基于TCGA数据库构建肝癌预后相关的mRNAs风险评分模型

目的 寻找肝癌(hepatocellular carcinoma)特异性预后相关mRNAs,为肝癌的预后预测及个性化治疗提供策略.方法 从癌症和肿瘤基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载365例肝癌组织样本的Rna-seq数据和临床数据作为训练集,从NCBI(美国国立生物技术信息...     

基于生物信息学构建宫颈鳞癌预后相关的免疫基因风险模型

目的:寻找宫颈鳞状细胞癌(CSCC)特异性免疫相关基因(IRGs),为患者预后预测及个性化治疗提供依据.方法:基于TCGA和GTEx数据集,分析268例CSCC患者IRGs差异表达及潜在分子机制.采用多因素COX回归筛选预后相关IRGs,根据风险模型将患者分为高、低风险组,并验证模型有效性和生存期(OS).结果:CSC...     

肺腺癌中SETD7的表达及其临床意义

目的 探讨肺腺癌中SETD7的表达及其临床意义。方法 采用qRT-PCR技术检测22例肺腺癌组织和15例癌旁组织中SETD7 mRNA的表达水平;采用免疫组化GTVision法检测162例肺腺癌和57例癌旁组织中SETD7蛋白表达,分析其表达水平与肺腺癌临床病理特征及预后的关系。结果 与癌旁组织相比,肺腺癌组织中SETD7 mRNA表达水平明显升高(t=5.212,P<0.000 1);同时,SETD7在肺腺癌组织中的蛋白表达水平亦升高,其高表达率(58.6%,95/162)高于癌旁组织(0,0/57)(P<0.001)。SETD7蛋白表达与肺腺癌临床分期(c-TNM分期)相关(P<0.05),与患者性别、年龄、吸烟、饮酒、p-TNM分期、淋巴结转移、复发、EGFR和KRAS突变以及PD-L1表达水平均无关(P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析：SETD7蛋白高表达组患者生存率明显低于SETD7低表达组(P<0.000 1)。Cox单因素及多因素回归分析显示,SETD7蛋白高表达是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素(P<0.001)。结论 ...     

血管生成拟态及相关蛋白Mig-7、MMP-2在胃癌组织中的表达及临床意义

目的 研究胃癌组织务管生成拟态(VM)及相关蛋白Mig-7、MMP-2的表达及临床意义.方法 采用免疫组化技术观察110例胃癌中的CD34、Mig-7和MMP-2的表达,VM用CD34、PAS双染色法确定,并结合胃癌患者的临床病理资料进行相关分析.结果 110例胃癌组织中存在35例VM,阳性率为31.82％;VM与病理分级及淋巴结转移有关(P＜0.05),中低分化组的阳性率(34％)高于高分化组(10％),有淋巴结转移组的VM阳性率高于无淋巴结转移组.110例胃癌组织Mig-7表达104例,阳性率为94.54％;Mig-7的高表达与淋巴结转移有关(P＜0.05).VM阳性组Mig-7及MMP-2高表达率均高于VM阴性组(P＜0.05).VM阳性组平均生存时间及中位生存时间均低于VM阴性组(P＜0.05).结论 胃癌组织中存在VM,Mig-7及MMP-2高表达可能协同促进VM形成;VM与胃癌的侵袭、转移以及预后差密切相关.     

乳酸代谢相关基因预测肝细胞癌预后的风险评分模型的构建

目的 鉴定肝细胞癌相关乳酸代谢基因,并基于相关基因构建风险评分模型预测肝细胞癌预后。方法 使用TCGA数据库收集了377例肝细胞癌患者的临床信息和转录组数据,通过Cox单因素分析、Lasso回归筛选乳酸代谢相关基因,构建肝细胞癌患者预后多因素风险评分模型,采用TCGA内部验证数据集验证一致性。结果 在获取的303个乳酸代谢相关基因中,从肿瘤组和正常组中筛选了91个差异表达大于2倍的基因;训练组中通过Cox单因素分析、Lasso回归筛选出3个差异表达基因ACTN3、DTYMK和HTRA2,3个基因的高表达均与HCC患者不良预后相关,基于3个代谢基因的表达构建肝细胞癌患者预后预测模型对各肿瘤样本评分,其中年龄、分期和风险评分均为HCC患者OS的独立预测因素,TCGA内部验证数据集(n=192)验证不同风险评分对患者生存的影响,结果与训练集一致。进一步分析发现高风险评分组患者的IFN反应力更低。结论 基于乳酸代谢相关基因构建的风险评分模型可较好地预测HCC患者预后,乳酸代谢基因的研究有助于深入理解HCC发生发展的分子机制,为HCC患者治疗提供新的潜在靶点。     

结肠癌免疫相关基因对预后模型构建及预后的相关性分析

目的 结肠癌作为常见的消化道恶性肿瘤,越来越多的证据表明结肠癌预后与免疫系统之间存在相关性.实验目的是建立一个稳健的免疫相关基因对(IRGP)预后模型来评估结肠癌患者的总生存期(OS).方法 从TCGA、GEO 2个数据库下载结肠癌患者的基因表达谱和临床信息,将两组数据分别规定为Training组和Testing组.按...     

胰腺癌B7-H4与相关血清肿瘤标志物的预后价值研究

目的:分析胰腺癌患者肿瘤组织B7-H4表达水平与术前血清中癌胚抗原(CEA)、糖类抗原(CA)199及CA242等肿瘤标志物表达水平的相关性,同时探讨其在胰腺癌中的临床应用价值。方法:采用抗人B7-H4单克隆抗体免疫组化染色方法测定188例胰腺癌患者手术切除组织中B7-H4表达水平。同时利用电化学发光法检测术前血清中CEA、CA199及CA242浓度。结果:胰腺癌患者术前血清CEA水平与胰腺癌原发灶、淋巴结及远端转移分期(TNM)及远端转移相关(P<0.05)。胰腺癌患者术前血清CA199及CA242水平与胰腺癌患者年龄及远端转移相关(P<0.05)。CA199与术后生存期相关(P<0.05)。胰腺癌患者肿瘤组织B7-H4表达水平与血清CEA表达存在显著正相关(P<0.05),与其他肿瘤标志物之间无显著相关性(P>0.05)。在胰腺癌患者术后6个月生存的预测分析中,B7-H4染色积分的曲线下面积(AUC)明显高于CEA和CA242(P<0.05);B7-H4染色积分联合术前血清CA199的AUC明显高于术前血清CA199(P<0.05),而与B...     

食管鳞状细胞癌中CK7蛋白表达及预后意义

目的 观察细胞角蛋白7(CK7)在食管鳞状细胞癌中的表达及其与预后的关系.方法 采用免疫组化ELPS法检测512例食管鳞状细胞癌中CK7的表达,分析其表达与临床病理特征及患者预后的关系.结果 512例食管鳞状细胞癌中CK7蛋白阳性率为24.6％,CK7表达与肿瘤分化差、淋巴结转移和临床分期较晚相关(P＜0.05).生存...     

VEGF-C及MMP-7影响中低位直肠癌预后相关因素的评价

目的：探讨血管内皮生长因子-C（VEGF-C）及基质金属蛋白酶-7（MMP-7）表达与中低位直肠癌淋巴转移、静脉侵润和分化程度等预后影响因素的关系。方法:采用RT-PCR及免疫组织化学方法分别测定85例中低位直肠癌组织、癌旁组织和13例正常直肠组织中VEGF-C 和MMP-7的表达水平。结果:VEGF-C mRNA表达在中低位直肠癌组织、癌旁组织和正常组织之间差异显著（P<0.01）。MMP-7和VEGF-C mRNA与肿瘤病理分期、分化程度和生存率密切相关（P<0.05），Dukes B期以上的中低位直肠癌组织中，两类因子的表达显著高于淋巴转移阴性者（P<0.01）。MMP-7与静脉侵润及远处转移呈正相关。结论:VEGF-C mRNA 和MMP-7的表达水平是影响中低位直肠癌预后相关因素的重要指标，高表达与中低位直肠癌肿的静脉侵润和淋巴转移密切相关。     

基于细胞焦亡与免疫相关基因构建及验证肝细胞癌预后风险模型

目的：利用生物信息学方法构建并验证细胞焦亡与免疫相关基因的肝细胞癌预后风险模型,根据其风险评分探索免疫相关性特征,以指导个性化免疫治疗。方法：从TCGA、GEO官网分别下载TCGA-LIHC和GSE14520基因表达谱,从INNATEDB和IMMPORT官网下载免疫相关基因。以TCGA为训练组,GEO为测试组,对训练组细胞焦亡基因表达谱采用Cox回归分析,筛选预后相关基因进行共识聚类分组,提取分组间差异基因与免疫相关基因的交集基因,对交集基因应用单因素Cox和Lasso回归分析,得到预后相关风险评分模型。根据训练组风险中位值划分高低风险组,利用测试组验证模型可行性,最后探索训练组富集分析（GO、KEGG、GSEA）、免疫相关性分析及模型基因蛋白表达情况。结果：共筛选出9个可靠的风险模型基因（ICAM1、S100P、FABP3、CCL20、HRG、IGHM、SPP1、C4BPA、C6）。GO富集分析显示风险差异基因主要参与各种代谢过程。KEGG富集分析显示风险差异基因主要参与补体和凝血级联信号通路。GSEA富集分析显示高风险组与致癌途径的激活密切相关。在免疫浸润、免疫相关通路及免疫检查点...     

激素性股骨头坏死中m6A相关基因差异性的鉴定

背景：已知m6A参与了多种疾病的发生与发展,研究推测其也参与了激素性股骨头坏死的病理改变,但m6A甲基化修饰在激素性股骨头坏死中的研究比较匮乏。目的：通过生物信息学的方法寻找m6A相关基因在激素性股骨头坏死中的差异性表达,并预测与其相关的miRNA,以进一步阐明m6A甲基化在激素性股骨头坏死中所发挥的作用和机制。方法：从GSE123568基因表达谱中分析激素性股骨头坏死与对照组差异基因的表达,通过R语言‘limma’包进行差异基因鉴定,并对差异基因进行功能富集分析。用R语言的‘ggstatsplot’包对相关基因进行差异性分析。通过GSE74089数据集对差异基因进行交叉验证。构建mRNA-miRNA调控网络。采用共表达分析对共表达模块进行聚类并对模块基因进行富集分析。采用ssGSEA方法对激素性股骨头坏死与对照组之间免疫细胞浸润的差异进行量化分析。结果与结论：(1)通过相关性分析发现13个m6A相关基因,进行PPI网络识别和受试者操作特征曲线进一步分析发现YTHDF2有望成为早期生物标志物的核心差异基因;(2)富集分析发现差异基因主要参与炎症反应和免疫应答,并与破骨细胞关系密切;(3...     

FTO通过m6A调节c-MYC/CD47/PD-L1通路调控胃癌免疫微环境及预后预测北大核心CSCD

目的:探讨FTO在胃癌中的表达及意义及其对胃癌免疫微环境的调控及机制。方法:采用GEPIA分析FTO在胃癌中的表达。分析TCGA胃癌数据库中FTO表达与DFS、OS及临床病理学特征的关系。分析GEO胃癌数据集中FTO表达和PFS、OS的关系。收集87例胃癌患者手术标本进行免疫组化染色,分析FTO表达与DFS、OS及临床病理学特征的关系。GSEA分析FTO潜在的调节机制并进行验证。CIBERSORTx验证FTO表达与淋巴细胞浸润的关系。检测FTO表达对总RNA m6A的影响。结果:FTO在胃癌组织中高表达,且其高表达与更差的DFS、PFS、OS及肿瘤T分期相关。GSEA显示FTO可能通过调节c-MYC调节免疫微环境。采用siRNA敲低BGC中FTO表达提高总RNA中m6A水平,并降低c-MYC、CD47、PD-L1表达。CIBERSORTx分析显示,FTO表达与B细胞、调节性T细胞、滤泡辅助性T细胞、NK细胞、M2型巨噬细胞、肥大细胞等浸润有关。结论:FTO在胃癌中高表达且与较晚的分期、不良预后有关。FTO调节肿瘤免疫微环境的机制为以m6A依赖的方式调控c-MYC及下游CD47、PD-L1表达。     

SOX7基因甲基化在肾癌中的临床价值及对肾癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响

目的:研究SRY盒转录因子7( SOX7)基因甲基化在肾癌中的临床价值及对肾癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。 方法:选择80例肾癌患者(肾癌组)及50例肾脏良性疾病患者(对照组)为研究对象。设计合成寡核苷酸序列(MON、UMON和CON)并转染至肾癌细胞A498。采用甲基特异性PCR检测肾癌患者(肿瘤组织、癌旁组织)和对照组肾脏组织中 SOX7基因甲基化状态,分析 SOX7基因甲基化与临床病理因素的关系,MTT法检测 SOX7基因甲基化对肾癌细胞增殖的影响,Transwell小室法检测 SOX7基因甲基化对肾癌细胞迁移和侵袭的影响。 结果:肾癌组患者肿瘤组织 SOX7基因甲基化率高于癌旁组织和对照组肾脏组织,差异有统计学意义(χ^(2)=67.522, P<0.05)。肾癌细胞Caki-1、786-O、769-P中 SOX7基因呈甲基化状态,而在A498细胞中呈未甲基化状态。肾癌组患者肿瘤组织 SOX7基因甲基化率在性别、年龄及病理类型方面比较差异无统计学意义(均 P>0.05),在分化程度、肿瘤最大径、淋巴结转移、肿瘤数量及肿瘤分期方面比较差异均有统计学意义(均 P<0.05)。转染MON后可成功诱导A498细胞 SOX7基因甲基化,MON组A498细胞第1~7天细胞活力高于UMON组和CON组( P<0.05)。 结论:SOX7基因甲基化可促进肾癌细胞增殖、迁移和侵袭,在肾癌的病情及预后评估中具有重要临床价值。     

肺腺癌吸烟相关甲基化模式识别分类模型及特征基因的识别研究

吸烟是导致肺癌的一个重要诱导因素,从全基因组基因甲基化水平出发,利用生物信息学方法,通过建立对当前吸烟/不吸烟样本的模式识别分类模型,识别甲基化特征基因,为揭示不吸烟肺癌患者的患病机理奠定基础。为避免甲基化微阵列数据超高维小样本、高噪声、高相关性以及信息饱和现象淹没真正的特征基因,首次采用迭代多重筛选方法,分别从显著性差异、与基因表达水平的关系、生物功能、分类重要性等多个角度对全基因组甲基化数据进行多步筛选,从而识别吸烟相关特征基因。以TCGA数据库中127个肺腺癌样本为训练集,64个EDRN肺腺癌样本为独立测试集,最终确定了48个关键基因。相应模式识别模型对训练集精度达到87.5%(敏感性、特异性分别为87.2%和87.8%),独立测试集分类精度达到76.4%(敏感性、特异性分别为80.2%和73.6%)。交叉研究表明,其中17个基因对癌症发展的重要性已经在其他研究中有所证实,进一步的研究则证明其甲基化的重要性。同时,KEGG和IPA对特征基因在基因调控网络和代谢通路水平的分析表明,特征基因与癌症的发展以及生物功能、细胞发育等都有着密切的联系。     

新生儿G6PD缺乏症的风险预测模型的构建及验证

目的 识别合并G6PD缺乏症的新生儿以完善筛查策略。方法 本研究为观察性类别、病例对照研究。自2022年1月1日—12月31日,连续性纳入四川省新生儿疾病筛查中心接受G6PD筛查的G6PD缺乏症新生儿为研究对象,通过PSM 1∶4匹配对照人群,并将其拆分为训练集、验证集。通过训练集样本,应用单因素和多因素回归以最终确定模型,通过区分度、校准度、适用度、合理度,全面评价预测模型。将模型信息代入验证集样本,汇总判定预测模型的严谨性和稳定性,再使用Nomogram图可视化呈现模型。结果 共获得640例受试者,其中训练集448例、验证集192例。单因素-多因素Logistic回归显示：新生儿G6PD缺乏症的诊断预测模型包括母乳喂养、男性、Hb、既往贫血史（P<0.05）。经过4个维度评价训练集预测模型,具有良好的区分度、校准度、适用度、合理度。代入验证集样本予以内部验证,发现区分度、校准度均表现良好,而适用度、合理度则表现尚可。且验证集与训练集Nomogram图的赋值评分及趋势基本相同。结论 本研究构建了新生儿G6PD缺乏症的诊断预测模型,识别高危风险新生儿的能力可靠。     

4株乳腺癌细胞中内皮素受体B基因的甲基化状态及对MCF-7细胞增殖的影响

目的 探讨内皮素受体B（EDNRB）基因在4株乳腺癌细胞中的表达、甲基化状态以及恢复EDNRB表达对MCF-7细胞增殖的影响。 方法 采用甲基化特异性PCR（MS-PCR）和亚硫酸盐测序法（BSP）分析4株乳腺癌细胞中EDNRB的甲基化状态;反转录聚合酶链反应（RT-PCR）检测EDNRB mRNA的表达水平;采用四甲基偶氮唑蓝（MTT）法和集落形成实验检测EDNRB表达恢复对MCF-7细胞增殖的影响。 结果 EDNRB在乳腺癌细胞MCF-7和ZR-75-1中表达缺失,并呈高甲基化状态;而在EDNRB表达最高的MDA-MB-231细胞中其启动子呈低甲基化,表明乳腺癌细胞中EDNRB基因启动子甲基化状态与其表达成负相关。5-氮杂胞苷（5-Aza-CR）能够反转EDNRB基因的表达,EDNRB表达恢复后MCF-7细胞的增殖受到抑制。 结论 EDNRB基因启动子区CpG岛频繁甲基化可能在乳腺癌发生发展中发挥重要作用,EDNRB有望成为乳腺癌早期诊断的新的分子标志物。     

基于生物信息学分析胃癌铁死亡相关基因预后及免疫细胞浸润的临床和功能意义

目的：采用生物信息学方法寻找胃癌（GC）中有预后价值的差异表达基因（DEGs）和免疫细胞浸润矩阵,并探讨其临床和功能意义。方法：建立基于TCGA GC数据集的10个铁死亡相关基因风险模型,并采用GEO数据集验证其预后预测准确性。利用R软件clusterProfiler包进行功能富集分析。单样本基因集富集分析（ssGSEA）量化16个免疫细胞的浸润水平和13个免疫相关通路活性。结果：根据10基因模型得出的中位风险评分将患者分为高风险组和低风险组。生存分析表明,高风险组和低风险组GC患者总生存率（OS）差异有统计学意义。铁死亡相关风险评分与是GC患者OS的独立预测因子。功能富集分析显示,风险模型与PI3K-Akt信号通路相关。ssGSEA和免疫评分相关性分析指出了高风险组中上调的免疫细胞和免疫相关途径,开发了一个列线图帮助临床医生更好地决策。结论：基于10个铁死亡相关基因的风险模型显示出较好的预后预测性能,为GC提供了一种有希望的治疗策略。