一起水源性细菌性痢疾暴发疫情的病原学特征及溯源分析

目的 分析一起学校水源性细菌性痢疾暴发疫情中病例分离株之间及其环境分离株之间的病原学和分子分型特征及遗传相关性,追溯传染源。 方法 对疫情病例与外环境井水分离到的29株志贺菌进行分离鉴定、血清分型和药敏试验,通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析,探讨菌株间的相关性。 结果 疫情病例和外环境井水中分离的29株志贺菌均为宋内Ⅰ相,29株志贺菌耐药结果显示产超广谱β-内酰胺酶菌株占96.55%。PFGE方法显示有3种脉冲场凝胶电泳图谱,相似率在72.8%~100%之间,井水中分离的2株志贺菌与疫情病例分离的25株菌株之间100%同源。 结论 结合实验室结果和流行病学调查,可以证实该事件是一起因饮用和使用宋内志贺菌污染的井水而导致的细菌性痢疾暴发疫情。     

脉冲场凝胶电泳分型技术应用于宋内志贺菌溯源分析

目的：分析四川省成都市2006年崇州、大邑两地相继暴发的宋内志贺菌食源性感染疫情中病人分离菌株之间,及其环境分离菌株之间的分子分型特征和遗传相关性,推断传染来源。方法：收集两地疫情暴发期间分离的宋内志贺菌株,用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对菌株进行分子分型,所得结果用BioNumerics V4.0软件UPGMA方法进行聚类分析。结果：共测试56株菌,用XbaⅠ酶切后PFGE可分为14个带型。其中崇州菌株38株,有26株带型完全相同（包括1株环境株）;有37株菌分布于5种带型,其相似性在97%以上。大邑菌株18株,有10株带型完全相同;其余8株有7种带型,相似性较差。两地之间菌株分子分型差异明显,其相似性小于92%。结论：确证崇州、大邑两地确有宋内志贺菌食源性感染疫情的暴发,但两地之间无交叉传染关系;提示崇州的宋内志贺菌疫情是由食物凉拌菜引起;提示大邑本地有较高的宋内志贺菌流行水平和复杂的传染源。     

广西三起菌痢疫情病原药敏特性及分子分型

目的了解广西三起细菌性痢疾疫情中宋内志贺菌的耐药情况及其同源性。方法采用微量肉汤法对从三起疫情分离到的43株宋内志贺菌进行药物敏感性试验,根据最低抑菌浓度进行分析和判读。对菌株基因组DNA进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,利用Bio Numerics分析软件对图谱进行聚类分析。结果分离到的43株宋内志贺菌对氨苄西林、头孢曲松钠的耐药率均为100.00%,对甲氧苄啶/磺胺甲噁唑的耐药率为97.67%,对环丙沙星无耐药。43株宋内志贺菌可分为23个PFGE带型,带型的相似度为86.70%。结论三起菌痢疫情分离株的药敏特性高度一致,对青霉素类、头孢类(Ⅲ代)抗生素耐药严重;三个地区菌株具有高度同源性,说明存在同一克隆系的宋内志贺菌跨地区流行。     

上海市静安区儿童腹泻中分离的宋内志贺菌脉冲场凝胶电泳分析

[目的]研究上海市静安区2006～2008年儿童腹泻标本中分离的20株宋内志贺菌的耐药性和脉冲场凝胶电泳图谱特征。[方法]采用K-B法检测对16种抗生素的敏感性,并用WHONET5.3软件对菌株的耐药性进行分析。通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对菌株进行分子分型,通过同源性分析以确定菌株间的亲缘关系。[结果]20株宋内志贺菌对利福平和奈啶酸100%耐药,对四环素、氨苄青霉素、复方新诺明的耐药率≥85%。主要分为6种复合耐药型。19株宋内志贺菌被分成16个带型,聚类分析显示属于来源高度相似的克隆系。[结论]建立了本区的宋内志贺菌脉冲常凝胶电泳分析方法和初步带型数据库。宋内志贺菌存在多重耐药现象,抗生素型与基因型间无明确关系。     

广东省和广西壮族自治区部分地区2014-2016年宋内志贺菌病原学特征分析

目的 了解2014-2016年广东省和广西壮族自治区部分地区宋内志贺菌暴发分离株及散发分离株的病原学特征。方法 对2014-2016年广东省和广西壮族自治区柳州市分离的14株宋内志贺菌暴发菌株和6株散发菌株进行抗生素敏感性试验和PFGE分析,并选择其中6株代表菌株进行全基因组测序,与NCBI上获取的51株国内外宋内志贺菌的基因组进行遗传进化分析。结果 抗生素敏感性检测结果显示,试验菌株对氨苄西林、四环素、庆大霉素、复方新诺明和萘啶酸有较高的耐药性,对阿奇霉素、氯霉素和亚胺培南完全敏感。PFGE分子分型显示,不同地区不同来源的分离株之间PFGE指纹图谱有很高的相似度（93.2%）,基于全基因组的遗传进化分析显示,广东省和广西壮族自治区柳州市的宋内志贺菌分离株同处在一个进化分支上,与来自韩国的菌株亲缘关系最为接近。结论 广东省和广西壮族自治区部分地区分离的宋内志贺菌对常用抗生素具有较高的耐药性,对阿奇霉素、氯霉素和亚胺培南有较高的敏感性。试验菌株之间具有相似的PFGE指纹图谱,遗传进化关系相近。     

浙江省引起暴发的宋内志贺菌的耐药性及分子分型研究(2006)

目的：了解引起浙江省菌痢暴发的宋内志贺菌耐药性及分子分型情况，为流行病学溯源及合理有效使用抗生素提供依据。方法：77株志贺菌均按GB16002-1995标准进行鉴定分型，并采用Kirby-Bauer法检测其对14种抗生素的敏感性，并采用WHONET5．3软件，对菌株的耐药性进行分析。同时，通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对菌株进行分子分型，通过同源性分析以确定菌株间的亲缘关系。结果：77株宋内志贺菌对氨苄西林、利福平的耐药率最高，达100．0％，其次是红霉素98．7％；对诺氟沙星、环丙沙星最敏感，其敏感性高达98．7％。脉冲场凝胶电泳分型77株试验菌株共分为3个PFGE基因型，1型16株占20．8％，庆元、苍南菌痢暴发可能源于同一宋内志贺菌克隆系；2型34株占44．2％，常山、龙湾菌痢暴发可能源于同一宋内志贺菌克隆系；3型27株，均分离自江山，占35．0％。结论：宋内志贺菌是2006年引起浙江省菌痢暴发的主要菌型，多重耐药现象严重，基因型间差异较小，抗生素型与基因型间无明确关系。     

2006年四川省菌痢暴发疫情分子流行病学分析

目的 了解四川省2006年8起菌痢疫情的传染来源和传播链,为预测疫情和制定防治措施提供依据.方法 分析四川省2006年8起菌痢事件病原菌分子特征、菌痢暴发疫情分离的菌株与菌株之间,各疫情分离的菌株之间的遗传相关性;用PCR检测侵袭性质粒H抗原(ipaH基因)、志贺肠毒素1(Shigella enterotoxin 1,SET1)、志贺肠毒素2(SET2)、志贺菌增殖和侵袭相关的毒力基因(ial基因);脉冲场凝胶电泳(PFGE)对菌株进行分子分型,以BioNumerics V4.0软件UPGMA方法进行聚类分析.结果 8起菌痢疫情的20株痢疾SET2、ial、ipaH基因均为阳性,所有菌株的SET1基因均为阴性.对20株菌以Xba Ⅰ酶切后PFGE可分为4个型别.结论 同一暴发疫情分离菌株的PFGE型别相同,暴发疫情分离菌株都存在侵袭性致病大质粒;提示不同时间地点暴发的四川2006年8次暴发疫情可能有共同的传染来源;同一疫情来自相同的污染源;具有地区流行株的特性,应该加强监测,以控制进一步的暴发、流行.     

福氏志贺菌4c型暴发和散发菌株的脉冲场凝胶电泳分型

目的了解杭州地区福氏志贺菌4c型暴发菌株和散发菌株的分子分型特征。方法对2003和2005年杭州地区的2次食物中毒暴发分离的福氏志贺菌菌株（暴发1和暴发2,菌株数分别为13株和12株）和2005年1例散发腹泻患者分离的福氏志贺菌4c型离株（1株）进行生化鉴定和血清分型,PCR检测侵袭性抗原基因ipaH,改良Kirby-Bauer纸片法检测菌株的耐药谱及脉冲场凝胶电泳（pulse field gel electrophoresis,PFGE）进行分子分型。结果暴发1中分离的13株菌株均为福氏4c型,但检测的6株菌株间的PFGE图谱存在着相当的差异,Dice系数为0．78至0．92。暴发2中分离的菌株有10株福氏4c型和2株福氏x型,所有菌株的PFGE图谱几乎完全一致。暴发2分离株和暴发1的部分分离株可能存在着一定相关性（Dice系数大于0．8）,而散发菌株与2起暴发的绝大部分菌株间的距离较远（Dice系数小于0．8）。暴发1、暴发2的分离株和1株散发菌株对14种抗生素的耐药谱略呈差异,暴发2中分离的福氏4c型和x型菌株的耐药谱一致。结论PFGE能够很好地辨别福氏志贺菌4c型的两起暴发菌株和1株散发菌株。福氏志贺菌4c型菌株具有易变性,可在暴发流行过程中产生PFGE图谱的差异、血清亚型的转换、耐药谱的变化等。     

河南省2011-2014年D群宋内志贺菌病原学监测与分子流行病学研究

目的 分析2011-2014年河南省腹泻患者粪便中分离的216株D群宋内志贺菌毒力基因携带情况、耐药谱及代表性菌株的PFGE指纹图谱特征,为志贺菌病的病原学监测及暴发溯源提供基线数据与方法学参考。方法 采集腹泻患者粪便样本,SS平板分离培养18~24 h,采用克氏双糖铁(KIA)/动力-吲哚-尿素(MIU)与API20E系统进行生化鉴定,利用志贺菌分型血清进行玻片凝集;使用热裂解法制备DNA模板,采用多重PCR鉴定毒力基因种类。根据国际PulseNet细菌性传染病分子分型监测网络公布的宋内志贺菌PFGE分型技术方案进行PFGE分子分型与聚类分析。结果 216株D群宋内志贺菌中,98株为宋内Ⅰ型,118株为宋内Ⅱ型;各菌株均携带不同的毒力因子编码基因,包括SHET-1B、SHET-2、ial、ipaH,具有4种毒力基因组合类型;216株宋内志贺菌均为耐2种以上抗生素的多重耐药菌株,其中耐2~4种为34株(15.7%),耐5~8种为147株(68.1%),耐9~10种为24株(11.1%),耐11种为7株(3.2%),耐13种为4株(1.9%)。100株宋内志贺菌经XbaⅠ酶切与PFGE后共分为31种不同带型,相似度为68.6%~100.0%,各带型包含菌株数为1~13株不等。结论 2011-2014年河南省宋内志贺菌均携带致病性毒力基因,菌株耐药现象比较严重,其PFGE指纹图谱呈现多样性的同时又具有较显著的优势带型特点,部分带型与其对应的耐药谱具有一定的关联性与相同的聚集性。     

一起细菌性痢疾暴发疫情的病原检测及分子分型

目的:分析引起一起细菌性痢疾暴发疫情的宋内氏志贺菌菌株生化特征、抗生素抗性、毒力基因携带情况,并用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型、了解遗传相关性。方法:对该起疫情中分离的6株宋内氏志贺菌用K-B法进行药敏试验;用PCR方法检测其四种毒力基因携带情况;用XbaI酶切进行PFGE分子分型,结果用BioNumerics软件UPGMA方法进行聚类分析,观察菌株是否为同源株。结果:6株分离株对诺氟沙星、头孢噻肟、头孢噻吩、阿莫西林均敏感,对氨苄西林、庆大霉素、萘啶酸均耐药;6株菌均携带ipaH基因、均不携带set1基因,其中5株携带ial基因,其中3株携带sen基因;经XbaI酶切后产生同种带型,带型之间的相似性系数≥97.6%。结论:宋内氏志贺菌是引发此次疫情的病原,多重耐药,含毒力基因。菌株间遗传关系紧密,来自同一克隆群。     

由带菌者引起的3所学校食物中毒的溯源分析及药敏检测

目的对由肠炎沙门菌引起的3所不同区县的学校食物中毒分离菌株进行分子流行病学(PFGE)分析,查明爆发源头;同时了解菌株对15种抗生素的耐药状况。方法对该起食物中毒事件中分离的18株肠炎沙门菌,用xbaⅠ酶切进行PFGE分子分型,图谱用BN软件进行聚类分析,观察患者分离株之间和食品分离株、食品加工人员带菌者分离株的相似性;利用微量肉汤稀释法对肠炎沙门菌进行耐药性检测。结果从3所学校食物中毒患者分离的15株和食品中分离的2株、食品加工人员带菌者分离到的1株肠炎沙门菌指纹图谱用BN软件分析相似度为100%;18株菌均对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦、萘啶酸、红霉素、头孢唑啉耐药。结论 18株肠炎沙门菌为同一克隆菌株,结合流行病学调查结果判断为带菌者污染食品引起的食物中毒,引起该起食物中毒的肠炎沙门菌对萘啶酸耐药和对环丙沙星中度敏感提示临床用喹诺酮类治疗可能无效。     

江苏省2010年宋内志贺菌耐药相关整合子分析及分子分型研究

目的分析江苏省2010年宋内志贺菌的整合子分布及分子分型特征。方法对江苏省2010年分离的33株宋内志贺菌采用K-B纸片法检测抗菌药物敏感性,联合PCR和限制性片段多态性(RFLP)进行整合子分类和可变区检测,利用测序技术判断整合子可变区耐药基因,应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子同源性分析。结果宋内志贺菌多重耐药率为63.64%,对复方新诺明、四环素、萘啶酸和氨苄西林耐药率较高,分别为84.85%、75.76%、66.67%和63.64%。33株宋内志贺菌中51.52%的菌株检出I类整合子,其中4株可变区阳性,携带dfrA17-aadA5基因盒;81.82%的菌株检出II类整合子,携带dfrA1-sat1-aadA1基因盒;两类整合子同时存在时耐药性更为显著。PFGE图谱分为13个不同带型,同一带型菌株大多分散于江苏各地。结论整合子在宋内志贺菌中广泛存在,参与其多重耐药机制。多重耐药性在不同地区、不同克隆的菌株间扩散传播。     

一起宋内志贺菌引起的细菌性痢疾暴发病原学检测及分子溯源

目的:对淮南市发生的一起宋内志贺菌暴发疫情进行病原学溯源分析,并对菌株毒力基因和耐药谱进行检测。方法:采集2020年8月淮南市一起感染性腹泻暴发疫情相关水样、粪便,进行多重病原体核酸检测和分离培养,对分离的宋内志贺菌进行毒力基因PCR检测、微量肉汤法药敏检测、脉冲场电泳和全基因组测序溯源分析。结果:56份黏稀样粪便分离...     

农村寄宿制学校宋内志贺菌菌痢暴发及全基因组溯源分析

对陕西省3起寄宿制学校感染性腹泻暴发事件进行流行病学调查、病原分离鉴定及分子溯源分析,为科学指导临床诊断治疗及流行病学调查工作提供参考.方法 对陕西省3起寄宿制学校感染性腹泻事件开展现场调查,描述疫情三间分布,分析流行特征.采集病例肛拭子标本、剩余食物、环境及水源标本,进行病原分离鉴定.选择代表菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,全基因组多位点序列分型(MLST),单核苷酸多态(SNP)分析,预测毒力基因谱及耐药基因谱.结果 2017年8-9月报告的3起疫情共发病282例,以发热、腹泻为主,里急后重及粘液脓血便症状不明显,均为学生群体,性别间差异无统计学意义.病例肛拭宋内志贺菌检出率为62.22% (56/90),肛拭ipaH基因检测阳性率为69.70% (46/66),环境样本阳性率为12.31% (8/65);PFGE,全基因组MLST,SNP分析表明,3起疫情代表菌株不同源.毒力基因预测共有12种毒力基因.耐药基因预测有氨基糖苷类、甲氧苄啶类、磺胺类、β-内酰胺类、四环素类、大环内酯类的耐药基因.结论 陕西省3起寄宿制学校宋内志贺菌引起的细菌性痢疾暴发之间无直接关联,病原菌毒力基因谱与国内常见宋内志贺菌特征一致,存在多重耐药基因.     

深圳市志贺菌脉冲场电泳分子分型分析

目的 分析深圳市2001-2006年分离志贺菌菌株之间的相关性,初步建立志贺菌的脉冲场电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分子分型监测网络.方法 55株志贺菌基因组DNA经Xba Ⅰ酶切,通过PFGE获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析.结果 55株志贺菌被分为41种PFGE图谱,聚类分析显示32株细菌谱型属于同一个群,其余菌株谱型差异较大.结论 深圳地区存在遗传紧密相关的志贺菌流行克隆,也存在遗传不相关克隆.PFGE分子分型监测网络的建立,有助于细菌性痢疾的主动监测、暴发调查和传染源追踪.     

一起由宋内志贺菌引起的寄宿学校细菌性痢疾暴发病原学和流行病学分析

目的 对安徽省阜阳市某寄宿学校感染性腹泻暴发开展流行病学调查与病原学分析,为有效控制和处置疫情提供科学依据。方法 根据病例流行病学特征对2017年9月13-15日发病病例溯源假设进行检验,采集患者和厨师粪便、肛拭子、水样和食堂食品等进行致病菌分离与检测,对可疑致病菌进行生化鉴定、毒力基因检测、药敏试验、PFGE和多位点序列分型。结果 浅水井供水范围内宿舍楼的罹患率（3.41%）高于深水井（0.98%）,差异有统计学意义（χ²=17.215,P<0.001）。从患者样品中分离到16株宋内志贺菌,均携带ipaH基因且不携带set1基因,其中7株携带sen基因和ial基因。16株宋内志贺菌对氨苄西林、四环素、复方新诺明、头孢唑啉、头孢噻肟、庆大霉素、萘啶酸、链霉素高度耐药,9株宋内志贺菌对多西环素耐药。16株宋内志贺菌的PFGE带型相似度为100.0%,ST型均为ST152。结论 本次细菌性痢疾暴发的病原为宋内志贺菌,浅水井水可能为感染来源。     

福建省志贺菌PFGE分型研究

目的了解福建省志贺菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型情况,描述基因群的流行及分布特征,探讨优势血清群的变迁规律。方法收集2005-2010年志贺菌96株,分离自临床患者。选择NotⅠ进行酶切,H9812作为脉冲场凝胶分子量标准。采用脉冲场凝胶电泳技术分析电泳酶切指纹图谱,运用BioNumer-ics软件进行聚类分析。结果按照100%的相似度可将34株福氏志贺菌酶切图谱分为27种PFGE型别;将62株宋内志贺菌酶切图谱分为43种PFGE型别。根据TENOVER原则,福氏志贺菌有2个优势基因群G1-G2,宋内志贺菌有4个优势基因群GI-GIV。优势基因群集中分布于7～10月,其他PFGE型别分布比较分散,无明显时间和地区的聚集性。结论福建省志贺菌分子分型呈现多样性,宋内和F4c的某些基因群可能逐渐演变为福建省优势且稳定的志贺菌流行菌株。     

一起菌痢疫情实验室检测分析

目的查明某校食物中毒事件的原因,为有效控制和处置疫情提供技术支持。方法采集患者粪便、肛拭子、呕吐物;厨师粪便、肛拭子;留样食物和水样进行致病菌检测,对分离的可疑致病菌进行鉴定、药敏试验、PCR毒力基因检测和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型比较溯源。结果从患者样品中分离出13株宋内志贺菌;经PFGE分子分型证明13株菌为同一带型;所有菌株均带有ipa H基因,11株携带ial基因,3株携带Sen基因,均不带有Set1基因;分离株对磺胺耐药率最高为61.54%。结论结合实验室结果和流行病学调查,可证实宋内志贺菌是引起这次菌痢疫情的病原菌。     

某地3起沙门菌肠炎暴发疫情溯源分析

目的某地区1月内连续地发生3起由肠炎沙门菌引起的食源性疾病,应用脉冲场凝胶电泳分型技术对疫情分离菌株进行分析,为查找传染源和传播途径,控制疫情发展提供依据。方法运用限制性内切酶XbaⅠ,对3起疫情中分离的7株肠炎沙门菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,BioNumerics V4.0软件UPGMA方法进行聚类分析。结果 3起疫情中分离的7株肠炎沙门菌交叉分为3个基因型,其中分别从疫情1、2、3中的4株菌同属基因型1,分别从疫情1、2中分离的2株菌同属基因型2,从疫情1中分离的1株菌属基因型3。结论此地区1月内暴发的3起疫情分离菌株的PFGE型别具有相同的型别,提示该地1月内暴发的3起疫情有共同的传染来源。     

一起学校细菌性痢疾暴发疫情的病原追溯 和流行病学特征分析

摘要:目的　对学校发生的一起细菌性痢疾暴发疫情进行调查,并采用脉冲凝胶电泳（PFGE）方法对菌株进行同源性分析,为查找传染源、切断传播途径,提供参考依据。方法　开展现场流行病学调查,采用描述流行病学的方法对暴发原因进行分析,同时采集患者粪便、水样进行细菌学培养,运用PFGE对分离的菌株进行同源性分析。结果　此次暴发疫情的调查共发现病例60例,罹患率为10.12%,发病人群均为小学学生;从53例患者的粪便中共检出30例痢疾阳性病例,且菌群均为宋内志贺菌;水样检测发现2号水井及其旁边的水塘存在宋内志贺菌;对4份病例的粪便、2份水样进行PFGE分析,其结果显示,6份样本所检出菌株的电泳带型完全相同。结论　该事件是一起因饮用宋内志贺菌污染的水源而导致的细菌性痢疾暴发疫情。