合肥市某小学急性呼吸道感染疫情的病原学分析

目的分析合肥市某小学一起急性呼吸道感染疫情病原学,为疫情发生的生物学病因提供依据。方法采用实时荧光PCR方法(Real-time PCR)对采集的10份患者咽拭子标本进行流感病毒和腺病毒核酸筛查,检出的腺病毒核酸阳性标本经普通PCR扩增腺病毒六邻体基因片段以进行序列测定,测序结果在Genbank上进行Blast比较并作系统进化树分析,以确定其病毒型别。结果 10份咽拭子标本流感病毒核酸检测结果均为阴性,7份标本检出腺病毒核酸,进一步通过基因测序、序列比对、基因进化树分析确定为腺病毒3型。结论依据实验室检测结果并结合流行病学调查和临床症状,确认该起急性呼吸道感染疫情的病原体为人腺病毒3型。     

多重巢式PCR应用于1起聚集性发热疫情的病原诊断

目的增强实验室对突发发热疫情的快速诊断能力,完善、优化聚集性发热的病原检测方法。方法采用多重巢式PCR扩增法,对1起聚集性发热疫情样本进行病原筛查,同时对扩增产物测序,进行BLAST比对,进行血清型分型,比较不同引物的扩增效果。结果采集7份病例咽拭子标本,以呼吸道病毒核酸多重联检试剂盒进行14种病毒筛查,其中4份为腺病毒阳性,阳性率为57.1%。采用3组巢式引物进行扩增,腺病毒阳性样本6份,均为腺病毒3型;测序成功的5株核苷酸、蛋白质序列同源性均为100.0%。第3组巢式引物扩增、分析效果较好,阳性率为71.4%。结论成品试剂盒可进行不明原因发热疫情的病原筛查;多重巢式PCR扩增法可增加病毒检出率,对病毒分型和序列分析。     

一起疱疹性咽峡炎疫情病原学分析

目的 了解2020年合肥地区一起幼儿园疱疹性咽峡炎(HA)聚集性疫情病原体型别及基因进化情况。方法采用实时荧光定量RT-PCR方法对11份咽拭子标本进行肠道病毒(EV)病原检测,柯萨奇病毒A6型(CVA6)核酸阳性的标本经传统RT-PCR扩增VP1基因,进行序列测定,用MEGA 6.0软件构建基因进化树。结果 11份咽拭子标本中6份CVA6核酸阳性,6条基因序列均为CVA6 D3亚型。结论 CVA6 D3型是引起本次幼儿园HA疫情的病原体,应加强对肠道病毒的监测,重视在幼托机构暴发的此类疫情。     

一起人腺病毒14型所致成年人不明原因肺炎的病原学检测分析

摘要:目的　分析一起导致一名成年人不明原因肺炎的病毒性病原体,确立病原微生物载体与病人之间的相关性,为临床防治提供实验室依据。方法　将采集到的呼吸道标本采用实时荧光定量PCR（Real-time PCR）检测流感病毒、冠状病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒、人博卡病毒、人腺病毒和鼻病毒核酸,对检测结果为腺病毒阳性的核酸进一步采用腺病毒特异性引物通过PCR进行Hexon,Fiber和E1A区基因特异性扩增,产物进行核苷酸序列测定和比对分析并构建遗传进化树。结果　1份咽拭子和1份支气管灌洗液核酸经Real-time PCR检测均呈腺病毒阳性,扩增病毒基因序列经测序分析与人腺病毒14型同源性最高。结论　此起成年人不明原因肺炎是由人腺病毒14型感染所致。     

海南省2008年手足口病样本核酸检测分析

目的 了解2008年海南省手足口病(HFMD)暴发的病原及主要的病毒型别,为HFMD病例诊断和防控措施提供科学依据.方法 依据卫生部<手足口病预防控制指南>提取HFMD临床诊断病例各种样本中的病毒核酸,用肠道病毒通用引物、肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CoxA16)特异性引物进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),检测基因片段大小.结果 274例临床诊断手足口病病例中EV71型核酸阳性、柯萨奇病毒A16核酸阳性、其他型别肠道病毒核酸阳性分别有102,12,35例;样本中疱疹液阳性检出率最高,为72.0%,肛拭子为40.0%,鼻咽拭子为34.8%,其余样本均阴性;54份直接提取病毒核酸进行RT-PCR检测,结果阴性但细胞培养出现细胞病理改变(CPE)的分离物;肠道病毒、EV71型、CoxA16型阳性分别有48,29,4份,阳性率分别为88.89%,53.70%,7.40%;其中1份样本EV71型和CoxA16型均为阳性.结论 引起海南省2008年手足口病暴发流行的主要病原是肠道病毒71型,其次为CoxA16型.     

咽拭子标本对手足口病疫情监测的应用研究

[目的]明确致手足口病肠道病毒的主要型别,并对咽拭子标本的核酸检测结果进行评价.[方法]2007年收集青岛市5家医院手足口病患者的咽拭子152份,提取病毒RNA. 采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法对病毒RNA进行肠道通用引物及肠道病毒71(EV71)型和柯萨奇病毒16型(CoxA16)特异性引物的检测.[结果]152份咽拭子标本中,83份标本肠道通用引物扩增阳性,阳性率为54.61%.其中,EV71阳性10份,占肠道病毒的12.05%(10/83);CoxA16阳性者42份,占肠道病毒的50.60%(42/83).[结论]手足口病疫情的病原主要以EV71和CoxA16为主,咽拭子标本在手足口病疫情的监测中具有方便、快捷的优点,而且检出率较高.     

一起聚集性腺病毒暴发疫情的调查及病原学分析

目的对一起流感样暴发疫情进行流行病学调查和病原学检测,对毒株进行分子流行病学分析,为呼吸道传染病暴发疫情的处置提供依据。方法对暴发疫情进行流行病学调查,收集病例咽拭子样本,采用RespiFinder 2SMART多病原检测试剂盒进行熔解曲线分析,筛查致病原,并以qPCR法确认。用Hep-2细胞分离病毒,提取毒株核酸进行PCR扩增并进行序列分析,NCBI核酸数据库进行序列比对,确定型别。结果疫情累计发病17例,仅涉及一个班级,班级罹患率43.6%,男女比1.8∶1,疫情持续11d。主要症状为发热(17例,100.0%)、咳嗽(16例,94.1%)等。采集10例病例咽拭子,5份以多病原检测试剂盒进行熔解曲线分析,检出2例为腺病毒(ADV)核酸阳性,其余5份经qPCR检测,3份为ADV核酸阳性。以Hep-2细胞分离5份ADV核酸阳性标本,成功分离4株毒株,对其进行DNA测序,NCBI核酸数据库进行Blast序列比对,结果显示其六邻体保守区核酸与ADV3型核酸同源性为97%。结论该暴发是一起由ADV3型引起的暴发疫情。     

某学校一起流行性感冒暴发疫情的调查分析

目的 对一起校园内流行性感冒暴发疫情进行流行病学调查和病原学检测,从而明确诊断,有效防控流感疫情。方法 通过流行病学调查,核实搜索病例,分析疫情特征;采集咽拭子标本,运用荧光定量RT-PCR方法进行病毒核酸检测。结果 累计报告流感样病例63例,罹患率为1.53%。63例病例分布于10个班级,其中1(9)班病例数最多14例,有明显的聚集性。采集11例病例的咽拭子标本病毒核酸检测显示,8份样本乙型B-Victoria流感病毒阳性,2份样本甲型H3流感病毒阳性,1份阴性。结论 本次疫情暴发是由流感病毒感染引起,提高学生防病意识,加大学校传染病防控措施力度,可有效控制流感暴发疫情。     

广州市1起诺如病毒急性胃肠炎暴发的实验室检测

目的确定1起学校急性胃肠炎暴发原因。方法采集病例粪便标本,直饮水标本,采用实时荧光定量(Real-time)PCR和RT-PCR方法检测病毒核酸,阳性标本测序分析。结果 5份粪便标本中3份呈诺如病毒阳性,2份直饮水标本均呈诺如病毒阳性。3份病例粪便标本病毒株核苷酸序列一致,均为GⅡ-4型,提示病毒同源。结论对诺如病毒进行核酸检测,证实该疫情为一起诺如病毒GⅡ-4型引起的急性胃肠炎暴发。     

陕西省高陵县乙型流感暴发疫情的病原学检测报告

目的弄清陕西省高陵县某小学学生群体发热疫情的病因。方法采集住院病例的鼻拭子标本7份和鼻咽拭子标本13份,用流感快速检测试剂检测流感病毒抗原;RT-PCR法检测流感病毒核酸;接种MDCK细胞分离流感病毒。结果鼻拭子标本有4份乙型流感病毒抗原阳性。阳性率为57.14%（4/7）。鼻咽拭子混合标本12份检出乙型流感病毒核酸,阳性率为92.31%（12/13）。鼻咽拭子标本经细胞培养,其中10份标本出现细胞病变。经鉴定为乙型流感病毒,病毒分离率为76.92%（10/13）。结论这起暴发疫情是由乙型流感病毒引起。     

杭州市呼吸道合胞病毒引起幼儿园急性呼吸道感染暴发疫情调查

  目的  分析呼吸道合胞病毒感染引起的儿童急性呼吸道感染暴发疫情的特点,并对防控工作予以总结和评价,为集体单位呼吸道感染暴发疫情防控提供依据。  方法  采用现场流行病学调查的方法对杭州市两起疫情进行调查,采用描述流行病学的方法对资料进行分析; 采用PCR方法对标本进行检测,并对呼吸道合胞病毒核酸阳性的标本进行测序。  结果  两起疫情均发生在幼儿园,A幼儿园发病21例,持续11 d,B幼儿园发病43例,持续33 d,流行曲线呈现增殖模式。病例集中在托班和小班,年龄2~4岁为主。症状以发热、咳嗽为主,主要为上呼吸道感染,未发现重症病例。采集病例上呼吸道标本检测,为呼吸道合胞病毒阳性,对4份标本进行测序,为B亚群。  结论  幼儿园急性呼吸道感染暴发时要考虑呼吸道合胞病毒,注意与其他呼吸道感染引起的暴发疫情的鉴别,控制措施要严格,避免疫情长久持续。     

2011-2017年苏州市区5岁以下儿童流感相关门诊就诊率的估计

  目的  估计2011-2017年苏州市区5岁以下儿童流感相关流感样病例（influenza-like illness，ILI）就诊率。  方法  2011年10月~2017年3月，在苏州大学附属儿童医院门急诊室开展对5岁以下儿童ILI病例的监测。收集咽拭子标本并采用实时定量逆转录-聚合酶链反应进行流感病毒检测。同时基于卫生服务利用数据及人口学数据，估计苏州市区5岁以下儿童流感相关ILI就诊数和就诊率。  结果  2011-2017年苏州市区约有45 930例次5岁以下流感相关ILI病例，其中因流感病毒A/H1N1感染就诊的ILI病例7 490例，A/H3N2就诊数为17 843例，B就诊数为20 597例。研究期间，苏州市区5岁以下儿童流感相关ILI病例的就诊率为6.4/100人年，其中2011-2012年流感相关ILI就诊率最高，达20.5/100人年，2012-2013年最低，为2.4/100人年。  结论  苏州市区5岁以下的儿童流感相关ILI就诊数和就诊率较高，疾病负担较大。     

中国柯萨奇病毒A组2型的遗传进化分析

  目的  探讨中国柯萨奇病毒A组2型(coxsackievirus A2, CV-A2)毒株的遗传进化特征。  方法  收集中国CV-A2毒株的VP1区及全基因序列,采用MEGA 10.2.4软件构建系统进化树并开展氨基酸位点突变分析,采用SimPlot 3.5.1软件进行基因重组分析。  结果  共收集到118条VP1序列和26条全基因序列。CV-A2毒株主要来源于广东省,毒株数量自2011年开始迅速增多。基于VP1序列构建的进化树有7个分支,原型毒株为独立A组,多数CV-A2毒株聚集于G组。具有全基因组序列的CV-A2代表株的基因重组分析显示毒株间存在基因重组。另外,VP1氨基酸序列共有22个突变位点。  结论  中国流行的CV-A2毒株已发生较明显的基因重组和VP1区域氨基酸位点突变,监测CV-A2的演化对于手足口病的防控具有重要意义。     

湖州市某小学一起人偏肺病毒呼吸道感染暴发疫情调查

  目的  了解湖州市某小学一起人偏肺病毒(human metapneumovirus,hMPV)引起呼吸道感染暴发疫情的流行病学特征,为今后预防控制hMPV引起的上呼吸道感染学校暴发疫情提供科学参考。  方法  根据《流感样病例暴发疫情处置指南》(2018年版)等开展调查。采集现症病例咽拭子开展新冠病毒核酸检测,如为阴性再开展流感病毒等其他常见的14种上呼吸道病毒检测。  结果  共发现53例hMPV感染病例,首发病例为2020年12月15日; 病例集中在12月21—26日; 末例病例为12月29日。历时15 h疫情结束。病例均为一年级学生,发病班级罹患率为44.92%(53/118),其中101班的罹患率为23.08%(9/39),102班为53.85%(21/39),103班57.50%(23/40),差异有统计学意义(χ2=10.07,P < 0.05)。病例年龄在6~7岁。发病班级男生罹患率为48.00%(24/50),女生为42.65% (29/68),差异无统计学意义(χ2=0.33,P>0.05)。所有病例临床症状均较轻,以咳嗽、咽痛、流鼻涕为主,仅少部分出现发热。采集20例现症病例咽拭子标本,13例hMPV核酸阳性。  结论   hMPV引起的症状相比流感较轻,不容易引起学校和家长的重视。学校应开展相关防治知识宣传,做好晨午检,杜绝带病上课。     

我国柯萨奇病毒A组6型VP1区基因分子流行病学特征

  目的  分析我国2010―2018年柯萨奇病毒A组6型（Coxsackievirus A6,CV-A6）毒株VP1区基因流行和进化规律,为手足口病的防治提供科学依据。  方法  从GenBank获得2010―2018年我国CV-A6病毒全长VP1区核苷酸序列,用MEGA V7.0和Interactive Tree of Life V5（iTOLV5）软件构建进化树,用DNAstar V8.1.3软件对核苷酸同源性进行分析。  结果  880条序列来源的CV-A6毒株以D3亚型为主,占毒株总数的95.45%,不同基因型核苷酸同源性为80.8%~86.0%,同基因型内核苷酸同源性为88.1%~100.0%。D2亚型VP1区相对稳定,无整体氨基酸变异情况;而D3毒株VP1区发生多点氨基酸替换,其中A5T、T283A、N137S、V242I、A30V、I174V氨基酸替换循环出现,这种进化模式与越南地区相似,但与日本地区却不同。VP1区5T、30A、137N、242V比例逐年增加,可能与CV-A6引起我国手足口的轻症和重症病例比例上升有关。  结论  具有VP1区遗传多样性的CV-A6 D3株的出现可能是CV-A6在反复流行的一个重要因素,这有助于解释我国CV-A6的流行情况和流行特点。     

2017-2018年青岛地区儿童急性上呼吸道感染病毒谱与流行特征

  目的  了解2017年3月-2018年3月青岛地区儿童急性上呼吸道感染病毒谱与流行特征。  方法  随机抽选青岛地区符合国家流感监测方案诊断标准的流感监测病例中的儿童流感样病例（influenza-like illness，ILI）作为研究对象，共检测359例。采集患儿咽拭子，采用多重实时荧光逆转录-聚合酶链反应进行核酸检测的方法，对9种呼吸道病毒进行筛查。  结果  359例标本中200例至少有1种病毒检测结果为阳性，阳性率为55.71%（200/359）。其中，阳性最多的是流感病毒B型（Influenza Virus B，IVB）Yamagata亚型29.50%（59/200），其次是肠道病毒（Human Enterovirus，HEV）15.00%（30/200），呼吸道腺病毒（Adenovirus，AdV）13.50%（27/200），呼吸道合胞病毒A型（Respiratory Syncytial Virus A，RSVA）12.50%（25/200），流感病毒A型（Influenza Virus A，IVA）H1N1亚型10.00%（20/200）等。2例3种病毒混合感染，1例4种病毒混合感染。  结论  2017年3月-2018年3月9种呼吸道病毒在青岛地区均有流行，IVB Yamagata亚型、HEV、AdV、RSVA亚型、IVA H1N1亚型为主要流行病毒。其中流感病毒、HEV、RSV、偏肺病毒（Human metapneumovirus，HMPV）具有明显的季节性分布。9种病毒在各病毒流行月份存在混合感染。     

2012―2019年泰州市呼吸道感染性疾病综合监测结果分析

  目的  了解泰州市流感样病例(influenza-like illness, ILI)和严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection, SARI)病例的流行病学特征,为科学制定防控策略提供依据。  方法  收集哨点医院ILI病例和SARI病例基本信息并采集咽拭子标本,用PCR法开展13种呼吸道病原体检测,用χ2检验进行统计学分析。  结果  2012年4月―2019年12月ILI就诊百分比(ILI%)和SARI就诊百分比(SARI%)分别为7.27%和2.44%,具有秋冬季流行高峰。共检测956例ILI病例和557例SARI病例的标本,二者的病原阳性检出率分别为50.84%(486/956)、39.14%(218/557)。肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae, SP)、流感病毒(influenza virus, Flu)、流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae, HI)、人鼻病毒(Human rhinovirus, HRV)为优势病原体,其检出率分别为14.81%、9.25%、9.39%、7.73%。总混合感染率为30.11%(212/704),主要为SP合并其他病原体感染。低年龄组病原体检出阳性率高于高年龄组,0~ < 5岁儿童的检出率达34.83%(χ2=54.47, P < 0.001)。冠状病毒(human coronavirus, HCoV)的检出率为2.12%,以HCoV-OC43亚型为主(46.88%),各亚型季节分布不明显。  结论  泰州市哨点医院呼吸道综合监测发病呈秋冬季的流行高峰,主要病原体为SP、Flu、HI、HRV,15岁以下年龄组检出率较高,应针对重点人群采取综合性呼吸道疾病防控措施。     

上海市静安区小学一起甲型流感暴发疫情分析

目的 了解上海市某小学一起甲型流感暴发疫情的流行病学资料,为探索针对性防控措施提供参考。方法 采用现场流行病学方法,通过现场随访和电话回访卫生老师及病例的方式,调查收集2022年11月8日至12月6日静安区某小学甲型流感暴发疫情资料,采用描述流行病学方法分析疫情的分布特征。结果 首发病例于2022年11月8日上午出现咳嗽、咽痛、发热症状,体温最高达38.6℃。本起暴发疫情累计报告流感样病例99例,其中学生92例,教师7例,总罹患率为9.45%。所有病例的临床症状均有发热、咽痛及咳嗽,经医院快诊试剂诊断为甲流病例27例。二年级学生病例罹患率最高(24.46%),不同年级学生病例罹患率差异有统计学意义(χ²=48.28,P<0.01);教学楼二楼病例罹患率最高(23.47%),不同楼层病例罹患率差异有统计学意义(χ²=52.38,P<0.01)。病原学检测显示,导致该次暴发的流感病毒为甲型H3N2病毒。结论 该次疫情是一起由甲型H3N2流感病毒引起的校园聚集性疫情。卫生与教育部门之间应加强合作,有效落实传染病防控措施,及时找出传染源,...     

武汉综合性医院门诊发热患者中新型冠状病毒肺炎确诊情况

目的 分析武汉市COVID-19疫情期间发热人群的流行病学特征规律,旨在为疫情防控提供科学依据.方法 收集综合性医院发热门诊2698例发热病例中的肺炎病例和SARS-CoV-2核酸检测阳性病例,采用描述性流行病学方法进行统计分析.结果 2020年1月1日至2020年2月12日武汉市综合性门诊共接诊发热患者2698人次,...