生物信息学分析桑白皮汤治疗慢性阻塞性肺病急性加重的关键靶点和潜在机制

目的 运用网络药理学探究桑白皮汤治疗慢性阻塞性肺病急性加重期的关键靶点和分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索桑白皮汤的活性成分，预测其对应靶点；利用基因库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、药品数据与综合药物靶点信息DrugBank数据库检索慢性阻塞性肺病急性加重疾病相关靶点，利用全球蛋白质资源(Uniprot)数据库将预测靶点和疾病靶点名称标准化后筛选出交集靶点，利用Cytoscape3.6.0绘制并分析中药-成分-靶点网络图。将共同靶点导入检索互作用基因/蛋白质的搜索工具(STRING)数据库获得蛋白质相互作用网络并利用Cytoscape3.6.0 CytoNCA插件筛选出核心靶点。将共同靶点导入富集分析库(Metascape)数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析，并利用自动对接工具(Auto Dock Tools)软件进行分子对接。结果 桑白皮汤有效活性成分126个，预测对应靶点1351个，疾病相关靶点2296个，主要活性成分为槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、 β谷甾...     

基于网络药理学和动物体内试验验证云实感冒合剂对呼吸道合胞病毒作用

目的基于网络药理学和体内试验探讨云实感冒合剂抗呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus, RSV)的作用机制。方法网络药理学预测:运用TCMSP、GeneCards等数据库预测云实感冒合剂干预RSV的活性成分及作用靶点。利用Cytoscape 3.2.1软件构建中药成分-疾病靶点网络图。通过STRING数据库分析蛋白质相互作用关系。借助Metascape数据库进行富集分析。采用分子对接技术分析验证网络药理学结果。云实感冒合剂干预RSV感染验证试验:滴鼻法建立RSV小鼠模型, 灌胃合剂后检测血常规、肺指数, 观察肺组织病理变化, 流式细胞术检测外周血T细胞亚群, ELISA检测血清TNF-α、IL-6、IL-1β含量, RT-PCR检测肺组织中TLR4、NF-κB和RSV-N基因mRNA相对水平。结果分析获得云实感冒合剂有效活性成分41个, 抗RSV靶点111个, 富集得到167条信号通路, 主要是PI3K/AKT、MAPK、Toll-like等信号通路。分子对接结果显示, 云实感冒合剂活性成分木犀草素、山奈酚、槲皮素与RSV-G、RSV-F、PI3K、AK...     

基于网络药理学分析牛膝-桑寄生药对治疗骨关节炎的作用机制

文题释义： 网络药理学：基于系统生物学的理论,对生物系统网络进行分析,从成分-靶点-通路进行整体预测及阐明药物在体内的作用机制。 骨关节炎：是以中年后可动关节的关节软骨退行性变和继发性骨质增生为特征的慢性关节疾病,以关节疼痛、活动受限和关节畸形为主要表现,又称退行性关节炎。 背景：牛膝-桑寄生是临床治疗骨关节炎最常用的药物组合,但其药理机制尚不明确。 目的：基于网络药理学的方法,对牛膝-桑寄生的主要活性化学成分进行筛选,并收集化合物对应的靶点,构建药物-活性成分-治疗骨关节炎潜在靶点网络,对其治疗骨关节炎的药理作用机制进行系统阐述。 方法：利用TCMSP数据库获取牛膝-桑寄生药物活性成分及靶点,与DisGeNET和GENE数据库获取的骨关节炎疾病靶点映射,筛选出牛膝-桑寄生治疗骨关节炎的潜在靶点;利用String数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建药物-活性成分-治疗骨关节炎潜在靶点网络及潜在靶点间的蛋白互作网络,同时通过Omicshare云平台和DAVID数据库分析潜在靶点的GO生物学功能和KEGG通路富集分析。  结果与结论：①从牛膝-桑寄生中共筛选出了21个活性成分及48个防治骨关节炎的潜在靶点;②GO富集分析共获取1 970个GO条目,其中生物过程1 862个,细胞组分占29个,分子功能79个(P < 0.01);③KEGG通路富集分析筛选出了76条牛膝-桑寄生防治骨关节炎的潜在信号通路(P < 0.01);④表明牛膝-桑寄生通过作用于多个靶点,影响不同的代谢通路,相互作用、相互协调,从而起到对骨关节炎的防治作用;⑤初步阐述了牛膝-桑寄生通过多成分-多靶点-多通路防治骨关节炎的作用机制,为骨关节炎的防治提供了新的思路与线索。 ORCID: 0000-0002-2014-9844(黄泽灵) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

黄芪桂枝五物汤对颈椎病和焦虑症“异病同治”作用机制的网络药理学分析

背景:黄芪桂枝五物汤被广泛应用于颈椎病和部分情感障碍疾病的治疗,但其具体作用机制仍不明确。目的:通过网络药理学及分子对接方法初步探讨黄芪桂枝五物汤依据"异病同治"原则治疗颈椎病和焦虑症的共同作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库建库至2021-09-01有关黄芪桂枝五物汤、五味药物的有效活性成分及相应靶点。以"Cervical spondylosis"和"Anxiety disorder"为检索词,检索Genecards,OMIM,Pharmgkb,TTD以及Drug Bank数据库建库至2021-09-01所有数据,挖掘颈椎病和焦虑症的疾病靶点;应用R软件对疾病与药物靶标映射获取共有靶点,通过Cytoscape 3.8.2软件和STRING平台分别构建"药物活性成分-靶点-疾病"关系与蛋白互作网络,筛选网络核心共有靶点;运用R软件对交集靶点进行GO富集分析以及KEGG路富集分析;应用Vina软件、Py MOL软件对网络关键交集靶点与主要活性成分分子对接和展示。结果与结论:(1)共筛选出黄芪桂枝五物汤药物有效活性成分73个,主要成分包括槲皮素、山奈酚和β-胡萝卜素等;(2)与疾病共有...     

基于网络药理学分析三七治疗股骨头坏死的免疫炎症分子机制

文题释义： 三七：为五加科植物三七Panax notoginseng (Burk.)F.H.Chen的干燥根和根茎,具有通脉行瘀、和营止血、行瘀血而敛新血的功效。 网络药理学：融合了系统生物学和多向药理学的思想,从整体角度探索药物、靶点、疾病之间的相互关联性。 背景：近年来,临床上运用中药治疗早中期股骨头坏死获得了比较满意的疗效,但与西药相比,中药成分复杂、靶点和机制不清。网络药理学是一门新兴且热门的学科,网络药理学的整体性、系统性和注重药物间相互作用的特点与中医药学的基本特点相吻合, 符合中医药对疾病本质的认识。 目的：运用网络药理学方法筛选三七主要活性成分,构建活性化合物-靶点网络,对其治疗股骨头坏死的分子机制进行科学阐释。 方法：利用TCMSP数据库筛选出三七的作用靶点,OMIM、GeneCards数据库筛选出股骨头坏死疾病的作用相关靶点。利用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,Cytoscape构建蛋白相互作用网络,利用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络并进行网络拓扑学分析,通过生物学信息注释数据库(DAVID)分析靶点基因功能及信号通路,利用ClueGO插件进行GO分析和KEGG信号通路富集分析。 结果与结论：筛选出8个三七化学活性成分,98个三七药物作用于股骨头坏死的潜在靶点。GO富集结果表明三七主要涉及细胞过程、代谢过程、对应激的应答等生物过程,KEGG靶点分析表明三七主要通过Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、核转录因子κB信号通路、氨基末端激酶/信号转导与转录激活子(JAK-STAT)信号通路影响来发挥免疫炎症作用。三七治疗股骨头坏死的过程体现了中药多成分-多靶点-多途径的作用特点,为三七抗免疫炎症作用机制的研究甚至进一步开展中药复方治疗疾病提供了新思路和新方法。 ORCID: 0000-0001-5801-8391(曾平) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

祛痰逐瘀治疗股骨头坏死的网络药理学分析

文题释义：祛痰逐瘀法：是中医根据辨证论治理论对有痰瘀互结证的疾病提出的治疗方法。股骨头坏死属于中医“骨蚀病”范畴,中医认为早期的骨蚀病多表现为痰瘀互结证,因此提倡早期治疗股骨头坏死采用痰瘀同治法,常用桃红四物和二陈汤加减。 网络药理学：网络药理学是围绕生物信息学、系统生物学等学科的技术和知识,并在网络数据库检索基础上,进行生物信息网络的构建和分析,可构建药物的“成分-靶标-通路-疾病”网络,深入探究药物与疾病的关系,阐明药物的作用机制。 背景：中医认为早期的骨蚀病多为痰瘀互结型,故早期治疗股骨头坏死多采用痰瘀同治法。网络药理学可构建药物的“成分-靶标-通路-疾病”网络,深入探究药物与疾病的关系,从而多层次地阐明药物的作用机制。 目的：构建祛痰逐瘀方活性成分-股骨头坏死-靶点网络,探讨祛痰逐瘀方治疗股骨头坏死的关键靶点和作用机制。 方法：桃红四物汤合二陈汤是治疗早期股骨头坏死的有效方剂,截取其中代表药物：半夏、陈皮、茯苓、桃仁和红花,命名为祛痰逐瘀方。在中药计算系统药理学分析平台(TCMSP)检索并筛选祛痰逐瘀方的主要有效成分和作用靶点;通过人类基因数据库和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)检索股骨头坏死的相关疾病靶点;制作韦恩图获取祛痰逐瘀方与股骨头坏死的共同靶点,利用Cytoscape软件构建中药-成分-疾病-靶点调控网络,然后通过STRING数据平台建立PPI网络,最后利用Bioconductor平台和R语言进行基因本体(GO)富集分析和基因相互作用(KEGG)通路分析。结果与结论：①祛痰逐瘀方中发挥治疗股骨头坏死的成分主要是sitosterol、naringenin等78个活性成分,发挥治疗作用的靶点可能包括NCOA2、PTGS1等61个关键靶点;②影响治疗股骨头坏死生物学过程主要为近端启动子序列特异性DNA结合、DNA结合转录活性调控等,发挥治疗的关键作用通路包括白细胞介素17信号通路、细胞凋亡等;③祛痰逐瘀方对股骨头坏死的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多通路的特点,提示其作用机制可能是通过多成分、多靶点、多通路实现。 ORCID: 0000-0002-0976-9735(凡一诺) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于药物-靶点-疾病关联网络的丹参-降香药对治疗缺血性脑卒中的作用机制探究及候选中药识别EI北大核心

丹参-降香药对治疗缺血性脑卒中(IS)疗效比较显著,研究丹参-降香药对治疗IS的作用机制是发现对IS有疗效候选中药(TCM)的有效途径。传统药理学方法难以从系统角度全面分析丹参-降香治疗IS的效应物质并解释其作用机制。本研究基于药物-靶点-症候-疾病关联网络,利用复杂网络理论进行系统的研究。在利用丹参、降香及IS的关联信息构建蛋白质-蛋白质相互作用网络和“药对-药效成分-靶点-IS”网络的基础上,分析不同网络拓扑特征并基于多个中心性指标识别出降香中的福诺尼汀以及丹参中的隐丹参酮和丹参酮IIA为药效成分;前列腺素G/H合酶2、视黄酸受体RXR-α、钠通道蛋白5型亚基α、前列腺素G/H合酶1和β-2肾上腺素能受体为核心靶蛋白。进一步,提出一种基于TCM症候筛选IS候选药物的方法,利用“药对-TCM症候-症候群-中风”网络发现关键TCM症候和症候群。结果表明,蒲黄、三棱和泽兰3味中药可能是对IS具有潜在治疗作用的候选中药,为治疗IS的药物开发提供了理论参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨斑蝥复方制剂治疗宫颈癌的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术,探讨斑蝥复方制剂治疗宫颈癌的生物活性成分以及潜在作用机制.方法:从中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)和文献筛选确定相应的活性成分和药物靶点,通过Genecards、OMIM数据库收集宫颈癌靶点.运用STRING数据库借助Cytoscape3.8.2软件构建PPI网络图和"药物...     

基于网络药理学方法分析“龟板-鹿角”药对活性成分治疗骨质疏松症的分子机制

文题释义： “龟板-鹿角”药对：是龟鹿二仙胶、左归丸等经典补肾方剂发挥治疗作用的核心,具有补肾强骨之功,常用于治疗骨质疏松症。 网络药理学：融合多向药理学与系统生物学思维,通过对生物系统分子的网络构建分析,探索药物的成分-靶点-通路-疾病之间的整体作用关系,预测药物在体内的作用机制。 背景：“龟板-鹿角”药对是治疗骨质疏松症的经典中药配伍方式,临床被广泛应用,但其药理学分子作用机制目前尚不明确。 目的：基于网络药理学方法,探讨经典补肾中药药对“龟板-鹿角”治疗骨质疏松症的分子作用机制。 方法：从BATMAN-TCM、TCM-MESH、化学专业数据库及手工检索文献获取“龟板-鹿角”药对的活性成分及治疗作用靶点。从毒理组学比较数据库、人类基因数据库获取药物治疗骨质疏松症作用靶点,与“龟板-鹿角”作用靶点取交集确定治疗作用靶标基因。通过STRING网站构建靶标基因间蛋白互作网络关系;采用Cytoscape软件构建药对-活性成分-靶标基因网络、核心靶标基因互作网络;借助DAVID、KOBAS等在线工具对靶标基因进行基因本体论及通路富集分析,筛选具有统计学差异的过程或通路(P < 0.05);通过SwissDock进行核心基因与活性成分分子对接验证。结果与结论：①检索筛选得到“龟板-鹿角”药对含天冬氨酸、苯丙氨酸等21个有效活性成分,对应183个骨质疏松症治疗靶标基因,药对、活性成分、靶标基因形成紧密联系的互作网络关系;②筛选出INS、ALB、TNF等10个核心基因,靶标基因主要富集于衰老、药物反应等66个基因本体论过程,缺氧诱导因子1、卵巢类固醇生成等27个信号通路;③靶标基因INS与丙氨酸、雄激素,ALB与丙氨酸等获得了较高的分子对接评分,亲和力较好;④结果表明,“龟板-鹿角”药对的活性成分及其治疗骨质疏松症作用靶标基因存在复杂网络关系,靶标基因富集于多个联系密切且复杂的信号通路,涉及细胞增殖分化凋亡、炎症反应、性激素调控等多层次以调节骨修复重建的动态平衡,值得继续深入研究发展。 ORCID: 0000-0003-0247-9863(李绍烁) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

从生物信息与网络药理角度认识姜黄素治疗膝骨关节炎的分子机制

背景:姜黄素是由中药姜黄中提取的一种植物多酚,可用于治疗膝骨关节炎,但具体机制尚不清楚。目的:基于生物信息学和网络药理学初步分析姜黄素治疗膝骨关节炎的分子机制,为膝骨关节炎的治疗提供新的研究方向。方法:通过中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)数据库、蛋白质-化合物作用网(STITCH)数据库、Drugbank数据库、SEA数据库、SwissTargetPrediction数据库、药物靶标的蛋白质数据库(Binding DB)预测姜黄素的相关作用靶点,再结合基因表达数据库(GEO)公共数据库中关于姜黄素的相关芯片,使用GEO2R在线分析工具分析得到差异基因;同时检索治疗靶点数据库(TTD)、人类孟德尔遗传病(OMIM)数据库、DisGeNET数据库、Drugbank数据库和GeneCards数据库获得膝骨关节炎相关疾病靶点,明确姜黄素治疗膝骨关节炎的作用靶点,通过设置degree值得到关键靶点。利用STRING数据库构建药物-疾病共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用关系;并利用R语言对药物-疾病共同靶点进行GO分析和KEGG通路分析;利用IGEMDOCK软件对关键靶点进行分子对接。结果与结论:①通过检索上述药物数据库共获得姜黄素相关靶点339个;检索GEO数据库确定姜黄素相关序列号为GSE10896的芯片,筛选出397个差异基因;②检索上述疾病数据库共获得膝骨关节炎相关疾病靶点1903个,其中典型靶点有AKT1、NFKB1、RELA和IKBKB等;③利用STRING数据库构建129个共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用关系网络图;④GO分析功能富集显示,姜黄素治疗膝骨关节炎的生物学进程主要涵盖DNA结合转录因子、DNA结合转录激活剂活性、RNA聚合酶Ⅱ特异性、内肽酶活性、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性、核受体活性、配体激活的转录因子活性、金属肽酶活性和磷酸酶结合等,信号通路主要表现为PI3K-Akt、MAPK、白细胞介素17、肿瘤坏死因子和缺氧诱导因子1信号通路;⑤分子对接结果显示关键靶点胰岛素样生长因子1受体、雌激素受体、EGFR、CYP19A1与靶蛋白有良好的亲和力;⑥结果证实,姜黄素治疗膝骨关节炎的机制涉及MAPK3、EGFR、雌激素受体1、MDM2、CYP19A1、MAPK14、雌激素受体和胰岛素样生长因子1受体共计8个关键靶点,还涉及PI3K-Akt、MAPK、白细胞介素17、肿瘤坏死因子和缺氧诱导因子1等主要信号通路,各靶点与各通路之间产生的交叉作用,可能会抑制炎症反应和软骨细胞凋亡,从而治疗膝骨关节炎。     

基于网络药理学分析冬虫夏草防治急性肾损伤的分子机制北大核心CSCD

目的：基于网络药理学分析冬虫夏草（CS）防治急性肾损伤（AKI）的分子作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库（TCMSP）筛选CS的有效成分和作用靶点,从DisGeNET、GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选AKI的疾病靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-成分-疾病-靶点”可视化调控网络,采用String在线数据库构建CS与AKI共同靶点的蛋白互作网络,DAVID数据库和KEGG数据库对共同靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,探讨其潜在分子机制。结果：CS中筛选得到有效成分9种,防治AKI的作用靶点63个。GO功能富集分析主要包括对药物的反应、信号转导、衰老、细胞增殖调控、细胞凋亡调控等。CS防治AKI的主要富集通路有PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、细胞凋亡通路、TNF信号通路、P53信号通路等。结论：通过网络药理学研究方法预测了CS防治AKI的有效活性成分及作用靶点,并通过PPI网络和KEGG富集分析推测了CS通过多条信号通路调节防治AKI,涉及细胞自噬、凋亡及炎症反应等多环节生物学过程。     

基于网络药理学推测当归肉苁蓉配伍治疗功能性便秘的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨当归肉苁蓉配伍治疗功能性便秘(Functional constipation,FC)的作用机制.方法:基于公共数据库收集当归、肉苁蓉的活性成分、对应靶点信息和FC疾病靶点信息,交集靶点为共有靶点.Cytoscape 3.7.0构建"当归-肉苁蓉-活性成分-靶点网络"、"当归-肉苁蓉-活性成分-FC共有靶点网络",CytoNCA插件筛选关键基因,构建其蛋白互作网络,并通过DAVID数据库分别进行药物靶点和关键基因的GO功能和KEGG通路生物信息学分析.结果:收集到当归-肉苁蓉药对活性成分39个,包括β-谷甾醇、豆甾醇、阿魏酸等核心成分.成分相关靶点237个,FC疾病靶点2428个.当归-肉苁蓉药对靶点与疾病靶点的交集共有靶点132个,筛选到关键基因74个,涉及PTGS2、PTGS1、AKT1、VEGFA、TP53、CASP和MAPK等核心靶点.富集到TNF信号通路、p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等112条FC相关通路信息.结论:初步表明当归-肉苁蓉可能通过β-谷甾醇、豆甾醇、阿魏酸等关键活性成分,参与TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等调节肠道功能,发挥其多成分、多靶点、多通路治疗FC的作用.     

基于生物信息学的息痛散治疗痛风性关节炎的作用机制

目的:挖掘中药复方息痛散的有效成分、预测其潜在功能靶标,通过网络药理学和实验验证的方法探讨息痛散治疗痛风性关节炎的作用机制。方法:利用TCMSP、TCMID数据库筛选出息痛散的活性成分及靶标;通过NCBI、GeneCards数据库筛选痛风性关节炎的疾病靶点;将两者靶点通过Cytoscape软件构建蛋白互作网络图并进行拓扑学分析;筛选出核心靶点;通过R软件进行KEGG和GO富集分析;最后分子对接及Western Blot实验验证网络药理学富集分析结果。结果:共筛选出146个活性成分以及158个关键靶点,涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路和MAPK信号通路等,实验验证显示通路关键节点蛋白存在差异性表达。结论:本研究系统揭示息痛散通过多成分-多靶点-多途径共同调控痛风性关节炎的物质基础和作用机制,为中药复方息痛散的临床应用提供理论基础和科学依据。     

中药有效成分治疗骨关节炎机制中的信号通路

背景：骨关节炎是一种慢性骨骼肌肉退变性疾病，发病率呈现逐年增加的趋势，但是其发病机制尚未明确。常用的药物有非类固醇类抗炎药、糖皮质激素等，但此类药物的不良反应会降低患者的依从性，因此最终影响了治疗效果，而中药有效成分因具备安全性等特点被研究者们所密切关注。目的：综述近些年中药有效成分对于骨关节炎相关信号通路影响的研究进展，为防治骨关节炎的新药研发、基础研究以及临床应用提供思路和理论依据。方法：通过检索中国知网、万方、维普、PubMed、GeenMedical等数据库，检索近十年相关文献，以“骨关节炎、中药、中药成分、软骨细胞、炎症、信号通路、作用机制”“OA、Chinese traditional medicine、active ingredients of traditional Chinese medicine、Chondrocyte、Inflammation、Signal pathways、Mechanism”等作为检索词进行检索，排除无关重复且年代较久的文献，最终筛选63篇文献进行探究。结果与结论：中药有效成分主要通过Wnt/β-catenin、NK-κB、P38 MAPK、P...     

参苓白术散治疗膝骨关节炎作用机制的网络药理学和分子对接技术分析

背景:参苓白术散是健脾祛湿的代表方之一,具有良好的抗炎及免疫调节效应。近年来课题组在临床实践中发现对早、中期膝骨关节炎患者使用参苓白术散疗效颇丰,但具体的分子机制尚不明确。目的:通过网络药理学和分子对接探究参苓白术散治疗膝骨关节炎的药理学机制。方法:使用TCMSP和TCMID数据库搜集参苓白术散活性成分及其作用靶点,使用GenneCards和OMIN-NCBI数据库获取膝骨关节炎靶点,使用STRING与Cytoscape构建药物-活性化学成分-核心靶标网络与PPI蛋白网络互作分析,并进行GO及KEGG分析,使用AutoDockTools将重要活性成分与核心靶点进行分子对接预测。结果与结论:(1)共筛选出参苓白术散活性药物化学成分109个,主要成分包含木犀草素、山奈酚和β-谷甾醇等;(2)其中与疾病交集靶点97个,核心靶点为PTGS2,CASP3,AKT1,MAPK1,MAPK8,TP53和EGFR等;(3)分子对接结果可见,山奈酚及β-谷甾醇可靶向调控CASP3,AKT1,PTGS2;(4)GO分析得出苓白术散治疗膝骨关节炎的机制中主要涉及氧化应激、脂多糖、营养水平、肌肉细胞增殖及氧水...     

基于网络药理学和分子对接探讨蠲痹汤治疗骨关节炎的机制

目的采用网络药理学和分子对接探讨蠲痹汤治疗骨关节炎的机制。方法应用TCMSP数据库获取蠲痹汤的活性成分和对应靶点,检索GeneCards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库和TTD数据库获得骨关节炎的治疗靶点。运用R语言软件(版本4.0.2)获得蠲痹汤治疗骨关节炎的交集靶点,使用Cytoscape软件(版本3.8.0)构建“活性成分—治疗靶点”网络并将关键成分进行排序,同时通过蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出其核心靶点。运用R语言软件对蠲痹汤治疗骨关节炎的作用靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。运用AutoDockVina(版本1.1.2)等软件对上述核心靶点及关键成分进行分子对接验证。结果应用TCMSP数据库共得到蠲痹汤活性成分165个及对应靶点2529个,药物药效靶点与骨关节炎治疗靶点取交集得到115个靶点,关键成分有槲皮素、山柰酚、柚皮素等,核心靶点有STAT3、TNF、MAPK14等。GO富集分析得到2306个生物过程条目,144个分子功能条目,69个细胞组成条目;KEGG富集分析得到TNF信号通路、IL-17信号通路、PI3K-AKT信号通路等相关通路。分子对接结果显示,蠲痹汤治疗骨关节炎的关键成分槲皮素、山柰酚、柚皮素、甘草酮A、刺芒柄花素与其对应的核心靶点有较好的结合性。结论蠲痹汤可能通过多成分、多靶点、多通路的相互作用发挥对骨关节炎的治疗作用。     

基于网络药理学的黄连治疗糖尿病的作用机制研究

目的 利用网络药理学手段研究黄连治疗糖尿病的作用机制。方法 从TCMSP数据库获取黄连的有效成分以及作用靶点,与GeneCards数据库中糖尿病的作用靶点取交集获取黄连治疗糖尿病的预测靶点,利用Cytoscape软件构建中药化合物-靶点网络及STRING数据库构建PPI网络,利用 DAVID在线工具进行GO功能分析及KEGG通路富集分析。结果 黄连的活性成分有14个,关键有效成分有11个,治疗糖尿病靶点137个。黄连主要活性成分作用的核心靶点为JUN、MAPK1、IL-6等靶基因,参与调控Insulin resistance,Regulation of lipolysis in adipocytes等多个信号通路。结论 黄连能发挥多靶点、多通路的协同治疗糖尿病作用。     

基于网络药理学分析五味消毒饮治疗关节假体周围感染的作用机制

文题释义：网络药理学：是基于系统生物学和药代动力学的理论，对生物信息的网络分析，选取特定节点进行多靶点药物分子设计，以多靶点作用、多种信号途径综合分析为特点，旨在预测药物治疗疾病的潜在机制，提高临床研究成功率，减少研究经费的新兴学科。 关节假体周围感染：是人工关节置换术后的一种极具破坏性的并发症，主要由金黄色葡萄球菌等致病菌引起假体周围发生化脓性感染及假体表面形成生物膜为主要特点，临床表现为术口及周围红、肿、热、痛，窦道形成，渗液流脓等。 背景：五味消毒饮在临床中已被用于治疗关节假体周围感染，但因五味消毒饮所含有效成分复杂，其分子作用机制尚不明确。 目的：探究五味消毒饮治疗关节假体周围感染的作用机制。方法：通过中药系统药理学成分分析数据库(BATMAN-TCM)预测获得五味消毒饮的有效化合物及靶点基因，利用GeneCards和OMIM数据库获得关节假体周围感染疾病的相关靶点基因，取两者交集后得到五味消毒饮-关节假体周围感染疾病交集基因。随后采用STRING在线数据库构建蛋白相互作用网络(PPI)，根据度值筛选核心基因。将交集基因输入Cytoscape 3.7.2软件以构建WWXDY-靶点-关节假体周围感染可视化网络图，并借助DAVID在线工具进行交集靶点的基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，探讨其抗关节假体周围感染的作用机制。结果与结论：①从BATMAN-TCM平台共预测出五味消毒饮的有效化合物37个，作用靶点共914个；从GeneCards和OMIM数据库筛选出关节假体周围感染疾病的相关靶点基因286个；取交集获得药物与疾病交集靶点39个，经筛选得到核心基因16个；②GO分析结果显示，交集靶基因的生物过程主要是趋化因子生物合成过程的正向调控、蛋白激酶B信号、炎症反应、脂多糖媒介的信号通路、细胞因子分泌的负调控参与免疫应答等；分子功能为细胞因子活性、生长因子活性、ICAM-3受体活性、Ⅲ型转化生长因子受体结合、前列腺素-内过氧化物合酶活性；细胞组分为细胞外空间、细胞表面、细胞膜外侧面、胞外区、整合蛋白αL-β2复合体；③KEGG通路富集结果主要涉及类风湿性关节炎、疟疾、细胞因子-细胞因子受体相互作用、南美锥虫病、利什曼病、炎症性肠病、阿米巴病、肿瘤坏死因子信号通路、肺结核、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等信号通路；④提示五味消毒饮治疗关节假体周围感染疾病的作用机制呈多个有效化合物、多个作用途径以及多个靶点基因的特点，为后续实验提供了新思路、新方向。ORCID: 0000-0001-5949-6483(张海涛) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：人工关节；骨植入物；脊柱；骨折；内固定；数字化骨科；组织工程     

基于网络药理学探讨白藜芦醇抗衰老的作用机制

目的:运用网络药理学方法探寻白藜芦醇抗衰老的关键靶点及分子作用机制。方法:通过PharmMapper数据库查找白藜芦醇的作用靶点;采用GeneCards数据库搜索衰老的相关蛋白。将白藜芦醇作用靶点和疾病靶点取交集,即为白藜芦醇抗衰老潜在靶点。采用STRING数据库找出靶点的作用关系,以DAVID数据库分析结果,Cytoscape3.8.0软件构建药物-疾病-靶点-通路网络。结果:从PharmMapper得到的91个白藜芦醇(Resveratrol,Res)作用靶点,GeneCards数据库得到的474个衰老相关靶点,两者取交集后共得到22个白藜芦醇抗衰老的作用靶点。在蛋白相互作用网络中IGF1、ESR1、MAPK1和EGFR处于核心位置。在GO富集分析和KEGG通路分析中,EGFR、MAPK1和IGFR均存在于PI3K-Akt通路、FoxO通路和HIF-1通路中。在药物-疾病-靶点-通路网络中,EGFR和MAPK1处于核心位置。结论:Res通过EGFR、MAPK1、IGFR调节PI3K-Akt和FoxO通路抗衰老。     

基于网络药理学预测白藜芦醇抗胰腺癌靶点与分子机制研究

目的:采用网络药理学的方法对白藜芦醇抗胰腺癌的作用靶点进行预测,探讨其关联的分子作用机制。方法:通过DisGeNET数据库检索胰腺癌靶点,同时将SuperPred数据库和Swiss Target Prediction数据库预测白藜芦醇的共同靶点导入STRING数据库和Cytoscape-v3.2.1中,构建"成分-靶点"相互作用网络以及"疾病-靶点"相互作用网络,然后取交集部分(白藜芦醇抗胰腺癌靶点网络)进行拓扑分析,筛选白藜芦醇抗胰腺癌的核心靶点;通过对核心靶点进行生物功能和通路富集分析,预测白藜芦醇发挥治疗胰腺癌作用的生物过程以及关键信号通路。结果:TP53、EGFR、PTGS2、AKT1、MAPK3、MYC以及ALB是白藜芦醇治疗胰腺癌的7个核心靶点;运用DAVID软件进行功能和Omicshare云平台可视化分析显示,白藜芦醇治疗胰腺癌主要与调节细胞增殖正调控、细胞凋亡过程的负调控、细胞对表皮生长因子刺激的反应、一氧化氮生物合成的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程,进而调控各类癌症相关信号通路密切相关。结论:白藜芦醇治疗胰腺癌的机制可能与抑制细胞增殖以及调控癌症相关的代谢通路有关,其中7个核心靶点可作为预测与治疗胰腺癌潜在的分子标记物。