基于生物信息学的乳腺癌潜在关键基因鉴定与预后分析

目的 利用生物信息学方法筛选乳腺癌发生发展过程中的关键基因和重要信号通路,为乳腺癌发病机制的解析和治疗提供新的候选靶点和理论依据。方法 从基因表达数据库（GEO）下载数据集GSE139038,利用GEO2R筛选差异表达基因,用于注释、可视化和集成发现的数据库（DAVID）对差异表达基因进行基因本体论（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路注释,STRING在线分析工具和Cytoscape软件对差异基因构建蛋白质相互作用网络并筛选关键基因,利用基因表达谱分析（交互分析）（Gene GEPIA）和Kaplan-Meier Plotter在线分析工具对候选的关键基因进行表达验证和生存分析。结果 筛选出519个显著差异表达基因（|log2FC|≥2,P<0.01）,其中下调基因38个,上调基因481个。蛋白质相互作用网络分析共筛选出10个潜在的核心基因（CDK1、CDCA8、SSK1、BUB1、TOP2A、DLGAP5、NUF2、CT84、CDCA5、MELK）。这10个潜在的核心基因在乳腺癌样本中高表达且具有较差的预后。结论 CDK1、CDCA8、SSK1、BUB...     

基于生物信息基因表达谱的乳腺癌转移基因标志物的分析研究

目的 确定潜在和乳腺癌转移相关的基因标志物,并对其进行生存分析.方法 使用基因表达综合数据库(GEO),筛选乳腺癌转移部位和非转移部位之间的差异表达基因(DEGs).对DEGs进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书途径富集(KEGG)分析,构建蛋白质-蛋白质交互(PPI)网络,并使用MCODE进行模块分析.然后,通过Kaplan-Meier工具对中枢基因进行总生存(OS)和远处无转移生存(DMFS)分析.通过GEPIA对基因和临床生存数据的相关性进行验证.结果 本研究共获得295个DEGs,主要与细胞外分泌、粘着相关通路、细胞分裂相关.KEGG通路分析表明,重要的通路包括丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、Rap1信号通路、细胞粘附分子(CAMs)、抗原加工和呈递.建立了具有280个节点和357个连接的蛋白-蛋白交互网络.从蛋白-蛋白交互网络中发现了10个模块.结论 共筛选出20个基因作为枢纽基因,其中TYMS、SKA1、ADCY7的低表达和MX1的高表达与OS较差有关.POLR3H的低表达和CDCA8、ASE1、KIF14、MX1的高表达与较差的DMFS有关.POLR3H和PRC1可作为诊断乳腺癌转移或潜在药物靶标的新生物标志物.     

小细胞肺癌潜在相关基因的生物信息学分析及功能预测

目的 对小细胞肺癌发生发展的关键基因和分子机制进行生物信息学分析,为诊疗提供潜在靶点和生物标志物。方法 从GEO数据库筛选小细胞肺癌基因表达数据集,并运用GEO₂R分析差异表达基因(DEG);再利用DAVID数据库对DEG进行富集分析,并构建蛋白互作网络图,进一步筛选出小细胞肺癌关键基因并进行预后分析。结果 筛选出614个DEG,其中上调基因328个、下调基因286个。富集结果显示,DEG的功能主要与微管运动、DNA修复、驱动蛋白复合物及微管结合等有关。根据蛋白互作网络中的节点连接度(Degree≥40),筛选出CDK1、BUB1和CCNB2等13个关键基因。预后生存分析发现,关键基因高表达水平与不良预后有关(P均<0.01)。结论 CDK1、BUB1和CCNB2等13个关键基因可能是小细胞肺癌诊疗的潜在靶点和预后标志物。     

一条脑胶质瘤相关的全长基因的生物信息学分析

目的报道一条脑胶质瘤相关的全长新基因的生物信息学分析及其研究的结果。方法对507E08克隆子进行了测序,生物信息学分析和Northern blot分析。结果507E08基因为全长基因,长度为2002bp,共编码203个氨基酸,命名为人核糖体蛋白L14．22。经Northern blot证实507E08基因在人正常脑组织中低表达,而在人脑胶质瘤中高表达。结论生物信息学是一种有效分析未知基因的工具。507E08基因可能是与人脑胶质瘤形成有关的一条全长新基因。     

观察乳腺癌脑转移全脑放疗后综合治疗的临床疗效

目的:观察乳腺癌脑转移全脑放疗后综合治疗的临床疗效.方法:回顾性分析我院2008年1月～2016年11月共110例乳腺癌脑转移患者的资料,按是否接受全脑放疗后综合治疗分为治疗组和对照组.根据雌激素(ER)、孕激素(PR)、人表皮生长因子受体2(HER-2)和Ki-67水平将患者分为管腔A型、B型、HER-2阳性和三阴型4种亚型.计算生存期,用Kaplan-Meier法进行生存分析.结果:对照组和治疗组中位生存期分别为5.0个月和8.0个月(P<0.0001).三阴型中对照组和治疗组中位生存期分别为4.5个月和8.1个月(P=0.049),管腔A型分别为5.1个月和10.0个月(P<0.0001),管腔B型分别为4.5个月和8.4个月(P<0.0001),HER-2型分别为4.5个月和8.0个月(P<0.0001).结论:全脑放疗后进行综合治疗能明显延长乳腺癌脑转移患者生存时间.     

儿童克罗恩病差异表达基因的生物信息学分析

目的 应用生物信息学方法探讨儿童克罗恩病的差异表达基因,为阐明儿童克罗恩病的发病机制及干预靶点提供新思路。方法 从公共基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）下载儿童克罗恩病相关的基因芯片数据集GSE9686,使用在线分析工具GEO2R筛选出儿童克罗恩病结肠组织与正常结肠组织的差异表达基因。使用数据库DAVID对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路分析,使用STRING数据库进行蛋白互作网络（PPI）分析,使用Cytoscape筛选出儿童克罗恩病的关键基因。结果 筛选出85个儿童克罗恩病差异表达基因,包括63个上调基因和22个下调基因。GO分析揭示差异表达基因主要富集于趋化因子活性、CXCR趋化因子受体结合、细胞外空间、细胞外区域、趋化因子介导的信号通路及炎症反应等过程,KEGG分析揭示差异表达基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、TNF信号通路等。Cytoscape筛选出了15个关键基因,所有关键基因在儿童克罗恩病结肠组织中表达均上调。结论 采用生物信息学对儿童克罗恩病结肠组织与正常结肠组织的差异表达基因进行综合分析,可为儿童克罗恩病的早期诊断及靶向治疗提供新的理论依据。     

基于GEO芯片数据的肝癌特征基因生物信息学及预后关联性分析

目的 通过生物信息学方法利用GEO芯片数据分析肝癌组织中的特征基因及预后的相关性。方法 在GEO数据库中获取肝癌芯片数据,并利用GEO2R工具分析肝癌组织与正常肝组织之间的差异表达基因;利用GO数据库和KEGG数据库对差异表达基因进行富集和功能注释;基于STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互相作用网络（protein-protein interaction,PPI）,分析其关键基因;用在线工具Kaplan Meier-Plotter对这些关键基因进行生存分析;用The Human Protein Atlas数据库对这些关键基因在肝癌组织中的蛋白质表达进行免疫组化分析。结果 共鉴定出338个差异表达基因,其中97个为上调基因,241个为下调基因。其中上调的差异表达基因显著富集在细胞核有丝分裂、细胞分裂、有丝分裂成对染色单体分离、成对染色单体凝聚等生物过程;下调的差异表达基因显著富集在环氧化酶P450途径、氧化还原过程、外源性药物分解代谢过程等生物过程。根据PPI网络,对关键模块的24个关键基因进行鉴定,发现这些关键基因的高表达与肝癌患者的生存率低有相关性,并截取关键差异表达基因免疫染色代表性图像。结论 本研究发现的关键差异基因有助于更全面地了解肝癌发生的分子机制,可作为肝癌预后的生物标志物以及潜在的肝癌治疗分子靶点。     

基于生物信息学方法筛选骨关节炎进展相关关键基因

目的 利用生物信息学方法筛选骨关节炎进展相关的差异表达基因(DEGs)。方法 在基因表达组学数据库(GEO)下载GSE206848数据集,运用GEO₂R在线工具进行分析,并筛选DEGs;利用R语言绘制火山图和热图。然后对DEGs进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;将获得的DEGs数据导入STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI),并通过CytoHubba插件以5种算法取交集筛选关键基因(Hub gene)。结果 经GEO₂R筛选,从GSE206848数据集中获得DEGs 1 592个(545个上调基因、1 047个下调基因)。GO功能富集分析发现,DEGs的生物学过程主要富集在DNA代谢过程的调节、超分子纤维组织的调控、细胞器组织的负调控;细胞定位主要富集细胞边缘、肌动蛋白细胞骨架、核散斑;分子功能主要富集微管蛋白结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性。KEGG通路富集分析结果主要涉及PI3K-Akt信号通路、肌动蛋白细胞骨架调控等。应用CytoHubba插件筛选得到3个关键基因(PIK3CA、EGFR...     

转移黏附基因在乳腺癌组织中的表达及其与肺转移的相关性研究

目的研究转移黏附基因(MTDH)在乳腺癌组织中的表达及与肺转移的相关性,为进一步研究乳腺癌侵袭转移奠定基础。方法将40只裸小鼠随机分为空白对照组及乳腺癌模型组a、b、c,分别于接种第10、15、22日处死模型组a、b、c和空白对照组(与模型组c同时处死),取原位瘤及肺组织,肺表面结节计数,免疫组化检测瘤组织中MTDH表达水平。结果模型组a、b、c乳腺癌组织中MTDH阳性表达率分别为30.3%、62.7%、88.2%,表达逐渐增高;对3组裸鼠肺转移数目进行统计发现,有肺转移者,MTDH表达量更高(χ~2=7.473,P<0.01),且肺转移数目越多,其表达量越高(Spearman=0.859,P<0.01)。结论 MTDH在乳腺癌组织中的表达显著高于正常乳腺组织,且与肿瘤的进展、肺转移的数目呈正相关,提示MTDH与乳腺癌的发生、发展密切相关,与乳腺癌肺转移密切相关。     

脑转移瘤中突变型p53蛋白的表达及临床意义

转移是恶性肿瘤的重要生物学行为 ,也是恶性肿瘤治疗中的难点和患者病死率高的重要原因 ,国内统计脑转移瘤占颅内肿瘤的 3 5 %～ 10 % ,国外尸检资料报告脑转移瘤占原发肿瘤的 2 1%～ 4 6 % ,近年来 ,脑转移瘤有增多趋势[1] 。肿瘤的转移涉及多种相关基因的调控 ,我们选用 31例脑转移瘤标本 ,应用免疫组织化学卵白素 生物素复合物 (ＡＢＣ)法 ,测定突变型ｐ5 3蛋白 (ｍｔｐ5 3)的表达 ,探讨ｍｔｐ5 3的表达及与预后的关系。材料与方法一、材料　选自 1991年～ 1998年我院收治的31例脑转移瘤手术标本的存档蜡块 ,福尔马林固定 ,常规石蜡包埋…     

基于生物信息学和CMap数据库分析肺癌相关基因及潜在治疗药物

目的 基于生物信息学和关联性图谱(CMap)数据库筛选肺癌相关基因及其潜在的治疗药物,为肺癌的治疗提供新思路。方法 从基因表达数据库(GEO)中选择GSE89039、GSE118370和GSE136043,采用R软件筛选差异表达基因(DEGs),将DEGs进行GO和KEGG富集分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用基因表达谱交互分析(GEPIA)验证枢纽基因的表达以及预后价值;采用CMap数据库筛选具有肺癌治疗作用的潜在候选药物。结果 我们共确定了530个DEGs,包括150个上调基因和380个下调基因。这些DEGs主要富集在细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞黏附等方面。PPI网络由527个节点,1 298条连接线组成,前十个枢纽基因分别为SDC1、CDH5、FGF2、PECAM1、IL6、CAV1、MMP9、SPP1、VWF、PPARG。通过GEPIA分析这些枢纽基因相关的总生存期(OS),结果显示SPP1对OS具有显著影响。使用CMap数据库筛选出的对肺癌具有潜在治疗作用的FDA批准上市的候选药物,包括腺苷脱氨酶抑制剂(克拉屈滨)、核糖苷还原酶抑制剂(氯法拉滨...     

替莫唑胺联合放疗治疗肺癌、乳腺癌脑转移临床观察

摘 要 目的: 探讨替莫唑胺联合放疗治疗肺癌、乳腺癌脑转移的临床疗效和安全性。方法: 使用替莫唑胺联合放疗治疗肺癌、乳腺癌脑转移患者36例。头部放疗为常规全脑放疗,2 Gy/次,5 d/周,共4周,总量40 Gy,全脑放疗后,对部分局部病灶三维适形局部加量至50～56 Gy。放疗过程中同步化疗,替莫唑胺75 mg·m^-2, po,放疗当天同时服用。放疗结束后4周开始替莫唑胺治疗,第1周期150 mg·m^-2,  po,连续5 d,28 d一疗程,耐受良好增量至200 mg·m^-2, po,共化疗6个周期。评价患者疗效与不良反应。结果:36例患者全部完成同步化疗,26例患者完成4个周期化疗,10例患者完成6个周期化疗。放化疗结束后颅内病灶评价：完全缓解11例,部分缓解15例,稳定7例,进展3例,总有效率72.22%（26/36）,疾病控制率86.11%（31/36）。主要不良反应为Ⅰ～Ⅱ度的消化道反应,Ⅰ～Ⅱ度骨髓抑制,患者均能耐受。结论:替莫唑胺联合放疗治疗肺癌、乳腺癌脑转移疗效较满意,不良反应可耐受,治疗依从性较好。     

桥本氏甲状腺炎差异基因筛选、分析及潜在治疗药物预测

目的 通过生物信息学技术筛选出桥本氏甲状腺炎(HT)差异表达基因,对差异基因进行分析得出与HT发生及发展密切相关的基因,并通过核心基因预测潜在的HT治疗药物.方法 采用GEO2R在线工具分析HT数据集GSE6339和GSE138198,获取HT差异表达基因.通过Webgestalt数据库分析差异表达基因的生物学过程、细...     

肺癌脑转移的治疗及预后

脑转移是肺癌晚期常见合并症，预后凶险。本文对我院1977年5月～1995年12月收治创肺癌脑转移59例诊治结果综合分析如下。1临床资料1．1性别与年龄：59例中男性49例，女10例男女之比为4．9：1。年龄35－70岁，中位年深58岁。年龄好发段为45－60岁，共35例，占59％。1．2临床表现：根据肺癌脑转移的首发症状和体征，可分为两大类：第一类首先表现肺部症壮和体征并确诊为肺癌，后出现颅内占位病变；穿二类首先表现为颅内占位病变的症状和体征后发现肺部病灶，称之为脑先行型肺癌。本经59例中，第一类17例，占28．9％；第M类42例占刀．2％。肺…     

肺癌脑转移综合治疗分析

目的探讨综合治疗同期肺癌脑转移的效果。方法对38例同期肺癌脑转移患者全脑放射治疗。颅内压及颅神经症状减轻后同时对肺原发灶进行放射治疗并结合其他方法治疗。结果全组放射治疗后颅内压增高症状及颅神经症状缓解率为94．7％，1、2年生存率为36．8％和13．2％，中位生存期为8个月（4～48个月），其中多发转移组1、2年生存率为29．4％和5．8％，而单发转移组生存率为52．4％和18．2％，两组的中位生存期分别为5．5个月和10个月。两组间差异有显著意义（X^2=10．76，P〈0．01）。结论对于同期肺癌脑转移患者，合理、积极的治疗仍能延长患者的生存期，提高生存质量。     

CD10在乳腺癌中的表达及其与患者预后关系的生物信息学分析及验证

目的 探讨CD10基因在乳腺癌中的表达及与患者生存期的关系.方法 使用在线分析功能检索生物医学数据库中CD10的基因表达水平.应用STRIN数据库分析CD10基因编码蛋白间互相作用网络.依据CD10在乳腺癌患者癌组织中的表达中位数分为高、低表达组,分析比较CD10高表达与低表达组患者总生存(OS)和无疾病进展生存(DF...     

肺癌脑转移的综合治疗临床分析

目的通过回顾性分析探讨影响肺癌脑转移治疗效果的预后因素。方法对66例非小细胞肺癌脑转移患者进行以全脑放射治疗为主,结合其他综合方法的治疗,将脑转移原发灶控制与否、脑外转移灶、单发或多发脑转移、化疗周期等因素进行多因素分析。结果所有患者经放疗后脑转移灶症状缓解率达80%,缓解期为2-50个月,中位缓解期为6个月;全脑放疗后CT或MRI显示脑转移灶局部控制率为22%;全组中位生存期6个月,1、2年生存率分别为25%和7.5%。经多因素分析显示生存率与多发脑转移、原发病灶未控呈负相关,而化疗4周期以上呈正相关。结论影响肺癌脑转移的主要因素是脑转移时原发灶控制与否、多发或单发脑转移、化疗周期数。治疗效果则由肿瘤的生物学特性、组织学、放疗敏感性、肿瘤负荷、位置、激素反应性和宿主的免疫状态决定。对原发转移、脑转移时原发灶的控制以及全身状况较好者,应采取积极的治疗。     

手术治疗大肠癌脑转移15例临床分析

目的探讨大肠癌脑转移的临床特征及其手术治疗转归。方法对我院2004年7月至2011年7月手术治疗大肠癌脑转移15例进行回顾性分析。结果大肠癌继发脑转移的中位年龄为56.5（41～73）岁,原发肿瘤与转移瘤的中位时间为13.4个月,其中合并颅外（肺、肝、骨）转移占60%,仅有脑转移的占40%。脑转移瘤主要表现为头痛、呕吐等颅内压升高症候群和偏瘫、下肢乏力、失语等定位症状以及癫痫等,颅内转移瘤以单发病灶为多见,占81%,位于幕上（枕叶、顶叶、额叶）者占42%,位于幕下（小脑）者占43%,转移瘤手术切除后中位生存时间为9.3个月,1年生存率为28.8%,5年生存率为7.1%。结论大肠癌脑转移临床已属晚期,预后欠佳,手术切除脑转移病灶可延长部分患者的存活时间。