四川省首次分离出的风疹野病毒的基因型分析

[目的]为了解2006年引起一起风疹暴发疫情的风疹病毒的分子生物学特征,确定其基因型别。[方法]用Vero-Slam细胞从风疹暴发患者的标本中分离风疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和序列测定与分析鉴定其基因型。[结果]四川省首次分离出的2株风疹野病毒全部鉴定为2B基因型。与3株WHO风疹病毒2B基因型参考株(I11-IS-68、TS34-CH-00和TAN-IND-00)核苷酸同源性分别为93.6%、95.6%和97.1%;氨基酸同源性分别为99.5%,99.5%和100%。[结论]此次疫情是由2B基因型风疹病毒引起的暴发疫情,此项研究为将来四川省风疹病毒的分子流行病学研究打下了基础。     

2013—2019年辽宁省流行风疹野病毒基因特征分析

目的 了解辽宁省2013—2019年风疹野病毒基因特征,为控制和消除风疹提供实验室依据。方法 采集2013—2019年辽宁省风疹疑似病例咽拭子标本,用Vero/Slam细胞进行病毒分离培养,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增风疹病毒E1基因的739个核苷酸片段进行序列测定分析。结果 2013—2019年辽宁省共分离出31株风疹野病毒。其中29株为1E基因型,2株为2B基因型。29株1E基因型风疹野病毒分成2簇,2013—2015年6株病毒为Cluster1,与世界卫生组织（world health organization,WHO）参考株RVi-Shandong.CHN-0.02核苷酸与氨基酸同源性分别为98.1%～98.8%和95.7%～97.5%;2019年的23株病毒为Cluster2,与WHO参考株RVi-Kuala Lumpur-MYS-0.01核苷酸与氨基酸同源性分别为97.7%～98.1%和94.0%～94.9%。结论 辽宁省2013—2019年1E基因型仍为优势基因型,但2019年监测到的基因型与辽宁省之前流行的并不相同,之前的1E基因型可能已被阻断。2018...     

宁波地区2004～2008年麻疹野病毒分离株基因特征分析

目的了解宁波地区流行的麻疹野病毒基因型别和特性。方法对2004～2008年宁波地区分离到的麻疹野病毒,采用逆转录-聚合酶链反应扩增麻疹病毒核蛋白基因碳末端456个核苷酸并进行序列测定,与基因库中麻疹病毒各基因型参考株比较并分析毒株变异情况。结果2004～2008年共分离到麻疹病毒22株,均属H1基因型,与H1型参考株China93-7的核苷酸同源性为97.1%～98.5%,与中国疫苗株沪191的核苷酸/氨基酸差异为8.0%～9.5%/9.8%～14.5%;其中16株与H1a参考株China93-2的核苷酸同源性为98.2%～99.6%,属于H1a亚型;6株与H1b参考株China94-7的核苷酸同源性为98.5%～98.9%,属于H1b亚型。结论宁波地区2004～2008年流行的麻疹病毒均为H1基因型,且以H1a亚型为主,亦存在H1b亚型。     

北京地区麻疹野病毒基因型特征分析

对北京市18个区(县)及铁路等疾病预防控制中心1998-2006年4月采集的210例麻疹疑似病例标本(318份)进行了病毒分离和基因序列分析。其中尿液标本109份,咽拭子标本209份。利用B95a细胞,共分离到50株麻疹病毒,其中尿液标本分离到26株;咽拭子标本分离到24株。从10例麻疹病例的咽拭子及尿液标本同时分离到麻疹病毒。1998年分离到1株(1例)、1999年2株(47例)、2000     

吉林省2012年风疹野病毒分离株的基因特征分析

目的了解致吉林省2012年多起风疹爆发及散发的风疹病毒（Rubella Virus,RV）的基因型和特征。方法对采集的患者咽拭子标本进行病毒分离,通过逆转录．聚合酶链反应及序列分析方法、利用生物信息学软件确定基因型。结果30株RV核酸鉴定呈现阳性,基因型鉴定均为1E基因型,与世界卫生组织RV1E基因型参考株、中国RV编号为RVIDezhou（德州1）CHN（China,中国）021E的核苷酸同源性为97．9％～98．6％,氨基酸同源性100％。结论吉林省2012年多起风疹爆发及散发均由1E基因型的Rv引起,为吉林省RV分子流行病学研究提供了基础资料。     

吉林省流行麻疹野病毒的核蛋白基因特征

麻疹是由副粘病毒科麻疹病毒属的麻疹病毒引起的急性传染病^〔1,2〕。研究发现,在麻疹病毒的6个结构基因中,除了血凝素蛋白(H)以外,核蛋白(N)的基因变化较大,其中N蛋白序列的羧基端450个核苷酸的区域属于高变区。为此,我们对麻疹病毒的核蛋白基因的分子生物学进行研究,为预测和控制麻疹的发生提供科学依据。     

上海市1990-2006年风疹流行病学特征分析

目的了解1990—2006年上海市风疹流行病学特征。方法用描述流行病学方法分析1990—2006年上海市传染病报告疫情数据库，数据采用Excel整理与分析。结果1990—2006年上海市风疹报告发病率为0．15110万～451．57／10万；1993年上海市发生风疹大流行，是风疹发病最高的年份，共报告风疹病例58104例，1998年是风疹发病的最低年份，共报告19例；1990—1994年（疫苗使用前）年平均报告发病率为93．00/10万，在疫苗使用前，风疹发病有明显的季节性特征，每年发病高峰集中在3—6月；风疹病例主要集中在儿童和青少年人群，即以5～9岁和10～14岁年龄组为主。1995年开始在上海市大规模使用风疹联合疫苗（MMR）后，全市MMR接种率达85％以上。风疹发病率呈逐渐下降趋势，每年报告风疹发病数除1995年外均〈100例，风疹的发病得到有效控制。但疫苗使用后，风疹发病的年龄构成有所改变，0～4岁发病年龄构成增加，占总发病数的21．00％，且发病年龄有逐年后移趋势，20岁以上年龄组发病占总发病数的31．62％，1995—2006年25～29岁年龄组和30～34岁年龄组风疹发病率均高于疫苗使用前（除1993年）相同年龄组的发病率。结论上海市风疹发病年龄后移。     

宜昌市2008年风疹流行病学特征分析

目的了解宜昌市2008年风疹流行病学特征及原因。方法对宜昌市2008年报告的风疹病例进行流行病学分析。结果宜昌市2008年共报告风疹病例531例,报告发病率为13.08/10万,比2007年上升了3.71倍,以0～15岁低年龄人群为主,集中发生在3—5月份。结论宜昌市2008年风疹发病以学生为主,主要原因是山区县风疹疫苗接种率低。应切实做好扩大免疫规划工作,提高风疹疫苗接种率     

2005—2019年广州市风疹流行病学特征分析

目的 分析广州市2005—2019年风疹流行病学特征,为制定风疹防控策略提供依据。方法 对中国疾病监测信息报告管理系统报告的风疹病例进行流行病学特征分析。结果 2005—2019年,广州市共报告风疹病例4865例,年均发病率为2.61/10万。2005—2011年风疹发病率呈波折上升趋势,2011年发病率达到最高为6.50/10万,随后下降,2014年小幅反弹后,2015年大幅下降至0.69/10万,2019年再次出现一个升幅达3.44/10万; 4-5月为发病高峰;2005—2009年中心城区发病率高于非中心城区,2010年后中心城区发病率降至低于非中心城区;发病年龄组构成以15～29岁发病最多,约占全部病例的54.84%,其次为0～14岁儿童,约占27.36%,30岁以上人群病例占17.8%;0～14岁儿童男性多于女性,男女性别比为1.56[DK]∶1,15岁以上人群女性多于男性,15～29岁病例男女性别比为0.75[DK]∶1,30岁以上男女性别比为0.54[DK]∶1;病例以学生最多,占病例总数的28.12%。结论 2011—2019年风疹发病大体呈现下降趋势,但仍存在波动反复,15岁以上女性人群发病应受到重视。考虑制定切实可行的防控策略,减少先天性风疹综合征的发生。     

沈阳市2004—2008年风疹流行特征分析

目的了解沈阳市2004—2008年风疹流行病学特征,为控制风疹提供依据。方法对法定传染病报告系统报告的风疹发病资料进行描述流行病学分析。结果沈阳市2004—2008年报告发病率在1.8/10万～159.3/10万。4、5月为发病高峰,发病年龄中位数分别为11.0、9.6、17.4、17.0和18.3岁,发病高峰年龄分别为10～14、15～19、15～19和20～24岁。风疹不仅危害少年儿童健康,而且对育龄妇女优生优育的威胁有逐渐增大趋势。结论沈阳市风疹发病高峰年龄后移明显,应调整控制风疹的策略和措施,预防控制风疹的暴发以及先天性风疹综合征(CRS)。     

风疹病毒山东地方株的分离与鉴定

目的 了解山东省风疹病毒流行情况，进行风疹野病毒山东地方株的分离、鉴定。方法 2001～2002年，从我省的济宁、淄博、济南、德州市风疹爆发流行中，采集53份具有风疹典型症状患者的咽拭子，经Vero，RK-13，BHK-21，MK2细胞分离培养，选出有明显的细胞病变株。结果 在Vero细胞上对HSV-1病毒攻击呈干扰现象；风疹免疫荧光阳性者；共分离出9株风疹病毒山东地方野毒株(SDRV)，代码为SDRV1、2、3、4、5、6、7、8、9。结论 细胞用于风疹病毒的分离培养，免疫荧光实验可作为风疹病毒鉴定、诊断的重要方法。     

Genetic and antigenic characterization of wild type rubella viruses isolated from India

Rubella, is a contagious disease caused by Rubella virus (RuV) that manifests as fever with skin-rashes in children and adults along with complications in pregnant women. WHO-SEAR has set a target for Rubella elimination by 2023. This is the first report of antigenic characterization and genome sequencing of nine RuVs sampled during 1992, 2007–9, and 2015–17 from four Indian states. Comparative analysis of Indian RuVs (2B) with that of global isolates and vaccine strain RA 27/3 (1a) revealed that the observed mutations in structural proteins have no major impact on the 3D structure, function and antigenicity. Indian RuVs formed three major clusters (Pune-1992, Kannur-2009 and Chitradurg-2007) in genome-based phylogeny of global isolates. Neutralizing antibody titers in a panel of serum samples from measles negative cases were significantly higher to the vaccine strain compared to a wild-type 2B isolate (Kannur) with concordance of 91.9%, thereby substantiating the use of current vaccines.     

辽宁省水痘-带状疱疹病毒基因型分析

目的了解辽宁省水痘-带状疱疹病毒(VZV)基因型别。方法选取水痘患者临床确诊病例7例,采集血清和咽拭子标本,分别检测VZV IgM抗体、扩增ORF22基因VZV核酸片断,进行核苷酸序列测定分析,测序结果与GenBank的VZV参考株基因序列进行比较。结果 7例临床确诊病例VZV IgM抗体均阳性(编号为VZV001～VZV007);其中3例的咽拭子标本扩增到目的片段(VZV001、VZV-002、VZV-005),测序结果证实为水痘-带状疱疹病毒;ORF22基因的单核苷酸多态性(SNP)分析显示,VZV-002与VZV-005基因序列完全一致,且在同一位点的碱基由C代替了A;VZV-001序列2个位点出现碱基代替,提示其基因可能发生点突变;与Dumas株序列比较,3株分离株在6个关键位点上有4个核苷酸不同,与P-Oka株则完全一致,3株VZV分离株的ORF22基因均鉴定为J基因型,与水痘-带状疱疹病毒P-Oka株的同源性为99.56%～99.78%。结论辽宁省检测到的3株VZV基因型均为J型。     

辽宁省汉城型汉坦病毒基因亚型分析

目的 分析辽宁省汉城型汉坦病毒(HV)的基因亚型及其分布情况。方法 收集辽宁省内主要肾综合征出血热(HFRS)流行地区的鼠肺和病人血清标本,采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原,应用HV特异性引物以RT-PCR方法扩增标本中M和S基因片段的特异性核苷酸序列,测序后与已知病毒序列进行比较分析,构建系统发生树,以明确其型别和亚型及其地理分布情况。结果 辽宁省HFRS疫区褐家鼠携带的病毒均为汉城型病毒(SEOV);对鼠肺及病人携带HV的部分M片段及部分S片段进行核苷酸序列分析表明,发现SEOV的同源性较高,变异较小,稳定性较高,而且地理位置相近地区基因组核苷酸序列的同源性很高(>98.8%),具有小范围的地理聚集现象。结论 辽宁省流行的SEOV均为S3亚型,基因亚型分布比较单一。     

贵州省B3基因型麻疹病毒分子特征

目的 分析贵州省2014年首次发现B3基因型麻疹病毒分子特征。方法 采集咽拭子经实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(real-time RT-PCR)筛查麻疹病毒核酸。用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增麻疹病毒核酸筛查阳性咽拭子,对麻疹病毒N基因羧基末端634个核苷酸片段进行扩增,对扩增产物进行序列测定和分析,构建基因亲缘性关系树。结果 Guizhou14-06(MVs/Guizhou.CHN/11.14/01)在亲缘关系上与WHO B3基因型参考株MVi/Ibadan.NGA/0.97/1(AJ232203)同属一个分支,与MVi/Ibadan.NGA/0.97/1(AJ232203)的核苷酸和氨基酸差异分别为2.00%和2.67%;与中国目前的优势流行参考株MVi/Hunan.CHN/0.93/7(AF045212)的核苷酸和氨基酸差异分别为10.8%和12.0%;与其他WHO 22个基因型参考株的核苷酸和氨基酸差异分别为4.40%~11.0%和4.67%~12.0%。结论 B3基因型麻疹病毒是贵州省首次发现的新基因型麻疹病毒,丰富贵州省麻疹病毒分子流行病学基线数据,并有助于麻疹病毒的控制和消除工作。     

福建省发现输入性B3基因型麻疹病毒

目的 分析福建省2018年输入性B3基因型麻疹病毒的病原学特征。方法 采用实时荧光定量RT-PCR筛查和扩增麻疹病毒核酸阳性咽拭子及Vero/Slam细胞培养阳性产物。对麻疹病毒N基因羧基末端634个核苷酸片段进行扩增测序,比对分析构建基因亲缘性关系树。结果 分离获得2株麻疹病毒株,18条病毒核酸序列。所有福建株在亲缘关系上与WHO B3基因型参考株同属一个分支,其中标本MV18-41和MV18-42与2018年分离于中国香港地区的毒株（HongKong.CHN/35.18）核酸同源性为100.0%;其他毒株序列与2018年分离于日本的毒株（Mvs/Osaka.JPN/38.18/B3）同源性最高（99.9%）。福建株与除B3基因型外,23种WHO不同麻疹基因型参考株之间比较,福建株与B1基因型参考株核苷酸和氨基酸同源差异性最小,分别为95.1%～95.4%和95.3%;与H1基因型参考株同源差异性最大,其中与中国目前优势流行的参考株MVi/Hunan.CHN/0.93/7核苷酸和氨基酸同源差异分别为88.7%～89.0%和87.3%;在病毒N蛋白羧基末端150个氨基酸位点上,福建株与疫苗株（Shanghai-191）之间存在13个变异位点,但这些位点并未引起该蛋白区域的功能变化。结论 福建省成功分离获得2株B3基因型麻疹毒株,B3基因型麻疹病毒是福建省发现的新基因型麻疹病毒,在补充和丰富福建省麻疹病毒分子流行病学本底资料的同时也进一步警示必需加强输入性病例的监测,才能更好地完成福建省麻疹病毒的控制和消除工作。     

河北省2株汉城病毒的遗传特征分析

目的 对河北省2株汉城病毒(SEOV)进行基因分型及系统进化分析.方法 用RT-PCR法扩增SEOV Li株和LF18株的S与M全基因片段;利用DNAStar软件分析S与M基因片段核苷酸序列同源性;利用Phylip软件构建系统进化树.结果 Li株与LFl8株的全S基因片段均由1772个核苷酸组成,开放阅读框(ORF)的位置均为43～1332核苷酸,编码429个氨基酸的核蛋白.2株病毒的M片段全基因序列均由3653个核苷酸组成,ORF的位置均为49～3450核苷酸,编码1133个氨基酸的糖蛋白前体.2株病毒的糖蛋白前体有62个半胱氨酸残基以及6个糖基化位点.2株病毒的全S、M基因片段的核苷酸序列与包括疫苗株L99、Gou3、Z37在内的已知SEOV的同源性分别为87.6%～99.2%和83.6%～97.3%.全S和全M基因片段构建的系统进化树显示2株病毒均为SEOV第Ⅲ亚型.结论 Li株和LF18株都属于SEOV,为SEOV的第Ⅲ亚型.河北省汉坦病毒的流行毒株的遗传特征与疫苗株Z37相似.     

2009年-2010年广东省风疹病毒分离株基因特征分析

目的:对2009年-2010年广东省两起疑似麻疹暴发疫情进行病原学鉴定,并对分离到的风疹病毒进行基因型别鉴定和分子流行病学特征的分析。方法:采集两起疑似麻疹暴发病例的血清学标本和病原学标本,使用ELISA法检测血清麻疹和风疹IgM抗体;同时将临床标本接种至Vero/Slam细胞进行病毒分离,通过逆转录-聚合酶链反应和序列测定与分析鉴定其基因型别。结果:2009年-2010年在广东省发生的两起疑似麻疹暴发证实是由风疹病毒引起,从暴发疫情中分离到的8株风疹病毒均为1E基因型,并且2009年和2010分离株之间的同源性为99.5%。结论:2009年-2010年广东省流行1E基因型风疹病毒,在广东省持续循环。1E基因型风疹病毒在我国广泛分布和流行,说明广东省的风疹病毒不是独立进化,而是与我国其他省份风疹病毒在共同进化。     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.     

宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析

目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.