Mutations of mitochondrion DNA in mouse tumors

Objective： To ascertain the variations of mitochondrion DNA （mtDNA） in mouse tumors and to inquire into the relationship between mutations of mtDNA and carcinogenesis Methods： The variations of D-loop, ND3 and tRNA^Met＋Glu＋Ile gene fragments of mtDNA from six tumor cell lines of mice were analyzed by PCR technology with restriction fragment length polymorphism analysis （polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism, PCR-RFLP） and single strand conformation polymorphism analysis （SSCP-PCR） method. Results： ND3 and tRNA^Met＋Glu＋Ile gene fragments ofmtDNA from the tumors showed no variation in 27 endonuclease sites; D-loop ofmtDNA from Hca-F had an additional endonuclease sites of Hinf I in contrast to that of the inbred mouse. Deeply analyzed by PCR-SSCP, the D-loop ofmtDNA was found to possess mutations in 4 of 6 tumors. Conclusion： D-loop is the hot spot of tumor mtDNA mutation which can act as contributors to the carcinogenic     

6个近交系小鼠线粒体DNA D-Loop区PCR-RFLP分析

分析Ｔ７３９等６个近交系小鼠线粒体ＤＮＡＤ－Ｌｏｏｐ区的多态性,探讨近交系小鼠的遗传监测方法。方法：ＰＣＲ－ＲＦＬＰ技术,即ＰＣＲ技术结合限制性片段长度多态分析。结果Ｄ－Ｌｏｏｐ片段经ＨａｅⅢ、ＨｉｎｆⅠ、ＥｃｏＲⅤ、ＩＮＤⅢ、ＨｐａⅠ、ＢａｍＨⅠ、ＡｐａⅠ、ＮｄｅⅡ、ＸｈｏⅠ、ＸｂａⅠ内切酶消化后,Ｔ７３９、ＴＡ２、６１５、ＢＡＬＢ／Ｃ、Ｃ３Ｈ、Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ小鼠表现出完全相同的酶切栈局,未发     

几种肿瘤细胞株线粒体DNA多态性

目的了解和分析线粒体DNA突变与肿瘤发生发展的关系.方法应用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对Lewis肺癌等肿瘤细胞株mtDNA的D-loop,ND3 and tRNAMet Glu Ile基因片段进行了分析.结果mtDNA编码区的tRNAMet glu Ile及ND1基因核酸片段经HaeⅢ等16种内切酶消化后,这些肿瘤细胞株表现出完全相同的酶切图谱.而D-loop片段,小鼠肿瘤Hca-F出现了与对照小鼠不同的酶切方式;用PCR-SSCP分析方法对这些肿瘤细胞株mtDNA的D-loop的5'及3'端作进一步分析,在研究的6个肿瘤中,有4个在mtDNA非编码区上存在着突变.结论mtDNA突变在肿瘤的发生发展中可能起一定作用.     

高低转移小鼠肝癌细胞线粒体DNA遗传变异的研究

目的 检测和分析转移特性不同的两个小鼠肝癌细胞亚系线粒体DNA(mtDNA)的遗传变异,探讨线粒体DNA遗传改变与肿瘤发生发展的关系.方法 PCR-RFLP和序列测定技术.结果 对mtDNA的tRNA Ile GlN Met基因和ND3基因以及D-loop片段进行的扩增和限制性片段长度多态性分析结果 显示,无扩增片段长度呈多态性,且这两个肝癌细胞系mtDNA的所有限制性片段方式和大小完全一致.序列测定发现,这两个肝癌细胞系在线粒体DNA的 D-loop区存在序列差异.结论 mtDNA 非编码区内的遗传改变,反映了肿瘤发生发展过程中环境和遗传因素的影响,有可能与肿瘤细胞的恶性表型有关.     

云南滇南小耳猪与广西巴马小型猪mtDNA D-Loop的初步研究

目的研究封闭群滇南小耳猪与广西巴马小型猪线粒体DNA（mtDNA）的多态性,探索小型猪遗传监测的方法。方法用18种限制性内切酶对23头滇南小耳猪和21头广西巴马小型猪mtDNA D-loop的PCR产物进行RFLP分析。结果滇南小耳猪和广西巴马小型猪的mtDNA D—loop在品种内和品种间均表现出相同的酶切图谱,未见多态性。结论滇南小耳猪与广西巴马小型猪mtDNA D—loop的遗传多样性贫乏,mtDNA PCR—RFLP技术在其遗传监测中不具应用价值。     

Relationship between mutations of mitochondrial DNA ND1 gene and type 2 diabetes

Background Recent studies have indicated that many mutations in mitochondrial (mt)DNA NDI gene region are related to diabetes mellitus. In this study we explored the relationship between various mtDNA ND1 gene mutations and type 2 diabetes mellitus (DM) among Chinese. Methods Using PCR restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis and gene sequencing, 4 spots of mtDNA (nt3243, nt3316, nt3394, nt3426) were screened in 478 diabetics and 430 non-diabetic subjects.Results In diabetic group, there were 13 carriers (2.72%)of 3316 G→A mutation,12 (2.51%) of 3394 T→C mutation and 2 (0.42%) of 3426A→G mutation. In controls, only 3394 T→C mutation was observed in 2 subjects (0.47%). There was significant difference in the frequency of 3316 and 3394 mutation between two groups (P<0.05, respectively). More subjects with mitochondrial DNA ND1 gene mutations had DM family history and greater tendency of maternal inheritance when compared to those patients without mutation in diabetic group（P<0.01）. A 3426 mutation diabetic pedigree was studied, and we found 12 maternal members in the family had the same mutation. Conclusion mtDNA ND1 gene mutations at nt3316 (G→A), nt3394 (T→C) and 3426 (A→G) might contribute to the pathogenesis of DM with other genetic factors and environment factors.     

河南地方野生小鼠与近交系小鼠的扩增片段长度多态性分析

目的 从分子水平上阐明河南省兰考地区捕获的野生小鼠(LK)与4个小鼠品系(B6,BALB/c,DDK,PWK)之间的遗传差异及遗传关系,从而进一步确定该种野生小鼠的种属及培育野生来源近交系小鼠品系.方法 利用25对引物,对野生小鼠及4个小鼠品系进行扩增片段长度多态性(AFLP)分析.结果 检测到2035条扩增条带,多态性条带有507条,占总条带的24.91%,并且LK小鼠与PWK、DDK、BALB/c、C57BL/6J的遗传距离指数分别为0.01696、0.02790、0.02729、0.02759.结论 LK小鼠与PWK小鼠品系遗传关系最近,遗传距离指数最小;同时也证明了AFLP技术能够在物种鉴定、遗传背景分析及预测亲本杂交效果等方面具有明显的优越性.     

3个鼠源性肿瘤线粒体DNA编码区基因RFLP分析

目的了解线粒体DNA突变在肿瘤发生发展中的作用.方法应用PCR-限制性片段长度多态性分析技术对LA795、CT26和SCC891等3个肿瘤细胞系mtDNA编码区基因片段进行了分析.结果 mtDNA编码区的tRNAMet Glu Ⅰle及NDI基因核酸片段经HaeⅢ等16种内切酶消化后,这些肿瘤细胞系表现出完全相同的酶切图谱,其酶切格局及酶切片段大小完全相同.结论本组肿瘤细胞系mtDNA编码区基因结构相对稳定.     

联合高分辨率MRI和micro-CT评价桃红四物汤对兔股骨头坏死的修复作用

目的 比较上海地区常用近交系小鼠单核苷酸多态性(SNP)位点分型情况.方法 采用多重PCR-LDR检测技术,选取上海地区2家单位的10个近交系小鼠,对21条染色体上的44个SNP位点进行分型检测,同时,随机选取上海地区2个近交系品系作为双盲样本,对分型方案进行验证,差异位点利用测序法进行验证.结果 同一来源的10个近交系小鼠,同品系间SNP分型结果完全一致;不同种群来源6个品系SNP分型结果提示,BALB/c,FVB,DBA/2和C3H/He在44个位点上分型结果均相同,CBA和C57BL/6分别在7个和2个位点存在差异;差异位点经测序验证结果与SNP分型方案一致.结论 上海地区常用近交系小鼠中,同一来源的品系中SNP遗传质量具有良好稳定性和一致性,不同种群来源的相同品系间SNP分型存在差异.     

Analysis of the Relationship between Genome Diversity and Adult Survive Rate of Botryllus Schlosseri by AFLP

Objective:The self-cross colonial prochordate, Botryllus schlosseri (B. schlosseri) occupy a key phyiogenetic position in the evolution of vertebrates. To clarify the relationship of genome diversity and survive rate, five generations of B. schlosseri was investigated by amplified fragment length polymorphism (AFLP). Methods： AFLP markers are extremely sensitive to even small sequence variation, using PCR and high-resolution electrophoresis to examine restriction fragments. Results: AFLP polymorphism was high in the parent and lower in its F1. F2. F3 and F4. Each primer combination generated from 80 to mere than 120 bands, of which average 25.85% polymorphic loci in parent, 15.79% polymerphic among F1, 9.16% and 5.58% in F2, F3. The AFLP markers were transmitted from F1 to F2. F3 and F4 and inherited, segregated in expected Mendelian ratio. However, some of the markers were lost in F2, F3 and F4 while it disappeared in their mother. In addition, gene mutation-new loci and lost loci among F1, F2, F3 and F4 were observed. These special fragments were cloned and sequenced. Then, the genomic DNA was analyzed by Southern hybridization with the probes from these specific fragments and the mechanism of gene mutation was clarified.Conclusion:These results suggest that there are high frequency of polymorphic loci and mutation in genorne of B. schlosseri. Gene deletion or low diversity may be the reason for high rate of death of the offspring of inbred laboratory-reared strains.     

微卫星技术对近交系小鼠遗传质量的分析

目的对14个品系近交系小鼠24个微卫星座位进行遗传分析,以期用微卫星位点分析法区分不同近交系小鼠。方法通过Mouse Genome Informatics数据库确定合适的微卫星位点和引物,对近交系小鼠基因组DNA进行扩增,分析不同品系小鼠在所选微卫星座位的基因片段,与数据库小鼠品系数据进行比较,并对14个品系近交小鼠进行了DNA多态性分析。结果24个微卫星位点在不同品系的小鼠之间具有多态性,不同品系小鼠之间的遗传距离为0.045~1.526;在不同的亚系之间也有具有多态性。结论微卫星标记方法能区分不同的近交小鼠品系、近交小鼠亚系,为小鼠遗传质量的检测提供了一个快捷简便的方法。     

超氧化物岐化酶基因多态性与慢性阻塞性肺疾病易感性的关系

目的：探讨超氧化物岐化酶（SOD）基因多态性与慢性阻塞性肺疾病（COPD）易感性的关系。方法：收集70例COPD患者（COPD组）和70例健康人（对照组）空腹外周血,提取全血细胞DNA,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性法检测两组SOD1-3基因的多态性。结果：对照组与COPD组SOD1（CuZn-SOD）及SOD2（Mn-SOD）基因多态性无统计学差异,而在SOD3（EC-SOD）基因多态性方面有统计学差异（P＜0.05）。结论：SOD3（EC-SOD）基因多态性（C+760G,Arg213Gly）与COPD易感性有关,可能是COPD的易感基因。     

延吉市土壤中分离的棘阿米巴CJY/S3线粒体DNA限制性片段长度多态性

[目的]观察棘阿米巴土壤分离株CJY/S3的线粒体DNA限制性片段长度多态性.[方法]从棘阿米巴CJY/S3提取线粒体DNA,用EcoRI进行酶切,与广东地区土壤分离株CG/S1进行比较观察限制性片段长度多态性.[结果]延吉市土壤分离株CJY/S3与广东地区土壤分离株CG/S1具有相同的片段模式.[结论]延吉市棘阿米巴土壤分离株CJY/S3与CG/S1具有密切的亲缘关系,而线粒体DNA限制性片段长度多态性分析是棘阿米巴分类简便且有效的方法.     

白介素-1受体拮抗剂基因多态性与散发性帕金森病的关系

目的 探讨白介素-1受体拈抗剂(IL-IRA)基因多态性与帕金森病(PD)的关系.方法 本实验用PCR-片段长度多态性分析法检测了89例中国散发性帕金森病病人和67例正常对照的白介素-1受体拮抗剂基因多态性.结果 与对照组相比,PD组中IL-IRA基因VNTR多态性的A2等位基因有增加的趋势,但两者差异无统计学意义(P>0.05).帕金森病合并痴呆组(PDD组)中IL-IRA基因A2等位基因频率较非痴呆组(PDND组)有显著性增加(P<0.05),而且在PDD组中,IL-IRA基因A2/A2纯合子和A1/A2杂合子基因型频率较PDND组有显著性增加(P<0.05).结论 IL-IRA基因多态性可能与我国人散发性帕金森病的发病无关,而与帕金森病并发痴呆发病过程中有关.     

儿茶酚胺氧位甲基转移酶基因多态性研究

为分析中国汉族人儿茶酚胺氧位甲基转移酶 (COMT)基因多态性 ,用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性 (PCR RFLP)技术分析了 53名正常中国汉族人COMT基因 1 94 7位点的多态性 ;并对NIaⅢ内切酶酶切后有异常带出现的标本PCR产物直接进行序列分析。发现中国汉族人COMT基因的A 1 94 7位点的频率为 0 .2 8;基因型G/G、G/A与A/A的频率分别为 0 .51 ,0 .4 2和 0 .0 7;并发现了C1 883/G和G1 966/T 2个多态性位点     

维生素D受体基因多态性与中国汉族人群泌尿系结石易感性的相关性研究

目的：探讨中国汉族人群中维生素D受体(vitamin D receptor, VDR)基因ApaI(rs7975232)、BsmI(rs1544410)、TaqI(rs731236)、FokI(rs2228570)多态性与尿石症的关系。方法：尿石症患者212例和对照组250例纳入本研究。采用聚合酶链式反应限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism, PCR-RFLP)方法分析了VDR基因的4个多态性位点。结果：所有多态性位点在病例组与对照组中均符合遗传平衡定律。两组中BsmI和FokI位点多态性与中国汉族人群尿石症易感性相关。携带BsmIb等位基因者,其尿钙排泄水平明显升高。结论：BsmI和FokI位点基因多态性与中国汉族人群尿石症的发生相关,BsmI的b等位基因与尿石症患者的高尿钙排泄有关。     

E-选择素第2外显子G98T基因多态性与血脂关系的研究

目的研究E-选择素(E-selectin)基因多态性与健康人群血脂谱改变的关系.方法随机选择230例湖北地区无血缘关系健康汉族人群,用聚合酶链反应限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术检测其E--selectin基因型,分析各基因型对血脂、脂蛋白、载脂蛋白的影响.结果正常汉族人群中E-selectin基因型以GG型发生频率最高(91.7%),男女间差异不显著,且基因型间血脂水平比较无统计学意义(P＞0.05).结论在汉族人群中存在E-selectin基因多态性,且与血脂水平无相关性(P＞0.05).     

实验用西藏小型猪线粒体DNA控制区变异类型及其血液指标比较研究

目的 分析实验用西藏小型猪线粒体DNA控制区碱基序列变异分化类型,比较血液生理生化指标的差异,为实验动物新品种的培育奠定分子遗传学基础.方法 采集59头西藏小型猪血液,分别进行全基因组DNA提取、线粒体DNA控制区的扩增、测序并分类,同时进行血液生理生化指标的测定和比较研究.结果 根据串联重复区重复片段的变化,西藏小型猪线粒体DNA控制区分为A、B两种类型,分别占57.6%和42.4%,几乎与5'端序列在305、500和691的三个主要转换位点的变化相对应.A、B两类西藏小型猪18项血液生理生化指标统计结果显示,红细胞数(RBC)差异(P<0.01)有统计学意义,其他指标差异均无统计学意义.结论 根据线粒体DNA控制区序列碱基变异,西藏小型猪分为两个类群,两个群体之间红细胞数存在明显差异.

Abstract：

Objective To analyze the mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop region sequence variation in Tibet Mini-Pigs in relation to the blood parameters and provide the molecular genetic basis for developing new species of laboratory animals.Methods The genomic DNA was extracted from the whole blood samples of 59 Tibet mini-pigs to amplifying the mtDNA D-loop for sequence analysis. Nine physiological and nine biochemical blood parameters of Tibet mini-pigs were measured .Results Based on the variation of the tandem repeat motif, the mtDNA D-loop region of Tibet mini-pigs was classified into two types, namely type A and B with the percentage of 57.6% and 42.4%, respectively, roughly matching the 3 transform sites (305, 500, 691) at the 5' end. In the 18 blood parameters, only red blood cell count showed significant differences between types A and (P<0.01). Conclusion Based on the sequence variation of the mtDNA D-loop region, Tibet mini-pigs can be divided into two types that show a significant difference in red blood cell count.     

E-钙粘蛋白基因多态性与陕西地区食管癌的关联研究

目的:探讨CDH1基因启动子区C-160A单核苷酸多态性(SNP)对食管鳞状细胞癌(ESCC)发生、淋巴结转移及预后的影响.方法:采用病例-对照研究,以聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)的方法,分析218例ESCC和218名健康对照者的CDH1C-160ASNP分布情况.结果:ESCC组的CDH1基因启动子区C-160A多态性基因型和等位基因型分布与健康对照组显著性差异(P<0.05).根据吸烟状况分层分析发现,CDH1的基因型及等位基因型频率在吸烟及非吸烟的患者和健康个体中均有显著性差异(P<0.05).根据有无淋巴结转移进行分层分析表明,CDH1基因多态性在有淋巴结转移组和无淋巴结转移组之间无显著性差异(P>0.05),所以CDH1C-160A基因多态性与淋巴结转移的风险性无关.结论:CDH1C-160A多态性基因型和等位基因型与ESCC的发生和发展相关,CDH1C-160A多态性与ESCC患者淋巴结转移和预后无关.     

西藏小型猪线粒体D-loop区及微卫星多态性的遗传学分析

目的通过分析西藏小型猪线粒体控制区(D-loop区)及微卫星位点的遗传多态性,检测西藏小型猪的遗传背景,从而为其作为实验动物提供分子生物学方面的可靠依据。方法利用特异性引物对西藏小型猪的线粒体D-loop区及10个具有多态性的微卫星位点进行扩增,割胶纯化并对线粒体D-loop区进行测序,另外采用聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法分离微卫星位点的等位基因。结果西藏小型猪线粒体D-loop区全序列没有多态性,微卫星位点则具有高度的遗传多态性和杂合度,分别为0.584和0.573。结论西藏小型猪线粒体基因组无多态性,证明其在母系进化和遗传上与其他猪种较为一致,本实验所用的西藏小型猪生长于一个封闭的环境,导致其微卫星位点遗传多态性的中低度水平。