利用串联重复序列研究炭疽芽胞杆菌的基因分型

目的 应用基因组中多位点串联重复序列遗传标记对不同地区88株炭疽芽胞杆菌进行基因分型。方法炭疽芽胞杆菌染色体DNA基因组中存在着串联重复序列。在串联重复序列两侧设计引物，PCR扩增，琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳，凝胶影像分析软件对PCR扩增产物碱基含量进行测算，并与测序结果进行比较，计算出串联重复拷贝数，对拷贝数进行聚类分析。结果 （1）聚类分析发现，88株菌株可分为三大群，45个基因型，基因型与生态环境存在一定的关系。就某一地区炭疽暴发而言，其可变数目串联重复序列遗传标记具有相似性。（2）研究发现，A16R疫苗株作为中国的疫苗株具有代表性。结论 炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列具有遗传稳定性和特异性，可作为炭疽芽胞杆菌基因分型的指标，在炭疽暴发和生物恐怖事件中的病原体溯源上具有重要的意义。     

肠炎沙门菌可变数目串联重复序列位点用于多位点可变数目串联重复序列分型分析的评价

目的 评价不同肠炎沙门菌可变数目串联重复序列(VNTR)位点用于多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型的可行性.方法 选取已报道使用的肠炎沙门菌11个VNTR位点,对中国不同时间和地区分离的16株菌进行初步评价,选取具有单一扩增条带的位点进行104株肠炎沙门茵的MLVA分型分析.对这些菌株同时进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,比较MLVA分型方法与PFGE分型方法对菌株分型能力的强弱.结果 初筛得到7个VNTR位点用于扩大菌株的分析,这些位点将104株菌分为16个MLVA型别,D值为0.7222,这些菌株同时被分为22个PFGE型别,D值为0.7974.对两种方法各自所分的最大组包含的菌株进行比较,发现PFGE具有更强的分辨能力;从频数分布看,PFGE方法分型结果比较分散,MLVA分型较为集中.结论 用于国际肠炎沙门菌分型具有扩增多态性的VNTR位点在国内分离株中并不都具有多态性结果,在MLVA方法学建立中应选择更多的VNTR位点进行广泛的筛选才有利于国际实验室间的方法的统一.     

肠炎沙门菌可变数目串联重复序列位点用于多位点可变数目串联重复序列分型分析的评价

目的 评价不同肠炎沙门菌可变数目串联重复序列(VNTR)位点用于多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型的可行性.方法 选取已报道使用的肠炎沙门菌11个VNTR位点,对中国不同时间和地区分离的16株菌进行初步评价,选取具有单一扩增条带的位点进行104株肠炎沙门茵的MLVA分型分析.对这些菌株同时进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,比较MLVA分型方法与PFGE分型方法对菌株分型能力的强弱.结果 初筛得到7个VNTR位点用于扩大菌株的分析,这些位点将104株菌分为16个MLVA型别,D值为0.7222,这些菌株同时被分为22个PFGE型别,D值为0.7974.对两种方法各自所分的最大组包含的菌株进行比较,发现PFGE具有更强的分辨能力;从频数分布看,PFGE方法分型结果比较分散,MLVA分型较为集中.结论 用于国际肠炎沙门菌分型具有扩增多态性的VNTR位点在国内分离株中并不都具有多态性结果,在MLVA方法学建立中应选择更多的VNTR位点进行广泛的筛选才有利于国际实验室间的方法的统一.     

河北省鼠疫菌MLVA基因分型

目的研究河北省鼠疫菌株多位点可变数串联重复序列(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)分型特征,分析其流行病学意义。方法采用MLVA(14+12)分型策略设计引物。利用聚合酶链式反应(PCR)、毛细管电泳方法和Bio Numerics软件,对河北分离的鼠疫菌进行聚类分析。结果在选取的鼠疫菌26个可变数串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)位点中,8个VNTR位点对河北省鼠疫菌具有遗传多态性分析意义。河北省鼠疫疫源地分离到的128株鼠疫菌可分为2个群,15个基因型。结论通过MLVA分析显示河北鼠疫菌株具有多态性,基因遗传变异相对稳定,对于未来鼠疫疫情暴发溯源和鼠疫菌种群的研究具有指导意义。     

62株克罗诺杆菌多位点可变数目串联重复序列分析分子分型研究

目的利用克罗诺杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)分型方法对国内62株克罗诺杆菌进行MLVA分型研究。方法利用文献报道的4个克罗诺杆菌可变串联重复序列(VNTR)位点,应用PCR、毛细管电泳、基因测序方法,使用BioNumerics软件聚类分析菌株MLVA分型多态性。结果 62株菌分为8个群28个MLVA型别,其中II群的菌株数目占总菌株数目的比例最大(43.5%);菌株流行特征呈同一地区具有多个MLVA型别特点,其中MLVA-5型在多个省份有分布。结论国内克罗诺杆菌存在丰富的基因多态性;需要建立和筛选更适合中国菌株的VNTR位点来进一步优化现行的MLVA策略。     

脑膜炎奈瑟菌基因组中可变数目串联重复序列与血清分群之间关系的研究

目的研究脑膜炎奈瑟菌（Neisseria Meningitides,Nm）基因组中串联重复序列（Variable Number of Tandem Repeats Sequences,VNTRs）与血清分群（A和C群）之间的关系。方法采用Nm血清抗体玻片凝集法对Nm菌株进行血清学鉴定;选择4对引物,应用聚合酶链反应（Polymerase Chain Reaction,PCR）扩增Nm基因组中4个位点的VNTR01～04,使用非加权配对算术平均法,应用统计学软件分析VNTRs拷贝（Copy）数与血清群之间的关系;以编码半乳糖转移酶基因中的VNTR01位点之后一段核苷酸序列为特异引物,对Nm进行PCR扩增。结果118株Nm菌株中,38株为A群,80株为C群,聚类分析可将118株菌分为5个组（I、II、III、IV、V）。95.8%（113/118）的菌株位于Ⅰ、Ⅱ组内,Ⅰ组中97.3%（36/37）的菌株为A群,Ⅱ组中98.7%（75/76）的菌株为C群。用两对特异引物对118株菌株进行PCR扩增,以PCR产物有或无做为判断结果,结果与血清分群有96.6%（114/118）的一致性。结论VNTRs拷贝数与血清群之间有较好的相关性,编码半乳糖转移酶基因中变异的核苷酸序列可以做为鉴别A、C群菌株的一种核酸标识。     

大肠埃希菌O157:H7分离株MLVA分子分型

目的了解国内大肠埃希菌O157:H7菌株的分子流行特征。方法采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法对1999-2002年江苏、河南、安徽、山东、云南等地的大肠埃希菌O157:H7分离株135株进行分子分型,选取7个可变数目串联重复序列(VNTR)位点,应用PCR技术及毛细管电泳方法,检测分离株DNA多态性,使用BioNumerics软件进行聚类分析。结果 135株大肠埃希菌O157:H7可分为3个群(A群、B群、C群)38个MLVA型别,其中A群占20.7%(28/135)、B群占23.7%(32/135)、C群占55.6%(75/135);MLVA型别存在一定地域性,同一暴发来源的菌株具有相同MLVA型别。结论大肠埃希菌O157:H7国内分离株存在丰富的基因多态性;MLVA方法具有较高分子分型能力,可以在溯源和流行病学调查中发挥重要作用。     

北京地区2005年流行性脑脊髓膜炎病原学监测

目的对2005年北京地区流行性脑脊髓膜炎（流脑）进行病原学监测.方法对临床流脑病例的血液、脑脊液标本进行特异性核酸片段检测,对鉴定阳性的菌株进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点序列（MLST）分析.结果在7份血液和5份脑脊液标本中检测到脑膜炎奈瑟菌的核酸片段.共分离到105株脑膜炎奈瑟菌.A群和C群菌株的群内菌株PFGE图谱无差异条带.MLST分析结果表明北京地区A群脑膜炎奈瑟菌的序列类型主要是ST7,而C群主要是ST4821.结论北京地区目前流脑病例主要由序列类型为ST7的A群和ST4821的C群脑膜炎奈瑟菌引起.     

张家界市首例C群流脑死亡病例及其密接人群中分离的脑膜炎奈瑟菌实验室分析和PFGE分型

目的了解张家界市首例C群流脑死亡病例及其密切接触人群中分离到的11株脑膜炎奈瑟菌的病原学特征及其流行关系。方法经培养及生化鉴定后,对菌株进行血清学及聚合酶链反应（PCR）鉴定分群,最后采用最低抑菌浓度（MIC）琼脂稀释法进行药敏试验;脉冲场凝胶电泳对菌株进行PFGE分型分析。结果通过生化、血清学和PCR实验共鉴定到9株C群脑膜炎奈瑟菌和2株W135群脑膜炎奈瑟菌,药敏试验中所有菌株对青霉素、氨苄西林、米诺环素、头孢曲松、头孢噻肟、氯霉素、阿奇霉素、美罗培南和利福平全部敏感;对复方磺胺甲口恶唑全部耐药;对环丙沙星和左氧氟沙星部分耐药,PFGE结果显示11株菌株共分为两个带型,其中9株C群脑膜炎奈瑟菌菌株带型完全相同。结论 C群和W135群可能成为新的流脑流行群引起疾病,分离的菌株对大部分抗生素仍较敏感,但要注意耐药趋势,造成该病例死亡的病原菌为C群脑膜炎奈瑟菌,与其密接同学中分离到的C群脑膜炎奈瑟菌的PFGE分型呈现高度一致性,提示为同一克隆群。     

中国C群脑膜炎奈瑟菌脉冲场凝胶电泳分析

目的对中国C群脑膜炎奈瑟菌分离株进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析，了解安徽省C群流行性脑脊髓膜炎（流脑）暴发菌株及国内C群脑膜炎奈瑟菌菌株的分子流行病学特征。方法212株C群脑膜炎奈瑟菌菌株分离自流脑患者、密切接触者和健康人群鼻咽部，包括安徽省C群流脑菌株48株，其中38株与C群流脑暴发相关。脉冲场凝胶电泳选用NheI限制性内切酶，聚类分析选用BioNumerics软件。结果212株C群脑膜炎奈瑟菌菌株共分为43个PFGE带型，命名为AH1～AH43，AH1是中国C群脑膜炎奈瑟菌主要的带型，占69．3％（”=147），分布于11个省市。安徽省48株C群菌株共分为3个PFGE型别（AH1、AH2、AH3），45株（93．8％）为AH1型。安徽省38株与C群流脑暴发相关的菌株中，37株（97．4％）为AH1型。全国53株流脑患者分离菌株中，AH1型菌株占67．9％（36／53）；121株流脑病例密切接触者分离菌株中，AH1型占71．9％（87／121），38株健康人群鼻咽部分离菌株中，AH1型占63．2％（24／38）。结论AH1型C群脑膜炎奈瑟菌是中国目前C群流脑流行的主要克隆群，安徽省C群流脑暴发是由AH1型C群脑膜炎奈瑟菌引起的，已在全国呈扩散流行的趋势。     

2013年湖南省一起B群流脑聚集性疫情菌株分子分型分析

目的了解湖南湘西地区B群流脑聚集性疫情中病例及其密切接触人群中分离到的B群脑膜炎奈瑟菌的分子分型特征及其流行关系。方法对病例的血液标本及其密切接触者的咽拭子标本进行分离、培养及生化鉴定,确认为脑膜炎奈瑟菌后,对菌株进行血清学分群和药敏试验;采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)以及脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)方法对菌株进行分子分型。结果共分离到3株B群脑膜炎奈瑟菌,均对复方磺胺甲恶唑(SXT)耐药,对青霉素(PEN)和氨苄青霉素(AMP)的药敏结果为中介度,对其他9种抗生素米诺环素(MIN)、头孢曲松(CRO)、头孢噻肟(CTX)、利福平(RIF)、阿奇霉素(AZM)、氯霉素(CHL)、环丙沙星(CIP)、左氧氟沙星(LVX)和美洛培南(MEM)均敏感,PFGE结果显示3株菌株为同一带型,MLST结果显示3株菌株均为ST-4821 complex高致病克隆群。结论该起湖南湘西地区B群流脑聚集性疫情中病人与其密切接触者中分离到的B群脑膜炎奈瑟菌在分子分型实验中呈现高度一致性,提示为同一来源。流脑菌在湖南省的菌群已经发生变迁,带致病性克隆群的B群菌株可能成为优势菌株,引起流脑的暴发流行。     

江西省2005年脑膜炎奈瑟菌带菌调查及C群脑膜炎奈瑟菌脉冲场凝胶电泳分析

目的了解江西省2005年健康人群脑膜炎奈瑟菌(Nm)带菌状况,为预测疫情和制定防治措施提供依据。方法采集健康人群和流行性脑脊髓膜炎(流脑)病人密切接触者的咽拭子标本进行Nm培养和鉴定,C群Nm菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型。结果健康人群1 441份咽拭子标本中分离到A群Nm2株,B群25株,W135群2株。从37份流脑病人的密切接触者咽拭子标本中分离到C群Nm19株,经PFGE分析18株为相同的脉冲场电泳型(AH1)。结论江西省2005年健康人群带菌以B群为主,C群带菌率上升,PFGE分析为相同的菌株型别。     

Antimicrobial susceptibility, serotype and genotype distribution of meningococci in Portugal, 2001-2002

One hundred and eighteen Neisseria meningitidis isolates were recovered from patients with invasive meningococcal disease in Portugal, over one year. Our study was undertaken to evaluate antimicrobial susceptibility, serogroup, serotype and genotype of isolates. One quarter (24.6%) of the isolates showed moderate resistance to penicillin and 47.4% were resistant to sulphadiazine. The two most common serosubtypes were C:2b:P1.5,2 (31.3%) and B:4:P1.15 (3.4%). Half (53.6%) of the isolates with moderate resistance to penicillin were phenotype C:2b:P1.5,2 (n=14), C:2b:P1.2 (n=1) or C:2b:NST (n=1); Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) showed that all these isolates were genetically related. Multilocus sequence typing (MLST) analysis of representative clones from each PFGE pattern showed the predominance of the ST-8 complex/cluster A4 among N. meningitidis with moderate resistance to penicillin. This clonal complex has been principally found in Southern Europe. The apparent emergence and dissemination of the hypervirulent ST-8 complex/cluster A4 among serogroup C strains increases the need for a continued surveillance of antimicrobial susceptibility of meningococci and of genotypic markers in Portugal.     

Molecular surveillance of Neisseria meningitidis capsular switching in Portugal, 2002-2006

Neisseria meningitidis capsular switching has been reported in several countries. In order to establish the genetic relationship within group B and C strains expressing subtypes 2a or 2b, and to evaluate whether C to B capsular switching occurred in Portugal, 64 meningococci (56 serogroup C and 8 serogroup B) isolated from invasive meningococcal disease were typed using molecular methods. The studied phenotypes, 2b:P1.5,2 and 2a:P1.5-1,10-8, were the most frequent among serogroup C, but were uncommon among serogroup B strains. The multi-locus sequence typing (MLST) allelic profile and the pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) fingerprints showed that seven serogroup B strains were genotypically identical to C strains, suggesting that capsular switching occurred. Active laboratory surveillance to find evidence of capsule switching is a now priority as MenC was introduced in the Portuguese vaccination schedule in January 2006.     

Sero/subtyping of Neisseria meningitidis isolated from patients in Spain.

To know the types of meningococcal strains in Spain, we serotyped and subtyped 743 Neisseria meningitidis isolates recovered between 1990 and 1992 from patients. A great number of serogroup B, serogroup C and non-groupable meningococci reacted with the serotyping reagents while many serogroup C and non-groupable isolates did not react with the serosubtyping reagents (78.2% and 54.8% respectively); only 8.9% of serogroup B meningococci were non-subtypeable (NST). Distribution of serotypes was similar in serogroup C and in non-groupable strains. Isolates showed great variability in antigenic phenotypes (71 in serogroup B, 20 in serogroup C and 25 in non-groupable meningococci). The most frequent antigenic combinations were 4:P1.15 (39.8%) in serogroup B, 2b:NST (55.8%) in serogroup C and 2b:NST (35.6%) in non-groupable meningococci.     

青海省结核分枝杆菌临床分离株可变数目串联重复序列基因多态性研究

目的 初步了解青海省结核分枝杆菌临床分离株基因多态性和基因分型特征。方法 2009-2012年收集青海省疾病预防控制中心分离的结核分枝杆菌临床分离株,提取DNA,对15个可变数目串联重复序列(VNTR)位点进行PCR扩增和产物电泳分析,使用BioNumerics软件对菌株进行聚类分析。结果 共检测251株结核分枝杆菌临床分离株的15个VNTR位点,显示这些菌株有明显的基因多态性,15个VNTR位点中Hunter-Gaston指数>0.6的VNTR位点有6个,位点分辨能力最高的是MIRU26,经聚类分析,可分为4个基因群,238个基因型。4个基因群分别占4.9%、91.9%、1.6%和1.6%。结论 青海省流行的结核分枝杆菌菌株存在明显的VNTR基因多态性。     

广州市两例B群流脑病例分离株的MLST分型研究

目的对从广州市报告的两例B群流行性脑脊髓膜炎（流脑）病例中分离的4株脑膜炎奈瑟菌（Neisseria meningitidis,Nm）进行多位点序列分型（multi—locus sequence typing,MLST）研究。方法分纯并提取菌株DNA、运用MI。ST分析对7个管家基因进行扩增并测序,确定菌株的序列型,对其相关性进行分析。结果两例病例分离株7个管家基因位点序列均不相同,第一例病例分离株的序列型为ST-7型,属高致病性ST-5complex／subgroupIII克隆系;第二例病例分离株的序列型为新发现的ST一9804型。结论广州两例B群流脑病例虽然发生时间相近,但分属不同的序列型,无同源性。MLST分型技术对研究不同流脑病例间的流行病学关系有重要意义。