诺如病毒分子分型与基因特征。方法收集黄山市2018年两起暴发疫情中具有胃肠炎症状患者的肛拭子标本37份,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)对采集的标本进行诺如病毒核酸检测,检出的阳性标本,采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增病毒衣壳区和聚合酶区,并对PCR产物进行基因测序及分子分型鉴定,测序结果使用Mega 6.0软件构建进化树进行遗传进化分析。结果 37份标本中,16份标本诺如病毒核酸阳性,其中11份测序成功,BLAST比对结果显示11条序列均为诺如病毒GII.P16-GII.2基因型。两起疫情中检出的诺如病毒序列与福建泉州、江苏泰州、南京和安徽宿州的毒株序列同源性较高。结论 GII.P16-GII.2基因型诺如病毒是引起黄山市黟县两起急性胃肠炎暴发疫情的主要病原体。     

北京市某些医院内腹泻暴发与诺如病毒的相关性研究

目的确定2006年11-12月北京市某些医院内发生的住院患者腹泻爆发性流行的病原及其分子生物学特点。方法首先检测腹泻标本中轮状病毒抗原并用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行轮状病毒核酸检测,然后用逆转录-聚合酶链反应进行诺如病毒核酸检测,对检测阳性标本进行诺如病毒VP1全基因的扩增;并对其中一例进行全基因克隆、测序和分析。另外对来自不同医院的2份阳性标本中的VP1的5′端部分序列进行测序分析。结果30份腹泻患者粪便标本中共有17份检测为诺如病毒阳性,总阳性率为56.7%,每一家医院送检标本的阳性率都在42.9%以上。对其中一份标本的诺如病毒VP1全基因序列测定和分析显示为GⅡ-4型诺如病毒。另2份标本中的部分序列测定显示与全基因序列高度保守,只有1个核苷酸的差异,因此也提示为GⅡ-4型诺如病毒。结论诺如病毒是北京地区医院内腹泻暴发的重要病原,此次暴发极可能是由GⅡ-4型诺如病毒引起。     

诺如病毒感染性腹泻分子流行病学调查

目的 了解医院就诊腹泻病例诺如病毒感染现状及主要基因型.方法 收集2009年4月-2010年4月临床腹泻就诊患者的资料及标本,采用RT-PCR方法检测诺如病毒并进行分型.结果 在214例来医院就诊的腹泻患者中,诺如病毒阳性率为16.8％;其中19.4％患者伴有基础疾病;临床症状以恶心呕吐、发热、水样便为主;全年均有散发病例但在冬春季节出现明显的发病高峰,约占全年病例数的58.3％,基因型以GⅡ型为主.结论 腹泻就诊患者中诺如病毒感染不容忽视,基因型以GⅡ为主.     

北京市2014－2018年诺如病毒急性胃肠炎暴发的影响因素分析

目的 分析2014－2018年北京市诺如病毒急性胃肠炎暴发的影响因素。方法 收集2014年4月至2018年3月北京市诺如病毒急性胃肠炎聚集性事件及暴发资料,应用非条件logistic回归模型分析诺如病毒急性胃肠炎暴发的影响因素。结果 北京市共报告由诺如病毒感染引起的急性胃肠炎事件765起,85.88%（657/765）为聚集性事件,14.12%（108/765）为暴发。在暴发中,70.37%（76/108）发生在2017年;84.26%（91/108）发生在冬、春季节;88.89%（96/108）发生在托幼机构及中小学;主要传播途径为人传人（81.48%,88/108）;93.52%（101/108）为GⅡ组诺如病毒感染引起。多因素logistic回归分析结果显示,在近郊区及远郊区发生的事件,出现暴发的风险分别是城区的1.84倍（95% CI：1.13～3.02）及3.78倍（95% CI：1.62～8.82）;在小学、中学及其他机构发生的事件,出现暴发的风险分别是幼儿园的6.26倍（95% CI：3.53～11.10）、14.98倍（95% CI：6.23～36.01）及8.71倍（95% CI：3.07～24.71）;就诊率低于全部事件就诊率中位数的,发生暴发的风险是就诊率高的2.29倍（95% CI：1.42～3.68）;传播途径为食源性的事件,发生暴发的风险为人传人传播的14.55倍（95% CI：3.15～67.07）。结论 加强郊区、中小学及其他机构诺如病毒暴发疫情的防控力度,急性胃肠炎患者积极就医,做好食源性疫情的防控及厨工的健康管理,有助于减少诺如病毒急性胃肠炎的暴发。     

广州地区患儿医院感染轮状病毒腹泻病的分子流行病学研究

目的了解广州地区儿童发生医院轮状病毒感染的分子流行病学特点。方法采用前瞻性研究和分子流行病学方法,对2009年1-12月入院,符合医院感染急性腹泻诊断并经过大便轮状病毒抗原检测证实为轮状病毒感染的50例患儿,用RT-PCR方法进行G、P分型。结果 2009年全年共收治30 351例患儿,发生医院感染692例,感染率为2.28%,其中胃肠道感染138例,感染率为0.45%;发病年龄以<2岁为主,其中7～12月龄最高,占36.00%;发病季节集中在秋、冬季节(1、10、11月份);对50例RV抗原阳性病例进行G、P分型,其中45例显示阳性结果,阳性率为90.00%,G分型以G1型(60.00%)最多、其次为G3型(13.33%),P分型以P8型(60.00%)为主、其次为P4型(26.67%),组合分型以G1P8为主(40.00%)、其次为G1P4型(13.33%)。结论广州地区2009年医院感染轮状病毒腹泻病流行的主要基因型为G1型,组合型以G1P8型为主。