乙型肝炎病毒X基因异质性及对其反式激活功能的影响

从慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者外周血中扩增X基因序列，克隆入pGEM-Teasy质粒，随机挑选克隆进行DNA测序以确定病毒的变异程度。结果提示，HBV长期带者体内有HBV准种共存，X区内存在热点缺失突变区。为了进一步探讨X区突变对X蛋白反式激活功能的影响，将野生株及不同缺失突变的X基因片段克隆入pcDNA3.1(-)载体的EcoRI位点，构建重组表达质粒，并分别与报告质粒pSV-lacZ共转染HepG2细胞，提取细胞裂解液，检测SV40启动子调控下的β－半乳糖苷酶表达活性。共转染结果显示：野生株X蛋白能够反式激活SV40病毒早期启动子。提示X区不同核苷酸缺失突变和点突变均在不同程度上降低了其反式激活作用。     

利用CRISPR/Cas9技术构建Nedd4基因敲除BMDM巨噬细胞系

目的 利用CRISPR/Cas9技术构建Nedd4基因敲除骨髓衍生巨噬细胞系(BMDM),为研究Nedd4在巨噬细胞中的作用和机制奠定基础.方法 利用在线软件筛选了评分较高的3个针对Nedd4基因的单向导RNA(sgRNA),然后将合成的sgRNA序列插入到PX330质粒中;将重组质粒转入BMDM细胞,通过有限稀释法获取单克隆,采用Western印迹检测单克隆细胞中NEDD4蛋白水平;通过序列测定确认单克隆细胞的DNA序列.结果 通过Western印迹检测获取1株NEDD4蛋白缺失的BMDM细胞;测序结果表明该细胞系中Nedd4基因发生了16 bp的缺失突变.结论 利用CRISPR/Cas9技术构建的Nedd4敲除BMDM细胞系将成为研究Nedd4在巨噬细胞中的功能和机制的有力工具.     

人骨形成蛋白2的基因的克隆和序列分析

目的 克隆人骨形成蛋白2基因全长。方法 以成骨肉瘤细胞总RNA为模板，应用转录酶-多聚酶链反应法克隆人骨形成蛋白2的cDNA全长；将获得的基因插入pGEM—T—Easy载体质粒，并转化至大肠杆菌后挑选阳性克隆，利用限制性内切酶酶切分析鉴定重组质粒。结果 通过质粒酶切分析和序列测定，我们获得的基因为人骨形成蛋白2全长DNA序列。结论 克隆获得人骨形成蛋白2的基因，为其进一步开发利用提供了前提条件。     

猪流感病毒血凝素基因的克隆和序列测定

流感病毒的基因组由8个单链RNA片段组成。它的总核苷酸数约14,000。每一基因片段的3′末端有12个相同的核苷酸序列,5′末端有13个相同的核苷酸序列。由于这一结构上的特点,Winter等以固相磷酸三酯法分别合成了12和13个核苷酸,以它们作为引物,合成了A/PR/8/34流感株编码非结构蛋白NS_1和NS_2基因的全长拷贝。本文应用这两个引物合成了编码血凝素蛋白HA基因的全长拷贝,并进行了克隆和序列测定。材料和方法 (一) 病毒RNA 为1976年由病人分离的猪流感NJ/11/76的重组株X53a中提取的基因组RNA,由Dr.Kilbourne赠送。     

辐射敏感突变细胞与哺乳类DNA损伤修复研究

利用突变细胞研究DNA损伤修复机制,是DNA损伤修复研究领域的一大进展。本文综述了近年来从部分哺乳动物细胞中诱变获得的辐射敏感突变株,及其在DNA损伤修复研究、人类DNA修复基因的分子克隆和染色体定位等方面的应用。     

登革病毒C基因突变对病毒RNA复制的影响

目的：分析C基因及其编码蛋白突变对登革病毒RNA复制的影响。方法：利用融合PCR方法在登革病毒复制子中引入C基因相应部位的缺失突变,将复制子RNA转染细胞后,利用报告基因活性分析、间接免疫荧光及实时定量PCR等方法分析其复制水平。结果：获得了含有不同α螺旋缺失突变的C基因的复制子质粒,并发现△α1复制子复制水平明显下降。结论：登革病毒C蛋白α1螺旋或其编码序列对病毒RNA复制具有重要作用。     

弗氏志贺菌2aphoNl基因功能的初步研究

目的：初步探讨phoN1基因在志贺菌属中的功能。方法使用λ-Red重组系统构建弗氏志贺菌2a 301株phoN1缺失突变株,通过比较蛋白质组学方法研究突变株与野生株的蛋白表达谱差异,并利用豚鼠角膜炎模型、HeLa细胞竞争侵袭实验评价两者之间的毒力差异。结果成功构建了phoN1缺失突变株,蛋白质学研究发现, phoN1缺失对其他胞内蛋白无显著影响,豚鼠角膜实验和HeLa细胞竞争侵袭实验证实,phoN1缺失不影响志贺菌属的侵袭能力。结论 phoN1在体外生存、侵袭宿主细胞过程中未发挥显著作用,其功能有待进一步研究。     

多效生长因子基因沉默抑制PTEN基因敲除细胞的增殖

目的：在肿瘤抑制基因PTEN缺失的小鼠胚胎成纤维细胞Pten-/-MEF241细胞中,研究多效生长因子（pleiotrophin,Ptn）对细胞增殖的影响.方法：设计并合成可编码针对小鼠Ptn基因的小干扰RNA （siRNA）寡核苷酸,构建至pSilencerTM3.1-H1载体,将载体转染进Pten^-/-MEF241细胞中,获得稳定表达细胞克隆株,通过Northern印迹检测Ptn基因表达被抑制的情况,根据细胞生长曲线检测沉默Ptn基因对Pten^-/-MEF241细胞生长的影响.结果：获得的稳定克隆株中,与对照细胞相比,Ptn基因的表达在转染Ptn siRNA-B的3株细胞中均得到了有效的抑制,而在转染Ptn siRNA-C的2株细胞中抑制效果较差.生长曲线结果显示,在Pten^-/-MEF241细胞中,沉默Ptn基因能够减缓Pten^-/-MEF241细胞的生长速度.结论：本研究获得了可有效抑制Ptn基因的小干扰RNA,证明沉默Ptn基因可抑制PTEN 基因缺失细胞的增殖,提示Ptn可作为治疗具有PTEN基因突变的肿瘤的药物靶标.     

人MDC1基因shRNA反转录病毒载体的构建及鉴定

目的 建立反转录病毒介导的MDC1基因RNA干扰表达体系并观察其在官颈癌细胞(HeLa)中对MDC1表达的影响.方法 将人MDC1基因的RNA干扰双链DNA片段重组到反转录病毒质粒pSilencer5.1-H1 Retro中,构建携带人MDC1基因的RNA干扰反转录病毒载体psiRNA-MDC1.经PT67细胞包装后,产生的莺组反转录病毒感染宫颈癌细胞株HeLa细胞,并用嘌呤霉素筛选稳定的细胞克隆.采用RT-PCR和Western blotting检测细胞中MDC1 mRNA和蛋白表达的变化.结果 重组psiRNA-MDC1质粒经测序鉴定正确;重组反转录病毒感染HeLa细胞后用嘌呤霉素筛选出稳定的细胞克隆;RT-PCR和Western blotting检测人MDC1 mRNA和蛋白表达水平明显低于阴性对照组和未十扰组.结论 携带人MDC1基因RNA干扰双链DNA片段的反转录病毒感染HeLa细胞后能明显抑制MDC1 mRNA和蛋白表达,为进一步研究MDC1在宫颈癌中的作用奠定了基础.     

Bcl-2基因特异性小干涉RNA增强食管癌细胞辐射敏感性的实验研究

目的 探讨Bcl-2基因特异性的小干涉RNA (siRNA)对食管癌细胞的辐射增敏作用。方法 构建表达Bcl-2基因特异性siRNA的真核表达载体,并借助脂质体将其转入食管癌细胞EC109。Western blot检测Bcl-2蛋白在食管癌细胞的表达,流式细胞仪检测食管癌细胞的凋亡,克隆形成实验和裸鼠移植瘤生长抑制实验检测Bcl-2基因特异性siRNA真核表达载体联合X射线照射对食管癌的生长抑制作用。结果 Bcl-2基因特异性siRNA真核表达载体可抑制Bcl-2蛋白在EC109细胞中的表达,诱导EC109细胞凋亡,增强X射线照射对EC109细胞克隆形成的抑制能力,增强X射线照射对EC109裸鼠移植瘤生长的抑制作用。结论 Bcl-2基因特异性siRNA真核表达载体可显著增强食管癌细胞对X射线照射的敏感性,具有良好的临床应用前景。     

MIIP基因对人胶质瘤细胞U87增殖能力与放疗敏感性影响

目的探讨过表达迁移侵袭抑制蛋白(MIIP)基因对人胶质母细胞瘤细胞系U87放疗敏感性的影响。方法采用过表达MIIP基因慢病毒转染U87细胞,通过Western blot实验检测转染效率;MTT实验检测MIIP基因对U87细胞活力的影响;应用平板克隆形成实验,评价放射线照射对MIIP过表达组与对照组克隆形成能力的影响;进一步应用Western blot实验检测RAD51蛋白与BCL2蛋白的表达情况。结果 MIIP基因过表达可以抑制神经胶质瘤细胞U87的增殖能力。上调MIIP基因,抑制U87细胞的克隆形成能力,并提高放疗敏感性。放疗前与放疗后,MIIP基因均抑制RAD51蛋白与BCL2蛋白的表达。结论过表达MIIP基因抑制U87细胞的增殖能力与克隆形成能力;MIIP基因可提高U87细胞放疗敏感性,其机制与RAD51、BCL2信号转导通路相关。     

金黄色葡萄球菌Hfq蛋白体外聚体生成和生物学功能的研究

目的：研究金黄色葡萄球菌中Hfq蛋白的聚体形式以及聚体和单体的不同生物学功能。方法：利用pET28-（α）载体克隆表达金葡茵来源的Hfq蛋白,通过天然凝胶电泳和SDS-PAGE检测不同条件下Hfq蛋白的存在形式。通过点突变的方法获得56和63位突变的Hfq蛋白,利用凝胶阻滞试验检测单体和聚体的RNA结合活性。结果：Hfq蛋白以单体、二聚体、四聚体以及六聚体的形式存在,各种聚体比例不同,长时间的高温、强酸和强碱会影响聚体的稳定性。在常规SDS-PAGE条件下,重组蛋白仅以四聚体形式存在。突变体蛋白不能够形成聚体且只有形成聚体的Hfq蛋白才能特异结合RNA。结论：Hfq蛋白形成聚体的过程是二聚体一四聚体一六聚体,且不同聚体形成的机制不同。56位和63位酪氨酸是Hfq蛋白聚体形成的关键氨基酸。聚体结构对Hfq蛋白发挥RNA伴侣分子生物学功能至关重要。     

人前列腺癌cDNA文库的构建和筛选

目的:PC1基因是与前列腺癌相关的新基因,在雄激素非依赖和转移的前列腺癌晚期细胞系C42中高表达。为了进一步研究PC1基因的功能及作用机制,构建C42细胞的cDNA文库,寻找与前列腺癌相关基因PC1相互作用的蛋白。方法:从前列腺癌细胞系C42中提取总RNA,进而分离poly(A)+RNA,用poly(A)+RNA进行反转录并以SMARTⅢTM和CDSⅢoligo(dT)为引物进行PCR扩增,得到两端具有同源臂的PCR片段,以此同源臂为基础在酵母中实现同源重组。通过文库片段、线性化的pGADT7Rec和诱饵质粒pGBKT7PC1C共转化酵母AH109菌株,在文库构建的同时进行与PC1相互作用蛋白的筛选;或先将文库片段,线性化的pGADT7Rec转化AH109,再利用AH109和Y187两种酵母菌株的接合生殖进行筛选。最后用Far Western印迹方法进一步从体外论证了PC1蛋白可与自身相互作用形成二聚体。结果:构建了具有基因多样性和库容量足够大的人前列腺癌cDNA文库,双链cDNA片段的长度大小范围为250～5000bp。共转化的效率为4.3×105,重组效率为1.9×106,筛选的克隆数为4.3×105。接合法筛选时的接合效率为32%,筛选的克隆数为1.0×106。筛选到4个与PC1蛋白相互作用的阳性克隆。从体外证明了PC1蛋白可形成二聚体。结论:此文库的多样性和库容量均符合筛选需求。可用于前列腺癌相关基因     

我国两株森林脑炎病毒的生物学性质及E蛋白基因核苷酸序列的比较

目的：比较我国1953年从患者脑组织分离的森张株和2001年从患者血清中分离的MDJ01株森林脑炎病毒(TBE)的生物学特性及E蛋白基因核苷酸序列的变化，分析TBE病毒E蛋白基因的变化与功能的关系，从分子水平上探讨我国TBE的传播、流行规律及致病机制。方法：两株病毒同时接种乳鼠和，BHK／21细胞，观察两株病毒对乳鼠和BHK／2l细胞的致病性；从两株病毒感染的BHK／2l细胞中提取病毒的RNA，对E蛋白基因进行RT-PCIR扩增，扩增产物纯化后与pGEM-T载体连接，分别进行克隆测序。结果：森张株对乳鼠和BHK／21的致病性均比MDJ01株明显；两株病毒E蛋白基因长为l488nt，编码496个氨基酸，核苷酸的变异为33个，导致了2个氨基酸的变化，第一个氨基酸的变异发生在113位(MDJ01株由Ⅰ变成Ⅴ)，第二个氨基酸的变异发生在163位(MDJ01由P变成A)，两株病毒核苷酸序列的同源性为97．8％，推测的氨基酸序列的同源性为99．6％。与国外远东株比较，森张株核苷酸序列的同源性稍高于MDJ01株，与欧洲株、西伯利亚株的同源性基本一致。结论：新分离株MDJ01对细胞和乳鼠的致病性稍低于1953年分离的森张株，E蛋白基因的核苷酸序列分析表明两株病毒同属于远东亚型，推测MDJ01株可能是由森张株在自然界长期演变而来。     

大肠杆菌O157∶H7Ⅲ型分泌系统的缺陷突变株对HeLa细胞黏附能力的影响

目的：构建O157∶H7 EDL933菌株Ⅲ型分泌系统（ T3SS）缺陷突变株ΔescR,感染HeLa细胞后检测其黏附能力。方法通过重叠延伸PCR扩增出中间为卡那霉素抗性基因,两侧为escR基因上下游同源序列的重组线性DNA片段,电击转入含pKD46的EDL933感受态细胞中,escR基因被kan基因替换而缺失。绘制野生株与ΔescR生长曲线,并利用免疫荧光观察两株细菌对HeLa细胞的黏附能力。结果获得缺陷突变株ΔescR,相较于野生株,该突变株在DMEM（10％FBS）培养基中生长速度以及对HeLa细胞的黏附能力明显下降。结论 T3SS结构蛋白escR基因的缺失破坏了EDL933 T3SS的形成,影响了该菌株黏附能力,其构建为后续研究T3SS奠定了基础。     

hPLIC-2分子RNA干涉稳定细胞系的建立及鉴定

目的：建立人源性泛素类似蛋白hPLIC-2（human protein links IAP and cytoskeleton-2）knockdown稳定细胞系.方法：将RNA干涉载体稳定整合于MCF-7细胞中,建立hPLIC-2 knockdown细胞系.结果：从经抗性基因筛选的48个单细胞克隆中获得6个hPLIC-2表达被显著抑制的细胞克隆. 结论： 利用RNA干涉技术成功建立了hPLIC-2 knockdown稳定细胞系,为hPLIC-2分子的功能研究提供细胞模型.     

利用双向启动子型RNA干涉载体构建随机RNA干涉文库的初步研究

目的:利用双向启动子型RNA干涉载体pRHU构建随机RNA干涉文库.方法:分别构建基于pRHU载体的绿色荧光蛋白EGFP和p53的干涉质粒,验证双向启动子型RNA干涉载体的可用性.设计合成满足pRHU载体特点的干涉文库随机模板,经PCR扩增克隆入pRHU载体,转化感受态细胞获取随机干涉文库.随机挑选20个菌落测序,评价随机文库质量.结果:双向启动子型RNA干涉载体pRHU能在哺乳动物细胞中对外源基因EGFP和内源基因p53进行有效的干涉,表明该载体是一个有效的干涉载体,可以用于构建随机RNA干涉文库.本研究采用的构建策略可在较短时间内,用50 μg pRHU载体获得4×106个克隆.随机挑选20个克隆测序结果表明均插入了GN17-19序列,并且不存在序列重复性.结论:采用本研究的构建策略可以简便快速地利用双向启动子型干涉载体成功构建随机RNA干涉文库,为进一步筛选功能基因奠定了基础.     

微RNA:一类新的基因调控因子

微RNA是新发现的一类非编码RNA分子，在动植物细胞中广泛表达，它的基因是短的反向重复序列。一般认为微RNA参与调控mRNA的翻译，并与其稳定性有关。微RNA可能在细胞中起着非常重要的作用。     

紫杉醇对卵巢癌耐药细胞SKOV3／TAX基因表达谱的影响及耐药机制的探讨

目的应用高通量Affymetrix人类基因组U133A基因芯片,比较耐药细胞SKOV3／TAX与亲代细胞SKOV3间基因表达差异,筛查获得性紫杉醇卵巢癌耐药的相关基因,为进一步探讨卵巢癌肿瘤耐药机制及临床逆转耐药提供依据。方法取对数生长期SKOV3、SKOV3／TPT细胞,按Trizol一步法抽提细胞总RNA,使用RNeasy Total RNA Isolation kit进一步纯化总RNA,合成双链cDNA,生物素进行标记,应用Affymetrix人类基因组U133A基因芯片,检测卵巢癌耐药细胞株SKOV3／TAX与敏感细胞株SKOV3细胞基因表达谱的变化,选择差异表达基因,在genbank中明确差异表达基因的功能,寻找与卵巢癌对紫杉醇耐药相关基因。结果基因芯片检测结果发现,与敏感细胞相比,有111条基因表达有显著性差异,包括45个上调基因和66个下调基因。涉及癌基因、DNA合成、修复、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成类以及细胞骨架和运动、离子通道蛋白、细胞代谢、发育相关等相关基因。与耐药有关的上调基因有CLU、BCL2L1、CD24、POR、BSG、SIRPA、PRKCA等;下调基因有YES1、CAV1、TGFBI、HSPH1等。结论部分基因表达差异与卵巢癌应用紫杉醇化疗耐药有关。     

DEK基因RNAi慢病毒表达载体的构建及其功能鉴定

目的：构建DEK基因的RNA干扰（ RNAi）慢病毒表达载体,并对其生物学功能进行初步检测。方法采用RNAi技术,根据DEK基因的序列,确定其有效靶序列,合成DEK基因的Oligo DNA,退火形成双链DNA,将其克隆到经BamHⅠ与EcoRⅠ酶切后的小干扰RNA（ siRNA）表达载体PSIH-H1上,产生PSIH-H1-DEK慢病毒载体,筛选阳性克隆并测序鉴定。与3个包装质粒共转染293T细胞,包装成慢病毒后感染乳腺癌细胞ZR75-1,经嘌呤霉素（ puromycin,puro）筛选2周后,收集部分细胞利用实时聚合酶链反应（ real time-PCR,RT-PCR）和Western印迹分别检验DEK在信使RNA （ mRNA ）和蛋白水平的敲低效果,并通过细胞生长实验检测DEK对人乳腺癌细胞系ZR75-1细胞生长的影响。结果 PCR和DNA测序结果证实,DEK siRNA慢病毒表达载体PSIH-H1-DEK构建成功。 RT-PCR和Western印迹结果显示,构建的DEK siRNA可有效抑制DEK基因的表达,并由此建立了敲低DEK的稳定克隆。生长曲线实验表明, DEK siRNA可抑制人乳腺癌细胞系ZR75-1细胞的生长。结论成功构建了DEK基因的RNAi慢病毒表达载体,感染人乳腺癌细胞系ZR75-1细胞后,有效沉默了ZR75-1细胞中的DEK基因的表达,为进一步研究DEK基因在乳腺癌中的作用奠定基础。