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1.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探究半夏治疗肺癌的关键作用靶点。方法:在TCMSP数据库中检索半夏的活性成分和靶点,以“lung cancer”为关键词在DisGeNET数据库检索,物种为“Homo sapiens”,检索出肺癌的相关基因,构建靶标蛋白互作(PPI)网络。分别在Metascape平台和HIPLOT数据库平台对核心靶点进行分析,将物种设置为人,进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析,并用AutoDock Tools进行分子对接验证。结果:通过TCMSP数据库,检索到半夏活性化合物13种,潜在基因97个靶点。半夏治疗肺癌潜在作用靶点39个,主要有TP53、AKT1、HIF-1α和VEGFA等。按照P <0.05进行筛选,GO功能富集分析涉及对氧化应激、活性氧、缺氧反应等生物过程,细胞组分及分子功能主要涉及蛋白激酶调节活性、激酶调节活性、蛋白磷酸酶2A结合、过氧化物酶活性、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物和蛋白激酶复合物等。KEGG信号通路富集分析,按照P <0.05进行筛选,主要涉及癌症通路、肿瘤蛋白多糖、PI3K/Akt信号通路、癌症的MicroRNAs... 相似文献
2.
《西部中医药》2021,34(8)
目的:探讨四君子汤治疗结直肠癌的作用机制。方法:以网络拓扑参数筛选方法构建四君子汤治疗结、直肠癌的化合物-靶标核心网络;使用网络稳定性测试的方法寻找四君子汤治疗结直肠癌的核心化合物。结果:得到包含化合物7个及靶标33个的四君子汤治疗结直肠癌化合物-靶标核心网络;使用鲁棒性进行网络稳定性检测,得到四君子汤核心化合物4种,包括高丽槐素、罗通定、山萘酚和常春藤皂苷元;富集分析发现4种化合物与四君子汤强关联PI3K-Akt信号通路、cGMP-PKG信号通路及PPAR信号通路。结论:四君子汤治疗结、直肠癌的潜在作用机制可能是通过调控PI3K-Akt、cGMP-PKG和PPAR信号通路及药物结合、质膜区响应和肠神经元,进而影响脂代谢、细胞生存、细胞周期与细胞凋亡。 相似文献
3.
目的:运用网络药理学方法探究左金丸治疗结直肠癌的潜在效应机制。方法:依托中药系统药理学分析平台收集左金丸中黄连和吴茱萸的化学成分和靶点信息,通过疾病基因库收集结直肠癌疾病基因,并通过维恩分析、蛋白互作分析以及Cytoscape的可视化功能,构建化合物-靶点网络、蛋白互作(PPI)网络和成分-靶点-通路网络,分析左金丸治疗结直肠癌的效应机制。结果:从左金丸化合物-靶点网络得到234种成分和482个核心靶点(其中活性成分36个,核心靶点72个),结直肠癌基因737个,PPI网络包含50个蛋白,其主要蛋白涉及PIK3CA、AKT1、TP53、HIF-1α、BAX和MYC等。基因GO本体条目283条,涉及核质、细胞凋亡、基因表达调控等方面, KEGG通路58条,主要涉及有癌症的途径、癌症中的蛋白多糖、结肠癌、膀胱癌、乙型肝炎,以及HIF-1信号通路、PI3K信号通路和FOXO信号通路等,其结果有待进一步的实验验证。结论:结合文献报道和预测分析,左金丸可能的作用机制与以下相关:①调节机体免疫耐受能力,增强宿主免疫抵抗,抑制炎症对肠粘膜的持续性刺激,进而阻止了细胞的异常增生;②通过上调抑癌基因,下调癌症相关因子,促进肿瘤细胞发生凋亡;③降低肿瘤细胞的耐受缺氧环境,促进细胞细胞发生凋亡及上皮间质的转移。 相似文献
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6.
目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制.方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证.结果:共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个.PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点.富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌.分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合.结论:本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考. 相似文献
7.
目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。 相似文献
8.
目的:通过网络药理学和分子对接对圣愈汤治疗原发性痛经的作用机制进行预测。方法:利用TCMSP数据库收集圣愈汤的活性成分并预测其靶点,通过GeneCards与OMIM数据库,获取与原发性痛经相关的靶点。通过STRING数据库构建PPI蛋白互作网络。对核心靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。采用AutoDock Vina软件进行分子对接验证,并用PyMOL软件展示其相互作用。结果:筛选得到圣愈汤作用靶点216个,原发性痛经相关靶点共646个。圣愈汤治疗原发性痛经共52个活性成分,34个药物-疾病共同靶点,其作用机制可能与流体剪切应力与动脉粥样硬化、RAGE、HIF-1等96条信号通路相关。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇与VEGFA、PPARG、HMOX1对接良好。结论:圣愈汤活性成分可以通过镇痛、抗炎、免疫调节等方面,通过多条信号通路,改善组织缺氧状况及血管微循环状态,达到治疗原发性痛经的作用。 相似文献
9.
目的 基于网络药理学方法探讨怀牛膝治疗高血压的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选怀牛膝的有效成分及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM数据库获取高血压的靶点,利用Venn在线软件获取怀牛膝-高血压交集靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件构建“化合物-靶点-疾病”网络图。使用String数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用David数据库和R语言3.6.3中clusterProfiler包对关键靶点进行GO功能富集及KEGG通路分析,通过分子对接技术将怀牛膝主要活性成分与关键靶点进行对接验证。结果 共筛选出怀牛膝潜在活性成分16个,有效作用靶点183个。通过Venn图获得76个药物疾病共同靶点,PPI网络发现IL6、AKT1、VEGFA、CCL2、MMP9、NOS3、PTGS2等可能是怀牛膝治疗高血压的关键靶点。GO分析共包含396条富集结果,其中生物过程307条,分子功能54条,细胞组成35条。KEGG通路分析发现60个条目。分子对接筛选得到与靶点有结合潜力的化合物。结论 怀牛膝通过“多成分-多靶点-多途径”发挥降压作用,为深入研究其物质基... 相似文献
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目的:运用网络药理学方法和分子对接技术探究天冬治疗过敏性哮喘的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、TCMID及BATMAN-TCM、STP数据库获取天冬活性成分和靶点,通过GeneCards和OMIM、TTD数据库获得过敏性哮喘的治疗靶点,利用Venny 2.1得到交集靶点,并采用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络。应用Metacape进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析,使用Cytoscape 3.9.1构建“药物-活性成分-疾病-靶点网络”,运用Autodock vina 1.1.2进行分子对接验证。结果:筛选得到天冬8个活性成分、323个活性成分靶点基因和2629个疾病靶点基因以及169个交集基因,关键靶点包括蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、SRC、表皮生长因子受体(EGFR)、雌激素受体1(ESR1)、MMP9、白细胞介素2(IL2)等;涉及治疗过敏性哮喘的GO分析2212条,KEGG分析193条,主要通过磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、受体相关蛋白1(Rap... 相似文献
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目的:基于网络药理学及分子对接技术分析远志治疗原发性失眠(PI) 的作用机制。方法:通过
Herb、Batman-TCM 数据库筛选远志的化合物,用Swiss Target Prediction、SEA 及Batman-TCM 数据库行主要
活性成分潜在靶点筛选,同时在Gene Cards、NCBI 基因、TTD 数据库筛选疾病相关靶点。将远志的主要活性
成分靶点与疾病靶点输入Venny2.1 行交集处理,筛选两者的共同靶点,运用Cytoscape3.8.0 软件构建“药物-
成分-疾病-靶点”PPI 网络并行拓扑分析。使用RStudio4.0.3 软件行基因本体(GO) 功能富集与京都基因和基
因组百科全书(KEGG) 通路富集分析,使用Discovery Studio 软件将远志主要活性成分与疾病核心靶点进行分
子对接。结果:筛选出远志中含有金丝桃苷、α-菠甾醇、芦丁、槲皮素等9 种主要活性成分,261 个药物潜
在作用靶点,与2 600 个PI 相关疾病靶点取交集后获得87 个共有靶点。拓扑分析筛选到白细胞介素-6(IL-6)、
肿瘤坏死因子(TNF)、人环磷酸腺苷反应元件结合蛋白1(CREB1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝裂
原活化蛋白激酶3(MAPK3) 等36 个关键靶点。GO 功能富集分析得到BP 条目1 302 项、MF 相关条目101 项、
CC 相关条目63 项;KEGG 通路富集分析筛选到神经活性配体-受体相互作用、γ-氨基丁酸(GABA)、磷脂酰
肌醇3-激酶/蛋白激酶-B(PI3K-Akt)、环磷酸腺苷(cAMP)、TNF 等79 条信号通路;分子对接显示远志主要
活性成分与疾病核心靶点亲和力均良好。结论:远志能够通过多成分、多靶点、多通路的协同作用影响机体的
神经代谢、氧化应激及炎症反应,从而发挥治疗PI 的作用。 相似文献
12.
目的 基于网络药理学及分子对接技术分析六君子汤治疗胃肠功能障碍的核心成分、共作用靶点及通路。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCM-SP)数据库进行检索并筛选六君子汤的活性成分及作用靶点,运用Disgenet、MOIM、Genecards数据库检索胃肠功能障碍的相关作用靶点,取二者靶点交集,应用STRING平台及Cytoscape 3.10.0软件构建六君子汤-成分-靶点蛋白-疾病互作网络图;凭借微生信平台对所得交集靶点进行富集分析并绘制GO和KEGG富集分析图,最终使用pymol和AutoDock软件实现分子对接可视化。结果 六君子汤药物活性成分共131个,药物靶点218个,疾病相关靶点1376个,药物与疾病共靶点108个,GO分析中生物过程3584条,细胞组成186条,分子功能348条,KEGG分析获得通路229条,分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点对接成功,具有良好的结合活性。结论 六君子汤可能通过槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、木犀草素、豆甾醇、山奈酚等有效成分,作用于STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、MAPK1等靶点,参与糖尿病并发症通路、卡波西肉瘤相关病毒感染等信号通路,实现调节胃肠动力、抗炎等作用,从而改善胃肠功能障碍患者预后。 相似文献
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目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法:通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果:筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)等关键靶点的亲和力较高。结论:罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK-3)等靶点调节晚... 相似文献
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目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压(pulmonary hypertension, PH)的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台、本草组鉴数据库、中医综合数据库、中国知网检索红花的活性成分,并采用Swiss Target Prediction数据库预测相关靶标。在GeneCards数据库、DrugBank数据库、TTD数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、DisGeNET数据库中检索PH疾病靶标。采用STRING数据库构建红花活性成分靶点及PH疾病靶标的蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,并利用Cytoscape3.7.2软件获得红花治疗PH的潜在靶点的PPI网络,拓扑分析筛选红花治疗PH的潜在核心靶点。应用DAVID数据库及Metascape数据库对潜在核心靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析,并构建“红花-活性成分-靶点-通路-PH”网络... 相似文献
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《辽宁中医杂志》2021,48(7):160-165,后插6-后插7
目的利用网络药理学探析祛瘀解毒方治疗结直肠癌的机制。方法从中药系统药理学分析平台收集组方药物的活性成分及靶点,与Genecards网站收集的CRC相关靶点取交集后,筛选出祛瘀解毒方治疗CRC的潜在靶点,利用Cytoscape软件绘制中药-活性成分-靶点网络图并分析出该网络的核心成分,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶蛋白互作网络并分析出该网络的核心靶点,利用R语言中clusterProfiler包对基因进行基因本体分子功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析,最后通过分子对接探讨核心成分与核心靶点之间的相互作用情况。结果祛瘀解毒方治疗CRC的核心成分可能为槲皮素、木犀草素、汉黄芩素,核心治疗靶点可能为TP53、AKT1和ALB,与CRC相关的通路涉及细胞增殖、细胞凋亡、血管生成、内分泌、肿瘤免疫、MicroRNA和耐药性等方面。分子对接表明AKT1、ALB与槲皮素、木犀草素、汉黄芩素相互作用较强。结论该研究表明祛瘀解毒方治疗CRC的多成分、多靶点、多通路作用机制,可为今后阐明祛瘀解毒方治疗CRC的具体机制提供思路。 相似文献
16.
目的 运用网络药理学及分子对接的方法探究葛根素(Pue)干预阿尔茨海默病(AD)的分子作用机制,并进行动物实验验证。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、集成药效团匹配平台(PharmMapper)等获取Pue的作用靶点,利用人类基因综合数据库(GeneCards)获取AD相关靶点,映射后获取交集靶点,应用Cytoscape v3.9.1软件构建蛋白质相互作用网络图,并筛选出核心靶点进行基因功能富集分析、信号通路分析和分子对接;通过基因鉴定将5月龄的早老素1/2条件性双基因敲除(PS cDKO)小鼠给予Pue(100 mg/kg)的腹腔注射治疗,然后进行行为学测试,测试结束后取材进行分子生物学检测。结果 通过筛选获得Pue干预AD的核心靶点共118个。基因本体论(GO)功能富集分析得到148个条目(P<0.05),其中生物过程条目100个,细胞组成条目23个,分子功能条目25个;京都基因和基因组百科全书数据库(KEGG)通路分析富集得到11条信号通路(P<0.05),主要包括AD信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路和丝裂原活... 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接探讨四物汤治疗复发性流产(recurrent spontaneous abortion, RSA)的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索四物汤组方中药的活性成分及作用靶点,通过Cytoscape 3.9.0绘制四物汤“活性成分-作用靶点”网络图;从Genecards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)中检索RSA的疾病靶点,运用Venn Diagram获取共同靶点,并导入STRING数据库构建蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks, PPI),使用Cytoscape软件筛选核心靶点。将共同靶点导入DAVID数据库进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia ... 相似文献
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目的 运用网络药理学方法探讨石斛合剂治疗糖尿病的作用机制。方法 运用TCMSP、ETCM、BATMAN-TCM数据库及文献报道搜集石斛合剂中的化学成分,并以PharmMapper平台预测化学成分靶点;运用GeneCards、TTD、OMIM、DrugBank筛选糖尿病相关靶点,将获取的化学成分靶点与糖尿病相关靶点取交集得到石斛合剂与糖尿病的共同靶点;利用STRING平台对交集靶点进行PPI网络构建,筛选出核心靶点;利用DAVID数据库对交集靶点进行KEGG富集分析与GO富集分析,应用微生信平台绘图;应用Cytoscape 3.7.2软件构建石斛合剂治疗糖尿病的成分-靶点-通路网络关系图;最后利用AutoDock软件进行分子对接验证。结果从石斛合剂中筛选得到199种活性成分,对应291种潜在靶点。石斛合剂抗糖尿病的核心成分39个,包括表小檗碱、新隐丹参酮Ⅱ、小檗红碱等,核心靶点14个,包括ALB、Akt1、IGF1、EGFR、PPARG、ESR1等。GO富集分析得到179个生物过程(BP)、58个分子功能(MF)、16个细胞成分(CC),主要涉及凋亡过程的负调控、类固醇激素介导的信号通路... 相似文献
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目的 基于网络药理学及分子对接技术,构建泽泻汤治疗高脂血症的成分-通路-靶点网络,探讨其潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)并结合文献,筛选泽泻汤的活性成分;借助TCMSP和PharmMapper数据库筛选泽泻汤活性成分的作用靶点,并建立活性成分靶点库;利用OMIM、TTD、DrugBank、PharmGKB和GeneCards数据库获取高脂血症的相关靶点,并建立疾病靶点库;运用STRING数据库和Cytoscape软件构建成分靶点与疾病靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选得到核心靶点;采用DAVID数据库和OmicsBean平台分别对核心靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析和基因本体(GO)功能分析;最后通过Discovery Studio软件验证泽泻汤中活性成分与髓过氧化物酶(MPO)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、凝血因子Ⅱ(F2)、过氧化物酶增殖物激活受体a(PPARA)和哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)5个靶点的结合活性。结果 共挖掘到泽泻汤中16个活性成分及369个潜在成分靶点,与284个高脂血症相关靶点相互映射,并通过PPI网络分析筛选得到16个核心靶点,包括MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等,推测这些靶点可能为泽泻汤治疗高脂血症的核心靶点。同时,分子对接结果显示,泽泻汤中所含的泽泻醇类、大黄素和白术三醇与高脂血症的核心靶点有较强的结合能力。KEGG富集分析发现与高脂血症相关的主要调控通路涉及缺氧诱导因子-1(HIF-1)、胰岛素抵抗、胰岛素信号等。结论 泽泻汤的活性成分可能通过作用于MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等多个高脂血症相关靶点,调节HIF-1、胰岛素抵抗、胰岛素信号通路,从而发挥治疗高脂血症的作用,为后续研究泽泻汤治疗高脂血症的分子机制提供了思路。 相似文献
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目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(TCMIP)和中药分子机制生物信息学分析工具(BATMANTCM)筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果:银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A~D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS... 相似文献