河南省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 分析河南省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的变异情况,了解其变异现状及特点。方法 对35株甲型H1N1流感病毒毒株提取病毒总RNA,设计引物运用RT-PCR技术扩增编码NA蛋白的基因序列,测序分析核酸序列并用MEGA4.1软件构建进化树,用BLAST进行比对分析。结果 分离株NA基因316位G/A和742位A/G(N端106位V/I和248位N/D)发生变异,2个突变位点同时存在;同时,通过BLAST分析,发现我国多个省份和亚洲其它多个地区病毒株NA基因存在945位A/G和1 338位T/C突变,进化树分析发现,这两个位点的突变可能来自于中国猪-人之间相互感染。结论 甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因在中国内地传播期间个别核酸位点发生了突变,其氨基酸抗原区有一位点发生变异(106 V/I)。     

长沙市甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因序列分析

目的对长沙市甲型H1N1流感病毒A/changsha/78/2009的神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进行测序分析,以期了解该病毒的来源及变异情况。方法利用国家流感中心（CNIC）和世界卫生组织（WHO）推荐的NA基因测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对2009年长沙市甲型H1N1流感患者阳性鼻咽拭子标本（A/changsha/78/2009）进行测序,测序结果提交至GenBank并利用Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对和进化树分析。结果 A/changsha/78/2009 NA基因GenBank登录号为：GQ463958.1,与瑞典斯德哥尔摩甲型H1N1流感病毒分离株A/Stockholm/37/2009（H1N1）核苷酸同源性为100%;进化树分析显示A/changsha/78/2009 NA基因属于欧亚猪流感分支,包含A/changsha/78/2009在内的甲型H1N1流感病毒与A/swine/Spain/WVL6/1991（H1N1）亲缘关系近;A/chang-sha/78/2009与A/swine/Spain/WVL6/1991 NA基因均有7个潜在糖基化位点,A/changsha/78/2009 NA基因未发生H274Y位点突变。结论包含A/changsha/78/2009在内的甲型H1N1流感病毒NA基因可能来源于欧亚猪流感病毒,A/changsha/78/2009病毒对神经氨酸酶抑制剂类药物敏感。     

2009-2011年杭州地区甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因的遗传进化分析

目的了解2009年7月以来杭州地区甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因(NA)的变异情况,分析其遗传进化特征。方法在流行季节采集发热病人咽拭子样本,经病毒分离培养及亚型鉴定后,用特异性引物扩增NA基因,测序并分析其遗传进化特征。结果 2009年7月至2011年3月,共检测监测样本1 898份,流感病毒阳性率为37.9%。期间经历了两次甲型H1N1流感病毒流行高峰。各时间段分离株间NA基因高度同源,序列相似性97.9%~100%,但2010/2011年流行株在进化树上分为两支,且与2009/2010年流行株遗传距离相对较远。进一步分析后发现,虽然耐药位点、酶活性位点及其附近氨基酸相对保守,但多个氨基酸变异发生于抗原决定簇上,且增加了NA蛋白茎部第42位糖基化位点。结论结果预示着酶抑制剂类药物对预防和治疗甲型H1N1流感病毒仍将有效,但在开发新疫苗时应该尽可能的避开已经发生漂变的抗原决定簇。     

苏州市甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因的分子演变和遗传特征分析

目的 探讨新型H1N1流感病毒从2009年在苏州出现至2011年基本消失的整个过程中,苏州分离株的神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)的分子特征及其基因变异和发展规律.方法 提取苏州分离株的RNA,以WHO推荐的引物扩增NA基因并测序.以WHO推荐的季节性H1N1和新型H1N1疫苗株为参照,采用生物信息学软件对苏州毒株的NA进行详细的分子特征分析,并与全球及全国的代表性毒株进行序列进化分析.结果 与疫苗株相比,5株苏州株的核苷酸序列同源性均值为99.64％,氨基酸序列同源性均值为99.36％.5株苏州株中都没有发现抗原位点的改变,但4株在耐药性相关位点附近出现N248D突变,还有1株2011年株增加了1个新的潜在糖基化位点.结论 首次详细分析了苏州地区2009年以来H1N1型流感病毒NA的分子特征,表明苏州毒株出现了一个新的潜在糖基化位点,但抗原性和药物敏感性均保持稳定.     

2009-2017年烟台地区甲型(H1N1)pdm09流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 分析2009-2017年烟台地区甲型（H1N1）pdm09流感病毒流行情况及神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进化特征。方法 收集2009年8月~2017年8月烟台地区两家哨点医院流感样病例咽试子标本10 236份,狗肾细胞（Madin-Darby canine kidney cell,MDCK）分离流感病毒,血凝抑制实验进行病毒分型。选取甲型（H1N1）pdm09流感毒株43株,扩增NA基因全序列并测序,应用分子生物学软件分析其遗传变异特征。结果 系统发生分析表明大部分烟台分离株属于2、7、6C、6B.1和6B.2基因型;NA蛋白分子多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株相比,6、7基因型增加了44位糖基化位点;6B.1和6B.2基因亚型,减少了386位糖基化位点;运用固定效应似然比模型和内部固定效应似然比模型发现34和386两个正向选择压力位点,NA蛋白酶活性中心位点及周围辅助位点均未发生变异。结论 2009-2017年烟台地区甲型（H1N1）pdm09流感病毒NA基因持续发生变异,仍对神经氨酸酶抑制剂敏感,未来仍应加强流感流行状况和病原基因特征监测。     

2009甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶参照序列的建立及特征分析

目的建立2009甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)区的参照序列并分析其特征。方法通过GenBank获得100株来自2009甲型H1N1流感病毒NA区全基因序列,利用Pri mer软件进行序列比对,采取相同碱基或氨基酸位置相同碱基或氨基酸最多者作为参照碱基或氨基酸,最终获得参照序列,同时分析所有入选病毒株的基因及氨基酸变异情况;将参照序列与1918年(1918E)、1934年(1934E)流行株,2008年(2008V)、2009年(2009V)疫苗株以及欧亚猪H1N1流感病毒流行株(SWINE)和人禽流感H5N1流行株(H5N1)序列进行比对,分析其基因变异、二硫键和活性中心分布、糖基化位点、抗原表位等特征。结果建立了2009甲型H1N1流感病毒NA区参照序列,与参照株比较,所有分离株的核苷酸及氨基酸同源性均99.00%,核苷酸变异≥5株的位点有6个,氨基酸变异≥5株的位点有2个;该参照序列与相关病毒株核苷酸同源性分别99.79%(2009V)、77.66%(2008V)、78.01%(1934E)、83.19%(1918E)、92.13%(SWINE)、81.91%(H5N1),氨基酸同源性分别为99.57%(2009V)、80.81%(2008V)、80.81%(1934E)、87.42%(1918E)、92.32%(SWINE)、84.22%(H5N1);二硫键和活性中心分布高度保守;2009C与2009V和1918E病毒株糖基化位点类似,与其他病毒株差异较大;抗原表位与2009V完全相同,而与2008V相比,已知存在的表位分别为3?1(B细胞表位)、2:1(Th细胞表位)和7:3(CTL细胞表位)。结论该参照序列可以作为2009甲型H1N1流感病毒NA区参照序列,成为分析基因变异或氨基酸变异的标准。     

2017～2019年济宁市甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解济宁市甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)进化变异特征,为科学防控甲型H1N1流感提供依据.方法 选取济宁市2017～2019年度分离的17株甲型H1N1流感病毒毒株,进行HA和NA基因测序,利用DNASTAR 7.0.1软件和MEGA 7.0.14软件分析进化变异特征.结果 2017～20...     

2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。     

甲型H1N1流感病毒分子流行病学研究进展

2009年3月甲型H1N1流感病毒首次在北美被发现,并通过人际间传播引起了世界大流行,严重威胁人类健康,造成巨大经济负担。随着时间的推移,甲型H1N1流感病毒的基因不断发生变异,文章主要综述近年来甲型H1N1流感病毒的分子流行病学特征(遗传性、抗原性、致病性、致死性、耐药性以及糖基化位点等),以提高人们对甲型H1N1流感病毒变异可能导致的流感大流行的警惕。     

甲型H1N1流感病毒抗原HA基因进化分析

目的 分析甲型H1N1流感病毒抗原HA基因的突变和分子进化树.方法 由河南省各市(地)疾病预防控制中心和流感监测哨点医院采集流感患者咽拭样本,从咽拭样本中分离甲型H1N1流感病毒毒株,选择20株提取病毒RNA,设计引物运用逆转录-聚合酶键反应(RT-PCR)技术扩增编码HA蛋白的基因序列,测序分析核酸和编码的蛋白序列突变位.结果 分离到51株新型H1N1流感病毒;扩增20株HA编码基因,18株成功扩增到HA编码基因,2部分基因片段分别为1 024 bp和654 bp,与预期大小相符;BLAST分析结果显示,在中国多个地区分布有甲型H1N1流感病毒HA基因433 T/C(N端145 S/P)突变株,进化树分析结果显示,这一位点的突变有可能是来自于猪-人之间相互感染.结论 甲型H1N1流感病毒抗原HA基因在中国内地传播期间个别氨基酸位点发生了突变,但是抗原性未改变.     

2009甲型H1N1流感病毒的血凝素和神经氨酰酶基因变异分析

目的探讨2009新型甲型流感病毒H1N1的血凝素和神经氨酰酶基因的进化规律。方法通过NCBI数据库下载最新收录的A/H1N1的基因序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version4.0(MEGA4.0)软件来排列和修剪流感病毒各段基因序列并构建进化树。结果不同地区分离到的2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素和神经氨酰酶编码基因均具有高度同源性,同一国别的亲缘关系更近,不同国别的亲缘关系稍远。结论说明此次新型甲型H1N1流行病毒来自同一传染源,且病毒到目前还没有变异。     

Reassortment of ancient neuraminidase and recent hemagglutinin in pandemic (H1N1) 2009 virus

Sequence analyses show that the outbreak of pandemic (H1N1) 2009 resulted from the spread of a recently derived hemagglutinin through a population of ancient and more diverse neuraminidase segments. This pattern implies reassortment and suggests that the novel form of hemagglutinin conferred a selective advantage.     

贵州省2014-2017年H7N9禽流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 分析2014－2017年贵州省H7N9禽流感病毒HA和NA基因的分子特征和感染风险。方法 对2014－2017年贵州省获取的18例确诊人感染H7N9病例和6份环境样本分离的H7N9病毒株的HA和NA基因进行扩增,运用生物信息学软件解析其变异和遗传进化。结果 2014－2015年贵州省2株毒株与WHO推荐的A/Shanghai/2/2013和A/Anhui/1/2013疫苗株HA和NA基因的同源性最高,分别为98.8%～99.2%和99.2%;2016年2株和2017年14株与A/Hunan/02650/2016疫苗株同源性最高,分别为98.2%～99.3%和97.6%～98.8%;2017年其余6株与A/Guangdong/17SF003/2016疫苗株同源性最高,为99.1%～99.4%和98.9%～99.3%。所有毒株均属于长江三角洲分支,但主要聚集为3个次分支。2017年贵州省西部有6株毒株（含2例人感染病例毒株）裂解位点存在插入突变为PEVPKRKRTAR↓GLF,具备高致病性禽流感病毒的分子特征;受体结合关键位点存在A134V、G186V和Q226L突变,NA蛋白颈区“QISNT”均缺失,毒株A/Guizhou-Danzhai/18980/2017发生耐药突变R294K,9株毒株NA蛋白糖基化位点发生NCS42NCT突变。结论 2014－2017年贵州省H7N9禽流感病毒HA和NA基因存在遗传差异,关键位点的变异增强了病毒对人体的易感性和毒力,部分毒株发生耐药突变,其感染与致病风险增加。     

Ultrastructural characterization of pandemic (H1N1) 2009 virus

We evaluated pandemic influenza A (H1N1) 2009 virus isolates and respiratory tissues collected at autopsy by electron microscopy. Many morphologic characteristics were similar to those previously described for influenza virus. One of the distinctive features was dense tubular structures in the nuclei of infected cells.     

Outbreaks of pandemic (H1N1) 2009 and seasonal influenza A (H3N2) on cruise ship

To determine the extent and pattern of influenza transmission and effectiveness of containment measures, we investigated dual outbreaks of pandemic (H1N1) 2009 and influenza A (H3N2) that had occurred on a cruise ship in May 2009. Of 1,970 passengers and 734 crew members, 82 (3.0%) were infected with pandemic (H1N1) 2009 virus, 98 (3.6%) with influenza A (H3N2) virus, and 2 (0.1%) with both. Among 45 children who visited the ship's childcare center, infection rate for pandemic (H1N1) 2009 was higher than that for influenza A (H3N2) viruses. Disembarked passengers reported a high level of compliance with isolation and quarantine recommendations. We found 4 subsequent cases epidemiologically linked to passengers but no evidence of sustained transmission to the community or passengers on the next cruise. Among this population of generally healthy passengers, children seemed more susceptible to pandemic (H1N1) 2009 than to influenza (H3N2) viruses. Intensive disease control measures successfully contained these outbreaks.     

社区甲型流感临床特征分析与比较

目的分析和比较社区散发新型甲型H1N1流感和季节性流感临床特征,为临床诊治甲型流感提供参考依据。方法回顾性分析2009年5-10月来医院发热门诊就诊的具有流感样症状的患者,均经实时荧光定量PCR检测。结果在确诊的129例甲型流感患者中,新型甲型H1N1流感65例,占50.4%,季节性甲型流感64例,占49.6%;新型甲型H1N1流感组平均年龄21岁,季节性甲型流感组36岁,两组差异有统计学意义(P<0.01);新型甲型H1N1流感组学生占47例,占72.3%,季节性甲型流感组13例,占20.3%,两组差异有统计学意义(P<0.01);从临床表现比较,除流涕、扁桃体肿大,两组差异有统计学意义(均P<0.01)外;其他差异均无统计学意义。结论医院确诊的甲型流感患者均为轻型;新型甲型H1N1流感以年轻学生为主;两组甲型流感临床特征相似,需经PCR检测确诊分型。     

Oseltamivir-resistant pandemic (H1N1) 2009 virus infections, United States, 2010-11

During October 2010-July 2011, 1.0% of pandemic (H1N1) 2009 viruses in the United States were oseltamivir resistant, compared with 0.5% during the 2009-10 influenza season. Of resistant viruses from 2010-11 and 2009-10, 26% and 89%, respectively, were from persons exposed to oseltamivir before specimen collection. Findings suggest limited community transmission of oseltamivir-resistant virus.