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1.
《中国中医药信息杂志》2021,(10)
目的基于网络药理学研究泽泻-白术药对治疗血脂异常的活性成分、靶点及通路机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和文献检索收集泽泻、白术的活性成分,基于TCMSP、Swiss TargetPrediction数据库预测相关成分的作用靶点;通过OMIM、DisGeNET、DrugBank数据库获取血脂异常相关靶点;利用STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络,筛选关键靶点;采用DAVID6.8数据库进行GO分析和KEGG通路富集分析,Cytoscape3.8.0构建活性成分-靶点-通路网络,筛选核心活性成分;利用SwissDock数据库对核心活性成分与关键靶点进行分子对接。结果筛选出泽泻醇A、23-乙酰泽泻醇A、白术内酯Ⅲ等10个核心活性成分,VEGFA、IL6、EGFR等11个关键靶点,KEGG分析得到影响基础代谢率的HIF-1信号通路,抑制脂肪生成的AMPK信号通路,影响食欲、脂肪代谢的Toll样受体信号通路等103条信号通路(P0.05)。分子对接结果表明,泽泻-白术药对核心活性成分与治疗血脂异常的关键靶点可紧密结合。结论泽泻-白术药对的泽泻醇A、23-乙酰泽泻醇A、白术内酯Ⅲ等活性成分可能通过调控VEGFA、IL6、EGFR等靶点的表达,激活或抑制相关信号通路,发挥抑制食欲、抑制胆固醇转运及合成、抑制脂肪细胞生长等作用,从而治疗血脂异常。 相似文献
2.
目的:运用网络药理学方法探讨甘姜苓术汤治疗纯湿型肥胖症潜在活性成分和作用机制。方法:依靠中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选甘姜苓术汤(茯苓、白术、干姜、甘草)有效成分,并在TCMSP平台上预测有效成分潜在靶点,同时利用GeneCards、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库挖掘肥胖症相关靶点,将获取的活性成分靶点与疾病靶点取交集,得到甘姜苓术汤抗肥胖症的预测靶点。利用STRING平台构建预测靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络并结合Cytoscape 3.7.0探索其蛋白质功能模块;通过Metascape数据库对预测靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并以Cytoscape软件构建“药物-化合物-疾病-基因”网络,最后采用Antudock软件及Pymol软件对甘姜苓术汤的化学成分与重要靶点进行分子对接验证。结果:甘姜苓术汤抗肥胖的核心活性成分为松苓新酸、啤酒甾醇、α-香树脂醇、12α-甲基丁酰基-14-乙酰基-8-反式白术三醇等118个,核心靶点为雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)、FOS原癌... 相似文献
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目的 基于网络药理学及分子对接技术,构建泽泻汤治疗高脂血症的成分-通路-靶点网络,探讨其潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)并结合文献,筛选泽泻汤的活性成分;借助TCMSP和PharmMapper数据库筛选泽泻汤活性成分的作用靶点,并建立活性成分靶点库;利用OMIM、TTD、DrugBank、PharmGKB和GeneCards数据库获取高脂血症的相关靶点,并建立疾病靶点库;运用STRING数据库和Cytoscape软件构建成分靶点与疾病靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选得到核心靶点;采用DAVID数据库和OmicsBean平台分别对核心靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析和基因本体(GO)功能分析;最后通过Discovery Studio软件验证泽泻汤中活性成分与髓过氧化物酶(MPO)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、凝血因子Ⅱ(F2)、过氧化物酶增殖物激活受体a(PPARA)和哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)5个靶点的结合活性。结果 共挖掘到泽泻汤中16个活性成分及369个潜在成分靶点,与284个高脂血症相关靶点相互映射,并通过PPI网络分析筛选得到16个核心靶点,包括MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等,推测这些靶点可能为泽泻汤治疗高脂血症的核心靶点。同时,分子对接结果显示,泽泻汤中所含的泽泻醇类、大黄素和白术三醇与高脂血症的核心靶点有较强的结合能力。KEGG富集分析发现与高脂血症相关的主要调控通路涉及缺氧诱导因子-1(HIF-1)、胰岛素抵抗、胰岛素信号等。结论 泽泻汤的活性成分可能通过作用于MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等多个高脂血症相关靶点,调节HIF-1、胰岛素抵抗、胰岛素信号通路,从而发挥治疗高脂血症的作用,为后续研究泽泻汤治疗高脂血症的分子机制提供了思路。 相似文献
4.
目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨地骨皮调血脂的作用机制。方法 使用TCMSP数据库并查阅相关文献确定地骨皮活性成分;采用SwissTargetPrediction、GeneCard和OMIM数据库预测地骨皮活性成分靶点和高脂血症相关靶点,应用Venny 2.1取两者交集;运用Cytoscape 3.8.2软件绘制成分-靶点-疾病网络;应用String数据库构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;将交集靶点输入Metascape数据库进行基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape3.8.2软件绘制地骨皮活性成分-靶点-通路网络,预测其调血脂作用机制;采用分子对接和细胞实验进一步探究地骨皮的调血脂作用机制。结果 共筛选出地骨皮潜在活性成分14个以及153个交集靶点;GO功能和KEGG通路分析发现主要涉及过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome prol... 相似文献
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目的:采用网络药理学方法筛选吴茱萸汤的活性成分,预测其治疗偏头痛的潜在作用靶标和信号通路,进一步探究其作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选吴茱萸汤的活性成分和候选靶标,利用Gene Cards数据库和OMIM数据库去重、合并,预测吴茱萸汤的相关靶标,筛选吴茱萸汤的活性成分治疗疾病的潜在作用靶标;利用Cytoscape软件创建出“疾病-药物-成分-靶点”网络;凭借蛋白质相互作用数据库(STRING)创建潜在靶标蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用网络,并找到吴茱萸汤治疗偏头痛的关键基因蛋白;使用Metascape对吴茱萸汤治疗偏头痛的潜在作用靶标进行生物学功能和代谢通路分析;利用Auto Tools软件将核心成分和靶点蛋白进行分子对接,并用Pymol软件对结合能最低的分子进行可视化。结果:吴茱萸汤中共筛选出72种有效活性成分,根据靶点预测技术预测出相关靶点201个;偏头痛与吴茱萸汤有106个共同靶点基因;... 相似文献
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目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨半夏治疗糖尿病胃轻瘫(DGP)的可能作用机制。方法:从中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中检索半夏的活性成分和对应靶点,利用SwissTargetPrediction对半夏活性成分进行靶点预测补充;从Genecards、TTD、NCBI数据库中检索DGP相关靶点基因;取半夏活性成分与DGP的交集靶点,利用Cytoscape 3.8.0构建“半夏活性成分-交集靶点”网络;借助Cytoscape 3.8.0的BisoGenet构建交集靶点的蛋白互作(PPI)网络图,利用CytoNCA对PPI网络进行拓扑分析并筛选核心靶点;借助ClueGO对核心靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因组与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用Autodock 4.2软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接。结果:半夏13个活性成分靶点与DGP相关靶点的交集靶点共68个;PPI网络拓扑分析得到核心靶点327个;核心靶点的GO功能富集分析显示其与黏着斑、泛素蛋白连接酶结合及mRNA分解代谢过程等调控相关;KEGG通路富集分析显示其与细胞周期、甲状腺激素信号... 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接探讨沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中医分子机制生物学信息分析工具(BATMAN-TCM)数据库获取沙参麦冬汤的化学成分及靶点。借助人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DrugBank、GeneCards数据库获取肺癌相关靶点。借助Cytoscape 3.8.0软件,构建“药物-活性成分-关键靶点-疾病-信号通路”图。利用STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,Cytoscape进行蛋白聚类分析,使用Metascape进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析并借助R语言进行可视化处理,将核心成分与蛋白进行分子对接。结果:最终得到沙参麦冬汤活性成分192个,对应靶点3 585个,肺癌相关靶点1 910个,药物与疾病共有靶点191个。CytoNCA显示核心靶点有JUN、MAPK8、MYC、MAPK14、STAT3、MAPK1、RELA、TP53、IL-6。GO富集分析得到2 684条生物过程,117条细胞组分,210条分子功;主要富集在癌症途径、TNF信号通路、... 相似文献
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目的:基于网络药理学与分子对接探讨运脾化湿清肺汤治疗特应性皮炎(atopic dermatitis, AD)的作用机制。方法:运用中药网络药理学分析系统(TCM network pharmacology analysis system, TCMNPAS)v1.0获取运脾化湿清肺汤(陈皮、枳壳、桑叶、菊花、金银花、黄芩、土茯苓、白鲜皮、白术、甘草)的活性成分和作用靶点。运用GeneCards数据库、DrugBank数据库检索相关文献获取AD疾病靶点,并借助jvenn平台得到运脾化湿清肺汤与AD的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络。通过Cytoscape 3.8.0软件进行拓扑分析,从而筛选核心靶点。采用Metascape数据库进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析。利用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-活性成分-作用靶点”网络、“... 相似文献
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目的:基于网络药理学及分子对接技术的方法探讨垂盆草防治肝细胞癌(Hepatocellular Carcinoma,HCC)的药理作用机制,为其相关的基础研究及应用提供证据。方法:通过TCMSP数据库获得垂盆草的主要化学成分及靶点,从而筛选出垂盆草的活性组分;通过OMIM、TTD、GenCards、Drugbank数据库获取HCC主要靶点,利用STRING平台获得蛋白质-蛋白质相互作用关系,通过Cytoscape 3.8.0构建蛋白质-蛋白质相互作用机制网络。使用Metascape数据平台分析“药物-成分-靶点”、参与其中的生物过程和通路,而后采用Cytoscape 3.8.0软件创建“药物成分-疾病靶点-通路”网络,最后通过AutoDock Vina把核心靶点与重要活性成分进行分子对接。结果:得到垂盆草防治HCC主要关键活性成分4个。经过分析结果表明垂盆草有很大可能通过作用于RELA癌基因(RELA Proto-Oncogene, NF-KB Subunit,RELA)、苏氨酸蛋白激酶1(Threonine Kinase 1,AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activa... 相似文献
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目的:基于网络药理学方法和分子对接技术,探讨补阳还五汤有效成分治疗糖尿病脑病潜在作用机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中科院化学专业数据库筛选出补阳还五汤有效化学成分及其靶点,通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库收集糖尿病脑病靶点,运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图并通过Cytoscape 3.8.0软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用ClusterProfiler程序包进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,并通过Cytoscape 3.8.0软件构建补阳还五汤药物-成分-靶点-通路网络,最后利用AutoDock软件进行分子对接验证。结果:筛选得到补阳还五汤中活性成分108种,对应潜在靶点469个,网络图显示槲皮素、甘氨酸、洋川芎醌等是补阳还五汤治疗糖尿病脑病的关键成分,蛋白激酶、P53蛋白、肿瘤坏死因子等是该方治疗糖尿病脑病的关键靶点。GO富集分析显示该方可能通过对氧化应激的反应、对药物的反应、对金属离子的反应等生物过程发挥作用,与膜筏、膜微域、膜区域等细胞组分有关,与... 相似文献
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目的:通过网络药理学和分子对接探讨茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭的作用机制。方法:利用TCMSP、Uniprot数据库收集茵陈蒿汤活性成分及对应靶点;使用GeneCards和OMIM数据库收集慢加急性肝衰竭相关靶点,并筛选药物与疾病交集靶点;运用STRING数据库获得蛋白质相互作用(PPI)网络,Cytoscape 3.9.1软件构建“中药-活性成分-靶点”网络,利用Metascape数据库进行GO生物功能和KEGG通路富集分析;借助AutoDock等软件进行分子对接验证。结果:茵陈蒿汤治疗ACLF的核心活性成分包括槲皮素、异鼠李素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇等,核心靶点有AKT1、MAPK、TNF、IL-6等。KEGG分析主要涉及AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路和TNF信号通路等188条信号通路。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有良好的结合活性。结论:茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭具有多成分、多靶点、多通路的综合优势和特点。 相似文献
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目的:通过网络药理学和分子对接探索栀子导致肾损伤的毒理机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药综合数据库筛选栀子活性成分和潜在靶点,同时用Swiss Target Prediction平台预测活性成分的潜在靶点。利用NCBI临床突变数据库、人类基因注释数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、治疗靶点数据库检索肾损伤的靶点。通过Venny软件对药物相关靶点与疾病靶点取交集,认为是栀子导致肾损伤的潜在靶点。在Cytoscape 3.8.0中构建“中药-化学成分-潜在靶点-疾病”网络并进行拓扑分析。在STRING平台构建潜在靶点的蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks, PPI)。通过Metascape平台对潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析。运用Cytoscape 3.8.0构建“关键通路-潜在靶点-化学成分”网络,并进一步筛选栀子导致肾损伤的关键靶基因及有效... 相似文献
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目的:运用网络药理学和分子对接的方法探讨“杜仲-牛膝”药对治疗骨质疏松的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选杜仲、牛膝含有的活性成分及作用靶点;利用GeneCards、DisGeNET和CTD数据库收集骨质疏松(OP)相关靶点基因;采用Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库进行“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建与分析;FunRich3.1.3软件DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG) 富集分析(P<0.05);运用Maestro version 11.5对主要活性成分及靶点蛋白进行分子对接。结果:获得“杜仲-牛膝”药对治疗OP的活性成分共42个和133个有效靶点;获得251条GO生物过程和90条相关信号通路,涉及PI3K-AKT、TNF、Wnt、HIF-1、MAPK信号通路等。结论:“杜仲-牛膝”药对可能通过调控细胞增殖、分化与凋亡、骨代谢来治疗OP,具有多成分、多靶点、多系统的特点,为系统阐明“杜仲-牛膝”药对主要成分治疗OP的分子机制提供了参考。 相似文献
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目的:基于网络药理学方法及分子对接研究枸杞子治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:采用网络药理学方法,通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),GeneCards、NCBI基因数据库及OMIM数据库,筛选枸杞子治疗AD的相关靶点,通过构建韦恩图,得到枸杞子-AD共同靶点,运用STRING数据库构建二者靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并且运用Cytoscape 3.8.0软件进行可视化处理,筛选关键基因,同时对药物-疾病共有靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG),并使用AutodockTools1.5.6进行分子对接,验证靶点与小分子的结合度。结果:通过筛选,共得到121个枸杞子-AD共有靶点,41个关键靶点,包括JUN、AKT1、MAPK1、RELA、IL-6等,GO分析发现,生物学过程主要与氧化应激、衰老等相关,KEGG通路分析富集在AGE-RAGE、HIF-1等信号通路。将靶点MAPK1与β-谷甾醇进行分子对接发现,结合活性较好。结论:本研究初步探讨了枸杞子治疗阿尔茨海默病的主要活性成分、相关靶点及其相关通路,发现其多成分、多靶点、多通路的特点,为后续实验验证提供了一定的参考和物质基础。 相似文献
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目的:基于网络药理学及分子对接技术加以药效实验探究当归贝母苦参丸加味治疗慢性前列腺炎(CP)的作用机制。方法:通过中药系统药理分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)和文献挖掘获得当归贝母苦参丸加味活性成分;运用SwissTargetPrediction数据库进行活性成分靶点预测,同时对TCMSP数据库成分已有靶点加以补充;运用在线孟德尔人类遗传数据库(OMIM)、GeneCards数据库、美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库收集CP相关靶点;运用Cytoscape软件构建中药-活性成分-靶点-通路网络图;运用STRING数据库进行生信分析,构建靶点蛋白-靶点蛋白互作(PPI)网络图,运用CytoNCA筛选核心靶点,并用Cytoscape进行可视化网络展示;运用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;Autodock-Tools、Vina对当归贝母苦参丸加味活性成分和关键靶点蛋白进行分子对接;通过Western Blot法验证活性成分与关键靶蛋白的相互作用。结果:筛选出当归贝母苦参丸加味活性成分67个,包括槲... 相似文献
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目的:对复方苁蓉益智胶囊(Compound Desert Cistanche Intelligence-improving Capsule)治疗血管性痴呆(VaD)的药理作用机制进行探讨。方法:基于网络药理学和分子对接的方法,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取复方苁蓉益智胶囊中各药物的活性成分,并通过SwissTarget Prediction数据库预测药物活性成分的作用靶点;通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DrugBank数据库获取血管性痴呆的疾病靶点。通过STRING 11.0数据库和Cytoscape 3.8.2构建蛋白质相互作用(PPI)网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块及核心网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,采用Cytoscape 3.8.2构建“药物-活性成分-靶点-通路”网络图,采用分子对接技术对PPI网络及“药物-活性成分-靶点-通路”网络图结果进行验证。结果:筛选出35个主要活性成分,涉及134个靶点,其中主要活性成分包括亚美罂粟碱(Armepav... 相似文献
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目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法:通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果:筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)等关键靶点的亲和力较高。结论:罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK-3)等靶点调节晚... 相似文献
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目的通过网络药理学与分子对接方法探究白花蛇舌草Hedyotis diffusa和半枝莲Scutellaria barbata药对治疗宫颈癌的潜在活性成分及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)和STITCH数据库搜集白花蛇舌草和半枝莲药对的活性成分和靶点,在DisGeNET网站下载宫颈癌疾病靶点;以String平台数据为基础,利用Cytoscape软件构建白花蛇舌草和半枝莲药对与宫颈癌共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction network,PPI)网络;利用CytoHubba筛选信号通路关键基因(hub基因),构建靶点的拓扑网络图;绘制"活性成分-靶点-通路"网络图;采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接。结果 "活性成分-靶点-通路"网络显示,白花蛇舌草和半枝莲药对有25个主要活性成分,38个主要靶点,与18个信号通路有关。分子对接结果显示,白花蛇舌草和半枝莲药对25个活性成分与38个靶点部分或全部对接成功。结论白花蛇舌草和半枝莲药对通过多成分、多靶点、多通路参与宫颈癌细胞凋亡。 相似文献
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目的基于网络药理学及分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死的作用机制。方法利用TCMSP、中医药综合数据库(TCMID)、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、Uniprot及Swiss Target Prediction数据库对复元醒脑汤的药物活性成分及作用靶点进行筛选, 应用GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank和PharmGKB数据库筛选脑梗死疾病靶点, 将复元醒脑汤中药物靶基因与脑梗死疾病靶基因相交集, 将交集靶点导入Cytoscape 3.8.2软件构建成分-靶点网络, 使用STRING数据库及Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络, 筛选核心靶点。对复元醒脑汤-脑梗死疾病共同靶点基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析, 得出相关信号通路, 运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果得到复元醒脑汤治疗脑梗死的有效成分80个, 复元醒脑汤-脑梗死共同靶点214个, 核心靶点MAPK1、RELA、TP53、JUN、AKT1、HSP90AA1等与脑梗死疾病的关键靶点相互关联, 参与调控对药物的反应、对脂多糖的反应... 相似文献