大鼠心肌缺血/再灌注损伤基因表达谱特征的初步观察

目的:观察心肌缺血/再灌注损伤前后基因差异表达,探讨缺血/再灌注后心肌细胞损伤的分子生物学机制。方法:提取大鼠缺血/再灌注前后心肌组织mRNA并纯化,用Affymetrix RAT 230A基因表达谱芯片,对表达差异基因进行检测。结果:按差异显著阳性标准,从14000个基因中筛选出缺血/再灌注后差异表达基因179条,其中123条表达上调,56条表达下调,包括原癌基因、细胞周期、信号转导、细胞外基质、细胞骨架蛋白、转录因子、DNA损伤修复基因、凋亡相关蛋白及核糖体蛋白等相关编码基因。结论:用cDNA表达谱芯片分析心肌缺血/再灌注后基因表达,能快速筛选出再灌注损伤相关基因,为临床上更有效地预防缺血/再灌注损伤提供根据。     

四逆汤对缺血心肌谷胱甘肽S转移酶基因表达的影响

目的:探讨四逆汤对缺血心肌谷胱甘肽S转移酶(GST)基因表达的影响。方法:昆明种小鼠,随机分为对照组、缺血组、缺血加四逆汤组。提取各组心肌组织总RNA通过RT-PCR,以β-actin为内参照对GST基因的表达水平进行检测。结果:缺血加四逆汤组GST基因表达显著强于对照组及缺血组。结论:四逆汤能诱导GST基因的表达,GST能催化谷胱甘肽与亲电子物质发生结合反应。     

D-半乳糖导致小鼠海马基因表达谱变化

本实验采用cDNA芯片研究D-半乳糖皮下注射小鼠海马的基因表达变化。小鼠皮下注射D-半乳糖[50m∥(kg．d)]60d造模，Morris水迷宫测试小鼠行为，分别提取模型组和对照组海马组织总RNA，掺入荧光分子Cy3和Cy5，经逆转录合成cDNA荧光探针与4000点小鼠cDNA基因芯片杂交。结果显示，在4000条待研究的基因中，两组小鼠海马间存在2倍表达差异的有76条，其中上调26条，下调50条。经分析，模型组基因表达谱与老年性痴呆(AD)相关基因表达谱在氧应激、能量代谢相关基因等方面有相似之处。提示D-半乳糖小鼠模型有可能作为拟AD病理模型。     

大鼠受损视神经去分化相关基因表达谱的变化及移植预变性腓总神经的作用

为检测受损视神经基因表达谱的变化以及移植预变性周围神经的调节作用,SD大鼠随机分为正常组、损伤组和神经移植组,术后7 d取眶内段视神经,用Aglient Oligo芯片检测其基因表达谱的变化,并用实时荧光定量PCR、免疫组织化学、Western Blot验证芯片检测结果。损伤组与正常组相比,1340条基因上调,940条基因下调;去分化相关基因如神经发育早期基因表达上调,转录、凋亡、增殖、生长、分化和细胞内信号转导类差异表达基因较多,基因差异表达的变化以有利于神经再生为主,但也存在显著抑制神经再生的差异表达变化。神经移植组与损伤组相比,106条基因上调,14条基因下调,部分差异表达基因与细胞去分化有关。总之,视神经损伤早期约1/10的基因差异表达,其中包含与神经胶质细胞去分化密切相关的基因;移植预变性周围神经可调控受损视神经中部分基因的表达,促使胶质细胞去分化趋势增强,有利于视神经再生。     

本芴醇衍生物LY980503对人乳腺癌多药耐药细胞株MCF/DOX基因表达谱的影响

目的:应用基因表达谱芯片探讨本芴醇衍生物LY980503对肿瘤多药耐药逆转机制。方法:提取多药耐药细胞株MCF/DOX总RNA, 与含有320人基因的cDNA芯片杂交。结果:有9条基因表达下调, 1条基因表达上调。结论:LY980503在体外能通过调节多种基因的表达而逆转MCF/DOX的耐药性。     

先兆子痫胎盘的基因表达谱研究

目的： 利用cDNA芯片分析先兆子痫胎盘中基因表达的变化情况,寻找新的先兆子痫相关基因。方法: 建立含12 000个与代谢、凋亡、细胞黏附、信号转导、转录因子等有关基因的cDNA表达谱芯片,将先兆子痫及正常胎盘mRNA与cDNA芯片进行杂交,得到先兆子痫的基因表达谱;对部分差异表达基因进行Northern验证。结果: 在4例先兆子痫胎盘组织中发现均有差异表达的基因44个,其中表达上调有30个,表达下调有14个,Northern杂交鉴定的结果与芯片结果相符合。结论: 重度妊娠高血压疾病的基因表达谱存在明显差异,差异的基因可能涉及信号转导、细胞代谢、炎性细胞因子等方面,这些基因可能与妊娠高血压病的发病相关。     

脂代谢相关三基因突变小鼠肝组织基因表达差异研究

目的研究3个脂代谢相关基因联合突变小鼠与野生型小鼠肝脏基因表达差异及其与血脂代谢紊乱和动脉粥样硬化病变的关系。方法应用BiostarM-40S型小鼠cDNA表达谱芯片检测不同基因型小鼠肝脏基因表达的差异，并观察不同年龄小鼠血浆总胆固醇和甘油三脂的浓度以及主动脉内膜形态变化。结果在被测的4000条基因中，与野生型小鼠比较，5周龄三基因突变小鼠肝脏基因表达上调92条，下调105条，脂代谢相关基因中与胆固醇合成相关的基因表达下调，与甘油三脂代谢相关的肝脂肪酶基因表达水平上调。糖代谢、细胞骨架蛋白和免疫等相关的基因表达也有明显差异。5周龄的三基因突变小鼠血浆总胆固醇和甘油三脂水平明显高于野生型小鼠，伴有主动脉内膜损伤，并随年龄增长而加重。结论三基因突变导致肝脏中与脂类、糖类以及免疫等相关的多种基因表达改变，可能共同参与了血脂代谢紊乱和动脉粥样硬化的发生发展。     

应用基因芯片分析妇科恶性肿瘤的基因表达

目的应用基因微矩阵芯片研究妇科恶性肿瘤相关基因表达.方法分别提取癌组织和正常对照组织mRNA,经反转录分别用Cy3-dCTP和Cy5-dCTP荧光标记cDNA,获得两组探针,混合后与基因芯片H40s(基因点数为4096点)杂交,经严格洗片后用GenePix4000B扫描仪进行扫描,获得荧光信号图像,用图像处理软件:GenePix Pro3.0对图像进行处理,获得两种组织中差异表达的基因信息.结果在4种癌组织中同时出现表达差异的基因有35条,占0.85%.其中4种癌组织中都下调表达的基因6条,没有均上调表达的基因,在前3种癌组织中都上调表达而在乳腺癌中却下调表达的基因12条,在前3种癌组织中都下调表达而在乳腺癌中却上调表达的基因12条,其它5条.结论 1.肿瘤的发生过程比我们已了解的要复杂的多,它是多种基因表达失衡的结果.每种肿瘤的每个患病个体其肿瘤的发生和发展都具有自己一系列独特的基因表达谱,即使是同一肿瘤的不同个体之间,基因表达谱可能差异也很大.2.子宫颈癌、乳腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌这四种癌组织中具有相同表达行为的基因只有6个,它们是:AB023136(编码人类蛋白 KIAA0919)、AF080158(丝氨酸、苏氨酸K激酶基因)、S79522(蛋白质合成延长因子EF-1基因)、NM_000984(核糖体蛋白基因)、M32110(细胞增殖核抗原蛋白P120基因)、NM_000978(核糖体蛋白RPL23)基因,并且均下调表达.3. 子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌基因表达谱的一致性较高,而与乳腺癌基因表达谱的差异很大,说明3种内生殖器肿瘤发生的机理与乳腺癌的发病机理可能完全不同,有12个基因在子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌中上调表达而在乳腺癌中下调表达;同时另外12个基因在子宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌中下调表达而在乳腺癌中上调表达.4.基因芯片是筛查妇科恶性肿瘤相关基因表达的有力工具.     

内关穴位埋针心肌缺血损伤小型猪血管生长功能性基因的表达谱

背景：内关针刺可上调相关血管生长因子的表达,但血管新生相关生长因子较多,针对部分因子研究有局限性。 目的：观察心肌缺血损伤小型猪血管生长功能性基因表达谱特征及内关穴位埋针的干预效应。 方法：将32只小型猪随机分为4组,模型组采用左冠状动脉前降支结扎法建立小型猪心肌缺血模型,内关组和膈俞组分别在造模基础上进行内关、膈俞穴埋针治疗,假手术组穿线不结扎。埋针7 d后取各组小型猪的缺血心肌组织进行实验。 结果与结论：应用Q Series血管生长功能基因组表达谱芯片共检测到96个与血管生成功能密切相关的基因。与模型组比较,内关组显著上调基因17个,下调基因3个,膈俞组显著上调基因14个,下调基因2个。就其基因功能分类而言,内关组、膈俞组与模型组比较差异表达基因各有其自身特点,但特异的促进因子和抑制因子、血小板衍生生长因子及受体、成纤维细胞生长因子及受体、生长因子及受体以及其他细胞生长因子,细胞因子和化学增活素、基质蛋白酶及抑制剂以及其他相关基因是各组共有的,其中以血管生长因子及受体最多。说明心肌缺血以及穴位埋针后的干预均与血管生长因子差异表达有关,但内关埋针与膈俞埋针作用不完全相同。     

K562细胞VEGF基因表达下调后的基因表达谱改变

目的探讨血管内皮细胞生长因子（vascular endothelial growth factor，VEGF）基因VEGF表达下调对白血病K562细胞株基因表达谱的影响。方法采用脂质体介导的方法将抗VEGF发夹状核酶基因真核表达载体pcDNA-RZ转染白血病细胞株K562、G418抗性筛选获得阳性克隆；抽提基因组DNA，用PCR方法验证核酶基因已转入K562细胞；荧光定量PCR和免疫印迹反应检测白血病细胞中VEGF mRNA和蛋白表达量的改变；应用cDNA微阵列技术检测VEGF基因表达下调对白血病K562细胞株基因表达谱的影响。并用逆转录PCR验证PCNA、GSN基因的表达改变。结果抗VEGF发夹状核酶基因真核表达载体pcDNARZ转入白血病细胞株K562、G418筛选两周获得阳性克隆，PCR检测证实核酶基因整合入白血病细胞基因组DNA；与K562及K562／PC细胞（转染空质粒的K562细胞）相比，转染VEGF核酶基因的K562／RZ细胞VEGF mRNA和蛋白的表达量明显降低，芯片中共有表达差异的基因191条，包括周期相关基因、细胞凋亡相关基因、癌基因以及细胞信号和传递蛋白等基因，其中104条表达下调，87条表达上调。逆转录PCR证实GSN基因表达上调，PCNA基因表达下调。结论VEGF基因表达下调能引起白血病K562细胞株基因表达谱的改变，这些基因的改变可能对白血病细胞增殖、分化和凋亡等生物学行为产生了一定的影响。     

基因表达谱芯片筛选局灶性脑缺血大鼠脑相关基因的研究

目的:应用基因芯片技术研究局灶性脑缺血大鼠脑组织与假手术组大鼠脑组织基因表达谱的差异,探索局灶性脑缺血的发病机制。方法:将4096种大鼠基因PCR产物用CartesianPixsys7500点样仪按微矩阵排列制成基因芯片;按一步法抽提脑局灶性缺血大鼠脑组织与假手术组大鼠脑组织的总RNA;将等量的脑局灶性缺血大鼠脑组织与假手术组大鼠脑组织RNA分别逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,混合后与上述基因芯片杂交。用AxonGenepix4000B扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用GenepixPro4.0软件进行数字化处理和分析后比较两种组织基因表达谱的差异。结果:局灶性脑缺血大鼠与假手术组大鼠脑组织基因表达谱分析,发现211个差异表达基因,其中12个基因低表达,199个基因高表达。结论:本研究从脑局灶性缺血大鼠脑组织中筛选出大量的差异表达基因,说明这些基因可能参与局灶性脑缺血后脑损伤的发生及发展过程,从而为局灶性脑缺血的诊治提供新思路。     

去卵巢和雌激素替代治疗对心肌细胞基因表达谱的影响

目的：本实验通过高通量的cDNA微阵列技术，研究去卵巢和雌激素替代治疗对心肌细胞基因表达谱的影响，寻找雌激素的靶基因。方法:用 1 400 个基因构建的cDNA微阵列检测假手术组（Ⅰ）、去卵巢组（Ⅱ，去势组）和雌激素替代治疗组（Ⅲ，替代组）3组SD雌鼠心肌组织的基因表达差异,随机选2个基因用半定量RT-PCR验证检测结果。结果:假手术组和去势组共检出心肌差异表达的基因177个，其中去卵巢导致上调的基因91个，下调的基因86个；去势组和替代组共检出心肌差异表达的基因164个，其中雌激素替代治疗后导致上调的基因113个，下调的基因54个。Ⅰ/Ⅱ和Ⅲ/Ⅱ比较，相同的差异表达基因54个，雌激素明显影响心肌膜通道和载体（18个）、细胞受体（9个）、信号转导相关基因（7个）和细胞代谢（6个）的mRNA水平。而大部分基因（45个）是在去势组表达下调，在雌激素替代组表达上调。RT-PCR实验证实了cDNA微阵列结果 。结论：长期雌激素替代治疗明显影响心肌细胞膜通道和载体、信号转导、细胞受体和细胞代谢等相关基因的表达。长期雌激素替代治疗可通过增加Na+,K+-ATPase和Na+/H+交换蛋白的基因表达，稳定心肌细胞内Na+和K+的浓度。雌激素还可抑制多巴胺受体基因的表达，预防心肌肥大、充血性心衰等心脏疾病的发生。     

四逆汤抗心肌缺血作用的相关蛋白谱研究

目的：探讨四逆汤保护缺血心肌的相关蛋白改变谱。 方法： 利用二维凝胶电泳分离左心室肌总蛋白，通过PDQuest7.1.1软件分析2-DE图谱，比较各组间蛋白的表达量，然后利用MALDI-TOF-MS制作差异蛋白点的肽谱确定各差异蛋白的种类，通过生物信息学分析所得蛋白的功能。 结果： 四逆汤调节缺血心肌的能量代谢、信号转导、机能、心肌细胞修复和抗氧自由基损伤等多组相关蛋白的表达，对缺血心肌产生保护作用。 结论： 四逆汤具有良好的保护缺血心肌作用。     

力生长因子E肽与应力刺激对成骨细胞基因表达的影响

目的应用基因芯片技术分析在力生长因子E肽(MGF-Ct24E)和应力作用下成骨细胞基因表达的差异。方法体外培养原代成骨细胞,分别对细胞施加周期性拉伸刺激(应变12%,频率0.5 Hz)和MGF-Ct24E(50 mg/L)直接作用,基因芯片技术分析力学刺激和MGF-Ct24E作用对原代成骨细胞基因表达谱的影响,并用定量PCR验证基因芯片实验结果。结果与对照组相比,力学加载组共发现差异表达基因1 866个,其中上调基因1 113个,下调基因753个;MGF-Ct24E处理组共发现差异表达基因1 178个,其中上调基因796个,下调基因382个。GO分析发现两者的差异基因表达谱具有一致性,并且差异表达基因主要涉及细胞增殖与分化调节、细胞对应力刺激的响应和力学转导通路等。定量PCR实验结果验证的差异表达基因与芯片实验结果一致。结论基因表达谱分析显示应力刺激和MGF-Ct24E作用对成骨细胞的基因表达具有类似的调控效应,为后续使用MGF-Ct24E治疗骨修复以弥补应力刺激不足的研究提供了新的思路。     

Lovastatin对肝癌HepG2细胞作用后基因差异表达的初步研究

目的： 用cDNA芯片观察lovastatin作用前后HepG2细胞的差异表达基因。 方法： 20 μmol/L的lovastatin作用于HepG2细胞18 h，各提取实验组与对照组细胞总RNA，用cDNA直接标记法制备探针，进行杂交，杂交信号经扫描后，用软件分析基因表达情况。应用RT-PCR验证部分差异表达基因。 结果： Lovastatin作用后表达上调的基因有30个，表达下调的基因有11个，涉及信号转导、肿瘤免疫、细胞周期等方面，RT-PCR结果符合基因芯片结果。 结论： 用基因芯片筛选出的lovastatin作用后的肝癌细胞差异表达基因为深入研究他汀类药物的抗肿瘤机制提供重要的理论依据。     

利用基因芯片研究六味地黄丸对老年大鼠基因表达的影响

目的:利用基因芯片研究六味地黄丸对老年大鼠基因表达的影响。方法:将40只20月龄SD雄性大鼠分成不用药与用六味地黄丸两组,用药5周后,通过检测相关生化指标,确定用药组与对照组之间具显著差异。提取20只4月龄SD雄性大鼠脾脏mRNA,平均分成两组,分别与老年用药组脾脏mRNA和老年对照组脾脏mRNA配对进行逆转录和芯片杂交实验,获得老年对照组和老年用药组分别和青年组相比,相关基因表达水平的差异,通过比较两组数据,评价六味地黄丸对与衰老相关的基因表达的调节作用。结果:芯片结果显示老年对照组与青年组相比有13个基因表达显著下调,1个基因表达显著上调。而在老年用药组中,14个相关基因的表达水平没有明显变化;而另有2序列与青年组相比表达显著上调。结论:通过基因芯片技术,发现16个基因的表达水平可受六味地黄丸用药的影响。通过深入研究对我们深入理解六味地黄丸抗衰老的分子机制可能有帮助。     

四逆汤保护缺血心肌的电镜形态学观察

本文从心肌超微结构观察了四逆汤对实验性心肌缺血的保护性效应.结果表明:四逆汤组的心肌糖原指数(糖原颗粒数/线粒体)显著大于缺血组(11.3±1.8,5.8±1.1;P<0.01),提示四逆汤显著减少了因缺血而引起的糖原消耗.四逆汤组心肌线粒体比表面(1/μ)显著大于缺血组(6.33±0.17,5.35±0.26;P<0.05);四逆汤组心肌线粒体体密度(%)显著小于缺血组(33.45±2.71,37.65±1.83,P<0.01).提示四逆汤显著减轻了因缺血而引起的线粒体肿胀.四逆汤组与缺血组在心肌肌原纤维体密度(%)方面没有显著差异(P>0.05).上述结果表明四逆汤可显著减轻心肌的缺血性损伤,对缺血心肌具有保护性效应.     

丝裂原活化蛋白激酶p38的激活在四逆汤预处理诱导大鼠心肌延迟预适应中的作用

目的：探讨四逆汤能否诱导心肌延迟预适应及其机制。 方法： SD大鼠分为正常对照组、假手术组、缺血再灌注(I/R）组、延迟缺血预处理组、四逆汤预处理组。延迟缺血预处理组采用经典大鼠冠脉结扎，缺血5 min，再灌5 min，反复循环3次，24 h后缺血1 h，再灌1 h。四逆汤预处理组给予四逆汤灌胃(5 mL·kg-1·d-1)连续3 d，末次灌药24 h后缺血1 h，再灌1 h。以心肌梗死面积、心肌酶为评价指标，测定心肌中NO2-/NO3-的含量并通过免疫组化检测大鼠心肌p38 MAPK及PKC的表达。 结果： 延迟缺血预处理组及四逆汤预处理组心肌梗死面积、血清CK、LDH的值明显少于I/R组，NO2-/NO3-含量显著高于I/R组，p38 MAPK和PKC发生转位且蛋白表达明显高于I/R组。 结论： 四逆汤能诱导心肌延迟预适应，其机制与p38 MAPK的激活可能有关。     

In-house cDNA microarray analysis of gene expression profiles involved in SCC cell lines

To analyze gene expression in oral cancer, we produced a specialized in-house cDNA microarray. The cDNA library was constructed from surgical specimens of oral squamous cell carcinoma (SCC) using an oligo-capping method. cDNA clones (n=4,800) were randomly selected and their 5'-end nucleotide sequences were determined. Overlapping clones were excluded, and 1,423 independent clones were selected and used for microarray production. Compared to the public nucleotide sequence database, 61% of our cDNA clones were full-length. By correlating expression patterns across SCC cell lines, we identified 53 genes (7 up-regulated and 46 down-regulated) that are differentially expressed in SCC cell lines compared to normal mucosa. Semi-quantitative RT-PCR analysis confirmed these findings and validity of our cDNA microarray. Using specimens from SCC patients, we investigated the expression status of the IL-1ra gene, which showed the down-regulated gene by microarray analysis. Gene expression clearly fell in the SCC specimens relative to their references, which indicated that our in-house cDNA microarray system rapidly identified and characterized candidate biomarkers for clinical use.