鼠疫菌102kb基因座一端IS100的缺失与pgm+稳定性的研究

目的 了解鼠疫菌102kb pgm基因座一端IS100的缺失与pgm~1稳定性的关系。方法 采用聚合酶链式反应(PCR)扩增国内各型鼠疫菌102kb pgm基因座色素沉着这一端IS100的片段,并选择克隆测序分析。结果 通过PCR扩增,其中只能扩增出约2560bp左右条带的生态型,也就是其102kb pgm基因座色素沉着这一端IS100的片段缺失,除锡林郭勒高原布氏田鼠型,还有北天山东段型、北天山西段A、B型,其pgm~ 表型非常稳定;而有一部分菌株的扩增结果为阴性另一部分菌株扩增出4492bp条带的生态型,扩增出4492bp条带的菌株102kb pgm基因座色素沉着这一端有IS100,结果为阴性的菌株其整个102kb pgm基因座可能已经丢失,此种情况包括祁连山型,青藏高原型,冈底斯山型,滇西纵谷型等,其pgm~ 表型表现出不稳定。结论 鼠疫菌102kb pgm基因座一侧缺失IS100的菌株,可具有较稳定的pgm~ 表型,而鼠疫菌102kb pgm基因座两侧有IS100的菌株,pgm~ 表型不稳定。     

中国鼠疫耶尔森菌的分子生物学特征与遗传学意义

目的 根据中国鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的分子生物学特征分析其遗传背景。方法利用实验研究中rRNA基因指纹图(ribotyping)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、随机扩增DNA多态性(RAPD)及插入序列(IS)等方面工作的原始数据,通过聚类分析等统计学手段,探究中国鼠疫菌株间的遗传学距离,分析各种方法作为鼠疫菌分子识别特征的意义。结果 rRNA基因指纹图型与脉冲场电泳型之间是相对应的,但同属于7拷贝rRNA基因的田鼠菌株与西藏仲巴菌株,其间的遗传学距离,却较6拷贝rRNA基因的菌株还远。而随机扩增型与rRNA基因型之间对应关系较不明确,有较多的例外情况。用相似值可以表示这些菌株之间的遗传距离。结论 中国的鼠疫菌具有多种独特的分子生物学特征,其中新疆灰旱獭疫源地和西藏南部冈底斯山地理环境复杂,有较多的自然屏障,使鼠疫菌在流行过程中,限于局部地区,各自独立进化,产生了相互混合存在的多种基因类型。     

一株缺失pMT1质粒鼠疫菌的全基因组序列分析

目的通过基因测序及生物信息学分析,确定O-1菌株基因组的一般特征及与参考菌株的差异,确定O-1菌株的pMT1质粒是否整合至染色体以及可能的整合机制。方法提取O-1鼠疫菌株的全基因组DNA,进行测序组装,获得全基因组序列及圈图;通过与参考菌株比较来描述基因组一般特征;通过序列比对(Blast/Mauve)确定整合位点,再通过引物设计和PCR扩增来验证整合位点。结果 O-1菌株基因组包括一个染色体,两个质粒(70.3Kb,9.6Kb);O-1菌株染色体基因数目与CO92菌株有差异,染色体的插入序列(尤其是IS100和IS1541)较CO92菌株多;O-1菌株质粒与CO92菌株很相似,但O-1菌株无独立存在的pMT1质粒。pMT1质粒序列位于O-1菌株染色体中,从1429315至1526240,序列长度为96926bp;且整合位点被PCR扩增证实;O-1菌株pMT1质粒序列含有5个IS序列;pMT1序列的插入位点处于O-1染色体的非编码区。结论 O-1菌株的pMT1质粒整合至染色体,而且是完整序列整合。O-1菌株染色体特征与CO92有差异,且插入序列较多。IS1541A介导的同源重组可能是pMT1质粒整合至染色体的原因。     

四川省石渠县青海田鼠鼠疫耶尔森菌营养需求

鼠疫菌是典型的异养菌 ,不同自然疫源地的鼠疫菌表现有不同的营养需求 ,为了查明四川省石渠县鼠疫自然疫源地青海田鼠鼠疫菌的营养特性 ,我们对从青海田鼠体内分离的鼠疫菌做了营养鉴定 ,现将结果报告如下。1　材料与方法1 1　菌株　实验菌株来源于四川省石渠县俄多玛乡青海田鼠鼠疫菌 19株 ,内蒙古阿巴嘎旗布氏田鼠、长爪沙鼠鼠疫菌各 1株 ,青海省共和县、称多县、都兰县喜玛拉雅旱獭 ,腹窦纤蚤鼠疫菌 3株、鼠疫菌141、ＥＶ和假结核菌 0 5各 1株 (表 1)。1 2　最小培养基　选用Ｌａｗｔｏｎ配方[3 ] ,氨基酸浓度 (ｍｇ/ｌ)为ＤＬ -苏氨酸 6…     

新型鼠疫疫源地鼠疫菌毒力试验

鼠疫菌的毒力是决定动物鼠疫流行强度及预测流行阶段的重要标志之一.我们用布氏田鼠和喜马拉雅旱獭菌株做对照,对青海田鼠型3株鼠疫菌进行了毒力测定.     

中国脑膜炎奈瑟菌中插入序列1301的分布与分子流行病学研究

目的 研究中国脑膜炎奈瑟菌(Nm)中插入序列IS1301的分布与分子流行病学特征.方法 设计IS1301引物,应用PCR方法检测2007年1月至2008年10月收集全国16个省、市、自治区219株Nm菌株的IS1301,对IS1301扩增产物进行DNA测序和序列比对,PCR扩增IS1301阳性菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析及核酸印迹杂交,研究不同Nm菌株中IS1301的分布特征.结果 219株Nm菌株中,34株携带IS1301(15.53%),A、B、C群和不可分群的Nm菌株IS1301阳性率分别为11.11%、20.75%、6.17%和28.57%;IS1301扩增产物测序结果与GenBank登记编号ZA9092.1的Nm菌株序列相似度为94%～100%,进化树分析可分为两簇;C群Nm菌株与其他血清群菌株IS1301序列存在较大差别;研究的Nm菌株基因组中至少存在6～17个IS1301拷贝,相同PFGE带型Nm菌株所携带的IS1301拷贝数具有多态性特征.结论 IS1301在中国Nm菌株中的分布具有遗传多态性.     

鼠疫耶尔森菌遗传学研究进展

染色体、质粒作为鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的遗传基础,决定着鼠疫菌的生物学特征及致病力.在现有的鼠疫菌全基因组序列中,各型菌株基因组都表现出G+C含量偏差、存在丰富的插入序列、大量的假基因及频繁的基因重组等特征,这些都是鼠疫菌迅速进化的关键.鼠疫菌遗传学通过基因组学、比较和进化基因组学的研究,确定鼠疫菌对人体的毒力因子和致病机制,探索鼠疫菌致病性和进化的遗传学机制,从而为鼠疫的流行监测及疫苗研制等防治工作提供科学的理论依据.     

河北省鼠疫菌CRISPR基因分型及流行病学分析

目的对河北省鼠疫菌株进行规律聚集间隔短回文重复序列CRISPR)基因分型。方法利用聚合酶链式反应(PCR),采用3对CRISPR引物,对河北省分离的128株鼠疫菌进行扩增,测定扩增产物核酸序列并进行分析,确定河北省菌株CRISPR基因型。结果 128株鼠疫菌在3个CRISPR位点上有8种间隔序列,包括al、a2、a3、b1、b2、c1、c2、c3,分为2个基因型。118株鼠疫菌株为Cb2型,另外10株鼠疫菌均为新基因型(命名为Cc△1型)。结论通过CRISPR分析显示河北省鼠疫菌株遗传进化比较稳定,建立了CRISPR基因库,为鼠疫菌种群遗传进化和鼠疫防控的研究提供参考。     

鼠疫耶尔森菌的多重PCR检测方法

目的研究一种快速、特异的检测鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的多重聚合酶链反应(PCR)方法。方法选用针对鼠疫菌F1抗原基因、pla基因、inv基因和一段鼠疫特异染色体序列设计的4对引物,以鼠疫菌及其他肠道致病菌DNA为模板并加入内部对照模板,在同一扩增体系中进行PCR扩增。结果鼠疫菌DNA模板可扩增出预期产物,而其他菌株只能扩增出内部对照模板的片段。结论多重PCR方法具有较高的特异性。可迅速、有效地将鼠疫菌与其他肠道致病菌相鉴别,也可应用于鼠疫监测。     

鼠疫耶尔森氏菌IS 1541的研究

目的：研究鼠疫耶尔森氏菌的插入序列ＩＳ １５４１的插入位点的特性。方法：用一条锚定的ＩＳ １５４１内部锚定引物和一条随机引物进行ＰＣＲ扩增;核酸分子杂交技术;克隆;测序。结果：１４株鼠疫菌的扩增普谱基本相同,杂交图谱差异,可分成３种类型。克隆、测序其中一个片段,其序列仅在两端的引物区与ＩＳ １５４１同源,而与Ｅ．ｃｏｌｉ Ｋ－１２ ＭＧ １６５５的ｐｒｌｃ基因同源性较高。结论：ＩＳ １５４１在鼠疫     

利用插入序列IS285对云南玉龙鼠疫耶尔森菌进行初步分析

目的了解新发现的玉龙鼠疫菌的遗传特征，分析其与中国各型鼠疫菌的亲缘天系。方法根据鼠疫菌C092株基因组DNA中的6个IS285位点设计引物，利用聚合酶链反应（PCR）对五龙鼠疫菌及我国其他各型鼠疫菌进行分析，通过SPSS软件对结果进行聚类。结果与CO92相比，我国鼠疫菌的某些IS285位点存在变异。5株玉龙鼠疫菌中有4株结果一致，另1株的一个位点发生变异。通过6个位点的PCR，可以将我国鼠疫菌聚为8类。所研究的5株玉龙鼠疫菌分别属于2种聚类，其中4株与滇西纵谷型、滇闽居民型及大部分灰旱獭菌株、全部喜马拉雅旱獭菌株聚为一类。结论对玉龙鼠疫菌的遗传特征获得初步了解，提示玉龙菌株在我国鼠疫菌传播演化过程中可能具有较重要地位．     

复合探针荧光定量PCR法检测鼠疫耶尔森氏菌的实验研究

目的建立用复合探针荧光定量PCR快速检测鼠疫耶尔森氏菌的方法。方法研究根据鼠疫耶尔森氏菌pla基因的核苷酸序列设计特异引物,通过PCR法的特异性、灵敏度和重复性研究,建立了复合探针荧光定量PCR检测鼠疫耶尔森氏菌的方法,用于鼠疫的筛选和诊断。结果该检测方法的特异性为100%,最低可检出10个拷贝的质粒DNA分子,可对1×101~1×106拷贝范围内的模板进行定量,最低可检测至1×102cfu/ml细菌。该方法的精密度好,阳性质控品和阴性质控品不同时间测定3次及同一时间5次重复实验结果Cv值均<5%。结论本研究建立的复合探针实时荧光定量PCR检测鼠疫耶尔森氏菌的方法,可对鼠疫耶尔森氏菌进行快速检测、准确辨别和早期诊断,对鼠疫的早期快速诊断具有重要意义。     

青海省2004年人间鼠疫分离株基因分型及流行病学意义

目的探讨鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）基因分型在鼠疫暴发中的流行病学意义.方法根据已经证实的23个差异区段设计引物,对2004年青海省人间鼠疫流行期间分离到的13株鼠疫菌进行PCR扩增.结果13株鼠疫菌可分为4个基因组型,即Genomovar 8、10、15和16.其中囊谦的8株菌全部为Genomovar 10;乌兰的2株菌分别为Genomovar 8和15;祁连、曲麻莱、称多的3株鼠疫菌的基因组型均为Genomovar 16.结论鼠疫菌基因分型是鼠疫疫情暴发流行病学调查的有力工具.     

鼠疫耶尔森菌TaqMan探针实时荧光定量PCR快速检测

目的 建立一种快速检测鼠疫耶尔森菌的方法.方法 以编码F1抗原的基因caf1为靶序列,人工合成基因序列,制备重组质粒作为鼠疫耶尔森菌检测的标准样品;用实时荧光定量聚合酶链反应(fluorescent quantitative polymerase chain reaction,FQ-PCR)技术,针对pMT1质粒上的caf1基因设计引物和TaqMan荧光探针,进行实时FQ-PCR检验,评价该方法的准确性、敏感性及特异性.建立鼠疫耶尔森菌TaqMan探针实时FQ-PCR检测方法.结果 本研究成功构建了质粒pUC57-caf1,引物、探针特异性良好,标准曲线在5.03×102～5.03×107拷贝数之间,具有较好的线性关系,相关系数1.0.实时FQ-PCR检验最低可检测出5.03×102拷贝数的重组质粒,灵敏度比普通PCR高100倍.特异性检测试验可选择性检测出鼠疫耶尔森菌,与其他细菌无交叉反应,结果与普通PCR一致.对同一浓度的重组质粒进行15个平行样品的重复性试验,Ct值标准差为0.28.结论 建立TaqMan探针实时FQ-PCR检测技术,能够快速、准确、特异的检测鼠疫耶尔森菌,为鼠疫监控、诊断提供技术支持.     

青藏高原鼠疫耶尔森菌基因型分布

目的研究青藏高原鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）基因组型分布特征.方法对分离到的青藏高原鼠疫菌297株,根据已经证实的22个差异区段设计引物,每株鼠疫菌的每个基因差异区段都采用PCR技术进行验证.结果在喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地中,鼠疫菌基因组型有9种,分别为1、5、6、7、8、10、11、新基因组型和Ype-ancestor型,其中以5、8和10型为主,3种基因组型合计所占比例为80.6%（204/253）,而且不同地区鼠疫菌基因组型的分布也不一致.青藏高原青海田鼠鼠疫疫源地鼠疫菌基因组型全部为14型.结论青藏高原鼠疫菌基因组型分布具有明显的地理特征.根据基因组型的分布状况推测出了鼠疫菌在青藏高原的传播路径.     

我国鼠疫耶尔森菌Pgm特征的研究

目的　对从我国不同类型疫源地分离的鼠疫菌进行色素沉着因子 (Pgm )表型的分析。方法　用氯化血红素培养基或刚果红培养基培养鼠疫菌 ,对不同颜色的菌落进行计数 ,计算鼠疫菌Pgm的阳性率。 结果　我国 10个疫源地的 16个生态型和新发现的四川青海田鼠型 ,除昆仑山A、B型外 ,其他各型的菌株均含有Pgm+ 菌 ,以青海田鼠型、锡林郭勒高原型、北天山东段型、北天山西段A型、北天山西段B型菌株的Pgm+ 率为高 ,Pgm+ 菌株 >90 %。结论　青海田鼠型、锡林郭勒高原型、北天山东段型、北天山西段A型、北天山西段B型菌株的Pgm+ 表型稳定。     

浙江省2005年鼠疫病原和血清学检测结果分析

目的了解我省鼠疫历史流行区是否存在动物鼠疫的流行。方法在监测区内捕获活鼠并收集死鼠，活鼠采血用放免、血凝、酶标及胶体金方法检测鼠疫F1抗体；鼠脏器用压印法分离鼠疫菌，用多重引物PCR的方法检测鼠疫的基因片段。结果我省首次用间接血凝试验（微量法）从3份鼠血清中检出鼠疫F1抗体，用多重引物PCR的方法从3头鼠脏器中检出鼠疫菌caf 1基因片段。结论我省的部分鼠疫历史流行区存在动物鼠疫复燃的可能，要加强鼠疫的监控工作。