基于网络药理学和分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死作用机制

目的基于网络药理学及分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死的作用机制。方法利用TCMSP、中医药综合数据库(TCMID)、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、Uniprot及Swiss Target Prediction数据库对复元醒脑汤的药物活性成分及作用靶点进行筛选, 应用GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank和PharmGKB数据库筛选脑梗死疾病靶点, 将复元醒脑汤中药物靶基因与脑梗死疾病靶基因相交集, 将交集靶点导入Cytoscape 3.8.2软件构建成分-靶点网络, 使用STRING数据库及Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络, 筛选核心靶点。对复元醒脑汤-脑梗死疾病共同靶点基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析, 得出相关信号通路, 运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果得到复元醒脑汤治疗脑梗死的有效成分80个, 复元醒脑汤-脑梗死共同靶点214个, 核心靶点MAPK1、RELA、TP53、JUN、AKT1、HSP90AA1等与脑梗死疾病的关键靶点相互关联, 参与调控对药物的反应、对脂多糖的反应...     

咳喘安口服液治疗哮喘作用机制研究

目的基于网络药理学探讨咳喘安口服液治疗哮喘的作用机制, 并进行实验验证。方法通过TCMSP及文献检索获取咳喘安口服液组方药物的有效成分和作用靶点, 利用GEO数据库筛选哮喘相关靶点, 取药物与疾病的交集靶点, 采用STRING数据库构建PPI网络, 采用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。将大鼠按随机数字表法分为空白对照组、模型组、咳喘安口服液组, 咳喘安口服液组灌胃咳喘安口服液12.34 ml/kg, 空白对照组和模型组灌胃等体积的蒸馏水, 1次/d, 连续3 d。采用雾化氯化乙酰胆碱和磷酸组胺混合液方法制备大鼠哮喘模型, 采用HE染色观察肺组织病理学改变;Western blot检测肺组织IL-6、TLR4、髓样分化因子88(MyD88)、转化生长因子活化激酶1(TAK1)蛋白表达, 验证网络药理学预测结果。结果筛选出咳喘安口服液有效成分153个, 靶点1 896个, 哮喘差异表达基因2 982个, 得到药物与疾病交集靶点25个。KEGG通路主要富集于Toll样受体信号通路、TNF信号通路和NOD样受体信号通路等免疫炎症反应通路。与对照组比较, 模型组大鼠...     

基于网络药理学探讨赤芍抗血吸虫病及肝纤维化的作用机制

目的：通过网络药理学方法探讨赤芍有效成分治疗血吸虫病及肝纤维化的潜在作用机制。方法：通过TCMSP数据库检索并收集赤芍有效成分及其对应的作用靶点，借助UniProt数据库将靶点蛋白的genename转换为genesymbol;通过GeneCards、OMIM、TTD疾病数据库搜集血吸虫病及肝纤维化相关靶点；将赤芍成分靶点和疾病靶点取交集，获得赤芍治疗血吸虫病及肝纤维化的潜在靶点，利用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”和“成分-靶点-通路”网络；通过STRING数据库对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析，采用Cytoscape 3.8.2软件进行分析和可视化呈现；通过Metascape数据库进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：筛选得到赤芍活性成分29种，成分靶点与血吸虫病及肝纤维化疾病的交集靶点19个，其中肿瘤抑制蛋白(TP53)、前列腺素内过氧化物合酶(PTGS2)、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素8...     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术，探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因；GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因；绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点；STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图，通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分；DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点，两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分，KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示，PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于网络药理学探讨“半枝莲-白花蛇舌草”抗乳腺癌的作用机制

该研究基于网络药理学方法探讨"半枝莲-白花蛇舌草"抗乳腺癌的作用机制。通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选半枝莲、白花蛇舌草的有效成分及相应的靶蛋白,通过Genecards,OMIM数据库筛选出乳腺癌的靶点,利用Venn在线软件获取药物与疾病的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件构建"化合物-靶点-疾病"网络图。使用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用David数据库对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果显示,共筛选出半枝莲化合物29个,白花蛇舌草化合物7个,有效作用靶点109个。通过Venn图获得59个药物疾病共同靶点,PPI网络发现MYC,CCND1,EGFR,ESR1,CASP3,VEGFA等可能是"半枝莲-白花蛇舌草"治疗乳腺癌的关键靶点。GO功能分析发现88个条目,涉及转录因子活性、受体活性、细胞因子活性、酶活性及生物合成过程的调控等方面。KEGG通路分析发现37个条目,涉及到癌症、细胞周期、细胞凋亡、血管生成等通路,其中包括p53信号通路、ErbB信号通路、NOD样受体信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路、Wnt信号通路、mTOR信号通路等。该研究初步揭示了"半枝莲-白花蛇舌草"抗乳腺癌的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,发现其作用是多靶点、多通路的,为今后的分子生物学实验奠定了基础。     

网络药理学联合分子对接探究大丁草治疗类风湿关节炎的作用机制

目的：通过网络药理学联合分子对接技术探究大丁草治疗类风湿关节炎的潜在作用机制。方法：选用化学专业数据库、HERB本草组鉴查找大丁草化学成分,经Swiss ADME数据库筛选出有效成分,应用Swiss Target Prediction预测有效成分的潜在靶点,从Gene Cards、OMIM等数据库查筛类风湿关节炎的靶点,应用Venny 2.1.0数据库获得大丁草与类风湿关节炎交集靶点和韦恩图,采用Cytoscape 3.8.2构建大丁草-有效成分-靶点-类风湿关节炎网络并筛选核心成分,利用Cytoscape插件Biso Genet构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络,经2次筛选获得核心靶点,应用Metascape平台对核心靶点进行富集分析,运用Auto Dock vina将5种核心成分与10个核心靶点进行对接。结果：大丁草治疗类风湿关节炎活性成分有大丁草酚、大丁苷等13种,靶点448个,类风湿关节炎靶点618个,交集靶点101个,核心靶点有雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)、生长因子受体结合蛋白2(Growth Factor Receptor-Bound...     

白花蛇舌草对肝内胆汁淤积模型大鼠的保护作用

目的:研究白花蛇舌草对α-异硫氰酸萘酯(ANIT)诱导肝内胆汁淤积模型大鼠保护作用。方法:采用灌服ANIT法建立肝内胆汁淤积大鼠模型,大鼠随机分为正常对照组、模型组、白花蛇舌草组、熊去氧胆酸阳性对照组。连续给药5 d后,测定大鼠胆管胆汁排泄量、丙氨酸氨基转移酶(ALT)、门冬氨酸氨基转移酶(AST)、总胆汁酸(TBA)、胆红素(TB)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白介素1β(IL-1β)、肝组织病理学变化及其胆盐输出泵(BSEP)和多药耐药相关蛋白2(MRP2)表达等指标,研究白花蛇舌草对肝内胆汁淤积大鼠肝功能、胆汁酸排泄、炎症因子及肝组织病理学变化的影响。结果:与模型组比较,白花蛇舌草能显著促进胆汁排泄,降低大鼠血清中ALT、AST、TBA、TB、TNF-α、IL-1β水平(P0.01),诱导肝内BSEP、MRP2蛋白表达,改善大鼠肝组织病理学。结论:白花蛇舌草具有保护ANIT诱导肝内胆汁淤积模型大鼠肝损伤的作用。     

基于网络药理学的白花蛇舌草-半枝莲药对治疗胃癌前病变作用机制研究

目的 利用网络药理学探析白花蛇舌草-半枝莲治疗胃癌前病变(PLGC)的作用机制.方法 通过TCMSP数据库筛选药对主要活性成分和靶点,利用GeneCards数据库获得PLGC相关靶点;通过映射获得药对-疾病共有靶点,利用Cytoscape软件构建"活性成分-共有靶点"网络;通过STRING平台建立共同靶蛋白互作网络(PPI);通过Metascape数据库将共同靶点进行GO功能分析及KEGG通路富集分析;运用Autodock软件将度值较高的活性成分与核心靶点进行分子对接.结果 预测得到白花蛇舌草-半枝莲药对治疗PLGC的主要活性成分28个,通过230条信号通路作用于133个共同靶点而发挥治疗作用.分子对接表明主要活性成分可与核心靶点自发结合.结论 白花蛇舌草-半枝莲药对中主要活性成分作用于多个PLGC相关靶点,可能通过抑制胃黏膜炎症、抗氧化、调控肿瘤细胞增殖及凋亡、抑制新生血管生成等恢复胃黏膜细胞增殖和凋亡平衡状态,从而治疗PLGC.     

舒尔经胶囊治疗原发性痛经的网络药理学及实验验证

目的基于网络药理学、分子对接与体内实验探究舒尔经胶囊治疗原发性痛经的作用机制。方法运用TCMSP筛选舒尔经胶囊的有效成分及靶点, 通过GeneCards、DrungBank数据库检索原发性痛经靶点蛋白, 并通过微生信在线平台获取药物和疾病的交集靶点。利用Cytoscape 3.9.1软件构建舒尔经胶囊治疗原发性痛经的成分-靶点网络, 通过STRING数据库构建药物-疾病PPI网络, 利用DAVID数据库进行GO功能及KEGG通路富集分析。取药物关键活性成分和疾病核心靶点进行分子对接。将大鼠按随机数字表法分为对照组, 模型组, 舒尔经胶囊低、中、高剂量组(0.15、0.21、0.42 g/kg), 布洛芬组(20 mg/kg), 每组10只。通过皮下注射苯甲酸雌二醇建立原发性痛经动物模型, 并给予相关药物干预。观察大鼠扭体反应次数、子宫收缩抑制率和子宫指数, 采用ELISA法检测大鼠血清TNF-α、IL-6、IL-1水平及子宫组织前列腺素G合成酶2(PTGS2)、血管内皮生长因子A(VEGFA)水平。结果得到舒尔经胶囊药物有效成分188个, 舒尔经胶囊治疗原发性痛经靶点共51个, 其中T...     

基于网络药理学探讨白花蛇舌草主要成分的抗癌机制

目的基于网络药理学探讨白花蛇舌草主要成分的抗癌机制。方法依托中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库、反向分子对接服务器(DRAR-CPI)、人类基因组注释数据库(Gene Cards)预测和筛选白花蛇舌草主要活性成分及其抗癌作用靶点。借助Cytoscape 3.5.1软件构建白花蛇舌草活性成分-作用靶点网络,应用STRING平台构建靶蛋白互作网络,通过生物学信息注释数据库(DAVID)对靶点KEGG信号通路及GO生物过程进行分析。结果从白花蛇舌草中筛选出20种活性成分,作用于GAPDH、TP53、INS、AKT1、MAPK1、SRC、TNF、HSP90AA1、EGFR等276个癌症靶点,参与甾体激素介导信号通路、蛋白磷酸化、氧化还原过程、谷胱甘肽代谢等主要生物过程,调控细胞色素P450外源物代谢通路、化学致癌通路、癌症通路、前列腺癌通路、谷胱甘肽代谢通路、MAPK信号通路、Erb B信号通路、凋亡通路、癌症中心碳代谢通路、非小细胞肺癌通路、结直肠癌通路、甲状腺癌通路、Ras信号通路。结论本实验可为进一步深入研究白花蛇舌草主要成分抗癌机制提供新的思路与线索。     

基于网络药理学探讨益肾清肝方逆转乳腺癌内分泌治疗耐药机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术,探讨益肾清肝方逆转乳腺癌内分泌治疗耐药的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选益肾清肝方的有效活性成分和作用靶点,利用GEO数据库检索获得乳腺癌内分泌治疗耐药的原始基因表达谱数据（GSE67916）以获取乳腺癌内分泌治疗耐药的相关靶基因,并与活性成分作用靶点相映射以得到共同靶点。通过STRING在线数据库构建益肾清肝方逆转乳腺癌内分泌治疗耐药PPI网络,并借助Cytoscape3.8.2软件筛选关键靶点;通过Metascape平台对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,利用Cytoscape3.8.2软件构建靶点-活性成分-通路相互作用网络,对主要活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出益肾清肝方活性成分122个,与疾病的交集靶点30个,主要涉及ESR1、TP53、STAT3、MAPK1、PGR等。KEGG富集分析显示FoxO、P53、雌激素、PI3K-Akt等信号通路可能是益肾清肝方逆转乳腺癌内分泌治疗耐药的关键信号通路,由靶点-活性成分-通路网络得出β-谷甾醇、木犀草素、山柰酚、槲皮素、苦参碱等是发挥作用的主要活性成...     

基于网络药理学及动物实验探讨抗敏止嗽颗粒治疗支气管哮喘的作用机制

目的利用网络药理学方法探讨抗敏止嗽颗粒治疗支气管哮喘的潜在作用机制, 并结合动物实验加以验证。方法借助BATMAN-TCM数据库筛选抗敏止嗽颗粒的活性成分及对应靶点信息, 通过GeneCards、OMIM数据库获得支气管哮喘的相关疾病靶点, 将药物靶点与支气管哮喘靶点取交集后导入STRING数据库, 建立PPI网络, 采用Cytoscape 3.9.1软件构建"药物-活性成分-交集靶点"网络, 筛选核心靶点, 利用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。制备卵蛋白诱导的哮喘小鼠模型, 经抗敏止嗽颗粒干预后, 观察小鼠肺组织病理学变化, 采用ELISA法检测血清TNF-α、IL-6、IL-1β水平。结果得到抗敏止嗽颗粒活性成分240个, 潜在作用靶点1 364个, 筛选得到TNF、IL-6、AKT1、ALB、IL-1β等11个核心靶点。GO功能富集分析结果显示, 抗敏止嗽颗粒治疗支气管哮喘主要涉及蛋白质磷酸化的正调节、炎症反应的调节、脂多糖反应等生物进程及TNF、MAPK、IL-17等信号通路。动物实验显示, 抗敏止嗽颗粒可降低血清TNF-α、IL-6、IL-1β水...     

白花蛇舌草抗炎机制的网络药理学分析及实验研究

目的：基于网络药理学分析及实验研究验证探究白花蛇舌草潜在的抗炎靶点。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选符合条件的活性成分及相关作用靶点,并取得成分靶点和抗炎靶点的交集,构建靶点间的PPI网络图,Metascape平台对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,AutoDock软件对关键成分及靶点进行分子对接。通过小鼠耳缘肿胀和扭体实验模型,进行药效学观察,酶联免疫吸附试验法检测网络药理学涉及部分关键靶点。结果：共筛得相关活性成分6个,匹配到相关靶点信息173个,获得成分和疾病交集靶点99个,潜在治疗靶点有AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、PTGS2等,主要参与TNF信号通路发挥抗炎作用。分子对接结果显示,β-谷甾醇,Poriferasterol、2-methoxy-3-methyl-9,10-anthraquinone、豆甾醇与靶点结合性较强。动物实验验证了白花蛇舌草干预后可减轻小鼠耳肿胀度和减少扭体次数,降低血清中肿瘤坏死因子-α、白细胞介素-6因子水平。结论：白花蛇舌草具有抗炎效应,主要与抑制肿瘤坏死因子-α、白细胞介素-6等因子有关,网络药理学结果还显示白花蛇舌草中β-谷甾醇、Poriferasterol、2-methoxy-3-methyl-9,10-anthraquinone和豆甾醇等成分可能通过AKT1、IL-6、TNF、VEGFA等关键靶点作用于TNF信号通路发挥抗炎作用。     

基于网络药理学和分子对接研究白花蛇舌草和半枝莲药对治疗宫颈癌的作用机制

目的通过网络药理学与分子对接方法探究白花蛇舌草Hedyotis diffusa和半枝莲Scutellaria barbata药对治疗宫颈癌的潜在活性成分及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)和STITCH数据库搜集白花蛇舌草和半枝莲药对的活性成分和靶点,在DisGeNET网站下载宫颈癌疾病靶点;以String平台数据为基础,利用Cytoscape软件构建白花蛇舌草和半枝莲药对与宫颈癌共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction network,PPI)网络;利用CytoHubba筛选信号通路关键基因(hub基因),构建靶点的拓扑网络图;绘制"活性成分-靶点-通路"网络图;采用Schrodinger软件对活性成分与靶点进行分子对接。结果 "活性成分-靶点-通路"网络显示,白花蛇舌草和半枝莲药对有25个主要活性成分,38个主要靶点,与18个信号通路有关。分子对接结果显示,白花蛇舌草和半枝莲药对25个活性成分与38个靶点部分或全部对接成功。结论白花蛇舌草和半枝莲药对通过多成分、多靶点、多通路参与宫颈癌细胞凋亡。     

基于网络药理学探讨肝豆扶木汤治疗肝豆状核变性肝纤维化的作用机制及实验验证

目的?基于网络药理学方法研究肝豆扶木汤（GDFMD）治疗肝豆状核变性肝纤维化（LF）的作用机制。方法?基于TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出GDFMD有效成分及靶点基因。通过GeneCards数据库及OMIM数据库筛选出LF的疾病靶点基因，并用Cytoscape软件构建“活性-成分-靶点”相互作用网络图。将有效成分靶标与疾病靶点上传到STRING数据库，构建蛋白互作网络图（PPI），使用R语言进行核心基因的筛选并对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。基于网络分析结果，选择PI3K/Akt信号通路进行动物实验验证。将20只肝豆状核变性LF模型TX小鼠随机分为模型组、GDFMD组，10只相同遗传背景的野生型小鼠作为对照组。GDFMD组按6.96 g生药/kg进行灌胃，模型组和对照组给予等容积生理盐水，每天1次，连续灌胃4周。观察肝脏组织病理学改变。采用ELISA法检测血清肝纤四项[透明质酸（HA）、层粘连蛋白（LN）、Ⅲ型前胶原蛋白（PC-Ⅲ）、Ⅳ型胶原蛋白（C-Ⅳ）]、羟脯氨酸（Hyp）含量，采用qRT-PCR法检测肝组织α-平滑肌肌动蛋白（α-SMA）、1型胶原蛋白（Col-1）、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K）、蛋白激酶B（Akt）、Bcl-2相关X蛋白（Bax）和B淋巴细胞瘤-2 （Bcl-2）mRNA的表达，采用Western Blot法检测肝组织α-SMA、Col-1、PI3K、Akt、Bax、Bcl-2蛋白表达。并通过TUNEL法检测肝细胞凋亡水平。结果? （1）预测得到GDFMD治疗肝豆状核变性LF的有效成分55个及共作有效靶点95个。有效成分中度值较高的为槲皮素（quercetin），β-谷甾醇（beta-sitosterol）及山柰酚（kaempferol），作用靶点中度值较高的为丝裂原激活蛋白激酶8（MAPK8），表皮生长因子受体（EGFR）与白介素6（IL-6）。PPI网络中核心基因为MAPK8及EGFR等； GO富集分析显示会影响基因的转录、核受体活性等；KEGG通路富集分析显示磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、凋亡信号通路、低氧诱导因子-1信号通路为显著富集的通路。（2）动物实验表明，GDFMD组能改善肝豆状核变性肝损伤尤其是肝纤维化。与模型组比较，GDFMD组血清HA、LN、PC-Ⅲ、C-Ⅳ、Hyp含量降低（P<0.05，P<0.01），α-SMA、Col-1 mRNA及蛋白表达降低（P<0.05，P<0.01）；PI3K、Akt mRNA及蛋白表达升高（P<0.01，P<0.05）；肝组织凋亡细胞数目降低（P<0.05），Bax mRNA和蛋白表达降低（P<0.05），Bcl-2 mRNA和蛋白表达升高（P<0.05）。结论?通过网络药理学的方法预测GDFMD防治肝纤维化的关键作用靶点及相关通路，其不仅具有抗肝纤维化的作用，尚有抗凋亡、抗炎、调节脂代谢等生物学功能。     

基于网络药理学与分子对接探讨紫苏预防心血管疾病的作用机制

目的：从网络药理学探讨中药紫苏预防心血管疾病的作用机制。方法：运用网络药理学的研究方法，通过中药系统药理学与数据库分析平台（TCMSP）、GeneCards数据库和OMIM数据库初步筛选紫苏及心血管疾病作用靶点；用Venny 2.1制作韦恩图得到紫苏与心血管疾病交集靶点作为研究对象；通过STRING数据库构建交集靶点间的蛋白互作网络，获得核心作用靶点，并利用Cytoscape 3.8.2软件绘制可视化图；运用微生信在线平台对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析；利用AutoDock Tools软件对活性成分和关键靶点进行分子对接，并用Pymol软件进行可视化分析。结果：共筛选得到紫苏有效成分41种及其作用靶点94个，心血管疾病相关靶点15 138个，交集靶点89个。GO富集分析得到936个生物过程（BP）条目，59个细胞组成（CC）条目，85个分子功能（MF）条目。KEGG富集分析得到144条与心血管疾病显著相关的通路。结论：紫苏治疗心血管疾病的作用机制可能是通过芹黄素、β-胡萝卜素、木犀草素、β-谷甾醇作用于CCND1、CASP3、CTNNB1、MYC、HIF1A、VE...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨金芪降糖片保护胰岛β细胞的作用机制

基于网络药理学方法和分子对接技术研究金芪降糖片对胰岛β细胞的改善作用及潜在机制。通过TCMSP平台检索获取金芪降糖片中3味药的有效化学成分以及各化合物潜在作用靶点,利用UniProt数据库转换为gene symbol,与GeneCards和CTD数据库中与胰岛β细胞功能相关的靶标取交集,将药物、有效成分、共同靶标导入Cytoscape 3.8.2绘制"药物-成分-靶点"网络,利用软件分析功能得到主要药效成分及靶点。将药物作用靶点与胰岛β细胞功能相关靶点分别导入STRING平台中构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.8.2软件中Merge插件合并2个蛋白互作网络,并利用CytoNCA插件分析获取关键靶标。将"药物-成分-靶点"网络中所得核心靶点与蛋白互作网络中Merge所得核心靶点导入DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析。最后利用AutoDock软件实现核心成分与关键靶点分子对接,并用Pymol软件绘制分子对接模式图。结果显示,与金芪降糖片相关有效成分共有371个,203个靶点。与胰岛β细胞受损相关靶点共2 523个,其中共同靶点136个,Cytoscape分析得到PTGS2、PTGS1、NOS2、ESR1、RXRA等关键靶点,槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-胡萝卜素、β-谷甾醇等核心成分。KEGG富集分析主要涉及凋亡、炎症等信号通路。分子对接结果显示主要活性成分与靶点均能自发结合。该研究初步揭示了金芪降糖片通过多成分、多靶点、多通路改善胰岛β细胞受损的作用机制,为金芪降糖片的临床应用及改善胰岛β细胞受损提供科学依据和研究思路。     

正源方抗肝纤维化的网络药理学预测分析及实验验证

目的:基于网络药理学、分子对接技术预测正源方抗肝纤维化的作用机制,并进行细胞水平实验验证。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献检索获得正源方活性成分,通过PubChem、SwissTargetPrediction、Similarity Ensemble Approach数据库筛选活性成分潜在靶点,通过OMIM、GeneCards疾病数据库收集肝纤维化的相关靶点,运用Venny平台获得正源方与肝纤维化交集靶点,利用String数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并通过Cytoscape-CytoNCA拓扑分析筛选核心靶点,利用String数据库进行基因本体功能注释(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点-通路网络,使用AutoDock Vina软件模拟关键候选活性成分与核心基因的结合活性。建立人转化生长因子-β1(TGF-β1)诱导的人肝星状细胞LX2活化模型,噻唑蓝(MTT)比色法检测细胞活性,蛋白免疫印迹法(WB)检测磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路相关蛋白表达。结果:网络药理学筛选得到正源方活性成分145个及相关靶点1109个,肝纤维化靶点1573个,正源方抗肝纤维化潜在作用靶点415个,拓扑分析得关键靶点61个;PPI网络分析核心靶点为Akt1、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)等,GO富集分析得到1753个条目,其功能主要与细胞凋亡、细胞增殖、酶结合等有关;KEGG富集分析得到174个条目,主要涉及癌症通路、PI3K-Akt通路、细胞凋亡通路等;分子对接显示,槲皮素、木犀草素、熊果酸等与Akt1、VEGFA、Jun原癌基因(JUN)等靶点结合活性较强;细胞实验结果表明,不同剂量的正源方给药后,可以显著抑制TGF-β1诱导的LX2细胞的活化,降低磷酸化PI3K(p-PI3K)/PI3K、磷酸化Akt(p-Akt)/Akt蛋白表达,且具有质量浓度依赖性。结论:正源方可能通过多靶点、多通路发挥抗肝纤维化作用,其机制可能与抑制肝星状细胞活化、调控PI3K-Akt信号通路有关。     

基于动物实验与计算机验证探讨人参-三七-川芎药对延缓心脏衰老的作用机制

目的利用动物实验、网络药理学与分子对接技术研究人参-三七-川芎药对延缓心脏衰老的作用机制。方法将小鼠按随机数字表法分为空白对照组、衰老模型组、二甲双胍组、中药组。除空白对照组外, 其余各组小鼠采用皮下注射D-半乳糖诱导亚急性衰老小鼠模型。2周后, 二甲双胍组灌胃二甲双胍混悬液150 mg/kg, 中药组灌胃人参、三七、川芎冻干粉溶液650 mg/kg, 空白对照组与衰老模型组灌胃等体积超纯水, 1次/d, 6次/周, 连续灌胃10周。采用PCR检测心脏组织端粒酶蛋白催化亚基(TERT)mRNA水平, 采用免疫组化染色观察心脏组织p53表达, 采用HE染色观察心脏组织形态。检索TCMSP、Swiss Target Prediciton数据库中人参、三七、川芎的活性成分和靶点;利用TTD、OMIM、Gene、HAGR、DisGeNET数据库筛选心脏衰老靶点;将药物与疾病靶点取交集后得到人参-三七-川芎活性成分作用心脏衰老靶点;采用STRING数据库、Cytoscape 3.8.0软件构建交集靶点PPI网络, 筛选核心靶点;利用FunRich软件对核心靶点进行细胞组分、分子功能、生物过程及通...     

网络药理学结合体内实验研究藿香-龙胆草药对治疗鼻窦炎的机制

目的：通过网络药理学和体内实验研究藿香-龙胆草治疗鼻窦炎的作用机制。方法：通过TCMSP、Swiss Target Prediction数据库筛选藿香-龙胆草有效活性成分和作用靶点;经GeneCards、OMIM、Durgback平台获取“鼻窦炎”疾病靶点后与药物作用靶点取交集;利用String、Cytoscape3.8.2软件构建中药成分-靶点网络和蛋白互作网络图（PPI）,并进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。建立鼻窦炎大鼠模型,采用ELISA法检测TNF-α、IL-1β、IL-17、IL-6水平;Western blotting法检测TNF-α、IL-1β、IL-6、NF-κB p65和IL-17C蛋白相对表达量。结果：筛选得到藿香-龙胆草有效活性成分10个,药物作用靶点163个,药物成分与疾病交集靶点110个;藿香-龙胆草药对的核心活性成分为槲皮素、龙胆碱、龙胆苦苷;核心靶点为AKT1、TP53、IL-6、VEGEA、TNF;KEGG富集主要涉及的通路有脂质与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。ELISA结果显示：与...