羊急性心梗卸负荷模型的miRNA表达谱

目的本文试图在羊急性心梗模型上建立miRNA表达谱,为LVAD治疗急性心梗提供理论依据。方法成年小尾寒羊经结扎冠状动脉制作心梗模型,心脏不停跳植入FW-2型轴流泵,连续卸负荷循环辅助3天。取出的心脏用组织染色法检测。高通量测序技术建立miRNA表达谱。结果对照组动物实验共进行7只,其中3只造模成功。LVAD组动物实验共有5只,其中3只成功。miRNA测序结果共发现已知miRNA成熟体152个,新miRNA成熟体1582个。卸负荷组与对照组相比发现差异表达,其中oar-miR-19b(上调)和oar-miR-26a(上调)得到RT-PCR验证,与芯片结果相符。GO和KEGG分析发现这些mi R参与调节的功能及信号通路与心血管疾病密切相关。结论本实验利用FW-2型轴流泵成功地对急性心梗的羊进行了3天的循环辅助,证实LVAD可有效减轻心梗程度。成功地建立了急性心梗和LVAD干预的miRNA表达谱,并进行了验证,结果表明该表达谱可用于探索未知的miRNA,并研究它们参与急性心梗反应的调控机理。     

miRNA-210在胃癌转移细胞株中的表达及功能预测

目的:筛选胃癌(gastric cancer,GC)转移相关的差异表达微小RNA(micro RNA,miR NA),探讨miR NA-210与GC转移的可能机制.方法:应用mi RNA表达谱芯片筛选GC高转移细胞株RF48及低转移细胞株RF1的差异表达mi RNAs,RT-PCR检测mi RNA-210在7种GC细胞株中的表达情况,利用mi RWalk软件获得mi RNA-210的靶基因,通过David在线软件(包括GO分析及KEGG通路预测)分析mi R-210靶基因的可能生物学功能.结果:与RF1相比,mi RNA芯片在RF48细胞中共筛选出21个表达上调和15个表达下调的mi RNA,其中mi RNA-210在高转移细胞株RF48中的表达增高;RT-PCR结果显示m i R N A-210在高转移G C细胞株中表达增高(P0.05);mi RWalk共获得155个mi RNA-210靶基因;GO分析及KEGG pathway分析得到miR NA-210靶基因功能,这些靶基因参与了肿瘤的发生、发展及转移.结论:利用mi RNA芯片技术获得了GC转移相关mi RNA表达谱;mi RNA-210的异常表达可能与GC的转移有关,为GC转移的早期诊断及发现新的治疗靶点奠定了基础.     

利用生物信息学分析甲状腺髓样癌和乳头状癌的差异表达miRNA

目的利用生物信息学分析甲状腺髓样癌和乳头状癌的差异表达mi RNA,并分析与患者预后相关的差异mi RNA。方法利用GEOquery分析甲状腺髓样癌数据集GSE40807和GSE97070,乳头状癌数据集GSE73182和GSE113629的差异表达mi RNA,分别利用韦恩图寻找共同差异mi RNA,分析甲状腺髓样癌和乳头状癌差异表达mi RNA的差别。利用oncomi R网站分析甲状腺乳头状癌差异表达mi RNA患者生存情况。明确与甲状腺乳头状癌患者生存相关的mi RNA,应用mi RDB,mi RTar Base和Target Scan Human 7.2预测差异表达mi RNA的靶基因,利用韦恩图寻找共同差异靶基因,进行富集分析。结果通过分析发现甲状腺乳头状癌的共同差异mi RNA分别是下调的hsa-mi R-144-3p、hsa-mi R-204-5p、hsa-mi R-451a、hsa-mi R-7-5p和上调的hsa-mi R-146b-5p、hsa-mi R-15a-5p、hsa-mi R-181a-5p、hsa-mi R-21-5p、hsa-mi R-221-3p、hsa-mi R-222-3p、hsa-mi R-34a-5p、hsa-mi R-551b-3p;甲状腺髓样癌的共同差异mi RNA分别是下调的hsami R-630和上调的hsa-mi R-375、hsa-mi R-429、hsa-mi R-127-3p、hsa-mi R-487b、hsa-mi R-410。oncomi R网站分析hsa-mi R-146b-5p与甲状腺乳头状癌患者生存相关。通过mi RDB,mi RTar Base and Target Scan Human 7.2分析共发现11个差异靶基因,GO功能分析发现PPP1R11/TRAF6/ZNRF3聚集在泛素蛋白连接酶活性和泛素样蛋白连接酶活性等分子功能上。KEGG通路分析差异靶基因主要集中在MAPK信号通路上。结论 Hsa-mi R-146b-5p可能通过靶向IRAK1/ERBB4/TRAF6调控MAPK信号通路,影响甲状腺乳头状癌患者的长期生存,hsa-mi R-146b-5p可能成为甲状腺乳头状癌预后的预测靶标之一。     

基于生物信息学的胃癌核心miRNA筛选和调控网络分析

背景:Micro RNAs(miRNA)是多种真核生物基因表达的负调节因子,在RNA沉默和基因转录后调控中发挥作用。几乎所有类型的恶性肿瘤中均发生miRNA失调,可影响多种基因表达。目的:构建胃癌核心miRNA调控网络,为解析miRNA在胃癌发生、发展中的分子机制提供理论依据。方法:利用miRNA和m RNA表达谱芯片筛选差异表达miRNA和m RNA,应用miRWalk 2. 0预测miRNA相互作用的基因,并与表达谱芯片筛选出的基因进行交叉匹配,确定核心差异表达miRNA,构建miRNA-m RNA调控网络。对靶基因进行GO分析和KEGG分析。结果:表达谱芯片筛选出21个上调miRNA和36个下调miRNA,交叉匹配后发现1 042个低表达基因和711个高表达基因,最终确定10个核心miRNA-m RNA调控网络。受核心miRNA调控的差异表达基因主要参与肿瘤相关通路,高表达基因主要富集于ECM-受体作用通路等9个信号通路,而低表达基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用等5个信号通路。GO分析结果显示上调基因涉及315个功能、下调基因涉及88个功能,其中细胞外基质组织的相关性最高。结论:基于生物信息学的miRNA-m RNA调控网络分析为研究胃癌提供了新的视角,有助于系统性阐明miRNA在胃癌发生、发展中的分子作用机制,可为胃癌诊断标志物的筛选和药物治疗精准靶点的选择提供理论基础。     

人肝癌耐药细胞中差异表达微小RNA的筛选及生物学功能分析

目的 通过生物信息学方法筛选人肝癌耐药细胞株Bel-7402/5-FU、Bel-7402/ADR与亲本细胞株Bel-7402差异表达的微小RNA(miRNA),分析差异表达miRNA的生物学功能。方法 利用miRNA芯片分析亲本细胞和耐药细胞中miRNA的差异表达情况,筛选差异倍数较高的10个miRNA进行靶基因预测,对获取的靶基因进行GO富集分析、KEGG信号通路富集分析。采用实时定量PCR法验证差异表达显著的miRNA。结果 与Bel-7402细胞比较,Bel-7402/5-FU细胞中存在58个差异表达miRNA,其中上调27个、下调31个;Bel-7402/ADR细胞中存在87个差异表达miRNA,其中上调17个、下调70个。对耐药细胞中差异倍数较高的10个miRNA进行靶基因预测,GO分析发现,这些靶基因主要涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控、生物合成过程正向调控和氮化合物代谢过程负向调控、酶结合、大分子复合物结合和核酸结合转录因子活性、高尔基体、催化复合物和转移酶复合物等过程;KEGG分析发现,靶基因富集通路涉及轴突引导、泛素介导的蛋白水解、PAR1通路、神经营养因子信号通路...     

心肌梗死相关miRNA-mRNA调控网络及其作用

目的 探讨心肌梗死相关的微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)调控网络,并分析其对心肌梗死发生发展的调控作用。方法 从基因表达数据库下载微阵列数据（GSE61741）,用R语言进行差异分析,并对获得的差异表达miRNA进行上游转录因子及下游靶基因的预测;从GEO中获取GSE66360数据集,用R语言进行差异分析,将差异表达基因与靶基因取交集获得目标基因;对目标基因进行基因本体（GO）生物学功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,构建蛋白质相互作用（PPI）网络并筛选出Hub基因及核心miRNA。结果 共得到17个差异表达miRNA,其中4个表达上调、13个表达下调,其主要转录因子为2级POU结构域转录因子1、特异性蛋白1、早期生长反应1。差异表达miRNA靶基因与差异表达mRNA取交集共得到165个目标基因。GO富集分析发现其主要与细菌来源分子的反应、三级颗粒、细胞因子活性、趋化因子活性等生物过程和分子功能相关;KEGG通路富集分析显示目标基因主要聚集在TNF、IL-17、NF-κB等信号通路。miRNA-mRNA网络筛选出7个核心基因（JUN、CXCL8...     

胰腺癌干细胞差异microRNAs的表达及生物信息学

目的:筛选与胰腺癌干细胞相关的差异表达miRNAs,并进行生物信息学分析.方法:以MIA-PaCa2(TIChigh)与BxPc-3(TIClow)为研究胰腺癌干细胞的工具细胞制备总RNA,经质量鉴定后进行荧光标记;采用Agilent人类miRNA芯片进行杂交实验,获得miRNA表达谱;以Gene Spring Software 11.0软件和Quantile算法分析芯片实验数据,筛选与胰腺癌干细胞相关的差异miRNAs;荧光定量PCR验证部分差异表达miRNAs;基于Sanger数据库预测差异miRNA靶基因,基于Gene Ontology数据库进行GO注释,基于KEGG数据库进行Pathway注释.结果:获得符合基因芯片实验质量标准的RNA样品,基因芯片杂交及数据分析共鉴定到940个miRNAs,得到91个差异表达miRNAs(P<0.05,fold change≥2),其中MIAPaCa2(TIChigh)中下调表达45个,上调表达46个.荧光定量PCR验证21条差异miRNAs,其中19条均与芯片结果相符.TargetScan6.0数据库靶基因预测共得到2895条靶基因,GO注释显示他们主要涉及轴突导向、血管生成、转录后蛋白修饰等功能.Pathway注释显示主要涉及癌症途径、细胞-基质黏附途径、Hedgehog信号途径、MAPK信号途径等信号通路.结论:筛选出的胰腺癌干细胞相关差异表达miRNAs调控多种具有不同细胞功能和参与不同信号通路的基因,有可能成为胰腺癌新的治疗靶点.     

永久性心房颤动患者心房组织相关微小核糖核酸调控网络研究

目的:寻找永久性心房颤动(p AF)发病相关的关键微小核糖核酸(miRNA)及其调控靶基因。方法:表达谱芯片比较pAF患者(n=7)和窦性心律健康成人(n=4)的左心房组织的转录组,miRNA芯片筛选pAF相关差异表达miRNA,进行靶基因预测,与表达谱芯片的筛选结果进行负相关分析后的基因集合进行显著性功能分析(GO-Analysis),得到显著性、低误判率、靶向性的功能以及对应的靶基因;利用miRNA与靶基因之间的靶向调控关系,构建差异miRNA与分析后得到的显著性GO所属交集靶基因的调控网络(miRNA-Gene-Network),得到网络中起核心调控作用的miRNA和被miRNA调控的关键靶基因;采用qRT-PCR方法检验另一组pAF患者(n=5)和窦性心律健康成人(n=4)的左心房组织标本,验证所寻找的miRNA和被调控的关键靶基因。结果:26个差异表达的miRNA(16个上调、10个下调)和610个靶基因有显著性改变(fold change2,P0.05),与miRNAs芯片预测靶基因负相关后建立miRNA-靶基因调节网络发现与pAF显著相关的20个miRNA和107个靶基因,相关度最高的是miR-144、miR-1284、miR-1827、miR-1、miR-3613-3p及miR-101;其调控的重要靶基因包括PTEN、TAOK1、RUNX1及TPM3等,参与心房电生理改变、成纤维细胞及胎儿基因表达等心房重构机制。qRT-PCR验证结果提示,这些主要的miRNA和靶基因与pAF发生密切相关。结论:通过表达谱基因芯片与miRNA芯片联合分析pAF左心房组织标本,构建miRNA-靶基因调控网络,是发现pAF相关关键miRNA及其调控靶基因一种方法。     

多房棘球蚴感染小鼠脾淋巴细胞中差异表达miRNA的鉴定及其生物信息学分析

目的 筛选并鉴定多房棘球蚴感染的小鼠脾淋巴细胞中差异表达的微小RNA (miRNA),分析其可能涉及的生物学过程及信号通路,为进一步研究miRNA在寄生虫感染中的作用提供实验依据。方法将12只小鼠随机分为两组,每组6只,感染组小鼠每只腹腔注射600个多房棘球蚴原头节,对照组注射等量PBS。感染后90 d,将小鼠安乐死后取脾组织,采用密度梯度离心法分离各组小鼠脾淋巴细胞,使用TRIzol法提取两组小鼠脾淋巴细胞的总RNA。利用高通量测序技术鉴定并筛选差异表达的mi RNA;随机选取5个差异表达的miRNA进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证;利用miRanda和RNAhybrid两个数据库对差异表达的mi RNA进行靶基因预测,并进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;利用Cytoscape软件构建mi RNA-mRNA相互作用网络图。结果 通过高通量测序对照组和感染组分别获得12 104 631和10 856 249个纯净序列,其序列主要集中在20～24 nt。共筛选出69个差异表达2倍以上的miRNA,其中40个为上调表达的mi RNA, 29个...     

支气管肺发育不良中新型miRNA-TF-mRNA共调控网络的鉴定

目的筛选与新生儿支气管肺发育不良(BPD)发病相关的关键转录因子(TF)、微小核糖核酸(miRNA)和信使核糖核酸(mRNA), 并构建了调控网络。方法从高通量基因表达数据库GEO获取mRNA芯片数据集GSE108756, 筛选出的差异表达基因(DEGs)进行京都基因和基因百科全书(KEGG)、基因本体注释(GO)功能富集分析;参照HumanTFDB数据库获取与DEGs对应的TF后利用cytoHubba插件筛选出degree值前10的Hub TF;通过hTFtarget数据库找出Hub TF中7个TF所对应的靶基因;在GSE108756中获取7个TF及其靶基因所对应的探针表达量后做相关性分析, 筛选出最终纳入研究的6个Hub TF及所对应的正相关TF-mRNA关系队;利用Targetscan Human数据库获取靶向调控6个Hub TF的miRNAs, 并与miRNA芯片数据集GSE166762差异miRNAs取交集后匹配出负向调节的miRNA-TF关系队, 最后构建BPD患儿潜在miRNA-TF-mRNA调控网络, 进一步筛选出关键miRNA、mRNA。结果共筛选出201个差异表达基...     

肝泡型包虫病特异microRNA的筛选及初步研究

目的肝泡型包虫病由多房棘球蚴感染造成,通过对肝泡型包虫病患者组织和血浆中差异表达的miRNA进行筛查,寻找肝泡型包虫病新的生物标志物。方法纳入2016年6月—2018年5月在青海大学附属医院确诊的肝泡型包虫病患者,选取2例肝泡型包虫病患者的病灶边缘组织和3例临近病灶边缘的正常组织,以及3例肝泡型包虫病患者和3例健康对照者的血浆样本,使用Agilent Human miRNA芯片检测组织和血浆的miRNA表达谱,根据差异倍数(FC>1.2)和P值(P<0.05)筛选差异表达的miRNA,根据差异miRNA的靶基因预测结果,结合文献报道,选择与肝脏疾病相关的血浆miRNA和组织miRNA进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证。计量资料2组间比较采用t检验,相关性分析采用Spearman相关分析。结果肝泡型包虫病患者中的microRNA表达谱与健康人相比有显著不同,qRT-PCR验证发现6个microRNA中有3个miRNA(hsa-miR-4644,hsa-miR-136-5p,hsa-miR-483-3p)在肝泡型包虫病患者中显著差异表达(P<0.05)。其中hsa-miR-4644和hsa-miR-483-3p在肝泡型包虫病患者中显著上调表达(P值均<0.05),hsa-miR-136-5p显著下调表达(P<0.05)。通过TargetScan,PITA,microRNAorg数据库对差异miRNA进行靶基因预测,对三个数据库预测到的靶基因取交集,共有137个基因和miRNA之间有靶向关系。差异的hsa-miR-483-3p靶向调控参与人体免疫反应及与肝脏疾病有关的基因(IL-17A,IL-5,CD40LG,TAP2,TNF)。通过GO与KEGG分析发现,hsa-miR-483-3p的靶基因在免疫缺陷(Primary immunodeficiency)信号通路,IL-17信号通路,TNF信号通路中起重要作用。结论肝泡型包虫病有独特的microRNA表达谱,其中hsa-miR-483-3p可作为肝泡型包虫病的一种新的生物学标志物,其调控的靶基因主要参与Primary immunodeficiency信号通路,IL-17信号通路,TNF信号通路。但这些miRNA与肝泡型包虫病之间的调控关系有待进一步验证。     

微小RNA在双生子单冠心病患者中的差异表达

目的引用双生子经典研究途径,筛选冠心病患者外周血差异表达的微小RNA(miR),分析miR在冠心病患者中的调控作用。方法选择两对冠心病–健康双生子为研究对象,其中2例冠心病患者为研究组,2名健康者为对照组,分别抽取外周血5 ml,TRIzol法提取细胞总RNA,miRCURYTM LNA Array杂交芯片筛选差异表达miR。采用MirBase、TargetScan和MIRDB软件预测差异性miR的靶基因;DAVID软件进行靶基因GO分析和KEGG分析,Cytoscape软件绘制基因调控网络图。结果共筛选出43条差异表达miRs,其中12条表达上调,31条表达下调。最为显著的hsa-miR-1066-5p、hsa-miR-3074-3p、hsa-miR-4505、hsa-miR-3658和hsa-miR-4459分别下调10倍以上,hsa-miR-4699-3p上调8倍以上,靶基因GO注释和KEGG分析显示下调的miRs参与了大量免疫因子调控。结论冠心病患者差异表达的miRs对免疫因子的调控,可能是导致冠心病发病的关键作用之一。     

基于miRNA表达谱解析细粒棘球蚴病患者体内Th17/Treg失衡机制

目的　观察细粒棘球蚴病患者血清微小RNA（miRNA）表达水平、探讨miRNA对辅助性T 细胞17（Th17）/调节性T细胞（Treg）失衡的影响,以阐明细粒棘球蚴慢性感染并长期致病的机制。方法　提取细粒棘球蚴病患者与健康对照者血清总RNA,采用Illumina测序平台进行高通量测序。分别采用miRBase数据库和miRDeep2工具进行已知miRNA注释和新miRNA预测,并进行差异分析。采用miRanda软件和TargetScan软件分别预测差异表达miRNA靶基因后取交集,进行基因本体（GO）富集分析以及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。在差异表达变化倍数居前20位的miRNA中,匹配可靶向决定Th17细胞和Treg细胞生成的关键转录因子（RORC和FOXP3）或重要调控通路（PI3K⁃Akt和mTOR通路）相关基因的miRNA。结果　细粒棘球蚴病患者与健康对照血清中共有53个差异表达miRNA,其中47个上调表达miRNA、6个下调表达miRNA。GO富集分析显示,差异表达miRNA功能涉及DNA转录翻译、细胞成分、细胞形态、神经发育及代谢分解等过程。KEGG富集分析显示,这些差异表达miRNA靶基因涉及的主要信号通路包括MAPK、PI3K⁃Akt、mTOR等信号通路。在差异表达变化倍数居前20位的miRNA中,有3个潜在靶向调控RORC的miRNA、15个潜在靶向PI3K⁃Akt、mTOR信号通路的miRNA。结论　细粒棘球蚴感染后可使患者血清miRNA表达谱出现明显改变,差异表达miRNA可能通过靶向Th17/Treg关键转录因子或PI3K⁃Akt、mTOR通路而导致Th17/Treg免疫失衡,进而利于细粒棘球蚴在宿主体内长期寄生并慢性致病。     

基于miRNA测序研究阿托伐他汀干预THP-1源性泡沫细胞模型的机制

目的 探讨阿托伐他汀含药血清干预THP-1源性泡沫细胞模型的机制。方法 提取阿托伐他汀钙片大鼠含药血清；将人源THP-1细胞用佛波酯(PMA)刺激诱导分化成巨噬细胞，后将巨噬细胞通过氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)孵育建立泡沫细胞模型；将建模后的泡沫细胞分成模型组和西药组，分别加入正常血清与阿托伐他汀钙片含药血清进行干预；提取总RNA进行miRNA测序；将测序筛选出的差异miRNA结果通过生物信息学方法进行靶基因预测，并对相关靶基因进行基因本体论(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。结果 经测序筛选差异miRNA有56条，预测靶基因1 713个，GO富集分析显示预测靶基因参与18种生物学过程，有15种分子功能，含7种细胞组分类型；KEGG通路富集分析得到20条信号通路。结论 阿托伐他汀含药血清干预THP-1源性泡沫细胞模型差异miRNA中，差异倍数显著且表达量丰富的上、下调miRNA分别为hsa-miR-3184-3p与hsa-miR-423-5p, KEGG通路富集最显著的信号通路为MAPK信号通路、Hippo信号通路、Wnt信号通路。     

1型糖尿病大鼠心肌纤维化microRNA表达变化筛选

目的应用链脲佐菌素(STZ)诱导1型糖尿病大鼠心肌纤维化模型,检测心肌组织miRNA表达谱,对差异miRNA调控的靶基因进行初步预测。方法 STZ诱导大鼠心肌纤维化,微距阵基因芯片技术筛选大鼠心肌组织差异表达的miRNA,对差异表达的miRNA调控的靶基因生物信息学分析。结果与对照组比较,模型组大鼠心肌组织中差异倍数改变大于2倍的miRNA共有25个,其中hsa-miR-29a-3p、hsa-miR-551a、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-885-5p等表达上调,hsa-miR-208a、hsa-miR-150-5p等表达下调。生物信息学分析,差异miRNA调控的靶基因多与细胞增殖、凋亡、糖代谢及血管生成等生物学功能相关。结论 STZ诱导的1型糖尿病大鼠心肌纤维化模型心肌中,miRNA表达谱有明显差异,其中有些miRNA可能靶向与1型糖尿病心肌纤维化发生发展密切相关。     

exoRBase数据库外泌体基因在冠心病中的差异表达及意义

目的通过对exoRBase外泌体数据库中筛选出的冠心病(CHD)患者外周血外泌体差异表达基因的分析和CeRNA网络的构建,挖掘导致冠心病发病和疾病进展中的关键基因和调控机制,通过对差异表达mRNA关键基因的GO和KEGG富集分析,研究冠心病差异表达mRNA参与的分子功能和生物学过程。方法应用R语言筛选出在exoRBase外泌体数据库冠心病患者外周血中差异表达的外泌体基因,通过在线数据库和Cytoscape软件构建CeRNA网络,对关键基因进行可视化分析,并对差异表达的mRNA关键基因进行GO和KEGG富集分析。结果筛选出冠心病患者外周血中差异表达的外泌体mRNA 312个,lncRNA 43个,circRNA 85个;通过构建CeRNA网络,发现mRNA、lncRNA和circRNA竞争性地结合miRNA,且与miRNA相结合的lncRNA表达均显著上调,而mRNA和circRNA的表达则大多数呈现显著下调的趋势;差异表达mRNA关键基因的GO和KEGG富集分析结果显示,这些关键基因主要与"磷酸酶激活活动"和"磷酸酶调节活动"功能相关。结论由exoRBase数据库筛选出的冠心病患者外周...     

食管鳞癌差异表达基因鉴定及亚洲人食管鳞癌预后lncRNA功能分析

目的用生物信息学方法分析食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中转录组差异表达RNA,筛选和预测特异lncRNA的功能。方法通过TCGA数据库筛选ESCC差异表达基因并构建相关ceRNA网络,在GEO中对差异lncRNA进行验证,并对筛选出的差异lncRNA进行生存分析。利用GO、KEGG和蛋白互作网络进一步分析与预后相关lncRNA的功能。结果通过TCGA数据库共筛选出差异表达mRNA 2 064个,lncRNA 1 160个,miRNA 69个,并成功构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。GEO、TCGA共有差异表达lncRNA 26个,其中AC009264.1、PGM5-AS1及LINC00460与亚洲人ESCC患者生存相关。GO、KEGG、PPI分析表明这3个预后相关lncRNA可能参与ESCC的形成与进展。结论通过分析ESCC转录组测序数据,发现一批预后相关lncRNA,有望为ESCC的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物。     

冠心病患者血液外泌体mRNA、lncRNA及circRNA差异表达谱及竞争性内源RNA网络的构建

目的:通过生物信息学方法构建冠心病患者血液外泌体中的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,探讨其发病机制。方法:在exoRbase数据库中下载冠心病患者和正常对照的血液外泌体测序数据,通过R语言分别对外泌体中mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)的表达谱作差异表达分析,使用TargetScan和miRanda数据库共同预测和差异表达mRNA结合的微小RNA(miRNA),使用miRcode数据库预测与差异表达lncRNA结合的miRNA,使用starBase数据库预测与差异表达circRNA结合的miRNA。对3组miRNA两两取交集,保留与差异表达mRNA、lncRNA、circRNA两者及以上均结合的miRNA,构建ceRNA网络,使用Cytoscape软件可视化,并对差异表达基因进行GO富集和KEGG通路分析。结果:冠心病患者外周血外泌体中差异表达mRNA为569种,差异表达lncRNA为1408种,差异表达circRNA为282种。其中与差异表达mRNA相结合的miRNA有178种,与差异表达lncRNA结合的miRNA有207种,与差异表达circRNA结合的miRNA有328种,两两取交集,共保留120个共有的miRNA成功构建ceRNA网络,GO分析的结果主要富集在磷酸化、去磷酸化和脂质磷酸化等功能,KEGG分析的结果主要富集在甘油脂代谢和甘油磷脂代谢通路。结论:本研究成功构建冠心病患者血液外泌体中的ceRNA调控网络,为冠心病的诊断治疗提供新靶点。     

动脉性肺动脉高压相关基因的生物信息学分析

目的通过GEO数据库转录组和miRNA基因芯片数据筛选和分析动脉性肺动脉高压相关基因。方法通过GEO数据库收集转录组数据集(GSE113439、GSE53408)和miRNA数据集(GSE21284、GSE55427)。使用R3.5.2软件进行差异分析,筛选差异表达基因和miRNA,通过miRNet数据库筛选差异miRNA的靶基因,利用FunRich 3.13软件分析共同差异基因。最后用Cytoscape 3.7.2软件进行动脉性肺动脉高压相关生物过程和通路分析,筛选与动脉性肺动脉高压致病机制相关的潜在基因。结果最终分析确定188个上调基因、50个miRNA、20个生物过程和通路。其中与细胞增殖、迁移、凋亡及免疫紧密相关的GO生物过程和Reactome通路有5个:GO:0097581细胞板状伪足相关、GO:0030866皮质肌动蛋白细胞骨架相关、GO:0002886骨髓来源的白细胞介导的免疫调节相关、GO:0031122细胞质微管组织和生物发生相关、R-HSA:400253昼夜节律相关。参与调控的主要相关基因为:ANLN、BIRC3、CHD9、CLOCK、CXCL8、DST、FER、HIF1A、KIF23、PCM1、PLS1、ROCK2、TWF1。miRNA为hsa-miR-129-5p、hsa-miR-485-3p、hsalet-7b-5p、hsa-miR-215、hsa-miR-519a-3p、hsa-miR-519c-3p、hsa-miR-98-5p、hsa-miR-380-3p、hsa-miR-155-5p、hsa-miR-23a-3p、hsa-miR-642-5p。结论筛选出的基因ANLN、BIRC3、CLOCK、DST、FER、KIF23、PCM1、PLS1、TWF1可能关系到血管重构,这为动脉性肺动脉高压的治疗提供新的思路,为发展新的抗血管重构治疗提供更多可能的手段。     

小鼠感染肝毛细线虫肝脏microRNA的差异表达分析

目的 分析小鼠感染肝毛细线虫后肝脏microRNA (miRNA)的表达谱,筛选差异表达miRNA,为肝毛细线虫感染致肝纤维化机制研究提供资料。方法 6只雄性BABL/c小鼠随机分为肝毛细线虫感染组和对照组,每组3只。感染组小鼠经灌胃感染肝毛细线虫感染期虫卵（20个卵/鼠）,对照组灌胃等量生理盐水。感染后35 d分别取感染组和对照组小鼠的肝组织,进行组织切片、苏木精-伊红（HE）染色后,镜下观察肝组织病变情况。提取和纯化小鼠肝组织总RNA进行文库构建和miRNA高通量测序。通过生物信息学分析筛选差异表达的mi RNA,预测其靶基因并进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。采用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)对部分差异表达miRNA进行验证分析。结果 肝组织切片的HE染色结果显示,感染组小鼠肝组织呈虫卵肉芽肿性病变,伴有明显的炎性细胞浸润;对照组肝细胞形态完整,未见炎性细胞浸润、变性坏死和纤维化。通过miRNA测序,筛选出差异表达的miRNA共16条,4条表达上调,且均上调2倍以上,其中mmu-miR-129-5p上调4倍以上;12条表达下调,均下调0...