不稳定冠心病循环microRNA表达谱特点及功能分析

目的 明确不稳定冠心病患者循环microRNA（miRNA）表达谱,并对差异表达miRNA在细胞增殖中的调控作用进行探讨。方法 （1）分别收集不稳定冠心病患者（试验组）及疑似心绞痛的非冠心病患者（对照组）血浆,通过miRNA芯片检测,得到试验组患者循环miRNA表达谱。（2）分别在3个不同的生物信息学数据库——TargetScan、miRanda和DIANAmT,对miRNA靶基因进行预测,得到在3个数据库均有预测的miRNA靶基因。（3）通过DAVID数据库,对上述靶基因在细胞增殖方面的功能进行聚类及信号通路分析。（4）通过实时（real time,RT）-PCR实验,进一步验证循环miRNA-19b（miR-19b）在两组中的表达水平。（5）结合功能聚类分析结果,对差异表达最明显的（miR-19b）在细胞增殖中的调控作用进行验证。结果 （1）与对照组相比,试验组存在39个差异表达miRNAs,其中miR-19b差异表达最明显。（2）通过对miRNA靶基因的预测,发现有14个miRNAs与细胞增殖关系密切,其中miR-19b调控的细胞增殖相关基因最多。（3）RT-PCR检测证实不稳定冠心病患者血浆miR-19b水平较对照组明显增高。（4）细胞增殖实验表明,miR-19b明显抑制血管内皮细胞（EA.hy926细胞）增殖。结论 不稳定冠心病患者具有特定的循环miRNA表达谱,这些miRNAs可能是不稳定冠心病的潜在生物标志物。miR-19b可能通过抑制内皮细胞增殖,发挥稳定动脉粥样硬化斑块的保护作用。     

冠心病患者血浆微小RNA作为生物标记物可能性的研究

目的探讨微小RNA(miRNA)在动脉粥样硬化性心脏病患者循环血浆中表达特点。方法选择男性冠心病患者32例作为冠心病组,男性健康体检者20例作为对照组。另选择载脂蛋白(apo)E-/-小鼠10只为实验组,正常C57BL/6J小鼠10只为观察组,用高通量基因芯片技术分析实验组和观察组小鼠血浆中差异表达的miRNA。用实时定量PCR法检测冠心病组和对照组miRNA的表达。结果与观察组比较,实验组小鼠血浆有14种miRNA显著差异表达,其中6种显著上调3.02~3.46倍,8种显著下调3.02~4.21倍。与对照组血浆miRNA表达比较,冠心病组miR-34a和miR-21显著上调、miR-23a显著下调(P<0.01)。结论冠心病患者循环血浆中miR-23a、miR-21、miR-34a较健康人群明显升高,提示这3种miRNA具有成为冠心病患者生物标记物的潜能。     

miRNA与冠心病的研究进展

微小核糖核酸(microRNA，miRNA)是一类中高度保守的单链非编码小RNA,主要在转录后水平调控基因的表达。近年来许多研究表明miRNA在心血管系统中高度表达，与动脉粥样硬化、冠心病、心力衰竭、心律失常等心血管疾病密切相关。本文就miRNA与冠心病相关的研究进展作一综述。     

循环微小RNA与冠心病诊断

微小RNA （miRNA）是一类在进化上高度保守的非编码小分子单链RNA（～22个核苷酸），在基因表达调控中发挥至关重要的作用。不同临床分型的冠心病中，循环miRNA表达谱存在明显差异，提示循环miRNA可能成为一类具有冠心病诊断价值的新型生物标志物。本文主要就用于诊断冠心病的循环miRNA研究进展做一综述，为miRNA作为新一代诊断冠心病的生物标志物提供依据。     

exoRBase数据库外泌体基因在冠心病中的差异表达及意义

目的通过对exoRBase外泌体数据库中筛选出的冠心病(CHD)患者外周血外泌体差异表达基因的分析和CeRNA网络的构建,挖掘导致冠心病发病和疾病进展中的关键基因和调控机制,通过对差异表达mRNA关键基因的GO和KEGG富集分析,研究冠心病差异表达mRNA参与的分子功能和生物学过程。方法应用R语言筛选出在exoRBase外泌体数据库冠心病患者外周血中差异表达的外泌体基因,通过在线数据库和Cytoscape软件构建CeRNA网络,对关键基因进行可视化分析,并对差异表达的mRNA关键基因进行GO和KEGG富集分析。结果筛选出冠心病患者外周血中差异表达的外泌体mRNA 312个,lncRNA 43个,circRNA 85个;通过构建CeRNA网络,发现mRNA、lncRNA和circRNA竞争性地结合miRNA,且与miRNA相结合的lncRNA表达均显著上调,而mRNA和circRNA的表达则大多数呈现显著下调的趋势;差异表达mRNA关键基因的GO和KEGG富集分析结果显示,这些关键基因主要与"磷酸酶激活活动"和"磷酸酶调节活动"功能相关。结论由exoRBase数据库筛选出的冠心病患者外周...     

冠心病外周血中环状RNA表达谱及分子网络分析

采用circRNA微阵列芯片筛选冠心病人和健康对照外周血中差异表达的circRNA,分析表达谱特征,为冠心病发生机制提供新思路并寻找血液标志物。方法 选取6个冠心病人和6个与之年龄性别配对的健康对照,检测circRNA并进行比较分析,火山图显示差异circRNAs的情况。运用miRanda软件预测对应结合的miRNA;根据文献报道的参与冠心病发病机制的miRNA对结果进一步筛选,再利用两组之间FC&gt;2,p &lt;0.05,找出显著差异表达的circRNA;对差异表达基因进行GO功能注释及KEGG pathway分析,利用cytoscape软件对结合冠心病相关miRNA最多的10个circRNA进行分析,建立circRNA-miRNA-mRNA分子调控网络。结果 与对照相比,病例组外周血中表达显著差异的circRNA有793个;其中上调599个,下调194个。GO分析结果显示主要涉及细胞外基质,内皮细胞分化等方面,KEGG涉及Wnt,PI3K-Akt信号通路。网络图共纳入10个circRNAs,17个相关 microRNAs以及24个mRNAs形象展现它们之间的相互作用。结论 circRNA可能作为miRNA分子海绵调控下游基因参与冠心病发病过程并作为潜在的血液生物标志物。     

转移性结肠癌癌旁组织miRNA谱研究

近年来,对miRNA研究不断深入,miRNA表达谱芯片应运而生,其凭借高通量、快速检测miRNA表达水平的优点,迅速成为了研究肿瘤发病机制、早期诊断、病理特征、预测转移及评估预后的全新方法.本研究利用miRNA表达谱芯片技术对比分析结肠癌伴淋巴结转移与无转移患者癌旁组织miRNA表达的差异,并对差异表达的miRNA行实时荧光定量PCR验证,以期在结肠癌的癌旁组织中发现与淋巴结转移相关的miRNA,从中找到特征性的miRNA标记及治疗靶分子.     

1型糖尿病大鼠心肌纤维化microRNA表达变化筛选

目的应用链脲佐菌素(STZ)诱导1型糖尿病大鼠心肌纤维化模型,检测心肌组织miRNA表达谱,对差异miRNA调控的靶基因进行初步预测。方法 STZ诱导大鼠心肌纤维化,微距阵基因芯片技术筛选大鼠心肌组织差异表达的miRNA,对差异表达的miRNA调控的靶基因生物信息学分析。结果与对照组比较,模型组大鼠心肌组织中差异倍数改变大于2倍的miRNA共有25个,其中hsa-miR-29a-3p、hsa-miR-551a、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-885-5p等表达上调,hsa-miR-208a、hsa-miR-150-5p等表达下调。生物信息学分析,差异miRNA调控的靶基因多与细胞增殖、凋亡、糖代谢及血管生成等生物学功能相关。结论 STZ诱导的1型糖尿病大鼠心肌纤维化模型心肌中,miRNA表达谱有明显差异,其中有些miRNA可能靶向与1型糖尿病心肌纤维化发生发展密切相关。     

肠易激综合征血循环microRNA的表达谱

目的:探讨腹泻型肠易激综合征(irritable bowel syndrome,IBS)、便秘型IBS和正常人体血循环中微小核糖核酸(microRNA,miRNA)的表达差异,寻找潜在的IBS异常miRNA表达谱.方法:按罗马Ⅲ标准临床诊断IBS,根据临床特点分为腹泻型IBS和便秘型IBS.分别选取3份腹泻型IBS、3份便秘型IBS和3份正常人的混合血清标本,miRNA表达芯片检测血清标本中miRNA的表达水平,并进行聚类分析.结果:miRNA表达芯片分析发现,与正常人相比较,腹泻型IBS血循环中2种miRNA表达下调,2种miRNA表达上调;便秘型IBS血循环中4种miRNA表达下调,59种miRNA表达上调;只在腹泻型IBS血循环中差异表达的miRNA有1种,只在便秘型IBS血循环中差异表达的miRNA有60种,miR-23b在两种IBS血循环中都表达显著下调,hcmv-miR-US5-2、hsv2-miR-H11都表达显著上调.与腹泻型IBS相比较,便秘型IBS血循环中1种miRNA表达下降,26种miRNA表达上调.结论:IBS血循环具有异常的miRNA表达谱,提示血循环miRNA可作为IBS潜在的诊断标志.     

MicroRNA在人结肠癌干细胞中的表达谱

目的:探讨微小RNA(microRNA,miRNA)在人结肠癌干细胞中的表达,为进一步研究miRNA调控结肠癌干细胞向结肠癌细胞分化的分子机制奠定基础.方法:应用miRNA表达谱芯片检测人结肠癌干细胞和已分化结肠癌细胞中miRNA的表达谱.利用实时定量PCR技术检测两种细胞中差异表达的miRNA,验证miRNA芯片结果的可靠性.应用软件对筛选出的显著差异表达miRNA的靶基因进行预测.结果:与已分化结肠癌细胞相比,人结肠癌干细胞中表达上调超过1.5倍的miRNA有35个.为:hsa-miR-192,hsa-miR-29b,hsa-miR-215,hsa-miR-194,hsa-miR-33a,hsa-miR-32等:表达下调超过1.5倍的miRNA有11个,为:hsa-miR-93,hsa-miR-1231,hsa-miR-524-3p,hsa-miR-886-3p等.PCR技术验证,与miRNA芯片结果相符合.表达显著上调miRNA的共同靶mRNA有:AFF2、MTF1、RUNDC2C和ZFHX4.表达显著下调miRNA的共同靶mRNA有:ONECUT2、SH3TC2、PTPRT、RNABP10、NR3C1、RGSL1、RNASEL和TANC2.结论:筛选出的差异表达miRNA可能参与结肠癌的发病.为该病诊治提供了新的思路.其共同靶基因可能具有重要的调控结肠癌干细胞生长和分化的作用.     

微小RNA与心血管病炎症

尽管目前多种心血管疾病发病的分子机制不明,但研究发现一些非编码的微小RNA（miRNA）通过与其靶基因mRNA部分互补结合来抑制蛋白质合成而参与了心力衰竭、冠心病等多种心血管病的病理生理过程.异常表达的miRNA如何参与炎症反应至今仍是研究热点.该文介绍了与心血管疾病炎症反应相关的一些miRNA.     

lncRNA HULC对肝癌细胞miRNA差异表达谱及ceRNA调控网络的影响

目的 探究长链非编码RNA(lncRNA)肝癌高表达转录本(HULC)对肝癌细胞微小RNA(miRNA差异表达谱及竞争内源性RNA(ceRNA)调控网络的影响。方法 选取人肝癌细胞系BEL-7402,瞬时转染HULC siRNA以降低lncRNA HULC的表达。通过高通量测序选取表达具有差异的miRNA,并通过实时荧光定量PCR进行验证。基于参考基因组,预测新miRNA。通过基因富集分析及ceRNA调控网络,研究这些基因的潜在功能。结果 经敲低lncRNA HULC表达后,通过高通量测序挑选出了9个表达差异显著的miRNA。5个miRNA表达下调,4个miRNA表达上调。通过miRDeep2打分,挑选出了15个分值较高的新miRNA。基因富集分析结果显示,表达下调的miRNA的靶基因的分子功能与丝氨酸tRNA连接酶活性、蛋白激酶活性、阳离子通道活性、钙转运ATP酶活性等有关;表达上调的miRNA的靶基因与硒代半胱氨酸裂解酶活性、过氧化物酶体机制靶向信号1结合、过氧化物酶体靶向序列结合、蛋白质N-末端结合、肿瘤坏死因子受体超家族结合等有关。miRNA-靶基因互作网络、显著富集功能-功能...     

胰腺导管腺癌microRNA表达谱的研究

目的 应用microRNA( miRNA)高通量生物芯片筛选胰腺导管腺癌及癌旁组织差异表达的miRNA,分析其相关的靶基因.方法 收集9例新鲜的胰腺导管腺癌和3例癌旁组织,运用标记713个miRNA的Agilent miRNA生物芯片筛选胰腺导管腺癌差异表达的miRNA,应用荧光实时定量PCR方法验证表达上调的miRNA.采用TargetScan 5.1和miRandaV5分析软件分析差异表达miRNAs的靶基因.结果 miRNA芯片筛选出11个胰腺导管腺癌相关的差异表达的miRNA,其中miR-194*、miR-192*、miR-602、miR-194表达上调,miR-139-3p、miR-513a-5p、miR-630、miR-30c-1*、miR-887、miR-508-5p、miR-516a-5p表达下调.miR-192、miR-194及其同源体的表达在31例胰腺癌组织中得到验证.经软件分析,miR.192靶基因有ZEB2、CXCL-2、EEF1A1、ERCC3,miR-192*靶基因有DCC、SMAD4、FAS,miR-194靶基因有DACH1、IGSF11、PTPN2、RBBP4,miR-194*靶基因有CD40LG、CIDEB、FHL1.结论胰腺导管腺癌存在11个表达差异的miRNA,这些miRNA可能与胰腺导管腺癌的发生、发展有关.     

MicroRNAs与老年心血管疾病研究进展

<正>随着社会老龄化的加剧,老年心血管疾病发病率不断增加。心血管疾病的发生发展过程受肾素-血管紧张素-醛固酮系统(RAAS)、内皮素、缓激肽、儿茶酚胺、基质金属蛋白酶、细胞内钙、转化生长因子及结缔组织生长因子等多种因素的调控。研究表明,微小RNA(microRNA,miRNA)在心血管系统中表达丰富,在许多心血管疾病(如动脉粥样硬化、高血压、冠心病、心力衰竭、心律失常等)的发生发展中均发现miRNA表达水平的变化^[1]。目前的研究表明,miRNA的表达和调控在心血管疾病中发挥重要作用,miRNA很可能是一种潜在的具有高敏感性的心血管疾病早期诊     

链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠心肌组织中microRNA的表达

目的观察STZ诱导的糖尿病模型小鼠心肌组织中microRNA(miRNA)的表达,对差异miRNA靶基因进行预测,为糖尿病心肌病的干预提供可选择的miRNA。方法建立T1DM小鼠模型,成模6周末,小鼠处死后留取并制备心肌组织标本用于形态学及分子生物学分析。采用RT2 miRNA PCR Arrays筛选差异表达的miRNA,并对差异miRNA靶基因进行生物信息学分析。结果成模6周末,组织学观察发现,模型组心肌细胞肥大明显,心肌肥大细胞分子标记B型尿钠肽(BNP)升高,组蛋白去乙酰化酶(Hdac1)降低(P0.05)。基因芯片检测发现,模型组心肌组织中有13个差异表达的miRNA,其中miR-19a、miR-19b、miR-22、miR-503和miR-467e表达上调,miR-1、miR-29a、miR-30a、miR-96、miR-101a、miR-142-3p、miR-199-5p和miR-374表达下调。生物信息学分析发现,差异miRNA调控的靶基因与细胞增殖、凋亡、糖代谢和血管生成等生物学功能相关。结论 STZ诱导的糖尿病模型小鼠心肌组织miRNA表达谱发生改变,提示miRNA可能参与糖尿病心肌损伤过程。     

基于癌症基因组图谱数据库构建肝细胞癌相关miRNA-mRNA调控网络

目的 探讨肝细胞癌(HCC)发病机制,为HCC的诊断和临床治疗提供依据。方法 基于癌症基因组图谱数据库,鉴定HCC样本与癌旁组织样本之间差异表达的miRNA与mRNA。通过miRDB、TargetScan数据库预测差异表达miRNA的靶基因,并与差异mRNA取交集确定目标基因。使用FunRich软件预测在HCC差异表达miRNA中的潜在转录因子。利用Bioconductor中的clusterProfiler包进行功能注释和途径富集分析。通过STRING数据库构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络,对前20个枢纽基因进行表达验证和生存分析。结果 对375例HCC样本、50例癌旁样本进行差异miRNA分析,共鉴定出300个差异表达的miRNA。对374例HCC样本、50例癌旁样本进行差异mRNA分析,共鉴定出1 106个差异表达的mRNA。分别在上调的和下调的miRNA中选择20个差异表达最显著的miRNA预测其靶基因。对131个候选基因进行功能富集分析,结果显示主要与缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解,碳代谢以及催乳素信号通路等途径有关。结论 在肝细胞癌中异常表达的miRNA-mRNA通路可能成为肝...     

人肝癌耐药细胞中差异表达微小RNA的筛选及生物学功能分析

目的 通过生物信息学方法筛选人肝癌耐药细胞株Bel-7402/5-FU、Bel-7402/ADR与亲本细胞株Bel-7402差异表达的微小RNA(miRNA),分析差异表达miRNA的生物学功能。方法 利用miRNA芯片分析亲本细胞和耐药细胞中miRNA的差异表达情况,筛选差异倍数较高的10个miRNA进行靶基因预测,对获取的靶基因进行GO富集分析、KEGG信号通路富集分析。采用实时定量PCR法验证差异表达显著的miRNA。结果 与Bel-7402细胞比较,Bel-7402/5-FU细胞中存在58个差异表达miRNA,其中上调27个、下调31个;Bel-7402/ADR细胞中存在87个差异表达miRNA,其中上调17个、下调70个。对耐药细胞中差异倍数较高的10个miRNA进行靶基因预测,GO分析发现,这些靶基因主要涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控、生物合成过程正向调控和氮化合物代谢过程负向调控、酶结合、大分子复合物结合和核酸结合转录因子活性、高尔基体、催化复合物和转移酶复合物等过程;KEGG分析发现,靶基因富集通路涉及轴突引导、泛素介导的蛋白水解、PAR1通路、神经营养因子信号通路...     

先天性心脏病继发性肺动脉高压患者血浆中miRNA的研究

目的 应用微小RNA （microRNA,miRNA）芯片技术研究先天性心脏病合并重度肺动脉高压（pulmonary arterial hypertension,PAH）患者和不合并PAH患者血浆中miRNA表达谱的差异,并初步预测差异表达的miRNA调控的靶基因.方法 收集室间隔缺损（ventricular septal defect,VSD）合并重度PAH（PAH组）和不合并PAH患者（对照组）的血浆.分别提取总RNA,然后采用miRNA芯片进行miRNA表达谱差异分析,并对结果进行实时定量聚合酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）验证.运用Targetscan、Pictar、Miranda软件预测可能调控的靶基因.结果 miRNA芯片结果提示：与对照组相比,左向右分流先天性心脏病继发重度PAH患者血浆中表达上调的miRNA有50个,表达下调的miRNA有36个.实时定量PCR验证miR-98与芯片结果一致,表达上调.靶基因预测软件显示内皮素（ET-1）为hsa-miR-98的重要靶基因.结论 miRNA在先天性心脏病继发重度PAH患者血浆中存在差异性表达,miRNA可能与PAH的发生、发展密切相关,血浆miR-98有可能成为先天性心脏病合并重度PAH的新的分子生物学标志物.     

胃癌外周血微小核糖核酸表达谱的初步分析

目的 研究胃癌患者外周血微小核糖核酸(miRNA)的表达,初步建立胃癌特征性的循环miRNA表达谱,为深入研究miRNA与胃癌发生、发展并寻找新的分子标志物提供依据.方法 选取6例胃癌患者和6例健康体检者,提取外周血总RNA,进行miRNA表达谱检测和生物信息学分析,采用实时定量PCR技术对芯片检测结果进行验证,对筛选出的显著差异表达miRNA的靶基因进行预测.结果 胃癌组与对照组对比共有54个差异表达miRNA,其中表达上调的miRNA为35个(miRNA-504、miRNA-183、miRNA-938、miRNA-1285、miRNA-576-3p、miRNA-663 等),表达下调的miRNA为19个(miRNA-433、miRNA-193b、miRNA-329、miRNA-409-3p、miRNA-154等).实时定量PCR对其中2个上调miRNA(miRNA-504和miRNA-183)和2个下调miRNA(miRNA-433和miRNA-193b)的验证结果与芯片检测结果间具有较好的一致性.结论 胃癌患者外周血中具有特异性的miRNA表达谱,这些差异表达的miRNA有可能成为新的胃癌诊断分子标志物.     

miR99a-5-p在结核分枝杆菌感染宿主巨噬细胞中的免疫调控作用

目的:初步探讨结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis, MTB)感染THP-1细胞内特异miRNA在宿主抗结核免疫中的作用。方法:提取MTB感染及未感染THP-1细胞RNA,基于Illumina NovaSeq6000二代测序平台检测THP-1细胞内miRNA表达谱。采集4名健康受试者6 ml外周血并分离人原代巨噬细胞。应用实时荧光PCR(qRT-PCR)技术验证MTB感染THP-1细胞内特异miRNA并检测人原代巨噬细胞中靶标miRNA的表达水平。构建miRNA过表达载体,经慢病毒转染THP-1巨噬细胞获得稳定的过表达细胞株,使用qRT-PCR检测H37Rv感染的miRNA过表达细胞及对照空载体细胞中的肿瘤坏死因子α(TNF-α)及γ-干扰素(IFN-γ)表达水平。结果:从16个二代测序结果表达差异明显的miRNA分子中选取既往未作研究且差异最为明显的miR-99a-5p(P=0.021)作为研究靶基因。通过qRT-PCR在THP-1细胞及原代巨噬细胞中验证,发现miR-99a-5p在THP-1感染组和原代巨噬细胞内的表达量(分别为0.482±0.148和...