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相似文献
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1.
王秀芳  原亚利  刘德  姚娓 《实用中医内科杂志》2021,(6):32-37,后插6-后插9
目的 采用网络药理学和分子对接方法探讨正阳汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索正阳汤组方中9味中药的活性成分及作用靶点.利用GeneCards数据库筛选COVID-19相关的靶点,利用R软件将药物靶点与疾病靶点取交集,将交集靶点输入STRING平台获得蛋白互作关系...  相似文献   

2.
目的:从网络药理学角度探讨化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制,为其临床治疗、新药开发提供参考。方法:在TCMSP数据库中筛选出化湿败毒方的药物有效活性成分,并提取其作用靶点,在GeneCards数据库检索COVID-19相关疾病靶点,将药物及疾病的共同靶点导入STRING数据库获取靶标蛋白互作网络关系,通过Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络、"中药-潜在活性成分-潜在靶标-疾病"网络,并利用Cytoscape3.7.2软件、R软件及相应程序包进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。同时进行分子对接验证。结果:检索得到269个药物活性成分和2 629个药物靶标,其中药物疾病共同靶标49个,GO功能富集分析涉及对脂多糖的反应、氧化应激反应及γ-干扰素介导的信号通路调控等条目,KEGG通路富集分析涉及AGE-RAGE通路、TNF信号通路、NF-κB通路、RIG-I样受体信号通路等。分子对接结果表明槲皮素、木犀草素和山柰酚与COVID-19相关蛋白及作用靶点具有较强的结合活性,可能起到类似于抗病毒药物的治疗效果。结论:化湿败毒方含槲皮素、木犀草素和山柰酚等多种活性成分,可能通过作用于多个靶点、多种通路,从抗炎、抗病毒、抗氧化、调节免疫等方面治疗COVID-19。  相似文献   

3.
目的:通过网络药理学与分子对接方法探究严长宏教授治疗新型冠状病毒感染的核心处方的分子机制和作用靶点,为后续临床治疗提供依据。方法:收集严长宏教授2022年底于包头市方舱医院的诊疗新型冠状病毒感染患者数据,构建疾病数据库,使用数据挖掘得出治疗核心处方。利用网络药理学的方法预测新型冠状病毒感染的靶点以及潜在通路,使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选核心处方药物的有效成分以及靶点。通过人类基因数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、疗效药靶(TDD)数据库获取新型冠状病毒感染相关的靶点;取交集靶点后上传至STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,导入Cytoscape 3.7.1软件中,运用Network analyzer插件得到核心靶点,并进行基因本体论(GO)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后通过Autodock vina软件进行分子对接,对关键成分与靶点进行验证。结果:筛选出162个核心处方的有效成分,其中槲皮素、豆甾醇、山柰酚、谷甾醇、汉黄芩素等是关联度值最高的化合物。获得73个交集靶点,其中JUN原癌基因...  相似文献   

4.
刘梦琳  刘飞祥  樊根豪  张怀亮 《实用中医内科杂志》2021,(2):33-38,后插1-后插4
目的 探讨防风通圣散(FFTSP)治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点协同作用机制,并分析潜在药物靶点和关键通路.方法 基于网络药理学研究方法,借助中药系统药理学分析平台(TCMSP数据库)筛选FFTSP的活性成分及靶点,利用GeneCards数据库获取COVID-19的疾病相关靶点,运用String...  相似文献   

5.
目的:基于网络药理学筛选半夏-藿香药对治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在活性成分、核心靶点、信号通路。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选半夏-藿香药对活性成分和靶点,与GeneCards、NCBI数据库中COVID-19基因集相互映射获取关键靶点,同时通过STRING数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建关键靶点相互作用网络。利用DAVID数据库进行基因本体(GO)-生物过程(BP)及KEGG通路富集分析,获得分子对接证据支持。结果:半夏-藿香药对有效活性成分24个,关键靶点45个,共富集出生物过程、细胞组分和分子功能条目443条,通路103条。分子对接结果显示在半夏-藿香药对中,与3CLpro结合最好的是β-谷甾醇;与血管紧张素转换酶2结合最好的为槲皮素。结论:半夏-藿香药对关键化合物可能从结构上作用于严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)入侵及从多成分多靶点多通路抑制细胞因子风暴,广谱抗病毒、抑菌及免疫调节,干预网状激活系统起到治疗作用。  相似文献   

6.
目的:探究复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒感染(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)的分子生物学机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药百科全书数据库及Pub Chem Compound数据库对复方一枝蒿颗粒的有效活性成分进行筛选,通过基因组注释数据库平台、Drugbank、Therapeutic Target Database数据库预测COVID-19相关疾病靶点,同时应用GEO数据库鉴定与COVID-19相关的差异表达基因。取药物活性成分靶点、疾病靶点和差异表达基因的交集,利用R语言进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,采用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用调控网络,使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-关键靶点调控网络。此外,基于上述研究结果进行分子对接分析。结果:复方一枝蒿颗粒作用于COVID-19的有效活性成分有52个,靶标基因585个,涉及1 090个疾病靶点和5 882个差异表达基因,其中交集靶点基因有30个。GO和KEGG分析结果显示,关键靶点基因主要集中在膜...  相似文献   

7.
周国威  王雨轩  夏天卫  董毓苇  张娅  居文政  沈计荣  马朝群 《实用中医内科杂志》2021,(2):100-107,后插8-后插10,封3
目的 采用网络药理学和分子对接方法,探究麻杏苡甘汤对SARS、MERS的作用机制,从而预测麻杏苡甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索麻杏苡甘汤4味中药的所有化学成分并筛选作用靶点;通过GeneCards、GAD、DisGeNET等数据库查询S...  相似文献   

8.
目的:运用网络药理学及分子对接技术探究疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在分子机制。方法:检索计算系统生物学实验室数据库和分析平台(TCMSP)获得疏风解毒胶囊所有有效活性成分的干预靶点,并与GeneCards数据库中的新型冠状病毒肺炎疾病基因靶标相映射得到交集靶标;通过Cytoscape3.7.0构建"药物-活性成分-靶标"网络;通过String得到交集靶标的PPI网络;运用数据包进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。将疏风解毒胶囊中关键有效成分化合物与PPI中核心蛋白进行分子对接。结果:"药物-活性成分-靶标"网络图中涉及交集靶标48个,关键性化合物主要包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、刺槐黄素,关键靶点涉及CALM1、NOS2、PTGS2、DPP4、PTGS1等。GO富集分析包括1335条生物过程(biological process,BP)、34条细胞组分(cellular component,CC)以及86项分子功能(molecular unction,MF)。18条KEGG相关通路,涉及病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、木犀草素等核心化合物与核心靶蛋白亲和力较高。结论:疏风解毒胶囊中的化学成分通过与关键靶蛋白IL-6、ALB、MAPK3等结合涉及多种生物学过程及通路治疗COVID-19。  相似文献   

9.
目的 本研究通过网络药理学和分子对接技术预测黄连解毒汤(HLJDD)治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在靶点和作用机制.方法 在中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、SymMap v2、中药百科全书(ETCM)、高通量中医药实验和参考指导数据库(HERB)、中医药综合数据库(TCMID)中检索HLJD...  相似文献   

10.
目的:基于网络药理学及分子对接研究金珍滴眼液治疗干眼的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药综合数据库(TCMID)筛选出金珍滴眼液的所有化学成分及作用靶点;通过人类基因数据库(GeneCards)、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)筛选出干眼的相关靶点;使用RGUI软件绘制韦恩图,得到金珍滴眼液治疗干眼的潜在靶点,利用STRING数据库和合Cytoscape软件构建蛋白互作网络;利用RGUI软件ClusterProfiler库进行GO功能和KEGG富集分析;使用AutoDockTools和Vina软件对关键靶点和活性成分进行分子对接,使用Pymol软件绘制对接结果。结果:金珍滴眼液中共挖掘出治疗干眼的主要活性成分34种,药物和疾病共同靶点221个。治疗干眼的重要靶点涉及AKT1、TP53、HSP90AA1、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6 (IL-6)、表皮生长因子受体(EGFR)等,主要作用于PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、白细胞介素-17 (IL-17)信号通路、MAPK信号通路、表皮生长因子受体...  相似文献   

11.
目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨土茯苓抗痛风的作用机制。方法 利用TCMSP、UniProt、OMIM、GeneCards、PharmGkb、DrugBank等数据库预测土茯苓抗痛风的活性成分和推测靶点,进行富集分析以阐明核心靶点的生物学功能和相关途径;同时,利用Cytoscape软件构建了一个“成分靶向通路”网络。结果 经分子对接验证显示主要成分与核心靶点紧密结合,阐明了土茯苓抗痛风的分子机制是通过槲皮素、柚皮素和β-谷甾醇等主要成分,作用于IL1B、CXCL8、PPARG、CCL2、PTGS2、IL6、STAT1靶点和多种途径。结论 土茯苓可能通过多成分、多靶点、多通路发挥抗痛风作用,为今后进一步阐明土茯苓治疗痛风的作用机制、开展实验验证提供依据。  相似文献   

12.
目的:采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果:筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT...  相似文献   

13.
目的:基于网络药理学探索感冒清热颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的药效物质基础及其作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索感冒清热颗粒中各味中药的化学成分及其作用靶点;在GeneCards数据库检索得到新型冠状病毒肺炎相关靶点;上述二者取交集,导入Cytoscape 3.7.2软件中进行处理,得到关键成分及关键靶标;再将交集靶点导入STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析;利用DAVID数据库及R语言对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后以感冒清热颗粒“有效成分-靶点”网络中筛选出的12个关键化合物为配体,以血管紧张转化酶2(ACE2)和SARS-CoV-2 3CL pro水解酶为目的受体,进行分子对接。结果:筛选出复方中化学成分共152个,相关靶点293个,其中与COVID-19共同作用的靶标有59个,与之对应有效成分共86个。核心靶点包括PTGS2、PTGS1、DPP4、F10、NOS2、TP53、TNF,关键成分包括β-胡萝卜素、槲皮素、芦丁、山柰酚、柚皮素、金合欢素、芦荟大黄素、葛根素、异鼠李素、芒柄花黄素、二氢血根碱和β-谷甾醇。应用GO富集分析得到42个GO条目,应用KEGG富集分析得到48条相关通路,其中包含细胞凋亡通路、癌症通路等。分子对接研究显示感冒清热颗粒中关键化学成分与3CL pro和ACE2的结合作用良好,甚至优于部分临床使用的药物。结论:感冒清热颗粒能通过槲皮素、芦丁、山柰酚、金合欢素和柚皮素等成分,调控细胞凋亡通路、癌症通路等,调节PTGS2、PTGS1、DPP4等蛋白的表达,来调控机体细胞生长凋亡、免疫炎症反应治疗COVID-19;同时感冒清热颗粒中的关键成分可能会通过作用于3CL pro及ACE2,来阻断新冠病毒入侵和增殖。  相似文献   

14.
目的 探究鱼腥草抗前列腺癌的作用机制、关键靶点及关键活性成分。方法 采用网络药理学方法,通过中药系统药理学分析平台、UniProt数据平台、GeneCards数据库、OMIM数据库、Drug Bank数据库、微生信息数据处理平台、String数据库、Cytoscape3.9.1软件、DAVID数据库等,筛选出鱼腥草的活性成分、对应靶点及相关信号通路,并运用Autodock Vina软件、Pymol软件对关键活性成分及核心靶点进行分子对接。结果 鱼腥草治疗前列腺癌的共同靶点有98个,PPI网络分析显示EGFR、AKT1、ESR1、HRAS等为关键靶点,KEGG富集分析显示癌症通路、前列腺癌通路、PI3K-Akt信号通路是鱼腥草作用于前列腺癌的关键通路。分子对接结果显示,鱼腥草治疗前列腺癌的主要活性成分菠菜甾醇、山奈酚、鱼腥草素等与核心蛋白AKT1、ESR1等存在较好的结合性。结论 鱼腥草可能通过作用于PI3K-Akt信号通路,影响下游HRAS相关蛋白表达,影响前列腺癌生长的效果,为后续探究鱼腥草治疗前列腺癌提供研究思路。  相似文献   

15.
目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨香藿喷雾剂治疗新冠肺炎潜在的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台检索香藿喷雾剂相关活性化合物和作用靶点,在DisGeNET、Gencards、CTD、PharmGKB数据库中得到相关基因。运用Cytoscape_v3.7.2构建“活性成分-靶点”网络图。运用R软件进行基因本体功能富集分析和京都基因与基因组百科全书通路信号富集分析。利用AutoDock软件进行分子对接验证。结果 检索得到87个药物活性成分,1069个药物作用靶点,得到11763个与新冠肺炎相关的基因,筛选得到150个交集基因,获得166条GO功能,171条KEGG通路。KEGG通路富集主要在病毒感染、炎症以及血脂与动脉粥样硬化等方面。主要分子对接结果显示香藿喷雾剂与新冠肺炎的分子结合能较低,构象较稳定。结论 香藿喷雾剂可能作用于炎性因子和丝裂原活化蛋白激酶等靶点,通过抗病毒、抗炎症、调节脂质等方面的信号通路发挥治疗新冠肺炎的作用。  相似文献   

16.
目的:通过网络药理学方法预测中药金银花治疗新型冠状病毒(2019-nCoV)感染合并心肌炎的潜在关键靶点和通路,为新药研发及临床应用提供参考。方法:利用TCMSP数据库和UniPort数据库检索并规范金银花的药物成分和药物靶点,GeneCards、pharmGKB等数据库得到疾病靶点,通过Venn图获得药物与疾病的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库对其进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,构建药物-活性成分-靶点-疾病网络图,对交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将主要活性成分与血管紧张素转化酶II(ACE2)和新型冠状病毒3C样蛋白水解酶(SARS-CoV-2 3CL)进行分子对接。结果:获得金银花作用于2019-nCoV感染合并心肌炎的7种活性成分和50个作用靶点,涉及509个生物学进程和148条通路。其活性成分木犀草素、槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等通过调节丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、趋化因子配体2(CCL2)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-10(IL-10)等关键靶点治...  相似文献   

17.
目的:基于网络药理学及分子对接技术分析远志治疗原发性失眠(PI) 的作用机制。方法:通过 Herb、Batman-TCM 数据库筛选远志的化合物,用Swiss Target Prediction、SEA 及Batman-TCM 数据库行主要 活性成分潜在靶点筛选,同时在Gene Cards、NCBI 基因、TTD 数据库筛选疾病相关靶点。将远志的主要活性 成分靶点与疾病靶点输入Venny2.1 行交集处理,筛选两者的共同靶点,运用Cytoscape3.8.0 软件构建“药物- 成分-疾病-靶点”PPI 网络并行拓扑分析。使用RStudio4.0.3 软件行基因本体(GO) 功能富集与京都基因和基 因组百科全书(KEGG) 通路富集分析,使用Discovery Studio 软件将远志主要活性成分与疾病核心靶点进行分 子对接。结果:筛选出远志中含有金丝桃苷、α-菠甾醇、芦丁、槲皮素等9 种主要活性成分,261 个药物潜 在作用靶点,与2 600 个PI 相关疾病靶点取交集后获得87 个共有靶点。拓扑分析筛选到白细胞介素-6(IL-6)、 肿瘤坏死因子(TNF)、人环磷酸腺苷反应元件结合蛋白1(CREB1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝裂 原活化蛋白激酶3(MAPK3) 等36 个关键靶点。GO 功能富集分析得到BP 条目1 302 项、MF 相关条目101 项、 CC 相关条目63 项;KEGG 通路富集分析筛选到神经活性配体-受体相互作用、γ-氨基丁酸(GABA)、磷脂酰 肌醇3-激酶/蛋白激酶-B(PI3K-Akt)、环磷酸腺苷(cAMP)、TNF 等79 条信号通路;分子对接显示远志主要 活性成分与疾病核心靶点亲和力均良好。结论:远志能够通过多成分、多靶点、多通路的协同作用影响机体的 神经代谢、氧化应激及炎症反应,从而发挥治疗PI 的作用。  相似文献   

18.
目的:运用网络药理学及分子对接探索瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM筛选符合口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥018的瓜蒌-薤白活性成分及作用靶点;使用GeneCards数据库在线获取冠心病相关靶点;将瓜蒌-薤白与冠心病的交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape分析网络的核心靶点,运用ClueGO及DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用Autodock软件对核心活性成分及作用靶点进行分子对接验证。结果:瓜蒌-薤白中共得到22种活性成分,201个靶点,与冠心病相关靶点116个,在构建核心靶点PPI网络后得到包括肿瘤坏死因子(TNF)、苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤蛋白P53(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、上皮生长因子A(EGFA)等核心靶点,涉及生物学过程对缺氧的反应、对药物的反应、聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控和衰老等,KEGG通路包括HIF-1信号通路、TNF信号通路和cancer信号通路等,分子对接表明活性成分中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素活性成分可作用于磷酸肌醇3激酶(PIK3CG)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、环加氧酶2(PTGS2)、MAPK3、TNF和AKT1等核心靶点。结论:瓜蒌-薤白中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素可能作用于PIK3CG、MAPK1、PTGS2、MAPK3、TNF和AKT1而影响TNF、HIF-1和晚期糖基化终产物及受体(AGE/RAGE)等通路发挥治疗冠心病的作用。  相似文献   

19.
目的:利用分子对接和中药网络药理学技术预测银翘解毒合剂防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可行性。方法:借助TCMSP、Pubchem等数据库检索银翘解毒合剂中金银花、连翘、桔梗、荆芥、薄荷、牛蒡子、淡豆豉、淡竹叶和甘草的化学成分。以银翘解毒合剂中成分为配体,利用分子对接技术探讨可能作用于人血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的活性成分,进而运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点(基因)网络,通过DAVID数据库对活性成分靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果:获得银翘解毒合剂中化合物1060个,分子对接结果显示有301个化合物与ACE2具有较好的亲和作用(其中18个化合物优于参照药物洛匹那韦和瑞德西韦),进一步通过吸收、分布、代谢、排泄(ADME)参数从中优选出关键活性成分55个。关键成分靶点生物功能富集分析得到GO条目2080个(P0.05),其中生物过程(BP)条目1862个,细胞组成(CC)条目88个,分子功能(MF)条目130个;KEGG通路富集分析得到152条信号通路(P0.05),主要涉及与COVID-19感染源类似(病毒感染)的疾病,以及与肺炎和免疫、炎症反应相关的信号通路。结论:银翘解毒合剂中具有潜在作用于ACE2蛋白的活性物质,其有可能通过多靶点、多通路发挥防治COVID-19的作用。  相似文献   

20.
目的 使用网络药理学和分子对接方法,探讨双莲方治疗肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的潜在作用机制.方法 在TCMSP平台筛选双莲方活性成分与靶点,使用GeneCards数据库得到HCC靶点.利用Cytoscape软件构建"中药-活性成分-靶点-疾病"网络和PPI网络,并使用Autod...  相似文献   

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