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目的 采用网络药理学及分子对接技术探究当归、川芎与白芍治疗干燥综合征的药理作用机制。方法 从中药系统药理分析平台(TCMSP)数据库提取3味中药的主要活性成分及靶点;从OMIM和GeneCards数据库搜索疾病靶点,数据筛选整理后,利用Venny工具获得药物与疾病的共同靶点基因;利用STRING网站进行蛋白互作分析,通过Cytoscape3.7.2软件获取核心靶点;选取大于平均节点值的关键靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-疾病-靶点图,获取关键活性成分;利用BioGPS数据库获取交集靶点组织定位结果并通过Cytoscape3.7.2软件进行可视化处理;采用DAVID平台进行GO功能和KEGG通路富集分析;取前十名通路与药物-疾病-活性成分-靶点图建立网络与属性文件,构建药物-疾病-活性成分-靶点-通路图并可视化;在SailVina软件上对关键活性成分和核心靶点进行分子对接。结果 共获得药物活性成分14个,关键成分为β-谷甾醇、山柰酚、芍药苷、杨梅酮和儿茶素,药物与疾病交集靶点41个;靶点组织器官定位在肝、脾、肾、肺、唾液腺等,且在T细胞、B细胞等中也有显示;核心靶点为... 相似文献
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目的:基于网络药理学与分子对接,探讨丹参-石菖蒲-丁公藤治疗排卵障碍性不孕症的作用机制。方法:采用TCMSP筛选出丹参、石菖蒲、丁公藤的有效活性成分及对应靶点,通过GeneCards数据库找出疾病靶点,并在UniProt数据库中将靶点基因名称标准化。通过韦恩图的绘制寻找出药物-疾病的潜在靶点基因,运用STRING数据库和Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。利用Cytoscape选出关键靶点,导入DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过AutoDock与Pymol将关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果:共获得丹参-石菖蒲-丁公藤的70种有效活性成分,1071个潜在靶点。共得到GO功能富集条目376个,其中生物过程234个、细胞组分68个、分子功能74个。KEGG通路富集分析共得到通路93条。分子对接结果显示,药物主要活性成分与疾病关键靶点均有较好的结合活性。结论:丹参-石菖蒲-丁公藤的多种有效成分通过不同的通路发挥其治疗排卵障碍性不孕症的作用,具有良好的临床运用前景。 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接技术研究赤芍-牡丹皮药对治疗银屑病的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索赤芍-牡丹皮的化学成分及其相关靶点,利用DisGeNET数据库检索银屑病相关靶点,通过Venny 2.1.0映射得到赤芍-牡丹皮治疗银屑病的交集靶点,利用STRING数据库及Cytoscape3.7.1构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI),利用R语言进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用Cytoscape3.7.1软件构建网络互作图。采用AutoDock4.2.1软件评价主要药效成分与核心靶点的结合作用力。结果:筛选得到赤芍-牡丹皮药对通过11个活性成分作用于70个交集靶点,通过调控细胞的氧化刺激反应和生物刺激反应等生物过程以及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路、辅助性T细胞17(TH17)细胞分化等相关途径共同发挥治疗银屑病作用。分子对接结果表明,赤芍-牡丹皮中槲皮素(Quercetin)、芍药苷(Paeoniflorin)、山柰酚(Kaempferol)、芍药醇(Baicalein)与AKT1、VEGFA、MAPK1、MAPK8、AKT1、JUN、TNF具有较好的结合能力。结论:通过网络药理学和分子对接技术系统地探讨赤芍-牡丹皮药对治疗银屑病的作用机制,为后期的实验提供了理论依据。 相似文献
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目的 利用网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲抗癫痫的有效成分及作用机制。方法 运用中药系统药理数据库及分析平台检索石菖蒲有效成分及主要靶点,通过GeneCards数据库收集癫痫疾病的相关潜在作用靶点,运用Cytoscape.3.7.1和 String绘制石菖蒲-癫痫靶点互作关系图,运用Metascape数据库进行GO和KEGG信号通路富集分析。运用AutoDock Vina 1.1.2软件对石菖蒲主要有效成分与癫痫相关靶标进行分子对接验证;通过构建戊四唑诱导的癫痫模型初步评价石菖蒲提取物及潜在有效成分的抗癫痫作用。结果 由 TCMSP 筛选得到4个有效成分及76个主要靶点。癫痫疾病以“Score”大于1.5分进行筛选得到3685个靶标。GO富集分析得到BP条目10个,细胞CC条目9个,MF条目10个(P<0.01),主要涉及核受体活性、离子通道活性、激素结合、神经递质受体活性、蛋白激酶活性、钙调蛋白结合等。KEGG 富集得到14条通路,主要涉及c型凝集素受体信号通路、雌激素信号通路、Ca2+信号通路、逆行内源性大麻素信号通路等。分子对接结果显示,桉脂素、山奈酚和8-异戊烯基山奈酚与癫痫关键靶标GABRA2、PPARG等具有良好的结合活性。动物实验结果表明,石菖蒲水提取物及主要潜在有效成分桉脂素和山奈酚在PTZ致小鼠癫痫模型上显示出较好的抗癫痫活性。结论 本研究通过动物实验验证了石菖蒲提取物和潜在有效成分的抗癫痫活性,并且运用网络药理学和分子对接技术探讨了其抗癫痫作用机制,发现石菖蒲可通过多个成分如桉脂素、山奈酚、8-异戊烯基山奈酚,多靶点如GABAA、PPARG等,多条通路如雌激素信号通路、钙信号通路对机体产生协调效应从而抑制癫痫的发作。该研究提示石菖蒲治疗癫痫具有多成分、多靶点、多通路特点,为石菖蒲的进一步研究提供数据支撑。 相似文献
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目的 运用网络药理学和分子对接探讨杜仲-牛膝药对治疗强直性脊柱炎(AS)的关键靶点和分子机制。方法 利用TCMSP数据库检索杜仲-牛膝药对的活性成分,预测其对应靶点;利用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD、PharmGkb数据库检索AS疾病相关靶点,利用Uniprot数据库将预测靶点和疾病靶点名称标准化后筛选出交集靶点,利用Cytoscape3.9.1绘制并分析中药-成分-靶点-疾病网络图。将共同靶点导入STRING数据库获得蛋白质互作网络并利用CytoNCA筛选出核心靶点。将共同靶点导入富集分析库(Metascape)数据库进行GO、KEGG富集分析。利用Auto Dock Tools1.5.7软件进行分子对接。结果 杜仲-牛膝有效活性成分35个,预测对应靶点150个,疾病相关靶点1914个,主要活性成分为槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、汉黄芩素,核心靶点为白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素1β(IL-1β)、前列腺素内过氧化物合成酶2(PTGS2)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、C-X-C基序趋化因子配体8(CXCL8)。富集分析方面:... 相似文献
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目的:通过网络药理学及分子对接方法探究虎杖-金钱草药对治疗肝癌的作用机制。方法:以TCMSP、TCMIP、BATMAN-TCM、HERB、GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD数据库为来源,获取虎杖及金钱草的活性成分、作用靶点及肝癌疾病靶点。使用STRING数据库和Cytoscaape软件对共同靶点绘制蛋白质相互作用网络(PPI)获取核心靶点。应用DAVID数据库进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析。应用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点-疾病-信号通路”网络。最后运用AutoDock Tools、PyMOL进行分子对接验证。结果:经过筛选得到“虎杖-金钱草”治疗肝癌的潜在核心靶点17个。GO功能分析得到663条结果,KEGG通路富集分析主要涉及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等139条通路。分子对接结果显示,虎杖-金钱草主要活性成分与关键潜在作用靶点Akt1、Src、EGFR、HSP90AA1和ErbB2均能自发结合且具有较好的亲和力。结论:虎杖-金钱草可能结合多个成分和靶点,调控多条通路发挥靶向治疗肝癌的作用。 相似文献
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目的:基于网络药理学的方法探讨半夏-陈皮-石菖蒲治疗缺血性卒中病的有效成分、靶点、网络通路以及潜在的分子机制。方法:引用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),将半夏-陈皮-石菖蒲药组的有效成分进行靶点预测,并在数据库内取得2D结构图,导进Phrammarpper数据库内获得半夏-陈皮-石菖蒲成分靶点。通过PharmGKb、GeneCard、DrugBank、Therapeutic Target Database四个数据库预测疾病的靶点。利用Venny 2.1制作韦恩图取得药物与疾病交集靶点。在STRING数据库内构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用R语言和Cytoscape软件中CytoNCA APP取得核心靶点。通过R语言的BiocManager包和OrgDb包等和R Studio软件进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)富集分析。利用Cytoscape软件,构成“药物-成分-靶点-通路”网络关系图。使用Autodock vina 1.1.2将半夏-陈皮-石菖蒲的核心成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得药物的核心成分7个,分别为异戊烯基山柰酚、冈多酸、... 相似文献
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目的:采用网络药理学和分子对接技术深入研究逍遥散抗抑郁的机制,为临床诊断与治疗提供理论上的依据。方法:首先使用TCMSP检索柴胡、当归、白芍、白术、茯苓、甘草、干姜、薄荷的主要活性成分,并筛选出口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18的中药作用靶点,再使用GeneCards、Pharm Gkb、TTD、DrugBank等数据库系统筛选出抑郁症的有关靶点,并获取交集基因,将抑郁症的相关基因与逍遥散的有效活性成分进行交集,最后使用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0应用软件查找PPI网络系统核心,构建“中药-疾病-靶点”通路,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后运用Pymol软件对逍遥散的有效活性成分与抑郁症疾病靶点进行分子对接。结果:获得逍遥散有效活性成分161种;逍遥散抗抑郁靶点2588个,其中核心靶点6个;GO生物过程2247条,KEGG通路179条。分子对接结果显示,逍遥散中柚皮素、利可查尔酮、木犀草素、槲皮素均能较好地与抑郁症靶蛋白结合。结论:逍遥散抗抑郁的潜在药理学机制及其活性化合物... 相似文献
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目的:基于网络药理学与分子对接探讨风引汤治疗癫痫的潜在作用机制,并通过动物实验验证其预测靶点的可靠性。方法:结合文献,借助TCMSP、CTD 数据库,获取风引汤的活性成分及其相关分子靶点;通过GeneCards、DisGeNET、TTD 和OMIM 数据库检索癫痫相关的基因,运用Cytoscape3.7.0 软件构建风引汤治疗癫痫的蛋白相互作用网络和成分-靶点网络,筛选出风引汤治疗癫痫的关键靶点;利用R 软件将关键靶点进行GO 功能和KEGG 通路富集分析;通过分子对接进行半柔性对接反向验证并运用实时荧光定量PCR法对关键靶点进行验证。结果:筛选出风引汤治疗癫痫的活性成分134 个,与癫痫的共有靶点46 个,其中风引汤抗癫痫的关键靶点主要包括半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、转录因子AP-1(JUN)、Myc 原癌基因蛋白(MYC)、前列腺素G/H 合成酶2(PTGS2) 和过氧化氢酶(CAT) 等,涉及信号通路有AGE-RAGE 信号通路、p53 信号通路、神经退行性信号通路等。实时荧光定量PCR 实验证明风引汤能降低癫痫大鼠海马中CASP3、JUN mRNA 表达(P<0.05),升高CAT mRNA 表达(P<0.05)。结论:风引汤治疗癫痫主要作用靶点与CASP3、JUN、CAT 有关,其作用机制可能与AGE-RAGE、p53、神经退行性等信号通路相关。 相似文献
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目的:运用网络药理学及分子对接技术探讨续断治疗骨质疏松性骨折(OPF) 的作用机制。方
法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP) 筛选续断具有高活性的潜在有效成分,通过GeneCards
和OMIM 数据库筛选OPF 的相关靶标,运用Metascape 数据库对OPF 相关靶标进行映射,确定续断对OPF 的
可能靶标。利用Cytoscape 软件搭建续断治疗OPF 的药物-成分-疾病-靶点网络;通过STRING 平台构建蛋白
质互作网络;利用David 数据库提供的续断相关靶标进行基因本体论(GO) 和京都基因和基因组百科全
书(KEGG) 通路富集分析;最后通过分子对接验证核心靶点和续断活性成分的结合能力。结果:续断治疗
OPF 的主要活性成分主要有龙胆碱(Gentisin)、β-谷甾醇(β-sitosterol)、谷甾醇(Sitosterol)、(E,E)-3,5-二
邻咖啡酰奎宁酸([ E,E)-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid]和林生续断苷Ⅲ-qt(SylvestrosideⅢ-qt)等成分,其作用
于半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、β2-肾上腺素受体基因(ADRB2)、Bcl-2 相关X 蛋白(BAX)、B 淋巴
细胞瘤-2 基因(BCL2)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶8(CASP8)、雌激素受体2(ESR2)、半胱氨酸天冬氨酸蛋
白酶9(CASP9)、二肽基肽酶-4(DPP4)、糖原合成酶激酶3(GSK3β)、异常凝血酶原(F2) 等靶点。续断
能够通过参与转录调控和细胞凋亡执行阶段的半胱氨酸型内肽酶、G 蛋白偶联胺受体、缩氨酸酶活性等生物过
程,调控癌症通路、弓形体病、卡波西肉瘤相关的疱疹病毒感染、乙型肝炎、大肠癌、小细胞肺癌脂质与动脉
粥样硬化、雌激素信号通路来发挥治疗OPF 的作用。分子对接结果显示,续断的活性成分(E,E) -3,5-二邻
咖啡酰奎宁酸、龙胆碱、威岩仙皂苷A_qt、β-谷甾醇与CASP3、ADRB2、CASP8 有较好的亲和力。结论:续
断可通过直接作用骨代谢相关途径和参与调节上下游多个信号通路对OPF 进行治疗,CASP3 及癌症通路可能
是其治疗OPF 的关键靶点及通路。 相似文献
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目的 基于网络药理学及分子对接技术,探讨威灵仙-牛膝药对有效活性成分、潜在靶点及其治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法 TCMSP数据库检索威灵仙-牛膝药对活性成分及作用靶点,GeneCards、DisGeNET数据库检索RA相关靶点,得出交集靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件,构建“疾病-药物-有效成分-靶点”网络图,构建PPI网络并进行GO和KEGG分析,并运用Auto Dock软件进行分子对接。结果 得到威灵仙-牛膝药对有效活性成分19个,对应靶点94个,RA相关靶点5589个,交集靶点72个;主要作用靶标有CAS P3、TP 53、CCND1等;涉及PI3K-Akt、MAPK及p53通路等。结论 本研究以网络药理学和分子对接技术为基础,阐明了威灵仙-牛膝药对通过多成分、多靶点、多通路治疗RA的作用机制。 相似文献
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目的:基于网络药理学探讨浙贝母-夏枯草治疗甲状腺结节(thyroid nodules)的作用机制。方法:在中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索浙贝母、夏枯草的化学成分,利用PharmMapper数据库获取化学成分靶点,并采用Cytoscape 3.7.1软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。基于Genecards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、治疗靶点数据库获得甲状腺结节相关靶点。将有效成分相关靶点与疾病靶点导入韦恩图网站进行在线分析,获得交集靶点,并利用STRING数据库构建蛋白互作网络(protein-protein interaction networks, PPI)模型,利用Cytoscape 3.7.1软件构建PPI网络并筛选核心靶点。将药物及其活性成分、交集靶点及疾病导入Cytoscape 3.7.1软件绘制成“药物-活性成分-交集靶点-疾病”网络图。利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体... 相似文献
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目的:运用网络药理学及分子对接探索瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM筛选符合口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥018的瓜蒌-薤白活性成分及作用靶点;使用GeneCards数据库在线获取冠心病相关靶点;将瓜蒌-薤白与冠心病的交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape分析网络的核心靶点,运用ClueGO及DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用Autodock软件对核心活性成分及作用靶点进行分子对接验证。结果:瓜蒌-薤白中共得到22种活性成分,201个靶点,与冠心病相关靶点116个,在构建核心靶点PPI网络后得到包括肿瘤坏死因子(TNF)、苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤蛋白P53(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、上皮生长因子A(EGFA)等核心靶点,涉及生物学过程对缺氧的反应、对药物的反应、聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控和衰老等,KEGG通路包括HIF-1信号通路、TNF信号通路和cancer信号通路等,分子对接表明活性成分中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素活性成分可作用于磷酸肌醇3激酶(PIK3CG)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、环加氧酶2(PTGS2)、MAPK3、TNF和AKT1等核心靶点。结论:瓜蒌-薤白中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素可能作用于PIK3CG、MAPK1、PTGS2、MAPK3、TNF和AKT1而影响TNF、HIF-1和晚期糖基化终产物及受体(AGE/RAGE)等通路发挥治疗冠心病的作用。 相似文献
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目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制.方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证.结果:共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个.PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点.富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌.分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合.结论:本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考. 相似文献