β3GnT8/β3GalT7催化活性的研究

目的进一步验证β1,3半乳糖基转移酶（β3GalT7）的催化功能。方法将重组表达载体pGEX-6p-1-β3GnT8/GalT7转化BL21大肠杆菌,经IPTG诱导表达后,得到GST-β3GnT8/GalT7融合蛋白,分别进行β3GalT7和β3GnT8反应体系的酶促反应,利用高效液相色谱（HPLC）进行检测。结果HPLC检测结果表明,β3GalT7同时具有β3GalT7和β3GnT8的活性。结论β3GalT7具有双重酶活性,拟初步重命名为β3GnT8/β3GalT7。     

CDK1基因在肝癌预后和免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法研究细胞周期素依赖性激酶1(Cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达差异,探索其在肝癌预后和免疫细胞浸润间的作用。方法 从GEO数据库下载肝癌数据集,使用R软件分析差异基因,并取交集基因;通过GO和KEGG分析富集通路;使用STRING和cytoscape构建差异基因互作网络,结果可视化获取核心基因CDK1;UALCAN和GEPIA数据库分析肝癌中CDK1的表达水平,及其与临床特征的关系;HPA数据库分析CDK1蛋白在肝癌组织和正常组织的表达差异;通过Kaplan-Meier Plotter分析CDK1表达水平与HCC预后的关系;TIMER数据库分析CDK1与HCC肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞表面标记物的相关性。结果 3个肝癌数据集筛选出共有的347个差异基因;KEGG通路显示差异基因主要参与细胞周期通路;与正常组织相比,CDK1基因在HCC组织中表达水平升高;CDK1高表达与肿瘤分期、年龄均有相关性;生存分析结果表明CDK1基因高表达患者生存时间明显低于低表达患...     

细胞凋亡相关基因CD44在甲状腺癌组织中的表达及其与肿瘤侵袭和免疫细胞浸润关系的生物信息学分析

目的：通过生物信息学方法探讨细胞凋亡相关基因（ARGs）透明质酸受体蛋白CD44在甲状腺癌（THCA）组织中表达及其与患者临床病理特征和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的关系,为THCA的诊断和治疗提供新的研究方向。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库获得THCA凋亡相关的差异表达基因（DEGs）表达谱,选取表达上调的CD44基因,分析THCA组织和癌旁组织中CD44 mRNA表达水平;采用受试者工作特征（ROC）曲线对THCA组织与癌旁组织进行鉴别;采用基因本体功能注释（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因集富集分析（GSEA）对DEGs进行功能及通路富集分析;采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络,通过Cytoscape软件进行可视化;采用TIMER数据库分析THCA组织中CD44 mRNA表达和TILs浸润丰度之间的相关性;使用R语言分析CD44蛋白表达与免疫检查点的关系。选取110例THCA患者标本,采用免疫组织化学SABC法检测THCA组织及相对应的癌旁组织中CD44蛋白表达情况。结果：TCGA数据库分析,与癌旁组织比较,THCA组织中CD44 ...     

膝关节OA关键基因及软骨组织免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的基于生物信息学筛选膝关节骨关节炎(OA)的关键基因、信号通路,并分析软骨组织免疫细胞浸润情况。 方法从GEO数据库中下载来自正常人和OA患者的基因数据集,进行差异表达基因筛选,基因本体论、京都基因和基因组百科全书分析,构建蛋白互作网络,并对软骨相关数据集进行免疫细胞浸润分析。 结果筛选出与OA相关的12个关键基因及86条关键信号通路。免疫浸润结果显示,OA软骨组织与正常软骨比较,其活化CD8T记忆细胞、CD56⁺NK细胞、髓系来源抑制性细胞、1型辅助型T细胞4种免疫细胞含量差异有统计学意义(P＜0.05)。 结论筛选出12个关键基因和4种免疫细胞,其可能参与了OA的进展。     

基于生物信息学分析WNT7B基因在肺腺癌中的表达及其临床意义

目的:基于生物信息学分析WNT7B基因在肺腺癌(LUAD)中的表达及其临床意义。方法:应用生物信息学方法评价WNT7B在LUAD中的诊断和预后预测价值。通过TCGA、GEO数据库研究WNT7B基因在肺癌中表达情况,并分析WNT7B基因在肺癌和非癌组织中表达差异及其表达与生存率、免疫细胞浸润之间的关系。应用STRING数据库筛选共表达基因并构建调控网络,将共表达基因进行基因本体论(GO)以及京东基因和基因组(KEGG)富集分析,同时应用cBioportal探究WNT7B基因突变对肺癌患者生存期的影响。结果:与正常肺组织相比,LUAD组织中WNT7B基因表达水平明显升高(P<0.01),WNT7B基因作为标志物的灵敏度为0.628。K-M生存分析显示,高表达WNT7B组预后较差(P<0.05)。GSEA揭示了5条与WNT7B基因相关的信号通路,WNT7B基因突变的LUAD患者总生存期(P=0.035 8)的预后预测作用不佳。此外,还发现WNT7B基因表达与免疫显著相关。结论:WNT7B基因有望成为LUAD诊断、预后评估和治疗的新靶点,但仍须进一步开展临床相关研究。     

基于生物信息学分析SSX1与卵巢癌预后及免疫细胞浸润的关系

目的 探究SSX1在卵巢癌（OV）中的表达水平、预后价值及与免疫细胞浸润的相关性。方法 基于癌症基因组图谱数据库（TCGA）、基因型组织表达（GTEx）数据库分析SSX1 mRNA在卵巢癌组织及正常卵巢组织中的表达差异。利用Kaplan-Meier(KM)plotter及COX回归评估SSX1在卵巢癌中的预后价值,利用TIMER2.0网站分析SSX1与卵巢癌患者免疫细胞浸润的相关性。结果 SSX1 mRNA在卵巢癌的表达水平明显高于正常卵巢组织（P<0.01）;Kaplan-Meier plotter和COX回归模型分析显示高表达SSX1与OV患者预后不良存在相关性（P=0.0013）,且SSX1高表达是OV患者预后的独立危险因素。免疫浸润结果显示,SSX1表达与多种免疫浸润细胞呈负相关。结论 通过生物信息学的数据挖掘发现SSX1在OV中高表达,且与OV患者的预后及免疫细胞浸润存在相关性。     

基于生物信息学方法分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系

目的 应用生物信息学方法分析程序性细胞死亡分子10(PDCD10)基因在胰腺导管腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系。方法 搜索GEPIA数据库中关于PDCD10基因的数据,分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌组织中的表达水平及其与患者生存情况的关系。应用UALCAN数据库分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌组织中的甲基化水平。应用LinkedOmics数据库分析胰腺导管腺癌组织中与PDCD10基因共表达的基因,并对共表达基因进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。应用STRING网站绘制PDCD10基因的蛋白-蛋白相互作用网络图。应用TIMER数据库分析PDCD10基因表达水平与胰腺导管腺癌细胞纯度、各类型免疫细胞浸润水平的相关性。结果 胰腺导管腺癌组织中的PDCD10基因表达水平高于正常胰腺组织(P<0.05),病灶组织中PDCD10基因低表达水平的胰腺导管腺癌患者的总体生存率及无病生存率均高于组织中PDCD10基因高表达水平的患者(均P<0.05)。胰腺导管腺癌组织中PDCD10基因甲基化水平高于正常胰腺组织(P<0.0...     

β3GalT7基因的小干扰RNA筛选及其表达载体构建

目的: 以β3GalT7(人β1,3-半乳糖基转移酶7)基因为研究对象,运用RNA干扰技术平台,筛选出该基因的有效小干扰siRNA并构建该基因的RNA干扰表达载体,建立其下调表达模型.方法: 通过PCR方法筛选针对β3GalT7基因的有效小干扰siRNA,并合成带有荧光标记的RNA oligo进一步验证其有效性,进而构建该基因的RNA干扰表达载体建立其下调表达模型.结果: 成功筛选到β3GalT7基因的有效小干扰siRNA, 并进一步成功构建β3GalT7的RNA干扰真核表达载体.结论: 成功构建β3GalT7的真核干扰表达载体,继而可以获得β3GalT7表达受抑制的人胃癌细胞SGC7901克隆,为研究该基因在肿瘤发生发展中的作用提供实验模型.     

基于生物信息学分析GLIS3在胃癌中表达与免疫浸润的临床意义

目的 研究GLIS3在胃癌中的表达与预后价值,探索GLIS3在胃癌中免疫细胞浸润情况及其参与的生物学功能。方法 从TCGA数据库中下载胃癌患者GLIS3基因表达谱数据及临床病理信息,比较胃癌组织和癌旁组织中GLIS3的表达差异,分析GLIS3表达与胃癌患者临床病理特征的关系。利用Kaplan-Meier法和Cox回归分析GLIS3表达与胃癌患者临床预后相关性。运用miRWALK、TargetScan及TCGA数据库,预测调控GLIS3异常表达的miRNA。利用GSEA富集分析预测GLIS3在胃癌中可能参与的信号通路。使用TIMER2.0分析GLIS3表达与免疫细胞浸润之间的关系。结果 GLIS3在胃癌组织中表达明显上调,且GLIS3的表达与肿瘤组织学分级相关(P<0.05)。生存分析显示GLIS3高表达患者比低表达患者预后更差,差异有统计学意义(P<0.05),是胃癌的独立预后因素(HR=1.288,95%CI:1.004～1.653,P<0.05)。miR-204-5p在胃癌中表达明显下调,且与GLIS3表达负相关(P<0.05)。富集分析结果显示：GLIS3...     

基于生物信息学方法分析R-spondin3在乳腺癌中的表达及其预后价值

目的 探讨R-spondin3(RSPO3)在乳腺癌中的表达及预后价值。方法 应用TIMER、癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因表达谱数据动态分析(gene expression profilling in-teractive analysis 2, GEPIA2)、人类蛋白质表达图谱(Human Protein Atlas, HPA)等数据库分析RSPO3在乳腺癌组织和癌周正常组织中的差异表达,并分析其表达水平与乳腺癌病理学参数之间的相关性;GEPIA2数据库探讨RSPO3转录本在乳腺癌中的表达及其结构特征;Kaplan-Meier Plotter绘制RSPO3与乳腺癌患者的预后生存曲线;运用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等对其进行基因功能富集分析和代谢通路分析;应用TIMER数据库分析RSPO3的表达水平与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的相关性。结果 RSPO3在乳腺癌中呈低表达,且其表达水平与乳腺癌患者的年龄、肿瘤最大径、分子分型相关,在乳腺癌中低表达的RSPO3与患者的预后不良相关;GO功能富集分析显示,RSPO3相互作用的基因主要富集于免疫细胞及其受体等参与的生物学过程;免疫细胞浸润分析结果显示,RSPO3在乳腺癌组织中的表达水平与CD8⁺ T细胞、CD4⁺ T细胞、CD4⁺记忆T细胞、巨噬细胞、B细胞等的浸润水平呈正相关,而与调节性T细胞(Treg细胞)的浸润水平呈负相关;KEGG代谢通路分析显示,RSPO3可能参与Wnt/β-catenin通路。结论 在乳腺癌中低表达的RSPO3与患者的不良预后相关,其可能通过抑制免疫细胞浸润及活化Wnt/β-catenin通路参与乳腺癌的进展。     

基于m6A调节基因表达水平对子宫内膜癌免疫浸润及其预后影响的生物信息学分析

目的:通过生物信息学工具探讨20个m6A调节基因在子宫内膜癌(UCEC)组织中的表达水平并筛选与预后有关的核心基因,阐明核心基因与免疫浸润程度的关系.方法:利用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载符合本研究要求的547例UCEC和35例癌旁组织中m6A调节基因的转录组数据、临床病理指标和生存期数据;利用基因表达汇编(G...     

siRNA下调Smad3基因后对多肽N-乙酰氨基半乳糖转移酶表达的影响

目的以Smad3基因为研究对象,筛选出该基因的有效siRNA干扰载体,并探讨下调表达Smad3基因对多肽N-乙酰氨基半乳糖转移酶（ppGalNAcTs）家族mRNA水平表达的影响。方法将事先构建的3个带有荧光标记的干扰载体分别转染人肝星状细胞株（HSC）中,通过RT-PCR、Western blot方法分别从mRNA水平及蛋白水平检测干扰效率。并通过转染有效的Smad3基因的siRNA表达载体,检测下调Smad3以后对糖基转移酶ppGalNAcTs家族mRNA表达的影响情况。结果成功筛选到Smad3基因的有效siRNA干扰载体,检测出转染了Smad3的siRNA表达载体的肝星状细胞中Smad3的mRNA和蛋白表达都受到了抑制,而糖基转移酶ppGalNAcTs的mRNA表达也随之发生了一些变化。结论成功筛选到一个Smad3基因的siRNA干扰载体,继而可转染人肝星状细胞,并抑制其中Smad3蛋白的表达,为研究siRNA方法在肝纤维化中的治疗作用提供了实验基础和理论支持。     

BP1基因在甲状腺癌组织中的表达及其临床意义

目的检测BP1在甲状腺癌组织中的表达,探讨其与甲状腺癌临床病理因素的关系。方法运用原位杂交及免疫组化方法检测60例甲状腺癌组织（研究组）和20例正常甲状腺组织（对照组）中的BP1表达。结果原位杂交方法检测BP1mRNA阳性率在研究组中为78．3％（47／60）,对照组中为20％（4／20）,BP1基因在2组的表达差异有统计学意义（x。=22．09,P〈0．05）;甲状腺癌各病理类型的阳性表达率分别为乳头状癌81．7％（40／49）、滤泡状癌85．7％（6／7）、髓样癌25．0％（1／4）;髓样癌分别与乳头状癌、滤泡状癌之间BP1mRNA的表达差异有统计学意义（,=4．21,P〈0．05）;免疫组化检测研究组中BP1蛋白阳性率为93．3％（56／60）,对照组中BP1蛋白阳性率为10．0％（2／20）,2组间BP1的表达差异有统计学意义（χ2=52．25,P〈0．05）。国际抗癌联盟（UICC）Ⅰ～Ⅱ期BP1mRNA阳性率90．9％（40／44）,Ⅲ～Ⅳ期43．8％（7／16）,差异有统计学意义（χ2=12．72,P〈0．05）。但BP1mRNA表达与性别、年龄及淋巴结转移无相关性。结论BP1在甲状腺癌组织中的表达显著上调;BP1基因的表达与其UICC分期、病理学类型有关,而与年龄、性别及淋巴转移无关。     

IGHG1在胃癌中的表达及其临床意义的生物信息学分析

目的：利用癌症基因图谱(TCGA)数据库中胃癌患者的临床特征和生存信息进行生物信息学分析,评估IGHG1在胃癌中的表达情况及其与临床病理特征的相关性,探讨IGHG1在胃癌患者中的临床预后意义。方法：利用Oncomine数据库、GEPIA数据库分析IGHG1在胃癌组织和正常胃组织中转录水平的表达差异;利用Kaplan MeierPlotter在线分析工具分析IGHG1的表达与胃癌患者的总体生存率之间的关系;利用DAVID在线网站分析IGHG1基因的生物学功能和参与的信号通路;利用R包进一步深入分析IGHG1在胃癌中的表达差异、临床相关性、生存分析、诊断价值以及免疫细胞浸润情况。结果：IGHG1在胃癌中高表达,与胃癌的肿瘤分期密切相关,可能与胃癌的晚期进展和转移相关,在胃癌中具有一定的诊断价值;富集分析结果显示IGHG1主要与质膜形成、细胞外基质、免疫反应以及调节免疫反应相关;免疫细胞浸润分析结果显示其与Treg细胞、细胞毒细胞、B细胞和T细胞的免疫浸润相关。结论：IGHG1在胃癌中呈高表达,并与胃癌的进展及免疫细胞浸润相关,是胃癌新型分子标志物。     

N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖苷酶新型底物的合成及在肾小管疾病诊断中的应用

目的 优化N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖苷酶(NAG)的新型底物6-甲基-2-吡啶基-1-硫-N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖苷(MPT-NAG)的合成方法,探讨其在肾小管疾病诊断中的应用价值.方法 采用活泼中间物(1-氯-1-脱氧乙酰糖)与6-甲基-2-巯基吡啶成苷合成底物;以MPT-NAG为底物,采用全自动生化仪测定糖尿病肾病、肾病综合征、肾移植患者和正常对照者尿液样本中NAG的活性.结果 底物MPT-NAG的结构经元素分析和1HNMR谱鉴定,高效液相色谱(HPLC)检测纯度达99.8％.NAG活性测定结果表明,糖尿病肾病、肾病综合征和肾移植患者的尿NAG活性增高,与正常对照者比较差异有统计学意义(P＜0.01).结论 经优化制备工艺合成获得NAG新型底物MPT-NAG,所用原料成本低、操作简便且产物得率较高,在肾小管疾病的诊断中具有临床应用价值.     

SIRT7在胰腺癌中的表达及其与免疫浸润水平相关性分析

目的 探索沉默信息调节因子2同源蛋白7(silent information regulator 2 homolog protein 7,SIRT7)在胰腺癌中的表达及其与肿瘤免疫浸润水平的相关性。方法 收集Oncomine数据库和GEPIA数据库中SIRT7 mRNA在胰腺癌中的表达情况。收集27例临床组织标本进行免疫组织化学染色,检测SIRT7蛋白水平表达情况。分析SIRT7与胰腺癌免疫浸润水平的关系。利用cBioPortal平台中胰腺癌样本的RNA测序数据,分析SIRT7基因突变情况。利用STRING数据库预测胰腺癌中与SIRT7相互作用的蛋白并进行基因富集分析。结果 Oncomine、GEPIA数据库分析及临床组织标本免疫组织化学结果均显示在胰腺癌组织中SIRT7的转录与蛋白表达水平高于癌旁组织。SIRT7表达水平与胰腺癌肿瘤浸润的效应记忆CD8⁺T细胞、B细胞、自然杀伤细胞、自然杀伤T细胞等表达呈负相关,与辅助性T细胞17呈正相关。cBioPortal平台检索到的749例胰腺癌样本中13例发生SIRT7基因变异,总变异率为1.73%。组蛋白脱乙酰酶1/2...     

反义caveolin-1对实质肿瘤细胞中β3-半乳糖基转移酶7表达的调节作用

目的:研究反义caveolin-1对实质肿瘤细胞中β3-半乳糖基转移酶7(β3GalT7)表达的调节,以期阐明caveolin-1与β3GalT7的相关性。方法:运用脂质体介导转染人工合成的caveolin-1反义核苷酸(ASODN)至人类4种实质肿瘤细胞中,通过荧光显微镜、RT-PCR及蛋白质印迹检测β3GalT7表达的变化。结果:转染反义caveolin-1后的4种实质肿瘤细胞中β3GalT7均有明显的增强。结论:表明caveolin-1调节肿瘤细胞中β3GalT7的表达,且与β3GalT7的表达呈负相关。     

USP39在肝细胞癌中的表达及其与预后、免疫浸润的相关性分析

目的探究去泛素化酶USP39在肝细胞癌(Liver hepatocellular carcinoma, LIHC)中的表达及其与预后、免疫浸润的关系,并预测其生物学功能。方法从癌症基因组图谱(The cancer Genome Atlas, TCGA)数据库和国际癌症基因组协会(The International Cancer Genome Consortium, ICGC)数据库获取原始数据,采用表达差异分析、临床相关性分析、Kaplan-Meier分析、单因素和多因素Cox分析USP39在评估肝细胞癌患者预后中的作用。采用ICGC对USP39在TCGA-LIHC中的表达及生存分析进行验证。应用基因集富集分析(gene-set enrichment analysis, GSEA)软件预测USP39可能参与的分子通路,并分析USP39与潜在靶基因的相关性。通过肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Estimation Resource, TIMER)数据库分析USP39与肝细胞癌免疫浸润的关系。结果 USP39在肝细胞癌组织中显著高表达(均FDR<0.05),USP39表达...     

A2M在慢性阻塞性肺疾病中的表达及其与免疫细胞浸润的相关性

目的：研究慢性阻塞性肺疾病（chronic obstructive pulmonary disease，COPD）患者外周血α2巨球蛋白（alpha 2 macro- globulin，A2M）与免疫细胞浸润的相关性。方法：对GSE38974数据集进行综合分析。GO富集、KEGG分析和GSVA分析用于探索潜在的功能和通路。CIBERSORT用于评估组织浸润性免疫细胞。收集25例稳定期COPD患者和26例健康对照，分析外周血A2M水平与免疫细胞计数的相关性。ELISA检测血浆中A2M的浓度。RT-qPCR检测细胞和外周血中A2M mRNA的表达水平。Western blot法检测M2型巨噬细胞表面标志物精氨酸酶（arginase-1，Arg-1）的表达水平。采用Pearson相关分析进行相关性分析。ROC曲线判断A2M的诊断灵敏度与特异度。结果：对GSE38974数据集的差异表达基因进行生物信息学分析发现，A2M在COPD患者肺组织中表达下降，且与COPD患者肺组织的免疫细胞浸润相关。RT-qPCR和ELISA结果显示，A2M水平在COPD患者外周血中下调，与COPD患者淋巴细胞、单核细胞具有相关性。ROC曲线提示A2M具有诊断COPD的价值。进一步的通路分析提示A2M可能与巨噬细胞等调节免疫途径相关。在M2巨噬细胞中敲低A2M后Arg-1的表达降低。结论：A2M 在 COPD患者肺组织与外周血中表达降低，与COPD患者免疫细胞计数、免疫细胞浸润等密切相关，A2M可能在巨噬细胞向 M2型极化的过程中发挥了重要作用。     

基于生物信息学分析TGFBI基因在头颈部鳞癌中的表达及其预后意义

目的 探讨转化生长因子β诱导基因(transforming growth factor β-induced gene, TGFBI)在头颈部鳞癌(head and neck squamous carcinoma, HNSC)中的表达及其预后意义。方法 首先通过TIMER2.0数据库分析TGFBI基因在泛癌中的表达水平;并进一步利用UALCAN数据库和GEPIA数据库检索TGFBI基因在HNSC与正常组织中的表达水平,以及TGFBI基因与患者种族、年龄、性别、肿瘤分期、淋巴结转移状况等相关临床特征的关系;通过STRING数据库分析TGFBI基因的互作蛋白,借助DAVID数据库对其与互作蛋白基因进行功能富集分析;最后通过GEPIA数据库分析TGFBI基因在HNSC中的生存意义。结果 发现TGFBI在HNSC中的表达明显高于正常组织(P<0.05),TGFBI高表达的患者总生存期明显低于低表达的患者(P<0.05)。蛋白互作分析发现,FN1、MMP14、ITGA3、ITGAM、ITGAV、ITGB1、ITGB2、ITGB3、TGIF2和TGIF2LX这10个蛋白基因与TGFBI存...