DNA测序确认新等位基因HLA-DRB1~*1463

目的DNA测序确认1例HLA-DRB1*1463新等位基因。方法使用低分辨分型采用PCR-SSP分型技术,DNA测序采用等位基因特异性技术。结果新基因HLA-DRB1*1463序列与DRB1*140301相比,第2外显子区域有4个碱基发生突变,造成2个氨基酸发生改变。256位G>A、257位A>G、258位T>C,导致86编码子的氨基酸由Asp>Ser;286位C>A,导致96编码子的氨基酸由Leu>Iso。在大约4万例随机骨髓捐献者中未发现其它带有该基因的个体。结论该基因为HLA-DRB1的新等位基因,2006年10月30日被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*1463。     

序列分析鉴定新等位基因HLA-B~*1316

目的分析鉴定HLA-B位点的1个新等位基因。方法应用DNA序列分析常规PCR-SSO基因分型时发现的疑似HLA新等位基因,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果发现1个HLA-B位点分型结果异常的样本,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列不一致,与同源性最高的等位基因B*1302的差异,是在第3外显子区域中的第184位碱基发生了T→A的替换,导致第62位密码子由GTG→GAG,其编码的氨基酸由缬氨酸→谷氨酸。结论确认了HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*1316。     

新等位基因HLA-DRB1＊1462的核苷酸序列分析

本研究验证一个新的HLA等位基因DRB1＊1462的核苷酸序列。应用MR-SSO和MR-SSP基因分型技术对HLA分型,对怀疑是HLA新等位基因进行DNA测序。结果发现,该序列与已知的所有HLA-DRB1等位基因序列不一致,与HLA—DRB1＊140101的序列差异仅表现在第2外显子区域中256位碱基发生了G-〉A的替换,导致相应的氨基酸由丙氨酸变为苏氨酸。结论：该基因是HLA-DRB1位点的一个新等位基因,已经被WHOHLA命名委员会于2006年1月30日正式命名为HLA-DRB1女1462。     

中国汉族人群HLA新等位基因DRB1＊112802的确认

目的 识别确认中国汉族人群中的HLA新等位基因.方法 使用FLOW-SSO对骨髓库样本进行常规分型,发现一份样本DRB1位点的分型结果为DRB1*09,1109.用PCR-SBT方法对该样本进行确认,发现在外显子2有1个位置与数据库不相符.用组特异性引物分别扩增DRB1*09及DRB1*11基因,对外显子2进行双向测序,发现一个与DRB1*1128序列相近的新等位基因.分析该等位基因与DRB1*1128序列的差异.用EB病毒感染外周血B淋巴细胞,建立该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系.结果 该等位基因与DRB1*1128相比在外显子2有1个碱基的改变,碱基189A→G,导致密码子34 Q (CAA)→Q(CAG),该氨基酸是同义突变.成功建立了该等位基因的无限增殖化B淋巴细胞系.结论 该等位基因为新的HLA-DRB1等位基因,该基因序列已提交Genbank,注册号为FJ870104,已于2009年4月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*112802(上报编号HWS10006282).     

新等位基因HLA-A~*1127的确认和序列分析

目的识别确认临床样本中一个新的HLA等位基因。方法应用PCR-SSO,PCR-SSP基因分型技术对HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与最同源的A*1104的差异。结果该序列与已知的所有HLA-A等位基因序列不一致,与A*1104的差异表现在第3外显子区域中的核苷酸570 G→C,571 T→G导致氨基酸分别由谷氨酸→天冬氨酸,色氨酸→甘氨酸。结论该基因为HLA-A位点的一个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会于2007年8月正式命名为HLA-A*1127。     

HLA-B新等位基因B~*4069的确认

目的识别和确认中国人群的HLA新等位基因。方法使用PCR-SSO技术进行HLA分型工作,发现反应格局异常的新等位基因,采用DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析。结果检出1个样本HLA-B位点反应格局异常,DNA测序结果显示HLA-B位点的1对等位基因分别为B*5801和1个核苷酸序列与已知HLA等位基因均不同的新等位基因。该基因序列与同源性最高的HLA-B*400101基因序列相比在第2外显子区域中263位碱基发生C>T突变,导致64位编码氨基酸由苏氨酸(Thr)>异亮氨酸(Ile)。结论该等位基因为新的HLA-B位点等位基因,2006年9月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4069。     

HLA新等位基因DRB103:80的鉴定及其序列分析

本研究旨在分析鉴定中国人群HLA—DR位点1个新等位基因。应用LuminexPCR—SSO流式分型技术发现1例罕见等位基因组合样本,应用PCR-测序分型（sequence—basedtyping,SBT）及单等位基因特异性测序分型技术进行鉴定分析。结果表明,该样本DR位点1个等位基因序列与同源性最高的DRB1＊03：06等位基因相比,其第2外显子第239位核苷酸碱基由C→G,结果导致相应51位密码子编码的苏氨酸变为精氨酸。结论：确定了该样本含有1个HLA-DRB1新等位基因。该等位基因被WHOHLA因子命名委员会正式命名为DRB1＊03：80．     

新等位基因HLA-B^＊5812的认定

应用流式反向PCR-SSO和PCR-SSP基因分型技术发现可能的HLA新等位基因,对PCR产物进行HLA基因分型、DNA序列分析及克隆测序。发现一个样本的HLA-B位点结果异常,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因B*5801的差异在于第2外显子区域中的第69位碱基发生了G→T的替换,即"GCA→TCA",结果改变了第24位密码子编码的氨基酸,即"丙氨酸→丝氨酸"。判断该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,已于2006年4月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5812。     

中国人群HLA-DRB1＊1454等位基因和HLA-DRB1第3外显子鉴定意义

目的:在中国人群中鉴定人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)DRB11454等位基因,分析供受者HLA-DRB1第3外显子DNA序列信息对器官移植、细胞移植及人类遗传学研究的重要现实意义.方法:应用聚合酶链反应-直接测序分型方法对58例等待造血干细胞移植供受者进行人类白细胞抗原测序分型,1 268例广东地区随机健康供者采用聚合酶链式反应-序列特异寡核苷酸探针反向杂交法进行HLA-DRB1中高分辨基因分型,部分模棱两可结果采用聚合酶链式反应-序列特异引物PCR-SSPHLA-DRB14高分辨方法分型法.结果:在1 268例广东地区随机健康人群中检出HLA-DRB11403,1406,1410,1412,1418,1425和1454等位基因,HLA-DRB1401/1434/1454等位基因模棱两可结果的8例样本被确认为HLA-DRB11454等位基因,DRB11454等位基因可能是广东人群最为常见的HLA-DRB114 基因. 中国人群HLA-DRB114第3外显子存在多态性.结论:中国人群HLA-DRB11454等位基因确认了DRB1等位基因第3外显子多态性的存在,进一步明确了开展中国汉族人群及少数民族HLA-DRB1第3外显子检测的意义.     

新等位基因HLA-B~* 9537的确认和序列分析

目的识别并确认1个新的HLA等位基因。方法应用PCR-SSO,PCR-SSP基因分型技术对1份临床样本做HLA分型,对可能的HLA新等位基因进行分子克隆和DNA测序,分析与最同源的B*1504的差异。结果得到1份样本的序列与已知的所有HLA-B等位基因序列不一致,与B*1504的差异表现在第3外显子区域中的379G>C,409C>T,412G>A,419C>T,导致氨基酸分别由谷氨酸→天冬氨酸(E103D),苏氨酸→赖氨酸(T113K),谷氨酰胺→谷氨酸(Q114E)和丝氨酸→苯氨酸(S116F)。结论该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*9537     

由HLA-B位点SSP的异常格局发现HLA-C位点新等位基因

目的鉴定HLA-C位点的新等位基因。方法采用PCR-SSP进行HLA低分辨分型,引用DNA亚克隆加DNA序列分析,鉴定HLA-C位点的新等位基因。结果 PCR-SSP常规进行临床患者的HLA基因分型,发现1名患者B位点反应格局异常,但序列分析表明B位点2个等位基因无异常。进一步分析出现在B位点SSP异常反应格局中的额外特异性扩增片段,其碱基序列同源于C位点基因序列。测序分析发现该病例C位点存在1个新等位基因,比对分析表明新等位基因序列与Cw*031101相比较,第97位碱基由T→G,第105位由T→C,相应编码的第9位氨基酸由酪氨酸(Y)→天门冬氨酸(D)。但相应编码第11位氨基酸的无变化。结论 DNA测序表明被测标本含有HLA-C新等位基因,被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-Cw*0339。     

HLA新等位基因HLA-B*5145的确认

背景:作者在用美国onelamba试剂公司生产的HLA低分辨试剂进行分型实验时,将反应结果导入HLA数据分析软件,发现HLA-B位点反应格局异常,且阴性磁珠和阳性磁珠反应情况良好,但是分析软件并未给出相应结果,怀疑有新基因的可能.目的:发现和认定1个HLA新等位基因.方法:采集中华骨髓库造血干细胞捐献者血样,应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的新等位基因,PCR产物测序和DNA基因克隆测序,分析基因序列.结果与结论:PCR-SSO基因分型显示,供者HLA-A位点基因型为A*02XX,A*33XX;HLA-DRB1位点基因型为DRB1*1202,DRB1*1302,HLA-B位点反应格局异常,不能指定任何HLA-B位点的等位基因,提示B*44XX,B*53XX;90FN,91FP,调整不合理,故进一步用其他试剂(Dynal,PCR-SSO)分型疗法进行分析,也显示无法判定的结果.等位基因HLA-B*5145是HLA-B*5106的变异体,该基因和B*5106的差异在第3外显子的339位碱基A→G,引起相应编码氨基酸113位上的N(天冬酰胺,Asn)→D(天冬氨酸,Asp),346位碱基A→C,引起相应编码氨基酸115位上的Y(酪氨酸,Tyr)→S(丝氨酸,Ser),362位碱基A→G,则不引起相应编码氨基酸120位上的K(赖氨酸,Lys)的变化.该基因为新等位基因,2006-10被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名HLA-B*5145.     

HLA新等位基因HLA-B*35:155的确认

目的发现和认定一个人类白细胞抗原(HLA)新等位基因。方法应用多聚酶链式反应—基于测序的分型技术(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)进行HLA常规分型,HLA-B位点分型结果与等位基因B*35:03:01,51:01:01在112位有一个碱基不匹配,不能指定为任何HLA-B位点等位基因,用针对于B*35、B*51的序列特异性SSSP引物测序,确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异。结果测序结果表明该等位基因与其同源性最高的等位基因B*35:03:01的差异是在第2外显子112位的C>T,其突变导致密码子CGG>TGG,结果造成B*35:03:01氨基酸序列中14位的精氨酸(R)变为色氨酸(W)。结论该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,世界卫生组织(WHO)HLA命名委员会将其正式命名为HLA-B*35:155。     

新的HLA-A等位基因A~*0290的认定

目的确认1个中国人群中的HLA新等位基因。方法使用PCR-SSP和测序为基础的分型技术,分析确认HLA-A的新等位基因与A*02010101的差异。结果先证者HLA-A位点有1个等位基因的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因和A*02010101的差异在第2外显子区域的292位碱基C>G,导致74编码子CAC>GAC,编码的氨基酸由组氨酸(His)变成天冬氨酸(Asp)。结论该基因为HLA新的等位基因,2005年10月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*0290。     

HLA新等位基因B~* 13:92的确认及蛋白质三级结构的初步分析

目的:人类白细胞抗原(HLA)新等位基因B~*13:92的确认及蛋白质空间结构的分析。方法:应用多聚酶链式反应-基于测序的分型技术(polymerase chain reaction sequencing based typing,PCR-SBT)进行HLA常规实验分型,HLA-B位点分型结果与等位基因B~*13:01:01,B~*58:01:01在189位有1个碱基不匹配,不能指定为任何HLA-B位点等位基因,用针对B~*13、B~*58的组特异性测序引物(GSSP),确认与同源性最高的HLA等位基因序列的差异,使用SWISS-MODEL方法建立该新基因的空间模型并进行分析。结果:测序结果证实,该等位基因与其同源性最高的等位基因是B~*13:01:01,两者的差异是在第2外显子189位的CA,密码子39由GAC变为GAA,编码的氨基酸由天冬氨酸(D)转变为谷氨酸(E)。空间结构分析表明替代氨基酸位于抗原肽结合区α螺旋上。结论:该等位基因是在中国广西壮族人群发现的一个新HLA-B位点等位基因,世界卫生组织(WHO)HLA命名委员会将其正式命名为HLA-B~*13:92。     

新等位基因 HLA-B*40: 162 测序分析及确认简

本研究旨在识别并确认中国人群中HLA-B位点的一个新等位基因.应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因利用组序列特异性引物（GSSP）及单链测序基因分型技术进行测序,并与已知同源性最高的等位基因进行序列比对,分析二者差异.结果发现,有1个样本的HLA-B位点与目前已知的HLA-B基因序列均不一致,与其同源性最高的B＊40：06：01的差异表现在第2外显子272位碱基由C＞T,导致第67位密码子由丝氨酸变为苯丙氨酸.结论：确认该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已经被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊ 40：162.     

HLA新等位基因HLA-B*13:68的序列分析

目的:分析确认中国人群中HLA-B位点的1个新等位基因。方法:应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因采用组序列特异性引物(GSSP)进行测序,并与已知同源性最高的等位基因进行序列比对,分析二者之间的差异。结果:其中1例样本HLA-B位点与目前已知的HLA-B基因序列均不一致,与其同源性最高的HLA-B*13:01:01序列相比,第2外显子137位碱基TC,导致第22位密码子由苯丙氨酸(TTT,Phe)变为丝氨酸(TCT,Ser)。结论:该基因为HLA-B位点的新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*13:68。     

HLA-A新等位基因A*01∶01∶51的DNA序列分析

目的 分析HLA-A*01∶01∶51新等位基因的序列.方法 应用SBT基因分型技术,通过位点特异性PCR扩增和组特异性PCR扩增,对扩增产物进行HLA-A基因的第2、3、4外显子双向测序,将测序结果与数据库进行比对,确认突变的位置.结果 组特异性引物扩增结果显示A位点有2个等位基因,其中1个为A*02∶07∶01,另1个为新等位基因.经BLAST分析,新等位基因与HLA-A* 01∶01∶01∶01序列仅在第4外显子上有1个碱基不同,即第762位C→T,254位氨基酸CTC→CTT,氨基酸没有改变,仍为亮氨酸.新等位基因序列已递交Genebank(JX629459).结论 该HLA-A新等位基因于2012年9月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为A*01∶01∶51.     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因A~*2466

目的确认1个中国人群中的HLA新等位基因。方法使用PCR-SSO和测序为基础的分型技术,分析确认HLA-A位点新等位基因与A*2402010的差异。结果先证者HLA-A位点有1个等位基因与已知的HLA-A等位基因均不同,与同源性最高的A*2402010相比,在第3外显子处有4个碱基发生了改变,分别为579位的C>T,580位的C>G,582位的C>A,586位的T>C,最终导致2个氨基酸发生改变:113位的His>Glu,115位的Tyr>His,其中112位的密码子虽然发生了改变,但编码的氨基酸未发生变化,仍然为Tyr。结论该等为基因于2006年7月由WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*2466。     

DNA序列分析鉴定HLA-B新等位基因HLA-B~*4816

目的鉴定1个HLA-B位点新等位基因。方法应用PCR-SSO基因分型技术发现可能的HLA-B位点新等位基因,对PCR产物进行序列分析,确认与最同源的HLA等位基因序列的差异。结果发现一个样本的HLA-B位点结果异常,其核苷酸序列与已知所有HLA-B位点等位基因序列均不一致,与同源性最高的等位基因B*4801在第2外显子区域有1个碱基的差异:第187位碱基由A>T,这一突变使密码子63由GAG>GTG,导致编码的氨基酸由Glu>Val。结论该等位基因为HLA-B位点的一个新等位基因,2006年7月被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4816。