基于生物信息学、网络药理学与分子对接研究八桂天龙散治疗阿尔茨海默病的机制

目的 基于生物信息学、网络药理学与分子对接探讨八桂天龙散治疗阿尔茨海默病(alzheimer’s disease, AD)的作用靶点与分子机制。方法 从TCMSP、HIT、HERB数据库检索八桂天龙散活性成分,通过Swiss Target Prediction平台预测潜在作用靶点。采用GEO2R分析AD的差异基因,应用GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库筛选AD靶点,交集获得八桂天龙散治疗AD的可能潜在作用靶点。采用STRING平台构建PPI网络,Cytoscape软件网络拓扑计算筛选潜在关键靶点,R语言进行GO及KEGG通路富集分析,构建“中药-活性成分-靶点-信号通路-疾病”网络。分子对接预测潜在活性成分和靶点的结合性能。结果 筛选八桂天龙散有效活性成分115种,相应基因靶点1666个。AD差异基因2725个,靶点2236个。八桂天龙散治疗AD的潜在靶点99个,其中关键靶点为MAPK1、FN1、EGFR。KEGG富集分析显示关键信号通路包括PI3K-Akt、MAPK、Rap1、Ras、HIF-1、LTP等信号通路。分子对接结果显示人参二醇、次甲丹参醌可能是八桂天龙散...     

基于网络药理学探析生血补髓汤预测骨质疏松症的分子作用机制

目的 基于网络药理学方法探析生血补髓汤预测骨质疏松症的分子作用机制。方法 通过TCMSP和TCMID数据库检索生血补髓汤的活性成分和对应靶点；通过GEO DataSets数据库获取骨质疏松症GSE84500和GSE35958疾病芯片并合并数据；将生血补髓汤对应靶点与疾病差异基因取交集，获得生血补髓汤防治骨质疏松症预测靶点；利用Cytoscape 3.8.1软件构建“中药-疾病”可视化调控网络。交集基因导入STRING 11.0平台获得PPI网络，利用CytoNCA进行PPI拓扑分析。利用R语言对交集基因进行GO和KEGG富集分析。利用Dycharts平台绘制KEGG通路分类占比饼图。利用Cytoscape 3.8.1软件构建“成分-靶点-通路”可视化调控网络。结果 筛选得到生血补髓汤活性成分87个，包括槲皮素、木犀草素、山奈酚等；交集基因97个，PPI拓扑分析核心基因17个，包括血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-6(IL-6)、转录因子AP-1(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等。GO富集分析共得到条目1 645条；KEGG富集分析得到通路115条，主要涉及脂质...     

基于网络药理学和生物信息学探讨养血清脑颗粒治疗血管性痴呆的作用机制

目的基于网络药理学及生物信息学探讨养血清脑颗粒治疗血管性痴呆的作用机制。方法通过TCMSP、BATMAN-TCM数据库、GEO数据库、OMIM数据库等获取养血清脑颗粒治疗血管性痴呆的活性成分及潜在靶点;应用R语言绘制GEO数据集相关热图, 使用Cytoscape 3.8.2软件构建"中药-活性成分-潜在靶点"网络, 并采用CytoNCA插件进行PPI网络拓扑分析;使用Metascape网站对潜在靶点进行GO及KEGG富集分析;采用AutoDock Vina 1.5.6软件将活性成分与潜在核心靶点进行分子对接。结果筛选得到养血清脑颗粒活性成分135个及治疗血管性痴呆的潜在靶点186个。GO功能富集分析显示, 主要涉及蛋白激酶结合、转录因子结合等生物功能;KEGG通路富集分析结果主要富集于PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路等;分子对接结果显示, 养血清脑颗粒主要活性成分与潜在作用靶点有良好的结合活性。结论养血清脑颗粒治疗血管性痴呆具有靶点多、通路广的特点, 可通过抑制神经细胞凋亡、减轻炎性反应等机制发挥治疗作用。     

开心散与生脉散抗阿尔茨海默症“同病异治”作用机制网络药理学分析与中枢神经免疫调控效用验证＊

目的 基于网络药理学方法研究开心散（KXS）与生脉散（SMS）“同病异治”抗阿尔茨海默症作用机制，并通过整体动物与离体细胞实验进行验证。方法 通过数据库搜集筛选开心散与生脉散复方所含药味化学成分并预测其潜在靶点，构建复方-中药-成分-靶点网络。筛选复方共有与优势靶点，构建蛋白互作网络并进行拓扑分析，进行KEGG通路和GO功能富集分析。基于网络药理学分析获得的开心散与生脉散共性与个性的生物学GO分析结果，分别建立小鼠海马Aβ注射拟阿尔茨海默症痴呆小鼠模型与小鼠小胶质BV2细胞炎性因子损伤模型，检测相应指标，采用行为学结合生化指标分析验证网络药理学分析结果。结果 筛选出开心散与生脉散复方共有成分有109个，共有靶点490个，抗AD潜在共性调控靶点375个。开心散抗AD潜在优势调控靶点92个，生脉散抗AD潜在优势调控靶点90个。淀粉样蛋白代谢与转运、cAMP与AMPK信号通路、突触功能调控等为开心散与生脉散抗AD潜在共性调控信号通路与生物学事件。NF-κB等为开心散抗AD优势调控信号通路与生物学事件；趋化因子、胆碱能突触等为生脉散抗AD优势调控信号通路与生物学事件。验证实验结果显示开心散与生脉散能够有效改善Aβ海马区注射小鼠认知功能障碍，降低小鼠海马和小胶质细胞的炎性因子表达。结论 开心散与生脉散能通过共有及各自优势靶点发挥抗AD作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨降糖消渴颗粒治疗糖尿病作用机制

目的运用网络药理学和分子对接技术预测降糖消渴颗粒治疗糖尿病的作用靶点和信号通路, 分析可能的作用机制。方法通过ETCM数据库筛选降糖消渴颗粒的活性成分及作用靶点;检索DisGeNET、GeneCards数据库获得糖尿病靶点, 绘制韦恩图取交集靶点;利用STRING数据库进行基因转换和网络相互作用分析;采用Cytoscape 3.6.0构建PPI网络;运用分子对接技术进行验证;通过Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果共筛选出降糖消渴颗粒128个活性成分, 对应靶点607个。糖尿病相关靶点1 240个, 核心靶点53个。分子对接提示, 活性成分和核心靶点有良好的结合能力。GO功能分析得出46个功能条目, KEGG分析得出15条通路。结论降糖消渴颗粒通过多成分、多靶点参与多种生物过程, 包括影响脂质代谢和动脉粥样硬化、AD、AMPK信号通路、Apelin信号通路、胰高血糖素信号通路, 调节葡萄糖稳态。     

基于网络药理学联合GEO 芯片探讨肾气丸治疗肾小管上皮间质转化的作用机制

目的：基于网络药理学联合GEO 芯片差异基因分析方法探讨肾气丸治疗肾小管上皮间质转化（EMT） 的作用机制,动物实验进一步验证肾气丸治疗EMT 的作用靶点。方法：依据中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 和BATMAN-TCM 数据库筛选出肾气丸的活性成分及其对应靶点,利用GEO 数据库获取疾病相关靶点, 通过Cytoscape3.7.0 软件绘制“ 药物-成分-靶点” 网络。使用STRING 数据库与Cytoscape3.7.0 软件绘制核心靶点蛋白相互作用网络,并利用R 语言对核心靶点进行GO 功能和KEGG 通路富集分析。通过实时荧光定量PCR 验证肾气丸对苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、细胞分裂周期蛋白20（CDC20）、表皮生长因子受体（EGFR）、核受体辅激活蛋白1（NCOA1）、细胞周期蛋白B1（CCNB1） mRNA 的影响。结果：共得到肾气丸活性成分229 个,预测作用靶点共1 331 个,与EMT GEO 芯片共同靶点共221 个。肾气丸治疗EMT 主要作用于AKT1、CDC20、EGFR、NCOA1、CCNB1 等靶点。GO 富集分析涉及到营养物质反应、金属离子反应、氧化应激反应等多种生物过程,KEGG 富集分析得到cAMP 信号通路、钙信号通路、甲状腺激素信号通路、催产素信号通路、HIF-1 信号通路等多条信号通路。实时荧光定量PCR 证明肾气丸治疗可升高腺嘌呤造模小鼠肾组织中AKT1 mRNA 表达,降低CDC20、EGFR 和CCNB1 mRNA 表达（P＜0.05）。结论：基于网络药理学方法及实验验证,初步阐明肾气丸可通过调节AKT1、CDC20、EGFR、CCNB1 mRNA 表达来改善EMT,其作用机制可能与cAMP 信号通路、钙信号通路等多条信号通路有关。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨半夏厚朴汤防治紧张型头痛作用机制

目的通过网络药理学和分子对接方法探讨半夏厚朴汤治疗紧张型头痛的有效成分及作用机制。方法通过TCMSP筛选得到半夏厚朴汤有效成分与靶点, 运用GeneCards、PharmGKB、TTD、Drugbank和OMIM获取紧张型头痛作用靶点, 利用Perl软件得到"半夏厚朴汤-紧张型头痛"交集靶点, 上传至STRING数据库绘制蛋白相互作用网络并进行拓扑分析, 借助Cytoscape 3.8.0软件构建"半夏厚朴汤-药物成分-靶点-紧张型头痛"可视化网络, 利用R 4.1.0语言及相关程序对交集靶点进行GO及KEGG通路富集分析。采用AutoDockTools-1.5.6软件进行分子对接分析。结果半夏厚朴汤与紧张型头痛的交集靶点有33个, 拓扑属性分析提示MAPK1、TP53、ESR1、PTGS2、MYC、CYP1A2、CYP3A4、GSTP1等可能是半夏厚朴汤防治紧张型头痛的重要潜在靶点。GO富集分析得到516个细胞生物学过程, 62个细胞组分, 149个分子功能;KEGG通路富集分析得到G蛋白偶联受体途径、胆碱能突触通路、5-羟色胺能突触通路和TNF信号通路等94条等相关信号通路。结论半...     

基于GC-MS技术和网络药理学探讨益智仁挥发油治疗阿尔茨海默病的作用机制

基于GC-MS技术和网络药理学方法研究益智仁挥发油治疗阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)的物质基础和作用机制。利用GC-MS技术分析益智仁挥发油成分,通过中药系统药理学分析数据库(TCMSP)获取成分靶点,再通过DrugBank、STITCH、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)等数据库查询AD的相关靶点。在Venny图取交集靶点,STRING数据库构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选核心作用靶点。基于DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用Cytoscape 3.8.1软件构建“成分-靶点-通路”网络,筛选益智仁挥发油治疗AD的潜在活性成分,结合已有的益智仁挥发油治疗AD的药理学研究预测其机制。结果显示,GC-MS分析所得的益智仁挥发油成分经筛选后得到6个活性成分,TCMSP数据库中检索到6个活性成分对应的17个靶点,DrugBank等数据库检索到3 448个AD靶点。“成分-靶点-通路”网络和PPI网络显示益智仁挥发油治疗AD的潜在活性成分有4种,核心靶点有4个;GO富集分析得到34个条目(P0.05),包含生物过程18条、细胞组成9条和分子功能7条;KEGG通路富集到5个条目(P0.05),这些通路主要涉及神经活性配体-受体相互作用、钙离子信号通路、胆碱能突触、5-羟色胺能突触等,表明益智仁挥发油可能通过调节钙平衡、胆碱能平衡、调节磷酸化等途径协同治疗AD。该研究为益智仁挥发油治疗AD的深入研究提供了参考和指导。     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

基于生物信息学分析Scoparone对肝癌的作用机制

目的：研究茵陈活性成分6,7-二甲氧基香豆素（Scoparone）治疗肝癌的分子机制。方法：使用GEO数据库下载肝癌的芯片数据,从TCMSP数据库检索Scoparone的作用靶点,使用R软件获取肝癌差异基因;通过Jvenn和Cytoscape3.9.1软件筛选两者交集靶点,构建蛋白互作网络,进一步使用R软件对核心交集靶点进行GO、KEGG分析;使用AutoDockTools1.5.7及AutoDockVina软件进行分子对接,对活性成分与核心靶点的结合能力进行验证;使用TCGA数据库进行核心基因的生存预后分析。结果：得到肝癌显著性差异基因1 788个、Scoparaone作用靶点100个,筛选出药物-疾病交集靶点97个。PPI拓扑分析得出的核心靶点有JAK1、JAK2、EGFR、ICAM1、KDR等。GO功能富集分析主要涉及氧化应激反应、蛋白质酪氨酸磷酸化及修饰、PI3K级联的正调节等,KEGG通路分析在主要富集在EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药机制、PI3K/Akt信号通路、上皮细胞信号传导通路、Rap1信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路等途径。分子对接验证显示...     

枳实芍药散“成分-靶点-通路”的网络药理学研究

目的基于网络药理学研究枳实芍药散活性成分-靶点-通路及其药理机制。方法利用网络药理学分析平台(BATMAN-TCM)获取枳实芍药散活性成分及其对应靶点;利用STRING平台构建蛋白互作网络(PPI),依据度值和介数筛选关键靶蛋白;利用Bi NGO和MCODE插件对关键靶基因进行基因本体(GO)生物过程富集和聚类分析;利用DAVID数据库分析靶点的京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路。结果获得辛弗林、D-柠檬烯、N-甲基酪胺、没食子儿茶素、芍药新苷等26个主要活性成分及143个靶点,发现了DRD2、MAPK1、CHRM2、TNF、PTGS2、SLC18A2等35个关键靶点。聚类分析418个GO生物过程得到解热抗炎、神经突触递质、蛋白质分泌运输、转录、细胞代谢调控等10个子簇。KEGG信号通路富集主要涉及神经递质、信号转导、肿瘤、物质代谢及其他等5大类22条信号通路。结论枳实芍药散能作用于前列腺素内环氧合酶2、肿瘤坏死因子、乙酰胆碱受体、多巴胺受体、5-羟色胺受体、视黄酸受体α等靶点,参与抗炎、神经递质调节、抗肿瘤等生物过程和信号通路,对炎症、胃肠系统、神经系统及肿瘤疾病具有良好的药理作用。     

基于GEO芯片挖掘联合网络药理学分析解毒化瘀颗粒治疗肝癌的分子机制

目的 采用GEO基因芯片挖掘、网络药理学及分子对接技术分析解毒化瘀颗粒治疗肝癌的作用机制。方法 从GEO数据库下载肝癌的基因芯片数据集,利用R软件筛选出显著性差异基因,从TCMSP、SymMap、SwissTargetPrediction等数据库获取解毒化瘀颗粒的活性成分、药物靶点,运用Cytoscape软件及STRING、DAVID等平台,对药物-疾病交集靶点进行PPI、GO、KEGG分析,使用PyMOL、AutoDockTools1、AutoDock Vina等软件对活性成分-核心靶点进行分子对接验证。结果 得到肝癌显著性差异基因1 423个、解毒化瘀颗粒作用靶点682个,筛选出药物-疾病交集靶点122个。PPI拓扑分析得出的核心靶点有ESR1、PTGS2、CYP3A4、MMP9、AR、CYP1A1、PTPRC、TYMS、CDK1等。GO功能富集分析主要涉及氧化还原过程、环氧酶P450途径、细胞外泌体、ATP结合等,KEGG通路分析主要富集在化学致癌作用通路、细胞色素P450代谢通路、花生四烯酸代谢通路、P53信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接验证显示各主要活性成分与核...     

基于网络药理学预测大蓟治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学方法研究中药大蓟治疗高血压的潜在作用机制。方法：利用TCMSP数据库收集大蓟的所有化学成分及作用靶点,通过Cytoscape3.6.1软件构建“成分-靶点”核心网络,利用CluGO插件对关键靶点进行GO功能和通路富集分析并构建“靶点-信号通路”网络,利用Merge功能进一步构建“成分-靶点-信号通路”网络。结果：筛选得到11种药效成分和29个关键靶点,GO功能富集分析涉及21项生物过程和6项分子功能相关条目,KEGG通路富集分析发现13条信号通路。结论：大蓟可能通过油酸、豆甾醇、刺五加苷等药效成分,作用于PTGS2、PTGS1、NCOA2、CHRM3、ADRβ2、CHRM1等关键靶点,参与调控精氨酸和脯氨酸代谢、脂肪细胞中的脂肪分解、钙信号通路等发挥抗高血压效应。     

佛手散治疗阿尔茨海默病分子机制的系统药理学研究

目的利用系统药理学方法和体外实验探究佛手散治疗阿尔茨海默病（Alzheimer disease,AD） 的分子 机制。方法利用TCMSP、TCM-Mesh、ETCM 和TCMID 数据库筛选佛手散的活性成分;利用TCMSP、ETCM 和PharmMapper 数据库对活性成分进行作用靶点预测。利用DisGeNet、GAD、CTD、TTD、HPO 和Orphadata 数据库筛选出AD 疾病相关靶点,并与佛手散活性成分作用靶点映射取交集,交集基因即为佛手散治疗AD 的 潜在作用靶点。通过String 数据库构建佛手散治疗AD 潜在作用靶点的蛋白互作（PPI） 网络;利用Cytoscape 3.6.1 软件构建“活性成分-潜在作用靶点”网络。通过WebSestalt 及David 分析平台对潜在作用靶点进行GO 功能及KEGG 通路富集分析,并进行体外实验验证。结果共筛选出佛手散52 个活性成分,预测得到185 个 共同靶点,最终确定31 个佛手散治疗AD 的潜在作用靶点。GO 功能富集分析结果表明,潜在作用靶点参与生 物调控、刺激反应、细胞间通讯等生物学过程;细胞膜、蛋白复合物、囊泡参与等细胞组分;蛋白结合、离子 结合、分子转导活性、水解酶活性等分子功能。KEGG 富集分析得到13 条信号通路。体外实验结果表明,佛 手散对谷氨酸钠诱导损伤的PC12 细胞有保护作用,可通过降低胞内Ca2+浓度和NO 含量达到降低细胞凋亡率 的效果。结论佛手散在治疗AD 方面具有多成分、多靶点、多途径的整体调控特点,可能与其通过豆甾醇、 Z-藁本内酯、藁本内酯、β-谷甾醇等活性成分调控5-羟色胺能突触通路、神经配体-受体交互作用通路、Ca2+ 信号通路以及cGMP-PKG 信号通路等多通路有关。     

基于GEO数据芯片与网络药理学探讨丹葛止痛方治疗冠心病的作用机制

目的 采用GEO芯片数据挖掘与网络药理学的方法,找出冠心病的差异表达基因,探讨丹葛止痛方治疗冠心病的作用机制。方法 基于GEO数据库及GEO2R平台筛选出冠心病的差异表达基因,利用药物靶点数据库分析平台,获取丹葛止痛方的活性成分及其对应的靶点,对比丹葛止痛方与冠心病的差异表达基因,获取共同靶点,基于共同靶点进行蛋白质相互作用（PPI）分析、GO功能与KEGG通路富集分析。结果 获取冠心病差异表达基因2517个,丹葛止痛方靶点222个,两者匹配后获得共同靶点30个,PPI网络中获取核心靶点前5的依次为VEGFA、ESR1、MMP9、MDM2、PTGS2;GO富集分析共筛选出45个条目,KEGG通路富集分析共筛选出43条信号通路。结论 丹葛止痛方可通过多途径、多靶点治疗冠心病,为指导临床治疗及新药研发提供了科学依据。     

葛根素治疗骨质疏松症的生物信息学分析

目的:基于生物信息学和网络药理学初步分析葛根素治疗骨质疏松的关键分子机制,为骨质疏松症的治疗提供新的靶点。方法:通过TCMSP数据库分析葛根素的化学属性,检索GEO公共数据库中关于葛根素和骨质疏松症的相关芯片,借助R语言分析差异基因,分别构建作用靶点的蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI),明确葛根素治疗骨质疏松症的关键基因,利用DAVID数据库对关键基因进行GO分析和KEGG通路分析。结果:①葛根素的类药性为0.69;②检索GEO数据库确定葛根素相关序列号为GSE85871的芯片,利用R语言分析筛选出667个差异基因;检索GEO数据库确定骨质疏松症相关序列号为GSE56116的芯片,利用R语言分析筛选出1228个差异基因,③通过GeneMANIA数据库分别构建葛根素和骨质疏松症作用靶点的PPI网络图,采用Cytoscape映射获得80个关键基因;④通过DAVID在线分析功能富集显示,葛根素治疗骨质疏松症的生物学进程主要涵盖凋亡过程、雄激素受体信号通路、细胞分裂、钙离子反应及基因转录的正向调节等,信号通路主要表现为内质网中的蛋白质加工、胰岛素信号转导通路、细胞凋亡及促性腺激素释放激素信号转导通路等。结论:利用网络药理学和生物信息学能有效地分析GEO数据库的原始基因芯片数据,通过芯片内在的生物学信息分析不仅能识别目前已知的葛根素治疗骨质疏松症相关生物进程和信号通路,还能发现一些新的通路或生物学过程;葛根素有望成为新的治疗骨质疏松症的分子。     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

远志-石菖蒲药对异病同治抑郁症和阿尔茨海默病的网络药理学研究

目的运用网络药理学技术, 从分子水平探讨远志-石菖蒲药对异病同治抑郁症和AD的作用机制。方法检索TCMSP、TCMID、ETCM数据库并结合文献分析, 获得远志-石菖蒲药对的有效成分;检索GeneCards、TTD、CTD数据库获得抑郁症和AD疾病靶点, 通过SwissTargetPrediction平台预测药对有效成分的作用靶点, 获得药对与疾病的交集靶点;采用Cytoscape 3.6.1构建远志-石菖蒲药对"成分-共有靶点-疾病"相互作用网络, 借助Metascape平台进行GO功能与KEGG通路富集分析, 并进行分子对接验证。结果通过检索数据库与文献分析, 获得远志-石菖蒲药对78个有效成分, 对应41个异病同治靶点, GO功能主要富集于对脂多糖的反应、细胞对氮化合物的反应, KEGG通路主要富集于脂质与动脉粥样硬化、钙信号通路、5-羟色胺能突触和胰岛素抵抗等, 核心靶点为PTGS2、ESR2等。分子对接显示, 大部分核心成分与核心靶点可形成稳定构象。结论远志-石菖蒲药对异病同治具有多成分、多靶点、多途径的特点, 可通过远志皂苷元、1-carbobutoxy-β-carboli...     

基于网络药理学探讨大黄治疗儿童功能性便秘的作用机制研究

目的:采用网络药理学探讨大黄治疗儿童功能性便秘(FC)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库获取大黄的主要活性成分和作用靶点,利用Genecards数据库检索出FC的潜在靶点,再筛选以上两者的共同靶点,获得靶蛋白之间的相互作用关系,采用Cytoscape3.7.2软件绘制"大黄-活性成分-靶点-FC"相互作用网络图,最后对交集靶点进行蛋白互作网络(PPI)分析,GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果:收集到大黄有效活性成分16个,所对应基因靶点37个,FC基因靶点4 521个,大黄和FC共同交集靶点为26个。PPI结果显示:大黄中的CASP3、MYC、ESR1、HSP90AA1、CCNB1、CASP8等为治疗FC的核心靶点。GO功能分析显示靶点基因主要富集于对类固醇激素的反应、对雌二醇的反等。KEGG通路富集分析主要包括化学致癌作用-受体激活、乙型肝炎、人类免疫缺陷病毒1型感染、脂质和动脉粥样硬化信号通路、PI3K-Akt信号通路、神经退行性疾病信号通路、p53信号通路、胆碱能突触和雌激素信号通路等对FC产生治疗作用。结论:大黄通过多成分、多靶点和多通路治疗FC,但其机制仍需进一步体...     

基于GEO芯片和网络药理学分析青黛治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的通过GEO芯片和网络药理学预测青黛治疗溃疡性结肠炎的作用机制, 并通过分子对接进行验证。方法利用TCMSP、SymMap数据库、SwissTargetPrediction数据库和Pharmapper数据库检索青黛化学成分及其对应靶点, 借助UniProt数据库对靶点进行规范;通过GEO数据库、DrugBank数据库、OMIM数据库、TTD数据库、Disgenet数据库检索溃疡性结肠炎疾病基因, 并利用Venn在线工具获取药物与疾病的交集基因, 通过STRING数据库、Cytoscape 3.8.2软件构建药物-疾病交集靶点PPI网络;对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析, 运用AutoDock Vina 1.2.1软件进行分子对接, Discovery studio Visualizer进行可视化分析。结果共获得青黛10个有效成分和128个药物与疾病交集基因, 进一步分析得到42个核心基因。经GO和KEGG通路富集分析显示, 青黛参与活性氧代谢、血红素结合、蛋白磷酸酶结合、分泌颗粒胞吐、细胞质囊泡、细胞的焦点黏连及细胞底物连接等生物途径, 并通过调控PI3K/Akt信号通路...