嘉兴市男男同性传播HIV-1感染人群分子流行特征分析

目的了解嘉兴市男男同性传播人群(men who have sex with men, MSM)HIV-1型感染的分子流行特征, 为防控提供方法和思路。方法回顾分析2020—2022年所有新报告MSM人群未经抗病毒治疗的病例血样, 扩增HIV-1pol基因, 测序后使用MEGA v6.0软件分析核酸序列, 构建系统进化树判断亚型, 使用校正群体耐药分析程序(CPR)分析耐药突变, 计算基因序列间遗传距离, 使用Cytoscape v3.6.0软件绘制分子传播网络。结果共发现9种基因亚型, 以CRF07_BC(43.3%)、CRF01_AE(36.9%)为主, 未与参考亚型聚类的重组型病例占比5.0%。共检出耐药突变病例21例(7.0%), CRF07_BC和CRF01_AE亚型的耐药突变比率分别为8.2%和7.8%。蛋白酶抑制剂、核苷类逆转录酶抑制剂和非核苷类逆转录酶抑制剂的耐药突变检出率分别为1.7%、0.7%和4.7%。最适分子网络的基因距离为0.018, 入网率43.3%, 共形成38个分子簇(簇内2～...     

杭州市2020—2022年新报告HIV/AIDS人群病毒基因亚型及治疗前耐药分析

目的了解杭州市新报告HIV感染者/艾滋病患者(HIV/AIDS)抗逆转录病毒治疗(ART)前HIV-1亚型流行特征及耐药情况。方法收集杭州市2020—2022年新确证且未经抗病毒治疗的HIV/AIDS病例血样, 扩增HIV-1pol区基因并测序。使用MEGA7.0软件构建系统进化树判断亚型, 提交序列至斯坦福大学耐药数据库, 确定耐药突变位点及毒株对药物的敏感性。结果获得2 700条pol基因序列, 发现12种HIV-1亚型, 以CRF07_BC (46.8%, 1 263/2 700)和CRF01_AE (34.6%, 933/2 700)为主。ART前HIV-1耐药率8.1%(220/2 700), 其中, 蛋白酶抑制剂(PIs)、核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)和非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)耐药率分别为2.8%(75/2 700)、1.3%(36/2 700)和4.4%(119/2 700)。220例耐药病例中, PIs耐药突变位点为Q58E(21.4%, 47/220), NRTIs耐药突变位点为M184V/I(5.9%, 1...     

云南省HIV-1 CRF01AE毒株分子网络分析

目的了解云南省HIV-1 CRF01_AE毒株的分子网络特征及相关影响因素。方法收集2018—2021年云南省耐药监测数据库中HIV/AIDS患者的人口学资料, 采集患者血浆, 逆转录聚合酶链反应扩增HIV-1pol基因蛋白酶和逆转录酶区并进行序列测定, 选择最适基因距离, 基于基因型为CRF01_AE的序列构建分子网络。结果通过序列测定共获得967余CRF01_AE亚型毒株序列, 在1.75%最适基因距离阈值下, 共有320条序列进入网络, 入网率为33.1%, 共鉴别出84个簇。在地区分布网络中形成1个多地区连接的簇, 1个以昭通为主的簇, 1个以红河为主的簇以及5个以文山为主的簇。网络中75.8%异性传播的男性与其他异性传播的男性连接, 其次与异性传播的女性连接(54.1%)。66.7%的男男同性性行为人群(MSM)之间存在潜在传播关联。入网影响因素分析结果显示, 与昆明市比较, 楚雄州、大理州、德宏州、红河州、临沧市、普洱市、文山州、玉溪市以及昭通市的HIV/AIDS患者更容易进入网络。年龄≥50岁人群较<25岁...     

合肥市新报告HIV-1感染者传播性耐药特征及分子传播网络研究

目的研究安徽省合肥市2020年新报告HIV-1感染者的传播性耐药(transmitted drug resistance, TDR)及分子传播网络情况。方法收集合肥市2020年1—12月新报告HIV-1感染者, 扩增pol基因区(2 253～3 314 nt), 判定基因型耐药情况, 构建分子传播网络并分析进入网络病例的相关特征。结果成功扩增pol基因区序列376条, 主要的毒株为CRF07_BC(157, 41.8%)和CRF01_AE(136, 36.2%)。新报告感染者TDR为2.7%(10/376), 10例携带监测性耐药突变(surveillance drug resistance mutation, SDRM), 并且毒株CRF55₀1B所占比例较大(4/10)。分别以0.5%作为基因距离阈值构建了分子传播网络, CRF01_AE的大型网络以已婚中年男男性行为者(men who have sex with men, MSM)为主, 而CRF07_BC则以教育水平较高的未婚M...     

重庆市渝北区新报告HIV-1基因型及分子传播网络特征分析

目的分析重庆市渝北区新报告病例的Ⅰ型人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus type 1, HIV-1)基因型及分子传播网络特征, 为该地区有效干预HIV传播提供科学参考依据。方法采用横断面调查的方法, 选取2020—2021年新报告的HIV/AIDS作为研究对象, 收集流行病学信息, 并采集血液样本用于基因分析, 通过计算pol区基因距离构建分子网络。使用χ2检验比较计数资料的组间差异。结果获得370条pol区基因序列, 共检测出8种HIV-1基因型, CRF07_BC是最主要的传播亚型, 占61.6%(228/370), 其次为CRF08_BC和CRF01_AE, 各占14.1%(52/370), 其他基因型包括CRF85_BC、CRF55₀1B、C亚型、B亚型和独特重组型。共有183条序列进入网络, 入网率为49.5%, 形成42个簇, 簇内的节点数介于2～19个之间。入网者中首次CD4+ T淋巴细胞计数<200个/μL和基因型为CRF0...     

HIV-1 CRF01AE毒株整合酶抑制剂主要耐药突变的表型耐药性研究

目的分析整合酶(IN)区主要耐药突变对HIV-1 CRF01_AE毒株耐药的影响, 并比较与B亚型毒株的差异。方法根据美国斯坦福大学HIV耐药数据库选择7个IN区突变或联合突变(T66K、F121Y、Q148K、N155H、G118R、R263K、Q148K/N155H), 通过无缝克隆同源重组及点突变的方法引入到HIV-1 B亚型感染性克隆pNL4-3和CRF01_AE感染性克隆pGX002的IN区, 转染293T细胞包装病毒, 在MT2细胞上扩大培养并测定感染性滴度。检测4种整合酶链转移抑制剂(INSTIs), 拉替拉韦(RAL)、埃替拉韦(EVG)、多替拉韦(DTG)、比昔格韦(BIC)对14株突变病毒的半抑制浓度(IC50)及其与野生型病毒相比提高的倍数。结果成功构建携带7个IN区突变或联合突变的B亚型和CRF01_AE质粒, 包装获得14株重组病毒, 感染性滴度为104～106半数组织细胞感染剂量(TCID50)/ml, 在MT2细胞高效复制, 上清液中HIV-1 P24抗原浓度可达830～2 700 ng/ml。5...     

我国男男性行为人群HIV-1新发感染者亚型及原发耐药分析

目的为了掌握全国男男性行为人群（MSM人群）HIV原发耐药状况,本研究在BED—EIA新发感染筛查阳性者中开展了亚型及耐药性检测。方法采用同伴推动抽样（简称RDS）或分类滚雪球抽样方法在13个省份男男性行为人群中开展抽样调查,确证阳性者进行BED—EIA检测。通过PCR反应和基因测序对214个新发感染样本进行HIV—1亚型及原发耐药分析。结果扩增成功104个样本,CRF01-AE、CRF07-BC和B’亚型分别占62．5％、28．8％和8．7％;耐药突变发生率20．2％,潜在耐药13个、低度耐药6个,中度耐药4个、高度耐药2个;逆转录酶区耐药突变发生率较高;蛋白酶抑制剂、核苷类反转录酶抑制剂、非核苷类反转录酶抑制剂相关耐药突变发生率分别为7．69％、6．73％及10．6％;耐药发生率14．4％。结论我国MSMHIV新发感染人群中原发耐药问题不容忽视,有必要对MSM人群开展治疗前耐药检测;另外,还需加大感染者管理、加强干预力度,以应对我国MSM人群未来可能的艾滋病治疗原发耐药的严峻考验。     

中国三省份未治疗HIV-1感染者临床毒株分离及其独特重组型的特征

目的分析未治疗的经性传播和注射吸毒感染HIV-1患者的病毒分离特征和独特重组型特征, 为了解不同传播途径感染HIV-1的病毒生物学特性和精准防控提供依据。方法根据不同的HIV-1传播风险, 筛选北京、广西、四川3个省市新诊断未治疗的HIV-1患者, 静脉采血检测病毒载量、CD4+ T细胞计数, 以及分离外周血淋巴细胞进行病毒分离, 从病毒培养上清中提取RNA扩增全长序列, 对序列进行分析。结果 65名HIV-1感染者中, 经男男性行为、异性性行为和注射吸毒感染分别为32(49.2%)、20(30.8%)和13(20.0%)例;亚型主要包括:26例(40.0%)CRF07_BC、23例(35.4%)CRF01_AE、9例(13.8%)独特重组型。共分离到46株HIV-1临床毒株, HIV-1分离阳性率与CD4+T细胞显著负相关(χ2=4.22, P=0.04), 而与病毒载量正相关(χ2=22.4, P<0.001);HIV-1的P24抗原含量多因素广义估计方程模型分析呈现类似结果。此外, 广义估计方程模型显示P24抗原含量与培养时间正相关(...     

3例急性期HIV-1感染病例实验室检测及病毒亚型分析

目的对艾滋病筛查有反应而确证试验阴性或不确定病例进行随访和HIV-1核酸检测, 分析感染毒株基因亚型。方法对3个艾滋病筛查有反应且免疫印迹试验(western blot, WB)阴性或不确定病例进行HIV-1核酸检测和随访。采用一步法RT-PCR扩增HIV-1pol基因片段, 构建系统进化树分析其基因亚型。结果 3个HIV抗体筛查有反应病例, 经WB检测病例1和3出现p24条、病例2未检测到特异条带。pol基因片段系统进化分析显示病例1和3均感染CRF07_BC毒株, 病例2感染CRF01_AE毒株(第5簇)。对病例1和3进行2周后随访检测, WB条带有进展, HIV-1病毒载量分别为476 385 cp/mL和103 462 cp/mL, CD4+T淋巴细胞计数分别为220个/μl和550个/μl。结论急性期HIV-1感染表现为筛查有反应而WB阴性或不确定, HIV-1核酸检测有助于提高急性期感染的发现和诊断能力。     

HIV-1 CRF08BC亚型感染者治疗前耐药和多态性位点分析

目的了解我国HIV-1 CRF08_BC感染者治疗前耐药情况与基因多态性特征。方法采用横断面调查方法, 收集2018年全国治疗前耐药调查中的HIV感染者血浆样本, 提取RNA, 扩增蛋白酶和逆转录酶(PR/RT)区基因片段并测序, 利用HIVdb软件进行耐药判定, 使用χ2检验分析治疗前耐药与非耐药感染者氨基酸位点突变的差异, 利用CorMut R包分析耐药位点与多态性位点间突变共变异情况, 运用HIV-TRACE软件构建分子传播网络。结果共获得来自25个省市的465个CRF08_BC感染者的HIV序列, 总耐药率为17.8%(83/465), 非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)、核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)、蛋白酶类抑制剂(PIs)耐药率分别为16.6%(77/465)、1.1%(5/465)、0.9%(4/465), 其中利匹韦林(RPV)的耐药率最高(15.7%, 73/465)。位点E138A耐药突变的频率最高(11.6%, 54/465), 有6个多态性位点(S162C、K102Q、T200A、V179E、I202V、T200...     

我国HIV-1 CRF55_01B感染者抗病毒治疗前耐药分析

目的:了解我国HIV-1 CRF55_01B感染者抗病毒治疗前对蛋白酶类抑制剂(PI)、核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)、非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)、整合酶抑制剂(INSTIs)的耐药程度以及耐药株的传播关系。方法:对2018年全国抗病毒治疗前HIV耐药监测中CRF55_01B重组亚型感染者的血浆样本提取...     

河北省HIV-1流行株基因序列测定及亚型分析

目的 了解河北省HIV-1流行株的亚型分布和流行趋势.方法 从感染者的血浆样品中提取病毒RNA,逆转录后采用套式PCR扩增HIV-1 gag和env基因的部分片段,对PCR产物直接进行核苷酸序列测定,所获序列与各亚型国际参考株序列比对,确定基因型并进行系统进化树分析.结果 对154份HIV-1感染者的样品进行扩增,得到了148份样品的HIV-1基因片段.发现6种HIV-1亚型和重组型,以及2例未定型.其中B'亚型61例(41.2%)、CRF01_AE 59例(39.9%)、CRF07_BC 16例(10.8%)、CRF08_BC 6例(4.1%)、C亚和B01亚型各2例(1.4%).在河北省首次发现了B01亚型.结论 2009年河北省存在多种HIV-1亚型和流行重组型,主要是B'亚型和CRF01_AE重组型,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略.     

湖北省HIV-1流行株gag基因序列测定及亚型分析

目的 了解湖北省HIV-1感染者流行毒株亚型分布和流行趋势.方法 随机采集湖北省HIV-1感染者的抗凝全血标本,分离血浆,提取病毒RNA,用套式聚合酶链反应扩增HIV-1病毒gag基因,并进行序列测定和亚型分析.结果 对80份HIV-1感染者的样品进行扩增,得到了62份样品的HIV-1基因片段.共发现7种HIV-1亚型和流行重组株.泰国B'亚型占11.3％ (7/62),欧美B亚型占4.8％ (3/62),G亚型占4.8％ (3/62),CRF07-BC占22.6％ (14/62),CRF08-BC占6.5％(4/62),CRF01-AE占48.4％(30/62),CRF15-01B占1.6％ (1/62).在湖北省发现了CRF15-01B和G亚型.结论 湖北省存在多种HIV-1亚型和流行重组型,CRF01-AE、CRF07-BC两种重组亚型毒株为目前湖北省HIV-1流行优势毒株,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略.     

保定市新诊断HIV感染者整合酶抑制剂原发耐药分析

目的 了解保定地区2020年新报告人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)感染者整合酶抑制剂(integrase inhibitors,INIs)原发耐药情况,为治疗提供参考依据.方法 收集保定市人民医院2020年1月至2020年12月经本市疾控新确证的未接受过含整合酶抑制剂(INIs)抗病毒治疗的96例HIV-1感染者的外周血样本,采用In-House方法,对血浆样本进行pol基因区扩增并测序,将拼接好的序列提交至美国斯坦福大学的HIV耐药数据库,分析整合酶(IN)区耐药突变位点及耐药程度.结果 由于样本质量问题,扩增失败13例,共获得83份样本的HIV-1 pol区基因片段,基因亚型包括CRF01_AE 45例(54.2％),B亚型13例(15.7％),B+C亚型10例(12.0％),CRF07_BC 11例(13.3％),C亚型2例(2.4％),CRF55_01B 1例(1.2％),A亚型1例(1.2％).8例存在IN区耐药突变位点,其中6例表现出对INIs耐药,INIs原发耐药率为7.2％,全部INIs耐药毒株均属于交叉耐药.其中IN区主要突变位点R263K、G140S、S147SG、E138A;IN区次要突变位点H51Y、A128AT、S153SF、A49AG、P145P、Q146QL,引起了拉替拉韦(Raltegravir,RAL)、埃替格韦(Elvitegravir,EVG)、多替拉韦(Dolutegravir,DTG)、贝克他韦(Bictegravir,BIC)四种INIs不同程度的耐药.结论 保定地区新诊断HIV-1感染者中,存在原发性INIs基因突变,INIs原发耐药率为7.2％,应加强IN区耐药监测,合理调整INIs的用药方案.     

广州市吸毒强戒人员HIV-1基因亚型分布的初步研究

目的分析吸毒人群HIV感染者中HIV-1的基因序列特征,初步确定其感染的基因亚型和各亚型的流行趋势。方法在Genbank中查找HIVgag基因的序列,设计巢式PCR引物。从全血中提取样本的基因组DNA,进行巢式PCR,对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳和测序,所获序列与国际参考株序列进行比对,确定基因型或亚型。结果对36例HIV-1感染者样本进行扩增,PCR共检测出29例阳性样本,27例测序成功,其中16例为CRF08-BC重组亚型、7例为CRF07-BC重组亚型、4例为CRF01-AE重组亚型,15例阴性对照均无目的条带。结论在广州吸毒强戒人员HIV-1型中以CRFBC亚型为主,其次为CRF01-AE亚型。应加强对HIV-1毒株亚型的监测,以制定更好的防治策略。     

北京市性传播HIV-1感染者流行毒株gag基因序列测定和亚型分析

目的 了解北京市性传播HIV-1感染者流行毒株亚型特点和流行规律.方法 随机采集北京市2008年新确证性传播HIV感染者的抗凝全血标本100份,分离血浆,提取病毒RNA,用套式聚合酶链反应扩增病毒gag基因,并进行序列测定和亚型分析.结果 系统进化分析确定北京市性传播HIV-1感染者流行毒株存在8个亚型或流行重组型,分别为B亚型22份,B'亚型8份,C亚型1份,CRF01_AE 38份,CRF02_AG 2份,CRF07 BC 9份,CRF08_BC 3份,疑似C/CRF01_AE重组型1份.结论 CRF01_AE和B亚型分别占45.2%和26.2%,为性传播感染者主要的亚型,应该加强我市HIV-1亚型流行情况的监测.

Abstract：

Objective To investigate the subtype distribution and sequence characteristics of HIV-1 strains prevalent among sexual infectors in Beijing. Methods We collected the blood samples from 100HIV sexual infectors in Beijing during 2008 and separated plasma specimens. RNA was extracted from the plasma and the gag gene was amplified by RT-PCR and nest-PCR. The PCR products were sequenced directly and phylogenetic analyses of gag gene was performed using the MEGA4 software. Results Among 100 HIV-1 plasma samples,84 gag gene fragments were amplified and analyzed. Eight HIV subtypes including B(22 strains), B'(8 strains),C( 1 strain) ,CRF01_AE (38 strains) ,CRF02_AG (2 strains) ,CRF07_BC(9 strains) ,CRF08_BC(3 strains) and C/CRF01_AE recombinant like strain( 1 strain) were identified circulating in Beijing. Conclusion CRF01 _AE and subtype B were predominant in Beijing account for 45.2% and 26.2% and the surveillance of HIV gene variation should be paid more attention.     

26例有偿献血员HIV-1基因分型与变异特征

目的 分析某地区有偿献血人员中流行的人免疫缺陷病毒1型( HIV-1) gag、pol、env基因亚型及基因变异特征.方法 提取HIV-1感染者外周血单核细胞(PBMC) DNA,经巢式PCR( Nested PCR)扩增gag(p17-p24)、pol( PR-RT)、env(C2-V5)基因片段,纯化测序后用MEGA5.0等生物学软件对核苷酸序列进行分析.结果 23份样本为B亚型,2份为B亚型与C亚型重组,1份为CRF01_AE与B亚型重组.PR区未发现蛋白酶抑制剂主要耐药性突变,RT区检测到核苷类逆转录酶抑制剂耐药性突变M184V和非核苷类逆转录酶抑制剂耐药性突变K101E,G190A.结论 流行于该地区的HIV-1毒株以B亚型为主.大多数毒株对常规抗病毒药物仍然敏感,使用HARRT治疗方案依然有效.CXCR4型辅助受体的毒株顶端四肽多为GPGR(91.7％),提示GPGR可能与疾病的进展有关.     

2015—2019年南京市HIV-1 CRF07BC毒株流行特征及分子进化分析

目的了解2015—2019年南京市HIV-1 CRF07_BC的流行史、进化模式和传播特征, 为精准防控该毒株的传播提供科学依据。方法对南京市319例HIV-1 CRF07_BC患者的pol区基因序列扩增测序并构建最大似然树。使用MCMC(Markov Chain Monte Carlo)算法生成MCC树(Maximum Clade Credibility tree), 使用BSP(Bayesian Skyline Plot)法重塑有效人口规模数变化趋势。采用成对基因距离法构建分子网络探究其传播特征。结果 319名HIV-1 CRF07_BC感染者中, 95.0%为男性, 多性伴(2个及以上)比例达82.8%, 仅4.4%病例自报一直使用安全套, 男男同性性行为(MSM)为最主要的感染途径(77.4%)。进化树结果显示, HIV-1 CRF07_BC呈现两大流行簇:Cluster1和Cluster2, Cluster1以MSM感染病例为主, Cluster2以异性性行为感染病例为主。Cluster1和Clu...     

2008年北京市HIV-1耐药株传播调查

目的 了解2008年北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中耐药株传播水平,为耐药监测和临床抗病毒治疗工作提供本底资料.方法 参照WHO提出的HIV耐药警戒线调查方法(HIV drug resistance threshold survey,HIVDR-TS)指导方案,收集6个月内检测发现的60～70名小于25岁的感染者血浆样本,检测HIV-1 pol区亚型及耐药基因型,并计算耐药株检出率、评价传播水平.结果 61份符合要求的样本共获得50个有效pol区序列.感染途径以同性传播为主,占62%;亚型分布以B(42%)、CRF01_AE(28%)、CRF07_BC(26%)3种为主.出现1例针对PI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);出现1例针对NRTI类药物的耐药突变株,检出率为2%(1/50);未出现针对NNRTI类药物的耐药突变株,检出率为0.蛋白酶(PR)区和逆转录酶(RT)区的耐药突变株检出率均为2%,均属于低度传播范围(<5%).结论 北京市未经抗病毒治疗HIV-1感染者中出现PR和RT区的耐药突变株,传播水平尚处于低流行状态,现有的抗病毒治疗方案是可行的,治疗前尚不需要进行大规模耐药性检测.