VP1蛋白结构特征预测及功能分析

目的 本文基于生物信息学方法 对EV71 VP1(enterovirus type 71 viral protein 1)蛋白进行系统结构与功能预测分析.方法 应用GOR4(Garnier-Osguthorpe-Robson方法 )、HNN(Hierarchical人工神经网络预测法)、PHD(多重比对人工神经网络比对预测结构法)、Predator(单序列分析人工神经网络预测结构法)、SOPMA(改进型自我优化预测结构法)等方法 预测EV71 VP1外壳蛋白的二级结构,SWISS MODEL服务器的同源建模方法 构建EV71 VP1的三级结构模型,并分析亲水性、柔韧性、抗原指数、表面可能性.结果 预测结果 表明EV71 VP1的二级结构以无规卷曲为主,其次为β-片层和α-螺旋,无β-转角.同源建模获得与VP1具有42%的序列一致性的已知结构的编号为1bev的蛋白质,进行VP1的同源建模并得到良好的建模评估效果;预测了可能的EV71 VP1抗原性区域.结论 综合多种策略预测EV71 VP1的二级结构和三级结构,为进一步研究开发相关药品以防治EV71感染提供理论基础.     

日本血吸虫成虫抗原基因的获取及生物信息学分析

目的 筛选新的日本血吸虫（Schistosoma japonicum,sj）候选抗原基因.方法 以Sj雄虫成虫DNA为模板,设计引物扩增并纯化特异性片段,构建pBS-T克隆载体,将其克隆入大肠杆菌DH5α菌株,筛选阳性克隆,初步进行菌落PCR鉴定后测序,与EBI数据库中的已知序列比对分析,并用蛋白质分析软件预测其结构与功能.结果 利用日本血吸虫cDNA序列设计并合成引物,以Sj雄虫DNA为模板,成功地扩增和克隆出一个目的基因.通过菌落PCR检验和测序,BLAST比对分析显示其与日本血吸虫22.6 kDa抗原分子具有很高同源性,氨基酸预测分析其具有潜在螺旋跨膜和酪氨酸激酶磷酸化位点.结论 成功克隆一个目的基因,通过氨基酸预测和功能分析,预测其在血吸虫病免疫防治领域具有一定的意义.     

蛋白质模板印迹法制备纳米“孔穴”结构特异性生物材料

以蛋白质为模板进行分子印迹得到的纳米“孔穴”结构生物材料,可以作为抗体、酶或其他天然生物结构的替代物及细胞支架材料,在生物技术和医学领域显示出广阔的应用前景。本文简要介绍了模板印迹的基本原理,分析了蛋白质模板印迹的特点,详细介绍了蛋白质包埋法、微球表面印迹法、平板表面印迹法和抗原表位法等蛋白质模板印迹方法,并对各种印迹方法进行了简要评述。     

同轴电喷法制备PCL-蛋清体系复合微胶囊

以鸡蛋的卵清蛋白作为蛋白质药物模板、生物可降解材料聚己内酯(PCL)为药物载体模板,采用同轴电喷法制备PCL-蛋清体系的复合微球。研究了电导率、黏度对于电喷微球成型的影响。核壳溶液推进速率比、电压、溶液质量分数和接收距离等对于所得微球表面形态和结构的影响。利用扫描电子显微镜(SEM)研究了微球的表面形态,用荧光显微镜表征了微球的包覆模式。结果表明：同轴电喷法可以制备PCL-蛋清体系的复合结构微胶囊,其中推进速率比对微球形貌、粒径及其分布的影响比较明显,当PCL与蛋清溶液推进速率比大于10时,将出现具有包覆结构的微球。     

蛋白质天然构象预测的研究进展

继人类基因组计划完成后,如何弄清相应的基因序列的功能及其之间的关系,即比较彻底地解开生命的奥秘成为后基因组计划的主要任务.基因的功能最终主要通过蛋白质来完成,因此,如何根据已知的氨基酸序列来预测相应的蛋白质天然构象成为后基因组计划中最重要的组成部分之一,这为比较彻底界定其功能奠定分子生物学基础.本文从以下几个方面进行了详细地介绍:(1)组成蛋白质天然构象预测方法的基本元素即序列比对方法、构象空间搜索方法及有关的蛋白质数据库;(2)结构预测方法的评估与分类;(3)描述预测性能较好及有比较发展前景的预测方法;(4)天然构象预测的前景等.     

乙型肝炎病毒基因生物信息学分析及特异片段的制备

目的制备HBV基因分型芯片模板。方法通过不同基因型HBV全基因组的序列比对,选取6个碱基位点作为分型位点,应用重叠区扩增基因拼接法(SOEing法)对C型HBV片段进行点突变。结果在所选位点上成功引入点突变。结论SOEing法是一种简便引入点突变的方法,可以应用此法制备HBV基因分型检测基因所需的模板DNA。     

一种连接产物—PCR方法用于获知难或不能被克隆的DNA片段

目的 为获知难或不能被克隆的ＤＮＡ片段。方法 建立一种以体外连接产物作为模板底物的取合酶链反应（Ｌｉｇａｔｉｏｎ－ＰＣＲ）法，通过染色体酶切消化混合物中目标ＤＮＡ片段的序列，未知的一端连接于一常用的克隆载体如ｐＭＣＬ２００上，利用载体的已知ＤＮＡ片段序列设计引物与目标ＤＮＡ片段序列已知一端的引物配对，进而扩增该目标ＤＮＡ片段并测定其部分序列。然后设计新引物并使用常规ＰＣＲ方法直接从染色体基因组６．     

用锅柄聚合酶链反应法克隆卡地腐霉Pr1基因的未知片段

目的：分离和克隆灭蚊真菌卡地腐霉类枯草杆菌蛋白酶基因已知片段的3′端未知序列。方法：采用PANHANDLE PCR，以基因组DNA为模板，通过链内退火及延伸形成一个类似锅柄形状的结构，经嵌套式PCR扩增得到未知目的片段。通过已知cDNA片段设计引物，PCR扩增得到该蛋白酶部分基因组序列，采用限制性内切酶BamH Ⅰ消化卡地腐霉基因组DNA，经去磷酸化处理后，在消化片段3′端连接一段与卡地腐霉类枯草杆菌蛋白酶基因5′端已知序列互补的5′端磷酸化寡核苷酸链NA，经链内退火及聚合酶延伸形成一锅柄状结构。结果：获得一大小为876bp的PCR产物，经序列分析验证，该panhandle PCR产物包含了已知卡地腐霉类枯草杆菌蛋白酶基因3′端未知的853bp核苷酸序列。结论：这种特殊的PCR方法可以高度有效地克隆和鉴定已知片段两侧的未知基因片段。     

通过生物信息学技术预测铜绿假单胞菌噬菌体内溶素的作用机制

目的对20种铜绿假单胞菌噬菌体基因组中可能的内溶素基因进行生物信息学分析，探讨其可能的作用机制。方法采用开放阅读框预测、同源检索、多重序列比对、蛋白质模型自动匹配等方法预测可能的内溶素及其内溶素相关基因。结果通过铜绿假单胞菌噬菌体基因组进行分析，新发现8种内溶素基因和2种穴蛋白基因，对新发现基因的类型做了相关推定。结论利用生物信息学手段分析已知序列，可以迅速、方便、有效地确定未知基因的功能及作用方式。     

MDA在PCR-RFLP基因分型中的实用性

目的:评估多重置换扩增(MDA)在聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)基因分型中的实用性.方法:用MDA法对50例样本进行了全基因组扩增,并用扩增后的DNA作为模板,对两个单核苷酸多态性(SNP)进行了PCR-RFLP基因分型.结果:对于所检测的两个SNP,以经MDA扩增的基因组DNA为模板,与未经MDA扩增的基因组DNA为模板进行的PCR-RFLP基因分型,结果完全一致.结论:MDA可用于PCR-RFLP等遗传分析.