钦州市钦南区HIV-1流行亚型及基因变异特征研究

目的 调查流行于钦南区的HIV-1亚型种类并分析其基因变异特征.方法 抽取100例未抗病毒治疗的HIV-1感染者,从血样中提取病毒RNA或前病毒DNA,采用聚合酶链反应(PCR)扩增HIV-1 gag基因和pol基因片段并测序,用系统进化树分析其亚型,并计算gag和pol区的基因离散率.结果 97份血样获得gag基因序列或pol基因序列,4份血样的gag与pol分型不一致,其他93份分型明确,其中CRF01_AE重组型、CRF07_BC重组型、CRF08 BC重组型及G亚型分别占76.34％(71/93)、9.68％(9/93)、12.90％(12/93)和1.07％(1/93).CRF08_BC的gag基因离散率为0.059±0.005,高于CRF07_BC的0.053±0.005(P＜0.01)和CRF01_AE的0.049±0.004(P＜0.01).CRF01_AE的pol基因离散率为0.044±0.003,高于CRF07_BC的0.035±0.004(P＜0.01)和CRF08 BC的0.033±0.003(P＜0.01).结论 钦南区HIV-1存在至少3种流行亚型,其中CRF01_AE是最主要的亚型,不同基因区的变异程度有所不同.     

深圳市HIV-1毒株的流行状况

目的了解深圳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株亚型及流行情况,分析其传染来源和传播规律。方法应用巢式聚合酶链反应技术,对122例在深圳市发现的HIV-1感染者外周血单个核细胞中的env基因和gag基因进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果122份样本中共存在CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC3种重组毒株以及B'、B、C3种亚型,其在所有分析样本中的比例分别为45.1%(55/122)、31.1%(38/122)、6.6%(8/122)、14.8%(18/122)、1.6%(2/122)和0.8%(1/122)。CRF01_AE、CRF08_BC、CRF07_BC、B和B'亚型间的组内离散率分别为(4.455±1.478)%、(2.997±1.345)%、(4.380±2.024)%、(5.186±2.487)%和(4.869±2.638)%,与部分国内和国际参考株01AE.TH.90.CM240、97CNGX-9F、CN.97.C54A、B.US.83.JRFL、RL42核苷酸序列间的离散率分别为(5.228±0.823)%、(3.634±1.073)%、(4.233±1.119)%、(4.950±2.564)%、(5.795±2.198)%。CRF07_BC和CRF08_BC亚型以吸毒人群为主,CRF01_AE重组亚型以性途径和吸毒人群为主,B和B'亚型主要分布在静脉吸毒、性传播和献/输血人群。结论深圳地区有3种亚型和3种重组亚型HIV-1毒株流行,CRF01_AE、CRF08_BC重组亚型和B'亚型为主要流行毒株,CRF01_AE是性传播人群中的主要流行毒株,CRF08_BC和CRF01_AE是静脉吸毒人群中的主要流行毒株。     

深圳市2010年HIV-1分子流行病学调查

目的了解2010年艾滋病病毒-1型（HIV-1）毒株亚型在深圳市的流行情况,为预防和控制HIV在本市的流行提供有价值的资料。方法收集2010年深圳市HIV-1确认为阳性的样本150例,应用巢式聚合酶链反应（nested-PCR）技术,对该样本膜蛋白基因（env基因）和核心蛋白（gag基因）进行扩增,并对各基因区核苷酸序列进行测定和分析。结果共有128份样本获得分型结果,其中CRF01_AE重组株占63.3%（81/128）,B’亚型占14.1%（18/128）,CRF07_BC重组株占13.3%（17/128）,CRF08_BC重组株占7.0%（9/128）,C亚型占0.8%（1/128）,A1亚型占1.6%（2/128）;CRF01_AE重组株以吸毒传播、异性性传播和同性性传播为主,分别占其感染人群的23.5%、45.7%和30.9%,CRF07_BC、CRF08_BC重组株以异性性传播和同性性传播为主,分别占各感染人群的41.2%、58.8%和66.7%、33.3%%,B’亚型主要分布在性传播、献/输血和母婴传播人群。本文首次在吸毒人群中发现A1亚型。结论 2010年深圳市的HIV-1是以CRF01_AE重组株、B’亚型、CRF07_BC和CRF08_BC重组株为主要流行毒株,也存在A1和C亚型;CRF01_AE重组株是各传播途径人群中的主要流行株,并且CRF01_AE重组株在各人群中所占的比例高于国内其他地区。     

江苏省2006年新发现感染者的HIV-1分子流行病学研究

目的:了解人类免疫缺陷病毒在江苏省的亚型分布特点,初步探讨传播途径与病毒亚型间的关系.方法:收集2006年新发现HIV-1者的流行病学资料;用EDTA-K3抗凝的全血,提取病毒RNA,用逆转录巢式PCR扩增env基因的C2-V3区和gag基因.先用ClustalX对所得序列和参考株序列进行比对,然后用MEGA3.1构建进化树和亚型分析.结果:江苏省共发现CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B、C、CRF02_AG、A1 7种亚型,其中主要流行的亚型是CRF01_AE,占31.6%(24/76);其次为CRF07_BC,占25%(19/76);B亚型占19.7%(15/76).在异性性传播途径中,共发现CRF07_BC、B、CRF01_AE、C、CRF08_BC5种亚型,其中CRF07_BC、B、CRF01_AE分别占32.6%、23.3%、20.9%.在同性性传播途径中,共存在CRF01_AE、CRF07_BC、B、CRF08_BC 4种亚型,主要流行株均为CRF01_AE,占63.6%.在静脉吸毒者中,共发现CRF07_BC、B、CRF01_AE、A1、CRF02_AG 5种亚型,CRF01_AE是该类人群的主要流行株,占58.4%.结论:流行于江苏省的HIV-1亚型种类较多;除CRF02_AG和A1亚型外,其余5种亚型均存在于性传播途径中;经性传播途径感染HIV-1可能是我省HIV-1亚型日趋复杂化的主要原因.     

江苏省HIV耐药警戒线的调查

目的:了解江苏省开展艾滋病抗病毒治疗以来,耐药毒株的传播情况和亚型分布?方法:通过横断面调查,采集17~25岁HIV-1感染者的全血样品,测定HIV-1pol区编码蛋白酶和逆转录酶基因的序列,提交到斯坦福大学HIV在线耐药数据库中鉴定耐药位点?用MEGA4.0软件构建进化树,分析亚型?结果:47份样品中,没有发现HIV-1的耐药株?共有CRF01_AE?B?CRF07_BC和CRF08_BC 4种亚型流行,CRF01_AE是主要流行的亚型,占59.6%,其次为B亚型,占25.5%?结论:江苏省还未发现耐药株的传播,个体治疗前尚不需要进行耐药性检测?在江苏省流行的HIV-1亚型与2006年相比,已经发生了显著变化,为掌握目前江苏省HIV-1的亚型分布,应对近2年发现的HIV感染者进行分子流行病学研究?     

我国口岸出入境人员HIV-1基因亚型分析

目的研究我国口岸检出的人类免疫缺陷病毒I型（HIV-1）感染者的HIV-1 gag区基因序列特征，了解亚型种类，为艾滋病的监控和防制提供科学依据。方法从HIV阳性的出入境人员血浆中提取病毒核酸，之后采用RT-PCR法扩增gag区基因，对该段序列进行测定分析。结果2004～2006年确认的39例HIV阳性标本，根据gag区基因序列系统树分析显示，共有8种亚型，其中12例C亚型，9例CRF01_AE重组，6例CRF07_BC重组，5例CRF08_BC重组，4例B亚型，1例B’亚型，1例CRF02_AG重组和1例A1亚型。结论北京口岸检出的HIV-1亚型种类较为复杂，研究口岸艾滋病病毒的变异特点和传播来源对于我国艾滋病的防治具有重要作用。     

适用于中国HIV-1分型的gag基因引物及其应用

目的 对中国流行的主要HIV-1毒株进行遗传特征分析,确定适用于中国HIV分子流行病学调查的gag基因扩增引物.方法 从HIV序列数据库下载CRF07_BC、CRF08_BC、C亚型及M组参考毒株的gag全长序列,经序列比对后设计gag基因扩增引物;获得的基因片段采用邻接法构建系统进化树,评价不同片段用于分析和确定HIV-1亚型的可靠性,并检测部分样本以评定效果.结果 目前我国常用的gag基因306/c-gag引物扩增片段(HXB2 836～1507)构建的系统进化树中,CRF07_BC、C亚型进化簇的Bootstrap值分别为70%和59%,其可靠性较低,难以形成较为稳定的进化簇用于病毒亚型判断.而利用设计的gag基因GUX/GDX引物扩增片段(HXB2 781～1861)构建的系统进化树中,CRF07_Bc、CRF08_BC和C亚型序列能够独立成簇,其Bootstrap值分别为99%、99%和77%,具有较高的可靠性.在实际应用中,新设计的引物具有较高的扩增阳性率和测序成功率,获得序列形成B、C亚型和CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC等5个大的进化簇,其Bootstrap值均超过80%.即使仅用下游引物GDX测序获得的较短片段亦能获得较为可靠的系统进化树.结论 GUX/GDX引物扩增获得的gag基因片段可以构建较为可靠的系统进化树,用于区分和判断我国流行的主要HIV-1毒株亚型,尤其是BC重组毒株和C亚型毒株.该方法在我国HIV分子流行病学调查和研究中有广泛的应用价值.     

深圳地区120株HIV-1膜区和结构蛋白区基因变异分析

目的研究深圳地区HIV-1病毒株在膜区和结构蛋白区基因变异情况,比较不同亚型毒株之间基因离散率的差异。方法收集HIV-1感染者新鲜血浆,提取血浆中HIV-1病毒株RNA,RT-PCR套式扩增env区和gag区基因,基因测序后进行序列比对和分析,构建基因进化树,计算基因离散率。结果各亚型毒株在env区相互之间基因离散率最大的是B亚型和07-BC亚型,最小的是07-BC亚型和08-BC亚型;各亚型毒株在gag区相互之间基因离散率最大的是01_AE亚型和07-BC亚型,最小的是07-BC亚型和C亚型。结论 07-BC、08-BC及C亚型在两个基因片段上基因距离均最近,说明这三个亚型可能有共同的起源。     

Gene analysis of HIV-1 gag gene in blood donors in Guangzhou.

目的 了解广州地区献血人群中人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)亚型的流行规律及其与国际参考株的同源性.方法 从32例经疾控中心用蛋白印迹法确认为HIV-1阳性的无偿献血者的血浆中提取核酸,用RT-PCR进行gag基因扩增,并对扩增产物进行测序和序列分析.结果 32例标本中有3种HIV-1亚型:14例(43.8%)为CRF01_AE重组亚型,其中12例与国际标准株01_AE.CN.2005.05GX156最接近,平均基因距离为0.043 54;2例与国际标准株01_AE.VN.1998.98VNBG6最接近,平均基因距离为0.056 00;13例(40.6%)为CRF07_BC重组亚型,与国际标准株07_BC.CN.2007.07CNBJ550最接近,平均基因距离为0.026 69;5例(15.6%)为01B型,与国际标准株01B.CN.2008.08CYM003最接近,平均基因距离为0.060 42.结论 广州地区献血人群中HIV-1亚型以CRF01_AE和CRF07_BC为主.     

贵州省新发现HIV-1毒株亚型特征研究

目的 分析研究贵州省HIV-1亚型毒株分布及流行特征,为艾滋病防治及疫苗研制提供科学依据.方法 用套式基因扩增方法(PCR)扩增HIV-1毒株gag基因和env基因并测序分析.结果 128例样本扩增、测序成功119例,其中CRF01-AE亚型62例,CRF07-BC重组亚型49例,CRF08-BC重组亚型2例,B亚型6例.结论 本次研究贵州省HIV-1毒株以新发现的CRF01-AE重组亚型流行为主,CRF07-BC重组亚型次之,多亚型并存;分析结果提示贵州省HIV-1毒株亚型向性传播转变.     

无偿献血人群中HIV-1感染者env基因序列特征研究

目的 分析我国无偿献血人群艾滋病病毒I型（HIV-1）感染者病毒亚型及env基因C2-V4区序列特征。方法 针对我国13个省市献血人群筛选的115例HIV-1阳性标本,扩增HIV-1的env基因C2-V4区片段并测序;构建最大似然树（Maximum Likelihood）分析不同亚型env基因序列的进化关系;分析该基因区序列变异以及2G12、PGT135、PGT128中和表位特征。结果 从115例HIV阳性标本中成功扩增C2-V4区76份,经测序分析发现HIV-1基因亚型7种,其中,亚型CRF01_AE和CRF07_BC所占比例最高,分别占46.0%（35/76）和39.5%（30/76）,其他亚型CRF08_BC、B、CRF65_CPX、CRF59_01B、CRF61_BC所占比例分别为5.3%（4/76）、5.3%（4/76）、1.3% （1/76）、1.3% （1/76）、1.3% （1/76）。V3环顶端四肽存在GPGQ、GPGR、GPGK、GQGR四种类型,辅助受体以CCR5（90.8%）为主。97.1%的CRF01_AE毒株分别缺失2G12和PGT135抗体识别的相关糖基化位点,而CRF07_BC毒株100%缺失2G12抗体识别相关的糖基化位点,80%毒株未缺失PGT135抗体识别相关的糖基化位点。结论 我国献血人群HIV-1感染者以CRF01_AE和CRF07_BC为主要流行毒株;各毒株亚型V3顶端四肽以GPGQ变异型为主,且主要使用CCR5为辅助受体;2G12、PGT135及PGT128中和抗体表位呈现不同程度的变异。该研究为进一步开展针对献血人群的艾滋病预防与控制提供了参考数据。     

HIV-1B’亚型及CRF07_BC重组毒株感染者中和反应特征分析

目的探讨我国主要流行的HIV～1B’和CRF07-BC重组毒株感染者中和反应特征。方法采用基于Env假病毒的以表达CD4及CCR5／CXCR4的TZM-bl细胞系为靶细胞的中和抗体测定方法,测定40例感染时间在3年左右的HIV—CRF07-BC重组毒株感染者及31例感染时间在10年以上的HIV-1B’亚型毒株感染者血浆对11株包括B（4株）、CRF07BC（3株）、CRF01-AE（3株）及中和敏感毒株（1株）Env假病毒的中和反应,并分析感染者血浆的中和宽度和中和强度。结果B’亚型毒株感染者在中和宽度及亚型交叉中和强度方面均高于感染时间相对较短的CRF07BC重组毒株感染者,B’亚型感染者对CRF01-AE亚型病毒的中和活性显著高于CRF07-BC重组型感染者：而CRF07-BC重组型感染者对同亚型病毒的中和强度则显著高于B’亚型感染者。结论HIV-1感染者中和抗体宽度以及对异源病毒的中和活性与感染时间正相关,适度的病毒抗原刺激有助于广谱中和活性的产生。     

一组分离自男男性行为人群HIV-1毒株的近似全长序列分析

目的对5名北京市男男性行为者体内人类免疫缺陷病毒-1（HIV-1）全基因组特征进行全面分析。方法采用淋巴细胞共培养法分离出病毒,并采用RT-PCR法扩增出其近似全长基因组,测序后对其基因序列特征进行深入分析。结果经系统进化和重组分析,分离出的5株病毒分属CRF07_BC、CRF01_AE和B亚型。病毒虽然分属不同亚型,但膜区糖基化位点的数目和分布位置都趋于保守,V3环顶端序列存在GPGR和GWGR两种形式,嗜性预测皆为M嗜性。结论男男性行为人群中HIV-1流行毒株存在CRF01_AE、CRF07_BC和B亚型。本研究获得的全长序列将为研究HIV-1各亚型在男男性行为人群中的传播和进化提供理论依据。     

北京市2018—2019年献血筛查发现的HIV-1毒株分子特征研究

目的 分析北京市献血者中筛查出的人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者流行毒株及分子传播特征,为献血人群的艾滋病防治工作提供数据。方法 对2018—2019年献血筛查HIV-1阳性而报废的血液样本118份,针对病毒pol区部分片段进行基因扩增和测序,运用系统进化分析技术构建贝叶斯（Bayesian inference, BI）和最大似然（Maximum Likelihood, ML）系统进化树,确定HIV毒株亚型,并与从NCBI数据库下载来自中国各省份的23 823条HIV-1序列应用HyPhy2.2.4与Cytoscape3.7.2软件构建分子传播网络。结果 从收集HIV-1阳性报废血液样本成功获得pol区基因序列118条,系统进化分析显示,主要亚型为CRF01_AE 54份（占45.8%）和CRF07_BC 48份（占40.7%）。CRF01_AE中的Cluster 4和Cluster 5簇和CRF07_BC的MSM簇,所占比例分别为25.4%（30/118）、20.3%（24/118）和34.7%（41/118）。在0.5%基因距离阈值下,共有14条序列与数据库中序列发生关联;进入分子网络中HIV-1毒株亚型包括CRF01_AE（6例）、CRF07_BC（6例）、B（1例）和CRF67_01B（1例）。献血人群中的HIV感染者在分子网络中与12个省的HIV感染人群病毒序列相关联,重点关联的依次为来源于北京、上海、深圳三个大城市MSM人群的感染毒株。结论 北京市献血者筛查出的主要HIV-1流行毒株为CRF01_AE和CRF07_BC,在MSM人群占据优势的CRF01_AE Cluster 4、CRF01_AE Cluster 5和CRF07_BC MSM簇,在献血筛查HIV-1阳性人群中同样属于主要流行簇。分子网络分析未发现该人群中大规模的聚集性传播,进入分子网络的毒株主要与北京、上海、深圳三个大城市来源于MSM人群感染毒株相关联。提示强化献血人群健康教育,有效阻断有高危行为的MSM人群参与献血。     

深圳市龙岗区新确证HIV/AIDS病例的亚型分布及耐药分析

目的 了解深圳市龙岗区新增确证艾滋病病毒感染者(HIV)/艾滋病病人(AIDS)的流行病学特征、HIV-1亚型分布及耐药株流行状况,为当地的艾滋病防控提供参考依据.方法 对深圳市龙岗区2016-2019年新报告HIV/AIDS病例开展流行病学横断面研究,按年分层随机抽取432例HIV/AIDS患者血清并提取病毒RNA,...