基于网络药理学和分子对接技术探讨复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒感染的作用机制

目的：探究复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒感染（Corona Virus Disease 2019,COVID-19）的分子生物学机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药百科全书数据库及Pub Chem Compound数据库对复方一枝蒿颗粒的有效活性成分进行筛选,通过基因组注释数据库平台、Drugbank、Therapeutic Target Database数据库预测COVID-19相关疾病靶点,同时应用GEO数据库鉴定与COVID-19相关的差异表达基因。取药物活性成分靶点、疾病靶点和差异表达基因的交集,利用R语言进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,采用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用调控网络,使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-关键靶点调控网络。此外,基于上述研究结果进行分子对接分析。结果：复方一枝蒿颗粒作用于COVID-19的有效活性成分有52个,靶标基因585个,涉及1 090个疾病靶点和5 882个差异表达基因,其中交集靶点基因有30个。GO和KEGG分析结果显示,关键靶点基因主要集中在膜...     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎的分子机制

目的:从网络药理学角度探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制,为其临床治疗、新药开发提供参考。方法:在TCMSP数据库中筛选出化湿败毒方的药物有效活性成分,并提取其作用靶点,在GeneCards数据库检索COVID-19相关疾病靶点,将药物及疾病的共同靶点导入STRING数据库获取靶标蛋白互作网络关系,通过Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络、"中药-潜在活性成分-潜在靶标-疾病"网络,并利用Cytoscape3.7.2软件、R软件及相应程序包进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。同时进行分子对接验证。结果:检索得到269个药物活性成分和2 629个药物靶标,其中药物疾病共同靶标49个,GO功能富集分析涉及对脂多糖的反应、氧化应激反应及γ-干扰素介导的信号通路调控等条目,KEGG通路富集分析涉及AGE-RAGE通路、TNF信号通路、NF-κB通路、RIG-I样受体信号通路等。分子对接结果表明槲皮素、木犀草素和山柰酚与COVID-19相关蛋白及作用靶点具有较强的结合活性,可能起到类似于抗病毒药物的治疗效果。结论:化湿败毒方含槲皮素、木犀草素和山柰酚等多种活性成分,可能通过作用于多个靶点、多种通路,从抗炎、抗病毒、抗氧化、调节免疫等方面治疗COVID-19。     

基于网络药理学及分子对接技术研究疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎的潜在靶标及机制

目的:运用网络药理学及分子对接技术探究疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在分子机制。方法:检索计算系统生物学实验室数据库和分析平台(TCMSP)获得疏风解毒胶囊所有有效活性成分的干预靶点,并与GeneCards数据库中的新型冠状病毒肺炎疾病基因靶标相映射得到交集靶标;通过Cytoscape3.7.0构建"药物-活性成分-靶标"网络;通过String得到交集靶标的PPI网络;运用数据包进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。将疏风解毒胶囊中关键有效成分化合物与PPI中核心蛋白进行分子对接。结果:"药物-活性成分-靶标"网络图中涉及交集靶标48个,关键性化合物主要包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、刺槐黄素,关键靶点涉及CALM1、NOS2、PTGS2、DPP4、PTGS1等。GO富集分析包括1335条生物过程(biological process,BP)、34条细胞组分(cellular component,CC)以及86项分子功能(molecular unction,MF)。18条KEGG相关通路,涉及病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、木犀草素等核心化合物与核心靶蛋白亲和力较高。结论:疏风解毒胶囊中的化学成分通过与关键靶蛋白IL-6、ALB、MAPK3等结合涉及多种生物学过程及通路治疗COVID-19。     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接探究丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法:获取丹参、郁金的中药活性成分及其作用靶点,检索PCOS疾病相关靶点,将二者取交集后利用Cytoscape 372构建“药物-成分-共同靶点”网络。并将共同靶点导入string数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。再将共同靶点基因导入DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后根据活性成分、作用靶点的相关节点参数进行排序,使用AutoDock Tools将核心活性成分和筛选出的靶基因编码的蛋白进行分子对接。结果:丹参、郁金共筛选出潜在活性成分80个,其中木犀草素、丹参酮Ⅱa、β谷甾醇等19种为主要活性成分,活性成分的作用靶点共157个。PCOS疾病相关靶点1 847个,交集靶点为93个,PPI网络及拓扑学分析显示AKT1、TP53、IL6、VEGFA、MAPK3、MAPK1是丹参、郁金治疗PCOS的核心靶点。GO功能富集分析显示丹参-郁金主要参与RNA信号转导、酶的调控等生物过程,KEGG通路富集分析得到了癌症信号通路、PI3K/AKT、FoxO、HIF-1等20条相关性最高的通路。将核心靶点编码的蛋白作为靶点分别与对应的药物核心活性成分对接,结果良好。结论:通过网络药理学研究及分子对接验证,显示丹参-郁金可通过多靶点、多信号通路对PCOS的疾病发生及进展起到一定的治疗、干预作用。     

基于网络药理学和分子对接探究地骨皮调血脂的作用机制

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨地骨皮调血脂的作用机制。方法 使用TCMSP数据库并查阅相关文献确定地骨皮活性成分;采用SwissTargetPrediction、GeneCard和OMIM数据库预测地骨皮活性成分靶点和高脂血症相关靶点,应用Venny 2.1取两者交集;运用Cytoscape 3.8.2软件绘制成分-靶点-疾病网络;应用String数据库构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络;将交集靶点输入Metascape数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,利用Cytoscape3.8.2软件绘制地骨皮活性成分-靶点-通路网络,预测其调血脂作用机制;采用分子对接和细胞实验进一步探究地骨皮的调血脂作用机制。结果 共筛选出地骨皮潜在活性成分14个以及153个交集靶点;GO功能和KEGG通路分析发现主要涉及过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome prol...     

基于网络药理学和分子对接探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具（BATMAN-TCM）平台检索强力定眩片活性成分,使用Swiss Target Prediction数据库,对活性成分进行靶点预测。通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）得到高血压相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,获取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心蛋白。使用MCODE对PPI网络进行蛋白聚类分析。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,Hiplot分析平台进行基因本体（GO）富集分析,再使用Autodock Vina和Pymol实现核心成分-核心蛋白的分子对接。结果：检索得到强力定眩片活性成分44个,作用靶点679个,疾病相关靶点2 367个,药物与疾病的交集靶点305个。KEGG分析显示,交集基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、HIF-1等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要富集于循环系统调控过程、血管管径调节、MAPK级联正向调节、血压调节等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白均有较好的结合活性。结论：强力定眩片可能通过调控肾素-血管紧张素-醛固酮系统、血管平滑肌收缩、氧化应激、钙离子通道等方式,起到降低血压的功效。     

基于网络药理学和分子对接研究寿胎丸治疗复发性流产的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接方法探讨寿胎丸治疗复发性流产（RSA）的主要作用机制。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM数据库检索寿胎丸所含主要的活性化学成分,并在TCMSP数据库中查询药物成分对应靶点,检索GeneGards数据库获得RSA相关靶点。运用R软件取药物与疾病靶点的交集制成韦恩图,再利用Cytoscape 3.7.2软件将药物-活性成分-靶点-疾病网络可视化,通过STRING数据库获得靶标蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。最后运用R软件对靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：共得出主要活性成分21个,寿胎丸与RSA相关靶点共108个,通过GO分析得出133个功能条目,通过KEGG分析得出147条信号通路,涉及细胞因子受体结合、受体配体活动、泛素样蛋白连接酶结合等功能及AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化等通路。分子对接验证显示,寿胎丸的主要活性成分与RSA核心靶点具有较强的结合活性,为二者的相互作用提供了基础。结论：该研究利用网络药理学方法初步揭示了寿胎丸通过多成分、多靶点、多通路治疗RSA的作用机制,预测了寿胎丸可能通过TGF-β、PI3K/AKT、MAPK、JAK-STAT等通路保护妊娠,为进一步临床及实验研究提供了良好的理论依据。     

基于网络药理学和分子对接的感冒清热颗粒防治新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的：基于网络药理学探索感冒清热颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的药效物质基础及其作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索感冒清热颗粒中各味中药的化学成分及其作用靶点;在GeneCards数据库检索得到新型冠状病毒肺炎相关靶点;上述二者取交集,导入Cytoscape 3.7.2软件中进行处理,得到关键成分及关键靶标;再将交集靶点导入STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析;利用DAVID数据库及R语言对交集靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后以感冒清热颗粒“有效成分-靶点”网络中筛选出的12个关键化合物为配体,以血管紧张转化酶2(ACE2)和SARS-CoV-2 3CL pro水解酶为目的受体,进行分子对接。结果：筛选出复方中化学成分共152个,相关靶点293个,其中与COVID-19共同作用的靶标有59个,与之对应有效成分共86个。核心靶点包括PTGS2、PTGS1、DPP4、F10、NOS2、TP53、TNF,关键成分包括β-胡萝卜素、槲皮素、芦丁、山柰酚、柚皮素、金合欢素、芦荟大黄素、葛根素、异鼠李素、芒柄花黄素、二氢血根碱和β-谷甾醇。应用GO富集分析得到42个GO条目,应用KEGG富集分析得到48条相关通路,其中包含细胞凋亡通路、癌症通路等。分子对接研究显示感冒清热颗粒中关键化学成分与3CL pro和ACE2的结合作用良好,甚至优于部分临床使用的药物。结论：感冒清热颗粒能通过槲皮素、芦丁、山柰酚、金合欢素和柚皮素等成分,调控细胞凋亡通路、癌症通路等,调节PTGS2、PTGS1、DPP4等蛋白的表达,来调控机体细胞生长凋亡、免疫炎症反应治疗COVID-19;同时感冒清热颗粒中的关键成分可能会通过作用于3CL pro及ACE2,来阻断新冠病毒入侵和增殖。     

基于网络药理学的小柴胡汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)发热的可行性探讨

目的通过网络药理学和分子对接的方法,初步探讨小柴胡汤在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)治疗中缓解发热及抗病毒的可能作用机制。方法运用网络药理学方法分析小柴胡汤治疗发热的潜在靶点及通路;从TCMSP、Pharm Mapper数据库收集小柴胡汤的成分和作用靶点;OMIM和Genecards数据库收集发热相关靶点;String数据库构建蛋白相互作用网络,分析核心靶点;DAVID数据库和KOBAS3.0进行基于基因本体论(GO)的功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)的通路富集分析;Cytoscape3.2.7构建成分-靶点-通路网络图。运用分子对接技术筛选与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)以及SARS-CoV-2感染靶细胞关键受体血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)结合力较强的活性成分,预测可能的结合位点。结果网络药理学分析表明,小柴胡汤共筛选出165种活性成分,预测到靶点168个,筛选出发热相关靶点7 006个,取交集得到小柴胡汤与发热相关的靶点141个。GO富集到基因功能292个,KEGG富集到基因通路30条。分子对接结果表明,小柴胡汤的主要活性成分与SARS-CoV-2和ACE2均有较强的结合能力,其中β-谷甾醇、豆甾醇和3′-羟基-4′-O-甲基葡萄糖苷为结合最强的3个有效成分。结论网络药理学方法初步探讨了小柴胡汤缓解COVID-19发热的作用机制,β-谷甾醇、豆甾醇和3′-羟基-4′-O-甲基葡萄糖苷可能为小柴胡汤中主要发挥抑制SARS-CoV-2的成分,为进一步的研究提供了方向。     

基于网络药理学的麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎潜在机制研究

目的:运用网络药理学探究麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在机制。方法:从TCMSP、TCM-ID数据库检索并筛选得到麻黄汤中的主要活性成分;通过检索Pub Chem数据库得到每种活性成分的SMILES结构并导入Swiss数据库得到预测靶点;采用CTD数据库筛选得到ARDS的已知治疗靶点,使用Uniprot数据库对所有靶点进行名称校正后,取靶点的交集部分导入String数据库筛选得到网络核心靶点;再采用Cyoscape 3.7.1软件构建药物-靶点-疾病网络进行数据可视化,通过CTD数据库进行GO的生物学过程富集分析和KEGG通路富集分析,预测其潜在作用机制。结果:从麻黄汤中筛选得到78个活性成分、24个潜在靶点;GO富集分析得到生物学过程809条;信号通路分析得到249条显著相关通路。结论:麻黄汤通过作用于多个靶点和多条信号通路,协同干预ARDS进程,从而实现对COVID-19的防治作用。     

桃仁膝康丸治疗骨性关节炎机制的网络药理学分析与验证

目的：以网络药理学方法探讨桃仁膝康丸治疗骨性关节炎的可能作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）搜索和筛选出桃仁膝康丸活性成分及作用靶点,检索GeneCards、OMIM和CTD数据库获得与骨性关节炎相关的非重复靶点,取交集获取中药抗骨性关节炎相关的药物活性成分靶点,使用String软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,筛选核心靶点和构建药物-活性成分-骨性关节炎相关靶点网络;借助DAVID数据库进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;将活性成分与预测疾病核心靶点进行分子对接验证;免疫印迹法（Western Blot）验证对细胞凋亡效应蛋白半胱氨酸蛋白酶（Caspase,CASP）3靶点的干预。结果：从桃仁膝康丸中筛选出53个活性成分,主要作用于骨性关节炎相关55个的靶点,靶标作用主要涉及细胞凋亡、炎症、细胞自噬、细胞老化、活性氧代谢、免疫生物过程和通路;分子对接结果发现活性成分与核心靶标结合性能良好;Western Blot结果显示,桃仁膝康丸能显著...     

血府逐瘀方剂辅助治疗肺癌的Meta分析

目的：基于网络药理学和分子对接的方法探讨大柴胡汤治疗胆囊炎（Cholecystitis）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索相关文献获得大柴胡汤所含中药的主要化学成分,收集其相对应的靶点;胆囊炎疾病靶点来源于GeneCards、在线人类孟德尔遗传（OMIM）、PharmGkb数据库。结合Cytoscape 3.8.0构建药物-核心靶点-有效成分网络、靶标蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。利用Bioconductor中的R包对核心靶标进行基因本体（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果：获得大柴胡汤活性成分151个,药物靶点260个;疾病靶点485个;交集基因55个;PPI网络分析发现,核心蛋白涉及TNF-α、CCK、EGFR、AKT1、VEGFA;GO富集分析得到2 307个GO条目。大柴胡汤包含细胞组分92个,生物过程2 126个,分子功能89个,主要有受体配体活性、细胞因子活性、细胞因子受体结合、磷酸酶结合等;KEGG通路富集分析发现大柴胡汤主要涉及AGE-RAGE信号通路、白细胞介素-17信号通路以及HIF-1信号通路等。结论：通过网络药理学分析发现,大柴胡汤多成分、多靶点调控机体,通过多途径起到治疗结石性胆囊炎的作用。     

基于网络药理学探讨乌梅治疗哮喘的作用机制

目的基于网络药理学方法,探讨乌梅治疗哮喘的作用机制。方法运用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)检索乌梅的活性成分和靶标蛋白。运用治疗靶点数据库(TTD)检索哮喘的靶标蛋白。通过Cytoscape软件对二者的靶标蛋白进行交集,得到交集靶标蛋白并在Unitprot数据库查询交集靶标蛋白的基因名称。将交集靶标蛋白输入STRING数据库中构建蛋白相互作用网络。使用DAVID在线分析工具对交集靶标蛋白基因进行GO富集及KEGG通路富集分析。结果从乌梅中筛选出8种活性成分,涉及哮喘的靶标有14个。其治疗机制可能与神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、脂肪细胞脂解的调控、cAMP信号通路、利什曼病、胆碱能突触、TNF信号通路、弓形虫病有关。结论乌梅治疗哮喘涉及多种黄酮类、甾醇类化合物,可能与肾上腺素受体、肿瘤坏死因子、趋化因子、白三烯等有关,并涉及神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等通路。     

基于网络药理学和分子对接探讨肉苁蓉苯乙醇总苷对肝细胞癌的潜在分子机制

目的：通过网络药理学及分子对接技术,探讨肉苁蓉苯乙醇总苷(CPhGs)治疗肝细胞癌(HCC)的潜在分子机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）等数据库及文献收集肉苁蓉苯乙醇总苷的活性成分及潜在作用靶点。通过TTD,GeneCards等数据库获得与HCC相关的疾病基因,得到药物靶点与疾病靶点的交集为肉苁蓉苯乙醇总苷治疗HCC的潜在作用靶点,将交集靶点导入蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选关键靶点。将关键靶点导入DAVID数据库,进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最终,利用Autodock vina软件对筛选出的蛋白与肉苁蓉苯乙醇总苷活性成分进行分子对接。结果：肉苁蓉苯乙醇总苷中有29种活性成分及410个靶基因,涉及PI3K-AKT信号通路、癌症信号通路、癌症蛋白聚糖通路、VEGF信号通路等以发挥治疗HCC的作用。分子对接结果显示,筛选的靶点受体蛋白与活性成分具有较好的结合活性。结论：肉苁蓉苯乙醇总苷可能通过多组分、多靶点和多途径的方式调节癌细胞、血管生成等相关靶标和途径,从而对HCC产生治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血(UGIB)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索三黄泻心汤活性成分及作用靶点，通过Gene Gards、OMIM、Pharmgkb及DrugBank疾病数据库获取UGIB疾病靶点，并获取二者交集靶点，借助Cytoscape3.9.0软件及STRING数据库构建中药-活性成分-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络及挖掘出网络中潜在的蛋白质功能及核心网络，采用R软件对交集靶基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，最后通过AutoDock Tools及PyMOL等平台进行分子对接，预测三黄泻心汤加味关键成分与关键靶点的结合度。结果 共得到三黄泻心汤加味有效活性成分87个，UGIB疾病靶点3350个，二者交集靶点141个，富集得到GO中2149个生物过程条目，63个细胞组分条目，179个分子功能条目和168条KEGG通路。三黄泻心汤加味主要通过槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、黄芩素、金合欢素等活性成分调节关键靶点ESR1、 MYC、 TP...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨半夏治疗糖尿病胃轻瘫的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨半夏治疗糖尿病胃轻瘫(DGP)的可能作用机制。方法:从中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中检索半夏的活性成分和对应靶点，利用SwissTargetPrediction对半夏活性成分进行靶点预测补充；从Genecards、TTD、NCBI数据库中检索DGP相关靶点基因；取半夏活性成分与DGP的交集靶点，利用Cytoscape 3.8.0构建“半夏活性成分-交集靶点”网络；借助Cytoscape 3.8.0的BisoGenet构建交集靶点的蛋白互作(PPI)网络图，利用CytoNCA对PPI网络进行拓扑分析并筛选核心靶点；借助ClueGO对核心靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因组与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用Autodock 4.2软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接。结果:半夏13个活性成分靶点与DGP相关靶点的交集靶点共68个；PPI网络拓扑分析得到核心靶点327个；核心靶点的GO功能富集分析显示其与黏着斑、泛素蛋白连接酶结合及mRNA分解代谢过程等调控相关；KEGG通路富集分析显示其与细胞周期、甲状腺激素信号...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制

目的：借助网络药理学和分子对接技术探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄芪的活性化合物并预测其作用靶点,借助Cytoscape 3.7.2软件构建黄芪活性成分-靶点网络图;以“slow transit contipation”为关键词在OMIM及GeneCards数据库检索慢传输型便秘相关靶点,并与黄芪化合物作用靶点取交集,将共同靶点导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将PPI导入Cytoscape 3.7.2进行拓扑分析;利用R语言进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析预测其作用机制;通过Swiss Dock在线分子对接工具对关键靶点进行分子对接。结果：黄芪筛选得到20个活性成分,对应作用靶点189个,与慢传输型便秘的共同靶点143个,交集String数据库和Cytoscape 3.7.2拓扑分析度值靠前的靶标为血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝氨酸苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素-6(IL-6)。GO功能富集分析得到生...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄连-葛根药对“异病同治”糖尿病视网膜病变和糖尿病肾病作用机制

目的运用网络药理学方法探究黄连-葛根药对治疗糖尿病视网膜病变(DR)和DN的作用机制。方法应用TCMSP、UniProt数据库检索黄连-葛根活性成分及对应靶点, 应用GeneCards、OMIM数据库检索DR和DN靶点基因, 运用在线工具Venny获得交集靶点, 利用Cytoscape 3.8.2软件构建"成分-靶点"网络, 采用STRING数据库构建PPI网络, 并通过DAVID数据库进行GO功能及KEGG通路富集分析, 并进行分子对接验证。结果获得黄连-葛根药对活性成分18个, 疾病-药物交集靶点74个。GO功能富集分析发现, 交集靶点主要富集于炎症反应及凋亡等生物过程, 涉及到细胞外间隙、质膜、细胞质等细胞组分, 且与蛋白质结合、ATP结合、酶结合等分子功能有关。KEGG通路富集分析发现, 交集靶点可能与TNF信号通路、Toll样受体信号通路、PI3K-Akt信号通路等机制相关。分子对接结果显示, 核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论黄连-葛根可能通过TNF、IL6、TP53等靶点, 调控TNF信号通路、Toll样受体信号通路和PI3K/Akt信号通路, 发挥抑制细胞凋亡、氧...     

基于网络药理学研究真武汤治疗扩张型心肌病的作用机制

目的：通过网络药理学方法和分子对接技术研究真武汤治疗扩张型心肌病（Dilated Cardiomyopathy,DCM）的作用及其机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCSMP）等数据库精选真武汤中药材的主要活性成分和功能靶点,再利用Gene Cards、OMIM等数据库获取DCM的关键靶点,进而筛选出其共同作用靶点。并利用Cytoscape 3.8.2软件来建立“真武汤-有效成分-DCM-靶点”网络图。并通过String数据库获得蛋白质-蛋白质相互作用的网络,从而筛选出了关键基因。利用DAVID数据库对关键靶点做了基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用RCSB PDB、Pub Chem数据库,利用Chem Bio3D、Py MOL以及Auto Dock pyrx内部的Vina软件工具做分子对接,最后使用DS2019软件作图。结果：共得到真武汤中药物主要活性成分59个、重要交集靶点38个,GO富集功能分析显示条目628个,KEGG富集通路126个。真武汤主要活性成分包括β-谷甾醇、山柰酚、常春藤皂苷元等;关键靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋...