2021—2022年流感监测季北京市乙型Victoria系流感病毒血凝素基因特性和抗原性分析

目的分析2021—2022年流感监测季北京市乙型Victoria系流感病毒(BV)的血凝素(hemagglutinin, HA)基因特性、抗原性及与流感疫苗组分株的匹配性。方法采集2021—2022年流感监测季流感样病例(influenza like-illness, ILI)咽拭子样本经MDCK和鸡胚培养分离流感病毒, 提取病毒核酸后测序。应用MEGA5.0进行病毒HA基因的核苷酸和氨基酸变异, 采用maximum likelihood方法构建HA基因的遗传进化树, 在线预测N-糖基化位点。SWISS-MODEL同源建模, 建立BV毒株HA的蛋白质三维空间模拟图。通过血凝抑制(hemagglutination inhibition, HI)试验, 进行毒株的抗原性分析。结果共收集402株BV毒株, 选取58株测序获得HA基因全长序列, 与本年度的疫苗组分BV株(B/Washington/02/2019)HA基因相比较显示, 有27个氨基酸位点发生变异, 其中11个变异位点位于4个不同的抗原决定簇。遗传进化树分析显示:3个进化分支的毒株共同流行, 其中54株(54/58, 93.10%...     

江苏省2011年乙型流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子流行特征

目的 分析2011年江苏省乙型流感病毒的血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子流行特征.方法 选择13株2011年江苏省不同地区、不同流行时间的乙型流感毒株进行全基因组测序,通过生物信息学方法对HA、NA分子流行特征进行分析.结果 13株乙型流感毒株中,10株属于Victoria系,3株属于Yamagata系.10株Victoria系毒株的NA基因来源于Yamagata系病毒,是基因重配流行株.与疫苗株相比,10株Victoria系毒株和3株Yamagata系毒株的HA蛋白分别在197和196位增加一个糖基化位点.结论 2011年江苏省乙型流感Victoria系和Yamagata系病毒同时流行,其中重配的Victoria系病毒占优势.     

北京市门头沟区2015—2016年Victoria系乙型流感病毒HA1基因特征分析

目的 了解北京市门头沟区2015—2016年分离的Victoria系乙型流感病毒血凝素HA1基因变异特征,分析流行株与我国疫苗株的匹配情况,为乙型流感防控提供依据.方法 对狗肾传代细胞(MDCK)培养分离得到的14株Victoria系乙型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,采用邻接法进行遗传进化树分析.结果 2015—2016年北京市门头沟区流行的乙型流感病毒以Victoria系为主.分离并测序的14株Victoria系乙型流感病毒HA1基因与WHO推荐的2016—2017年流感疫苗株B/Brisbane/60/2008(FJ766842)和国内代表株B/JilinNanguan/1223/2016(EPI768805)亲缘性更近.与B/Brisbane/60/2008和B/JilinNanguan/1223/2016(EPI768805)的HA1区的氨基酸相比,所有毒株都在2个位点发生氨基酸替换,个别毒株也会在其他个别位点发生点突变,变异涉及1个抗原决定簇.而与WHO推荐的2015—2016年Yamagata系疫苗株B/Phuket/3073/2013(EPI608074)亲缘关系稍远一些.结论 在2015—2016年流感监测季中,北京市门头沟区乙型流感病毒以Victoria系为优势流行株.而WHO推荐的乙型流感疫苗株为Yamagata系,可见疫苗株与本区流行株匹配性不佳.     

2018-2019年辽宁省甲型流感病毒流行株HA基因进化与疫苗株匹配度分析

目的分析辽宁省2018-2019年甲型流感毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因,计算并评估流行株与疫苗株的匹配度。方法选取2018-2019年49株甲型流感毒株进行测序,对HA基因进行进化分析;研究抗原表位、糖基化位点及受体结合位点变异情况;采用Pepitope模型对流行株与疫苗匹配度进行分析。结果2018-2019年流感流行季为11月份至次年3月份,主要流行型别为新甲型H1N1亚型。经进化分析,新甲型H1N1流行株属于6B.1分支,与当年疫苗株属于同一分支;季节性H3N2毒株分布在3C.2a分支上,与2018-2019年疫苗株处于同一分支,但2019-2020年疫苗株位于3C.3a分支。部分毒株在抗原表位及受体结合位点上发生了突变。若干毒株与疫苗株相比,糖基化位点发生了增加或缺失,并未出现新的糖基化位点。使用Pepitope模型对疫苗效力从分子水平进行评估,本年度新甲型H1N1流感疫苗效力及2019-2020年疫苗株预测效力均能达到较为理想的效果。但是季节性H3N2疫苗株与本年度流行株匹配度低,计算出的疫苗效力半数以上为负值。2019-2020年H3N2亚型疫苗株效力有待进一步观察。结论2018-2019年辽宁省甲型H1N1流行株发生了一定程度的变异,H3N2亚型流行株与2018-2019年疫苗株匹配度低。应密切关注流行株的基因变异情况并及时更新疫苗株。     

北京市2021—2022年流行季首起乙型流感疫情的血凝素基因分析

目的:分析2021—2022年流行季北京市首起乙型流感Victoria系（BV）疫情的病毒血凝素（HA）的基因变异和进化特征以及与流感疫苗株的匹配性。方法:采集北京市朝阳区某小学乙型流感疫情流感样病例的咽拭子标本,提取核酸后利用二代测序技术进行测序分析。应用BioEdit分析HA基因的核苷酸和氨基酸变异位点,采用Meg...     

2016—2019年深圳市盐田区甲型H1N1流感病毒NA基因特征研究

目的分析深圳市盐田区2016—2019监测年度甲型H1N1流感病毒NA基因特征。方法选取35株盐田区分离的甲型H1N1流感病毒毒株进行NA基因序列分析、进化分析、抗原决定簇位点、耐药位点和糖基化改变的变异分析。结果进化树分析表明, 本研究所分析毒株分布在6B分支, 2016年上半年毒株分布在6B.2簇;2016年下半年及2017年度毒株分布在6B.1簇;2018—2019年度毒株分布在6B.1A簇。2016年核苷酸同源性为97.87%～98.09%, 氨基酸同源性为96.85%～96.89%, 2016年毒株与同年度疫苗株位于不同分支, 同源性较低。2017年核苷酸同源性为98.62%～99.35%, 氨基酸同源性为99.57%～99.78%;2018年核苷酸同源性为99.35%～99.86%, 氨基酸同源性为99.05%～99.12%;2019年核苷酸同源性为99.20%～99.86%, 氨基酸同源性为99.19%～99.78%。2017—2019年毒株与当年度疫苗株位于同一分支, 同源性较高。与各年度疫苗株相比, 盐田区流感毒株NA蛋白存在29个氨基酸位点变异。抗原决定簇区域:与疫...     

2017—2022年内蒙古自治区流感监测结果分析

目的分析2017—2022年内蒙古自治区流感监测数据, 了解流感流行的特征和规律, 为流感防控工作提供科学依据。方法利用"中国流感监测信息系统"收集2017—2022年内蒙古自治区流感样病例(influenza-like illness, ILI)和流感病原监测结果数据, 分析不同时间、地区、人群流感流行特征。结果 2017—2022年内蒙古自治区流感监测哨点医院ILI%平均为2.44%, ILI%冬春季明显升高;ILI年龄构成以5岁以下龄组人群为主;不同地区之间ILI%有差异, 以西部最高;2017—2022年内蒙古自治区ILI咽拭子样本检出流感平均阳性率为12.57%, 不同年度阳性率有差异, 2017—2018年度阳性率最高为17.10%, 2020—2021年度阳性率最低为0.29%, 2017—2022年不同年份流感优势株不同。结论 2020—2021监测年度, 内蒙古自治区流感活跃程度明显低于往年同期水平, 其他监测年度符合我国北方地区流感流行特征。     

河北省2010—2020年甲型H3N2流感病毒HA基因抗原漂移分析

目的分析河北省甲型H3N2流感病毒HA基因进化分支分布及抗原位点变异特征。方法依据不同流行年度不同地区分布选取46株河北省H3N2毒株, MEGA建立HA基因进化树, BioEdit比对核苷酸和氨基酸序列在抗原决定簇及潜在糖基化位点变异情况, 对2019—2020年流行3C.2a1b+T135K和3C.2a1b+T131K亚组同源建模, 分析突变位点构象差异。结果河北省甲型H3N2流感病毒经历1和5簇(2010—2011), 自2012年春季步入3C簇, 3C-2012/13、3C.3和3C.3a分支在2013—2014年迭代流行, 2014—2017年3C.3a分支均有覆盖, 2015—2016流行年度的3C.2a1分化出2017—2020年优势流行株3C.2a1b+T131K和3C.2a1b+T135K。病毒HA蛋白抗原决定簇A、B、C、D和E均有氨基酸突变, 突变类型包括稳定保留、多样突变和特征突变, 通过建模分析比较3C.2a1b+T135K和3C.2a1b+T131K两个亚组HA蛋白抗原表位空间构象, 50、128、131、135、138和193位点空间结构差异可能导致病毒抗...     

2006年中国流感病毒抗原性及基因特性研究

目的分析2006年中国季节性流感的流行状况，以及病毒的抗原性和基因变异情况。方法对来自流感监测网络的毒株进行单向血凝抑制试验，在此基础上选择不同时间、地点分离的毒株进行血凝素基因的序列测定，然后分析其基因特性。结果2006年我国同时流行A型（H1N1亚型、H3N2亚型）和B型流感病毒。H1N1亚型毒株和B型Victoria系流感病毒为优势毒株。对H1N1亚型毒株的HA1区序列比较发现，2006年分离的毒株与A，湖北洪山／53／2005（H1N1）比较，在192、193、196、198位发生氨基酸替换的毒株．这些位点位于抗原决定簇的B区。H3N2亚型毒株与A，云南，1145／2005（H3N2）比较，在142、144位发生氨基酸替换。我国流行的B型流感毒株无论是Victoria系和Yamagata系毒株的抗原性均没有发生变异，与2005--2006年我国的流行株B／shenzhen／155／2005、B／tianjin／144／2005类似。结论2006年中国流行的H1N1亚型和H3N2亚型流感病毒的抗原性及基因特性已经发生改变；B型流感病毒的抗原性和基因特性没有改变。     

2015年北京市房山区乙型Yamagata系流感病毒HA基因特性分析

目的 了解北京市房山区2015年乙型Yamagata系流感病毒HA1基因变异情况.方法 选取2015年流感病原学监测中分离到的乙型Yamagata系毒株共13株,采用RT-PCR法扩增病毒HA基因片段后进行序列测定,与WHO推荐的疫苗株进行比对并构建进化树.采用MEGA6软件对测序结果进行分析.结果 2015年房山区乙型Yamagata系流感病毒HA1基因片段序列测定拼接后核苷酸长度为1059bp,编码氨基酸为353个,与2014-2015年的疫苗株B/Massachusetts/02/2012比较,13株毒株的氨基酸均在第123、131、165、180、187、196、211、217、244、313、327位点有变异;与2012-2013年的疫苗株B/Wisconsin/01/2010比较,13株毒株的氨基酸在第187、313、327均有变异.做进化树分析,房山区2015年分离到的乙型Yamagata系流感病毒与疫苗株B/Wisconsin/1/2010在同一个分支上,距离较近,与B/Massachusctts/2/2012不在一个分支上,距离较远.结论 2015年北京市房山区乙型Yamagata系流感病毒HA1基因在抗原决定簇区已发生变异,但疫苗株B/Wisconsin/01/2010有保护作用,应继续关注氨基酸的替换.     

河北省2010—2020年甲型H3N2流感病毒HA基因抗原漂移分析

目的:分析河北省甲型H3N2流感病毒HA基因进化分支分布及抗原位点变异特征。方法:依据不同流行年度不同地区分布选取46株河北省H3N2毒株,MEGA建立HA基因进化树,BioEdit比对核苷酸和氨基酸序列在抗原决定簇及潜在糖基化位点变异情况,对2019—2020年流行3C.2a1b+T135K和3C.2a1b+T131...     

北京市2022—2023年甲型H3N2流感病毒流行特征与血凝素基因变异分析

目的掌握2022—2023年北京市流感流行特征及甲型H3N2流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)基因、抗原性变异情况, 为北京市流感防控提供科学依据。方法对北京市2022年第14周至2023年第20周流感病原学监测结果进行统计分析, 并选取不同时间、不同人群来源79株甲型H3N2流感病毒, 通过HA基因扩增测序及抗原性分析实验, 分析其基因变异和进化特征。结果 2022年第14周至2023年第20周, 北京市流感病原学监测流感样病例咽拭子24 244份, 检出流感病毒核酸阳性4 987份, 其中甲型H3N2流感病毒2 749份, 检出阳性率为11.34%。79株毒株中50株(63.29%)为疫苗株的低反应株, 2022年8～11月毒株中94.44%为低反应株, 2023年2～3月毒株中54.10%为低反应株, 两者差异有统计学意义(χ2=8.079, P=0.004)。79株甲型H3N2流感病毒HA基因序列与疫苗株A/Darwin/9/2021相比, 核苷酸相似度为97.47%～98.47%, 氨基酸相似度为97.05%～98.17%。基因进化分析显示2022年8～11...     

2014—2021年深圳市流感暴发疫情流行特征分析

目的对2014—2021年深圳市流感暴发疫情流行特征进行分析, 为流感防控提供参考。方法收集全市2014—2021年的流感暴发疫情资料进行分析。结果 2014—2021年深圳市共报告1 581起流感暴发疫情。发病总人数为14 427人, 平均罹患率为12.2%。流感疫情报告最多的月份是12月和3月, 分别为405起(占25.6%)和267(占16.9%)起。冬季(704起, 占44.5%)和春季(533起, 占33.7%)是流感疫情的高发季节。1 581起流感疫情分别由乙型Victoria系(468起, 29.6%), A(H3N2)亚型(401起, 25.4%), 乙型Yamgata系(364起, 23.0%), 甲型H1N1亚型(303起, 19.2%)和混合感染(45起, 2.8%)引起。乙型流感引起疫情(占52.6%)多于甲型流感(占44.6%)(χ2=20.743, P<0.01)。结论 2014—2021年深圳市流感疫情的高发季节是冬季和春季, 乙型流感引起的疫情起数多于甲型流感。     

1990～2000年间我国乙型流感病毒HA1基因演变的特征

目的 了解1990—2000年间我国乙型流感病毒HA1基因的演变特征。方法 提取病毒RNA，经逆转录和聚合酶链式反应扩增后测序，测定的序列和Gen bank中已有的相关序列进行比较。结果 ①我国乙型流感病毒在此期间一直存在两个差别较大的谱系，除1994年和1997年Victoria谱系为主外，其余各年均以Yamagata谱系为主；②1992年以后Yamagata谱系又分化出两个组，彼此间氨基酸序列差异达6％；③1990—2000年间非回复突变的、大的变异株引导乙型流感的流行；④除了个别毒株之外，同一年份我国不同地区流行的属于同一谱系的乙型毒株HA1基因序列差别不大。结论 我国乙型流感病毒1990—2000年间一直存在两个差别较大的谱系，其中Yamagata谱系在此期间又分化出两个组，谱系的更换和同一谱系内出现大的变异株具有重要的流行病学意义。     

2009年泉州市H1N1流感监测及基因特性分析

目的 了解2009年泉州地区H1N1流感监测情况,分析泉州市H1N1流感病毒的HA和NA基因特征,探讨该病毒的遗传变异及分子特性.方法 对泉州市H1N1流感监测期间的病人咽拭子采用real-time RT-PCR方法检测病毒核酸,MDCK细胞培养进行病毒分离、鉴定,并提取其中2株代表性毒株病毒RNA;采用RT-PCR扩增病毒HA和NA基因,纯化产物进行核苷酸序列测定;用DNAStar Megalign软件进行序列分析.结果 1020份咽拭子中有200份为H1N1流感病毒核酸阳性,70份季节性流感病毒核酸阳性,其中53份为H3N2亚型,14份为H1N1亚型,3份为B型,并分离到29株甲型H1N1流感病毒株.HA基因经核苷酸序列测定显示,该毒株与北美流行株高度同源,由HA基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/59/2007相比,有22个位于抗原决定簇的氨基酸位点发生变异,但受体结合特异性仍为人样受体.NA基因耐药性位点分析,显示对达菲药物依然敏感.结论 2009年泉州市H1N1流感流行毒株与北美流行株高度同源,相对于疫苗代表株出现了HA蛋白抗原性的改变.     

韶关市2006年B型流感病毒流行与HA1基因变异分析

目的了解2006年韶关市B型流感病毒的流行及基因变异情况。方法收集2006年韶关市流感监测及疫情资料,并随机选取流感疫情中分离的1株B型毒株,提取病毒RNA,RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,使用DNA Start MegAlign等生物软件包进行序列分析。结果 2006年流感监测与疫情中共分离到22株B型流感毒株,分离率为2.48%（22/887）,发生的35起流感疫情中有9起检出B型流感病毒,爆发时间多集中在3～4月;B/SG/y139/2006与B型代表株B/HongKong/330/2001相比,同源性为96.3%,其中有7个氨基酸替换发生在抗原决定蔟,在第197位增加了1个糖基化位点。2005和2006年分离的两毒株之间有2个氨基酸发生了替换。结论韶关市整体人群的B型Victoria系抗体水平比较低,2006年分离的B型流感毒株与B/HongKong/330/2001相比基因特性发生了变异,是2006年B型Victoria系流感病毒在韶关市成为优势毒株的原因。     

2006年广东省流感病毒流行的分子基础

目的了解广东省2006年流行性感冒（流感）流行情况的分子基础。方法选择广东省流感监测网络实验室分离的11株流感毒株,对血凝素基因进行基因和抗原性的分析。此外,还检测人群抗体水平。结果2006年流行的H1N1亚型病毒血凝素蛋白重链（HA1）区氨基酸序列与A/New Caledonia/20/99（H1N1）相比,同源性为95.7%～96.3%,有2个抗原决定簇的氨基酸发生了替换。Victoria系的HA1区基因与B/HongKong/330/2001相比,同源性为97.2%～97.5%,有6个位于抗原决定簇的氨基酸发生了替换,这种变化和B/Malaysia/2506/2004相一致,这在B型的基因种系发生树也得到证实。同时发现人群针对H1N1亚型和B/Victoria的抗体水平较低。结论2006年广东H1N1亚型和B/Victoria系病毒株发生了一定程度的变异,以及人群保护性抗体水平较低,共同造成其在本地的流行。     

唐山市甲型H1N1流感病毒血凝素基因序列分析

目的 分析2010—2016年唐山市甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因序列进化特征.方法 选取唐山市3家哨点医院流感样病例分离到的24株甲型H1N1病毒,通过RT-PCR和测序方法获得HA基因的全长序列,运用分子生物学软件和统计学软件对序列进行拼接、比对和分析.结果 同源进化分析显示,24株甲型H1N1流感病毒HA基因与疫苗株A/California/7/2009的核苷酸和氨基酸的同源性分别为97.0%~99.0%和97.0%~98.5%.进化分析显示,2010—2016年唐山地区流行的甲型H1N1流感病毒属于1、7、6三个基因分支,其中6分支毒株分为6C、6B、6B.1和6B.2亚支.氨基酸位点分析显示,不同毒株与疫苗株比较存在8~16处氨基酸位点改变,其中7个变异涉及3个抗原表位:H138Q/Y和S203T突变位于Ca区,N125S、K153E、S162N、K163T/Q突变位于Sa区,S185T突变位于Sb区同时也位于受体结合部位;2015—2016流行季6B.1分支毒株抗原位点S162N突变增加了新的潜在糖基化位点.结论 与疫苗株比较,随着时间推移唐山地区甲型H1N1流感病毒发生了抗原漂变,未来仍应关注6B分支流行株的变化.     

2011—2020年福建省手足口病相关柯萨奇病毒A2型分子流行病学特征分析

目的研究福建省2011—2020年手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)相关的柯萨奇病毒A2型(coxackievirus A2, CV-A2)流行病学及病毒基因组特征。方法利用描述性流行病学方法对2011—2020年福建省疾病预防控制中心实验室收集的HFMD相关CV-A2病例进行流行病学特征分析。采用Mega X和Simplot 3.5.1等软件对一代测序获得的VP1基因和二代测序获得的全基因组进行系统进化分析和重组分析。结果 2011—2020年福建省HFMD相关CV-A2病例35例, 以1～2岁幼儿(28/35)为主, 男女性别比2.5∶1(25/10)。VP1区基因系统进化树显示, 福建省内CV-A2流行株存在两种基因亚型, 即C1和D1基因亚型, 仅1株(2019FJPT064)属于C1基因亚型, 其余27株为D1基因亚型。其中, 4株2011—2012年分离株为D1基因亚型cluster 1分支, 另外2株2011—2012年分离株及2012年后的分离株均属于D1基因亚型cluster 2分支。6株福建CV-A2毒株全基因组长度在7...     

2007-2012年北京市流感样病例和流感病原学监测

目的 阐明2007-2012年北京市流行性感冒(流感)流行特征和病原学监测结果.方法 使用“北京市医疗机构传染病监测预警系统”中二级以上医院流感样病例数和百分比的周数据以及流感病原学监测周数据,分析流感样病例发病趋势和流感病毒构成情况.结果 2007-2012年,北京市二级以上医院共监测流感样病例3,045,527例,其中流感样病例百分比2.11％.期间共检测标本49,868件,检出阳性标本8,289件,其中甲型H1N1亚型573件(6.91％)、甲型H3N2亚型2,578件(31.10％)、甲型H1N1流感2,021件(24.38％)、B型Victoria系945件(11.40％)、B型Yamagada系681件(8.22％).各年度流感病毒亚型构成不同:2007-2008年度主要为B型Yamagada系(60.36％)和甲型H3N2亚型(23.68％),2008-2009年度为甲型H1N1亚型(78.63％),2009-2010年度为甲型H1N1流感(40.28％)和甲型H3N2亚型(20.29％),2010-2011年度为甲型H3N2亚型(64.34％)和甲型H1N1流感(23.44％),2011-2012年度为B型Victoria系(57.28％)、B型Yamagada系(20.80％)和甲型H3N2亚型(18.66％),2012-2013年度为甲型H3N2亚型(77.40％)和甲型H1N1流感(20.36％).结论 近年来,甲型H1N1亚型、甲型H3N2亚型、甲型H1N1流感、B型Victoria系和B型Yamagada系均有流行,且各年度优势毒株不一.