嘉兴市男男同性传播HIV-1感染人群分子流行特征分析

目的了解嘉兴市男男同性传播人群(men who have sex with men, MSM)HIV-1型感染的分子流行特征, 为防控提供方法和思路。方法回顾分析2020—2022年所有新报告MSM人群未经抗病毒治疗的病例血样, 扩增HIV-1pol基因, 测序后使用MEGA v6.0软件分析核酸序列, 构建系统进化树判断亚型, 使用校正群体耐药分析程序(CPR)分析耐药突变, 计算基因序列间遗传距离, 使用Cytoscape v3.6.0软件绘制分子传播网络。结果共发现9种基因亚型, 以CRF07_BC(43.3%)、CRF01_AE(36.9%)为主, 未与参考亚型聚类的重组型病例占比5.0%。共检出耐药突变病例21例(7.0%), CRF07_BC和CRF01_AE亚型的耐药突变比率分别为8.2%和7.8%。蛋白酶抑制剂、核苷类逆转录酶抑制剂和非核苷类逆转录酶抑制剂的耐药突变检出率分别为1.7%、0.7%和4.7%。最适分子网络的基因距离为0.018, 入网率43.3%, 共形成38个分子簇(簇内2～...     

山西省太原市MSM人群HIV-1毒株传播与耐药特征研究

目的了解山西省太原市男男同性性行为(man who sex with man, MSM)人群新报告I型艾滋病病毒(human immunodeficiency virus-1, HIV-1)感染者毒株传播与耐药特征。方法对山西省太原市2016—2021年MSM人群中部分新报告HIV-1感染者进行调查和采样, 提取病毒RNA并扩增获得pol区序列, 对序列进行亚型判定、耐药位点和分子网络分析, 通过SAS 9.4对数据进行分析。结果共获得505条序列, 发现流行的主要亚型为CRF01_AE(44.0%, 222/505)和CRF07_BC(37.6%, 190/505);2019—2021年较2016—2017年CRF01_AE亚型占比下降13.9%(P=0.007)。该人群的治疗前耐药率为4.6%(23/505), 针对非核苷类反转录酶抑制剂和核苷类反转录酶抑制剂的耐药位点, 2019—2021年种类有所增加。在1.5%基因距离下构建分子网络, 入网率为45.9%(232/505), 发现一个含耐药位点G190A的传播簇。lo...     

重庆市渝北区新报告HIV-1基因型及分子传播网络特征分析

目的分析重庆市渝北区新报告病例的Ⅰ型人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus type 1, HIV-1)基因型及分子传播网络特征, 为该地区有效干预HIV传播提供科学参考依据。方法采用横断面调查的方法, 选取2020—2021年新报告的HIV/AIDS作为研究对象, 收集流行病学信息, 并采集血液样本用于基因分析, 通过计算pol区基因距离构建分子网络。使用χ2检验比较计数资料的组间差异。结果获得370条pol区基因序列, 共检测出8种HIV-1基因型, CRF07_BC是最主要的传播亚型, 占61.6%(228/370), 其次为CRF08_BC和CRF01_AE, 各占14.1%(52/370), 其他基因型包括CRF85_BC、CRF55₀1B、C亚型、B亚型和独特重组型。共有183条序列进入网络, 入网率为49.5%, 形成42个簇, 簇内的节点数介于2～19个之间。入网者中首次CD4+ T淋巴细胞计数<200个/μL和基因型为CRF0...     

杭州市2020—2022年新报告HIV/AIDS人群病毒基因亚型及治疗前耐药分析

目的了解杭州市新报告HIV感染者/艾滋病患者(HIV/AIDS)抗逆转录病毒治疗(ART)前HIV-1亚型流行特征及耐药情况。方法收集杭州市2020—2022年新确证且未经抗病毒治疗的HIV/AIDS病例血样, 扩增HIV-1pol区基因并测序。使用MEGA7.0软件构建系统进化树判断亚型, 提交序列至斯坦福大学耐药数据库, 确定耐药突变位点及毒株对药物的敏感性。结果获得2 700条pol基因序列, 发现12种HIV-1亚型, 以CRF07_BC (46.8%, 1 263/2 700)和CRF01_AE (34.6%, 933/2 700)为主。ART前HIV-1耐药率8.1%(220/2 700), 其中, 蛋白酶抑制剂(PIs)、核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)和非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)耐药率分别为2.8%(75/2 700)、1.3%(36/2 700)和4.4%(119/2 700)。220例耐药病例中, PIs耐药突变位点为Q58E(21.4%, 47/220), NRTIs耐药突变位点为M184V/I(5.9%, 1...     

2015—2019年南京市HIV-1 CRF07BC毒株流行特征及分子进化分析

目的了解2015—2019年南京市HIV-1 CRF07_BC的流行史、进化模式和传播特征, 为精准防控该毒株的传播提供科学依据。方法对南京市319例HIV-1 CRF07_BC患者的pol区基因序列扩增测序并构建最大似然树。使用MCMC(Markov Chain Monte Carlo)算法生成MCC树(Maximum Clade Credibility tree), 使用BSP(Bayesian Skyline Plot)法重塑有效人口规模数变化趋势。采用成对基因距离法构建分子网络探究其传播特征。结果 319名HIV-1 CRF07_BC感染者中, 95.0%为男性, 多性伴(2个及以上)比例达82.8%, 仅4.4%病例自报一直使用安全套, 男男同性性行为(MSM)为最主要的感染途径(77.4%)。进化树结果显示, HIV-1 CRF07_BC呈现两大流行簇:Cluster1和Cluster2, Cluster1以MSM感染病例为主, Cluster2以异性性行为感染病例为主。Cluster1和Clu...     

云南省HIV-1 CRF01AE毒株分子网络分析

目的了解云南省HIV-1 CRF01_AE毒株的分子网络特征及相关影响因素。方法收集2018—2021年云南省耐药监测数据库中HIV/AIDS患者的人口学资料, 采集患者血浆, 逆转录聚合酶链反应扩增HIV-1pol基因蛋白酶和逆转录酶区并进行序列测定, 选择最适基因距离, 基于基因型为CRF01_AE的序列构建分子网络。结果通过序列测定共获得967余CRF01_AE亚型毒株序列, 在1.75%最适基因距离阈值下, 共有320条序列进入网络, 入网率为33.1%, 共鉴别出84个簇。在地区分布网络中形成1个多地区连接的簇, 1个以昭通为主的簇, 1个以红河为主的簇以及5个以文山为主的簇。网络中75.8%异性传播的男性与其他异性传播的男性连接, 其次与异性传播的女性连接(54.1%)。66.7%的男男同性性行为人群(MSM)之间存在潜在传播关联。入网影响因素分析结果显示, 与昆明市比较, 楚雄州、大理州、德宏州、红河州、临沧市、普洱市、文山州、玉溪市以及昭通市的HIV/AIDS患者更容易进入网络。年龄≥50岁人群较<25岁...     

3例急性期HIV-1感染病例实验室检测及病毒亚型分析

目的对艾滋病筛查有反应而确证试验阴性或不确定病例进行随访和HIV-1核酸检测, 分析感染毒株基因亚型。方法对3个艾滋病筛查有反应且免疫印迹试验(western blot, WB)阴性或不确定病例进行HIV-1核酸检测和随访。采用一步法RT-PCR扩增HIV-1pol基因片段, 构建系统进化树分析其基因亚型。结果 3个HIV抗体筛查有反应病例, 经WB检测病例1和3出现p24条、病例2未检测到特异条带。pol基因片段系统进化分析显示病例1和3均感染CRF07_BC毒株, 病例2感染CRF01_AE毒株(第5簇)。对病例1和3进行2周后随访检测, WB条带有进展, HIV-1病毒载量分别为476 385 cp/mL和103 462 cp/mL, CD4+T淋巴细胞计数分别为220个/μl和550个/μl。结论急性期HIV-1感染表现为筛查有反应而WB阴性或不确定, HIV-1核酸检测有助于提高急性期感染的发现和诊断能力。     

HIV-1 CRF08BC亚型感染者治疗前耐药和多态性位点分析

目的了解我国HIV-1 CRF08_BC感染者治疗前耐药情况与基因多态性特征。方法采用横断面调查方法, 收集2018年全国治疗前耐药调查中的HIV感染者血浆样本, 提取RNA, 扩增蛋白酶和逆转录酶(PR/RT)区基因片段并测序, 利用HIVdb软件进行耐药判定, 使用χ2检验分析治疗前耐药与非耐药感染者氨基酸位点突变的差异, 利用CorMut R包分析耐药位点与多态性位点间突变共变异情况, 运用HIV-TRACE软件构建分子传播网络。结果共获得来自25个省市的465个CRF08_BC感染者的HIV序列, 总耐药率为17.8%(83/465), 非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)、核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)、蛋白酶类抑制剂(PIs)耐药率分别为16.6%(77/465)、1.1%(5/465)、0.9%(4/465), 其中利匹韦林(RPV)的耐药率最高(15.7%, 73/465)。位点E138A耐药突变的频率最高(11.6%, 54/465), 有6个多态性位点(S162C、K102Q、T200A、V179E、I202V、T200...     

中国三省份未治疗HIV-1感染者临床毒株分离及其独特重组型的特征

目的分析未治疗的经性传播和注射吸毒感染HIV-1患者的病毒分离特征和独特重组型特征, 为了解不同传播途径感染HIV-1的病毒生物学特性和精准防控提供依据。方法根据不同的HIV-1传播风险, 筛选北京、广西、四川3个省市新诊断未治疗的HIV-1患者, 静脉采血检测病毒载量、CD4+ T细胞计数, 以及分离外周血淋巴细胞进行病毒分离, 从病毒培养上清中提取RNA扩增全长序列, 对序列进行分析。结果 65名HIV-1感染者中, 经男男性行为、异性性行为和注射吸毒感染分别为32(49.2%)、20(30.8%)和13(20.0%)例;亚型主要包括:26例(40.0%)CRF07_BC、23例(35.4%)CRF01_AE、9例(13.8%)独特重组型。共分离到46株HIV-1临床毒株, HIV-1分离阳性率与CD4+T细胞显著负相关(χ2=4.22, P=0.04), 而与病毒载量正相关(χ2=22.4, P<0.001);HIV-1的P24抗原含量多因素广义估计方程模型分析呈现类似结果。此外, 广义估计方程模型显示P24抗原含量与培养时间正相关(...     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.