雪貂微卫星DNA遗传多样性分析

目的筛选、优化雪貂微卫星DNA引物,评估、分析雪貂种群的遗传多样性。方法采用21个雪貂微卫星位点,对随机抽取的30只雪貂血液样本进行基因组DNA提取及PCR扩增,PCR产物经2%Agrose电泳和6%PAGE电泳鉴定后进行STR扫描检测,用Popgene1.32软件对STR扫描结果进行数据处理和分析。结果 21个微卫星标记均呈现出遗传多样性,共检测到49个等位基因,观测等位基因数1~4个,平均2.3个;有效等位基因数1.000~3.750个,平均1.6685个;观察杂合度0~0.7333,平均0.3216;期望杂合度0~0.6424,平均0.3394;香隆指数0~1.1773,平均1.0768;多态信息含量0~0.6100,平均0.5485。结论本文筛选的21对雪貂微卫星引物,通过微卫星扫描分析验证,具有稳定的PCR扩增,微卫星标记均表现为多态性,并处于期望数值范围,没有显著地偏离Hardy-Weinberg平衡期望值。     

上海KM小鼠种子群体遗传状况分析

目的对国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心KM小鼠种子群体进行群体遗传质量分析与评价。方法利用筛选出的30个微卫星位点设计引物,对种群中随机抽取的30只KM小鼠样本进行PCR扩增,扩增产物利用STR扫描技术进行测定,用Popgen1.32软件对所得结果进行处理分析。结果 KM小鼠种子群体共得到123个等位基因型,平均有效等位基因数为2.3989,平均杂合度为0.5342,平均多态性信息含量(PIC)为0.4735。结论上海分中心KM小鼠种子群体具有良好的遗传稳定性和多样性,符合封闭群动物的群体遗传概貌特征。     

国家上海KM小鼠种子群体遗传状况分析

目的 对国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心KM小鼠种子群体进行群体遗传质量分析与评价。方法 利用筛选出的30个微卫星位点设计引物,对种群中随机抽取的30只KM小鼠样本进行PCR扩增,扩增产物利用STR扫描技术进行测定,用Popgen1.32软件对所得结果进行处理分析。结果 KM小鼠种子群体共得到123个等位基因型,平均有效等位基因数为2.3989,平均杂合度为0.5342,平均多态性信息含量(PIC)为0.4735。结论 上海分中心KM小鼠种子群体具有良好的遗传稳定性和多样性,符合封闭群动物的群体遗传概貌特征。     

西藏小型猪群体遗传结构分析

目的 了解西藏小型猪的群体遗传结构.方法 针对所优选出的40个微卫星位点设计引物,对35头南方医科大学饲养的西藏小型猪样本进行PCR扩增,扩增产物采用STR扫描技术进行测定,分析西藏小型猪的群体遗传结构.结果 西藏小型猪群体平均有效等位基因数为4.6187,平均杂合度为0.7576,平均多态性信息含量0.7463.结论 西藏小型猪群体具有丰富的遗传多样性,符合封闭群动物遗传特性.     

基于微卫星DNA标记的恒河猴遗传多样性研究

目的分析评估恒河猴遗传多样性水平,为建立标准化的恒河猴监测方法提供基础资料。方法利用19个微卫星DNA标记对恒河猴遗传多样性进行分析,经基因组DNA提取、PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳等,用POPGENE1．32软件及Excel进行统计分析。结果19个微卫星座位均呈现出了高度多态性,共检测到了等位基因164个,各座位的观察等位基因数在6—11个之间,平均为8．6316个;各基因座位的有效等位基因数在3．5727—8．9416个之间,平均为6．0709个;各微卫星座位的观察杂合度在0．2560—0．6364之间,群体平均值为0．4309;期望杂合度在0．7230～0．9010之间,群体平均值为0．8270;多态信息含量在0．6771—0．8874之间,群体平均值为0．7979;香隆信息指数在1．4249～2．2662之间,群体平均值为1．8901;本研究检测的19个微卫星座位均偏离Hardy—Weinberg平衡（P〈0．01）。结论所研究的恒河猴群体遗传多态性比较丰富,本实验为今后建立恒河猴质量监测方法提供理论依据。     

封闭群实验用鸽微卫星DNA遗传检测方法的初步建立

目的建立封闭群实验用鸽微卫星DNA遗传检测方法。方法通过文献检索和SSR Hunter软件筛选,选取和设计了鸽微卫星位点共61个。利用鸽基因组样本进行PCR扩增及条件优化。利用琼脂糖凝胶电泳结果进行初筛,获得等位基因丰富、扩增条带清晰的20个微卫星位点。通过STR扫描比较分析,选取适用于实验用鸽遗传质量检测的位点共16个并应用于两个封闭群鸽群体。结果利用筛选出的16个微卫星DNA位点,初步建立封闭群实验用鸽的遗传检测方法。结论初步建立了基于微卫星DNA的封闭群实验用鸽遗传检测方法,为封闭群实验用鸽种群遗传质量控制奠定基础。     

粉尘螨多态性微卫星标记的开发与评价

目的:开发粉尘螨基因组微卫星标记,为粉尘螨种群遗传多态性和遗传分化提供有效的分子标记。方法:基于Illumina HiSeq^TM平台进行粉尘螨全基因组测序,用MISA识别微卫星序列,Primer5设计引物,并进行PCR扩增。选择易扩增、稳定性高的引物,应用毛细管电泳法对3个种群共15个个体进行遗传多样性分析,以评价所开发微卫星标记的效果。结果:在粉尘螨基因组中筛选到266个候选微卫星标记,通过毛细管电泳再筛选得到12对微卫星标记。用12对引物对3个种群共15个个体进行遗传多样性分析。结果表明,12个标记共有66个等位基因,每个标记等位基因数为3～9,观测杂合度和期望杂合度分别为0.133～0.800和0.291～0.793。各标记的香农指数I为0.563～1.807。各标记的多态性信息含量PIC为0.271～0.765,8个位点为高度多态性标记,其余为中度多态性标记。结论:本研究开发出的微卫星标记准确可靠,多态性高,可应用于粉尘螨的遗传多样性分析。     

党参微卫星引物筛选及群体遗传多样性研究

目的 利用筛选的党参多态性微卫星引物进行党参群体遗传多样性研究。方法 利用磁珠富集法分离党参核基因组微卫星引物,并选取党参4个野生居群48个样品进行遗传多样性分析。结果 筛选出了10个能成功扩增党参样品的微卫星引物;这些引物扩增产物的等位基因数目为5～14个,观察杂合度范围为0.446～0.833,期望杂合度范围为0.697～0.895;使用4个党参近缘物种（轮叶党参、球花党参、鸡蛋参和长叶党参）进行引物通用性检测,发现有5对引物（Cpi01、Cpi04、Cpi06、Cpi07和Cpi08）能同时在4个物种中成功扩增。结论 筛选出的多态性微卫星引物能用于党参的遗传多样性和群体遗传结构研究,同时也能够用于党参属其他近缘物种的群体遗传学研究。     

恒河猴与食蟹猴微卫星DNA多态性的比较分析

目的 分析恒河猴和食蟹猴群体间的遗传多样性,确立一种对恒河猴和食蟹猴种群个体的遗传鉴别方法.方法 利用聚合酶链反应 (PCR) 扩增技术采用15个多态性微卫星DNA位点对50只恒河猴和50只食蟹猴个体进行了DNA多态性的分析,对比两群体间等位基因数目差异.结果 筛选的15个具有显著多态性的微卫星DNA位点对恒河猴和食蟹猴种群可以进行DNA多态性分析,其等位基因数目均在7个以上,且两群体间有11个位点的等位基因数存在一定的差异.结论 利用这些多态性微卫星DNA位点建立一种有效鉴别恒河猴和食蟹猴种群遗传背景的方法具有一定的可行性.     

三个远交系豚鼠微卫星遗传结构分析

目的评估我校培育的三个远交系豚鼠种群的微卫星遗传结构,筛选不同种群间呈现差异等位基因的微卫星位点,为今后豚鼠遗传育种及应用提供资料。方法使用45对引物通过PCR及电泳技术,对我校三个豚鼠种群的微卫星DNA进行扩增分析,计算各位点等位基因多态性等参数,并筛选出种群间等位基因呈差异变化的微卫星位点。结果所有微卫星位点在豚鼠种群中呈多态性变化,各位点等位基因数2～7不等,平均位点基因数2.29,平均有效基因数1.74;平均期望杂合度为0.39,平均观测杂合度为0.21,多态信息含量的可信范围为0.0739～0.6443,平均PIC为0.32,68.9%的位点呈中度多态性;总Hardy-Weinberg平衡P值平均为0.1734,各种群均为P 0.05,但对每个位点的基因平衡状态来讲,共有20个位点极显著偏离Hardy-Weinberg平衡,种群平均偏离指数D为-0.407;平均分化指数Fst为0.136,平均基因流Nm为5.835,还阐明了种群间的Nei遗传距离及遗传相似度。结论三个豚鼠种群遗传呈中度多态性变化,种群间平均遗传差异无显著性,遗传相似度较高。群体遗传偏离Hardy-Weinberg平衡较突出,出现严重的近交现象,群体处于中等遗传变异水平,但较高的基因流动阻止了遗传分化发生。分析这些问题的原因,主要是本群体繁殖数量偏小,种子选择范围不广泛等,今后在培育过程中要引起重视。本课题还筛选到与不同种群或毛色豚鼠相关的微卫星位点12个,种群特征性微卫星位点7个,可能用于性状基因定位。     

微卫星DNA分析国内24个近交系小鼠遗传状况

目的利用微卫星位点对国内24种近交系小鼠进行遗传状况分析。方法用前期筛选的富含多态性和等位基因数多的30个小鼠微卫星位点,合成荧光标记引物,对近交系小鼠基因组DNA进行PCR的扩增,经STR扫描对各近交系小鼠品系进行基因分型。结果在24个近交系小鼠品系中,有16个品系在品系内在30个位点上均具有相同基因型。而在不同品系间同一位点具有多态性,可初步对不同品系进行鉴别区分。其余品系内个别动物存在多态性。结论所选位点可以参考用于近交系小鼠遗传质量检测分析,并进行初步品系检测鉴定。     

微卫星标记对封闭群和近交第五代WHBE兔的遗传分析

目的分析比较封闭群白毛黑眼（WHBE）兔和近交第五代（F5）WHBE兔的微卫星结构的变化,寻找针对WHBE兔品系的遗传监测基因位点并应用于实际监测。方法利用21个微卫星位点,通过微卫星分子标记技术对封闭群和近交F5代WHBE兔进行遗传多样性检测和对比。结果在21对微卫星引物中筛选出扩增产物稳定并且具有多态性的11对微卫星引物。封闭群WHBE兔在每个位点上的等位基因数为3－8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为3．0344个,平均杂合度为0．4956,平均多态信息含量（PIC）为0．6130,多位点累积个体识别率达到100％,多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9683,而在得知任一亲本信息的情况下,CPE值为0．9980;近交F5代WHBE兔在每个位点上的等位基因数为3-9个不等,11个位点的平均有效等位基因数为1．8132个,平均杂合度为0．3808,平均多态信息含量（PIC）为0．5241,多位点累积个体识别率达到100％,多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9264,而在得知任一亲本信息的情况下,CPE值为0．9933。在10个封闭群WHBE特有的等位基因中（与日本大耳白兔、新西兰兔DNA多态性比较）,其中7个微卫星位点的8个等位基因为封闭群与近交F5代WHBE兔所共同特有。近交F5代WHBE兔的平均有效等位基因数和平均杂合度均比封闭群低,说明经过5代培育,近交F5代的基因纯合度高于封闭群,具有更优的遗传稳定性。结论本研究选取的21个微卫星位点中的11个适用于WHBE兔近交系培育的遗传监测。     

BALB/c小鼠遗传质量检测的新方法

目的比较随即扩增多态性方法（RAPD）、微卫星方法（STR）与生化标记方法对近交系小鼠遗传质量检测的差异,为近交系动物遗传质量控制提供一种分子生物学方法。方法提取近交系小鼠BALB/c基因组DNA,用6条RAPD引物和20对STR引物对其进行PCR扩增,用生化标记法检测13个位点。结果在6条RAPD引物中,引物2（p2）、引物3（p3）、引物5（p5）和引物6（p6）这四条引物扩增的条带出现差异,表现为不同的RAPD图谱;在20对STR引物中,引物2、4、10和11,这四对引物扩增的条带出现差异,表现为不同的STR图谱;13个生化标记位点中,过氧化氢酶-2（Ce-2）等6个生化位点发现杂合基因。结论RAPD和STR可用于验证生化标记方法的实验结果,并用于保证近交系动物的遗传质量。     

筛选适用于小型猪遗传检测的微卫星位点

目的 筛选用于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点.方法 从资料和GenBank中选取扩增效果好、等位基因多、均匀分布于小型猪18条常染色体和X染色体上的100个微卫星位点,合成引物,对封闭群小型猪基因组进行PCR扩增及条件优化.PCR产物采用琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和STR扫描技术进行分析和比较,选择多态性好的位点.结果 筛选出32个分布于不同染色体且等位基因多的微卫星位点.结论 筛选出了应用于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点.     

用于实验用猫群体遗传分析的微卫星位点筛选

目的筛选适用于猫遗传质量检测的微卫星位点。方法从相关文献和Gen Bank中备选了74个微卫星位点,摸索了最佳退火温度优化PCR反应条件,以琼脂糖凝胶电泳以及STR扫描结果为依据,选取条带清晰稳定、等位基因丰富、均匀分布于猫18对常染色体上的一组微卫星位点用于实验用猫遗传质量检测。结果从74个备选的微卫星位点中筛选到55个具有多态性且稳定扩增的STR位点。并在猫的每条常染色体(除了A1、B1染色体)适当选择1～2个多态性较高的STR位点,最终得到31个分布于18对常染色体且等位基因多的微卫星位点。结论成功筛选到一组适用于猫群体遗传结构分析的微卫星位点。     

食蟹猴微卫星DNA标记遗传监测及多态性分析

目的 研究国内食蟹猴种群的遗传背景特性,建立食蟹猴种群遗传质量监测方法.方法 采用微卫星DNA遗传标记技术对50只食蟹猴种群个体进行遗传质量监测及DNA多态性分析.结果 从100个微卫星DNA位点中筛选出20个多态性高的位点,其食蟹猴种群个体的等位基因数目为5-10条,个体间均呈现高度的多态性;其观察等位基因数(Na)为5.0～10.0,有效等位基因数(Ne)为4.6118～8.3404,基因多样性(H)为0.7832～0.8801和香隆信息指数(I)为1.5651～2.1592.结论 本实验有效地分析了食蟹猴种群的遗传多态性,为今后筛选特异性微卫星位点来建立食蟹猴种群遗传质量监测方法提供了理论依据.     

微卫星标记对WHBE兔封闭群、日本大耳白兔和新西兰兔的遗传分析

目的分析比较大耳白黑眼兔（WHBE兔）封闭群与日本大耳白兔（Jw兔）、新西兰兔（NZW兔）基因组存在的微卫星结构，研究WHBE兔封闭群的微卫星多态性。方法利用21个微卫星位点，通过微卫星分子标记技术对WHBE兔封闭群、Jw兔和NZW兔进行遗传多样性检测和对比。结果根据初步结果，在21对微卫星引物中筛选出扩增产物稳定并且具有多态性的11对引物。WHBE兔封闭群在每个位点上的等位基因数为3～8个不等，11个位点的平均有效等位基因数为2．0402个，平均杂合度为0．4810；Jw兔在每个位点上的等位基因数为2～8个不等，11个位点的平均有效等位基因数为3．6077个，平均杂合度为0．5039；NZW兔在每个位点上的等位基因数为3～9个不等，11个位点的平均有效等位基因数为2．6537个，平均杂合度为0．5334。WHBE兔封闭群在11个微卫星位点上的平均多态信息含量（PIC）为0．6005，多位点累积个体识别率达到100％，多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9613，而在得知任一亲本信息的情况下，CPE值高达0．9973。在11个微卫星座位中，9个位点上出现了WHBE兔封闭群特有等位基因，其中在Sat2、Sat5、Sat7、Sat12、Sat13、Sat16、S0144和INRACCDDV0003八个位点上WHBE兔封闭群的特有等位基因为一个，在sat8位点上为两个。结论WHBE兔8个位点的平均杂合度、平均有效等位基因数均比JW兔及NZW兔低，说明WHBE兔群体的基因纯合度高于其他两个品系，具有更优的遗传稳定性。9个WHBE兔特有的等位基因可作为区分WHBE兔封闭群和其它两个品系实验兔的分子标记。     

滇西亚种树鼩微卫星分子标记的筛选和研究

目的 筛选出适用于滇西亚种树鼩种群遗传质量控制的特异性微卫星分子标记。方法 首先从树鼩全基因组序列中筛选出约700个微卫星位点,择优选出约100个位点设计引物,去除有不良因素的,最后保留33对和文献报道的13对引物对滇西亚种树鼩DNA进行 PCR扩增,根据琼脂糖电泳和聚丙烯酰胺电泳结果筛选保留,进行STR扫描再次筛选适于树鼩遗传检测的微卫星位点组合。结果 筛选出树鼩微卫星位点22个,STR基因扫描有明显Stutter峰。比较备选位点和最终筛选出的位点,普通树鼩位点中选取5个,2个可用,与滇西亚种的重合率是40%;印度小树鼩位点中选取5个,2个可用,重合率是40%;中缅树鼩的位点中选取3个,2个可用,重合率约70% 。结论 筛选出的22个微卫星位点适用于滇西亚种树鼩的遗传检测,为树鼩种群的遗传质量监测提供科学依据。     

微卫星标记在布氏田鼠封闭群遗传结构研究中的应用

目的：使用微卫星标记分析连续三代布氏田鼠封闭群遗传结构的稳定性。方法使用高盐沉淀法从鼠尾中提取布氏田鼠基因组DNA,将筛选出7对微卫星引物并用荧光标记（ Fam）,然后对布氏田鼠封闭群连续三代的基因组DNA进行PCR扩增,测序仪检测PCR产物,整理原始数据并对布氏田鼠基因组DNA进行微卫星分析。结果由平均有效杂合度和多态信息含量的分析得出该布氏田鼠种群传代过程中保持着较高而且稳定的杂合度。结论该实验结果说明本实验室布氏田鼠封闭群的遗传结构比较稳定。     

微卫星技术在NIH小鼠群体遗传结构分析中的应用

目的应用微卫星DNA技术对A单位NIH小鼠和B单位NIH小鼠的遗传结构进行对比分析。方法利用30个微卫星位点对2个NIH小鼠种群进行PCR扩增和STR扫描,借助统计软件Popgene 1.32进行群体遗传结构分析。结果 A单位NIH群体获得74个等位基因型,平均杂合度为0.3108,多态性信息含量为0.2637;B单位NIH群体获得76个等位基因型,平均杂合度为0.3257,多态性信息含量为0.2777。群体间比较显示,群体间分化系数为0.3932,遗传一致性指数0.3971,遗传距离为0.9235,群体差异显著。结论两个NIH小鼠群体间存在严重的遗传分化,形成了两个不同的封闭群群体。