北京地区诺如病毒分子生物学特点初步研究

目的了解北京地区诺如病毒的分子生物学特点。方法收集北京市2007年1—3月非细菌性胃肠炎暴发和散发病例，采集患者粪便标本，使用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）对粪便标本进行诺如病毒RNA检测，对RT—PCR阳性标本的PCR产物进行克隆测序。结果检测38例粪便标本，共有27例阳性。随机选择其中4例PCR产物进行克隆测序，获得4株诺如病毒序列进行比对分析，结果显示，该4株病毒序列与诺如病毒GⅡ／4型参考株同源性最高，其中与荷兰和日本提交的诺如病毒GⅡ／4型变异株最为接近，同源性分别为97．8％～98．5％和95．2％～95．9％。系统发生树分析表明，该4株诺如病毒与荷兰、日本流行的GⅡ／4型变异株处于同一分支上。结论北京地区存在诺如病毒GⅡ／4型变异株流行，其与2006年荷兰和日本的诺如病毒流行株属同一类GⅡ／4型变异株。     

北京地区诺如病毒感染的流行病学调查

目的调查北京地区诺如病毒感染的流行情况。方法对暴发疫情的急性胃肠炎患者和散发诺如病毒阳性患者全部进行现场问卷式调查，并采集患者粪便标本，应用ELISA和RT—PCR方法检测诺如病毒，选择阳性PCR产物进行克隆测序。结果2006年11月至2007年3月，北京市共计报告急性诺如病毒胃肠炎暴发疫情8起，经现场流行病学调查全部确认为院内感染暴发。在报告的409例急性散发病毒性胃肠炎病例中，共检出诺如病毒阳性患者158例，检出率38．63％。其中40～44岁年龄组检出率最高，为55．00％，55～59岁年龄组检出率最低，为21．74％。阳性患者中年龄最大者91岁，最小者仅6个月，平均年龄为40岁。男性患者84例，女性74例。序列分析结果显示，北京地区诺如病毒流行株与2006年荷兰和日本的诺如病毒流行株最为接近，为GⅡ／4型变异株。结论诺如病毒是2006—2007年北京地区冬季病毒性腹泻的一个重要病原体，北京地区诺如病毒流行株与2006年荷兰和日本的诺如病毒流行株属同一类GⅡ／4型变异株。     

中国2006—2007年诺如病毒胃肠炎暴发及其病原学特征分析

目的 了解中国2006-2007年诺如病毒胃肠炎暴发及其病毒基因型别.方法 收集2006-2007年19起胃肠炎暴发的流行病学资料以及腹泻粪便样本,用RT-PCR方法对201份粪便标本进行诺如病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒和札如病毒检测,对扩增产物进行序列测定.用Clustal X 1.83和MEGA4.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析.结果 诺如病毒是引起病毒性胃肠炎暴发的主要病原之一(12/19,63.2%).在12起诺如病毒胃肠炎暴发中,变异株GⅡ-4/2006b是引起暴发的流行优势株(11/12,91.7%),其他型别包括GⅡ-17、GⅡ-6和GⅡ-3.诺如病毒引起的疫情暴发主要集中在冬春季节(12月至4月),发生场所多样,且各年龄组人群均有发病.同时,12起诺如病毒暴发中有2起与其他腹泻病毒混合感染,且在同一起暴发中病原具有病毒多样性和基因型别多样性.结论 诺如病毒是2006-2007年引起胃肠炎暴发疫情的主要病原之一,变异株GⅡ-4/2006b为流行优势株.     

一起诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发的分子流行病学分析

目的了解青岛市某小学暴发的一起急性胃肠炎中诺如病毒感染的分子流行特征。方法将收集到的患者的粪便标本27份,采用RT-PCR方法进行诺如病毒检测,阳性标本进行核苷酸序列测定和遗传进化树分析,确定基因型。结果青岛市2012年12月份暴发的病毒性胃肠炎,27份粪便标本中检测出9株阳性毒株,阳性率为33.33%,其中7株测序成功,2株由于病毒浓度较低而测序失败。检测出的7株阳性毒株进行同源性分析,结果显示所测序列与诺如病毒参考株JX459908_GⅡ-4/Sydney\NSW0514\2012\AU的同源性均为100%,证实为诺如病毒GⅡ型,利用基因进化树分析得出是由GⅡ.4亚型的诺如病毒引起。结论诺如病毒是引起此次急性胃肠炎暴发流行的主要病原体,且引起暴发的流行病毒株属于GⅡ.4型。     

佛山市南海区诺如病毒引起急性胃肠炎暴发的流行病学研究

目的 了解佛山市南海区暴发的急性胃肠炎中诺如病毒感染的流行特征.方法 对南海区 2006-2007 年暴发的2起急性病毒性胃肠炎疫情进行流行病学调查和分子流行病学研究,将收集到的患者的粪便、肛拭子标本,采用针对诺如病毒的特异性引物和逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行检测,再经过分析核酸序列分析病毒的基因型.结果 两起暴发流行的急性胃肠炎均由GⅡ.4亚型的诺如病毒引起.结论 诺如病毒是引起南海区秋冬季急性胃肠炎暴发流行的主要病原体,且引起暴发的流行病毒株属于GⅡ.4型.     

2011年-2013年珠海市诺如病毒胃肠炎暴发的病毒分子流行病学分析

目的研究珠海市诺如病毒胃肠炎暴发的分子流行病学特征及流行株基因型的演化情况。方法收集珠海市2011年-2013年28起胃肠炎暴发疫情患者肛拭子标本619份,采用荧光逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)定性检测诺如病毒RNA,按要求选取部分诺如病毒RNA阳性标本扩增诺如病毒衣壳蛋白,进行测序及同源性分析。结果其中17起疫情由诺如病毒感染引发,检测阳性率为19.55%(121/619);选取诺如病毒RNA阳性标本57份进行测序分型,成功分型的标本为47份,全部为No V GⅡ,14株为GⅡ.4型(其中5株为GⅡ.4 2006b,另外9株为GⅡ.4/Sydney_2012);12株属于GⅡ.3型;3株属于GⅡ.5型;18株属于GⅡ.6型。结论珠海市诺如病毒引起的食物中毒流行株属于GⅡ组,但基因亚型存在多样性,并且在短时间内造成多处暴发疫情,提示该状况将是今后防控监测的重点。     

湖州市散发急性胃肠炎病例诺如病毒检测结果分析

目的分析湖州市散发急性胃肠炎病例诺如病毒感染的分子流行病学特征。方法选取2014年7月—2015年6月湖州市某哨点医院873例散发急性胃肠炎病例为研究对象,采用实时荧光定量RT-PCR方法对病例粪便标本进行诺如病毒核酸检测,选取部分阳性标本进行核苷酸序列测定,确定诺如病毒基因型并作流行病学分析。结果 873份腹泻粪便标本,检出诺如病毒核酸阳性256份,阳性率为29.32%;其中GⅠ型2份,GⅡ型254份。选取核酸浓度较高的169份PCR扩增阳性产物进行序列分析,结果显示:2株GⅠ型诺如病毒分属于GⅠ.7和GⅠ.Pb/GⅠ.6基因型;167株GⅡ型诺如病毒共存在10种基因亚型,以GⅡ.P17/GⅡ.17(65.27%)和GⅡ.Pe/GⅡ.4(28.74%)基因型为主,其他基因型有GⅡ.21、GⅡ.3、GⅡ.2、GⅡ.6、GⅡ.7、GⅡ.13、GⅡ.P7/GⅡ.6和GⅡ.P12/GⅡ.4,重组株出现频率高。诺如病毒感染的发病高峰为10月至次年3月。结论诺如病毒是湖州市散发急性胃肠炎病例的主要病原菌之一,其中GⅡ.P17/GⅡ.17型是流行的优势株。     

广西壮族自治区首次检出的GⅡ.4型诺如病毒N/S区基因特征

目的 了解广西壮族自治区一起感染性腹泻疫情中GⅡ.4型诺如病毒(Norovirus)的基因特征.方法 采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应,对采集于这起疫情的34份粪便标本进行诺如病毒核糖核酸(RNA)的检测,并对随机选取的1份阳性样本进行N/S区核苷酸序列测定和分析,并构建系统进化树.结果 34份粪便标本中,有29份检测诺如病毒RNA阳性,阳性率为85.3%.随机选取的1株诺如病毒株(LC17株)的N/S区核苷酸序列与GⅡ型所有亚型参考株相比,其与第4亚型(GⅡ.4型)的参考株--Lordsdale/1993/UK株的核苷酸序列同源性为93.3%,在遗传进化树图中,与GⅡ.4型株病毒在一簇.与早年流行的GⅡ.4型流行株同源性为94.7%～96.5%,与国内外2006年流行株同源性为98.2%～98.6%,但与1株广州株相比,同源性仅为94.7%.结论 此次感染性腹泻疫情是由诺如病毒GⅡ.4型感染所致,其病毒基因型在广西壮族自治区是首次发现和报导.GⅡ.4型毒株在不断的进化,并在核甘酸序列特征和毒株地域分布上表现出多样性,需加强对诺如病毒的分子流行病学研究,了解基因型的分布,鉴别其来源和传播途径,对控制诺如病毒感染有重要意义.     

一起急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的研究导致本次急性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2015年2月7日北京市某旅行团急性胃肠炎暴发疫情病例标本进行实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测,并对感染病例的诺如病毒进行RNA依赖性RNA聚合酶基因(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)和VP1区基因序列的检测和分析。结果 18份便标本经Real-time PCR检出12份GⅡ型诺如病毒阳性标本,RdRp区和VP1区序列扩增各得到11条诺如病毒基因序列。根据RdRp区和VP1区系统进化分析证明感染病例的诺如病毒分型为GⅡ.17型。该病毒株与引起暴发疫情的诺如病毒GⅡ.17型新变异株珠海ZHITHC-12株高度同源,RdRp区和VP1区核苷酸差异分别为0%和0.1%,氨基酸差异均为0%。结论引发北京某旅行团旅客急性胃肠炎暴发疫情的病原体是引起中国2015年暴发流行的诺如病毒GⅡ.17型新变异株。     

诺如病毒RT-PCR检测及进化树分析

目的：了解辽宁省儿童诺如病毒感染情况。方法：用RT-PCR的方法对131份粪便标本进行检测。扩增出的目标片段克隆于T载体上测定序列,用Mega3.1软件、邻位相连法构建进化树。结果：共有22份粪便标本诺如病毒RT-PCR检测阳性。通过核苷酸碱基序列比对发现这22株诺如病毒碱基序列与2006-2007年在匈牙利、荷兰和日本引起流行的参考株碱基序列高度同源,进化树分析表明它们共同构成GII.4的一组新变异群;与欧洲食源性病毒监测网络诺如病毒数据库比较,发现它们与欧洲GII.4新变异株2006b同源性最高。结论：辽宁地区检测到的22株诺如病毒均属于GII.4新变异株2006b。     

浙江省2008-2009年三起诺如病毒胃肠炎暴发的病原分子特征分析

目的 分析浙江省3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒分子特征.方法 收集监测期间病毒性胃肠炎暴发疫情患者的粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法检测诺如病毒,并选择部分阳性标本扩增部分多聚酶区(RdRp)和衣壳蛋白区,同时采用3′RACE(rapidamplification of cDNA 3′ends)扩增诺如病毒基因组3′末端,获得完整的开放读码框架(ORF)2和ORF3序列.结果 3起暴发疫情共检测标本62份,诺如病毒阳性41份,其中诺如病毒Ⅰ(G Ⅰ)基因组阳性27例,Ⅱ基因组(GⅡ)阳性9例,G Ⅰ+GⅡ阳性5例.结果 显示,引起浙江省2008-2009年3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒具有病毒基因型的多样性,包括G Ⅰ.8、GⅡ.b、GⅠ.2与GⅠ.6重组株、GⅠ.8和GⅡ-b混合感染.结论 诺如病毒是浙江省病毒性腹泻暴发疫情的重要病原体,呈现出病毒基因型的多样性,并在省内首次检测到诺如病毒的重组和混合感染毒株.

Abstract：

Objective To study the molecular characteristic of norovirus in 3 outbreaks of gastroenteritis in Zhejiang province. Methods During January 2008 and December 2009, fecal specimens of patients were collected from 3 outbreaks of acute viral gastroenteritis. Noroviruses were detected by Real-time RT-PCR. Part of the positive samples were randomly selected and detected by RT-PCR. PCR products were sequenced. Sequence analysis was undertaken based on partial sequence of RNA dependent RNA polymerase(RdRp)and capsid protein gene. Some positive samples were amplified by 3' RACE(rapid amplification of cDNA 3' ends), 3200 bp in length. The exact whole ORF2, ORF3 and 3' untranslation regions(UTR)gene of norovims were identified. Results There were in total 3 outbreaks of viral gastroenteritis caused by norovirus being reported. A total of 62 stools were obtained from cases with acute gastroentefitis. Noroviruses were detected in 41 cases including 27 strains of genogroup Ⅰ norovirus and 9 strains of genogroup Ⅱ norovirus, 5 strains of genogroup Ⅰ + Ⅱ norovirus. Four genotypes including G Ⅰ .8, G Ⅱ .b, G Ⅰ .2/0 Ⅰ .6 recombination together with co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b were detected. Conclusion Norovirus was confirmed as the major cause of outbreaks of viral gastroenteritis in Zhejiang province and multiple genotype of norovirus were identified from the outbreaks. It was the first time to have found a recombinant of G Ⅰ .6 capsid and G Ⅰ .2 polymerase norovims as well as the co-infection of G Ⅰ .8 and G Ⅱ .b norovirus in the same sample.     

国内诺如病毒胃肠炎疫情分子流行病学分析

目的 研究诺如病毒聚集性胃肠炎疫情在国内的流行现状. 方法 运用系统综述的方法在万方数据库、维普咨讯数据库、CNKI数据库、生物文献数据库及pubmed数据库中检索关于国内诺如病毒聚集性胃肠炎疫情的文献.结果 国内从2003年1月-2012年6月共发生83起诺如病毒胃肠炎疫情.从地点分布来看,疫情主要集中在广东省、浙江省,其次是北京市、广西省;从季节分布来说,诺如病毒胃肠炎疫情每季度均有发生,但秋冬季高发（10、1、2月份）;从发生场所来说,疫情主要发生在学校、医疗卫生保健机构;水源性、人与人密切接触传播为其主要传播途径.人与人密切接触传播多为GⅡ.4型感染所致. 结论 学校等作为诺如病毒胃肠炎疫情防控工作的重点场所,应加强诺如病毒防治知识培训,提高疫情报告敏感性和及时性.     

2016 - 2018无锡市腹泻病疫情中诺如病毒的分子流行病学特征

目的 鉴定无锡市2016年3月 - 2018年3月急性腹泻病突发疫情中诺如病毒的感染流行情况,并对病原体进行分子特征研究。方法 对疫情上送的暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT - PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基因片段,并进行序列测定和分子特征分析。结果 在30起暴发疫情中共有162份标本经荧光PCR检测均为诺如病毒核酸阳性,其中154份标本RT - PCR检测判为GII型诺如病毒,120份标本成功测序。测序结果显示,2016 - 2018年突发疫情中有5种基因型,分别是GII.P16 - GII.2、GII.P17 - GII.17、GII.4_Sydney2012、GII.4_NewOrleans和GI.6,2017年之前以GII.17病毒株流行为主,2017之后新的GII.P16 - GII.2重组株成为无锡市病毒性腹泻疫情中的绝对优势株。结论 诺如病毒是无锡市腹泻病疫情的最常见病原体,其最新的优势流行株是GII.P16 - GII.2重组株,和全国趋势一致。     

海岛地区腹泻病例中诺如病毒基因序列分析

目的了解海岛地区病毒性腹泻病原中诺如病毒的流行状况,对优势流行株进行基因序列分析。方法对舟山市监测医院疑似病毒性腹泻粪便样本经酶联免疫吸附法(ELISA)筛选轮状病毒,对阴性样本采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增诺如病毒RNA聚合酶与主要衣壳蛋白基因,PCR扩增产物进行测序反应,序列结果与GenBank已公布的序列进行比对,测其同源性;并绘制成系统发生树进行进化分析。结果在35份诺如病毒扩增阳性样本中挑选病毒载量最高的Hu/Zhejiang/9/2006/CHN株进行测序,并与Hunter株、Farming Hill株等进行比对并绘制系统发生树。Hu/Zhejiang/9/2006/CHN株属于诺如病毒GⅡ-4群,与Hunter株和Lanzhou株形成的分支较接近,RNA聚合酶有部分序列与这2株完全相同。结论舟山市(海岛地区)病毒性腹泻病原中存在诺如GⅡ-4群,采用GDD基序分析有利于更好地发现新的变异株的存在,为病毒性腹泻的病原学和基因学研究提供依据。     

北京市某些医院内腹泻暴发与诺如病毒的相关性研究

目的确定2006年11-12月北京市某些医院内发生的住院患者腹泻爆发性流行的病原及其分子生物学特点。方法首先检测腹泻标本中轮状病毒抗原并用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行轮状病毒核酸检测,然后用逆转录-聚合酶链反应进行诺如病毒核酸检测,对检测阳性标本进行诺如病毒VP1全基因的扩增;并对其中一例进行全基因克隆、测序和分析。另外对来自不同医院的2份阳性标本中的VP1的5′端部分序列进行测序分析。结果30份腹泻患者粪便标本中共有17份检测为诺如病毒阳性,总阳性率为56.7%,每一家医院送检标本的阳性率都在42.9%以上。对其中一份标本的诺如病毒VP1全基因序列测定和分析显示为GⅡ-4型诺如病毒。另2份标本中的部分序列测定显示与全基因序列高度保守,只有1个核苷酸的差异,因此也提示为GⅡ-4型诺如病毒。结论诺如病毒是北京地区医院内腹泻暴发的重要病原,此次暴发极可能是由GⅡ-4型诺如病毒引起。     

杭州地区2009-2010年急性腹泻患者中杯状病毒的检测和分型

目的 了解2009-2010年杭州地区急性腹泻患者中杯状病毒基因型别和分子流行病学特征.方法 收集2009-2010年杭州地区920例急性腹泻患者的粪便标本和流行病学资料,用多重PCR方法进行杯状病毒检测,测定部分标本的阳性扩增片段基因序列,并对序列进行系统进化分析.结果 急性腹泻患者杯状病毒检出率为21.8％(201/920),其中诺如病毒(NV)G Ⅰ型25例、GⅡ型170例、札如病毒(SAV) 11例,4例为NVⅠ型和Ⅱ型混合感染、1例为NVⅡ型和SAV混合感染.NV基因型别包括:GⅠ-1(3株)、G Ⅰ-2(1株)、GⅡ-4/2006b变异株(7株)、GⅡ-2(1株)、GⅡ-7(1株)和GⅡ-4/2008变异株(2株);SAV基因型别包括:G Ⅰ -2(5株)、GⅠ-1(4株)和GⅡ-1(1株).杯状病毒的流行在不同季节、年龄组人群均有发病.结论 杯状病毒是2009-2010年引起杭州地区急性腹泻的主要病原之一,其病原具有病毒多样性和基因型别多样性,NVGⅡ-4/2006b变异株或类似株可能是2009-2010年杭州地区流行的优势株.