GSTM1基因编码区SNP位点T1270533G与鼻咽癌的相关性

目的 通过筛查GSTM1基因SNPs位点,研究该基因编码区单核苷酸多态位点T1270533G与鼻咽癌易感性和临床表型的关系.方法 用PCR方法对中国人群27个个体DNA标本进行扩增、纯化及测序,从中获得GSTM1编码区、调控区和侧翼区及部分内含子区SNP位点,所获数据进行LD分析.选择编码区多态性位点T1270533G(该位点在中国人群罕见等位基因频率为22.2%),用tetra-PrimerARMS-PCR结合测序方法对鼻咽癌患者和对照人群进行相关性分析.结果 通过测序共获取29个SNPs;其中13个SNPs位点之间均呈高度连锁不平衡;编码区多态性位点T1270533G的变异与鼻咽癌临床表型之间无明显关联(RR=0.170,95%CI=0.95-0.306 for homozygote TT).结论 编码区多态位点T1270533G虽然发生了碱基颠换,产生了错义突变,导致了氨基酸的改变,但并没有影响其解毒功能.该位点在鼻咽癌患者和对照人群中等位基因型频率差别很小,与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联.     

毛细管扩张症突变基因启动子区单核苷酸多态性位点rs189037与广东鼻咽癌相关性研究

目的毛细管扩张症突变(ATM)基因变异与多种肿瘤发生相关,但对ATM基因与鼻咽癌易感性研究报道较少。选择ATM基因启动子区单核苷酸多态性(SNP)位点rs189037,观察其多态性与广东鼻咽癌发生风险的关系。方法应用PCR方法对176名广东鼻咽癌患者和202名对照人群DNA标本rs189037位点进行扩增、纯化及测序,再进行人群相关性分析。结果 rs189037 G>A,其中杂合型G/A基因型频率在鼻咽癌患者及对照人群中分别为50%(88/176),47.5%(96/202);纯合突变型A/A基因型频率在鼻咽癌患者及对照人群中分别为15.3%(27/176),18.3%(37/202),经统计分析,G/A和A/A这两种基因型在两组间分布无显著性差异(OR=1.022,95%CI=0.668-1.564),进一步行年龄分层及性别分层,各两组间仍无明显差异。结论 ATM基因启动子区rs189037位点多态性在鼻咽癌患者和对照人群中基因型频率差别很小,推测其与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联。     

中国山东汉族人群TIM-3基因启动子区域两单核苷酸多态与支气管哮喘的相关性

目的：检测中国山东汉族人群T细胞免疫球蛋白域和粘蛋白域蛋白 3（T cell immunoglobulin domain and mucin domain protein 3, TIM 3）基因启动子区域的单核苷酸多态（single nucleotide polymorphism,SNP）位点T 882C以及T 574G的多态性,探讨TIM 3基因启动子区域的单核苷酸多态与汉族人群支气管哮喘易感性的关系。方法：采用聚合酶链反应－限制性片断长度多态性（polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism,PCR RFLP）法检测449例哮喘患者以及386例正常对照TIM 3基因启动子区域单核甘酸多态位点T 882C及T 574G的基因型,计算基因型频率及等位基因频率,进行χ2检验。结果：T 882C及T 574G在中国汉族人群中处于完全连锁不平衡状态,其基因型频率及等位基因频率一致;T 882C位点TT/TC/CC基因型频率以及T 574G位点TT/TG/GG基因型频率在病例组中为0/0.042?3/0.957?7,在对照组中为0/0.018?1/0.981?9;两位点的基因型、等位基因分布以及单倍体型分布在哮喘组与对照组之间均有统计学差异。结论：中国汉族人群TIM 3基因启动子区域单核苷酸多态T 882C、T 574G与支气管哮喘易感性相关。     

汉族人群肺结核患者白介素-4基因多态性的研究

目的探讨白介素-4（IL-4）基因启动子区-590C/T位点单核苷酸多态性（SNP）与肺结核病的关系。方法采用序列特异性引物PCR（PCR—SSP）22．测序技术检测深圳地区汉族人群肺结核患者194例及健康对照者195例IL-4启动子-590C/T位点基因多态性。采用直接计数法计算各组基因型频率及等位基因频率,并进行）（2检验。以P〈0．05为具有统计学意义。结果两组人群IL-4启动子区-590C/T位点基因型及等位基因分布频率无明显差异（P〉0．05）。结论IL-4基因启动子区-590C／T位点基因多态性与中国汉族人群肺结核病易感性无关。     

肿瘤坏死因子受体基因多态性与扩张型心肌病遗传易感性的关系

目的探讨肿瘤坏死因子受体(TNFR)基因多态性与扩张型心肌病(DCM)遗传易感性的关系。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)的方法检测110例中国四川地区汉族DCM患者(DCM组)和110名健康对照者(对照组)TNFR基因2个单核苷酸多态性(SNP)位点的等位基因以及基因型频率,分析两位点多态性与DCM遗传易感性的关系。结果110例DCM患者中,TNFR2(+676)位点G/G纯合子基因型频率(10.9%)和G等位基因频率(43.6%)均高于对照组,差异有统计学意义(P<0.01);TNFR1(-329)位点基因型以及等位基因频率与对照组比较差别无统计学意义(P>0.05)。结论四川地区汉族人群中未发现TNFR1(-329)基因多态性与DCM易感性有关;TNFR2(+676)位点G等位基因可能与DCM的遗传易感性有关,TNFR2(+676)位点T/G多态由野生型的T转变为G,则其患DCM的风险可能会增加,G/G纯合子基因型个体较易患DCM。     

汉族人群白细胞介素-2基因多态性与鼻咽癌风险的关系

目的研究四川汉族人群白细胞介素-2基因（IL-2）-330T/G及＋114G/T基因多态性与鼻咽癌风险的关系。方法采用病例对照研究方法,PCR-RFLP检测180例汉族人和150例鼻咽癌患者IL-2-330T/G、＋114G/T的多态性分布及与鼻咽癌风险的关系。结果病例组和对照组两多态性位点基因型频率分布无显著性差异（P〉0.05）,两多态性位点未增加个体患鼻咽癌的风险（P〉0.05）。结论 IL-2-330T/G、＋114G/T多态性与鼻咽癌易感性无关。     

MMP-2基因启动子区多态性与子宫内膜异位症易感性研究

目的:探讨MMP-2启动子区基因多态性与广东地区妇女子宫内膜异位症(EMs)易感性的关系。方法:采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态方法(PCT-RFLP)对77例EMs及83例对照组MMP-2启动子区基因多态位点的基因型分析。结果:MMP-2基因的基因型(P=0.97)以及等位基因频率(P=0.82)的分布差异均无统计学意义。结论:MMP-2启动子区-735C/T基因多态性与广东地区妇女子宫内膜异位症(EMs)易感性无明显相关性。     

PLUNC基因启动子区荧光素酶报告载体的构建与鉴定

目的构建人PLUNC(palate,lung and nasal epithelium clone)基因启动子区C-1888T SNP位点不同单倍型荧光素酶报告基因表达载体。方法利用PCR技术得到1888位点不同基因型的PLUNC基因启动子区目的片段,将其分别插入到pMD18-T载体和pGL3-enhancer荧光素酶报告基因载体中并测序。结果成功构建了人类PLUNC基因C-1888T SNP位点上的2种不同纯合子基因型(CC型和TT型)的荧光素酶报告载体(pGL3-enhancer-T型和pGL3-enhancer-C型),且测序得以证实。结论成功构建出的荧光素酶报告载体,为研究PLUNC基因不同的1888SNP位点能否调控不同的PLUNC基因表达提供了基本实验条件。     

MKK4基因启动子区-1044A＞T多态与鼻咽癌易感性的研究

目的 探讨MKK4基因启动子区-1044A＞T位点单核苷酸多态基因型与散发性鼻咽癌遗传易感性的关系.方法 采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性法(PCR-RFLP)检测30例健康人和90例鼻咽癌患者的MKK4基因-1044A＞T位点(rs3809728)单核苷酸多态性.结果 MKK4基因-1044A＞T位点基因多态性在病例组和对照组中分布差异无统计学意义,AT基因型(OR=0.726,95％CI=0.333～2.151),TT基因型(OR=0.952,95％CI=0.094～9.663),P=0.712.结论 MKK4基因-1044A＞T位点的单核苷酸多态性:可能与散发性鼻咽癌易感性无关.     

CAPN10基因单核苷酸多态性与西南地区人群2型糖尿病的相关性研究

目的：探讨calpainl0基因单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）与西南地区汉族人群2型糖尿病（Type 2 diabetes mellitus,T2DM）遗传易感性的关系。方法：采用病例一对照研究设计,对144例T2DM患者和98例正常对照者采用双向等位特异性PCR技术（Bi—PASA）,检测calpain10基因SNP43MG位点、SNPddC／T位点和SNP56A／G位点的基因型,并进行关联分析。结果：与对照组相比,病例组SNP43的G／G等位基因型频率、SNP44的C／T等位基因型频率和SNP56的A／A等位基因型频率显著升高（分别为86．11％,73．5％;36．8％,19．36％;38．0％,9．8％）。SNP43的G等位基因频率、SNP44的C等位基因频率和SNP56的A等位基因频率在西南地区T2DM人群中显著升高（分别为93．06％,86．22;19．1％,9．69％;60．07％,44．96％）;单体型ATG、GCA、GTG频率在病例组与对照组的分布具有显著差异。结论：calpain10基因可能为西南地区汉族人群T2DM的易感基因。     

原发性开角型青光眼患者小梁网糖皮质激素诱导反应蛋白基因单核苷酸多态性研究

目的 探讨中国汉族人中小梁网糖皮质激素诱导反应蛋白（TIGR）基因的单核苷酸多态性（SNP）及其与原发性开角型青光眼（POAG）发病的关系。方法 应用设爱量构象敏感性凝胶电脉（HTCSGE）和荧光标记自动测序法筛选和鉴定82例POAG患者TIGR基因的SNP,用限制性内切酶酶切分析技术检测150例对照组人群相应的SNP。结果 TIGR基因所有编码区及部分非编码区共检出6种SNP：1－83（G→A）、G12R、R46X、R76K、IVS2＋35（A→G）和T353I。其中,T353I的基因型TC和等位基因T在POAG患者和对照人群中的分布差异有显著意义,POAG患者中基因型TC和等位基因T的基因T在POAG患者和对照人群中的分布差异有显著意义,POAG患者中基因型TC和等位基因T的频率分别为12.2%和6.1%,均显著高于对照组的3.3%(x^2=6.885,P=0.009）和1.7%(x^2=6.655,P=0.010)。其余5种SNP各基因和等位基因频率在两组中差异均无显著意义。结论 TIGR基因T353I多态性可能与我国POAG发病相关,提示TIGR基因是中国汉族人POAG的相关基因。     

BRD7基因在急性白血病细胞中的表达及SNP分析

目的:探讨BRD7基因在急性白血病(AL)患者骨髓单个核细胞(BMNCs)中的表达水平及单核苷酸多态性(SNP)分布.方法:采用半定量RT-PCR方法检测52例AL患者及30例非恶性血液病对照的BMNCs BRD7基因的表达水平,并应用单链构象多态性加直接测序法检测BRD7基因点突变或SNP,分析BRD7基因与AL的相关性.结果:在52例AL患者和30例对照组患者中均存在BRD7基因表达.急性淋巴细胞白血病(ALL)患者和急性非淋巴细胞白血病(ANLL)患者BRD7 mRNA的相对表达量均高于对照组(P＝0.001;P＝0.037).BRD7基因编码区(447～844 bp)存在3个cSNPs,即C657A,C495T和A737G,其中C495T和A737G偶联发生.C657A多态性的基因频率在AL组和对照中差异无统计学意义.两个偶联的SNPs等位基因频率及基因型频率在AL组和对照中差异存在统计学意义(P＜0.01);但在AL组中3种基因型之间BRD7 mRNA的表达差异无统计学意义(P＞0.05).结论:BRD7基因在急性白血病患者细胞中表达上调.BRD7基因编码区(447～844 bp)2个偶联SNPs (C495T和A737G)与AL存在相关性,可能是AL的遗传易感因子之一.     

白介素-16基因多态性与广西地区鼻咽癌遗传易感性的研究

目的研究广西地区人群白介素-16(IL-16)基因多态性与鼻咽癌(NPC)遗传易感的相关性。方法对来自广西地区的75例鼻咽癌患者和75例健康体检者采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)及酶联免疫吸附法,分析IL-16基因的3个单核苷酸多态性(SNP)位点(rs11556218T/G、rs4778889T/C、rs4072111C/T)多态性与NPC的相关性。结果 IL-16基因rs11556218位点在NPC患者中TG基因型分布频率(49.3%)显著高于健康对照组(34.7%)(P=0.037)。NPC组IL-16-rs11556218G等位基因频率为32.7%,高于正常对照组的21.3%(P=0.027),并且G等位基因携带者的血清IL-16水平明显高于TT基因型(P=0.00)。携带GTT和GCC单倍型的个体罹患鼻咽癌风险性是携带TTC单倍型者的2.95倍和2.73倍。结论 IL-16基因rs11556218位点的基因多态性与广西地区鼻咽癌的遗传易感性有关,TG基因型可能是NPC发生的易感基因型,携带G等位基因的个体患NPC风险增高。     

广东汉族人群CD40基因多态性与Graves病的相关性

目的 探讨CD40基因5' 非翻译区(5'uTR)-1位点的C/T单核苷酸多态性(SNP)与广东汉族人群Graves病(GD)的易感相关性.方法 采用病例一对照研究方法 ,对119例内分泌科门诊和住院GD患者和103例正常对照者进行研究.应用聚合酶链反应一限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)技术测定CD40基因5'UTR_1位点的C/T单核苷酸多态性,计算基因型及等位基因频率.结果 CD40基因5'UTR_1位点的基因型频率在GD组和对照组中的分布差异有显著性(x2=14.152,P=0.010),GD组的CC基因型频率明显高于对照组(47.9% vs 24.3%,OR值=2.870,95%CI为1.612-5.105,P=0.000),TT 基因型频率明显低于对照组(16.0%vs 29.1%,OR值=0.462,95%CI为0.242-0.885,P=0.018),GD组的C等位基因频率明显高于对照组(66.0%vs 47.6%,OR值=2.136,95%CI为1.456～3.133,P=0.004).结论 CD40基因5'UTR_ 1位点的C等位基因多态性可能与广东地区汉族Graves病发病相关.     

TRAIL基因启动子区单核苷酸多态性与脂肪肝的相关性

目的探讨中国山东汉族人群肿瘤坏死因子凋亡相关诱导配体（Tumor necrosis factor(TNF) related apoptosis inducing ligand, TRAIL）基因启动子区单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)与脂肪肝（FLD）的相关性。方法采用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性（PCR RFLP）分析和四引物法聚合酶链反应（Tetra primer ARMS PCR）的方法检测了42例非酒精性脂肪肝、67例酒精性脂肪肝和132例健康对照者的TRAIL基因启动子区单核苷酸多态性位点-707C/T、-665T/C、-621C/T和-597A/G的基因型,计算相应的基因型频率及等位基因频率,进行χ2检验。结果-707C/T、-665T/C和-597A/G位点在中国山东汉族人群中未检测到单核苷酸多态性;-621C/T位点在中国山东汉族人群中存在单核苷酸多态性,且该位点CC/CT/TT基因型频率在非酒精性脂肪肝、酒精性脂肪肝以及正常对照组中分别为0.238/0.500/0.262、0.269/0.448/0.284和0.280/0.394/0.326。但该位点的基因型频率和等位基因频率在三组之间均没有统计学差异。结论在中国山东汉族人群中,仅检测到TRAIL基因启动子区-621C/T位点的单核苷酸多态性,该多态性与脂肪肝的易感性没有统计学差异(P＞0.05)。     

APE1单核苷酸多态性与肺癌易感性关系的研究

目的探讨中国重庆汉族人群脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1(APE1)基因单核苷酸多态性与肺癌易感性的关系。方法采用病例对照研究,应用相对的两对引物-聚合酶链反应(PCR-CTPP)技术检测455例肺癌患者和443例健康人APE1-141T/G和APE1 148Asp/Glu单核苷酸多态性(SNP)。结果 APE1-141G/G基因型相对于T/T基因型,显著减少了患肺癌的风险(OR=0.62;95%CI为0.42～0.91);单倍体分析中,APE1-141T/148Glu单倍体相对于-141T/148Asp单倍体,显著增加了患肺癌的风险(OR=1.28,95%CI为1.01～1.62)。结论 APE1基因与中国重庆汉族人群肺癌易感性密切相关,APE1-141T/148Glu单倍体可能是肺癌的重要遗传易感因素。     

人趋化素样因子上游启动子区的单核苷酸多态性及其与哮喘的相关性

目的 寻找趋化素样因子(CKLF)基因上游启动子区的单核苷酸多态性(SNP),明确其与支气管哮喘发病的相关性.方法 提取245例北京地区汉族人(其中哮喘患者119例,健康对照126例)基因组DNA,采用PCR方法扩增CKLF上游启动子区1553碱基的DNA片段并进行直接测序,分析发现的SNPs的等位基因频率、基因型频率和单倍型分布频率及其与哮喘的发病和临床表现的相关性.结果 在CKLF上游启动子区共发现4个SNPs:SNP88(T>C)、SNPl96(T>C)、SNP568(C>G)、SNP1047(C>G).其等位基因频率分别为0.168(SNP88C)、0.168(SNP196C)、0.352(SNP568G)和0.167(SNP1047G),与以往报道的其他种族的结果明显不同.SNP88与SNP196之间、SNP88与SNP1047之间,以及SNP196与SNP1047之间存在完全连锁不平衡(D1=1.000,r2=1.000),SNP568与SNP88、SNP196及SNP1047问存在连锁不平衡(r2=0.366).哮喘组与对照组4个SNPs的等位基因频率、基冈型频率和单倍型频率差异无显著性.结论 北京地区汉族人群CKLF编码基因上游调控区的基因多态性有其独特的分布特点及连锁不平衡特征,虽然与哮喘的发病无明显相关性,但其分布特点可能为其他疾病相关性研究提供有价值的资料.     

圆锥动脉干畸形患者TBX1基因单倍型分析

目的检测分析单核苷酸多态（SNP）位点在圆锥动脉干畸形患者和正常人群中的分布情况,以及与所构成单倍型与圆锥动脉干畸形的相关性.方法应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法分析130例圆锥动脉干畸形患者及200名正常人3个SNP位点基因型;应用列联表法统计分析患者组和对照组各SNP位点基因型及等位基因频率;应用PHASE软件构建单倍型并统计分析患者组及对照组单倍型频率是否存在差异.结果 G2963A位点等位基因频率及基因型频率在患者组和对照组中的分布差异显著,患者组G等位基因频率明显高于对照组（χ^2=8.14, P〈0.005）;单倍型分析可见4种单倍型在患者组和对照组中的分布频率差异有统计学意义 （χ^2=22.39 P〈0.005）：G2857/G2963/A6571和G2857/G2963/T6571为人群中常见单倍型.患者组中G2857/G2963/A6571、C2857/A2963/T6571两种单倍型频率较对照组高.结论 TBX1基因编码区的SNP位点G2963A与圆锥动脉干畸形有明显的相关性,具有G等位基因的人发生圆锥动脉干畸形的危险性相对增高;3个SNP位点所构成的单倍型有一定意义,可能与圆锥动脉干畸形易感基因相连锁.     

中国彝族人群CCR5基因单核苷酸多态性及其与HIV感染的关联研究

目的对中国彝族人群CCR5基因调节区和结构区的单核苷酸多态性（SNP）进行全面检测,并分析SNP与HIV感染的关联.方法通过巢式-PCR分别扩增102份彝族正常人和68份HIV感染者样本的CCR5基因调节区和结构区,利用变性高压液相色谱法（DHPLC）筛选存在突变的基因片段,对突变片段进行双向DNA序列测定,然后应用Sequence Navigator 软件对CCR5基因的单核苷酸多态性进行分析,并通过SPSS and PPAP 软件分析SNPs与HIV感染的相关性.结果在中国彝族人群CCR5基因的编码区中检测到A77G、G316A、T532C、C921T、G668A五种SNP以及第686-688位的AGA缺失突变（686Del3）,除C921T（Y307Y）为无意义突变外,其他A77G、G316A、T532C、G668A均为有意义突变,它们的氨基酸突变分别为K26R、G106R、C178R、R223Q突变.在这些突变位点中,只有G668A突变的等位基因频率较高,可达0.08, 其余均小于0.01,并且在正常人群和HIV感染者两个群体中的等位基因频率没有显著性差异（P＞0.05）;与编码区所不同的是,在调节区检测到T58934G、G59029A、T59353C、G59402A和C59653T五种SNP,他们的等位基因频率较高,在0.1912-0.2941范围之间. 所检测到的每一个突变在正常人群和HIV感染人群中的分布均差异无统计学意义（P＞0.05）.突变位点间的连锁与HIV感染的相关性,提示T59353C-G59402A单体型与HIV感染可能存在关联.结论 DHPLC是一种快速的高效筛选未知基因突变的高通量方法.SNP与HIV感染的关联性有待于进一步深入研究.