基于全基因组测序的我国耐多药结核分枝杆菌耐药突变特征分析

目的 利用全基因组测序数据分析中国耐多药结核分枝杆菌的耐药相关基因突变谱及主要突变类型与菌株基因型的相关性。方法 查询并下载NCBI数据库中截至2019年8月公开发表的中国结核分枝杆菌全基因组测序数据,利用全基因组数据预测菌株分子药敏结果,统计不同药物耐药相关基因的突变类型,并分析耐药突变类型与菌株基因型的相关性。结果 根据分子药敏结果从2 019株菌株中鉴定出1 024株耐多药菌株,对常用抗结核药物的耐药相关基因主要突变类型分别为katG S315T（73.2%,异烟肼）、rpoB S450L（63.1%,利福平）、rpsL K43R（70.0%,链霉素）、embB M306V（37.4%,乙胺丁醇）、pncA启动子区T（-11）C（7.9%,吡嗪酰胺）、gyrA A90V（32.3%,氟喹诺酮类）、rrs A1401G（67.7%,二线注射类）、fabG1启动子区C（-15）T（87.0%,乙硫异烟胺）、folC I43T（30.4%,对氨基水杨酸）。其中,katG S315T、rpsL K43R、embB M306V、gyrA D94G在L2系菌株中的频率显著高于L4系菌株,folC I43T仅在L2系菌株中发现;katG S315T在古典北京型菌株中比例较高,而rpsL K43R在现代北京基因型菌株中的比例更高,其差异均有统计学意义（均P<0.05）。结论 本研究提供了基于全基因组测序的我国耐多药结核分枝杆菌对多种常用抗结核药的耐药相关基因主要突变类型,为研发敏感、特异的快速分子检测方法提供了依据;同时也发现多种耐药相关基因主要突变类型与菌株基因型有关。     

非结核分枝杆菌分布特征及耐药性分析

目的 分析非结核分枝杆菌分布特征及耐药性情况,旨在为临床治疗选择更针对性药物.方法 收集2019年4月至2021年2月广元市第一人民医院住院患者临床资料,对其进行非结核分枝杆菌培养与菌种鉴定,并对抗结核药物做药敏试验,分析结合及非结核分枝杆菌对一线抗结核药的耐药性.结果 共分离出1326株分枝杆菌株,其中1154株(8...     

宁波地区不同基因型利福平耐药结核分枝杆菌耐药特征

目的 应用全基因组测序技术分析宁波市利福平耐药结核分枝杆菌(RR-TB)耐药特征,为RR-TB感染患者的临床诊疗及疫情防控提供科学依据。方法 选取宁波市耐药肺结核唯一定点诊疗机构(宁波市第二医院)耐药监测期间保存的2018-2019年59株RR-TB临床分离株,提取总DNA后进行全基因组测序。应用Perl脚本处理原始数据,并通过结核分枝杆菌(MTB)耐药基因数据库确定耐药基因相关突变,同时结合表型药敏试验结果综合分析本地区RR-TB临床分离株对异烟肼(INH)、利福平(RIF)、乙胺丁醇(EMB)、链霉素(SM)、阿米卡星(AM)、卷曲霉素(CAP)、左氧氟沙星(LFX)、丙硫异烟胺(PTO)及对氨基水杨酸(PAS)9种抗结核药物的耐药特征。结果 59株RR-TB菌株INH、RIF的耐药率分别为83.05%、100.00%;基于全基因组测序的59株RR-TB菌株共检测到40种耐药相关基因突变类型,其中以katG基因Ser315Thr(62.71%),rpoB基因Ser450Leu(62.71%),rpsL基因Lys43Arg(50.85%)和embB基因Met306Val(30.51%...     

208株结核分枝杆菌耐药情况分析

结核病这个古老的疾病曾随着抗结核药物链霉素（SM）、利福平（RFP）、异烟肼（INH）、乙胺丁醇（EMB）、对氨基水杨酸钠（PAS）的问世而得以控制。但随着耐多药结核病（MDR—TB）和严重耐多药结核病（XDR—TB）的出现,以及人口流动性的增加、艾滋病的流行,全球结核病疫情又有所回升,     

上海口岸结核分枝杆菌一线抗结核药物耐药情况调查

目的了解上海口岸结核分枝杆菌一线抗结核药物的耐药水平,为制定口岸传染性结核病防治策略提供依据,也为直接督导下的短程化疗(directly observed treatment short course,DOT)提供用药指导。方法针对2009年12月—2011年12月上海口岸出入境人群中胸部影像学诊断疑似肺结核患者,采集其连续3d的晨痰分离培养结核分枝杆菌,用MGIT960培养法检测其一线抗结核药物(链霉素、异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺)的耐药情况。结果共分离到结核分枝杆菌复合群38株,其中有11株至少对一种一线抗结核药物耐药,总耐药率为29.0%(11/38),接近国内报道数据31.7%,显著高于国际中位数12.2%(χ2=8.777,P=0.003)及香港地区14.4%(χ2=6.433,P=0.011)的耐药水平。单耐一种药物的耐药率为23.7%(9/38),其中单耐异烟肼5.3%(2/38);单耐链霉素5.3%(2/38);单耐吡嗪酰胺13.2%(5/38),未检出单耐利福平和单耐乙胺丁醇耐药株。耐多种药物的耐药率为5.3%(2/38),其中多耐药结核(mulitdrug resistanceTB,MDR-TB)2.6%(1/38),异烟肼合并乙胺丁醇和吡嗪酰胺耐药率2.6%(1/38)。结论上海口岸面临耐药性肺结核病传播风险。其一线抗结核药物总耐药率接近我国国内报道水平,但高于我国香港地区和国际中位数水平。单药物耐药特征为高吡嗪酰胺耐药率、低利福平和乙胺丁醇耐药率。多耐药率接近国内外报道水平。采用目前的DOT方案仍应有效。有必要建立口岸特色的传染性结核病防治措施,有效地维护公共卫生安全。     

2020年凉山州彝族地区结核分枝杆菌全基因组序列情况分析

目的 分析凉山州彝族地区获得的30株结核分枝杆菌全基因组序列情况,为凉山州结核病防控工作开展提供科学参考。方法 将凉山州彝族地区昭觉县、越西县、美姑县3县2020年的30株结核分枝杆菌进行全基因组测序,使用结核分枝杆菌全基因组序列分析平台分析其菌型、耐药情况、分型特征等,并使用MEGAX完成菌株的进化树构建。结果30株结核分枝杆菌,18株属于Lineage2（东亚系）,12株属于Lineage4（欧美系）;25株未检测到已知耐药突变,为敏感菌株,5株检测到已知耐药突变,主要为利福平耐药。30菌株的进化树形成2个大簇,分属于L2和L4,L2谱系中有3株菌株全基因组序列具有一致性,L4谱系菌株中有2株菌株的全基因组序列具有一致性,此5例菌株都来自于学生人群。结论 该地区流行的结核分枝杆菌为L2和L4谱系菌株,以L2为主,L4为辅,且近期存在学校结核病聚集性事件,该地应加强学校结核病防控工作,控制结核病近期传播。     

广西壮族自治区结核分枝杆菌吡嗪酰胺耐药基因突变特征及影响因素分析

目的 了解广西壮族自治区(广西)结核分枝杆菌吡嗪酰胺耐药基因突变特征及其影响因素,为吡嗪酰胺耐药的分子诊断和临床治疗用药提供依据。方法 从2018年广西30个结核病耐药监测点收集的结核分枝杆菌中获取31株吡嗪酰胺耐药菌株和624株吡嗪酰胺敏感菌株进行全基因组测序,采用多因素logistic回归,分析吡嗪酰胺基因突变和耐药表型的相关因素。通过Kappa一致性检验,比较比例法药敏检测和基因测序检测结果的一致性。结果 655株结核分枝杆菌中22株发生了吡嗪酰胺耐药基因突变,为pnc A和pan D基因突变,其中pnc A基因突变21株,pan D基因突变1株。31株吡嗪酰胺表型耐药株中,6株发生基因突变,吡嗪酰胺耐药表型与基因突变的符合率为19.35%(6/31),二者检测结果吻合度不高(Kappa=0.195)。吡嗪酰胺耐药株基因突变率(19.35%)高于吡嗪酰胺敏感株基因突变率(2.56%),差异有统计学意义(χ²=25.651,P<0.01)。吡嗪酰胺耐药基因突变类型有16种,以单位点突变为主,占90.91%(20/22)。突变比例最高的位点为pnc A90...     

西安市结核病患者耐药情况及耐药菌株基因突变现状

目的 了解西安市结核病患者耐药情况,以及对常用抗结核药耐药的结核分枝杆菌（MTB）的相关耐药基因突变特征进行分析。方法 对2020年1—12月西安市结核病定点医院上报的痰涂片阳性结核病患者的痰样本进行分离培养,对鉴定为MTB阳性的菌株样本进行药敏试验,并利用全基因组测序（WGS）对耐药菌株的耐药相关基因突变特征进行分析。结果 共鉴定出892例MTB阳性患者,其中初治患者758例,复治患者134例;耐药209例,总耐药率23.43%;单耐药（MR-TB）、多耐药（PDR-TB）、耐多药（MDR-TB）、广泛耐药（XDR-TB）和利福平耐药（RR-TB）率分别为10.43%、2.47%、4.60%、0.45%和6.28%。复治患者的耐药率（31.34%）明显高于初治患者（22.03%）;且2组耐药患者MR-TB、PDR-TB、MDR-TB、XDR-TB和RR-TB所占比例的差异均有统计学意义（均P<0.05）。209例MTB耐药菌株对常用抗结核药品的耐药相关基因突变主要为81株katG(77.14%,异烟肼)、54株rpoB(96.43%,利福平)、49株rpsL(84.48%,链霉...     

阜阳市316株结核分枝杆菌耐药情况分析

正我国是全球22个结核病流行严重的高负担国家之一,也是全球27个耐药结核病高负担国家之一,耐多药结核病患病人数高居全球第1位~([1])。耐药、耐多药结核患者的增多已经成为现代结防工作中非常严峻的问题,对公共卫生造成了巨大威胁。所以,对结核分枝杆菌耐药情况的分析,对控制耐药和耐多药结核病有重要意义~([2])。阜阳市疾控中心结核病实验室于2012年7月开展耐多药结核病可疑者的菌株分离培养与药敏工作。本文对近两     

2016—2020年凉山州结核分枝杆菌耐药状况分析

目的 分析凉山州结核分枝杆菌的耐药特征,为凉山州结核病防控提供科学依据。方法 收集2016—2020年凉山州453株结核分枝杆菌,采用比例法对异烟肼(INH)、链霉素(SM)、利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)、卡那霉素(KM)、氧氟沙星(OFLX)6种常用抗结核药进行药物敏感性试验,并结合患者性别、年龄和艾滋病感染情况进行统计分析,耐药率的比较采用χ²检验,以P<0.05为差异有统计学意义。结果 453株结核分枝杆菌总耐药率为32.23%,耐多药率为9.71%,准广泛耐药率为2.87%,耐INH、SM、RFP、EMB、KM和OFLX的耐药率分别为16.34%、10.60%、13.47%、6.18%、7.95%和7.28%,由高到低为INH>RFP>SM>KM>OFLX>EMB,耐INH率最高。从人群特征来看,男性患者数多于女性患者数,男性患者占69.53%,女性患者占30.47%,两类患者总耐药率和耐多药率差异均无统计学差异(P均>0.05);41～60岁年龄组的总耐药率和耐多药率高于其他年龄组;艾滋病感染者的总耐药率...     

平远县2009-2014年结核分枝杆菌检出及耐药情况

目的 了解2009-2014年期间广东省平远县结核分枝杆菌的检出和耐药情况。 方法 收集2009-2014年期间广东省平远县慢性病防治站收治的结核病患者或疑似结核病患者痰标本1 682份,对样品抗酸染色、采用改良罗氏培养基对结核分枝杆菌进行培养,并对异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素四种抗结核病药物进行药敏试验。 结果 共分离到结核分枝杆菌191株, 其中166株来自初治患者、25株来自复治患者。总耐药率为35.1%,对四种药物耐药率分别为19.8%、 25.7%、7.3%和18.3%,初治患者和复治患者的菌株耐多药率分别为22.9%和48.0%,差异有统计学意义(P<0.05)。 结论 平远县结核病人耐药形势严峻,应加强耐药监测和检测,并合理使用药物。     

中国6个省份结核分枝杆菌耐药状况及影响因素分析

目的 分析北京、吉林、新疆、陕西、湖南、河南6省份结核分枝杆菌耐药性数据,了解耐药性结核病分布特征及影响因素。方法 在6省份采用问卷调查收集背景资料,并使用比例法药物敏感性试验对4种一线抗结核药物（异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇）进行检测,再利用SPSS 20.0软件分析其危险因素。结果 总体耐药率和耐多药率分别为23.42%和13.51%。北京、吉林、湖南、河南、陕西、新疆分离株耐药率分别为21.50%、12.24%、36.27%、42.86%、27.78%、24.39%,耐多药率分别为4.67%、8.16%、24.51%、26.53%、15.28%、14.15%。χ²检验结果显示,各省份间单种药物耐药率、总体耐药率和耐多药率差异均有统计学意义（P=0.000）。单因素分析结果显示,结核病的复发、治疗史与耐药结核病的产生具有明显的相关性,差异有统计学意义（P<0.05）。结论 我国耐药结核病的形势非常严峻,调查地区结核病耐药性存在明显差异,应针对各地区主要的危险因素加强预防干预。     

肺结核患者结核杆菌耐药情况及耐多药结核病的危险因素

目的 明确肺结核患者的耐药情况，探索耐多药结核病（MDR-TB）的危险因素，为MDR-TB的防治提供依据。方法 收集肺结核患者468例，分为初治患者365例和复治患者103例。采用比例法检测结核分枝杆菌对抗结核药物的敏感性。应用单因素及多因素logistic回归分析MDR-TB发生的危险因素。结果 468例患者的总耐药率、耐多药率和广泛耐药率分别为25.85%、11.97%、3.21%。复治患者总耐药率（49.51%）、耐多药率（34.95%）和广泛耐药率（10.68%）高于初治患者（分别为19.18%、5.48%、1.10%），差异均有统计学意义（P<0.05）。6种抗结核药中，总体耐药顺位由高至低依次为：异烟肼（INH） > 利福平（RFP） > 氧氟沙星（OFX） > 乙胺丁醇（EMB） > 链霉素（SM） > 卡那霉素（KM）。单因素及多因素logistic回归分析显示，居住农村（OR=2.316，95% CI：1.604~5.118）、复治（OR=6.150，95% CI：4.728~13.824）、有结核空洞（OR=3.219，95% CI：2.405~8.627）、治疗过程中断（OR=5.826，95% CI：4.610~12.507）及首次治疗未联合用药（OR=2.508，95% CI：1.813~5.646）是MDR-TB的危险因素。结论 肺结核患者耐药率较高，影响MDR-TB发生的危险因素较多，需积极采取干预措施，控制MDR-TB的发生。     

结核分枝杆菌L型特征及临床意义研究进展

结核病是影响公共卫生健康安全的一种慢性传染性疾病。其病原菌是结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB),而结核分枝杆菌L型(Mycobacterium tuberculosis L-forms,MTB-L)是MTB细胞壁缺失的一种特殊形态,在显微镜下呈现抗酸染色阴性、形态多样的特点,且目前临床实验室检测率低,较难发现。近年来MTB-L型在临床中的报道越来越多,本文通过对MTB-L的生物学特征、耐药性和临床致病力等方面进行综述。     

广西地区结核分枝杆菌异烟肼耐药基因突变特征分析

目的 分析广西地区结核分枝杆菌异烟肼(INH)耐药基因的突变特征,为耐药结核病的分子诊断提供依据。方法 选取2018年广西30个结核病耐药监测点收集的结核分枝杆菌菌株库中122株耐INH菌株和530株全敏感菌株进行全基因组测序。结果 652株结核分枝杆菌复合群菌株中,127株(19.48%)发生INH耐药基因突变,分别为katG(15.64%,102株)、fabG1(1.69%,11株)、ahpC(1.07%,7株)、kasA(0.61%,4株)和inhA(0.46%,3株)基因突变。INH耐药表型与基因突变的符合率为90.03%,比例法药敏检测INH耐药与基因测序检测基因突变结果吻合度不高(Kappa=0.677)。突变类型共有19种,单位点突变占96.85%,联合位点突变占3.15%。突变比率最高的位点为katG315(71.65%),碱基变化以AGC-ACC形式占比最高(12.13%)。katG、ahpC和kasA基因突变比例在INH耐药株中高于敏感株(均P<0.05),INH耐药株和敏感株inhA、fabG1基因突变比例比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。北...     

Identifying Mycobacterium tuberculosis complex strain families using spoligotypes

We present a novel approach for analysis of Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) strain genotyping data. Our work presents a first step in an ongoing project dedicated to the development of decision support tools for tuberculosis (TB) epidemiologists exploiting both genotyping and epidemiological data. We focus on spacer oligonucleotide typing (spoligotyping), a genotyping method based on analysis of a direct repeat (DR) locus. We use mixture models to identify strain families of MTC based on their spoligotyping patterns. Our algorithm, SPOTCLUST, incorporates biological information on spoligotype evolution, without attempting to derive the full phylogeny of MTC. We applied our algorithm to 535 different spoligotype patterns identified among 7166 MTC strains isolated between 1996 and 2004 from New York State TB patients. Two models were employed and validated: a 36-component model based on global spoligotype database SpolDB3, and a randomly initialized model (RIM) containing 48 components. Our analysis both confirmed previously expert-defined families of MTC strains and suggested certain new families. SPOTCLUST, which is available online, can be further improved by incorporating data obtained using additional strain genetic markers and epidemiological information. We demonstrate on New York City (NYC) patient data how the resulting models can potentially form the basis of TB control tools using genotyping.     

MPT抗原阴性的结核分枝杆菌复合群临床分离株mpt64突变特征分析

目的 分析MPT抗原阴性的结核分枝杆菌复合群临床分离株mpt64突变特征。 方法 收集湖南省胸科医院2017年1—6月BACTEC MGIT 960法(MGIT 960)培养分离的菌株,通过生化和分子生物学方法进行菌种鉴定,然后将结核分枝杆菌复合群随机抽取部分MPT抗原阳性株及全部MPT抗原阴性菌株进行DNA提取、mpt64基因扩增测序和序列比对,并对结核分枝杆菌复合群MPT抗原呈阴性的临床分离株mpt64突变特征进行分析。 结果 2017年1—6月湖南省胸科医院就诊的结核病患者的痰液或支气管肺泡灌洗液等标本共分离出2 560株结核分枝杆菌,其中MPT抗原检测阳性有2 458株,MPT抗原检测阴性有102株,MPT抗原阴性占比3.98% (102/2 560)。随机抽取的20株MPT抗原阳性株的mpt64基因无突变。测序成功的85株MPT抗原阴性的临床分离株中,有81株mpt64基因存在 63 bp碱基的缺失突变,有4株存在单碱基突变,2株402位G→A,2株613和614位间加了碱基C。 结论 湖南省胸科医院MPT抗原呈阴性的结核分枝杆菌复合群临床分离株mpt64基因突变主要类型为63bp碱基的缺失。     

肺结核患者结核杆菌耐药情况及耐多药结核病的危险因素

目的明确肺结核患者的耐药情况,探索耐多药结核病(MDR-TB)的危险因素,为MDR-TB的防治提供依据。方法收集肺结核患者468例,分为初治患者365例和复治患者103例。采用比例法检测结核分枝杆菌对抗结核药物的敏感性。应用单因素及多因素logistic回归分析MDR-TB发生的危险因素。结果 468例患者的总耐药率、耐多药率和广泛耐药率分别为25.85%、11.97%、3.21%。复治患者总耐药率(49.51%)、耐多药率(34.95%)和广泛耐药率(10.68%)高于初治患者(分别为19.18%、5.48%、1.10%),差异均有统计学意义(P0.05)。6种抗结核药中,总体耐药顺位由高至低依次为:异烟肼(INH)利福平(RFP)氧氟沙星(OFX)乙胺丁醇(EMB)链霉素(SM)卡那霉素(KM)。单因素及多因素logistic回归分析显示,居住农村(OR=2.316,95%CI:1.604～5.118)、复治(OR=6.150,95%CI:4.728～13.824)、有结核空洞(OR=3.219,95%CI:2.405～8.627)、治疗过程中断(OR=5.826,95%CI:4.610～12.507)及首次治疗未联合用药(OR=2.508,95%CI:1.813～5.646)是MDR-TB的危险因素。结论肺结核患者耐药率较高,影响MDR-TB发生的危险因素较多,需积极采取干预措施,控制MDR-TB的发生。     

基于全基因组测序估算结核分枝杆菌分子钟

目的 基于全基因组测序数据,通过内源性激活期间菌株基因组突变分析,开展结核分枝杆菌（MTB）分子钟研究。方法 筛选MTB内源性激活全基因组研究文献,下载全基因组测序数据,提取初治-复发配对样本单核苷酸多态性（SNP）差异和菌株分离时间,运用Poisson回归模型拟合初治-复发时间间隔与差异SNP的关系,计算MTB分子钟,估算突变率。结果 若MTB传代时间为18 h,0~2年短期内源性激活突变率为6.47×10^-10（95%CI：5.59×10^-10~7.44×10^-10）,明显高于2~14年长期内源性激活突变率（3.27×10^-10,95%CI：2.88×10^-10~3.69×10^-10）。0~、1~、2~、3~、5~、7~14年突变率分别为7.10×10^-10、6.06×10^-10、4.24×10^-10、5.34×10^-10、2.59×10^-10、1.26×10^-10。结论 内源性激活复发期间,MTB突变率随初治-复发时间间隔增加而下降,本研究从微观层面验证了临床实践观察到的初治结核病2年内易复发现象。