基于系统药理学探讨乌头生物碱治疗类风湿性关节炎的分子机制

目的:基于系统药理学探讨乌头生物碱中化学成分对脂多糖(LPS)诱导的RAW264.7巨噬细胞炎症反应的影响及其机制.方法:TCMSP数据库结合口服生物利用度(OB)≥30％,类药性(DL)≥0.18搜集草乌化学成分,通过Pubchem数据库以及Swiss Target Prediction数据库预测各化学成分的潜在作用...     

基于网络药理学探讨秦七风湿方治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学探讨秦七风湿方(QQFSF)治疗类风湿性关节炎(RA)的物质基础及其作用机制.方法:通过中医百科全书数据库(ETCM)检索QQFSF中珠子参、秦艽、山茱萸3味中药的成分和靶点;从NCBI、Geencards数据库中检索RA的相关靶点,将QQFSF治疗RA的靶点通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络...     

基于网络药理学和实验验证探讨山豆根治疗类风湿性关节炎的作用机制

基于网络药理学、分子对接以及实验验证探讨山豆根治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的作用机制。首先通过TCMSP和TCMID等数据库以及相关文献查找山豆根的主要化学成分;借助TCMSP和SwissTargetPrediction等数据库查找山豆根主要作用靶点;通过GeneCards、DrugBank、OMIM和TTD等数据库获取RA的主要靶点;选择Venny 2.1.0平台获取两者的交集靶点;通过Cytoscape 3.6.1软件构建“成分-靶点”网络;利用STRING平台和Cytoscape 3.6.1软件构建蛋白互作网络;随后通过DAVID 6.8数据库进行生物过程富集分析和通路富集分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。最后构建胶原诱导型类风湿性关节炎小鼠模型,采用Western blot实验检测核心靶点蛋白表达。网络分析结果得到槲皮素(quercetin)、染料木素(genistein)、山柰酚(kaempferol)、大豆皂苷C(subprogenin C)和黄豆苷元(daidzein)等27个活性成分,信号转导和转录活化因...     

基于网络药理学的七味通痹口服液治疗类风湿性关节炎作用机制研究

目的研究七味通痹口服液治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法通过分子对接获得七味通痹口服液成分作用的潜在靶蛋白,结合文本挖掘、数据库联用检索出与RA相关的靶蛋白,将其投射到KEGG数据库阐释七味通痹口服液的分子作用机制,并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果数据分析结果表明,七味通痹口服液中107个潜在活性成分作用于与RA相关的116个靶点和237条通路。进一步的网络特征分析发现高网络度和介数的分子主要为三萜类、黄酮类、甾醇类和生物碱化合物,部分化合物在实验中对炎症介质的释放具有抑制活性;靶蛋白和通路主要发挥抗炎镇痛,免疫调节,滑膜成纤维细胞的增殖、凋亡、迁移与侵袭和破骨细胞分化、迁移、骨吸收等药理作用。结论七味通痹口服液的活性成分通过与多个靶点蛋白作用,调控多条生物通路,起到减轻关节炎症和肿痛、防止和减少关节的破坏、促进已破坏的关节和骨修复的作用,为七味通痹口服液药效成分分析和作用机制探索提供了研究基础。     

基于网络药理学探讨桂枝-白芍药对治疗类风湿性关节炎作用机制

目的：基于GEO 基因芯片、生物信息学及分子对接技术探讨桂枝-白芍药对治疗类风湿性关节炎（RA） 的作用机制。方法：通过GEO 数据库下载RA 的基因芯片数据集,利用R 软件筛选出差异表达靶点;通过TCMSP、PharmMapper 等数据库获取桂枝-白芍药对的化学成分、药物靶点,运用Cytoscape 3.9.1、R软件对药物-疾病交集靶点进行蛋白互作（PPI） 网络拓扑分析;应用clusterProfiler 等程序包对于交集靶点进行基因本体（GO）、京都基因和基因组（KEGG） 富集分析;使用AutoDock Vina 等软件进行分子对接初步验证。结果：共获得17 个药物化学成分,RA 靶点3 781 个、药物靶点410 个;筛选出药物-疾病交集靶点98 个。PPI 拓扑分析得出的核心靶点有基质金属蛋白酶-9 （MMP-9）、基质金属蛋白酶-2 （MMP-2）、过氧化氢酶（CAT）、丝氨酸蛋白酶抑制剂家族A 成员1（SERPINA1）、组织蛋白酶B（CTSB） 等;桂枝-白芍药对治疗RA 主要化学化合物有二氢槲皮素、β-谷甾醇、（+） -儿茶素、芍药苷等。潜在作用靶点参与了胶原分解代谢过程、细胞外基质分解、炎症反应调节等生物过程,涉及通路有溶酶体、过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR） 信号通路、细胞色素P450 代谢等。分子对接显示,桂枝-白芍药对主要化学化合物与核心靶点间结合能有较高的结合活性。结论：桂枝-白芍治疗RA 多靶点、多成分、多途径的作用机制,为桂枝-白芍药对的后续研究提供了理论依据。     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS 和网络药理学探讨戊己丸药效物质基础及疾病治疗潜能分析

戊己丸作为经典名方,药味组成简单且为临床常用有效中药,但相对其他中药名方,其实际应用却很有限,戊己丸中成药制剂国内只有一家制药公司生产。该文采用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术,从戊己丸制剂及大鼠含药血浆中分析鉴定出26个相同化合物,并基于这些成分,通过网络药理学方法得到46个潜在靶点,再进行成分-靶点网络构建、GO功能富集、KEGG通路富集分析及疾病预测,推断戊己丸可通过木兰花碱、羟基吴茱萸碱、胡萝卜苷、小檗碱等作用于PTGS2、PTSG1、NCOA2、HSP9OAD1、RXRA等核心靶点,通过钙离子信号通路、PI3K-Akt、VEGF信号通路等多种途径发挥药效作用,提示戊己丸除常规治疗疾病(如肠易激综合征)外,还对阿尔茨海默病、糖尿病、心肌缺血等疾病有治疗潜能,以上研究结果可为全面阐释戊己丸药效物质基础及扩大临床应用提供参考。同时,该实验观察到,戊己丸入血成分及其在体内转化、代谢降解的成分中有非常多的结构和化学相对分子质量相似成分,这些成分理论上对潜在药效单靶点会构成多成分叠加与竞争/拮抗并存的复杂作用,中药“多成分单靶点叠加作用”假说认为,在中药多成分多靶点协同作用网络中局部...     

网络药理学结合分子对接技术探讨三藤汤降低类风湿性关节炎并发脑卒中机制

目的：以三藤汤的临床疗效为切入点,运用网络药理学和分子对接技术探讨三藤汤降低类风湿性关节炎(RA)并发脑卒中(CVA)发生率的机制。方法：运用TCMSP数据库检索三藤汤中黄芪、淫羊藿、青风藤、鸡血藤、络石藤的活性成分及其靶点,通过GeneCards数据库获取RA和CVA的主要靶点,并将两者靶点基因取交集,得到RA&CVA交集靶点。将药物靶点与疾病交集靶点取交集,得到三藤汤降低RA并发CVA发生率的靶点,利用STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI),构建PPI网络图,运用David数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用Cytoscape 3.9.1软件绘制三藤汤药物成分-RA&CVA交集靶点-通路网络图。结果：三藤汤主要活性成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素、黄芪异黄烷苷、芒柄花黄素等,主要靶点为核受体辅激活蛋白2(NCOA2)/原癌基因蛋白质c-akt(AKT1)、环氧化酶2(PTGS2)/环氧化酶1(PTGS1)/AP-1转录因子(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、诱导型一氧化氮合酶(...     

基于网络药理学探讨清热活血方抗类风湿性关节炎的作用机制

目的:清热活血在治疗类风湿性关节炎(RA)中效果显著,但其成分多样,作用机制不明,通过网络药理学方法探讨清热活血方抗RA的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选药物成分并利用SwissTargetPrediction数据库预测药物靶点,同时通过药物数据库(Drugbank)和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)收集疾病靶点。将药物靶点与疾病靶点取交集,拓展并拓扑获取关键靶点,利用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论(GO)分类富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,通过Centiscape计算获取hub节点。结果:从清热活血方中筛选出活性成分31个,预测靶点419个,数据库挖掘疾病靶点共430个。将药物靶点与疾病靶点取交集、拓扑分析获得清热活血方治疗类风湿性关节炎的关键靶点113个,GO分析共获得生物过程、分子功能、细胞组分共479个富集结果。KEGG富集表明清热活血方可能通过MAPK、Estrogen、PI3K-AKT、Thyroid hormone、Neurotrophin、HIF-1、ErbB、FoxO、B cell receptor等通路干预RA。拓扑得到CULI、EP300、HSP90AA1、TP53、HSPA8、CDC5L、UBC、RPS27A共8个干预RA的Hub节点。结论:清热活血方可能通过多靶点、多通路进行调控,达到治疗类风湿性关节炎的作用。     

基于UPLC-QTOF-MS/MS和TCMIP的续断治疗类风湿性关节炎活性成分筛选及作用机制分析

目的:依托超高效液相色谱-四极杆飞行时间质谱法(UPLC-QTOF-MS/MS)和中医药整合药理学研究平台(TCMIP),探讨续断治疗类风湿性关节炎(RA)的主要活性成分和作用机制.方法:采用UPLC-QTOF-MS/MS,分别在正、负离子扫描模式下对续断醇提液中的化学成分进行定性分析,流动相0.1％甲酸水溶液(A)-...     

基于网络药理学探索防己治疗痛风性关节炎的作用机制及物质基础＊

目的 基于网络药理学探索防己治疗痛风性关节炎的作用机制及物质基础。方法 制备防己的水提取物冻干粉，随后运用液质联用技术分析其中的化学成分。使用SwissTargetPrediction数据库预测防己化学成分的靶点。在GeneCards数据库和CTD数据库中检索痛风性关节炎的相关靶点。使用Venny 2.1.0对化学成分靶点及痛风性关节炎的相关靶点进行交集分析。运用DAVID数据库分析上述具有交集联系的靶点的KEGG通路。使用Cytoscape软件构建防己的化学成分-痛风性关节炎靶点-通路的关联网络。运用尿酸钠诱导的痛风性关节炎模型对网络药理学分析结果进行验证。结果 通过液质联用技术鉴别了防己中的63个化学成分。其中的17个化学成分有可能干预痛风性关节炎的19个靶点，其中的9个靶点参与了4个关键性通路。在验证性实验中，防己水提取物冻干粉可以逆转大鼠滑膜中由尿酸钠诱导的一氧化氮合成酶2及基质金属肽酶1的异常表达。结论 网络药理学可以用于防己治疗痛风性关节炎的作用机制及物质基础的分析。防己中的多个化学成分主要影响了痛风性关节炎的凋亡、炎症、血管新生及尿酸清除过程。     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗类风湿关节炎的作用机制

文章采用网络药理学方法探讨玉屏风散治疗类风湿关节炎(RA)的作用及其作用机制。以TCMSP查询并筛选玉屏风散的成分及靶标,通过DAVID查询玉屏风散可能治疗疾病的类型,通过TTD、Drugbank、Polysearch等多个数据库查询治疗RA的相关靶标,依据多个相互作用数据库的数据,构建玉屏风散体内对抗RA的蛋白相互作用网络,通路富集分析玉屏风散治疗RA的可能通路。相关结果采用Cytoscape 3.3.0进行可视化研究。疾病分析结果表明玉屏风散可治疗RA和一些过敏及炎症相关疾病,玉屏风散靶标与TTD数据库中RA靶标的映射表明玉屏风散对目前治疗RA的靶标中的19.4%有调控作用,玉屏风散对抗RA体内蛋白质反应网络结果表明玉屏风散主要可通过RELA、TP53、IKBKB、JUN等蛋白治疗RA。通路富集表明玉屏风散可通过MAPK、T细胞受体信号通路等发挥抗炎及免疫调节作用治疗RA。可见,玉屏风散对RA可发挥治疗作用,其主要机制为调控RELA、TP53、IKBKB、JUN等蛋白通过MAPK、T细胞受体等信号通路从抗炎和免疫调节方面来治疗RA。     

基于网络药理学探讨五苓散治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:采用网络药理学的方法,对五苓散(WLS)治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制进行研究探讨。方法:通过在中药系统药理学数据库(TCMSP)平台对五苓散进行活性成分筛选、在Drag Bank数据库进行靶点预测,应用Cytoscape3. 2. 1软件构建成分-靶点网络;在TTD,Drug Bank及Dis Genet数据库中进行检索,获取疾病靶点;构建韦恩图,得到五苓散治疗RA的作用靶点;并进行基因本体(GO)功能注释和东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;构建五苓散中药-成分-靶点-信号通路网络,使用Network Analyzer进行网络特征分析。结果:研究显示共挖掘到五苓散中52种成分及297个潜在靶点,RA疾病1 845个相关靶点,得到五苓散-疾病共同靶点49个,共同作用靶点主要富集于322个生物过程和31条信号通路上。结论:五苓散可能是通过调节前列素内环氧化物合成酶2(PTGS2),转化生长因子-β1(TGF-β1),半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶-3(Caspase-3),转录因子p65(RELA),孕激素受体(PGR)等靶点,调控癌症相关通路,肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,白细胞介素17(IL-17)信号通路,核转录因子-κB(NF-κB)信号通路,Th17细胞分化等通路,从而抑制炎症反应、调节免疫功能及调控细胞凋亡来治疗类风湿关节炎。     

乳香-没药治疗类风湿性关节炎的网络药理学和生物信息学分析

目的:研究乳香-没药药对治疗类风湿性关节炎(Rheumatoid Arthritis,RA)的作用机制.方法:依托GEO、Gene-Cards、OMIM数据库挖掘RA相关基因并进行合并.通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索乳香-没药的有效化学成分和相关靶点,使用Cytoscape 3.8.0软件绘制"药...     

应用网络药理学探究壮医清毒伸筋方治疗类风湿关节炎的作用机制

目的：网络药理学探究壮医清毒伸筋方治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法：检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、人类在线孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)获取清毒伸筋方与RA交集靶点。网络可视化和分析软件(Cytoscape)获取主要活性成分,归一化相互匹配法(NCC)计算核心靶点。对核心靶点进行基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,用分子对接分析主要活性成分与核心靶点的结合力。构建胶原诱导性关节炎(CIA)大鼠模型验证主要蛋白浓度。结果：获得145种活性成分和238个药靶点,交集靶点151个。富集分析提示交集靶点涉及19个GO富集分析条目和晚期糖基化终末产物(AGEs)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等75条信号通路。主要活性成分为槲皮素、柄花黄素、豆甾醇、木犀草素、β-谷甾醇;分子对接结果显示它们与前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)等蛋白具有良好的结合性。动物实验验证,清毒伸筋方有效减轻CIA大鼠关节肿胀程度,显著降低血清MMP9、AKT1和PTGS2浓度。结论：清毒伸筋方发挥多成分、多靶点、多通路特点作用于RA的炎症级联反应。     

基于网络药理学探讨祛湿通脉法在类风湿性关节炎中的作用

目的通过网络药理学探究全蝎、益母草、金钱草治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的药理机制,为祛湿通脉法的临床运用提供理论依据。方法基于TCMSP、TCMID数据库搜集全蝎、益母草、金钱草成分及靶点,通过Cytoscape软件构建成分-靶点网络;通过TTD、DrugBank数据收集RA相关靶点,在STRING数据库构建靶点互作PPI网络。在Genomics数据库分析药物和疾病共有靶点,并利用Cytoscape软件中Cluego插件分析共同靶点的信号通路,最后构建成分-靶点-通路网络图并分析。结果益母草、金钱草、全蝎发挥治疗RA的成分可能是槲皮素、山柰酚等;发挥治疗作用的靶点可能包括IL-6、TNF、JUN、PTGS1、PTGS2、PIK3CG等;其关键作用通路包括L-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、NF-κB信号通路等13条。结论益母草、金钱草、全蝎治疗RA作用的药理学机制可能是通过多组分、多靶点、多通路实现,祛湿通脉法运用于RA治疗具有一定的价值。     

淫羊藿治疗类风湿关节炎作用机制的网络药理学分析

目的运用网络药理学方法探讨淫羊藿治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库收集淫羊藿的主要活性成分及其作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库获取RA相关疾病靶点。取淫羊藿活性成分靶点与RA疾病靶点的交集基因(共同靶点),作为淫羊藿对RA作用的潜在关键靶点基因。将交集基因上传至String数据库,构建淫羊藿活性成分与RA疾病的共同靶点蛋白互作(PPI)网络,并根据其度值筛选出核心靶点。借助DAVID分析平台对共同靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共获得淫羊藿活性成分23个,共同靶蛋白即关键靶标72个。重要活性成分包括槲皮素(Quercetin)、木犀草素(Luteolin)、山萘酚(Kaempferol)等;核心靶点包括白细胞介素6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)等;KEGG主要通路富集在肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、促乳素(Prolactin)信号通路、甲状腺激素(Thyroid hormone)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等。结论淫羊藿可能主要通过多成分、多靶点、多通路,从调节炎症、免疫等多方面发挥对类风湿关节炎的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨桃红四物汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨桃红四物汤治疗类风湿关节炎的作用机制,为临床应用提供理论依据.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索桃红四物汤的有效成分及作用靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb、DrugBank数据库收集疾病相关靶点.运用Cytoscape 3.6...     

基于网络药理学探讨断藤益母汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:断藤益母汤在类风湿关节炎中疗效显著,但其成分复杂,作用机制不明。使用网络药理学方法对断藤益母汤的分子机制进行研究,寻找断藤益母汤的有效成分、治疗靶标和信号通路具有一定价值。方法:根据药代动力学参数在中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)和中医综合数据库(TCMID)筛选药物成分。在Drugbank数据库和TTD数据库挖掘药物和疾病靶标,使用可视化网络药理学Cytoscap工具构建药物-靶点-通路网络,探讨断藤益母汤中成分的作用机制。结果:发现断藤益母汤的11个有效成分可能靶向42个类风湿关节炎相关靶点,如白细胞介素-1(IL-1),白细胞介素-6(IL-6),肿瘤坏死因子(TNF),环氧化酶2(COX2),基质金属蛋白酶-1 (MMP-1),基质金属蛋白酶-3 (MMP-3),诱导型一氧化氮合酶(NOS2)等。参与了包括肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,白细胞介素-17(IL-17)通路,辅助性T细胞17(Th17)分化通路,风湿关节炎通路、核转录因子-κB (NF-κB)通路、破骨细胞分化通路、卵巢类固醇生成通路等多条通路。结论:断藤益母汤可能主要通过多条炎症相关信号通路对炎性细胞因子进行调控,从而对类风湿关节炎起到抗炎和免疫调控作用。     

类风湿性关节炎从毒论治

类风湿关节炎(RA)是毒邪致病的代表病症,认为风寒湿热毒邪入侵是引起RA的先决条件,痰瘀虚毒内生是RA发病的病理基础,毒力强弱是导致RA病理改变及转归的基础,毒所依附之邪属性决定着RA临床表现有风寒湿热痰瘀虚之分(简称七毒辨证法).并提出RA可用祛毒、泄毒、解毒、制毒、搜毒、攻毒(简称攻毒疗法)的治疗原则及基本方法进行治疗.     

基于UPLC-Q-TOF-MS和网络药理学的连夏消痞颗粒治疗功能性消化不良的潜在药效物质基础研究

目的 基于入血成分和网络药理学研究策略,探讨连夏消痞颗粒治疗功能性消化不良的潜在药效物质基础。方法 采用超高效液相联用四极杆飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS)结合Simca-P软件对连夏消痞颗粒大鼠给药后血浆及尿液中原型成分进行定性解析。采用TCMSP、OMIM等在线数据库搜集化合物及疾病靶点,取交集后构建蛋白互作网络,筛选核心靶点并进行通路富集。采用Cytoscape软件构建活性成分-靶点-通路网络图;采用分子对接,对排名靠前的化学成分与靶点的相互关系进行验证,为体内药效物质基础研究提供参考。结果 共鉴定连夏消痞颗粒入血成分46个,主要为黄酮类化合物,其次是生物碱类化合物;疾病-化合物共有靶点105个,蛋白互作网络筛选出核心靶点43个。通路富集为胆碱能突触、PI3K-Akt信号通路、胰岛素分泌、钙离子信号通路、钙吸收、胆汁分泌等信号通路。分子对接结果显示,黄酮类及生物碱类等化合物与ESR1、IL2、AMY1A、ABCB1、VEGFR、ABCG2、NOS3、RELA、NFκB1等核心靶点对接活性较好(平均得分值＞100)。结论 连夏消痞颗粒中的橙皮苷、柚皮苷、木犀草苷、甘草苷、黄芩苷、6-姜辣素、黄连碱、表小檗碱、小檗碱、巴马汀等可能为其潜在药效物质基础,通过调节胃肠动力、提高内脏敏感性、抗焦虑抑郁等方面,对功能性消化不良起到调节作用。