基于数据挖掘分析BTK基因在NSCLC中的表达及临床意义

目的 利用多个在线数据库分析BTK在非小细胞癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的表达及临床意义.方法 利用Oncomine、GEPIA等在线数据库分析BTK基因在NSCLC中表达水平;Kaplan-Meier Plotter数据库分析BTK基因表达水平与NSCLC患者生存之间的关系...     

胃癌中IBSP基因表达及预后的生物信息学分析

目的:通过生物信息学分析筛选出胃癌和正常胃黏膜间差异表达基因,分析并预测其在胃癌发生发展及预后中的价值。方法:从癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载胃癌患者RNA-seq数据,使用软件R-Studio筛选差异表达基因,运用DAVID进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,研究PI3K-Akt通路中表达差异最明显的基因,通过网站UALCAN对其进行表达量及临床病理特征分析,利用在线网站STRING构建蛋白互作网络,同时利用Kaplan-Meier Plotter在线分析其与胃癌患者预后的相关性。结果:共获得5 704个差异表达基因,包括1 225个上调和1 479个下调的蛋白编码基因;KEGG通路分析确定骨涎蛋白(integrin binding sialoprotein,IBSP)为目的基因;IBSP基因在胃癌组织中明显高表达(P<0.001);且与胃癌患者的临床病理特征及不良预后明显相关(P...     

应用生物信息学筛选胃癌诊断和预后的生物标志物

目的：应用生物信息学方法分析和筛选与胃癌诊断和预后相关的生物标志物。方法：从GEO数据库下载胃癌的基因表达谱数据集GSE79973和GSE103236。通过在线工具GEO2R和韦恩图筛选两数据集重叠的差异表达基因(DEGs)。利用仙桃在线数据平台对DEGs进行GO和KEGG富集分析。通过STRING在线工具和Cytoscape软件构建DEGs的蛋白互作网络和识别hub基因。最后,使用GEPIA、仙桃、Kaplan-Meier Plotter在线数据平台对hub基因进行表达差异分析、受试者工作特征(ROC)曲线分析及生存分析。结果：GSE79973和GSE103236两数据集中有156个重叠DEGs,包括98个上调基因和58个下调基因。其中,上调差异表达基因(uDEGs)的GO富集分析主要与细胞外基质及胶原蛋白相关;KEGG富集分析与细胞外基质受体相互作用有关。通过STRING在线工具和Cytoscape软件从重叠DEGs中识别出10个hub基因,均为uDEGs。利用GEPIA、仙桃、Kaplan-Meier Plotter在线数据平台分析表明,hub基因在胃癌组织中均显著上调(P<...     

基于生物信息学分析胃肠上皮化生关键基因及靶向中药

目的：基于生物信息学方法分析胃肠上皮化生(intestinal metaplasia, IM)的关键基因、机制通路,并预测潜在靶向中药。方法：从GEO数据库获取GSE78523、GSE60427数据集,利用GEO2及R软件筛选IM差异表达基因并对其进行富集分析,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络(protein-protein interaction, PPI),筛选关键基因,利用Kaplan-Meier Plotter数据库、GEPIA数据库及HPA数据库对关键基因进行生存分析及表达验证,在Coremine Medical数据库预测筛选潜在中药。结果：筛选出285个差异表达基因。基因本体功能富集分析显示,差异基因主要参与消化吸收、肠道脂质的调节与吸收等生物过程。京都基因和基因组百科全书通路富集分析主要涉及营养物质的消化和吸收、糖酵解/糖异生、胆汁分泌、胆固醇代谢等。获取的7个关键基因是APOB、FABP1、APOA1、APOA4、NR1H4、PCK1、ALDOB。筛选得到的潜在中药可分为健脾益气和胃、祛瘀通络、解毒祛邪三大类,符合胃IM健脾通络解毒的治则。...     

Wfs1基因敲除小鼠肝脏芯片数据的生物信息学分析

目的: 通过生物信息学方法分析Wfs1基因敲除小鼠肝脏的基因表达谱芯片,探讨WFS1基因突变的潜在致病机制。方法: 从美国国立生物技术信息中心GEO 数据库下载基因表达谱芯片数据（GSE55143）,利用分析工具GEO2R进行差异表达基因筛选,通过在线富集分析网站进行差异表达基因的GO以及KEGG通路富集分析,并使用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络。结果： 筛选出198个差异表达基因,其中有96个上调基因,102个下调基因。GO和KEGG富集分析表明差异表达基因主要富集于脂肪酸生物合成和初级胆汁酸生物合成这两条信号通路。蛋白质相互作用网络分析发现26个核心基因。 结论： 本研究筛选出的差异表达基因及相关富集分析可促进对WFS1基因突变致病机制的进一步理解。     

ALOX5可作为与免疫细胞浸润相关的非小细胞肺癌预后生物标志物

目的：肺癌免疫治疗疗效与免疫细胞浸润密切相关。花生四烯酸5-脂氧合酶(arachidonic acid 5-lipoxygenase,ALOX5)可激活炎症反应并触发各种细胞死亡模式;然而,ALOX5与肺癌免疫细胞浸润的相关性尚不清楚。本研究利用在线数据库分析ALOX5在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的表达,探讨其与NSCLC免疫细胞浸润的相关性及其与预后的关系。方法：分析TIMER、GEPIA和UALCAN等在线数据库中NSCLC和正常组织ALOX5 mRNA和蛋白表达的差异;应用Kaplan-Meier数据库探讨ALOX5的预后价值,GeneMANIA和String网站探索与ALOX5基因表达相关联的基因及蛋白质;对TCGA数据库挖掘出的差异基因进行基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析;应用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)软件预测ALOX5可能参与...     

m6A阅读器IGF2BP1在胰腺癌中的表达及意义

目的 利用生物信息学分析探讨N⁶-甲基腺嘌呤(N⁶-methyladenosine, m6A)阅读器胰岛素样生长因子2-mRNA结合蛋白1(IGF2BP1)在胰腺癌组织中的表达情况及其临床意义。方法 从GEO和TCGA两数据库m6A相关基因的差异分析结果中筛选出本研究的目标基因IGF2BP1后,通过HPA、UALCAN网站对IGF2BP1蛋白质水平的表达情况进行分析。利用UALCAN网站分析IGF2BP1的表达与临床病理的关系。通过LinkedOmics网站对IGF2BP1进行共表达分析及GSEA富集分析。STRING网站被用于构建IGF2BP1的蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络。使用Kaplan-Meier Plotter数据库对IGF2BP1及与其有蛋白互作关系的基因进行Kaplan-Meier生存分析。结果 IGF2BP1在胰腺癌组织中高表达且表达水平与胰腺癌患者TP53的突变有关(P<0.05)。共表达分析显示1226个基因与IGF2BP1呈正相关,825个基因与IGF2BP1呈负...     

基于多种基因数据库分析RPC1在非小细胞肺癌的表达及意义

目的 探讨细胞质分裂调控蛋白1(Protein regulator of cytokinesis1,PRC1)在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的表达及意义.方法 利用Oncomine、癌症细胞系百科全书(CCLE)和Kaplan-Meier Plotter三种数据库分析...     

CDK1基因在肝癌预后和免疫细胞浸润的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法研究细胞周期素依赖性激酶1(Cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达差异,探索其在肝癌预后和免疫细胞浸润间的作用。方法 从GEO数据库下载肝癌数据集,使用R软件分析差异基因,并取交集基因;通过GO和KEGG分析富集通路;使用STRING和cytoscape构建差异基因互作网络,结果可视化获取核心基因CDK1;UALCAN和GEPIA数据库分析肝癌中CDK1的表达水平,及其与临床特征的关系;HPA数据库分析CDK1蛋白在肝癌组织和正常组织的表达差异;通过Kaplan-Meier Plotter分析CDK1表达水平与HCC预后的关系;TIMER数据库分析CDK1与HCC肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞表面标记物的相关性。结果 3个肝癌数据集筛选出共有的347个差异基因;KEGG通路显示差异基因主要参与细胞周期通路;与正常组织相比,CDK1基因在HCC组织中表达水平升高;CDK1高表达与肿瘤分期、年龄均有相关性;生存分析结果表明CDK1基因高表达患者生存时间明显低于低表达患...     

凋亡诱导因子2在乳腺癌中的表达及其相关作用

目的 利用生物信息学方法分析凋亡诱导因子2(apoptosis-inducing factor 2,AIFM2)在乳腺癌患者肿瘤组织中的表达及作用机制。方法 检索GEPIA、Kaplan-Meier Plotter、UALCAN数据库中AIFM2的研究信息,分析该基因在乳腺癌中的表达。利用Kaplan-Meier方法分析AIFM2的表达与乳腺癌患者生存及临床病理因素间的关系。同时应用LinkedOmic数据库筛选与AIFM2共同表达的基因,并对靶标基因进行基因本体(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析,并通过肿瘤免疫评估资源(tumor immune estimate resource, TIMER)数据库探究AIFM2表达与肿瘤组织中免疫细胞浸润的相关性。结果 GEPIA数据库分析发现AIFM2基因在乳腺癌组织中的表达显著低于癌旁组织(P<0.05);Kaplan-Meier Plotter数据库生存分析显示AIFM2基因高表达患者组的无复发生存期、总...     

基于数据库分析RASAL1和RASAL2在非小细胞肺癌中的表达及其临床意义

目的通过生物数据库,综合分析Ras蛋白激活类似物1(ras protein activator like 1,RASAL1)和大鼠肉瘤蛋白活化因子2(ras protein activator like 2,RASAL2)在NSCLC中的表达及与临床预后的意义。方法全面检索Oncomine及Kaplan-Meier Plotter数据库,分析RASAL1和RASAL2在NSCLC组织与正常组织中的表达差异及与患者临床预后的关系。结果 Oncomine数据库中分析发现,RASAL1在NSCLC中表达增高(P0.05),RASAL2在NSCLC中表达降低(P0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库分析发现,低表达的RASAL1和高表达的RASAL2在NSCLC中与良好的预后相关,且低表达的RASAL1与接受放化疗的NSCLC患者的良好预后相关。结论在NSCLC组织中RASAL1高表达,RASAL2低表达,且均与患者的预后相关。RASAL1可能作为促癌基因,RASAL2作为抑癌基因参与NSCLC的发生发展。RASAL1对NSCLC患者预后的影响还与放化疗效果相关,其可能是NSCLC的潜在治疗靶点。     

加权基因共表达网络分析联合免疫浸润分析筛选肝癌关键基因

目的：通过生物信息学方法筛选肝细胞癌中免疫细胞浸润相关的关键基因,为肝癌免疫治疗提供新的思路。方法：从GEO数据库中下载GSE15765肝癌组织的基因表达数据,应用ImmuCellAI数据库对下载的肝癌表达数据进行免疫浸润分析,得到各个肝癌组织中的免疫细胞的浸润评分;在R语言中使用WGCNA包对肝癌表达数据构建加权基因共表达网络,筛选与免疫细胞浸润相关的共表达网络基因模块,挑选相关模块中的枢纽基因(hub gene)。利用Metascape数据库对枢纽基因进行功能富集分析。STRING数据库联合Cytoscape软件用于获取连结度最高的前10个基因,并通过Kaplan-Meier Plotter网站绘制关键基因在肝癌患者中的生存曲线图。结果：R中使用WGCNA分析GEO下载的70例肝细胞癌数据,共得到10个基因模块。分析ImmuCellAI得到的免疫浸润评分与各个基因模块的相关性,并绘制热图;其中,褐色模块和肝癌组织巨噬细胞浸润有着较高的相关性(P<0.001,cor=0.79),筛选模块内免疫相关的枢纽基因共得到72个。功能富集分析显示枢纽基因主要涉及白细胞激活、淋巴细胞激活、...     

基于网络药理学和生物信息学探究西黄丸治疗肝癌作用机制

目的 通过网络药理学和生物信息学方法探究西黄丸治疗肝癌的潜在作用机制。方法 利用TCMSP、化学专业数据库和SwissADME数据库筛选西黄丸活性成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分对应靶点,GEPIA数据库分析靶点基因在肝癌组织与正常组织的表达差异,通过DAVID数据库对差异表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,借助STRING和Cytoscape3.9.0软件构建靶点蛋白相互作用网络,并筛选核心靶点;采用Kaplan-Meier Plotter数据库分析核心基因与肝癌患者预后的相关性,运用CB-Dock工具进行分子对接验证。结果 共筛选得到194个活性成分,147个差异表达靶点基因（上调靶点基因89个、下调靶点基因58个）。GO功能分析得到生物过程19个、细胞组分13个、分子功能16个。KEGG通路富集得到9条信号通路,主要涉及调控细胞周期、孕酮介导的卵母细胞成熟、细胞色素P450对外源性药物代谢、视黄醇代谢等。靶点蛋白相互作用网络及生存分析得到MAPK3、CDK1、PLK1等8个与肝癌患者预后密切相关的核心靶点基因。分子对接结果显示,洋椿苦...     

基于生物信息学方法筛选乙型肝炎病毒相关肝癌的关键基因和临床预后

目的基于基因芯片和生物信息学相关的分析方法,筛选与慢性乙型肝炎(HBV)相关肝细胞癌(HCC)发病的差异表达基因,为有HBV感染史的肝癌患者提供新的分子治疗靶点。方法本研究对来自基因表达数据库(GEO)的GSE55092和GSE121248的mRNA微阵列数据进行分析,获得HBV相关性肝癌和正常组织的差异表达基因(DEGs),利用DAVID数据库对DEGs进行了GO功能分析和KEGG通路富集分析,利用String数据库构建了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,hub基因使用Cytoscape软件进行筛选,cBioportal分析hub基因的相关性,使用GEPIA和Kaplan-Meier数据库并结合TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系。结果共获得了129个DEGs,鉴定了三个hub基因,细胞周期素依赖性激酶1 (CDK1)、细胞周期蛋白B1 (CCNB1)和DNA拓扑异构酶(TOP2A)与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,并且三个基因高度相关,GEPIA数据库证实这些基因在肝癌组织中高度表达,并获得了相关的预后信息,Kaplan-Me...     

胃癌相关关键基因的筛选及临床价值分析

目的 利用生物信息学筛选胃癌相关关键基因,并探讨关键基因的临床价值。方法 (1)从GEO数据库中获取与人类胃癌相关的3个基因芯片数据集,利用在线分析工具GEO2R获取差异表达基因(DEGs)。针对3个数据集共有的DEGs,利用DAVID数据库进行富集分析,利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络后通过Cytoscape 3.9.1软件筛选关键基因。(2)收集20例胃癌患者的癌组织及癌旁正常组织,利用实时荧光定量PCR法检测关键基因的表达水平。利用GEPIA2数据库分析关键基因在胃癌组织与癌旁正常组织的表达差异,以及在不同病理分期胃癌患者中的表达差异。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析不同关键基因表达水平的胃癌患者的生存情况。结果 (1)共获得461个共同DEGs,包括190个上调DEGs、271个下调DEGs。DEGs主要参与细胞外基质形成、胶原纤维、细胞-基质黏附等生物过程,主要富集在细胞外基质-受体相互作用、蛋白质消化吸收、黏着斑等信号通路。共筛选出5个关键基因,即COL4A1、COL4A2、LUM、COL6A3和SPARC。(2)实时荧光定量...     

基于生物信息学的甲状腺癌侧颈区淋巴结转移的相关基因分析

目的:通过生物信息学分析、确定和甲状腺癌侧颈区淋巴结转移相关的关键基因,并对其机制进行研究。方法:使用R语言分析,利用基因表达综合数据库(GEO),筛选出甲状腺癌侧颈区淋巴结转移患者与非转移患者之间的差异表达基因集以及甲状腺癌组织与邻近正常组织的差异表达基因集,进一步筛选出两组基因集的共差异表达基因,对这些共差异表达基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书途径富集(KEGG)分析,构建蛋白质-蛋白质交互(PPI)网络,并使用cytoscape进行模块分析。然后,对中枢基因进行生存分析。并使用TCGA数据库对中枢基因进行和临床数据的相关性进行验证。结果:本研究共获得133个差异表达基因(DEGs),主要与细胞外基质组织、细胞外结构组织、单核细胞趋化性、细胞-基质黏附、白细胞迁移、淋巴细胞迁移、细胞外基质分解、粒细胞趋化性相关。KEGG通路分析表明,与肿瘤相关的重要的通路为ECM受体相互作用通路。共筛选出10个中枢基因,并在TCGA数据库进行了验证,生存分析发现FN1表达生存有关。结论:利用生物信息学方法能够有效分析甲状腺癌侧颈部淋巴结转移相关的基因,并筛选出中枢基因,为进一步研...     

基于生物信息学分析动脉粥样硬化的关键基因及潜在中药

目的：基于生物信息学预测与动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)相关的关键基因及中药,为AS诊断、药物干预提供新思路。方法：从高通量基因表达(gene expression omnibus, GEO)数据库下载GSE13985和GSE6088的基因表达数据集,在AS和健康样本之间鉴定差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)。随后进行基因本体(Gene Ontology, GO)功能富集分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析,并将筛选出的DEGs排列成蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,利用COREMINE数据库对关键基因进行中药预测。结果：在GSE13985数据集中总共鉴定出2 135个DEGs(744个上调,1 391个下调),在GSE6088数据集中鉴定出1 725个DEGs(773个上调,952个下调)。富集分析涉及98个GO条目(52个BF,28个CC,18个...     

膀胱癌关键枢纽基因的生物信息学分析

目的：基于在线数据库分析膀胱癌有差异的关键枢纽基因(Hub基因)临床表达意义。方法：运用在线数据库(GEO)下载膀胱癌基因芯片数据集及GEO2R筛选共同差异表达基因(DEGs)。通过R软件的“cluster profiler”软件包对共同DEGs行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集，使用STRING数据库构造蛋白-蛋白互作网络图(PPI)、利用Cytoscape软件可视化及Cytohubba应用软件中的MCC(基于最大聚集中心)筛选出Hub基因，通过Cbioportal行总生存(OS)和无病生存(DFS)分析，并绘制Kaplan-Meier生存曲线，通过GEPIA2分析有差异Hub基因的表达。结果：共同DEGs281个，上调34个，下调247个，GEPIA2验证发现有差异的Hub基因在膀胱癌中均高表达。结论：ASPM、NUSAP1、CDC20、KIF20A、PRC1和TOP2A Hub基因可能是膀胱癌有效的诊断标志物。     

基于生物信息学筛选女性肺腺癌核心基因及其特征分析

目的：利用生物信息学方法对女性肺腺癌肿瘤组织及正常组织的差异表达基因进行筛选及分析,筛选出女性肺腺癌发生发展的关键基因,并为后续研究提供候选基因。方法：从GEO数据库中下载肺腺癌基因芯片数据集GSE19804、GSE40791、GSE31210、GSE7670、GSE10072、GSE32863、GSE75037,利用在线工具GEO2R筛选出数据集中正常女性肺组织和女性肺腺癌组织的差异表达基因（DEGs）,然后利用DAVID数据库对DEGs进行GO和KEGG富集分析,接着利用STRING和Cytoscape软件构建蛋白互相网络（PPI）并筛选出Hub基因,并利用oncomine、UALCAN数据库进行验证,最后使用Kaplan-Meier plotter数据库对筛选出的Hub基因进行生存分析。结果：在7个数据集中共筛选出276个DEGs,其中69个上调,207个下调。共筛选出CDC20、CENPF、KIAA0101、TOP2A、ASPM、TYMS、MCM4、NUSAP1、MELK、UBE2C等10个Hub基因,Kaplan-Meier生存分析显示除ASPM外,其余9个均与女性肺腺癌的总...     

烟草暴露对孕妇胎盘组织基因表达谱的影响

目的:通过生物信息学分析烟草暴露与非暴露孕妇的差异表达基因谱(differentially expressed genes,DEGs),对DEGs涉及的功能进行分析预测,并找出关键基因。方法:从公共基因芯片数据平台(gene expression omnibus,GEO)检索吸烟对孕妇基因表达谱作用研究的mRNA基因芯片数据集GSE30032,通过GEO2R分析得到DEGs,并进一步用DAVID数据库对靶基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和KEGG信号通路富集分析,应用Cytoscape软件对模块中基因的共表达关系可视化,筛选关键基因;应用GeneMANIA数据库进一步对蛋白相互作用进行分析。结果:共筛选出34个烟草暴露与非暴露孕妇的差异表达基因,其中24个mRNA表达上调,10个mRNA表达下调(筛选标准:FC≥1.5,P<0.05)。GO分析显示DEGs生物学过程主要涉及转录正向调控(P=0.009)、细胞对铁离子的反应(P=0.013)等;KEGG分析显示DEGs主要和肿瘤相关通路(P=0.016)和乙型肝炎(P=0.038)等信号通路有关。蛋白质相互作...