LINC01116在肝细胞癌中的表达及促癌效应的初步研究

目的研究长非编码RNA(long non-coding RNA, LncRNA)LINC01116在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)中的表达及其在HCC的发生和发展中的作用。方法首先采用生物信息学方法分析LINC01116在HCC中表达水平及其与临床病理因素的关系及其在HCC进展中的预后意义, 然后通过在肝癌细胞系(Huh-7)中转染LINC01116的siRNA进行干扰, 实时荧光定量PCR(real time quantitative PCR, RT-qPCR)检测干扰后LINC01116的表达情况, 细胞计数试剂盒-8(cell counting Kit-8, CCK-8)检测Huh-7细胞的增殖情况, 流式细胞术检测Huh-7细胞凋亡情况, Transwell检测对Huh-7细胞迁移能力的影响, 同时Western blot检测上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition, EMT)进程相关蛋白表达情况。结果 LINC01116在HCC组织和细胞系中过表达, 且与HCC患者预后不良相关。LINC0111...     

人腺病毒重组研究进展

人腺病毒(HAdV)是急性呼吸道感染、腹泻、急性眼角结膜炎等多种疾病的常见病原体。许多研究表明HAdV基因组易发生基因重组, 进而形成新的基因型别, 迄今已报道的104个型别中53～104型为重组形成的新基因型, 在全球范围内引起多次疫情, 对疾病的防控提出新挑战。目前对其重组研究较少, 亟需深入研究以揭示重组机制及临床意义。     

位于高扩增区域chr20q13.31的lncRNA NKILA在疾病中的研究进展

肿瘤细胞基因组发生的异常扩增通常与患者预后紧密联系, 扩增事件的发生常常伴随转录组RNA的表达水平改变, 长非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)作为转录组中占比较大的一类RNA, 其基因组扩增导致的lncRNA过表达已被证实可通过多种生物学过程促进肿瘤的恶性进展。一个定位于肿瘤中常见的扩增区域chr20q13.31的lncRNA, 核转录因子κB(nuclear factor-kappa B, NF-κB)互作的长非编码RNA(NF-κB interacting lncRNA, NKILA)在不同疾病中发挥不同作用, 既能作为保护因子也能促进疾病恶化。本文着重阐述了位于常见高扩增区域的lncRNA NKILA在疾病中的研究进展。     

一例基因变异所致精神发育迟滞5型

目的对1例表现为精神发育迟滞、智力低下、语言发育迟缓、癫痫的患儿进行临床表型和遗传学分析。方法对患儿进行外周血常规染色体G显带核型分析。提取患儿及其父母全基因组DNA,应用高通量测序技术对患儿进行测序分析,并对疑似致病变异进行患儿及其父母的Sanger测序验证及生物信息学分析。结果常规染色体G显带核型分析结果患儿核型为46,XX,高通量基因测序结果显示患儿SYNGAP1基因存在c.1861C>T(p.R621X)杂合变异,该变异为无义变异,导致SYNGAP1蛋白翻译提前终止。经Sanger测序验证,患儿父母均未携带此杂合变异。结论 SYNGAP1基因c.1861C>T(p.R621X)变异可能是患儿的遗传学病因,基因检测结果为明确诊断及遗传咨询提供了依据。     

一例Nicolaides-Baraitser综合征的临床与遗传学分析

目的 探讨1例表现为癫痫、语言发育迟缓、智力发育轻度迟缓的女性患儿的遗传学病因。方法 采集患儿及其父母的外周血样并提取基因组DNA,应用高通量测序技术对患儿进行检测,对疑似致病变异进行Sanger测序验证及生物信息学分析。结果 测序结果显示患儿SMARCA2基因存在c.3592G>A(p.V1198M)杂合变异,生物信息学分析预测其为致病性;在患儿父母的外周血DNA中未发现相同的变异。结论 该患儿被确诊为SMARCA2基因杂合变异所致的Nicolaides-Baraitser综合征。     

病毒载量对SARS-CoV-2测序准确性的影响

目的评估病毒载量对严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)全基因组测序准确性的影响, 为新冠病毒基因监测提供技术支撑。方法提取3例新冠病毒阳性病例的核酸进行4个梯度稀释处理, 同时提取83例新冠病毒阳性病例的核酸进行验证, 通过测序深度、基因组覆盖率和测序深度均一性等指标对测序结果进行评价。结果病毒载量的改变不能影响原始测序数据的质量, 病毒载量对测序数据的准确性具有一定的影响:当Ct值≤32时, 病毒载量变化对测序深度和基因组覆盖率的影响并不显著, 能够达到全基因组测序目的;当Ct达到38时, 覆盖率急剧下降至50%以下, 无法测到病毒的基因组全长。结论通过评估病毒载量对SARS-CoV-2的测序准确性的影响, 我们建议选取Ct值≤32的样本, 产生的测序数据的全基因组覆盖率能够满足后续分析要求。     

RNA m6A甲基化调控免疫细胞的研究进展

表观遗传通过调控免疫细胞功能, 参与肿瘤、感染及炎症等疾病的发生发展。N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine, m6A)是表观遗传中最常见的RNA甲基化修饰。m6A由三种甲基修饰蛋白参与, 通过共同调控靶分子RNA转录、剪接、降解、翻译和稳定等发挥重要生物学功能。异常m6A修饰与炎症、癌症和自身免疫性疾病等相关。文章主要综述m6A修饰在免疫细胞中的调控作用、分子机制以及与免疫治疗的关系。     

ADCK4相关肾小球病临床特点及遗传学分析

目的总结分析4例含aarF域激酶4(aarF domain containing kinase 4, ADCK4)相关肾小球病患儿的临床特征、基因突变特点, 以提高对该疾病的认识。方法回顾性分析2018年10月至2022年2月西安市儿童医院确诊的4例ADCK4相关肾小球病患儿临床资料, 基因检查采用全外显子组高通量测序, 用Sanger法对有意义的致病位点进行验证。结果 4例患儿男性1例, 女性3例, 起病年龄7岁2月～ 16岁, 2例以激素耐药型肾病综合征起病, 1例为单纯性蛋白尿, 1例为终末期肾病, 病例1泌尿系B超提示肾髓质钙化, 其余患儿均无其他系统损害。病例2肾活检提示局灶节段性肾小球硬化症。4例患儿基因检测中, 病例1为c.737G>A纯合突变, 病例2为c.737G>A, c.649G>A复合杂合突变, 病例3及4均为c.737G>A, c.532C>T复合杂合突变。4例患儿均给予大剂量辅酶Q10治疗, 1例就诊时已终末期肾病, 两例患儿虽给予大剂量辅酶Q10治疗, 分别于治疗16个月及8个月后进展至终末期肾病, 1例患儿对他克莫司部分有效...     

人腺病毒流行病学研究进展

截至2022年3月, 人腺病毒(human adenoviruse, HAdV)已明确了111种型别, 分属7个亚属(A-G)。HAdV感染后可诱发多种疾病, 目前在全球范围内流行, 在人员密集或封闭区域易暴发, 其暴发的季节性也随气候、时间及地区等而变化, 缺乏明显的规律。近年来一些新的重组HAdV相继报道, 组织嗜性改变, 形成高致病力、高传染性的新型毒株, 且易与其他呼吸道病毒共感染, 这给疾病监测和防控带来极大的挑战。本文就HAdV的流行学特征研究进行综述, 为疾病预防控制和疫苗研制提供参考。     

微小RNA的差异表达与胚胎质量的相关性

目的探讨微小RNA(micro RNA, miRNA)差异表达与胚胎质量的相关性, 为胚胎的植入前选择提供新的依据。方法用TaqMan微小RNA阵列(MicroRNA Array)对8个囊胚样本进行miRNA表达谱检测, 筛选稳定高表达且有价值的miRNA。扩大样本量后选择囊胚, 针对筛选的miRNA进行逆转录PCR检测, 同时采用二代测序平台检测胚胎的染色体异常, 对结果进行分析比较。结果 MicroRNA Array检测发现mir-720、mir-372、mir-886-3p和mir-512-3p表达量较高, 而mir-145表达量较低, 推测与早期胚胎发育相关。选择56个废弃囊胚, 对上述5种miRNA进行检测, 结果显示mir-145和mir-886-3p在染色体正常组中显著低表达。mir-145以相对表达量9作为阈值, mir-886-3p以相对表达量3作为阈值, 其以上均未见胚胎染色体检测为正常者。结论特定的miRNA表达差异与胚胎染色体异常存在相关性, 有可能作为一种新的胚胎选择的生物标记。     

一例Donohue综合征新生儿的基因变异分析

目的 从分子水平明确1例疑似为Donohue综合征的新生儿的诊断。方法 对患儿进行全外显子组测序(whole exome sequencing,WES),之后用Sanger测序和实时定量PCR对候选变异进行验证。结果 WES检出患儿携带INSR基因的两处杂合变异,即c.3258＋4(IVS17)A>G和第2外显子缺失,其中前者为新发现的变异。家系分析显示上述变异分别遗传自患儿的母亲和父亲,并经Sanger测序和实时定量PCR证实。结论 INSR基因c.3258＋4(IVS17)A>G和第2外显子杂合缺失所构成的复合杂合变异可能是导致患儿发病的原因。     

中国大陆地区405例眼皮肤白化病家系的致病基因变异谱研究

目的研究中国大陆地区眼皮肤白化病群体的临床遗传学特点。方法收集因眼皮肤白化病症状就诊的家系共405例,应用目标区域捕获高通量测序技术(基因包包括TYR、OCA2、TYRP1、SLC45A2基因)进行眼皮肤白化病基因变异分析并经Sanger测序验证,通过多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification, MLPA)进行小片段缺失或重复分析,总结各亚型变异的规律。结果基因变异总体检出率为79.9%(647/810),变异种类包括错义变异(57.3%,371/647)、移码变异(22.9%,148/647)、无义变异(13.9%,90/647)、剪接区变异(5.6%,36/647)、小片段缺失(0.3%,2/647)。应用本检测方法共检出45个新变异。405例白化病家系中,306例患者携带双等位基因变异(75.6%,306/405),35例患者携带单等位基因变异(8.6%,35/405),64例患者未检出变异(15.8%,64/405)。306例双等位基因变异眼皮肤白化病患者中OCA1为228例(74.5%,228/306...     

长新冠研究进展

长新冠是COVID-19急性感染期后产生的多系统性疾病, 现已报道的长新冠相关症状有200多种, 累及机体的多个器官, 约有10%以上的长新冠患者产生长新冠症状。随着研究的深入, 有关长新冠的病理变化、风险因素以及疾病特征的研究证据越来越多。虽然这些发现对理解长新冠至关重要, 但目前仍有许多问题尚未解决。本文从长新冠的症状、患病率、发病机制、诊断标准、风险因素以及新发疾病等方面对相关研究进行综述, 以期为读者提供长新冠相关研究的参考信息。     

人腺病毒感染动物模型的研究与应用

人腺病毒(human adenovirus, HAdV)属无包膜双链DNA病毒, 分为A～G7个亚属。HAdV在免疫力低下的患者中可引起多器官感染, 严重的可危及生命, 未经治疗的严重HAdV肺炎或播散性疾病的死亡率可超过50%。目前, 腺病毒致病机制及药物疫苗研究进展较为缓慢, 主要原因之一是缺乏可支持腺病毒感染和复制的动物模型。本文简要介绍了HAdV的基本特征, 并详细总结了现有HAdV感染动物模型的研究进展与应用, 以期为HAdV感染动物模型的建立提供参考。     

ASPA基因变异所致Canavan病1例患儿的临床及遗传学分析

目的对1例Canavan病(CD)患儿进行临床表型及遗传学分析。方法选取1例因"发现竖头不稳2个月, 四肢肌张力高1周"于2021年4月9日就诊于山东大学附属儿童医院的患儿进行高通量全外显子组测序检测, 并对候选变异进行Sanger测序家系验证。结果测序结果显示患儿ASPA基因存在父源c.556₅59dupGTTC(p.L187Rfs*5)和母源c.919delA(p.S307Vfs*24)复合杂合变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异相关指南, 二者均被评级为致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PM3)。结论 ASPA基因c.556₅59dupGTTC(p.L187Rfs*5)和c.919delA(p.S307Vfs*24)复合杂合变异可能是该CD患儿的致病原因。     

高通量测序技术在珠海地区产前地贫筛查中的应用

目的对比传统方法评估高通量测序技术在珠海地区产前地贫筛查中的性能暨价值。方法随机选择1463例珠海籍孕妇作为研究对象, 抽取外周血样, 分别进行高通量测序和传统三步法地贫基因检测, 对差异样本进行QF-PCR或Sanger验证。比较分析两种方法的检出及漏诊情况。结果在1463例孕妇中, 传统法检出地贫318例(21.74%), 包括α地贫210例(14.35%), β地贫97例(6.63%), α复合β地贫11例(0.75%)。高通量测序法检出地贫379例(25.91%), 包括α地贫260例(17.77%), β地贫107例(7.31%), α复合β地贫12例(0.82%)。传统法漏诊地贫61例, 漏诊率为16.09%(61/379), 包括50例α地贫, 10例β地贫, 1例α复合β地贫。高通量测序法暂未发现漏诊, 并额外检出10种罕见的地贫基因型。结论高通量测序能够提高地贫的检出率、降低漏诊率, 在珠海地区产前地贫筛查中具有较高的应用价值, 能更有效地预防重型地贫儿的出生。     

七个鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺陷症家系基因变异分析及产前诊断

目的 对7个鸟氨酸氨甲酰基转移酶缺陷症(ornithine transcarbamylase deficiency,OTCD)家系进行OTC基因变异检测,明确其致病原因并为家系的遗传咨询和产前诊断提供依据。方法 应用靶向高通量测序(next-generation sequencing,NGS)技术对7例经串联质谱筛查或临床诊断可疑OTCD的患儿或其母亲进行遗传代谢病相关基因panel检测,发现可疑致病变异位点后,应用PCR扩增和Sanger测序进行变异验证分析。在患儿母亲再次妊娠时抽取绒毛或羊水细胞进行相应基因变异检测,用于产前诊断。结果 7个家系中共检测到7种OTC基因变异,分别为c.583G>A(p.Gly195Arg)、c.626C>T(p.Ala209Val)、c.674C>T(p.Pro225Leu)、c.482A>G(p.Asn161Ser)、IVS1-2A>G、c.116G>T(p.Gly39Val)、c.898delT(p.300Phefs*22),其中IVS1-2A>G、c.116G>T(p.Gly39Val)和c.89...     

非人疱疹病毒8相关的原发性渗出性淋巴瘤1例

原发性渗出性淋巴瘤(primary effusion lymphoma, PEL)是一种罕见的发生于体腔的非霍奇金大B细胞淋巴瘤, 通常无淋巴结肿大, 也无肿块形成, 与人疱疹病毒8(HHV8)和人免疫缺陷病毒(HIV)感染密切相关。近来, 关于非HHV8感染相关的PEL的报道相继出现, 被命名为非HHV8相关的PEL样淋巴瘤(PEL-like lymphoma, PEL-LL), 迄今报道累计百余例。本文报道1例非HHV8相关的PEL-LL, 总结其临床表现、病理学特征, 探讨其临床病理特点、诊断、鉴别诊断及治疗预后。     

开展遗传病筛查的卫生经济学考量——以唐氏综合征为例

高通量测序技术的不断发展以及测序成本的不断下降, 使开展大规模的遗传病筛查成为可能。遗传病是出生缺陷的主要组成部分, 开展对遗传病的筛查有望显著降低出生缺陷率, 减轻遗传病对家庭和社会所造成的负担。本文以唐氏综合征为例, 通过对相关的筛查项目的成本效益比等进行分析, 对规划和开展遗传病筛查所需考虑和测算的社会经济学指标进行了探讨和总结。     

人乳头瘤病毒检测方法最新进展

人乳头瘤病毒(human papillomavirus, HPV)是最常见的性传播病毒, 尤其是高危型HPV可感染黏膜上皮细胞造成细胞恶性转化, 导致的恶性肿瘤包括宫颈癌、头颈癌、肛门癌、阴茎癌、外阴癌和阴道癌等, 其中宫颈癌负担最重。高危型HPV持续感染被认为是其发病的必要病因。因此, 如何通过HPV检测识别早期感染并确定HPV感染状态, 这对于宫颈癌的预防具有重要意义。此外, HPV检测还可用于疫苗效力评估、细胞学异常妇女分流、预测治疗后的疗效和鉴别HPV相关恶性肿瘤等。迄今为止对现有HPV检测方法进行总结的研究不足, 本文旨在全面概述目前已有的HPV检测方法, 包括其原理、应用环境和临床价值, 为HPV检测的临床实践提供参考, 最终实现降低HPV相关疾病发病率和死亡率的目的。