张忠德顽咳方治疗肺气虚寒证咳嗽（慢性支气管炎）的网络药理学机制研究

目的 探讨张忠德教授治疗肺气虚寒证咳嗽（慢性支气管炎）验方顽咳方（化橘红、细辛、半夏、前胡、紫苑等）的药理机制。方法 从中医药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）获取顽咳方的有效成分及作用靶点,运用MalaCards和比较毒物基因组学数据库（CTD）获取慢性支气管炎疾病基因,使用WebGestalt在线基因集分析工具进行基因本位论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,运用STRING在线工具构建蛋白互相作用网络,使用Cytoscape软件进行网络可视化,运用MCODE和CytoHubba软件筛选网络核心靶点,运用CB-DOCK 2对关键靶点和成分进行分子对接。结果 顽咳方靶点与慢性支气管炎疾病的共有靶点共81个,构建了“药物-成分-共有靶点”网络。共有靶点显著富集的GO条目涉及细胞运动、氧代谢、脂多糖、皮质醇的代谢反应和调节、细胞因子的活性及受体结合等相关生物过程,富集的KEGG信号通路有肿瘤坏死因子（TNF）、Th17/IL-17等炎症和免疫相关通路、松弛素、Toll样及NOD样受体等信号转导通路。共有靶点网络前2位的核心靶点为TNF和IL-6,核心子网络...     

基于网络药理学探讨益肺散结方治疗肺腺癌的作用机制及JAK2/STAT3/VEGF信号通路验证

目的 基于网络药理学预测益肺散结方治疗肺腺癌的潜在作用机制,并通过体外细胞实验对关键信号通路之一Janus蛋白酪氨酸激酶2(JAK2)/信号转导和转录激活子3(STAT3)/血管内皮生长因子（VEGF）信号通路进行实验验证。方法 利用中药系统药理数据库（TCMSP）筛选益肺散结方的主要活性成分和潜在作用靶点。通过人类基因数据库（GeneCards）和在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）检索获取肺腺癌主要靶点。运用韦恩图获取两者的交集靶点,通过Cytoscape3.7.2进行拓扑学分析,并建立中药-活性成分-靶点网络图。采用蛋白质相互作用平台（STRING）与Cytoscape3.7.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。应用Metascape数据库进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。借助Vina 1.2.3软件进行分子对接验证。通过CCK-8法检测益肺散结方对细胞活性的影响,细胞划痕实验观察对细胞迁移的影响,Western blot法检测p-STAT3、STAT3、p-JAK2、JAK2、VEGF-A表达。结果 获取益肺散结方活...     

二陈汤治疗多囊卵巢综合征的网络药理学机制

目的：通过网络药理学方法探究二陈汤治疗多囊卵巢综合征（Polycystic Ovary Syndrome,PCOS）的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取二陈汤的有效成分和作用靶点,通过人类基因数据库（Gene Cards）筛选出PCOS的靶点,运用Cytoscape软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络,通过STRING平台构建靶标蛋白质-蛋白质相互作用网络,并利用R包Cluster Profiler进行基因本体论（GO）、疾病本体论（DO）及京都基因和基因百科全书（KEGG）富集分析。结果：获得二陈汤与PCOS的药物-疾病靶点164个,潜在的活性成分包括槲皮素、山柰酚、柚皮素等。关键靶点有JUN激酶、信号传导及转录激活蛋白3、丝裂原活化蛋白激酶3等。富集分析显示白细胞介素-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、缺氧诱导因子-1信号通路可能是二陈汤治疗PCOS的关键通路。结论：二陈汤有效成分可能通过抗炎性反应、改善胰岛素抵抗、促进卵泡发育、调节脂质代谢、调节激素水平等药理作用来治疗PCOS。     

基于网络药理学的大血藤治疗子宫内膜异位症作用机制分析

目的：应用网络药理学方法筛选大血藤的主要有效成分,预测有效成分治疗子宫内膜异位症（简称内异症）相关靶点,探讨大血藤“有效成分-靶点-通路”效应模型治疗内异症的机制。方法：通过中药化学成分数据库检索大血藤化学成分,并根据口服生物利用度 （OB） 和类药性指数 （DL） 筛选有效成分。利用 Targets information 软件筛选每种有效成分的作用靶点。通过利用 GeneCards 数据库收集内异症相关靶基因,并利用韦恩图工具得到大血藤有效成分治疗内异症的靶基因。利用Cytoscape 软件构建大血藤有效成分-靶点网络图,并通过 STRING 软件分析靶点蛋白之间关系。通过 Geneontology 数据库分析靶点基因富集的基因本体（GO）生物分析功能,并通过 KEGG 数据库分析靶点基因富集的信号通路。结果：本研究共筛选出大血藤有效成分 4 种,有效成分治疗内异症相关靶点共有 TGFB1、SLC6A4、PTGS2、PTGS1、PPARG、PON1、PIK3CG 等 20 个。发现大血藤可能通过调节细胞内雌激素受体信号通路、血小板形成、B 细胞稳态、T 细胞稳态、环氧合酶途径、排卵等生物学过程,雌激素信号通路、细胞凋亡、花生四烯酸代谢、VEGF 信号通路、IL-17 信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等 KEGG 通路发挥治疗作用。结论：该研究从网络药理学的角度初步验证了大血藤治疗内异症的主要靶点和相关通路,为下一步实验研究和临床运用奠定基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨清热散结胶囊治疗慢性前列腺炎的潜在机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨清热散结胶囊治疗慢性前列腺炎的潜在机制。方法：查阅文献及数据库筛选清热散结胶囊的活性成分,利用Swiss Target Prediction获取有效成分的相应蛋白靶标,并利用Uni Prot数据库确定基因靶点标准化名称,通过Cyto Scape 3.7.2软件构建“中药-有效成分-靶点”作用网络。借助Gene Cards、Drug Bank和Pharm GKB数据库筛选慢性前列腺炎的疾病靶点,与药物有效成分靶点取交集后得到清热散结胶囊与慢性前列腺炎的共同靶点,利用STRING数据库构建清热散结胶囊治疗慢性前列腺炎的蛋白质-蛋白质相互作用并利用Cytoscape过滤查找蛋白质-蛋白质相互作用网络核心。通过Metascape数据库对共同靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,利用Py MOL及Vina软件进行分子对接验证,最后根据预测结果绘制清热散结胶囊治疗慢性前列腺炎的作用机制图。结果：筛选得到清热散结胶囊有效成分12个,去重对应靶点237个,慢性前列腺炎疾病靶点4 770个,共同靶点基因154个,蛋...     

龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎可能的分子机制及生物学过程

目的：利用网络药理学探索龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和BATMAN-TCM数据库挖掘龙胆泻肝汤的有效成分和作用靶点,利用CTD数据库筛选疾病靶点。将药物与疾病的交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,运用Cytoscape 3.7.2构建“疾病-药物-靶点-基因”四维网络,借助DAVID数据库对靶点进行基因本体论（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最终使用Auto Dock进行分子对接验证。结果：从龙胆泻肝汤中筛选出有效成分195个、作用靶点328个,其中与特应性皮炎疾病密切相关的靶点79个。经筛选,GO功能富集分析得到条目295个,KEGG通路富集分析得到信号通路86条。分子对接结果显示复方活性成分与核心靶点结合程度较好。结论：龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎主要通过槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性化合物作用于白细胞介素-6(Interleukin-6,IL-6)、前列素内环氧化物合成酶2(Prostaglandin-endoperoxide Synthase 2,PTGS2)、丝裂原激活蛋白激酶（Mito...     

和胃安神方治疗失眠的网络药理学和分子对接机制研究

目的：通过网络药理学和分子对接研究和胃安神方（HWASF）治疗失眠的作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,筛选出HWASF主要有效成分和各中药靶蛋白;在生物信息综合数据库（GeneCards）搜索失眠疾病靶点;利用R语言将HWASF-Insomnia靶点取交集并绘制韦恩图,上传STRING和Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;交集靶点投射到Metascape基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;采用Cytoscape插件构建调控网络图;以蛋白自带配体为中心完成分子对接等可视化操作、构象评分和结合模式分析。结果：通过TCMSP并结合文献,筛选出HWASF中19个有效成分与134个中药靶点数;GeneCards数据库获得1 074个失眠靶点,经韦恩图得到49个HWASF-Insomnia共有靶点;GO富集发现HWASF治疗失眠可能参与第二信使介导信号传输、凋亡等多项生物过程,体现突触后膜整体成分、细胞体等多种细胞功能,包括肾上腺素能受体活性、神经递质受体活性等多类分子功能;筛选其靶点富集于多巴胺能突触、5-羟色胺能突触等多条KEGG信号通路,涉及药物代谢、神经递质、细胞凋亡、免疫等功能。分子对接发现HWASF可通过山柰酚等有效成分作用于RELA等失眠靶点达到治疗失眠作用。结论：HWASF治疗失眠的作用机制可能与其调控RELA、TNF、FOS等核心基因及其通路的多靶点、多成分、多途径有密切关系。     

基于网络药理学与分子对接探讨“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接方法探讨中药“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)的作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取中药黄芪、当归的有效成分与作用靶点,使用Uniport数据库进行基因ID的注释,在GeneCards、OMIM数据库中查找AMD的相关基因。使用Cytoscape 3.7.2将药物-关键有效成分-疾病靶点网络可视化,在String数据库平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再利用Metascape基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用AutoDock4.2.6软件对关键靶点蛋白及有效成分进行分子对接验证。结果:通过筛选,得到黄芪-当归有效成分22个,与AMD相关的关键有效成分14个,黄芪-当归与AMD的共同基因靶点52个;PPI中核心基因依次为CASP3、IL6、VEGFA、EGFR、ESR1等;GO功能富集得到1 064个条目,生物学过程主要涉及细胞凋亡、对类固醇激素的反应、活性氧代谢、对脂多糖的反应等;KEGG富集分析后得到119条信号通路,与癌症的通路、流体剪切力与动脉粥样硬化、HIF-1信号通路、TNF信号通路、VEGF信号通路等机制相关;分子对接结果表明,核心有效成分可与靶点蛋白形成构象能量较低、结构稳定的对接。结论:“黄芪-当归”治疗AMD具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步研究AMD的治疗提供了思路。     

葛根素治疗阿尔茨海默病作用机制的网络药理学及分子对接研究

目的 运用网络药理学及分子对接的方法探究葛根素（Pue）干预阿尔茨海默病（AD）的分子作用机制，并进行动物实验验证。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、集成药效团匹配平台（PharmMapper）等获取Pue的作用靶点，利用人类基因综合数据库（GeneCards）获取AD相关靶点，映射后获取交集靶点，应用Cytoscape v3.9.1软件构建蛋白质相互作用网络图，并筛选出核心靶点进行基因功能富集分析、信号通路分析和分子对接；通过基因鉴定将5月龄的早老素1/2条件性双基因敲除（PS cDKO）小鼠给予Pue(100 mg/kg)的腹腔注射治疗，然后进行行为学测试，测试结束后取材进行分子生物学检测。结果 通过筛选获得Pue干预AD的核心靶点共118个。基因本体论（GO）功能富集分析得到148个条目（P<0.05），其中生物过程条目100个，细胞组成条目23个，分子功能条目25个；京都基因和基因组百科全书数据库（KEGG）通路分析富集得到11条信号通路（P<0.05），主要包括AD信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路和丝裂原活...     

黄健玲经验方治疗气虚血瘀型子宫肌瘤的网络药理学机制研究

目的运用网络药理学方法对黄健玲教授经验方（消癥2 方,桂枝、丹参、党参等）治疗子宫肌瘤的作用 机制进行研究。方法运用中医药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）获取消癥2 方有效成分及预测药物作用 靶点,运用GeneCards 和比较毒物基因组学数据库（CTD）数据库获取子宫肌瘤疾病基因,使用clusterProfiler 工 具进行基因本位论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,运用STRING 在线工具构建 蛋白互相作用网络,使用Cytoscape 软件进行网络可视化,运用MCODE 插件筛选网络核心靶点,运用CBDOCK 对关键靶点和成分进行分子对接。结果消癥2 方靶点与子宫肌瘤疾病的共有靶点共52 个,构建了 “药物-成分-共有靶点”网络。共有靶点显著富集的GO 条目涉及激素、应激、细胞增殖/凋亡等相关生物过 程,富集的KEGG 信号通路有内分泌抵抗、癌症中的蛋白多糖、雌激素信号传导通路、IL-17 信号传导通路、 松弛素信号通路、p53 信号传导通路、细胞凋亡、PI3K-Akt 信号通路、FoxO 信号通路、TNF 信号传导通路 等。共有靶点网络前2 位的核心靶点为ESR1 和RELA,核心子网络共5 个,均与雌激素、多种信号通路介导 的细胞周期/凋亡调控密切相关。结论消癥2 方治疗子宫肌瘤的机制是多靶点、多通路的复杂过程,其机制 可能与调节雌激素通路及PI3K-Akt、P53、TNF 等通路介导的细胞周期、凋亡等途径密切相关。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨熟地黄-当归药对对男性不育症作用的机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探讨熟地黄-当归药对治疗男性不育症的作用机制。方法：通过检索中药系统药理数据库与分析平台（TCMSP）数据库及查阅文献筛选出熟地黄-当归药对的活性成分和对应靶点，借助GeneCards、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）和DisGeNET数据库收集男性不育症作用靶点并通过Venny 2.1.0获得药物-疾病共同作用靶点，再利用Cytoscape 3.9.0软件构建“药对-活性成分-作用靶点”调控网络并进行拓扑分析。然后用STRING数据库作蛋白互作（PPI）分析筛选核心靶点。再用DAVID数据库对共同作用靶点进行基因本体（GO）富集分析与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析并构建“成分-靶点-关键通路”网络图。最后用AutoDock软件通过分子对接验证活性成分与核心靶点的结合能力。结果：熟地黄-当归药对存在6个活性成分及57个相关作用靶点，与男性不育症的1 361个靶点有19个交集靶点。这些靶点涉及蛋白结合、蛋白二聚体活动、酶结合、细胞老化与凋亡过程等生物学过程，干预癌症通路、Apoptosis通路、Hepatitis B通路、TNF信号通路等发...     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学研究真武汤治疗扩张型心肌病的作用机制

目的：通过网络药理学方法和分子对接技术研究真武汤治疗扩张型心肌病（Dilated Cardiomyopathy,DCM）的作用及其机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCSMP）等数据库精选真武汤中药材的主要活性成分和功能靶点,再利用Gene Cards、OMIM等数据库获取DCM的关键靶点,进而筛选出其共同作用靶点。并利用Cytoscape 3.8.2软件来建立“真武汤-有效成分-DCM-靶点”网络图。并通过String数据库获得蛋白质-蛋白质相互作用的网络,从而筛选出了关键基因。利用DAVID数据库对关键靶点做了基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用RCSB PDB、Pub Chem数据库,利用Chem Bio3D、Py MOL以及Auto Dock pyrx内部的Vina软件工具做分子对接,最后使用DS2019软件作图。结果：共得到真武汤中药物主要活性成分59个、重要交集靶点38个,GO富集功能分析显示条目628个,KEGG富集通路126个。真武汤主要活性成分包括β-谷甾醇、山柰酚、常春藤皂苷元等;关键靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋...     

基于网络药理学研究补肾方治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的：基于网络药理学方法分析补肾方治疗阿尔茨海默病的作用靶点及信号通路,阐明其可能的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中药分子机制生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）检索补肾方的化学成分、作用靶点,运用Uniprot数据库查询靶点对应基因,利用GeneCards数据库收集阿尔茨海默病作用靶点,使用Venny 2.1将补肾方作用靶点与阿尔茨海默病作用靶点取交集,通过String平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。采用Metascape进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。通过Cytoscape 3.7.1软件进行可视化分析。结果：从补肾方4味中药材中筛选获得45个化合物和相应靶点397个。将补肾方主要活性成分调控靶点与阿尔茨海默病的靶点取交集共获得48个关键靶点。共得到1 077生物过程（P<0.01）,128条信号通路（P<0.01）。结论：补肾方作用于阿尔茨海默病核心靶点有AKT1、IL-6、CASP3、TNF、TP53。这些靶点共同参与IL-17信号通路、流体剪切应力与动脉硬化信号通路、HIF-1信号通路、血清素能突触通路、胰岛素抵抗通路发挥下调神经炎症反应、改善血管神经功能障碍、防止蛋白质错误折叠、影响神经递质、调节细胞代谢及线粒体功能等作用,并可以在疾病早期、通路上游进行干预,可能是补肾方治疗阿尔茨海默病的潜在机制。     

基于分子对接与数据挖掘探讨生姜解半夏毒的相关机制

目的：基于分子对接与数据挖掘研究生姜解半夏毒的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索生姜有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测生姜成分靶点,经Swiss-model同源建模半夏凝集素后进行分子对接。通过DisGeNET数据库获取炎症相关靶点,通过基因映射获取生姜治疗炎症的作用靶点。应用String构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并筛选关键基因。对靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：筛选得到生姜有效成分5种,与半夏凝集素均有较强结合力。生姜治疗炎症靶点49个,关键靶点有15个,包括MMP9、HSP90AA1、PPARG、RELA、APP、ICAM1、MMP2、mTOR等。通过GO与KEGG富集分析,49个靶点基因涉及急性炎症反应、炎症反应的调节、炎症介质的产生、T细胞的激活、淋巴细胞迁移生物过程,且主要富集于Th17细胞分化相关通路。结论：生姜对半夏毒性成分产生抑制作用并通过减轻炎症反应来发挥解毒作用。     

参白颗粒逆转胃低级别上皮内瘤变的网络药理学研究

目的：借助网络药理学方法分析参白颗粒逆转胃低级别上皮内瘤变的作用机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药综合数据库（TCMID）筛选药物有效成分和对应靶点,采用GEO数据库筛选胃低级别上皮内瘤变的相关靶点,确定药物作用靶点与疾病靶点的交集基因,并进一步构建参白颗粒“药物-成分-靶点-疾病”的调控网络;应用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用David数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：共得到43个有效成分和334个相应靶点,疾病靶点2 472个,韦恩图筛选得到共同靶点50个;富集分析得到23个GO功能条目和10条KEGG信号通路。结论：参白颗粒主要通过参与氧化还原过程、细胞增殖、氧化应激反应、血管生成等生物学过程,以及癌症通路、神经活性配体-受体相互作用、花生四烯酸代谢和HIF-1信号通路等生物学通路发挥治疗作用,这可能是参白颗粒逆转胃低级别上皮内瘤变的重要作用机制。     

基于网络药理学及分子对接探讨前列舒通胶囊治疗慢性前列腺炎的分子机制

目的基于网络药理学及分子对接技术探讨前列舒通胶囊治疗慢性前列腺炎(CP)的分子机制。方法通过查询TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss数据库获取前列舒通胶囊的成分及作用靶点,通过Genecards、OMIM、DisGeNET数据库获取治疗CP的作用靶点,利用R软件获取药物和疾病共有靶点基因,利用String平台对共有基因构建蛋白相互作用(PPI)网络,利用R软件对共有基因进行GO及KEGG富集分析。利用Cytoscape软件构建"药物—成分—靶点—通路"网络图。利用PyMoL及AutoDock Vina软件进行分子对接。根据预测结果绘制前列舒通胶囊治疗CP的作用机制图。结果筛选后得到前列舒通胶囊有效成分186个,垂钓靶点277个,作用于CP的有效成分133个,靶点108个。与调节氧化应激反应、凋亡信号通路、脂多糖、活性氧代谢、细菌原始分子等相关,涉及NF-κB、IL-17、PI3K-Akt、MAPK等信号通路。分子对接表明靶标蛋白与药物主要活性成分结合性较好。结论 NF-κB、IL-17、PI3K-Akt及MAPK信号通路可能是前列舒通胶囊治疗CP的主要作用通路。     

连翘治疗痤疮的网络药理学作用机制

目的：运用网络药理学及分子对接技术探讨连翘治疗痤疮的作用机制。方法：利用Gene Cards、OMIM和NCBI数据库收集相关的痤疮靶点,并通过中药系统药理数据库与分析平台（TCMSP）检索连翘的有效成分。利用Swiss Target Prediction数据库获取连翘活性成分的靶点。将痤疮相关靶点与连翘活性成分靶点取交集即为连翘治疗痤疮的潜在靶点,利用STRING数据库构建靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络,并将结果导入Cytoscape 3.7.1软件进行拓扑分析,提取核心靶点。运用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,构建“活性成分-核心靶点-通路”网络,并进行拓扑分析,筛选得到核心成分和核心靶点。通过Auto Dock Vina进行分子对接,验证核心成分和核心靶点的相互作用。结果：共获得连翘活性成分19个,对应靶点509个、疾病靶点1 561个、共有靶点89个,经过蛋白质-蛋白质相互作用分析及拓扑分析,得到核心靶点16个,核心靶点涉及681个基因功能条目和160条通路（P <0.05）。对“活性成分-核心靶点-通路”网络图进行拓扑分析,共筛选...     

网络药理学联合GEO测序数据探究桃红四物汤治疗膝骨关节炎的作用机制

目的：探讨桃红四物汤治疗膝骨关节炎（Knee Osteoarthritis,KOA）的作用机制,并通过分子对接进行机制验证。方法：从TCMSP和Uniprot数据库中收集桃红四物汤的活性化合物和靶点;利用GenCards和及GSE117999、GSE98918数据集差异分析结果获取KOA疾病靶点;将药物与疾病的共有交集靶点作为治疗靶点,通过String网站构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。运用Cytoscape软件筛选出方药-疾病的治疗核心基因并进行富集分析。最后,采用CB-Dock网站完成分子对接验证。结果：共筛选出桃红四物汤生物活性化合物85个,药物靶点237个,KOA疾病靶点1 950个,治疗靶点115个。对蛋白质-蛋白质相互作用网络进行拓扑分析,得到核心基因32个。富集分析结果提示,桃红四物汤可能通过多生物过程、细胞组分及分子功能参与调节丝裂原活化蛋白激酶（Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK）信号通路、辅助T细胞17细胞分化通路等在治疗中发挥作用。通过筛选得到5个中心基因[JUN原癌基因（Jun Proto-Oncogene,JUN）、丝氨...