Nanopore高通量测序检测呼和浩特市4例SARS-CoV-2感染者病毒基因组

目的对呼和浩特市6例确诊为SARS-CoV-2感染患者进行全基因组测序, 了解病毒特征, 追溯病毒来源。方法采用Nanopore三代高通量测序技术对6份咽拭子样本进行病毒基因组测序, 基于ARTIC病毒基因组组装流程, 使用生物信息学软件将病毒序列与参考序列进行比对, 分析进化情况。结果获得4份样本的全基因组序列, 均属于SARS-CoV-2变异株Delta (B.1.617.2-like), Pangolin分型为AY.122。测序时长1.5 h/样本, 测序长度27 009～29 560 bp, 覆盖度90.32%～98.85%。共鉴定出50个碱基位点突变、46处氨基酸变异, 错义突变占比74%(37/50), 错义突变中以ORF1ab基因占比最高45.95%(17/37)。结论 Nanopore单分子测序技术在病毒全基因组测序中具有读长长、测序时间短的特点。与武汉参考株比对发现, 该病毒的核苷酸位点变异存在多态性, 要密切关注病毒变异情况, 切实做好防控措施。     

一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情病毒全基因组特征分析

目的分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况, 为疫情防控和风险评估提供参考。方法收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本, 使用数字PCR方法对病毒载量进行测定, 使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析, 对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×104拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×104拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份, 均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇, 内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。结论该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成, 疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。     

不同人群中SARS-CoV-2抗体检测的作用价值

目的探讨新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)特异性IgM和IgG抗体检测应用于不同人群新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019, COVID-19)诊断和筛查的作用价值。方法回顾性分析2020年4月至2020年7月间收集的48例SARS-CoV-2特异性IgM或IgG抗体阳性人员的血清抗体动态检测信息, 分为COVID-19确诊病例组、疑似病例组、假阳性组。结果 15例COVID-19确诊病例组在患者确诊后0～4 d、5～9 d单纯IgM抗体阳性率为6.67%和13.33%, 10～14 dIgM和IgG双抗体阳性率达100.00%;19例疑似病例组中单纯IgM抗体观察期间全部转为IgG抗体;14例假阳性人群表现为单IgM阳性, 观察期间无1例IgG转阳。结论动态检测SARS-CoV-2特异性抗体变化趋势可协助判断COVID-19感染情况, 为临床提供一定的参考依据。     

新型冠状病毒生物气溶胶传播研究进展

在全球新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019, COVID-19)持续肆虐的背景下, 具备病毒载量高、传染性强、潜伏期短特征的新冠变异株, 如Delta、Omicron变异株, 使室内密闭空间的生物气溶胶传播机制研究成为防控呼吸道传染病疫情的热点。本文从生物气溶胶特性、采集与检测技术发展现状、生物气溶胶传播典型案例三方面总结国内外研究进展。     

云南省德宏州新报告HIV感染者治疗前病毒载量分布研究

目的了解云南省德宏州2015—2017年新报告HIV感染者的病毒载量基线及人口学特征, 为德宏地区HIV防治工作提供科学依据。方法收集云南省德宏州2015—2017年新报告HIV感染者的治疗前病毒载量、CD4+T细胞计数结果及人口学信息进行回顾性分析。结果 2015—2017年德宏州共计新报告HIV感染者1 157例, 1 057例进行治疗前病毒载量检测。在1 057例新报告HIV感染者中, 男性占64.9%(686/1 057)、25～49岁占59.5%(629/1 057)、已婚占51.9%(549/1 057)、少数民族占51.8%(548/1 057)、中学以上学历占48.2%(510/1 057)、异性传播占85%(898/1 057)。新报告感染者的病毒载量中位数为8 200 (四分位间距:1 900～44 000)拷贝/ml。病毒载量介于103～105拷贝/ml的感染者占比最高, 为65.7% (694/1 057)。55例HIV感染者病毒载量低于检测限, 其中24例CD4+T细胞数≥500个/μl。结论不同HIV感染者之间病毒载量基线水平存在差异。鉴于病毒载量基线对诊疗...     

新冠病毒感染者病毒RNA脱落时间的影响因素研究

目的了解新冠病毒感染者病毒RNA脱落时间与病毒单核苷酸突变和感染者人口、基础疾病等因素的关系, 为新冠病毒感染动力学的研究提供更多线索。方法收集江苏省2021年7月至9月暴发的一起新冠肺炎聚集性疫情感染者流行病学、临床表现、基础疾病等资料, 采集病例鼻咽拭子样本, 采用二代测序技术对样本进行病毒全基因组测序。利用在线分析平台判断病毒型别、分析突变位点, 利用Cox比例风险模型分析新冠病毒RNA脱落时间与各研究因素的关系。结果本起新冠疫情最终获得病毒全基因组序列的人员350例, 其中女性占60.3%, 年龄中位数49岁[四分位数间距(IQR, 37～65岁)], 中位病毒RNA脱落时间33天(IQR, 26～44天)。全基因组测序分析显示, 同武汉参考株序列相比, 感染者序列存在34～41个核苷酸突变位点, 属于VOC/Delta变异株(B.1.617.2进化分支), C346T、C1060T、T2803C、T7513C、A29681C为本起疫情350例病例新冠病毒基因组序列主要单核苷酸变异位点(SNP)。单因素Cox回归分析显示, 年龄、基础疾病、临床分型、疫苗接种情况、SNP T28...     

骨质疏松症与新型冠状病毒感染的研究进展

新型冠状病毒感染(COVID-19)对神经、肺、肾、血管和心脏均会产生负面影响, 但对肌肉骨骼的作用仍缺乏关注。新近的研究表明COVID-19与骨质疏松症(OP)存在紧密关联。COVID-19本身及其治疗、患者自身因素等都与OP的发生有关, 同时骨密度(BMD)降低与COVID-19患者的临床病程及预后也密切相关。此外, 抗OP治疗与COVID-19之间的关系尚未得到深入研究。因此, 本文就COVID-19与OP的相互关系进行总结分析, 以期为COVID-19患者以及未来疫情下治疗OP、加强骨健康管理提供新思路和指导。     

2019—2023年河北地区儿童呼吸道合胞病毒流行特征分析

目的了解2019—2023年河北地区儿童呼吸道合胞病毒(RSV)的流行特征。方法收集2019—2023年在河北省儿童医院住院治疗患儿的下呼吸道标本46 576例, 采用多重RT-PCR和毛细电泳法检测13种常见呼吸道病原体, 并对数据进行统计学分析。结果 RSV总体阳性检出率为18.76%(8 739/46 576), 男性患儿和女性患儿RSV总体阳性率分别为18.84%(51 74/27 462)和18.65%(3 565/19 114), 性别比较差异无统计学意义(χ2=0.916, P=0.339);RSV检出率与年龄增长存在线性关系(P<0.01);各年份RSV检出率之间差异有统计学意义(χ2=723.71, P<0.01);2019—2021年的阳性检出率高峰期在12月至次年2月;2019年和2020年5—10月阳性检出率极低;2021年全年阳性检出率均在10%以上, 且5月和8月出现了反季节流行的小高峰;2022年全年阳性检出率较低, 无明显季节变化;2023年阳性检出率高峰出现在4—6月。各年龄组阳性检出率在疫情前、疫情期间和疫情后差异有统计学意义(P<...     

新型冠状病毒感染的免疫记忆性

COVID-19已成为严重的全球公共卫生事件, 截至2022年6月25日, 全球有超过5.4亿人确诊感染, 累计死亡人数超过632万。了解COVID-19患者恢复后是否能获得持久免疫保护力是疫苗制备、疾病防控及判断疫情走向的关键。持久免疫保护力的产生核心是免疫记忆性, 即针对新型冠状病毒产生有效免疫记忆。本文将围绕新型冠状病毒感染免疫记忆的生成与维持进行综述。     

货车司机远距离传播新型冠状病毒肺炎事件的分子溯源

目的追溯新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)病例的感染来源及病毒传播路径, 证实经长途货车司机跨省远距离传播COVID-19事件。方法采用全基因组靶向扩增结合二代测序技术, 对2022年3月福建省泉州市本土疫情暴发期间漳州市报告的5例货车司机COVID-19病例鼻咽拭子标本进行新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)全基因组测序, 应用在线分析平台判定病毒型别及突变位点, 利用进化分析软件构建系统发育树, 结合流行病学调查数据, 综合分析病例的感染来源及传播路径。结果成功从5例病例中获得2019-nCoV全基因组序列, 序列长度为29 770～29 839 bp, 基因组平均覆盖度为99.53%;病毒分型结果显示5株病毒均为Omicron变异株, 但分属3种BA.2亚分支;序列分析结果显示3例病毒与2022年3月福建省泉州市本土疫情流行的两种进化分支病毒高度相似, 另2例病毒则与该起疫情流行的病毒存在差异较大(核苷酸突变位点差异7～14个、氨基酸突变位点差异5～7个);进化分析结果表明3例病毒...     

新型冠状病毒感染相关生物标记物研究进展

新型冠状病毒感染(coronavirus disease 2019, COVID-19)自2019年12月在全球各地出现后, 迅速演变为全球重大公共卫生事件。COVID-19具有潜伏期长, 人群普遍易感, 感染力强, 病情严重者可引起死亡。本文就C反应蛋白、白细胞介素-6、降钙素原、γ干扰素诱导蛋白10、血清淀粉样蛋白A、铁蛋白、白细胞分化抗原147、内皮细胞特异分子-1、不对称二甲基精氨酸、正五聚蛋白3等重要标志物在COVID-19检测和治疗中的应用进行综述。     

2022年北京市新型冠状病毒分支BA.5.2的流行特征与基因组学特征分析

目的了解北京市2022全年新型冠状病毒分支BA.5.2流行特征与基因组学特征, 为科学监测和防控新冠病毒感染提供依据。方法收集北京市2022全年新冠病毒感染病例呼吸道标本, 过滤后采用高通量测序法进行全基因组测序, 测序数据进行比对、分析并构建系统发育树。结果截止2022年12月中旬累计获得2 881条新冠病毒全长序列, 其中BA.5.2占比12.22%, 与Wuhan-Hu-1参考基因组的核苷酸和氨基酸序列一致性中位数分别为99.2%和99.0%。352条BA.5.2新冠序列共发现271个氨基酸突变位点, 其中常见突变位点有ORF1ab区域的S135R和S蛋白区的D614G等35个;常见缺失位点有ORF1a基因的3 675～3 677位、ORF9b基因的27～29位和S基因的69～70位等;未发现插入变异。系统发育分析显示, 北京市2022全年的BA.5.2的病毒基因组均位于GR进化支, 与GISAID上的其他分支以及北京监测的其他分支存在一定的进化距离。结论北京市2022年BA.5.2变异株的流行规律基本与全球流行趋势相一致。352条新冠病毒序列由于时间跨度长、多波输入和本土局部传...     

二代测序在新发突发病毒检测中的应用

当前新发突发病毒的传播对公共卫生已构成严重威胁, 并可能在全世界引发毁灭性疫情。因此, 加强对新发突发病毒病的检测和早期预警显得尤为重要。二代测序(next-generation sequencing, NGS)不仅能够精确地识别病原体, 还可与生物信息学结合, 在基于病原体基因组测序基础上, 对新发突发传染病进行监测, 进一步提升了临床诊断及微生物学认知水平。本文主要综述了应用二代测序检测新发突发病毒病的病原体, 并进一步研究其变异与进化特征、致病机制及传播规律, 并将二代测序应用于临床疑难传染病的诊断, 从而制定更有效的新发疫情防控策略。     

重视诺如病毒

1972年, 诺如病毒被发现, 此后被确认为全球急性胃肠炎散发病例及暴发的主要病因之一, 成为全球性的公共卫生问题。50年来, 人们对诺如病毒感染的临床特征、流行病学特征、病原特征等有了较深入认识, 但迄今未能建立有效的体外培养和实验动物模型, 导致其感染和致病机制研究受限, 也无特异的疫苗和药物上市。随着轮状病毒疫苗的全球普及, 诺如病毒成为继轮状病毒后又一亟待控制的重要公共卫生问题。     

四川省514例新型冠状病毒感染者血清抗体水平分析

目的了解人感染新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)后血清特异性抗体的变化规律。方法收集四川省514例新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)确诊病例及无症状感染者(包括既往感染康复者、正在住院的病例和新病例)不同时间的血清样本1 705份, 采用直接化学发光免疫分析法检测血清中的IgM和IgG抗体。采用SPSS26.0对IgM和IgG抗体检测数据进行统计学分析, 揭示IgM和IgG抗体的动态变化。结果研究共纳入确诊病例352人、无症状感染者162人。自确诊(或2019-nCoV核酸检测阳性)后8～149 d, 92.75%～100%的感染者血清中IgG抗体呈阳性;持续至360 d后, 仍有超过60%的感染者IgG抗体呈阳性, 随时间增加, IgG抗体的S/CO值有下降趋势。连续观察15例感染者在确诊(或2019-nCoV核酸检测阳性)后8～14 d, 血清中抗体阳性率达100%, 120 d后IgM抗体转为阴性, 随病程时间增加IgM抗体的S/CO值变化趋势明显。自确诊(或2019-nCoV核...     

扬州市境外输入4例病例新冠病毒基因特征分析

目的基于高通量测序技术对2022年1月至2022年10月扬州市4例境外输入新冠肺炎病例的咽拭子标本进行全基因组分析, 了解其序列变异情况, 为后续防控策略的调整提供科学依据。方法利用Illumina iseq100和Oxford nanopore平台对扬州市4例境外输入新冠肺炎病例的咽拭子标本分别进行二代及三代高通量测序, 获取全基因组序列, 分析病毒变异位点与谱系型别。结果基于二代测序平台, 4例输入性病例序列长度为29 758 bp～29 861 bp, 全基因组覆盖度为99.46%～99.90%。基于三代测序平台, 4例输入性病例序列长度为29 778 bp～29 831 bp, 全基因组覆盖度为99.65%～99.83%。与武汉参考株(NC₀45512.2)相比, 4例病例序列分别检出核苷酸突变数为66、72、73、76。选取二代测序结果进行系统进化分析表明, 4条序列均与当时流行的新冠病毒变异株奥密克戎亚型相似(BA.1.1、BA.2、BA.2.3和BA.5.2)。结论两种测序平台分析结果基本一致, 4例输入性新冠肺炎患者感染病毒均与奥密克戎变异株相似,...     

高通量测序技术在珠海地区产前地贫筛查中的应用

目的对比传统方法评估高通量测序技术在珠海地区产前地贫筛查中的性能暨价值。方法随机选择1463例珠海籍孕妇作为研究对象, 抽取外周血样, 分别进行高通量测序和传统三步法地贫基因检测, 对差异样本进行QF-PCR或Sanger验证。比较分析两种方法的检出及漏诊情况。结果在1463例孕妇中, 传统法检出地贫318例(21.74%), 包括α地贫210例(14.35%), β地贫97例(6.63%), α复合β地贫11例(0.75%)。高通量测序法检出地贫379例(25.91%), 包括α地贫260例(17.77%), β地贫107例(7.31%), α复合β地贫12例(0.82%)。传统法漏诊地贫61例, 漏诊率为16.09%(61/379), 包括50例α地贫, 10例β地贫, 1例α复合β地贫。高通量测序法暂未发现漏诊, 并额外检出10种罕见的地贫基因型。结论高通量测序能够提高地贫的检出率、降低漏诊率, 在珠海地区产前地贫筛查中具有较高的应用价值, 能更有效地预防重型地贫儿的出生。     

一例Nicolaides-Baraitser综合征的临床与遗传学分析

目的 探讨1例表现为癫痫、语言发育迟缓、智力发育轻度迟缓的女性患儿的遗传学病因。方法 采集患儿及其父母的外周血样并提取基因组DNA,应用高通量测序技术对患儿进行检测,对疑似致病变异进行Sanger测序验证及生物信息学分析。结果 测序结果显示患儿SMARCA2基因存在c.3592G>A(p.V1198M)杂合变异,生物信息学分析预测其为致病性;在患儿父母的外周血DNA中未发现相同的变异。结论 该患儿被确诊为SMARCA2基因杂合变异所致的Nicolaides-Baraitser综合征。     

新冠病毒核酸在物体表面存留时间研究

目的探索新型冠状病毒奥密克戎变异株污染不同物体表面后, 不同温度条件下病毒核酸存留时间及变化规律, 为环境样本中新冠病毒核酸检测及相关防控策略制定提供依据。方法取实验室保存的新冠肺炎奥密克戎变异株感染者咽拭子灭活样本, 污染不锈钢、塑料、木材、纸板及棉布等材质的表面, 制成模拟污染样本, 放置常温及冷藏环境下, 分别在第0 d、1 d、3 d、7 d、14 d和第30 d, 每种材料每次取出3件样本, 浸泡后提取核酸, 使用实时荧光PCR法检测新冠病毒核酸。分析不同类型材料表面污染后病毒核酸回收率、核酸可检出时间和Ct值变化。结果新冠病毒污染后, 棉布、塑料和不锈钢核酸的回收率为1.75%～2.90%, 木材和纸板较低, 分别为0.0021%和0.21%。所有材料模拟样本在第30 d均仍可检测出新冠病毒核酸。不锈钢、木材、纸板及棉布表面病毒核酸Ct值在前7 d内快速上升, 随后变化较小。塑料表面病毒核酸Ct值较其它四种材料变化较小。结论新冠病毒污染物体表面后, 第30 d仍可检出病毒核酸, 且不同性质的物体表面降解模式不同。在日常环境监测中, 应结合核酸检测和其他调查手段, 综合评估判...     

ADCK4相关肾小球病临床特点及遗传学分析

目的总结分析4例含aarF域激酶4(aarF domain containing kinase 4, ADCK4)相关肾小球病患儿的临床特征、基因突变特点, 以提高对该疾病的认识。方法回顾性分析2018年10月至2022年2月西安市儿童医院确诊的4例ADCK4相关肾小球病患儿临床资料, 基因检查采用全外显子组高通量测序, 用Sanger法对有意义的致病位点进行验证。结果 4例患儿男性1例, 女性3例, 起病年龄7岁2月～ 16岁, 2例以激素耐药型肾病综合征起病, 1例为单纯性蛋白尿, 1例为终末期肾病, 病例1泌尿系B超提示肾髓质钙化, 其余患儿均无其他系统损害。病例2肾活检提示局灶节段性肾小球硬化症。4例患儿基因检测中, 病例1为c.737G>A纯合突变, 病例2为c.737G>A, c.649G>A复合杂合突变, 病例3及4均为c.737G>A, c.532C>T复合杂合突变。4例患儿均给予大剂量辅酶Q10治疗, 1例就诊时已终末期肾病, 两例患儿虽给予大剂量辅酶Q10治疗, 分别于治疗16个月及8个月后进展至终末期肾病, 1例患儿对他克莫司部分有效...