泉州市2009年甲型H1N1流感基因特性分析

目的 了解福建省泉州市2009年甲型H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性.方法 采集泉州市甲型H1N1流感患者咽拭子,采用实时荧光聚合酶链反应方法检测病毒核酸及MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,提取其中2株代表性毒株病毒核糖核酸(RNA),采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件进行序列分析.结果 1 020份咽拭子检出甲型H1N1流感病毒核酸阳性200份;季节性流感病毒核酸阳性70份,其中H3N2亚型53份,H1N1亚型14份,B型3份,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株;HA基因核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007比较,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体,NA基因耐药性位点分析显示,对达菲药物依然敏感.结论 2009年泉州市甲型H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性漂移.     

输入性甲型H1N1流感病毒M、NP、PB1基因进化特征

目的 分析口岸输入性甲型H1N1流感病毒的M、NP和PB1基因进化特征,及时发现变异株.方法 对广东口岸2009-2011年检测的甲型H1N1流感阳性病例进行M、NP和PB1基因的RT-PCR扩增和核苷酸序列测定.以2009年甲型H1N1流感代表株A/California/04/2009/H1 N1的M、NP和PB1基因作为参考序列,分析输入性病例的系统进化树、核苷酸及氨基酸序列同源性和变异位点.结果 M基因系统进化树分为4个分支,2009年病毒与2010年病毒主要分布在第Ⅰ分支,2011年检出的多数病毒聚集于第Ⅳ分支.同源性结果显示M基因高度保守,仅有5个核苷酸位点发生显著变异,对应的蛋白序列仅在氨基酸V80I位点出现突变.所有病毒NP蛋白均出现V100I突变,同时零星出现K452R突变.PB1蛋白氨基酸序列在G154D、I397M和I435T等位点发生较明显突变.结论 2009-2011年输入性甲型H1N1流感病毒M、NP、PB1基因已发生一定程度的变异,对口岸和国内流感防控提供了重要的理论依据.     

南平市2009年季节性H1N1流感病毒血凝素HA1基因特征研究

目的了解南平市2009年季节性H1N1流感病毒血凝素HA1基因特征。方法随机选取4株从哨点医院分离到的季节性H1N1流感毒株,进行核酸提取和RT-PCR扩增,获得HA1基因片段,测定核苷酸序列,分析其基因特征。结果 4株季节性H1N1流感病毒与A/California/01/2009（H1N1）高度同源,同源性高达99.1%;相对于当前疫苗代表株A/Brisbane/59/2007（H1N1）,其HA1区出现V131A、S141N、I184V、G185A、N186D、A189T和F260Y的氨基酸位点的改变;糖基化位点未发生改变。结论南平市2009年分离的季节性H1N1流感病毒抗原性发生一定的突变,但变异程度不大,应密切关注疫苗株对毒株的免疫效果。     

2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化与变异

目的 分析2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因进化特征及抗原表位变异特征。方法 收集流感监测哨点医院流感样病例咽拭子标本,通过MDCK细胞对标本进行病毒分离。按时间顺序选取19株云浮地区新甲型H1N1流感毒株,对HA基因进行测序。与Genbank中13株参考毒株相应序列比较,用BioEdit5.0、MEGA6.0软件构建HA基因系统进化树,进行核苷酸序列同源性和氨基酸位点变异分析。结果 19株毒株HA核苷酸序列高度相似;进化树可分为三大分支,各具基因特征。在19株毒株HA中发现45个氨基酸位点变异,其中有6个高频变异位点:P100S 、S202T/N、S220T、I338V、E391K、S468N;发生在抗原决定簇上的变异位点有位于Sa区的N142S、G172E、S179N、K180Q,Sb区的S202T/N和Ca区S220T;2016年分离的3株毒株中,抗原决定簇发生了Sa区S179N和K180Q、Sb区S202T和Ca区S220T变异。结论 云浮地区新甲型H1N1流感病毒HA蛋白在某些氨基酸位点发生了突变,抗原决定簇Sa、Sb 和Ca区的氨基酸位点发生了变异,2016年云浮地区可能出现了新甲型H1N1流感新变异株。     

甲型H1N1流感病毒基因组序列分析及其特性研究

目的 分析甲型H1N1流感病毒的基因组序列特征,阐明该毒株的遗传变异及分子特性.方法 GenBank中获取流感病毒全序列,对各段基因与已知序列进行分析比较,绘制进化树,并分析和预测甲型毒株的致病性、药物敏感性和现有疫苗的预防保护作用.结果 甲型H1N1病毒的HA、PB2、PB1、PA、NP、NS基因与美国本土的猪流感病毒序列具有高度同源性,NA和M基因具有典型的欧亚株系猪流感病毒特征.该病毒具有人传人的分子基础,HA上HA1和HA2裂解位点序列为PSIQSR↓+GLFGAI,尚不具备高致病性流感病毒的特征.病毒对金刚烷胺类药物耐药,而对达菲和扎那米韦敏感.HA片段5个抗原决定区氨基酸序列与人用流感疫苗具有较大差异,推测现有疫苗对预防本次疫情基本无效.结论 甲型H1N1是一种北美和欧亚两种猪流感病毒的混合体,开发针对本病毒的流感疫苗有助于进一步控制疫情蔓延.     

2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。     

河南省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的分析河南省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的变异情况,了解其变异现状及特点。方法对35株甲型H1N1流感病毒毒株提取病毒总RNA,设计引物运用RT-PCR技术扩增编码NA蛋白的基因序列,测序分析核酸序列并用MEGA4.1软件构建进化树,用BLAST进行比对分析。结果分离株NA基因316位G/A和742位A/G(N端106位V/I和248位N/D)发生变异,2个突变位点同时存在;同时,通过BLAST分析,发现我国多个省份和亚洲其它多个地区病毒株NA基因存在945位A/G和1 338位T/C突变,进化树分析发现,这两个位点的突变可能来自于中国猪-人之间相互感染。结论甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因在中国内地传播期间个别核酸位点发生了突变,其氨基酸抗原区有一位点发生变异(106 V/I)。     

四川省甲型H1N1流感病毒血凝素基因特性和抗原性分析

目的 了解四川省甲型H1N1流感病毒的抗原性和血凝素(HA)基因的变异情况.方法 对四川省2009-2011年分离的流感病毒采用单项血凝抑制试验鉴定毒株型别,在此基础上选取分离自中国内地首发甲型H1N1流感病例、首起甲型H1N1流感疫情、甲型H1N1流感死亡病例以及哨点医院流感样病例标本的甲型H1N1流感病毒株共计11株,进行HA基因核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特征分析.结果 与中国代表株A/四川/SWL1/2009(H1N1)相比,2009-2011年四川省甲型H1N1流感毒株单项血凝抑制效价均无4倍以上差异,与疫苗株A/California/7/2009(H1N1)相比,HA氨基酸具有高度同源性(96.6％ ～99.4％).结论 四川省甲型H1N1流感病毒的HA基因特性和抗原性没有发生明显变异.     

甲型H1N1流感病毒抗原HA基因进化分析

目的 分析甲型H1N1流感病毒抗原HA基因的突变和分子进化树.方法 由河南省各市(地)疾病预防控制中心和流感监测哨点医院采集流感患者咽拭样本,从咽拭样本中分离甲型H1N1流感病毒毒株,选择20株提取病毒RNA,设计引物运用逆转录-聚合酶键反应(RT-PCR)技术扩增编码HA蛋白的基因序列,测序分析核酸和编码的蛋白序列突变位.结果 分离到51株新型H1N1流感病毒;扩增20株HA编码基因,18株成功扩增到HA编码基因,2部分基因片段分别为1 024 bp和654 bp,与预期大小相符;BLAST分析结果显示,在中国多个地区分布有甲型H1N1流感病毒HA基因433 T/C(N端145 S/P)突变株,进化树分析结果显示,这一位点的突变有可能是来自于猪-人之间相互感染.结论 甲型H1N1流感病毒抗原HA基因在中国内地传播期间个别氨基酸位点发生了突变,但是抗原性未改变.     

2014—2016年镇江市甲型H3N2流感病毒HA和NA基因遗传进化研究

目的对2014—2016年镇江市甲型H3N2流感病毒的HA和NA基因进行分子流行病学分析,了解其进化特征。方法收集2014—2016年镇江市流感样病例咽拭子标本,对核酸检测鉴定为阳性的标本进行病毒分离;随机抽取13株经血凝抑制试验(HI)鉴定确认为甲型H3N2亚型毒株,用特异性的引物扩增其HA和NA基因,进行序列分析。对分离株和疫苗株、参比毒株的核苷酸、氨基酸同源性进行分析,对其抗原表位、耐药位点和糖基化位点进行分析。结果 2014—2016年镇江市共采集9 532份流感样标本,流感病毒阳性检出率为11.77%,3年分别为11.23%、13.82%和10.61%,差异有统计学意义(χ~2=16.602,P0.001)。甲型H3N2亚型为最主要的亚型(占43.76%),其次为乙型BY型(占35.65%);除2015年乙型BY亚型为主(占70.13%),2014年、2016年均以甲型H3N2亚型为主(分别占48.30%、54.80%)。与北半球疫苗株A/Texas/50/2012(2013—2015)及A/Switzerland/9715293/2013(2015—2016)比对,选取的13株甲型H3N2镇江分离株的HA和NA基因核苷酸、氨基酸的同源性均≥97.4%,与北半球疫苗株HA和NA基因核苷酸、氨基酸的同源性均≥94.8%。13株镇江分离H3N2毒株主要分为4个进化分支。13株均未出现主要抗原位点氨基酸序列缺失,存在Y94H、A128T、S138A、G142R等散点性突变。与M2、NA蛋白相关的耐药位点未发现变异;3株糖基化位点发生D329N氨基酸替换。结论甲型H3N2亚型流感病毒是镇江市优势流行亚型。主要抗原位点、耐药位点均未发现重要突变,糖基化位点相对保守,仍应继续加强监测。     

金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离及HA基因序列分析

目的分离甲型H1N1流感病毒,分析金华市首例甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因序列特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和real-time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其HA基因片段,测定核苷酸序列;利用GeneBank中相关序列对病毒分离株A/Jinhua/01/2009（H1N1）进行基因进化树分析。结果从3份咽拭子样本中分离出1株甲型H1N1流感病毒。HA基因序列分析证明：该毒株与2009年大流行株高度同源,与古典型猪流感亲缘性较近,与欧亚地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。结论金华市首例甲型H1N1流感死亡病例分离病毒株与北美流行株高度同源,可能是由古典型猪流感进化而来,与WHO选定的甲型H1N1疫苗候选株同源性较高,对于人季节性流感A/H1N1疫苗可能不敏感。     

2009年北京市甲型H1N1流行性感冒轻重症患者病毒全基因组特性分析

目的 了解北京市甲型H1N1流行性感冒(简称流感)轻症与重症患者流感病毒的全基因组特性.方法 选取北京市甲型H1N1流感检测网络实验室于2009年6-12月在北京市定点医院采集的流感病例咽拭子标本作为研究对象,共21份,包括重症病例标本10份(其中有4份标本来源于死亡病例),轻症病例标本11份.由咽拭子标本中提取病毒核酸,设计基因组全长扩增引物,病毒核酸逆转录后进行PCR,对PCR产物测序,通过序列分析软件,分析病毒各基因进化和氨基酸变异情况.结果 2009年北京市流行的甲型H1N1流感病毒8个基因节段与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)相比,核苷酸同源性高达99％以上,未发生较大变异,其中,血凝素蛋白(HA)、神经氨酸酶(NA)、核蛋白(NP)基因的遗传距离相对较长,分别为0.0050,0.0040,0.0040; HA基因的P83S、I321V,NA基因的N248D,多聚酶(PA)基因的P224S,NP基因的V100I、L122Q变异在所有样本中均发生.重症病例的HA、NA、NP、PA、多聚酶(PB2)、非结构蛋白(NS)基因具有明显基因进化聚集性;HA基因的S128P和S203T、PA基因的R269K和D547E、PB2基因的T588I、NS基因的I123V变异主要发生在重症病例中,分别有6、9、6、7、9、6例;其中HA基因的S203T、PA基因的R269K及D547E变异与重症病例的相关性具有统计学意义(P＜0.05).HA基冈变异主要分布在Ca与Cb抗原决定簇上,NA基因上无耐药突变,膜蛋白(M2)基因均发生耐药性突变,其余毒力相关基因未见突变.结论 2009年北京市甲型H1N1流感病毒与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)同源性较高,发现与重症及死亡病例相关的突变位点,未发现毒力基因突变.     

河北省2005～2006年H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因特征研究

[目的]研究2005～2006年河北省分离的H1N1型流感病毒毒株HA1基因特性。阐明HA1基因的变异与流感流行的关系。[方法]用MDCK分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。[结果]2005～2006年在河北省流行的H1N1型流感病毒HA1基因核苷酸和氨基酸序列与同时期的H1N1亚型疫苗株A/NewCaledonia/20/1999相比已发生较大变异,核苷酸同源性为97.0%～98.1%,氨基酸同源性为97.9%～98.7%,有5～7个氨基酸发生了替换,但均不在抗原表位。种系进化结果显示A/河北南市/37/2005与A/河北新市/56/2005和A/河北新市/129/2006位于2个小分支,均距A/NewCaledonia/20/1999较远,A/河北南市/37/2005与A/NewYork/221/2003有较近的亲缘关系。[结论]H1N1型流感病毒HA1基因已发生明显变异,但对抗原性改变意义不大;近几年H1N1持续低流行使人群易感性得以积累是今年H1N1型流感流行的主要原因;2005～2006年河北省同时流行着至少2支种系发生距离较远的H1N1型流感病毒。     

甲型H_1N_1流感病毒株的HA和NA基因分析

目的研究2009年湖州市流感的病原甲型H1N1分离株A/Huzhou/09(H1)的HA和NA基因特征。方法采用MDCK细胞对患者咽拭子和漱口液标本进行病毒分离,逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA和NA基因并进行序列测定,用DNAstar和MegAlign等软件分析处理。结果湖州市甲型H1N1分离株的HA和NA基因为1706个核苷酸和1401个核苷酸,与其他地区分离株核苷酸同源性在99.5%～100.0%和99.7%～100.0%。进化树分析显示,湖州市甲型H1N1分离株(A/Huzhou/09)的HA和NA基因与其他地区分离株变化不大,几乎完全一致。结论甲型H1N1分离株的变异特征及亲缘进化,分析对流感的流行病学研究具有重要意义。     

湖州市甲型H1N1流感病毒株的HA基因分析

目的:研究2010年湖州市甲型H1N1流感分离株(A/Huzhou/2010(H1N1))的HA基因特征。方法:采用MD-CK细胞对患者咽拭子和漱口液标本进行病毒分离,逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA基因并进行序列测定,用DNAstar和MegAlign等软件分析处理。结果:湖州市2010年甲型H1N1分离株的HA基因为1739个核苷酸,与湖州市2009年的分离株及WHO2010/2011推荐的甲型H1N1疫苗株相比,没有核苷酸的插入与丢失,氨基酸同源性分别为99.0%和98.9%。进化树分析显示,本次分离株与湖州市2009年的分离株及WHO2010/2011推荐的疫苗株非常相似。结论:甲型H1N1流感分离株的分子生物学特征及变异特征分析,对制定科学有效的防控策略具有重要意义。     

2018-2019年广西A(H1N1) pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性分析

目的 了解广西壮族自治区2018-2019年人群A(H1N1) pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性.方法 对2018-2019年广西分离的199株A(H1N1) pdm09亚型流感病毒株用血凝抑制试验进行抗原分析,并对其中的15株进行HA基因序列测定分析.结果 抗原分析的199毒株中有196株与疫苗株A/Michigan/45/2015类似,占98.49％.广西15株毒株的HA基因核苷酸序列与疫苗株A/Michigan/45/2015的同源性为97.83％～98.50％,氨基酸同源性为98.19％～99.10％.与疫苗株相比,广西15株毒株HA基因均存在S74R、S164T和I295V 3个氨基酸位点变异.广西毒株与疫苗株HA1的糖基化位点预测结果一致.系统进化显示广西毒株与疫苗株的HA基因均属于6B.1分支.结论 2018-2019年广西流行的A (H1N1) pdm09亚型流感病毒与疫苗株A/Michigan/45/2015组分匹配良好.     

长沙市甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因序列分析

目的对长沙市甲型H1N1流感病毒A/changsha/78/2009的神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进行测序分析,以期了解该病毒的来源及变异情况。方法利用国家流感中心（CNIC）和世界卫生组织（WHO）推荐的NA基因测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对2009年长沙市甲型H1N1流感患者阳性鼻咽拭子标本（A/changsha/78/2009）进行测序,测序结果提交至GenBank并利用Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对和进化树分析。结果 A/changsha/78/2009 NA基因GenBank登录号为：GQ463958.1,与瑞典斯德哥尔摩甲型H1N1流感病毒分离株A/Stockholm/37/2009（H1N1）核苷酸同源性为100%;进化树分析显示A/changsha/78/2009 NA基因属于欧亚猪流感分支,包含A/changsha/78/2009在内的甲型H1N1流感病毒与A/swine/Spain/WVL6/1991（H1N1）亲缘关系近;A/chang-sha/78/2009与A/swine/Spain/WVL6/1991 NA基因均有7个潜在糖基化位点,A/changsha/78/2009 NA基因未发生H274Y位点突变。结论包含A/changsha/78/2009在内的甲型H1N1流感病毒NA基因可能来源于欧亚猪流感病毒,A/changsha/78/2009病毒对神经氨酸酶抑制剂类药物敏感。     

2008-2012年江西省甲型H3N2流感病毒HA1基因特征及与疫苗株差异分析

目的掌握2008-2012年江西省甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因特征,在分子水平了解WHO甲3型疫苗推荐株对江西省甲3亚型流感病毒预防效果。方法采集监测医院和疑似流感疫情的流感样病例鼻咽拭子标本进行流感病毒分离,对分离到的甲3型流感病毒毒株进行核酸的提取,扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定并对HA1基因特性进行分析。结果 2008-2012年共分离到甲3型流感病毒553株,对其中23株毒株进行HA1基因序列测定,各年份的毒株HA1序列分别与当年WHO对北半球推荐的疫苗株进行比对,结果为2008-2012年氨基酸同源性分别为98.4%~99.1%、96.6%~98.4%、97.2%~98.4%、96.2%~97.2%和96.6%~98.1%;抗原决定簇区氨基酸平均变异数分别为1.3个、3.2个、1.4个、3个和2.5个;其中2009年有3株在2个抗原决定簇区发生了4~5个的氨基酸替换。结论2008-2012年甲型H3N2亚型流感病毒分离株HA1基因在不断发生变异,疫苗对我省2008年度、2010年度和2012年度的甲型H3N2亚型流感保护效果良好,在2011年度保护效果存在滞后现象,对2009年甲型H3N2亚型流感保护效果较差。     

甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 探讨2009年山东省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、精基化位点变异情况.方法 对山东省分离的20株甲型H1N1流感病毒的NA基因序列,用MEGA 4.0软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析.结果 山东省2009年9月-2010年1月分离的20株甲型H1N1流感病毒NA基因的同源性均>99.2%,其中有4株的同源性为100%;与疫苗株[A-California-07-2009(H1N1)]、国内推荐株[A-Sichuan-SWL1-2009(H1N1)]的同源性分别为99.1%～99.5%和99.1%～99.6%;有13个神经氨酸酶基因的氨基酸发生了替换,为21、23、25、42、43、60、76、94、106、122、248、307和351位;未发生神经氨酸酶蛋白275位H-Y的替换.结论 山东省分离的甲型H1N1流感病毒NA基因高度保守,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点以及糖基化位点均高度保守;所有测定样本均未发生对达菲类药物的耐药性突变.     

贵州省2009～2011年度新型H1N1流感病毒HA1基因序列分析

目的 建立并完善贵州省新型甲型H1N1流感病毒基因分析检测技术平台,了解2009～2010年度贵州省新型H1N1流感病毒HA1片段与WHO公布的流行株是否有发生变异.方法 收集10株新型H1N1流感病毒毒株,提取病毒核酸RNA,通过RT-PCR扩增HA1片断,用电泳观察PCR产物目的条带的大小,经过纯化、测序,用Biodeit、MEGA4相关软件进行序列比对,同源性及差异性分析,构建系统发育树.结果 与古典猪流感病毒株相比,贵州省2009年、2010年、2011年流感病毒株同源性分别为72.0％～74.6％、72.0％、67.8％～68.3％.与其他4株亚洲株H1N1流感病毒代表株相比,贵州省2009年、2010年、2011年流感病毒株同源性分别为92.3％～95.8％、91.5％～92.4％、89.8％～90.8％.2009年度组内同源性为93.2％～100％; 2010年组内高度同源,为100％; 2011年组内同源性为98.3％.贵州省流感毒株与中俄代表株A/Habarovak/01/2009 (H1N1)的HA1基因同属一个谱系,在同一个分支上,同时,与墨西哥第一株甲型H1N1流感A/Mexio City/001/2009 (H1N1)亲缘关系也较近,在同一个大分支上.结论 贵州省新型H1N1流感病毒代表株HA1基因与WHO公布的流行株在核苷酸水平有一定持续水平的变异.