北京市206例境外输入性新冠病毒感染者流行病学特征对比分析

目的分析比较不同新型冠状病毒(SARS-CoV-2)变异株流行时期北京市境外输入性新型冠状病毒感染者的流行病学特征, 为进一步做好"外防输入"的疫情防控工作提供数据支撑。方法将2021年10月1日至2022年2月28日由首都机场口岸入境的新型冠状病毒感染者分为2组, 入境日期在2021年12月17日之前的为D组, 之后的为O组, 分析2组感染者在来源的国家/地区、发病特征和在院时间等方面的差异。采用WPS Office软件整理数据, 应用R 4.0.2软件进行统计分析。结果共纳入新型冠状病毒感染者206例, 其中D组53例, 主要来自瑞典、奥地利等欧洲国家/地区, O组153例, 主要来自中国香港地区和韩国等亚洲国家/地区。D组中普通型病例的比例(20.75%, 11/53)较O组(10.46 %, 16/153)高, 两组感染者分类情况的差异有统计学意义(x2=29.07, P<0.05)。D组入境至核酸首次阳性的时间间隔M(Q1, Q3)为3(1, 7)d, 较O组M(Q1, Q3)1(1, 4)d长(Z = 3.54, P<0.05), 在入境后7 d内核酸首次阳性的...     

新型冠状病毒感染高峰期血液透析患者呼吸道感染的临床特点

目的总结新型冠状病毒感染高峰期门诊维持性血液透析患者呼吸道感染的流行病学及临床特征。方法回顾性分析2022年12月中下旬新型冠状病毒感染高峰期于首都医科大学附属北京地坛医院血液净化中心行血液透析的患者呼吸道感染的患病率、死亡率、死亡的危险因素及化验检查等临床资料。结果共纳入117例血液透析患者。呼吸道感染的患病率88.0%(103/117), 死亡率6.8%(7/103)。多因素回归分析显示合并神经系统疾病和B型钠尿肽水平高是全因死亡的独立危险因素, P值分别为0.034和0.022。12.5%的呼吸道感染者新型冠状病毒特异性抗体阴性。呼吸道感染后1个月内, 70例(59.8%)患者新型冠状病毒抗体IgG阳性, 其中10例(14.3%)患者再经过1个月后IgG转为阴性。血液透析患者呼吸道感染后血红蛋白、血清白蛋白均较前下降, 血清B型钠尿肽较前升高, P值均<0.001。血红蛋白、血清白蛋白的下降幅度与年龄呈正相关, R值分别为0.244和0.238, P值分别为0.017和0.019。结论血液透析患者在新型冠状病毒感染高峰期死亡率高, 特异性抗体产生率低、抗体持续时间短。需重视...     

新型冠状病毒感染史及奥密克戎不同分支毒株感染对感染者症状影响分析

目的对北京市新型冠状病毒感染者的再次感染情况和症状进行分析, 为进一步做好新型冠状病毒感染疫情防控工作提供参考。方法将2023年3—5月北京市新型冠状病毒感染导致的聚集性疫情中涉及的病例作为研究对象, 收集并比较二次感染者和首次感染者性别、年龄、感染时间、症状发生的占比, 比较XBB和非XBB变异株在上述变量占比差异, 探索调整其他因素情况下, 首次/二次感染以及不同变异株对高热、咳嗽等症状的影响。结果共纳入321例病例, 244例(76.01%)为二次感染, 198例(61.68%)感染毒株为XBB变异株。二次感染者主要分布在4月(28.95%)和5月(71.08%), 呈上升趋势。首次感染和二次感染均以发热、咽痛、咳嗽等症状为主, 但二次感染者出现发热(58.44%vs. 90.98%)、高热(体温≥38.5 ℃)(11.69%vs. 61.48%)、咳嗽(35.06%vs. 57.79%)、头痛(20.78%vs. 45.49%)、乏力(25.97%vs. 45.90%)和肌肉关节疼痛(14.29%vs. 26.64%)等症状的比例低于首次感染者, 出现呕吐症状的占比高于首次感染...     

河南省首起奥密克戎COVID-19疫情全基因组特征与溯源分析

目的对河南省首起本土奥密克戎COVID-19确诊病例的呼吸道标本进行SARS-CoV-2全基因组测序, 分析基因组突变及分子溯源情况。方法采用全基因组测序技术对2022年1月7日—1月29日疫情相关的COVID-19病例阳性样本进行全基因组测序和序列比对分析, 分析病毒全基因组序列的一致性和变异进化情况。结果通过SARS-CoV-2基因组高通量测序, 共获得120例病例的SARS-CoV-2全基因组序列, 占安阳COVID-19疫情总病例数的25.64%(120/468)。与武汉参考株(NC₀45512.2)相比, 120例病例的全基因组序列存在57～59个核苷酸突变位点, 在共享57个核苷酸位点的基础上增加1～2个核苷酸突变位点, 均属于VOC/Omicron变异株(BA.1.1进化分支), 基因组序列高度同源。其中, 首发病例A全基因组序列含有57个核苷酸突变位点, 首发病例B全基因组序列在含有57个相同的核苷酸突变位点基础上, 增加1个特有变异位点(C1594T), 提示二者为同一传播链。经中国疾病预防控制中心和河南省疾病预防控制中心与国内本土病例和输入病例...     

货车司机远距离传播新型冠状病毒肺炎事件的分子溯源

目的追溯新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)病例的感染来源及病毒传播路径, 证实经长途货车司机跨省远距离传播COVID-19事件。方法采用全基因组靶向扩增结合二代测序技术, 对2022年3月福建省泉州市本土疫情暴发期间漳州市报告的5例货车司机COVID-19病例鼻咽拭子标本进行新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)全基因组测序, 应用在线分析平台判定病毒型别及突变位点, 利用进化分析软件构建系统发育树, 结合流行病学调查数据, 综合分析病例的感染来源及传播路径。结果成功从5例病例中获得2019-nCoV全基因组序列, 序列长度为29 770～29 839 bp, 基因组平均覆盖度为99.53%;病毒分型结果显示5株病毒均为Omicron变异株, 但分属3种BA.2亚分支;序列分析结果显示3例病毒与2022年3月福建省泉州市本土疫情流行的两种进化分支病毒高度相似, 另2例病毒则与该起疫情流行的病毒存在差异较大(核苷酸突变位点差异7～14个、氨基酸突变位点差异5～7个);进化分析结果表明3例病毒...     

奥密克戎BA.2引起的12起云南省边境地区本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析

目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征, 分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫情首例病例基本信息及标本, 应用全基因组测序技术进行病毒基因序列测定, 通过在线分析平台和软件, 判断病毒型别, 分析病毒突变情况, 结合流调内容, 推测疫情病毒感染来源。结果 12起云南省边境地区本土疫情首例病例职业较多样, 且活动区域均未离开过当地。Pangolin分型结果显示12起疫情SARS-CoV-2基因组均属Omicron (BA.2)变异株, 其中各2起疫情SARS-CoV-2基因组进一步分属BA.2.10和BA.2.3.2进化分支。全基因组核苷酸突变分析表明, 有十起疫情首例病例病毒基因序列存在1个及以上数目的特有核苷酸突变位点, 结合流行病学调查内容, 提示12起疫情可能均存在不同的病毒感染来源。进一步分析氨基酸突变发现, 病例间基因序列除具备进化分支代表性突变位点外, 还具有特有的氨基...     

基于负二项回归模型的奥密克戎感染者核酸阴转所需时间的独立影响因素研究

目的使用负二项回归模型回顾性研究奥密克戎感染者的核酸阴转所需时间的影响因素。方法纳入2022年3月1日至2022年8月20日首都医科大学附属北京地坛医院收治的304例奥密克戎感染早期的患者, 以新型冠状病毒核酸阴转所需时间为因变量, 使用负二项回归模型研究新型冠状病毒核酸阴转时间的影响因素。基于一般临床资料和实验室检查结果等因素, 首先使用单因素负二项回归模型对因素进行初步筛选, P<0.05的因素被纳入多因素建模, 随后使用逐步回归筛选变量, 依照AIC统计量确定最优模型。结果利用单因素联合构建对新型冠状病毒核酸阴转所需时间的多因素负二项回归模型, 结果显示, 男性新冠核酸阴转所需时间平均比女性短e0.107(≈1.113) d;CT提示肺炎的患者新冠核酸阴转所需时间平均比CT未提示肺炎的患者长e0.201(≈1.223) d;以感染BA.2.2毒株的患者为参照, 感染BA.2毒株的患者新冠核酸阴转所需时间平均比感染BA.2.2毒株的患者长e0.103(≈1.108) d, BA.5.2毒株的患者新冠核酸阴转所需时间平均比感染BA.2.2患者短e0.096(≈1.101) d。...     

基于二代测序技术的基因组拷贝数变异检测在产前诊断中的应用

目的探讨拷贝数变异测序(copy number variation sequencing, CNV-seq)在产前诊断中的应用价值。方法对2018年5月至2020年12月期间采用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP-array)进行羊水染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis, CMA)的结果进行重分析, 对具有临床意义的CNVs以及非整倍体低比例嵌合的样本进行CNV-seq检测。结果对16 488例羊水CMA结果进行分析, 选取343例存留羊水的DNA样本进行CNV-seq检测, 检测成功率为100%。与CMA检测结果相比, 完全符合314例(91.5%), 部分符合4例(1.2%), 漏检25例(7.3%)。对部分符合和漏检的病例的分析提示, CNV-seq的检测盲区为SHOX基因及AZFc区域。结论 CNV-seq在产前诊断中具有准确度高、基因组覆盖度好的特点, 可稳定检测低比例嵌合, 适宜在临床推广, 但应充分了解其局限性, 针对不同人群选择最适合的产前诊断方法。     

一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情病毒全基因组特征分析

目的分析2021年8月北京市一起入境航班关联新冠肺炎聚集性疫情中新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组特征及变异情况, 为疫情防控和风险评估提供参考。方法收集此次疫情全部50例关联病例的呼吸道标本, 使用数字PCR方法对病毒载量进行测定, 使用高通量测序对病毒全基因组进行测定分析, 对基因组数据拼接整理后进行变异位点分析及系统发生分析。结果全部50例样本中病毒载量中位数为5.57×104拷贝/ml(ORF1ab基因)和5.85×104拷贝/ml(N基因)。共测定获得SARS-CoV-2病毒全基因组序列46份, 均为Omicron变异株BA.5分支。其中21例与7例形成两个进化簇, 内部全基因组核苷酸相似度高于99.993%和99.997%。结论该起聚集性疫情可能由两个传播链和其他散在感染共同构成, 疫情病毒为境外流行的Omicron变异株BA.5分支。     

Omicron变异株BA.1引起的新型冠状病毒感染本土首起疫情流行特征及防控对策分析

目的了解奥密克戎变异株BA.1引起的新型冠状病毒感染本土首起疫情的流行特征及防控对策。方法采用描述流行病学研究, 对Omicron变异株引起的本土首次疫情官方通报的阳性感染者信息及防控对策进行描述和分析。结果本次疫情关联地区包括天津、河南安阳、辽宁大连和河北衡水故城县四地, 天津和安阳病例数最多;根据报告日期本次疫情持续31 d, 累计报告906例感染者, 无症状感染者10例, 轻型及普通型892例, 重型4例, 危重型0例, 无死亡病例;男性390例, 女性516例;年龄最小为3个月, 最大为90岁, 以0～18岁为主;学生群体为393人。结论本次疫情奥密克戎变异株传染性强, 感染人数多, 涉疫地区采取的综合防控对策迅速有效遏制住疫情的发展蔓延。     

新型冠状病毒灭活疫苗对Beta和Delta变异株的交叉中和活性

目的评估新型冠状病毒灭活疫苗免疫人群和小鼠血清对变异株(Delta株和Beta株)的交叉中和活性。方法各取20份人群常规两剂基础免疫血清、三剂加强免疫血清和两剂小鼠免疫血清作为实验材料, 采用新型冠状病毒原型株、Delta和Beta变异株3株病毒, 在生物安全三级实验室中采用微量中和试验检测中和抗体。通过分析不同稀释度血清对固定剂量病毒的中和活性, 计算血清阳性率和抗体几何平均滴度(geometric mean titer, GMT), 评估免疫血清的交叉中和水平。结果人免疫血清对不同变异株的阳性率均大于95%;基础免疫后, 接种者血清对原型株、Delta和Beta变异株的中和抗体GMT分别为109、41和15, 与原型株比较, 针对Delta和Beta变异株的中和抗体GMT分别下降2.7倍和7.3倍;加强免疫后, 接种者血清对原型株、Delta和Beta株的中和抗体GMT分别为446、190和86, 与原型株比较, 针对Delta和Beta变异株的中和抗体GMT分别下降2.3倍和5.2倍。小鼠免疫血清对不同变异株的阳性率均为100%;对原型株、Delta和Beta变异株的中和抗体GM...     

血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤75例基因突变特征分析

目的探讨血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(angioimmunoblastic T-cell lymphoma, AITL)的基因突变特征。方法收集2021年6月至2023年6月经上海交通大学医学院附属瑞金医院病理科诊断为AITL, 并用石蜡包埋组织或新鲜组织进行靶向测序检测的75例病例资料, 分析AITL患者的突变基因分布和突变类型。结果在75例AITL标本中均检测出基因突变, 共检测到492个变异位点, 分别位于84个基因列表中的74个基因。在≥10%的AITL病例中检测到的突变基因依次是TET2(89.3%)、RHOA(57.3%)、IDH2(37.3%)、DNMT3A(36.0%)、KMT2C(21.3%)、PLCG1(12.0%)和KDM6B(10.7%)。TET2和RHOA、TET2和IDH2、RHOA和IDH2基因突变之间均具有显著的共现关系(P<0.05), TET2和KDM6B基因突变之间具有显著的互斥关系(P<0.05)。结论应用二代测序技术可揭示AITL基因突变的独特特征, 为AITL的诊断和靶向治疗提供参考依据。     

新冠病毒核酸在物体表面存留时间研究

目的探索新型冠状病毒奥密克戎变异株污染不同物体表面后, 不同温度条件下病毒核酸存留时间及变化规律, 为环境样本中新冠病毒核酸检测及相关防控策略制定提供依据。方法取实验室保存的新冠肺炎奥密克戎变异株感染者咽拭子灭活样本, 污染不锈钢、塑料、木材、纸板及棉布等材质的表面, 制成模拟污染样本, 放置常温及冷藏环境下, 分别在第0 d、1 d、3 d、7 d、14 d和第30 d, 每种材料每次取出3件样本, 浸泡后提取核酸, 使用实时荧光PCR法检测新冠病毒核酸。分析不同类型材料表面污染后病毒核酸回收率、核酸可检出时间和Ct值变化。结果新冠病毒污染后, 棉布、塑料和不锈钢核酸的回收率为1.75%～2.90%, 木材和纸板较低, 分别为0.0021%和0.21%。所有材料模拟样本在第30 d均仍可检测出新冠病毒核酸。不锈钢、木材、纸板及棉布表面病毒核酸Ct值在前7 d内快速上升, 随后变化较小。塑料表面病毒核酸Ct值较其它四种材料变化较小。结论新冠病毒污染物体表面后, 第30 d仍可检出病毒核酸, 且不同性质的物体表面降解模式不同。在日常环境监测中, 应结合核酸检测和其他调查手段, 综合评估判...     

新型冠状病毒生物气溶胶传播研究进展

在全球新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019, COVID-19)持续肆虐的背景下, 具备病毒载量高、传染性强、潜伏期短特征的新冠变异株, 如Delta、Omicron变异株, 使室内密闭空间的生物气溶胶传播机制研究成为防控呼吸道传染病疫情的热点。本文从生物气溶胶特性、采集与检测技术发展现状、生物气溶胶传播典型案例三方面总结国内外研究进展。     

二代测序在新发突发病毒检测中的应用

当前新发突发病毒的传播对公共卫生已构成严重威胁, 并可能在全世界引发毁灭性疫情。因此, 加强对新发突发病毒病的检测和早期预警显得尤为重要。二代测序(next-generation sequencing, NGS)不仅能够精确地识别病原体, 还可与生物信息学结合, 在基于病原体基因组测序基础上, 对新发突发传染病进行监测, 进一步提升了临床诊断及微生物学认知水平。本文主要综述了应用二代测序检测新发突发病毒病的病原体, 并进一步研究其变异与进化特征、致病机制及传播规律, 并将二代测序应用于临床疑难传染病的诊断, 从而制定更有效的新发疫情防控策略。     

新型冠状病毒Omicron变异株突变位点研究进展

新型冠状病毒Omicron(B.1.1.529)株于2021年11月在南非首次被发现, 随后逐渐成为全球范围内主流毒株, 并于11月26日被世界卫生组织定义为第5种关切变异株(variants of concern, VOCs)。本文从新型冠状病毒基因组和蛋白质结构、核酸位点突变和氨基酸位点突变等方面总结了Omicron株的突变趋势, 从Omicron株与其他VOCs的序列比较、Omicron株各子代分支序列比较两方面阐述了Omicron株的突变位点特点, 并进一步从免疫逃逸、毒力和传播能力等方面阐述了Omicron株位点突变后的影响, 最后对小分子抗病毒药物、抗体和疫苗的研发方向进行综述, 以期对接下来的相关研究提供参考。     

病毒载量对SARS-CoV-2测序准确性的影响

目的评估病毒载量对严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)全基因组测序准确性的影响, 为新冠病毒基因监测提供技术支撑。方法提取3例新冠病毒阳性病例的核酸进行4个梯度稀释处理, 同时提取83例新冠病毒阳性病例的核酸进行验证, 通过测序深度、基因组覆盖率和测序深度均一性等指标对测序结果进行评价。结果病毒载量的改变不能影响原始测序数据的质量, 病毒载量对测序数据的准确性具有一定的影响:当Ct值≤32时, 病毒载量变化对测序深度和基因组覆盖率的影响并不显著, 能够达到全基因组测序目的;当Ct达到38时, 覆盖率急剧下降至50%以下, 无法测到病毒的基因组全长。结论通过评估病毒载量对SARS-CoV-2的测序准确性的影响, 我们建议选取Ct值≤32的样本, 产生的测序数据的全基因组覆盖率能够满足后续分析要求。     

骨质疏松症与新型冠状病毒感染的研究进展

新型冠状病毒感染(COVID-19)对神经、肺、肾、血管和心脏均会产生负面影响, 但对肌肉骨骼的作用仍缺乏关注。新近的研究表明COVID-19与骨质疏松症(OP)存在紧密关联。COVID-19本身及其治疗、患者自身因素等都与OP的发生有关, 同时骨密度(BMD)降低与COVID-19患者的临床病程及预后也密切相关。此外, 抗OP治疗与COVID-19之间的关系尚未得到深入研究。因此, 本文就COVID-19与OP的相互关系进行总结分析, 以期为COVID-19患者以及未来疫情下治疗OP、加强骨健康管理提供新思路和指导。     

四川省514例新型冠状病毒感染者血清抗体水平分析

目的了解人感染新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)后血清特异性抗体的变化规律。方法收集四川省514例新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)确诊病例及无症状感染者(包括既往感染康复者、正在住院的病例和新病例)不同时间的血清样本1 705份, 采用直接化学发光免疫分析法检测血清中的IgM和IgG抗体。采用SPSS26.0对IgM和IgG抗体检测数据进行统计学分析, 揭示IgM和IgG抗体的动态变化。结果研究共纳入确诊病例352人、无症状感染者162人。自确诊(或2019-nCoV核酸检测阳性)后8～149 d, 92.75%～100%的感染者血清中IgG抗体呈阳性;持续至360 d后, 仍有超过60%的感染者IgG抗体呈阳性, 随时间增加, IgG抗体的S/CO值有下降趋势。连续观察15例感染者在确诊(或2019-nCoV核酸检测阳性)后8～14 d, 血清中抗体阳性率达100%, 120 d后IgM抗体转为阴性, 随病程时间增加IgM抗体的S/CO值变化趋势明显。自确诊(或2019-nCoV核...     

一例基因变异导致Mowat-Wilson综合征患者的遗传学分析

目的 对1例特殊面容、精神运动发育迟缓、癫痫及胼胝体发育不全的患者进行全外显子组测序分析,探讨其可能的分子遗传学病因。方法 抽提先证者及其家系成员外周血基因组DNA。应用二代测序技术对全外显子组基因序列进行突变检测,并对先证者及其父母的变异位点行Sanger测序验证。结果 先证者ZEB2基因第8外显子检测到c.2824G>T (p.G942X)杂合变异,导致ZEB2基因第942位编码甘氨酸的密码子(GGA)突变为终止密码子(UGA),产生截短蛋白,影响蛋白质功能的正常发挥。患儿父母未检测到该变异。结论 ZEB2基因c.2824G>T (p.G942X)杂合变异可能是先证者的遗传学病因,Mowat-Wilson综合征在国内尚未见报道。